Aide-mémoire de biochimie et de biologie moléculaire

Cet aide-mémoire de biochimie et de biologie moléculaire présente l'essentiel des connaissances actuelles en biochimie et biologie moléculaire. Plus de 1500 rubriques et de multiples renvois permettent la compréhension immédiate des concepts et notions abordés. Les termes anglais les plus courants sont mentionnés et traduits. L'objectif n'étant pas de concurrencer les nombreux ouvrages fondamentaux déjà disponibles, les notions les plus élémentaires ne sont pas exposées. Dans ce même esprit, un souci d'originalité a présidé au choix des figures et tableaux. Afin d'offrir une vue globale des phénomènes métaboliques et de leurs moyens d'étude, de très nombreux compléments sont présentés en biologie cellulaire, génétique, immunologie et microbiologie. Ainsi rédigé, Aide-mémoire de biochimie et biologie moléculaire a été conçu pour accompagner les étudiants des 1er, 2e et 3e cycles de sciences de la vie, médecine et pharmacie, mais aussi pour constituer un ouvrage de référence que consulteront avec profit les enseignants et chercheurs de tous niveaux, ainsi que les techniciens de laboratoire.

Regulation of bistable ICEclc transfer in pseudomonas knackmussii B13

L'élément génétique intégratif et conjugatif auto-transférable de 103 kb qui se trouve dans le génome de Pseudomonas knackmussii B13 (ICEc/c) confère la capacité de dégrader le 3-chlorobenzoate et le 2-aminophénol. L'élément ICE c/c peut être transféré par conjugaison de la souche B13 à diverses bêta- et gamma- protéobactéries. Seule une sous-population de 3 à 5% des cellules transfère l'élément, les cellules dites "compétentes pour le transfert". L'acquisition de la compétence pour le transfert est vraisemblablement la conséquence d'une régulation bistable, conduisant une partie des cellules au transfert de l'élément ICE c/c tandis que, dans les autres, l'élément reste quiescent et ne se transfère pas. À ce jour, les mécanismes et les acteurs moléculaires qui régulent l'activation bistable de l'élément sont restés inconnus. Mon travail de doctorat visait à identifier les éléments bistables du régulon de la compétence pour le transfert et d'analyser les fondements moléculaires de la bistabilité de l'élément ICE c/c chez P. knackmussii. Le premier chapitre introduit le thème du transfert génétique horizontal avec un accent particulier sur les éléments intégratifs et conjugatifs (ICE) et ICEcIc. L'état actuel des connaissances sur l'organisation génétique, la régulation, l'intégration et le transfert de différents modèles de ICEs est exposé en détail. En outre, je m'étends sur les phénomènes d'hétérogénéité et de bistabilité phénotyplques, qu'on peut distinguer dans une population isogénique dans des conditions de culture homogènes, et qui sont susceptibles de jouer un rôle dans le transfert de l'élément ICE c/c, dans la mesure où il ne s'active et n'est transférable que dans une très petite sous-population de cellules. Dans le chapitre 2, je présente une analyse globale des régions promotrices minimales des gènes appartenant au régulon de la compétence pour le transfert de l'élément ICE c/c. Nous avons étudié les caractéristiques d'expression des promoteurs et, s'ils s'avéraient bistables, leur activation dans le temps par comparaison avec le mutant lntB13. Pour ce faire, nous avons utilisé des fusions de promoteurs avec des gènes rapporteurs et testé l'expression bistable chez P. knackmussii par microscopie à épifluorescence. Pour six promoteurs présentant une expression bistable, nous avons employé de la microscopie temporelle pour déterminer la chronologie de leur expression par rapport à Pint et PinR. Parmi eux, nous avons identifié deux gènes exprimés précocement et trois gènes exprimés tardivement dans le processus d'acquisition de la compétence de transfert. Dans le chapitre 3, j'expose une analyse d'expression génétique pour l'un des groupes de gènes dont la transcription est la plus élevée dans la région conservée de ICE c/c, les gènes orf81655-orf68241 contenus dans une région de 14 kb. Nous montrons d'abord que cet opéron fait partie du même régulon bistable que intB13 et inrR et analysons les caractéristiques génétiques qui conduisent à une transcription élevée. Nous étudions les fonctions biologiques de ce groupe de gènes par des délétlons ciblées et montrons que certaines d'entre elles empêchent le transfert de l'élément. Nous approfondissons la caractérlsatlon de I'orf8l655 en construisant une fusion transcrlptionnelle avec le gène codant pour la protéine fluorescente verte (egfp) (en utilisant le système minl-Tn5). L'expression de Vorf81655 dans des cellules individuelles est comparée au signal mesuré par hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur le ARN messager du gène. En utilisant FISH, des délétlons du promoteur et de l'analyse directe de transcription, nous avons localisé la région promotrice du groupe de gènes. En outre, nous avons utilisé des mutations dirigées pour comprendre la bistabilité de cette région promotrice, caractérisée par une transcription très élevée et une traduction lente de l'ARN messager.  Dans le chapitre 4, nous nous efforçons de comprendre comment la bistabilité est générée au sein du régulon te de l'élément ICE c/c. Pour ce faire, nous avons tenté de reconstituer une expression bistable, dans un hôte qui ne présente pas de bistabilité naturellement, à partir d'éléments génétiques individuels. L'hôte choisi est Pseudomonas putida dans lequel nous avons introduit une copie unique de Pint, PinR ou PaipA fusionnés à la egfp, construits qui permettent d'observer l'apparition de bistabilité. Nous avons ensuite construit différents assemblages de composants génétiques de l'élément ICE c/c, en nous concentrant sur la région parA-inrR. En effet, nous avons pu démontrer qu'une expression bistable apparaît dans P. putida grâce à ces éléments en l'absence de l'élément ICE c/c complet. À noter que la plupart des construits génétiques activent PaipA ou P|,,R, mais qu'un seul recrée la bistabilité de Pint, ce qui suggère que la région parA-inrR permet à la fois d'engendrer la bistabilité et d'opérer la transition entre les promoteurs précoces et les promoteurs tardifs du régulon de la bistabilité. Dans le chapitre 5, nous concluons sur une discussion de la pertinence de nos résultats et sur de futures perspectives de recherche. -- The 103-kb self-transmissible integrative and conjugative element (ICE) of Pseudomonas knackmussii B13 (ICEc/c) confers the capacity to degrade 3- chlorobenzoate and 2-aminophenol. ICEc/c can be conjugated from strain B13 to a variety of Beta- and Gammaproteobacteria. Interestingly, ICE c/c transfer is observed in a subpopulatlon of cells (3-5%) only, the so-called 'transfer competent' cells. The formation of transfer competence (tc) is thought to be the consequence of a 'bistable' decision, which forces those cells to follow the developmental path which leads to ICEc/c transfer, whereas in others ICE c/c remains silent and does not transfer. So far, the mechanisms and molecular partners generating this bistable transfer activation in cells of P. knackmussii B13 remain mostly unidentified. This thesis aimed at understanding the extent of the tc bistability regulon and to dissect the molecular basis of bistabillty formation of ICEc/c in P. knackmussii. The first chapter is a general Introduction on horizontal gene transfer (HGT) with particular emphasis on ICEs and ICE c/c. The emphasis is made on the current knowledge about the HGT gene organization, regulation and specific integration and transfer aspects of the different ICEs models. Furthermore, I focus on the phenomena of phenotypic heterogeneity and bistability (the property of two distinguishable phenotypes existing within an isogenic population under homogeneous conditions), which may play a particular role in ICEc/c behaviour, since ICE activation and transfer only occurs in a very small subpopulation of cells. In Chapter Two, I focus on a global analysis of the different core promoters that might belong to the ICEc/c tc pathway regulon. We studied both expression patterns of ICEc/c promoters and, once being identified as "bistable", their temporal activation compared to that of intB13. In order to do this, we used promoter reporter fusions and tested blstability expression in P. knackmussii using epifluorescence microscopy. For the 6 promoters that showed bistable expression, we used time-lapse microscopy to study the timing of promoter expression in comparison to that of P,,,t or PlnR. We could establish two "early" and 3 "late" phase promoters in the process of transfer competence. In Chapter Three, I focused my attention on analysis of gene expression of one of the most highly transcribed gene clusters in the conserved core region of ICEc/c, a 14-kb gene cluster formed by the genes orf81655-orf68241. First we showed that this operon is part of the same bistability 'regulon' as intB13 and inrR, and analysed the genetic features that lead to high transcription. We studied the potential biological function of this cluster for ICE c/c by making specific gene deletions, showing that some interrupt ICEc/c transfer. We further analysed the orfdl655 promoter by constructing transcriptional egfp fusion reporter strains using the miniTn5 delivery system. Expression of the orf81655 promoter in single cells was compared to signals measured by Fluorescence In Situ Hybridization (FISH) on orfSl655 mRNA. We localized the promoter region of the gene cluster using FISH, promoter deletions, and by direct transcript analysis. We further used site-directed mutagenesis to understand the bistability character of the promoter region and the extremely high transcription but low translation from this mRNA. In Chapter Four, we set out to understand how bistability is generated in the tc pathway of ICEc/c. For this we tried rebuilding bistable expression from ICEc/c individual gene components in a host, which normally does not display bistability. As host we used P. putida without ICEc/c but with a single copy Pint-, PlnR- or PalpA- egfp fusion that enabled us to verify bistability formation. Subsequently, we built different assemblages of ICEc/c gene components, focusing on the parA-inrR region. Indeed, we found that bistable expression can be build from those components in P. putida without ICEc/c. Interestingly, most genetic constructs activated PaipA or PlnR, but only one resulted in bistable activation of PinT. This suggests that the parA-inrR region acts as a bistability "generator", but also as a bistability "relay" from early to late promoters in the tc pathway hierarchy. In the final fifth chapter, we conclude with a discussion of the relevance of the present thesis and the resulting perspectives for future studies.

IRC préterminale : il n'est jamais trop tôt pour référer au spécialiste : Revue cochrane pour le praticien

Cette rubrique présente les résultats d'une revue systématique récente telle que publiée dans la Cochrane Library (www.thecochranelibrary.com). Volontairement limité à un champ de recherche circonscrit, cet article reflète l'état actuel des connaissances de ce domaine. Il ne s'agit donc pas de recommandations pour guider la prise en charge d'une problématique clinique considérée dans sa globalité (guidelines). Les auteurs de ce résumé se basent sur la revue systématique et ne remettent pas en question le choix des articles inclus dans la revue. Scénario: Vous suivez un patient de 71 ans connu pour un diabète et une hypertension bien contrôlés, ainsi qu'une insuffisance rénale chronique de longue date, progressive, actuellement sévère (créatinine à 267 mmol/l, taux de filtration glomérulaire estimé (TFGe) à 21 ml/min/1,73 m2). Son état général est bon, son poids est stable et il ne présente pas de symptômes urémiques. Question: Faut-il adresser ce patient à un néphrologue ?

La recherche. Méthodes : quantitative, qualitative, mixte.

La simulation sous ses différentes formes est devenue un outil incontournable dans la formation des professionnels de la santé. Il n'en demeure pas moins que la simulation intervient dans un environnement complexe où le comportement humain est une variable essentielle. Dans ce contexte, la recherche en simulation est indispensable : elle doit produire des connaissances qui nous permettent de mieux comprendre l'apprentissage par la simulation. Pour atteindre cet objectif, la recherche en simulation doit être aussi rigoureuse que toute recherche clinique, afin qu'elle puisse produire des connaissances de qualité. De par la complexité de l'environnement simulé, la recherche dans ce domaine est riche et recourt à des méthodes variées issues des sciences du comportement, de l'éducation et plus largement des sciences sociales.

Quand la culture entre dans les recherches en psychologie du développement

Dans la psychologie dévelopementale proposée par Jérôme Bruner, la question de la " culture " se traduit par l'attention particulière donnée aux processus par lesquels une personne rend signifiante la situation dans laquelle elle est engagée. De fait, dans la psychologie du développement de ces cinquante dernières années, la place de la " culture " varie parallèlement à celle des questions du sens (privé) et de la signification (partagée) des connaissances, des actions et des objets de culture. Dans cet article, nous identifions quatre traditions de travaux qui abordent la " culture " dans le développement. Cela met en évidence certains problèmes théoriques et méthodologiques, et nous permet de souligner certains enjeux actuels de la psychologie sociale et culturelle du développement.

Les paradoxes de l'argumentation en contexte d'éducation : s'accorder sur les désaccords. Analyse d'interactions argumentatives dans un dispositif de formation en psychologie à l'Université

Dans le chapitre « Les paradoxes de l'argumentation en contexte d'éducation: s'accorder sur les désaccords », Muller Mirza part de l'idée qu'à la différence des situations ordinaires de désaccords, les dispositifs utilisant l'argumentation dans des contextes d'éducation demandent aux participants précisément de résoudre ces désaccords. Leur sont donc interdites, par contrat plus ou moins implicite, les échappatoires auxquelles nous recourons volontiers dans les discours quotidiens qui permettent d'éviter de problématiser la question en discussion. C'est dire qu'elle aborde directement une difficulté souvent signalée dans les études sur l'argumentation en contexte éducatif : la tension entre d'une part l'expression de points de vue différents, étape nécessaire à la construction des connaissances, et d'autre part la préservation de la relation entre les interlocuteurs, de leurs faces. Le chapitre propose comme objet de discussion le rôle de cette tension dans des situations d'apprentissage en analysant des productions argumentatives réalisées dans le cadre d'un dispositif particulier. Il invite ainsi à une réflexion non seulement sur les ingrédients des dispositifs pédagogiques qui permettraient de prendre en compte cette tension mais aussi sur les méthodes d'analyse des interactions argumentatives. L'étude de cas met en scène des étudiants de master en psychologie sociale, dans le cadre d'un jeu de rôle : ils sont placés dans la perspective de leur futur métier, et figurent des psychologues conseillant des éducateurs face à des jeunes qui utilisent des insultes racistes entre eux. Le dispositif mis en oeuvre satisfait quatre exigences d'ordre théorique, favorables selon l'auteure à une bonne résolution des désaccords : le ménagement des faces des interlocuteurs en fixant des rôles ne correspondant pas nécessairement aux positions de chacun ; la construction de connaissances,préalable à la discussion ; la médiation de l'échange par un outil, ici un « chat », qui permet d'échanger les points de vue et d'apporter une dimension réflexive en cours d'interaction sur les points de vue exprimés ; le fait de donner du sens à l'activité, en simulant une situation professionnelle potentielle. L'analyse des échanges a été réalisée sur onze corpus constitués par les étudiants en petits groupes de trois ou quatre travaillant sur un logiciel de « chat ». Les questions abordées étaient les suivantes : Comment les interlocuteurs négocient-ils les désaccords qui apparaissent au cours des échanges? Ces désaccords sont-ils propices à une problématisation? Les participants mettent-ils en oeuvre des dynamiques d'« exploration » du désaccord relevé? Cette analyse, inspirée d'une approche socioculturelle reprise en partie des travaux de Neil Mercer sur les « discours exploratoires », met en évidence des dynamiques argumentatives de qualité au cours desquels les désaccords sont non seulement exprimés mais également problématisés au sein des groupes. Elle met entre autres en évidence que le sens de l'activité pour les étudiants est en partie tributaire d'un contrat didactique et pédagogique : leurs échanges sont la base de leur évaluation universitaire. Néanmoins la similitude entre situation d'enseignement et situation professionnelle a largement été perçue par les étudiants et motivante pour eux, ce qui a certainement concouru également à la qualité des échanges.

Les Science studies : de la marginalité thématique à la refondation de la discipline

Dans cet article, nous tentons de mettre en évidence ce qui, progressivement, constitue des points de convergence relativement partagés (l'analyse des controverses, l'attention portée au contenu, la prise en compte des connaissances, des inscriptions, des objets et des instruments dans l'action) qui influent partiellement sur les problématiques et approches d'autres domaines et courants de pensée en sociologie. Des déplacements significatifs ont été opérés qui sont potentiellement porteurs d'effets profonds, encore faudrait-il qu'ils soient repris par d'autres sociologues, ce qui n'a rien d'évident tant ils posent questions. Ainsi, les Science studies (étude sociale des sciences), qui ont longtemps constitué un domaine relativement à part de la sociologie du fait de ses objets d'études, contribue au renouveau des manières de penser et de travailler dans les sciences sociales en ouvrant des champs de questionnement autour de la définition des éléments constitutifs de la société et de l'agency. n this article, we highlight what gradually becomes converging topics and issues (analyzing of controversies, consideration for the content, the objects and the instruments of the action, integration of the issues related to the knowledge) and affects the problematics and approaches into other research fields and currents of thought in sociology. Significant shifts occurred which are potential carriers of profound effects if they would be picked up by other sociologists, which is not obvious due to the profounds debates emerging from theses studies. Thus, the Science Studies, which have long been an area relatively apart from sociology because of its objects of study, participate to the renewal of ways of thinking and working in the social sciences by opening questioning around the definition of the elements of society and the agency.

Urban environments and situated institutions : everyday governance in west Bengal

How do processes of power shape the urban environment in small Indian cities? On a day-to-day basis, who actually controls access to and the use of environmental resources? How is this done? Answering these questions contributes to our ability to develop a nuanced understanding the urban condition. In order to investigate these questions an actor-oriented approach is developed, drawing on the anthropological literatures on everyday governance and the everyday state. This conceptual framework informs an urban political ecology approach oriented towards everyday practices and the micro-politics of the (re)production of urban socio-natures. This thesis employs a mixed methods approach to qualitative research. Three cases are presented to explore: para (neighbourhood) clubs as governance actors, the governance of the urban pondscape, and the urban political ecology of solid waste management. These case studies serve to highlight how power shapes the (re)production of urban socio-natures through the everyday environmental governance practices of a complex network of governance actors. This work further demonstrates how multiple intersectionalities, including class, caste and access to political and social authority, shape these practices and their outcomes. Finally, the manner in which balances of power, place making and the formation of subject positions may both result from and shape everyday environmental governance practices and their outcomes is explored. This empirical investigation makes a number of contributions to the literature. It has explores the hereto-understudied topics of environmental governance in small cities in India, the urban political ecologies of non-piped water and of solid waste, and the role of clubs as governance actors. It further contributes to conversations within the literature on how to deepen and broaden Urban Political Ecology by engaging with everyday practices, and cases of ordinary, not-openly contested socio-natures. -- Comment les processus de pouvoir influencent-ils l'environnement urbain dans les petites villes indiennes ? Au quotidien, qui contrôle l'accès et l'utilisation des ressources environnementales ? Comment ce contrôle s'exerce-t-il ? Répondre à ces questions contribue au développement d'une compréhension nuancée de la condition urbaine. Afin d'explorer ces questions une approche actor-oriented de la gouvernance quotidienne est développée, faisant appel aux littératures anthropologiques de la gouvernance quotidienne et de l'everyday state. Ce cadre conceptuel établit ainsi une approche d'Urban Political Ecology orientée vers les pratiques quotidiennes et la micro- politique de la (re) production des socio-natures urbaines. Cette thèse emploie des méthodes qualitatives mixtes. Trois cas sont présentés afin d'étudier : les clubs para (quartier) comme acteurs de la gouvernance; la gouvernance de la pondscape urbaine; et l'urban political ecology de la gestion des déchets solides. Ces études de cas permettent de mettre en lumière la façon dont le pouvoir influence la (re)production des socio-natures urbaines par le biais des pratiques quotidiennes de gouvernance environnementale d'un réseau complexe d'acteurs. Ce travail démontre également comment plusieurs intersectionnalités, y compris la classe, la caste et l'accès au pouvoir politique et social, façonnent ces pratiques de gouvernance et leurs produits. Finalement, cette recherche explore la manière dont les équilibres de pouvoir, la fabrication de lieux et la formation de la position du sujet peuvent à la fois résulter de et contribuer à façonner les pratiques quotidiennes de gouvernance environnementale et leurs produits. Cette investigation empirique fait ainsi plusieurs contributions à la littérature. Elle explore les questions jusque-là sous-étudiées de la gouvernance environnementale dans les petites villes en Inde, de l'urban political ecology de l'eau non courante et des déchets solides, ainsi que du rôle des clubs comme acteurs de la gouvernance. Celle-ci contribue également à des débats sur la façon d'approfondir et d'élargir l'urban political ecology en travaillant sur les pratiques quotidiennes, et sur des cas de socio-natures ordinaires, pas ouvertement contestées.

Médicaments chez les seniors vaudois à domicile : nombre et composition

La question de la pertinence et de la sécurité des traitements médicamenteux dans la population âgée prend toujours plus d'importance dans nos sociétés en raison de l'accroissement en nombre des personnes âgées et de l'expansion continuelle des possibilités thérapeutiques. La nécessité d'individualiser et de rationnaliser la prescription chez le sujet âgé est universellement reconnue. Par ailleurs, il est bien documenté que le fait de prendre un nombre élevé de médicaments différents accroît le risque d'effets indésirables, de défaut d'adhérence et de difficultés de gestion des traitements. La présente étude explore les traitements médicamenteux des seniors vaudois et formule des propositions visant une «polymédication rationnelle». Une enquête conduite en 2012 dans le canton de Vaud auprès de 3'133 personnes âgées de 69 ans et plus vivant en domicile privé comportait une section sur le traitement médicamenteux actuel des répondants (autodéclaration, questionnaire rempli à domicile). Les réponses à cette question sont analysées dans l'objectif de décrire la consommation de médicaments en termes quantitatifs (notamment mesurer la prévalence de la polymédication), ainsi que la relation entre polymédication et certains facteurs d'influence, et la composition des traitements.

Les strategies de coping chez les proches aidants de personnes atteintes de schizophrenie

Problématique. Les proches aidants jouent un rôle primordial de soutien auprès des personnes atteintes de schizophrénie. La symptomatologie et les perturbations du fonctionnement psychosocial des personnes atteintes de cette maladie peuvent entraîner un fardeau extrêmement élevé pour leur entourage. Les approches psycho-éducatives sont reconnues pour favoriser des stratégies de coping ayant comme impact d'atténuer la détresse des proches aidants et d'améliorer les relations interpersonnelles entre le proche aidant et la personne souffrant de schizophrénie. Buts: décrire et explorer les stratégies de coping chez les proches aidants de personnes atteintes de schizophrénie. Méthode: cette étude descriptive exploratoire a été menée auprès de 45 proches aidants, recrutés selon un échantillonnage de convenance. Ils ont rempli deux auto-questionnaires : (a) le questionnaire sociodémographique et (b) le Family Coping Questionnaire. Des statistiques descriptives de distributions et des analyses corrélationnelles bivariées ont été effectuées. Résultats: les résultats montrent que les stratégies de coping centrées sur le problème et les stratégies de coping centrées sur le maintien social sont plus utilisées que celles appartenant au coping centré sur l'émotion. Cependant, les stratégies de coping centré sur l'émotion sont encore souvent utilisées. Conclusion: malgré les limites de cette étude liées à la taille de l'échantillon, les résultats sont compatibles avec les études antérieures. Il semble important de poursuivre des recherches dans ce domaine pour mieux comprendre les associations entre les représentations de la maladie et les stratégies de coping. Il semble aussi crucial de développer, auprès des proches aidants, les interventions qui leur permettent une meilleure gestion des émotions.