Premiers résultats d'un suivi de l'edelweiss (Leontopodium alpinum Cass.) dans le val Ferret (Valais)

Cet article présente une étude, commencée en 2007, sur le développement de l'edelweiss dans deux alpages du val Ferret (VS). A moyen terme, cette étude vise à estimer la capacité de résistance à la pâture des moutons de l'espèce et à mieux connaître la dynamique de ses populations dans l'idée d'améliorer sa conservation. L'article présente les deux sites d'études (conditions écologiques, importance des populations d'edelweiss) et s'intéresse principalement à la composition du tapis végétal. Cette première étape est avant tout descriptive mais elle est d'importance primordiale pour pouvoir interpréter les observations de multiplication et de colonisation de l'edelweiss in situ. Des méthodes de l'écologie numérique sont utilisées pour explorer la variabilité de la composition spécifique des parcelles d'étude, subdivisées en groupes homogènes. On cherche ensuite les variables environnementales qui expliquent le mieux la composition floristique des groupes retenus.

Historicisme absolu et histoire des religions: L'oeuvre de Dario Sabbatucci

Dans ce livre sur les rapports de la foi, de la religion et de la culture, l'auteur - dont Flammarion avait publié un magistral Essai sur le mysticisme grec - et spécialiste de la religion de la Rome antique, très critique envers la phénoménologie religieuse, (Rudolf Otto, Van der Leeuw, Eliade), passe tour à tour en revue « la profession de foi » et les Confessions chrétiennes, la christologie au Concile de Florence, la notion d'« ordre cosmique » dans le domaine indo-iranien, la querelle médiévale des Investitures, le thème du « mandat céleste » en Chine, etc. Toutes les productions magico-religieuses sont ici interprétées comme autant de formations historiques dont il s'agit de retracer les processus d'apparition et de développement ainsi que la fonction culturelle spécifique dans un contexte donné. Mais sont également mis en perspective les pratiques, discours, représentations propres aux savoirs qui étudient ces productions. Une vision des faits religieux qui montre que l'histoire des religions « a problématisé les objets de foi, mais non la foi elle-même », l'abandonnant à la psychologie, à la philosophie ou à l'anthropologie. Or la foi a une histoire, étroitement liée à celle de l'Occident : elle n'est pas, selon l'auteur, une qualité innée chez l'homme, mais relève de circonstances culturelles, non exportables hors de l'Occident. Un essai profondément stimulant...

Les animaux inférieurs et les plantes ont-ils droit à notre respect ? Réflexions éthiques sur la dignité de la créature

Au moment où nos sociétés contemporaines s'interrogent avec passion sur le statut de l'animal et sur la responsabilité éthique des êtres humains envers la création et l'environnement - jusqu'à la question des OGM -, cette étude est d'une brûlante actualité. Qu'en est-il de la notion de dignité de la créature, ancrée dans la Constituton fédérale? Est-elle, comme le prétendent certains, une coquille vide, un mot magique et creux, sans signification réelle? Quelle pourrait être sa portée pour les animaux prétendus inférieurs et pour les plantes? Les auteurs s'appuient sur la distinction entre dignité et valeur. Ils pennent leurs distances par rapport aux catégories d'anthropocentrisme, de pathocentrisme et et de biocentrisme, catégories conditionnant la plupart des théories éthiques au sujet de l'animal et de l'environnement. Il en résulte une nouvelle conception de la relation anthropologique en ^tre l'être humain, l'animal et la nature. La perspective de l'anthropo-relationalité sert de fondement à une approche respectueuse des animaux et des plantes, tout en reconnaissant la place et la responsabilité spécifiques de l'être humain et des sociétés démocratiques.

Un visage m'appelle

Cet article discute l'hypothèse d'un lien entre l'émergence du thème du visage dans des textes ou des productions iconographiques provenant de diverses traditions religieuses et une expérience primordiale de contemplation d'un visage face à face. Pour dire la quête du transcendant, de ce qui n'est pas immédiatement accessible, l'être humain puiserait ainsi dans l'expérience d'une des premières grandes quêtes de tout humain : la recherche du face à face entre le nourrisson et sa mère qui se met peu à peu en place entre la naissance et l'âge de trois mois. C'est cette expérience qui serait élaborée par les textes parlant du désir de voir Dieu face à face et par les productions iconographiques représentant le visage de figures divines. Loin de répondre à un penchant régressif, cette reprise d'une des premières expériences enfantines serait l'expression d'un mouvement progressif : la référence à une victoire durement acquise durant les premiers mois de la vie pour parler d'un désir actuel de dépassement. Les pages qui suivent examinent successivement différents aspects de cette question.

L'ethos public en tant que processus social dynamique

Les réformes administratives du secteur public, regroupées sous l'appellation de la Nouvelle gestion publique, affectent durablement le contexte dans lequel travaillent les agents publics, questionnant leurs valeurs et motivations, voire plus fondamentalement leur identité professionnelle. La confrontation actuelle des modes de fonctionnement privé et public a le mérite de soulever l'interrogation sur la spécificité de ce qui anime ces deux domaines d'action humaine. Bien que certaines études fassent état de l'existence d'un ethos spécifique au secteur public, il est souvent réduit aux questions abstraites de valeurs ou aux motivations individuelles des agents. Or l'ethos public est plus qu'une collection de valeurs particulières comme la poursuite de l'impartialité ou l'intégrité. C'est aussi plus que la somme des motivations individuelles. L'ethos public, c'est une conception du vivre ensemble qui permet de concrétiser des valeurs dans l'action et qui peut soutenir une visée éthique du bien commun. Voilà ce qu'une étude exploratoire nous permet d'avancer. Cette recherche vise à comprendre, à partir de récits de vie de gestionnaires publics et du concept d'identité narrative, comment ils en sont venus à comprendre et interpréter la spécificité du secteur public et comment cet ethos se caractérise pour eux en termes de relations et d'interactions sociales avec leur personnel, les politiques, les groupes d'acteurs avec lesquels ils interagissent et les citoyens. Considérant le rôle essentiel exercé par les gestionnaires publics dans le fonctionnement du système politico-administratif, et l'importance des dynamiques sociales pour le fonctionnement et l'intégrité de l'action de l'État, les résultats de cette recherche sont très utiles pour une réflexion approfondie sur les réformes en cours.

Cultures jeunes et religions en Europe

Après la révolution religieuse des années 60, une nouvelle religiosité est-elle née ? Cette question est au coeur du livre. Il met, en effet, en scène les jeunes des années 80, les filles et les fils de la génération d'après-guerre, celle de Mai 68. Les parents ont pris leurs distances avec les différentes formes institutionnelles de l'autorité, y compris celle des Églises. Ils avaient été laissés libres de s'initier à une voie « spirituelle » : liberté de conscience et autonomie individuelle, deux valeurs clés attachées à la génération d'après-guerre, avaient orienté leur démarche religieuse. Les années 80 constituent de plus un contexte spécifique. Derrière le rideau de l'abondance, les contours de la précarité se dessinent. L'effondrement du mur de Berlin a entraîné celui des certitudes et des points de repère. L'apparition du sida a mis en cause le mythe dominant d'une jeunesse presque éternelle ouvrant sur une société sans âge et sans conflits de génération. Ces événements ont infléchi les quêtes de sens contemporaines. Fruit de la collaboration de vingt-deux sociologues venant de différents pays de l'Union européenne et de la Suisse, l'ouvrage, plutôt que de mettre côte à côte des observations empruntées aux pays concernés, propose des analyses transversales. Il permet ainsi de se faire une idée du changement religieux qui touche l'Europe dans son ensemble et de dégager quelques enjeux communs suscités par l'incertitude ambiante. Partant de l'analyse de la condition des jeunes dans les années 80, l'ouvrage aborde tour à tour la question de leur identité religieuse, celle de leurs systèmes de croyance, puis s'attarde sur les institutions qui ont contribué à leur socialisation religieuse. L'expérience constitue une caractéristique de la vie religieuse contemporaine, alors que la pluralité de l'offre reflète le changement socioculturel. Un chapitre est ainsi consacré à la présentation de quelques trajectoires typiques illustrant la gestion de l'incertitude dans laquelle est plongée la génération en cause. Enfin est abordée la question posée par une jeunesse qui apparaît aujourd'hui dépourvue d'encadrement institutionnel dans le champ religieux comme dans d'autres domaines : cette situation ne traduit-elle pas la crise de reproduction des institutions elles-mêmes ?

Le conseil génétique: aspects théoriques et pratique en prénatal [Genetic counselling: theoretical aspects and prenatal practice]

Le conseil génétique doit fournir aux individus une information médicale précise et un soutien psychologique. L'importance des principes d'autonomie et de confidentialité, dogmes du conseil génétique, est renforcée par la nouvelle loi suisse (LAGH). Dans certains pays, une grande partie du conseil génétique est assurée par des conseillers en génétique non médecins ayant une formation postgraduée spécifique. Le conseil génétique joue un rôle grandissant dans différents domaines de la médecine. En particulier, il est indispensable dans le contexte du prénatal où les couples reçoivent des informations complexes et doivent bénéficier d’un soutien pour prendre une décision. Genetic counselling provides families with accurate medical information and psychological support. Respect and concern for the emotional well-being should be taken into account while discussing genetics aspects and recurrence risks. The importance of autonomy and confidentiality, central to genetic counselling, is reinforced by the new Swiss law (LAGH). In many countries, most of the genetic counselling is provided by genetic counsellors who have a specialised post-graduate training. Genetic counselling plays an increasing role in different medical specialities. In particular, it is essential in the context of prenatal and pre-conceptual care, where couples are confronted to complex information and should have access to appropriate support during the decision-making process

Reconfigurations identitaires : un passage obligé dans l'appropriation du français ?

Une représentation sociale communément admise postule que le couple plurilingue et l'un de ses prolongements possibles, la vie en commun dans un pays, favorisent l'appropriation de la langue et la socialisation du partenaire alloglotte. Or, si c'est souvent le cas, il s'agit de dégager les conditions nécessaires à un tel processus positif d'apprentissage de la langue. De là découle l'intérêt d'une observation ethnographique des caractéristiques d'un mode d'apprentissage de la langue du milieu (ici, le français) qui s'actualise dans les couples plurilingues. Dans cet article je montrerai, par l'exemple d'un couple francophone/hispanophone établi en Suisse romande, comment la situation matrimoniale hétéroglotte propose un contexte spécifique à l'apprentissage de la langue. Je porterai particulièrement mon attention sur la construction par le partenaire alloglotte d'un sentiment de légitimité quant à son statut de locuteur plurilingue francophone

Glutamatergic regulation of mitochondrial ion dynamics in astrocytes

Résumé grand public :Le cerveau se compose de cellules nerveuses appelées neurones et de cellules gliales dont font partie les astrocytes. Les neurones communiquent entre eux par signaux électriques et en libérant des molécules de signalisation comme le glutamate. Les astrocytes ont eux pour charge de capter le glucose depuis le sang circulant dans les vaisseaux sanguins, de le transformer et de le transmettre aux neurones pour qu'ils puissent l'utiliser comme source d'énergie. L'astrocyte peut ensuite utiliser ce glucose de deux façons différentes pour produire de l'énergie : la première s'opère dans des structures appelées mitochondries qui sont capables de produire plus de trente molécules riches en énergie (ATP) à partir d'une seule molécule de glucose ; la seconde possibilité appelée glycolyse peut produire deux molécules d'ATP et un dérivé du glucose appelé lactate. Une théorie couramment débattue propose que lorsque les astrocytes capturent le glutamate libéré par les neurones, ils libèrent en réponse du lactate qui servirait de base énergétique aux neurones. Cependant, ce mécanisme n'envisage pas une augmentation de l'activité des mitochondries des astrocytes, ce qui serait pourtant bien plus efficace pour produire de l'énergie.En utilisant la microscopie par fluorescence, nous avons pu mesurer les changements de concentrations ioniques dans les mitochondries d'astrocytes soumis à une stimulation glutamatergique. Nous avons démontré que les mitochondries des astrocytes manifestent des augmentations spontanées et transitoires de leur concentrations ioniques, dont la fréquence était diminuée au cours d'une stimulation avec du glutamate. Nous avons ensuite montré que la capture de glutamate augmentait la concentration en sodium et acidifiait les mitochondries des astrocytes. En approfondissant ces mécanismes, plusieurs éléments ont suggéré que l'acidification induite diminuerait le potentiel de synthèse d'énergie d'origine mitochondriale et la consommation d'oxygène dans les astrocytes. En résumé, l'ensemble de ces travaux suggère que la signalisation neuronale impliquant le glutamate dicte aux astrocytes de sacrifier temporairement l'efficacité de leur métabolisme énergétique, en diminuant l'activité de leurs mitochondries, afin d'augmenter la disponibilité des ressources énergétiques utiles aux neurones.Résumé :La remarquable efficacité du cerveau à compiler et propager des informations coûte au corps humain 20% de son budget énergétique total. Par conséquent, les mécanismes cellulaires responsables du métabolisme énergétique cérébral se sont adéquatement développés pour répondre aux besoins énergétiques du cerveau. Les dernières découvertes en neuroénergétique tendent à démontrer que le site principal de consommation d'énergie dans le cerveau est situé dans les processus astrocytaires qui entourent les synapses excitatrices. Un nombre croissant de preuves scientifiques a maintenant montré que le transport astrocytaire de glutamate est responsable d'un coût métabolique important qui est majoritairement pris en charge par une augmentation de l'activité glycolytique. Cependant, les astrocytes possèdent également un important métabolisme énergétique de type mitochondrial. Par conséquent, la localisation spatiale des mitochondries à proximité des transporteurs de glutamate suggère l'existence d'un mécanisme régulant le métabolisme énergétique astrocytaire, en particulier le métabolisme mitochondrial.Afin de fournir une explication à ce paradoxe énergétique, nous avons utilisé des techniques d'imagerie par fluorescence pour mesurer les modifications de concentrations ioniques spontanées et évoquées par une stimulation glutamatergique dans des astrocytes corticaux de souris. Nous avons montré que les mitochondries d'astrocytes au repos manifestaient des changements individuels, spontanés et sélectifs de leur potentiel électrique, de leur pH et de leur concentration en sodium. Nous avons trouvé que le glutamate diminuait la fréquence des augmentations spontanées de sodium en diminuant le niveau cellulaire d'ATP. Nous avons ensuite étudié la possibilité d'une régulation du métabolisme mitochondrial astrocytaire par le glutamate. Nous avons montré que le glutamate initie dans la population mitochondriale une augmentation rapide de la concentration en sodium due à l'augmentation cytosolique de sodium. Nous avons également montré que le relâchement neuronal de glutamate induit une acidification mitochondriale dans les astrocytes. Nos résultats ont indiqué que l'acidification induite par le glutamate induit une diminution de la production de radicaux libres et de la consommation d'oxygène par les astrocytes. Ces études ont montré que les mitochondries des astrocytes sont régulées individuellement et adaptent leur activité selon l'environnement intracellulaire. L'adaptation dynamique du métabolisme énergétique mitochondrial opéré par le glutamate permet d'augmenter la quantité d'oxygène disponible et amène au relâchement de lactate, tous deux bénéfiques pour les neurones.Abstract :The remarkable efficiency of the brain to compute and communicate information costs the body 20% of its total energy budget. Therefore, the cellular mechanisms responsible for brain energy metabolism developed adequately to face the energy needs. Recent advances in neuroenergetics tend to indicate that the main site of energy consumption in the brain is the astroglial process ensheating activated excitatory synapses. A large body of evidence has now shown that glutamate uptake by astrocytes surrounding synapses is responsible for a significant metabolic cost, whose metabolic response is apparently mainly glycolytic. However, astrocytes have also a significant mitochondrial oxidative metabolism. Therefore, the location of mitochondria close to glutamate transporters raises the question of the existence of mechanisms for tuning their energy metabolism, in particular their mitochondrial metabolism.To tackle these issues, we used real time imaging techniques to study mitochondrial ionic alterations occurring at resting state and during glutamatergic stimulation of mouse cortical astrocytes. We showed that mitochondria of intact resting astrocytes exhibited individual spontaneous and selective alterations of their electrical potential, pH and Na+ concentration. We found that glutamate decreased the frequency of mitochondrial Na+ transient activity by decreasing the cellular level of ATP. We then investigated a possible link between glutamatergic transmission and mitochondrial metabolism in astrocytes. We showed that glutamate triggered a rapid Na+ concentration increase in the mitochondrial population as a result of plasma-membrane Na+-dependent uptake. We then demonstrated that neuronally released glutamate also induced a mitochondrial acidification in astrocytes. Glutamate induced a pH-mediated and cytoprotective decrease of mitochondrial metabolism that diminished oxygen consumption. Taken together, these studies showed that astrocytes contain mitochondria that are individually regulated and sense the intracellular environment to modulate their own activity. The dynamic regulation of astrocyte mitochondrial energy output operated by glutamate allows increasing oxygen availability and lactate production both being beneficial for neurons.

Rêves: visions révélatrices. Réception et interprétation des songes en contexte religieux

La question du rêve est part intégrante de la question de la religion et intéresse de ce fait au plus haut point l'histoire comparée des religions. Non seulement les rêves ont-ils souvent été à l'origine d'une religion, mais ils sont fréquemment un de ses vecteurs principaux. En incluant la dimension onirique comme un élément constitutif du religieux et en développant des méthodes pour l'investiguer, le présent ouvrage se propose de montrer le lien consubstantiel entre religion et rêve. Les études réunies sont issues du colloque Rêves, visions révélatrices: réception et interprétation des songes dans le contexte religieux qui a eu lieu à Lausanne les 7 et 8 décembre 2000. Elles offrent des réflexions et des visions sur les rêves portant sur différentes traditions religieuses et faisant recours à des approches méthodologiques variées. L'ensemble des contributions tente de répondre à la double exigence de l'histoire des religions qui, tout en investissant un contexte religieux spécifique, se donne les moyens de réfléchir le rêve en lien à la religion dans une perspective comparative. Contenu Contenu: Maya Burger: Le rêve médiateur et l'histoire comparée des religions: une introduction - Marie-Elisabeth Handman: L'anthropologie et le rêve - Barbara Glowczewski: Sur la piste de Jukurrpa, le Dreaming australien - Hubert Knoblauch: Visions d'avenir - visions prophétiques? La province culturelle de sens, la vision d'avenir et l'ethnophénoménologie - Pierre-Yves Brandt: Fallait-il le rêver pour oser le réaliser? - Catherine Weinberger-Thomas: Rêves de morts dans l'Inde hindoue - David Gordon White: Possession, rêves et visions dans le tantrisme indien - Nicola Pozza: Le Kamayani: une épopée moderne entre rêves et visions révélatrices - Jacques Annequin: Dire le rêve, lire le rêve dans les mondes grec et romain de l'Antiquité - Yvan Bubloz: Le rêve, un réceptacle pour le vrai et le divin? Le débat de Porphyre et Jamblique sur la pertinence de l'oniromancie dans la quête de l'union au divin - Pierre Lory: «Celui qui me voit en rêve me voit dans la réalité» - Jean-Christophe Attias: Rêve, prophétie et exégèse - Philippe Bornet: «Tous les rêves vont d'après la bouche». Sur la portée de l'interprétation des rêves dans le judaïsme rabbinique. Auteur(s) - Responsable(s) de publication Les responsables de la publication: Maya Burger enseigne l'histoire des religions et le hindi à l'Université de Lausanne (Suisse). Son domaine de spécialisation est l'hindouisme médiéval et moderne. C'est dans ce domaine qu'elle a surtout publié, récemment: La perception hindoue des éléments / The Hindu Perception of the Elements. Studia Religiosa Helvetica, Jahrbuch 2000. Berne: Peter Lang (en co-édition avec P. Schreiner). Philippe Bornet est assistant et doctorant en histoire comparée des religions à l'Université de Lausanne.

Tous les rêves vont d'après la bouche : sur la portée de l'interprétation des rêves dans le judaïsme rabbinique

(Résumé de l'ouvrage) La question du rêve est part intégrante de la question de la religion et intéresse de ce fait au plus haut point l'histoire comparée des religions. Non seulement les rêves ont-ils souvent été à l'origine d'une religion, mais ils sont fréquemment un de ses vecteurs principaux. En incluant la dimension onirique comme un élément constitutif du religieux et en développant des méthodes pour l'investiguer, le présent ouvrage se propose de montrer le lien consubstantiel entre religion et rêve. Les études réunies sont issues du colloque Rêves, visions révélatrices: réception et interprétation des songes dans le contexte religieux qui a eu lieu à Lausanne les 7 et 8 décembre 2000. Elles offrent des réflexions et des visions sur les rêves portant sur différentes traditions religieuses et faisant recours à des approches méthodologiques variées. L'ensemble des contributions tente de répondre à la double exigence de l'histoire des religions qui, tout en investissant un contexte religieux spécifique, se donne les moyens de réfléchir le rêve en lien à la religion dans une perspective comparative.

Nature et historicité : essai sur la philosophie de Herbert Marcuse

Résumé de Thèse Proche de Horkheimer, d'Adorno ou encore de Benjamin, ce philosophe issu de l'École de Francfort ne manque pas moins d'attirer la curiosité. On a tôt fait de classer Herbert Marcuse (1898-1979) aux oubliettes alors que sa pensée était peu connue, nonobstant une médiatisation très importante qui a dépassé le cadre classique des universités. Ce philosophe allemand atypique dont le nom surgit notamment suite à la publication de L'Homme unidimensionnel fut abondamment lu mais peu systématisé. Repris à tort et à travers, instrumentalisé aux temps des révoltes étudiantes des années 60, il ne lègue pas moins une pensée qui doit apparaître sous une forme nouvelle et prospective. Cette recherche vise prioritairement à l'extraire de ce brouhaha qui l'enveloppa et menaça de le faire disparaître. Cet essai insiste sur un retour à l'exigence scientifique via l'exhumation des textes méconnus du grand public et une insertion indispensable dans l'histoire des penseurs philosophiques. Accéder à la connaissance de ce philosophe passe par un certain nombre de clefs parmi lesquelles le concept de nature. Pour y arriver, cependant, la quête des fondements d'une philosophie dont les sources sont plurielles et inconciliables s'impose comme étape primordiale et pleine de promesses. A la vérité, le peu de systématisation de la pensée marcusienne est en grande partie liée à cette « prolifération » de références auxquelles s'est adonné Marcuse, laissant une mince passerelle susceptible de dégager une architecture globale et cohérente de sa pensée. Certes, la présentation de Marcuse est restée jusque-là prisonnière de l'influence de Hegel, Marx et Freud. L'auteur de cette thèse tente de démontrer que la pensée marcusienne s'oriente à partir de Kant. Attaché à la tradition philosophique germanique de l'Aufklärung, l'oeuvre du philosophe francfortois combat toutes sortes d'irrationalités qui obstruent la voie menant vers un humanisme réel. La nature reste un concept polémique parce qu'il ne saurait se résumer à l'étant. Ni la nature intérieure, ni la nature extérieure ne se limitent à cet horizon dépourvu de subjectivité. Disciple de Heidegger, Marcuse définit la nature à partir du Dasein, un être-là qui est jeté dans l'histoire et qui porte en lui la qualité de l'historicité. Contre la société dite unidimensionnelle postindustrielle qui annonce l'acmé du capitalisme triomphant, les travaux de Marcuse visent un retour à la nature autant qu'ils font de celle-ci un futur. La nature n'est pas seulement ce qu'elle a été, elle est aussi ce qui est à être. En invalidant le consumérisme ambiant, il décrit la publicité marchande comme un acte de négation des vraies valeurs humaines. Ni la superfluité secrétée par le marché, ni les systèmes communiste (le marxisme soviétique et ses sbires) et capitaliste ne sont capables de provoquer l'idéal de l'humain. Le discours marcusien fécondé par la « Théorie Critique » invente le concept de « Grand Refus » adossé à la dialectique hégélienne, obligeant la conscience à veiller sur le réel pour le conduire vers l'émancipation plutôt que vers un « chemin qui ne mène nulle part ». Attachée à la concrétude et la transformation historique héritée de Marx, il réoriente le Dasein heideggérien en lui donnant plus de chair. Nature et historicité, cette réalité duelle se complique parce qu'elle incarne une difficile révolution qui nécessitera davantage d'imagination. Le « Grand Refus » aura besoin d'un allié plus subtile : l'esthétique qui laisse apparaître la Troisième critique kantienne. Au-delà de ce refuge dans l'art, on aura toujours besoin de Marcuse pour mieux comprendre nos sociétés en pleine mutation et pour habiter en conséquence notre monde perfectible.

New insights into the long-term evolutionary history of the avian MHC

SummaryGene duplication and neofunctidnalization are important processes in the evolution of phenotypic complexity. They account for important evolutionary novelties that confer ecological adaptation, such as the major histocompatibility complex (MHC), a multigene family with a central role in vertebrates' adaptive immune system. Multigene families, which evolved in large part through duplication, represent promising systems to study the still strongly depbated relative roles of neutral and adaptive processes in the evolution of phenotypic complexity. Detailed knowledge on ecological function and a well-characterized evolutionary history place the mammals' MHC amongst ideal study systems. However mammalian MHCs usually encompass several million base pairs and hold a large number of functional and non-functional duplicate genes, which makes their study complex. Avian MHCs on the other hand are usually way more compact, but the reconstruction of. their evolutionary history has proven notoriously difficult. However, no focused attempt has been undertaken so far to study the avian MHC evolutionary history in a broad phylogenetic context and using adequate gene regions.In the present PhD, we were able to make important contributions to the understanding of the long-term evolution of the avian MHC class II Β (MHCI1B). First, we isolated and characterized MHCIIB genes in barn owl (Tyto alba?, Strigiformes, Tytonidae), a species from an avian lineage in which MHC has not been studied so far. Our results revealed that with only two functional MHCIIB genes the MHC organization of barn owl may be similar to the 'minimal essential' MHC of chicken (Gallus gallus), indicating that simple MHC organization may be ancestral to birds. Taking advantage of the sequence information from barn owl, we studied the evolution of MHCIIB genes in 13 additional species of 'typical' owls (Strigiformes, Strigidae). Phylogenetic analyses revealed that according to their function, in owls the peptide-binding region (PBR) encoding exon 2 and the non-PBR encoding exon 3 evolve by different patterns. Exon 2 exhibited an evolutionary history of positive selection and recombination, while exon 3 traced duplication history and revealed two paralogs evolving divergently from each other in owls, and in a shorebird, the great snipe {Gallinago media). The results from exon 3 were the first ever from birds to demonstrate gene orthology in species that diverged tens of millions of years ago, and strongly questioned whether the taxa studied before provided an adequate picture of avian MHC evolution. In a follow-up study, we aimed at explaining a striking pattern revealed by phylogenetic trees analyzing the owl sequences along with MHCIIB sequences from other birds: One owl paralog (termed DAB1) grouped with sequences of passerines and falcons, while the other (DAB2) grouped with wildfowl, penguins and birds of prey. This could be explained by either a duplication event preceding the evolution of these bird orders, or by convergent evolution of similar sequences in a number of orders. With extensive phylogenetic analyses we were able to show, that indeed a duplication event preceeded the major avian radiation -100 my ago, and that following this duplication, the paralogs evolved under positive selection. Furthermore, we showed that the divergently evolving amino acid residues in the MHCIIB-encoded β-chain potentially interact with the MHCI I α-chain, and that molecular coevolution of the interacting residues may have been involved in the divergent evolution of the MHCIIB paralogs.The findings of this PhD are of particular interest to the understanding of the evolutionary history of the avian MHC and, by providing essential information on long-term gene history in the avian MHC, open promising perspectives for advances in the understanding of the evolution of multigene families in general, and for avian MHC organization in particular. Amongst others I discuss the importance of including protein structure in the phylogenetic study of multigene families, and the roles of ecological versus molecular selection pressures. I conclude by providing a population genomic perspective on avian MHC, which may serve as a basis for future research to investigate the relative roles of neutral processes involving effective population size effects and of adaptation in the evolution of avian MHC diversity and organization.RésuméLa duplication de gènes et leur néo-fonctionnalisation sont des processus importants dans l'évolution de la complexité phénotypique. Ils sont impliqués dans l'apparition d'importantes nouveautés évolutives favorisant l'adaptation écologique, comme c'est le cas pour le complexe majeur d'histocompatibilité spécifique n'a cependant été entreprise jusqu'à présent pour étudier l'histoire évolutive du CMH aviaire dans un large contexte phylogénétique et en utilisant des régions géniques adéquates.Ce travail de thèse a contribué à la compréhension de l'évolution à long-terme du CMH aviaire classe II Β (CMH II Β). Nous avons isolé et caractérisé les gènes CMH I IB de la chouette effraie (Tyto alba; Strigiformes, Tytonidae), une espèce appartenant à une lignée aviaire dont le CMH n'avait pas été étudié jusqu'ici. Avec uniquement deux gènes CMHIIB fonctionnels, l'organisation CMH de la chouette effraie semble être comparable à celle "minimale" du poulet (Gallus gallus), ce qui suggère qu'une organisation simple du CMH pourrait être ancestrale chez les oiseaux. En se basant sur l'information obtenue pour cette espèce, nous avons ensuite étudié l'évolution des gènes CMHIIB chez 13 espèces de chouettes "typiques" (Strigiformes, Strigidae). Les analyses phylogénétiques ont révélé que chez les chouettes, selon leur fonction, l'exon 2 codant pour la 'peptide-binding region' (PBR) et l'exon 3 ne codant pas pour la région PBR évoluent de manière distincte. L'exon 2 montre une histoire évolutive de sélection positive et recombinaison, tandis que l'exon 3 retrace l'histoire de duplication et révèle deux paralogues évoluant de façon divergente chez les chouettes, ainsi que chez un limicole, la bécassine double (Gallinago media). Les résultats découlant de l'analyse de l'exon 3 ont montré pour la première fois chez les oiseaux une orthologie de gènes chez des espèces ayant divergé il y a des dizaines de millions d'années. Dans une deuxième étude, nous avons voulu expliquer le pattern surprenant révélé par les arbres phylogénétiques lorsque les séquences CMHIIB des chouettes sont analysées avec les séquences d'autres oiseaux: un paralogue de chouette (appelé DABI) forme un groupe avec les séquences de passereaux et faucons, tandis que l'autre (DAB2) se regroupe avec les gallo-ansériformes, les manchots et les rapaces diurnes. Ceci pourrait être expliqué soit par une duplication qui a précédé l'évolution de ces ordres aviaires soit par évolution convergente dans un certain nombre d'ordres. Grâce à des analyses phylogénétiques approfondies, nous avons pu montrer qu'un événement de duplication a effectivement précédé la radiation aviaire principale d'il y a environ 100 millions d'années, et qu'après cette duplication les paralogues ont évolué sous sélection positive. De plus, les résidus d'acides aminés évoluant de façon divergente dans la chaîne β codée par le CMHIIB interagissent potentiellement avec la chaîne α codée par le CMHII, et que la coévolution moléculaire de ces résidus pourrait être à la base de l'évolution divergente des paralogues CMHIIB.Dans cette thèse sont discutés entre autres l'importance d'inclure la structure des protéines dans l'étude phylogénétique des familles multigéniques, ainsi que les rôles respectifs des pressions sélectives écologique et moléculaire. La conclusion comporte une perspective sur la génomique des populations du CMH aviaire, qui pourrait servir de base pour de futures recherches sur les rôles relatifs joués par Îes processus neutres comprenant les effets de la taille efficace des populations et l'adaptation dans l'évolution de la diversité et l'organisation du MHC aviaire.

Assessment of the capacity to consent to treatment in patients admitted to acute medical wards

RAPPORT DE SYNTHÈSE : Introduction: L'évaluation de la capacité de discernement est importante d'un point de vue légal et éthique dans l'activité médicale quotidienne. Dans cette étude, nous avons évalué attentivement la capacité de discernement chez les patients admis dans un service médical aigu en utilisant l'évaluation du personnel médical, le score spécifique de Silberfeld, le MMSE ainsi que l'évaluation du psychiatre. Méthode : Pendant 3 mois, 195 patients admis dans un service de médecine interne d'un hôpital universitaire ont été inclus et leur capacité de discernement a été évaluée durant les premières 72 heures d'admission. Résultats : Sur les 195 patients, 38 furent incapables de discernement manifestement (patients inconscients ou avec des déficits cognitifs sévères) et 14 furent considérés incapables de discernement par le psychiatre (prévalence de l'incapacité de discernement de 26.7%). La corrélation entre l'évaluation du psychiatre et le questionnaire de Silberfeld fut faible (sensibilité 35.7%, spécificité 91.6%). Les cliniciens expérimentés montrèrent une plus haute corrélation (sensibilité 57.1 %, spécificité 96.5%). L'avis partagé par l'assistant, par le chef de clinique et l'infirmière se révéla le meilleur indicateur de l'évaluation psychiatrique (sensibilité 78.6%, spécificité 94.3%). Conclusion : La prévalence de l'incapacité de discernement chez les patients admis dans un service de médecine interne est élevée. Alors que le questionnaire de Silberfeld et le MMSE ne sont pas indiqués pour évaluer la capacité de discernement dans cette étude, l'évaluation par une équipe médicale multidisciplinaire reflète le mieux l'évaluation du psychiatre.

Characterization of high osmolarity-induced vacuole fragmentation in "Saccharomyces c."

La majorité des organelles d'une cellule adaptent leur nombre et leur taille pendant les processus de division cellulaire, de trafic vésiculaire ou suite à des changements environnementaux par des processus de fusion et de fragmentation membranaires. Ceci est valable notamment pour le golgi, les mitochondries, les péroxisomes et les lysosomes. La vacuole est le compartiment terminal de la voie endocytaire dans la levure Saccharomyces cerevisiae\ elle correspond aux lysosomes des cellules mammifères. Suite à un choc hyperosmotique, la vacuole se fragmente en plusieurs petites vésicules. Durant ce projet, cette fragmentation a été étudiée en utilisant la technique de microscopie confocale in vivo. J'ai observé que la division de la vacuole se produit d'une façon asymétrique. La première minute après le choc osmotique, les vacuoles rétrécissent et forment des longues invaginations tubulaires. Cette phase est dépendante de la protéine Vps1, un membre de la famille des protéines apparentées à la dynamine, ainsi que d'un gradient transmembranaire de protons. Pendant les 10-15 minutes qui suivent, des vésicules se détachent dans les régions où l'on observe les invaginations pendant la phase initiale. Cette deuxième phase qui mène à la fission des nouveaux compartiments vacuolaires dépend de la production du lipide PI(3,5)P2 par la protéine Fab1. J'ai établi la suite des événements du processus de fragmentation des vacuoles et propose la possibilité d'un rôle régulateur de la protéine kinase cycline-dépendante Pho85.¦En outre, j'ai tenté d'éclaircir plus spécifiquement le rôle de Vps1 pendant la fusion et fission des vacuoles. J'ai trouvé que tous les deux processus sont dépendants de l'activité GTPase de cette protéine. De plus l'association avec la membrane vacuolaire paraît régulée par le cycle d'hydrolyse du GTP. Vps1 peut lier la membrane sans la présence d'un autre facteur protéinique, ce qui permet de conclure à une interaction directe avec des lipides de la membrane. Cette interaction est au moins partiellement effectuée par le domaine GTPase, ce qui est une nouveauté pour un membre de cette famille de protéines. Une deuxième partie de Vps1, nommée insert B, est impliquée dans la liaison à la vacuole, soit par interaction directe avec la membrane, soit par régulation du domaine GTPase. En assumant que Vps1 détienne deux régions capables de liaison aux membranes, je conclus qu'elle pourrait fonctionner comme facteur de « tethering » lors de la fusion des vacuoles.¦-¦La cellule contient plusieurs sous-unités, appelées organelles, possédant chacune une fonction spécifique. Dépendant des processus qui s'y déroulent à l'intérieur, un environnement chimique spécifique est requis. Pour maintenir ces différentes conditions, les organelles sont séparées par des membranes. Lors de la division cellulaire ou en adaptation à des changements de milieu, les organelles doivent être capables de modifier leur morphologie. Cette adaptation a souvent lieu par fusion ou division des organelles. Le même principe est valable pour la vacuole dans la levure. La vacuole est une organelle qui sert principalement au stockage des aliments et à la dégradation des différents composants cellulaires. Alors que la fusion des vacuoles est un processus déjà bien décrit, la fragmentation des vacuoles a jusqu'ici été peu étudiée. Elle peut être induit par un choc osmotique: à cause de la concentration de sel élevé dans le milieu, le cytosol de la levure perd de l'eau. Par un flux d'eau de la vacuole au cytosol, la cellule est capable d'équilibrer celui-ci. Quand la vacuole perd du volume, elle doit réadapter le rapport entre surface membranaire et volume, ce qui se fait efficacement par une fragmentation d'une grande vacuole en plusieurs petites vésicules. Comment ce processus se déroule d'un point de vue morphologique n'a pas été décrit jusqu'à présent. En analysant la fragmentation vacuolaire par microscopie, j'ai trouvé que celle-ci se déroule en deux phases. Pendant la première minute suivant le choc osmotique, les vacuoles rétrécissent et forment des longues invaginations tubulaires. Cette phase dépend de la protéine Vps1, un membre de la famille des protéines apparentées à la dynamine, ainsi que du gradient transmembranaire de protons. Ce gradient s'établit par une pompe membranaire, la V-ATPase, qui transporte des protons dans la vacuole en utilisant l'énergie libérée par hydrolyse d'ATP. Après cette phase initiale, la formation de nouvelles vésicules vacuolaires dépend de la synthèse du lipide PI(3,5)P2.¦Dans la deuxième partie de l'étude, j'ai tenté de décrire comment Vps1 lie la membrane pour effectuer un remodelage de la vacuole. Vps1 est nécessaire pour la fusion et la fragmentation des vacuoles. J'ai découvert que tous les deux processus dépendent de sa capacité d'hydrolyser du GTP. Ainsi l'association avec la membrane est couplée au cycle d'hydrolyse du GTP. Vps1 peut lier la membrane sans la présence d'une autre protéine, et interagit donc très probablement avec les lipides de la membrane. Deux parties différentes de la protéine sont impliquées dans la liaison, dont une, inattendue, le domaine GTPase.¦-¦Numerous organelles undergo membrane fission and fusion events during cell division, vesicular traffic, or in response to changes in environmental conditions. Examples include Golgi (Acharya et al., 1998) mitochondria (Bleazard et al., 1999) peroxisomes (Kuravi et al., 2006) and lysosomes (Ward et al., 1997). In the yeast Saccharomyces cerevisiae the vacuole is the terminal component of the endocytic pathway and corresponds to lysosomes in mammalian cells. Yeast vacuoles fragment into multiple small vesicles in response to a hypertonic shock. This rapid and homogeneous reaction can serve as a model to study the requirements of the fragmentation process. Here, I investigated osmotically induced fragmentation by time-lapse microscopy. I observe that the small fragmentation products originate directly from the large central vacuole by asymmetric scission rather than by consecutive equal divisions and that fragmentation occurs in two distinct phases. During the first minute, vacuoles shrink and generate deep invaginations, leaving behind tubular structures. This phase requires the dynamin-like GTPase Vps1 and the vacuolar proton gradient. In the subsequent 10-15 minutes, vesicles pinch off from the tubular structures in a polarized fashion, directly generating fragmentation products of the final size. This phase depends on the production of phosphatidylinositol- 3,5-bisphosphate by the Fab1 complex. I suggest a possible regulation of vacuole fragmentation by the CDK Pho85. Based on my microscopy study I established a sequential involvement of the different fission factors.¦In addition to the morphological description of vacuole fragmentation I more specifically aimed to shed some light on the role of Vps1 in vacuole fragmentation and fusion. I find that both functions are dependent on the GTPase activity of the protein and that also the membrane association of the dynamin-like protein is coupled to the GTPase cycle. I found that Vps1 has the capacity for direct lipid binding on the vacuole and that this lipid binding is at least partially mediated through residues in the GTPase domain, a complete novelty for a dynamin family member. A second stretch located in the region of insert Β has also membrane-binding activity or regulates the association with the vacuole through the GTPase domain. Under the assumption of two membrane-binding regions I speculate on Vps1 as a possible tethering factor for vacuole fusion.