Extracció del mapa de profunditat a partir d'una seqüència d'imatges

Aquest projecte resol les fases inicials d'un altre projecte més gran que té com a objectiu la conversió automàtica de seqüències d'imatges a 3D. El projecte s'ha centrat en la reconstrucció calibrada de col·leccions d'imatges mitjançant la tècnica anomenada structure from motion. Aquesta tècnica forma part de l'àmbit de la visió per computador i s'utilitza per obtenir la posició i l'orientació de les diferents càmeres juntament amb una reconstrucció 3D de l'escena en forma de núvol de punts.

Valor de la seqüència de difusió de la ressonància magnètica en la predicció histològica del càncer de mama

Paper del Coeficient de Difusió Aparent (ADC), obtingut mitjançant la seqüència de difusió, com a predictor histològic del carcinoma de mama. Es realitza una RM a 42 pacients amb càncer de mama prèviament al tractament quimioteràpic. S’observen diferències estadísticament no significatives entre les mitges d’ADC pels diferents estirps tumorals. S’intueix una tendència dels valors d’ADC del CLI a ser majors respecte la resta d’histologies, podent determinar un llindar d’ADC que discrimini el CLI de la resta d’estirps. L’ADC podria tenir un paper clau per millorar l’eficàcia del circuit oncològic en el càncer de mama, tant en la detecció i com en el tractament.

Paràmetres relacionats amb la seqüència iterada de digrafs excèntrics

La memòria que es presenta s'emmarca dins de l'àrea de la teoria de grafs. En concret el projecte es basa en la implementació i estudi de la seqüència iterada de l'operador digraf excèntric, així com els diferents paràmetres relacionats amb aquesta seqüència: Donat un digraf G, el seu digraf excèntric ED(G) és aquell que te'ls mateixos vèrtexs que G i on hi ha un arc d'un vèrtex u a un vèrtex v si, i només si, v és un vèrtex excèntric de u (és a dir, v és el vèrtex més allunyat de u a G). La seqüència de digrafs G;ED(G);ED2(G); ··· ;EDk(G); ··· on EDk(G) = ED(EDk-1(G)) resulta ser finita i es defineixen la cua t i el període p de la seqüència com els enters positius més petits pels quals EDt(G) = EDt+p(G). Anàlogament es defineixen la isocua t' i el isoperíode p' com els enters positius més petits tals que EDt'(G) ' EDt'+p'(G), on ' denota l'isomorfisme de digrafs. Hi ha diversos problemes oberts envers aquesta temàtica. Es marca com objectius: implementar en Python les eines necessàries per obtenir la seqüència iterada de digrafs excèntrics, calcular la seqüència iterada de tots els digrafs d'ordres petits i calcular els paràmetres associats a aquesta seqüència i donar resultats per a l'estudi d'algunes qüestions obertes.

Dies Irae, la seqüència perdurable : anàlisi i comparació de diferents lectures de la seqüència gregoriana en la història de la música

La seqüència gregoriana Dies Irae s'ha convertit en un material musical àmpliament utilitzat per compositors per dotar d'un significat concret a la seves obres. Però a mesura que han passat el segles es pot determinar que l'objectiu que han tingut els compositors en voler incloure una referència a aquesta seqüència ha variat notablement. En aquest treball tracto de demostrar quins canvis hi ha hagut segons l'època i el compositor, ja sigui des del punt de vista conceptual com des del punt de vista tècnic tot analitzant obres de moments i estils diferents, parant atenció a sis obres concretes que o tenen importància a causa de la seva influència o la seva singularitat. Alhora, exposo com tot això m'ha influït per compondre obres que estiguin relacionades amb el Dies Irae i amb la música al voltant de la mort.

Deverbal nominals in Bulgarian: a syntactic analysis

El present treball tracta el tema de les nominalitzacions búlgares en el marc teòric de Principis i Paràmetres. Es proposa que la formació dels nominals resulta de la fusió d’un nucli nominalitzador [nº] amb una arrel o radical on [nº] és un morfema de gènere o un sufix derivacional amb gènere inherent. El diferent comportament de les nominalitzacions s’explica per una diferència a l’estructura sintàctica. També demostro que sense estructura eventiva no hi ha estructura argumental i que podem distingir entre nominals d’estructura argumental, d’estructura de participants i nominals de resultat. Finalment, proposo que la seqüència correcta tan dels prefixos com dels sufixos s’obté, exclusivament, mitjançant moviments de projeccions màximes.

Renovación y mejora varietal de frutales de hueso

El melocotonero (Prunus persica (L.) Batsch) es un cultivo de importancia creciente en España, particularmente para producción temprana en las regiones meridionales de la Península. Además tiene una elevado ritmo de sustitución de variedades. Solamente entre los años 1990-96 se comercializaron en el mundo alrededor de 500 nuevos cultivares (Fideghelli et al. 1998). El valor de las nuevas obtenciones es muy elevado, por lo que existe también un gran interés en su protección por parte de los mejoradores, y en el control de su identidad por viveristas o agricultores. La identificación varietal con datos sobre la morfología y fisiología de los frutales se realiza en ensayos de campo que requieren largo tiempo, generalmente años, de observación. Estos procesos son demasiado lentos para aplicaciones como el control de identidad en vivero o para la protección de los derechos de obtentor. Los marcadores moleculares, basados en la variabilidad del ADN, pueden detectarse en cualquier momento del desarrollo de la planta, y en diferentes tejidos, permitiendo establecer en pocos días un perfil único para cada variedad. El melocotonero es una de las especies menos variables del género Prunus (Byrne, 1990). Ello se debe a su sistema de autocompatibilidad que permite la autofecundación, lo que probablemente ha causado una importante erosión de su variabilidad genética especialmente desde el uso de las técnicas modernas de mejora genética. La baja variabilidad de este cultivo significa que los 2 marcadores que deben ser utilizados para su identificación han de buscarse entre los de mayor polimorfismo, ya que el uso de marcadores de buena calidad pero poco polimórficos no permite el objetivo de la caracterización individual de cada genotipo (Messeguer et al., 1986).

Dance movement patterns recognition

"Es tracta d'un projecte dividit en dues parts independents però complementàries, realitzades per autors diferents. Aquest document conté originàriament altre material i/o programari només consultable a la Biblioteca de Ciència i Tecnologia"

Estudis funcionals i de plegament dels dominis d'activació de les procarboxipeptidases

Els dominis d’activació (ADs) de les procarboxipeptidases de la subfamília A/B sempre han sorprès ja que representen una quarta part del proenzim. S’han realitzat alguns estudis per intentar descobrir-ne alguna possible funció alternativa, però no han estat fructífers. El descobriment de l’elevada velocitat de plegament del domini d’activació de la procarboxipeptidasa A2 humana, (ADA2h), emperò, va portar a proposar la possibilitat de que realitzessin una funció d’assistència al plegament del domini enzimàtic. Posteriorment, l’anàlisi del plegament d’ADA2h a pH baix va revelar la capacitat d’aquest domini per formar fibres amiloides, a més de demostrar que un increment de l’estabilitat proteica podia prevenir la formació d’aquests agregats. La profunda caracterització del plegament d’ADA2h va fer que aquesta proteïna fos un bon model amiloidogènic, de manera que es van proposar un seguit d’experiments que s’han desenvolupat en el present treball per tal de conèixer millor aquest procés. S’han dut a terme estudis cinètics d’agregació per tal de valorar la contribució dels diferents aminoàcids de la seqüència polipeptídica, utilitzant 29 variants puntuals d’ADA2h. Es va eliminar la contribució de l’estabilitat mitjançant la utilització d’urea, i per dicroïsme circular conjuntament amb un aparell de flux detingut, es van obtenir dues velocitats diferents, v1 i v2, que corresponen a la formació d’un intermediari i a la seva reorganització, respectivament. Experiments complementaris utilitzant espectroscòpia d’infraroig (IR) revelaren la reorganització de l’estat natiu (en aquest cas) per a donar la forma agregada. Les cinètiques d’IR van mostrar que ADA2h forma l’estructura _ típica de les fibres amiloides, previ desplegament les seves hèlixs-_. Finalment, s’han realitzat estudis de biocomputació per tal d’esbrinar possibles funcions alternatives dels ADs. Les superposicions estructurals semblen mostrar similaritat dels ADs amb dominis de reconeixement d’RNA (RRM). Aquesta hipòtesi s’ha comprovat experimentalment amb ADA4h, mostrant una dèbil, però existent, unió a RNA.

Evolució del poblament i organització del territori a la Catalunya interior durant l'Antiguitat Tardana i l'Alta Edat Mitjana: els casos de la Catalunya Central (Bages, Berguedà i Solsonès) i la Garrotxa (segles V-X)

Projecte de recerca elaborat a partir d’una estada a la Université de Toulouse 2 – Le Mirail entre gener i juny del 2007. En concret, l’estada efectuada ha suposat la integració de qui signa aquesta memòria dins l’equip al-Andalus/Hispaniae, dirigit pel professor Philippe Sénac, una de les diverses branques que conformen el grup FRAMESPA d’aquella universitat, unitat de recerca adscrita al CNRS (UMR 5136). El títol proposat per al contingut de la recerca en la sol•licitud presentada, Evolució del poblament i organització del territori a la Catalunya interior a l’Alta Edat Mitjana, encapçalava un pla de treball que tenia per objectiu la recopilació i l’anàlisi de dades arqueològiques i textuals que oferissin un escenari a partir del qual establir una seqüència evolutiva en relació a les diferents tendències pel que fa al poblament tardoantic i altmedieval en dues zones diferenciades com són les conques mitjanes dels rius Llobregat i Cardener, a la Catalunya Central, i la capçalera del riu Fluvià, a la Garrotxa. Així, s’han pogut detectar, a partir de la contrastació de les diferents dades, fenòmens diversos que reflecteixen la incidència dels successius canvis històrics a nivell territorial i de poblament.

Aplicació de la termoquimiolisi - cromatografia de gasos - espectrometria de masses a l'estudi de la matèria orgànica del sòl

Estudi realitzat a partir d’una estada a la Université de Poitiers, França, entre 2007 i 2009. El treball s'ha centrat en dues activitats bàsiques. El treball realitzat s’ha centrat en dues activitats bàsiques. D’una banda, la posada a punt d'un protocol de fraccionament de la matèria orgànica del sòl, per extraccions successives amb solvents alcalins després d'una seqüència de pretractaments al sòl: cap pretractament, atac amb àcid (per destruir els carbonats), atac amb ditionit (per reduir els òxids de Fe i Al i facilitar l'extracció de la matèria orgànica associada a aquests compostos). El protocol dóna una visió de conjunt de la situació de la matèria orgànica del sòl, combinant aspectes físics (protecció, precipitació, oclusió per carbonats) i químics (grau d'humificació). D’altra banda, l'aprenentatge de la tècnica de termoquimiolisi-cromatografia de gasos-espectrometria de masses. Aquest era l'objectiu de l'estada a Poitiers, al qual hem donat prioritat. Ens hem centrat en l'estudi de fraccions físiques (densimètriques) obtingudes en estudis anteriors sobre sòls forestals. Les fraccions considerades són: fracció lleugera (FL), tres fraccions ocluïdes (OC1, OC2 i OC3) i fracció densa (FD). L’aplicació de la termoquimiolisi permet de caracteritzar diversos grups de substàncies, de les quals ens hem centrat en alguns indicadors bioquímics: àcids grasos, alcohols, diàcids, productes fenòlics i altres productes aromàtics, derivats de carbohidrats. L’estudi de conjunt d’aquests productes indica que és a les fraccions ocluïdes (que solen ser minoritàries a tots els horitzons) on la matèria orgànica d’origen microbià és dominant, mentre que a les fraccions lleugera (FL) i densa (FD) la matèria orgànica d’origen vegetal sembla dominant. Es preveu aplicar aquesta tècnica a l’estudi de les fraccions obtingudes a la primera part del treball, actualment congelades i a l’espera de ser processades.

Análisis y sintonización de aplicaciones paralelas/distribuidas de bioinformática: caso de estudio mpiBLAST

En termes de temps d'execució i ús de dades, les aplicacions paral·leles/distribuïdes poden tenir execucions variables, fins i tot quan s'empra el mateix conjunt de dades d'entrada. Existeixen certs aspectes de rendiment relacionats amb l'entorn que poden afectar dinàmicament el comportament de l'aplicació, tals com: la capacitat de la memòria, latència de la xarxa, el nombre de nodes, l'heterogeneïtat dels nodes, entre d'altres. És important considerar que l'aplicació pot executar-se en diferents configuracions de maquinari i el desenvolupador d'aplicacions no port garantir que els ajustaments de rendiment per a un sistema en particular continuïn essent vàlids per a d'altres configuracions. L'anàlisi dinàmica de les aplicacions ha demostrat ser el millor enfocament per a l'anàlisi del rendiment per dues raons principals. En primer lloc, ofereix una solució molt còmoda des del punt de vista dels desenvolupadors mentre que aquests dissenyen i evaluen les seves aplicacions paral·leles. En segon lloc, perquè s'adapta millor a l'aplicació durant l'execució. Aquest enfocament no requereix la intervenció de desenvolupadors o fins i tot l'accés al codi font de l'aplicació. S'analitza l'aplicació en temps real d'execució i es considra i analitza la recerca dels possibles colls d'ampolla i optimitzacions. Per a optimitzar l'execució de l'aplicació bioinformàtica mpiBLAST, vam analitzar el seu comportament per a identificar els paràmetres que intervenen en el rendiment d'ella, com ara: l'ús de la memòria, l'ús de la xarxa, patrons d'E/S, el sistema de fitxers emprat, l'arquitectura del processador, la grandària de la base de dades biològica, la grandària de la seqüència de consulta, la distribució de les seqüències dintre d'elles, el nombre de fragments de la base de dades i/o la granularitat dels treballs assignats a cada procés. El nostre objectiu és determinar quins d'aquests paràmetres tenen major impacte en el rendiment de les aplicacions i com ajustar-los dinàmicament per a millorar el rendiment de l'aplicació. Analitzant el rendiment de l'aplicació mpiBLAST hem trobat un conjunt de dades que identifiquen cert nivell de serial·lització dintre l'execució. Reconeixent l'impacte de la caracterització de les seqüències dintre de les diferents bases de dades i una relació entre la capacitat dels workers i la granularitat de la càrrega de treball actual, aquestes podrien ser sintonitzades dinàmicament. Altres millores també inclouen optimitzacions relacionades amb el sistema de fitxers paral·lel i la possibilitat d'execució en múltiples multinucli. La grandària de gra de treball està influenciat per factors com el tipus de base de dades, la grandària de la base de dades, i la relació entre grandària de la càrrega de treball i la capacitat dels treballadors.

Els refranys: estudi i equivalències

Treball de recerca realitzat per una alumna d'ensenyament secundari i guardonat amb un Premi CIRIT per fomentar l'esperit científic del Jovent l'any 2009. El treball es divideix en tres grans blocs temàtics, seguint una seqüència lògica: teoria dels refranys, recull de refranys catalans i els seus equivalents (inclou la creació d un diccionari) i l’aplicació pràctica del treball en un lloc web. Dins del bloc teòric es tracten amb profunditat àmbits de la fraseologia i la paremiologia (ciència dels refranys i les unitats fraseològiques) com ara la formació dels refranys, la seva estructura, el seu significat i el seu ús. També s’hi inclou un criteri de comparació de refranys de llengües diferents, tenint en compte aspectes com el seu grau d idiomaticitat (possibilitat d’establir el significat d’una unitat pel seu sentit figurat i a la vegada pel seu sentit literal). Cal destacar que l’estudi teòric dels refranys és gairebé inexistent en llengua catalana, i que en conseqüència l’elaboració d’aquesta part del projecte ha requerit un esforç suplementari. En el segon bloc, partint d’un recull de refranys pertanyent al besavi de l’alumna, on hi constaven refranys catalans amb els seus equivalents en francès i castellà, s’elabora un diccionari de refranys, explicant el significat d’aquests i afegint-hi l’equivalent en anglès, i en alguns casos, fins i tot es comenta l’antecedent llatí del refrany. Per tal de trobar una dimensió pràctica al nou recull, es procedeix a la creació d’un lloc web, amb la intenció de difondre el contingut del diccionari. Aquest seria el tercer bloc que conforma el treball.

Underwater Gigamosaicing

El procés de fusió de dues o més imatges de la mateixa escena en una d'única i més gran és conegut com a Image Mosaicing. Un cop finalitzat el procés de construcció d'un mosaic, els límits entre les imatges són habitualment visibles, degut a imprecisions en els registres fotomètric i geomètric. L'Image Blending és l'etapa del procediment de mosaicing a la que aquests artefactes són minimitzats o suprimits. Existeixen diverses metodologies a la literatura que tracten aquests problemes, però la majoria es troben orientades a la creació de panorames terrestres, imatges artístiques d'alta resolució o altres aplicacions a les quals el posicionament de la càmera o l'adquisició de les imatges no són etapes rellevants. El treball amb imatges subaquàtiques presenta desafiaments importants, degut a la presència d'scattering (reflexions de partícules en suspensió) i atenuació de la llum i a condicions físiques extremes a milers de metres de profunditat, amb control limitat dels sistemes d'adquisició i la utilització de tecnologia d'alt cost. Imatges amb il·luminació artificial similar, sense llum global com la oferta pel sol, han de ser unides sense mostrar una unió perceptible. Les imatges adquirides a gran profunditat presenten una qualitat altament depenent de la profunditat, i la seva degradació amb aquest factor és molt rellevant. El principal objectiu del treball és presentar dels principals problemes de la imatge subaquàtica, seleccionar les estratègies més adequades i tractar tota la seqüència adquisició-procesament-visualització del procés. Els resultats obtinguts demostren que la solució desenvolupada, basada en una Estratègia de Selecció de Límit Òptim, Fusió en el Domini del Gradient a les regions comunes i Emfatització Adaptativa d'Imatges amb baix nivell de detall permet obtenir uns resultats amb una alta qualitat. També s'ha proposat una estratègia, amb possibilitat d'implementació paral·lela, que permet processar mosaics de kilòmetres d'extensió amb resolució de centímetres per píxel.

Analyzing complexity in foreign language monologic oral production in a CLIL context

The study tested three analytic tools applied in SLA research (T-unit, AS-unit and Idea-unit) against FL learner monologic oral data. The objective was to analyse their effectiveness for the assessment of complexity of learners' academic production in English. The data were learners' individual productions gathered during the implementation of a CLIL teaching sequence on Natural Sciences in a Catalan state secondary school. The analysis showed that only AS-unit was easily applicable and highly effective in segmenting the data and taking complexity measures

Bioinformática: identificar genes en una interfaz gráfica vía web para la comparación de genomas

Este trabajo desarrolla el proceso de diseño e implementación de una interfaz web que permite la exploración en detalle de las relaciones entre genomas completos. La interfaz permite la comparación simultánea de nueve genomas, representando en cada gráfica las relaciones entre cada par de genomas junto los genes identificados de cada uno de ellos. Es capaz de trabajar con genomas del dominio Eukaryota y se adapta a la capacidad de cómputo de la máquina cliente. La información representada son MUMs (Maximal Unique Matching, secuencia máxima y única encontrada en ambos genomas) y SuperMUMs (agrupación de MUMs mediante Approximate String Matching). Los datos son previamente calculados y accesibles desde un servidor web.