A novel source for miR-21 expression through the alternative polyadenylation of VMP1 gene transcripts

miR-21 is the most commonly over-expressed microRNA (miRNA) in cancer and a proven oncogene. Hsa-miR-21 is located on chromosome 17q23.2, immediately downstream of the vacuole membrane protein-1 (VMP1) gene, also known as TMEM49. VMP1 transcripts initiate ∼130 kb upstream of miR-21, are spliced, and polyadenylated only a few hundred base pairs upstream of the miR-21 hairpin. On the other hand, primary miR-21 transcripts (pri-miR-21) originate within the last introns of VMP1, but bypass VMP1 polyadenylation signals to include the miR-21 hairpin. Here, we report that VMP1 transcripts can also bypass these polyadenylation signals to include miR-21, thus providing a novel and independently regulated source of miR-21, termed VMP1–miR-21. Northern blotting, gene-specific RT-PCR, RNA pull-down and DNA branching assays support that VMP1–miR-21 is expressed at significant levels in a number of cancer cell lines and that it is processed by the Microprocessor complex to produce mature miR-21. VMP1 and pri-miR-21 are induced by common stimuli, such as phorbol-12-myristate-13-acetate (PMA) and androgens, but show differential responses to some stimuli such as epigenetic modifying agents. Collectively, these results indicate that miR-21 is a unique miRNA capable of being regulated by alternative polyadenylation and two independent gene promoters.

Design and evaluation of a panel os single-nucleotide polymorphisms in microRNA genomic regions for association studies in human disease

MicroRNAs (miRNA) are recognized posttranscriptional gene repressors involved in the control of almost every biological process. Allelic variants in these regions may be an important source of phenotypic diversity and contribute to disease susceptibility. We analyzed the genomic organization of 325 human miRNAs (release 7.1, miRBase) to construct a panel of 768 single-nucleotide polymorphisms (SNPs) covering approximately 1 Mb of genomic DNA, including 131 isolated miRNAs (40%) and 194 miRNAs arranged in 48 miRNA clusters, as well as their 5-kb flanking regions. Of these miRNAs, 37% were inside known protein-coding genes, which were significantly associated with biological functions regarding neurological, psychological or nutritional disorders. SNP coverage analysis revealed a lower SNP density in miRNAs compared with the average of the genome, with only 24 SNPs located in the 325 miRNAs studied. Further genotyping of 340 unrelated Spanish individuals showed that more than half of the SNPs in miRNAs were either rare or monomorphic, in agreement with the reported selective constraint on human miRNAs. A comparison of the minor allele frequencies between Spanish and HapMap population samples confirmed the applicability of this SNP panel to the study of complex disorders among the Spanish population, and revealed two miRNA regions, hsa-mir-26a-2 in the CTDSP2 gene and hsa-mir-128-1 in the R3HDM1 gene, showing geographical allelic frequency variation among the four HapMap populations, probably because of differences in natural selection. The designed miRNA SNP panel could help to identify still hidden links between miRNAs and human disease.

El llenguatge dels MIR en l'entrevista clínica: un aspecte del procés d'adaptació dels MIR autòctons i immigrats

Treball exploratori en què es presenta una metodologia d’anàlisi del llenguatge en la relació clínica a partir de la creació d’un Corpus, anomenat ClInt i que està a la lliure disposició de la comunitat investigadora. El corpus, comprèn 40 entrevistes enregistrades en àudio, transcrites ortogràficament i codificades de 4 MIR de primer anys de MFiC, 10 entrevistes per MIR en dos fases amb 10 mesos de diferència. En el treball descrivim les metodologies actualment disponibles per avaluar la competència comunicativa, presentem la població participant i utilitzant les eines que ofereix el corpus explorem l’evolució del vocabulari utilitzat pels MIR estudiats.

Regulación de la expresión del microRNA miR-21 por la proteína ZAP-70 en células de leucemia linfática crónica

La leucemia linfática crónica (LLC) está asociada a factores biológicos como la expresión de la proteína ZAP-70 y la expresión aberrante del miR-21. OBJETIVOS: Determinar la expresión de miR-21 en líneas celulares B y en células primarias de LLC y su asociación con la expresión de ZAP-70 en la LLC. MATERIAL Y MÉTODOS: Análisis de la expresión de miR-21 en la línea celular transfectada con ZAP-70 y en células de LLC. RESULTADOS: Se observó mayor expresión de miR-21 en las células con ZAP-70 tras estimulación del BCR y una correlación positiva entre la expresión de miR-21 y la de ZAP-70.

Casanovas i Miró, Jordi: El Museu de l'Acadèmia de Bones Lletres de Barcelona. Dades per a una història".

El dos de noviembre de 1935 se inauguró el Museo Arqueológico de Barcelona, sito en el antiguo edificio del Palacio de las Artes Gráficas construido para la Exposición Universal de 1929. Era el resultado de una ardua trayectoria iniciada por Pere Bosch Gimpera en 1916 por la que intentaba aplicar en Cataluña el esquema tripartito de protección del patrimonio histórico-artístico y arqueológico que había aprendido durante su estancia en Alemania como becario de la JAE entre 1911 y 1914, basado en la suma de tres conceptos: investigación, docencia y difusión. El nuevo equipamiento nacía bajo los auspicios de la Generalitat republicana y tras haber superado múltiples obstáculos derivados de la concepción clasista y winckelmaniana que ejercían tanto los responsables del museo del parque de la Ciudadela, como los integrantes de la Junta de Museos de Barcelona, más preocupados por el goce artístico de las obras de arte que por su inclusión como documentos en el ámbito del estudio de los procesos históricos.

Maria Teresa Codina i Mir. Una aproximació biobibliogràfica

A partir d'un plantejament inicial de la metodología de les "històries de vida", s'analitza la vida de María Teresa codina des d'una perspectiva biobibliogràfica. Com s'intenta demostrar, la seva trajectoria professional en el món de l'educació l'ha portat a jugar un paper important en la renovació pedagògica a Catalunya a partir dels anys cincuanta. Entre d'altres aportacions, ha fundat l'escola Talitha, l'escola de Mestres Rosa Sensat (junt a altres persones), varies institucions educatives al barri de Can Tunis de Barcelona, etc., sempre a partir d'un compromís vital en l'educació.

MiR-SNPs as markers of toxicity and clinical outcome in Hodgkin Lymphoma patients

Background: In recent years, microRNA (miRNA) pathways have emerged as a crucial system for the regulation of tumorogenesis. miR-SNPs are a novel class of single nucleotide polymorphisms that can affect miRNA pathways. Design and Methods: We analyzed eight miR-SNPs by allelic discrimination in 141 patients with Hodgkin lymphoma and correlated the results with treatment-related toxicity, response, disease-free survival (DFS) and overall survival (OS). Results: The KRT81 (rs3660) GG genotype was associated with an increased risk of neurological toxicity (P=0.016), while patients with XPO5 (rs11077) AA or CC genotypes had a higher rate of bleomycin-associated pulmonary toxicity (P=0.048). Both miR-SNPs emerged as independent factors in the multivariate analysis. The XPO5 AA and CC genotypes were also associated with a lower response rate (P=0.036). XPO5 (P=0.039) and TRBP (rs784567) (P=0.022) genotypes emerged as prognostic markers for DFS, and XPO5 was also associated with OS (P=0.033). In the multivariate analysis, only XPO5 emerged as an independent prognostic factor for DFS (HR: 2.622; 95%CI 1.039-6.620; P=0.041). Given the influence of XPO5 and TRBP as individual markers, we then investigated the combined effect of these miR-SNPs. Patients with both the XPO5 AA/CC and TRBP TT/TC genotypes had the shortest DFS (P=0.008) and OS (P=0.008). Conclusion: miR-SNPs can add useful prognostic information on treatment-related toxicity and clinical outcome in Hodgkin lymphoma and can be used to identify patients likely to be chemoresistant or to relapse.

El examen MIR y su contenido en anatomía humana, bioestadística y epidemiología: evolución y accesibilidad para el opositor/a

Fundamentos: El examen MIR constituye actualmente el único medio de selección de candidatos para la formación de médicos especialistas en España. Consta de 260 preguntas (10 de ellas son de reserva) de las distintas asignaturas de la licenciatura de medicina. El presente estudio pretende describir la evolución de los contenidos en anatomía humana, bioestadístíca y epidemiología de las distintas convocatorias MIR realizadas desde 1982. Métodos: Se analizaron todos los exámenes MIR generales desde 1982 hasta 1996, incluidas las convocatorias específicas de medicina familiar y comunitaria desde 1995 a 1997. En cada examen, se identificaron los contenidos de todas las preguntas relacionadas con anatomía humana, bioestadistica y epidemiología, según una clasificación en categorías temáticas adaptada de los programas docentes de cada asignatura. El tratamiento estadístico consistió en el análisis descriptivo (tabulación y representación gráfica) de las categorías temáticas y de su accesibilidad para un hipotético opositor/a con unos determinados conocimientos. Resultados: El número de preguntas de cada una de dichas asignaturas no superó en ninguna convocatoria general el 4% del total de preguntas. Las categorías temáticas con mayor frecuencia de aparición fueron, en anatomía humana, extremidad superior e inferior; en bioestadística, probabilidad/pruebas diagnósticas, y epidemiología descriptiva para el caso de epidemiología. Un hipotético opositor/a que no se preparó ningún tema de anatomía humana, bioestadística o epidemiología tan sólo tuvo acceso, respectivamente, a 1, 6 o 3 de las 15 convocatorias generales MIR revisadas. Conclusiones: En el examen MIR, la presencia de contenidos de anatomía humana tiende a disminuir, mientras que los de bioestadística y epidemiología cobran mayor importancia. Un/a opositor/a que domine los conocimientos adquiridos durante su licenciatura tiene acceso temático a la totalidad de preguntas de dichas asignaturas.

miR-143 Interferes with ERK5 Signaling, and Abrogates Prostate Cancer Progression in Mice

Abstract Background: Micro RNAs are small, non-coding, single-stranded RNAs that negatively regulate gene expression at the post-transcriptional level. Since miR-143 was found to be down-regulated in prostate cancer cells, we wanted to analyze its expression in human prostate cancer, and test the ability of miR-43 to arrest prostate cancer cell growth in vitro and in vivo. Results: Expression of miR-143 was analyzed in human prostate cancers by quantitative PCR, and by in situ hybridization. miR-143 was introduced in cancer cells in vivo by electroporation. Bioinformatics analysis and luciferase-based assays were used to determine miR-143 targets. We show in this study that miR-143 levels are inversely correlated with advanced stages of prostate cancer. Rescue of miR-143 expression in cancer cells results in the arrest of cell proliferation and the abrogation of tumor growth in mice. Furthermore, we show that the effects of miR-143 are mediated, at least in part by the inhibition of extracellular signal-regulated kinase-5 (ERK5) activity. We show here that ERK5 is a miR-143 target in prostate cancer. Conclusions: miR-143 is as a new target for prostate cancer treatment.

A highly expressed miR-101 isomiR is a functional silencing small RNA

Background MicroRNAs (miRNAs) are short non-coding regulatory RNAs that control gene expression usually producing translational repression and gene silencing. High-throughput sequencing technologies have revealed heterogeneity at length and sequence level for the majority of mature miRNAs (IsomiRs). Most isomiRs can be explained by variability in either Dicer1 or Drosha cleavage during miRNA biogenesis at 5" or 3" of the miRNA (trimming variants). Although isomiRs have been described in different tissues and organisms, their functional validation as modulators of gene expression remains elusive. Here we have characterized the expression and function of a highly abundant miR-101 5"-trimming variant (5"-isomiR-101). Results The analysis of small RNA sequencing data in several human tissues and cell lines indicates that 5"-isomiR-101 is ubiquitously detected and a highly abundant, especially in the brain. 5"- isomiR-101 was found in Ago-2 immunocomplexes and complementary approaches showed that 5"-isomiR-101 interacted with different members of the silencing (RISC) complex. In addition, 5"-isomiR-101 decreased the expression of five validated miR-101 targets, suggesting that it is a functional variant. Both the binding to RISC members and the degree of silencing were less efficient for 5"-isomiR-101 compared with miR-101. For some targets, both miR-101 and 5"-isomiR-101 significantly decreased protein expression with no changes in the respective mRNA levels. Although a high number of overlapping predicted targets suggest similar targeted biological pathways, a correlation analysis of the expression profiles of miR-101 variants and predicted mRNA targets in human brains at different ages, suggest specific functions for miR-101- and 5"-isomiR-101. Conclusions These results suggest that isomiRs are functional variants and further indicate that for a given miRNA, the different isomiRs may contribute to the overall effect as quantitative and qualitative fine-tuners of gene expression.

El examen MIR y su contenido en anatomía humana, bioestadística y epidemiología: evolución y accesibilidad para el opositor/a

Fundamentos: El examen MIR constituye actualmente el único medio de selección de candidatos para la formación de médicos especialistas en España. Consta de 260 preguntas (10 de ellas son de reserva) de las distintas asignaturas de la licenciatura de medicina. El presente estudio pretende describir la evolución de los contenidos en anatomía humana, bioestadístíca y epidemiología de las distintas convocatorias MIR realizadas desde 1982. Métodos: Se analizaron todos los exámenes MIR generales desde 1982 hasta 1996, incluidas las convocatorias específicas de medicina familiar y comunitaria desde 1995 a 1997. En cada examen, se identificaron los contenidos de todas las preguntas relacionadas con anatomía humana, bioestadistica y epidemiología, según una clasificación en categorías temáticas adaptada de los programas docentes de cada asignatura. El tratamiento estadístico consistió en el análisis descriptivo (tabulación y representación gráfica) de las categorías temáticas y de su accesibilidad para un hipotético opositor/a con unos determinados conocimientos. Resultados: El número de preguntas de cada una de dichas asignaturas no superó en ninguna convocatoria general el 4% del total de preguntas. Las categorías temáticas con mayor frecuencia de aparición fueron, en anatomía humana, extremidad superior e inferior; en bioestadística, probabilidad/pruebas diagnósticas, y epidemiología descriptiva para el caso de epidemiología. Un hipotético opositor/a que no se preparó ningún tema de anatomía humana, bioestadística o epidemiología tan sólo tuvo acceso, respectivamente, a 1, 6 o 3 de las 15 convocatorias generales MIR revisadas. Conclusiones: En el examen MIR, la presencia de contenidos de anatomía humana tiende a disminuir, mientras que los de bioestadística y epidemiología cobran mayor importancia. Un/a opositor/a que domine los conocimientos adquiridos durante su licenciatura tiene acceso temático a la totalidad de preguntas de dichas asignaturas.