New methods for the concentration of viruses from urban sewage using quantitative PCR.

Viruses are among the most important pathogens present in water contaminated with feces or urine and represent a serious risk to human health. Four procedures for concentrating viruses from sewage have been compared in this work, three of which were developed in the present study. Viruses were quantified using PCR techniques. According to statistical analysis and the sensitivity to detect human adenoviruses (HAdV), JC polyomaviruses (JCPyV) and noroviruses genogroup II (NoV GGII): (i) a new procedure (elution and skimmed-milk flocculation procedure (ESMP)) based on the elution of the viruses with glycine-alkaline buffer followed by organic flocculation with skimmed-milk was found to be the most efficient method when compared to (ii) ultrafiltration and glycine-alkaline elution, (iii) a lyophilization-based method and (iv) ultracentrifugation and glycine-alkaline elution. Through the analysis of replicate sewage samples, ESMP showed reproducible results with a coefficient of variation (CV) of 16% for HAdV, 12% for JCPyV and 17% for NoV GGII. Using spiked samples, the viral recoveries were estimated at 30-95% for HAdV, 55-90% for JCPyV and 45-50% for NoV GGII. ESMP was validated in a field study using twelve 24-h composite sewage samples collected in an urban sewage treatment plant in the North of Spain that reported 100% positive samples with mean values of HAdV, JCPyV and NoV GGII similar to those observed in other studies. Although all of the methods compared in this work yield consistently high values of virus detection and recovery in urban sewage, some require expensive laboratory equipment. ESMP is an effective low-cost procedure which allows a large number of samples to be processed simultaneously and is easily standardizable for its performance in a routine laboratory working in water monitoring. Moreover, in the present study, a CV was applied and proposed as a parameter to evaluate and compare the methods for detecting viruses in sewage samples.

New methods for the concentration of viruses from urban sewage using quantitative PCR.

Viruses are among the most important pathogens present in water contaminated with feces or urine and represent a serious risk to human health. Four procedures for concentrating viruses from sewage have been compared in this work, three of which were developed in the present study. Viruses were quantified using PCR techniques. According to statistical analysis and the sensitivity to detect human adenoviruses (HAdV), JC polyomaviruses (JCPyV) and noroviruses genogroup II (NoV GGII): (i) a new procedure (elution and skimmed-milk flocculation procedure (ESMP)) based on the elution of the viruses with glycine-alkaline buffer followed by organic flocculation with skimmed-milk was found to be the most efficient method when compared to (ii) ultrafiltration and glycine-alkaline elution, (iii) a lyophilization-based method and (iv) ultracentrifugation and glycine-alkaline elution. Through the analysis of replicate sewage samples, ESMP showed reproducible results with a coefficient of variation (CV) of 16% for HAdV, 12% for JCPyV and 17% for NoV GGII. Using spiked samples, the viral recoveries were estimated at 30-95% for HAdV, 55-90% for JCPyV and 45-50% for NoV GGII. ESMP was validated in a field study using twelve 24-h composite sewage samples collected in an urban sewage treatment plant in the North of Spain that reported 100% positive samples with mean values of HAdV, JCPyV and NoV GGII similar to those observed in other studies. Although all of the methods compared in this work yield consistently high values of virus detection and recovery in urban sewage, some require expensive laboratory equipment. ESMP is an effective low-cost procedure which allows a large number of samples to be processed simultaneously and is easily standardizable for its performance in a routine laboratory working in water monitoring. Moreover, in the present study, a CV was applied and proposed as a parameter to evaluate and compare the methods for detecting viruses in sewage samples.

Els agrocombustibles a Catalunya : proposta d'avaluació d'escenaris de futur

En els darrers temps el debat dels agrocombustibles s’ha caracteritzat per l’aparició d’incerteses científiques i la discussió dels impactes ambientals i socioeconòmics, sovint difícils de mesurar i quantificar, que es podrien derivar de la implementació de la política pública d’impuls d’aquesta nova font energètica. Els sistemes tradicionals d’avaluació experta i les eines de decisió polítiques es veuen limitats per trobar solucions als problemes ambientals complexes com és el dels agrocombustibles, ja que es basen en el coneixement disciplinari i la previsió, sense considerar de forma explícita les incerteses. En l’estudi del debat i del procés d’elaboració de la política pública s’ha percebut una manca d’espais de comunicació i presa de decisions estructurats i integradors. Davant d’aquest context, en aquest treball s’ha dissenyat un procés participatiu d’avaluació de la implementació de la política pública. La proposta elaborada consta d’uns escenaris de futur sobre l’aplicació dels agrocombustibles a Catalunya, que han de ser valorats de forma participativa en grups de discussió. La identificació de les variables determinants i els nous escenaris de futur que resulten del procés, esdevindrien la informació per a reiniciar un nou procés d’avaluació. L’aplicació de nous procediments i noves eines d’anàlisi pot ser útil per reestructurar el problema i fonamentar les decisions polítiques, per tal d’augmentar-ne l’eficàcia,la legitimitat, i assegurar-ne criteris social i ambientalment justos.

Detecció, identificació de Mycobacterium tuberculosis i caracterització molecular de la resistència als principals antituberculosos en mostra clínica directa mitjançant piroseqüenciació: aplicabilitat en l’estudi de la clonalitat de les soques.

L’augment de soques de Mycobacerium tuberculosis multiresistents i l’aparició de soques extremadament resistents, ha posat de manifest la necessitat de disposar de nous mètodes de detecció precoç de M.tuberculosis i les seves resistències als principals fàrmacs antituberculosos, així com l’estudi eficaç dels brots, per a poder dur a terme un control eficient de la malaltia. L’objectiu de l’estudi va ser determinar la capacitat de la piroseqüenciació per a detectar i identificar micobacteris a partir d’aïllats clínics i mostra directa, determinar el seu patró de resistència a Rifampicina, Isoniacida, Etambutol, Fluoroquinolones, Canamicina i Capreomicina i explorar la seva potencialitat per a ser emprada en el tipatge molecular de les soques. Mitjançant la optimització de la tecnologia de la piroseqüenciació pels gens analitzats, i el disseny de primers específics, hem verificat la utilitat de la piroseqüenciació per al maneig de la tuberculosi. S’ha pogut estudiar la presència de mutacions relacionades amb resistències a fàrmacs de primera línia en el 96.5% de les posicions analitzades en soca clínica i en el 70.4% en mostra directa. Van concordar amb el resultats obtinguts per altres mètodes fenotípics i/o fenotípics el 97.1% i el 98.2% del resultats obtinguts en soca clínica i mostra directa respectivament. La piroseqüenciació ens ha permet analitzar la presència de mutacions relacionades amb resistències a antituberculosos de segona línia, servint com a mètode de confirmació en l’anàlisi d’altres mètodes genotípics. La tècnica ens ha permès també identificar els principals micobacteris no tuberculosos implicats en la infecció humana, sòls o en coinfecció. Resultats preliminars mostren que l’anàlisi amb piroseqüenciació pot ser d’utilitat per l’estudi clonal de les soques de M.tuberculosis. Les nostres observacions mostren la piroseqüenciació com una eina valuosa en l’àmbit clínic, ja que permet una reducció de la demora del diagnòstic, estudi filogenètic i detecció de resistències M.tuberculosis, i per tant una millora de l’aplicació del tractament adequat, ajudant al control de la malaltia.

Behaviours implemented using a vision system based on coded light projection

In a search for new sensor systems and new methods for underwater vehicle positioning based on visual observation, this paper presents a computer vision system based on coded light projection. 3D information is taken from an underwater scene. This information is used to test obstacle avoidance behaviour. In addition, the main ideas for achieving stabilisation of the vehicle in front of an object are presented

Trajectòries d'èxit de joves immigrants a l'ensenyament superior i al món professional

L’educació dels immigrants és un tema prioritari a les agendes polítiques de molts països de la OCDE. En molts casos, els governs s’han preocupat especialment de la seva integració al món del treball però creix l’interès en els seus resultats al sistema educatiu i en la revisió de les polítiques adreçades a respondre a les seves necessitats educatives i formatives. La majoria d’aquests estudis es situen a l’esfera de l’educació infantil, primària, secundaria i formació professional, per això resulta pràcticament impossible trobar estudis que analitzin el baix percentatge d’accés d’estudiants immigrants extracomunitaris a la universitat (al voltant de 3,3% en el cas de Catalunya); que contribueixin a entendre els factors que configuren les trajectòries d’èxit escolar i d’integració laboral dels estudiants immigrants que accedeixen i completen els estudis universitaris; que puguin donar pautes per desenvolupar polítiques educatives que millorin els resultats d’aprenentatge dels estudiants immigrants; i que puguin servir com a mirall i incentiu per a altres persones immigrants i, perquè no, també del país. Aquest projecte ha estudiat el conjunt d’elements que condicionen l’accés dels joves immigrants als estudis universitaris, i a l’estatus laboral que els hauria de possibilitar la seva formació universitària. L’estudi ha consistit en una metaanàlisi dels documents existents sobre el tema i en la realització de 8 narratives biogràfiques; quatre de persones cursant diferents estudis a les universitats catalanes i quatre que ja s’han incorporat al món del professional. Aquestes narratives venen acompanyades de 8 vídeos que exploren noves maneres de visibilització d’aquesta població i es transformen en una pràctica d’autoria. Aquest material visual pot servir com a recurs educatiu, en la mida que pugui ser un mirall i un incentiu per a altres persones immigrants i del país. Finalment, presenta un seguit de recomanacions per als responsables de les polítiques i dels centres educatius.

Mecánica clásica en el espacio de Hilbert

We continue our study of classical mechanics using the methods of quantum mechanics. A Hilbert space is introduced, new conservation laws deduced, and the possibility of representing by new methods the many body classical problem discussed.

Memòria del projecte: Trajectòries d'èxit de joves immigrants a l'ensenyament superior i al món professional

[cat] L'educació dels immigrants és un tema prioritari a les agendes polítiques de molts països de la OCDE. En molts casos, els governs s'han preocupat especialment de la seva integració al món del treball però creix l'interès en els seus resultats al sistema educatiu i en la revisió de les polítiques adreçades a respondre a les seves necessitats educatives i formatives. La majoria d'aquests estudis es situen a l'esfera de l'educació infantil, primària, secundaria i formació professional, per això resulta pràcticament impossible trobar informes que analitzin el baix percentatge d'accés d'estudiants immigrants extracomunitaris a la universitat (al voltant de 3,3% en el cas de Catalunya); que contribueixin a entendre els factors que configuren les trajectòries d'èxit escolar i d'integració laboral dels estudiants immigrants que accedeixen i completen els estudis universitaris; que puguin donar pautes per desenvolupar polítiques educatives que millorin els resultats d'aprenentatge dels estudiants immigrants; i que puguin servir com a mirall i incentiu per a altres persones immigrants i, perquè no, també del país. Aquest projecte ha estudiat el conjunt d'elements que condicionen l'accés dels joves immigrants als estudis universitaris, i a l'estatus laboral que els hi hauria de possibilitar la seva formació universitària.L'estudi ha consistit en una metaanàlisi dels documents existents sobre el tema i en la realització de 8 narratives biogràfiques; quatre de persones cursant diferents estudis a les universitats catalanes i quatre que ja s'han incorporat al món del professional. Aquestes narratives venen acompanyades de 8 vídeos que exploren noves maneres de visibilització d'aquesta població i es transformen en una pràctica d'autoria. Aquest material visual pot servir com a recurs educatiu, en la mida que pugui ser un mirall i un incentiu per a altres persones immigrants i del país.Finalment, presenta un seguit de recomanacions per als responsables de les polítiques i dels centres educatius.

Conditional predictive density evaluation in the presence of instabilities

We propose new methods for evaluating predictive densities. The methods includeKolmogorov-Smirnov and Cram?r-von Mises-type tests for the correct specification ofpredictive densities robust to dynamic mis-specification. The novelty is that the testscan detect mis-specification in the predictive densities even if it appears only overa fraction of the sample, due to the presence of instabilities. Our results indicatethat our tests are well sized and have good power in detecting mis-specification inpredictive densities, even when it is time-varying. An application to density forecastsof the Survey of Professional Forecasters demonstrates the usefulness of the proposedmethodologies.

Evolutionary analysis of genetic variants involved in rare diseases

Next-generation sequencing techniques such as exome sequencing can successfully detect all genetic variants in a human exome and it has been useful together with the implementation of variant filters to identify causing-disease mutations. Two filters aremainly used for the mutations identification: low allele frequency and the computational annotation of the genetic variant. Bioinformatic tools to predict the effect of a givenvariant may have errors due to the existing bias in databases and sometimes show a limited coincidence among them. Advances in functional and comparative genomics are needed in order to properly annotate these variants.The goal of this study is to: first, functionally annotate Common Variable Immunodeficiency disease (CVID) variants with the available bioinformatic methods in order to assess the reliability of these strategies. Sencondly, as the development of new methods to reduce the number of candidate genetic variants is an active and necessary field of research, we are exploring the utility of gene function information at organism level as a filter for rare disease genes identification. Recently, it has been proposed that only 10-15% of human genes are essential and therefore we would expect that severe rare diseases are mostly caused by mutations on them. Our goal is to determine whether or not these rare and severe diseases are caused by deleterious mutations in these essential genes. If this hypothesis were true, taking into account essential genes as a filter would be an interesting parameter to identify causingdisease mutations.

Reinventar la metròpoli: Barcelona i el model de la Greater London Authority

La dècada de 1980 va significar un punt i a part per als governs metropolitans. Després de viure una època daurada durant els 60 i 70, la reestructuració del sistema politicoeconòmic va comportar que les estructures de govern metropolità fossin qüestionades i fins i tot suprimides. Quan tot semblava indicar que restarien només com a record, la lògica de competència entre grans ciutats i la necessitat de reinventar-se en base a un desenvolupament sostenible va suposar un inesperat renaixement de la política metropolitana. Si fins aleshores la seva necessitat s'havia justificat bàsicament des d'un punt de vista funcional, seguint pautes tecnòcrates i burocratitzades, la nova metropolítica se centra en la competitivitat i en la sostenibilitat, alhora que posa èmfasi en assajar mètodes de governança. Londres, ciutat que presenta certs paral·lelismes històrics amb Barcelona, ha estat una ciutat pionera i de la seva experiència es pot aprendre per la capital catalana

Die Präsenz des steirischen Dialekts im Internet

Die vorliegende Arbeit befasst sich mit der Präsenz deutscher Dialekte im Internet, wobei der Schwerpunkt auf dem österreichischen Dialekt Steirisch liegt. Es wird untersucht, in welchem Maße dieser Dialekt im Rahmen der Kommunikation via Internet verwendet wird

Alternative tests for correct specification of conditional predictive densities

We propose new methods for evaluating predictive densities that focus on the models' actual predictive ability in finite samples. The tests offer a simple way of evaluatingthe correct specification of predictive densities, either parametric or non-parametric.The results indicate that our tests are well sized and have good power in detecting mis-specification in predictive densities. An empirical application to the Survey ofProfessional Forecasters and a baseline Dynamic Stochastic General Equilibrium modelshows the usefulness of our methodology.

Reconstructing native American migrations from whole-genome and whole-exome data.

There is great scientific and popular interest in understanding the genetic history of populations in the Americas. We wish to understand when different regions of the continent were inhabited, where settlers came from, and how current inhabitants relate genetically to earlier populations. Recent studies unraveled parts of the genetic history of the continent using genotyping arrays and uniparental markers. The 1000 Genomes Project provides a unique opportunity for improving our understanding of population genetic history by providing over a hundred sequenced low coverage genomes and exomes from Colombian (CLM), Mexican-American (MXL), and Puerto Rican (PUR) populations. Here, we explore the genomic contributions of African, European, and especially Native American ancestry to these populations. Estimated Native American ancestry is 48% in MXL, 25% in CLM, and 13% in PUR. Native American ancestry in PUR is most closely related to populations surrounding the Orinoco River basin, confirming the Southern American ancestry of the Taíno people of the Caribbean. We present new methods to estimate the allele frequencies in the Native American fraction of the populations, and model their distribution using a demographic model for three ancestral Native American populations. These ancestral populations likely split in close succession: the most likely scenario, based on a peopling of the Americas 16 thousand years ago (kya), supports that the MXL Ancestors split 12.2kya, with a subsequent split of the ancestors to CLM and PUR 11.7kya. The model also features effective populations of 62,000 in Mexico, 8,700 in Colombia, and 1,900 in Puerto Rico. Modeling Identity-by-descent (IBD) and ancestry tract length, we show that post-contact populations also differ markedly in their effective sizes and migration patterns, with Puerto Rico showing the smallest effective size and the earlier migration from Europe. Finally, we compare IBD and ancestry assignments to find evidence for relatedness among European founders to the three populations.

Plant-microbe interactions and the new biotechnological methods of plant disease control

Plants constitute an excellent ecosystem for microorganisms. The environmental conditions offered differ considerably between the highly variable aerial plant part and the more stable root system. Microbes interact with plant tissues and cells with different degrees of dependence. The most interesting from the microbial ecology point of view, however, are specific interactions developed by plant-beneficial (either non-symbiotic or symbiotic) and pathogenic microorganisms. Plants, like humans and other animals, also become sick, but they have evolved a sophisticated defense response against microbes, based on a combination of constitutive and inducible responses which can be localized or spread throughout plant organs and tissues. The response is mediated by several messenger molecules that activate pathogen-responsive genes coding for enzymes or antimicrobial compounds, and produces less sophisticated and specific compounds than immunoglobulins in animals. However, the response specifically detects intracellularly a type of protein of the pathogen based on a gene-for-gene interaction recognition system, triggering a biochemical attack and programmed cell death. Several implications for the management of plant diseases are derived from knowledge of the basis of the specificity of plant-bacteria interactions. New biotechnological products are currently being developed based on stimulation of the plant defense response, and on the use of plant-beneficial bacteria for biological control of plant diseases (biopesticides) and for plant growth promotion (biofertilizers)