Assembling genes from predicted exons in linear time with dynamic programming

In a number of programs for gene structure prediction in higher eukaryotic genomic sequences, exon prediction is decoupled from gene assembly: a large pool of candidate exons is predicted and scored from features located in the query DNA sequence, and candidate genes are assembled from such a pool as sequences of nonoverlapping frame-compatible exons. Genes are scored as a function of the scores of the assembled exons, and the highest scoring candidate gene is assumed to be the most likely gene encoded by the query DNA sequence. Considering additive gene scoring functions, currently available algorithms to determine such a highest scoring candidate gene run in time proportional to the square of the number of predicted exons. Here, we present an algorithm whose running time grows only linearly with the size of the set of predicted exons. Polynomial algorithms rely on the fact that, while scanning the set of predicted exons, the highest scoring gene ending in a given exon can be obtained by appending the exon to the highest scoring among the highest scoring genes ending at each compatible preceding exon. The algorithm here relies on the simple fact that such highest scoring gene can be stored and updated. This requires scanning the set of predicted exons simultaneously by increasing acceptor and donor position. On the other hand, the algorithm described here does not assume an underlying gene structure model. Indeed, the definition of valid gene structures is externally defined in the so-called Gene Model. The Gene Model specifies simply which gene features are allowed immediately upstream which other gene features in valid gene structures. This allows for great flexibility in formulating the gene identification problem. In particular it allows for multiple-gene two-strand predictions and for considering gene features other than coding exons (such as promoter elements) in valid gene structures.

Implementing interactive computing in an object-oriented environment

Statistical computing when input/output is driven by a Graphical User Interface is considered. A proposal is made for automatic control ofcomputational flow to ensure that only strictly required computationsare actually carried on. The computational flow is modeled by a directed graph for implementation in any object-oriented programming language with symbolic manipulation capabilities. A complete implementation example is presented to compute and display frequency based piecewise linear density estimators such as histograms or frequency polygons.

Analysis of warm season thunderstorms using an object-oriented tracking method based on radar and total lightning data

Monitoring thunderstorms activity is an essential part of operational weather surveillance given their potential hazards, including lightning, hail, heavy rainfall, strong winds or even tornadoes. This study has two main objectives: firstly, the description of a methodology, based on radar and total lightning data to characterise thunderstorms in real-time; secondly, the application of this methodology to 66 thunderstorms that affected Catalonia (NE Spain) in the summer of 2006. An object-oriented tracking procedure is employed, where different observation data types generate four different types of objects (radar 1-km CAPPI reflectivity composites, radar reflectivity volumetric data, cloud-to-ground lightning data and intra-cloud lightning data). In the framework proposed, these objects are the building blocks of a higher level object, the thunderstorm. The methodology is demonstrated with a dataset of thunderstorms whose main characteristics, along the complete life cycle of the convective structures (development, maturity and dissipation), are described statistically. The development and dissipation stages present similar durations in most cases examined. On the contrary, the duration of the maturity phase is much more variable and related to the thunderstorm intensity, defined here in terms of lightning flash rate. Most of the activity of IC and CG flashes is registered in the maturity stage. In the development stage little CG flashes are observed (2% to 5%), while for the dissipation phase is possible to observe a few more CG flashes (10% to 15%). Additionally, a selection of thunderstorms is used to examine general life cycle patterns, obtained from the analysis of normalized (with respect to thunderstorm total duration and maximum value of variables considered) thunderstorm parameters. Among other findings, the study indicates that the normalized duration of the three stages of thunderstorm life cycle is similar in most thunderstorms, with the longest duration corresponding to the maturity stage (approximately 80% of the total time).

Estudi d'eines CASE que suporten OCLper a la generació automàtica de codi Java

Es tracta d'una recerca d'eines CASEque actualment suporten OCL en la generació automàtica de codi Java per estudiar-les ianalitzar-les a través d'un model de proves consistent en un diagrama de classes del modelestàtic de l'UML i una mostra variada d'instruccions OCL, amb l'objectiu de detectar lesseves mancances, analitzant el codi obtingut i determinar si controla o no cada tipus derestricció, i si s'han implementat bé en el codi.

Combining Generic Programming and Service-Oriented Architectures for the Effective and Timely Development of Complex e-Learning Systems

Peer-reviewed

Catálogo General

El projecte consisteix en el desenvolupament d'una eina especialitzada per a la classificació i recerca de productes. L'aplicació pot ser fàcilment ampliable per a adaptar-la a qualsevol tipus de producte o necessitat futura. Per a la programació d'aquest projecte es va aprofitar la potència i senzillesa que proporciona l'entorn .NET i els seus llenguatges orientats a objecte, en aquest cas VB.

Avaluació de l'estàndard SQL : 1999 respecte les característiques orientades a l'objecte que suporta i la seva implementació als SGBD object-relational

L'objectiu és estudiar les característiques orientades a l'objecte de l'estàndard SQL: 1999 i posar-les a prova amb un producte comercial que les suporti.

Avaluació de SQL : 1999 respecte les característiques orientades a objectes que suporta i la seva implementació en sistemes de gestió de Bases de Dades

El treball realitzat analitza la manera com l'estàndard SQL:1999 ha incorporat a la seva especificació una sèrie de característiques pròpies de la tecnologia d'orientació a l'objecte. D'aquesta manera, l'estàndard mira de proporcionar als sistemes de gestió de bases de dades algunes de les funcionalitats exigides als sistemes de tercera generació. Aquests sistemes han d'incorporar altres característiques, que estan recollides a l'article Third Generation Database System Manifesto.

Generació automàtica de les constraints a partir de un diagrama de classes UML amb restriccions especificades en OCL

L'àmbit d'aquest treball és la generació automàtica de les restriccions d'integritat (claus primàries, alternatives i comprovacions), tant per a les bases de dades relacionals com per a les orientades a objectes.

Performance evaluation of MPEG-4 Video encoder on Adres

Actualment un típic embedded system (ex. telèfon mòbil) requereix alta qualitat per portar a terme tasques com codificar/descodificar a temps real; han de consumir poc energia per funcionar hores o dies utilitzant bateries lleugeres; han de ser el suficientment flexibles per integrar múltiples aplicacions i estàndards en un sol aparell; han de ser dissenyats i verificats en un període de temps curt tot i l’augment de la complexitat. Els dissenyadors lluiten contra aquestes adversitats, que demanen noves innovacions en arquitectures i metodologies de disseny. Coarse-grained reconfigurable architectures (CGRAs) estan emergent com a candidats potencials per superar totes aquestes dificultats. Diferents tipus d’arquitectures han estat presentades en els últims anys. L’alta granularitat redueix molt el retard, l’àrea, el consum i el temps de configuració comparant amb les FPGAs. D’altra banda, en comparació amb els tradicionals processadors coarse-grained programables, els alts recursos computacionals els permet d’assolir un alt nivell de paral•lelisme i eficiència. No obstant, els CGRAs existents no estant sent aplicats principalment per les grans dificultats en la programació per arquitectures complexes. ADRES és una nova CGRA dissenyada per I’Interuniversity Micro-Electronics Center (IMEC). Combina un processador very-long instruction word (VLIW) i un coarse-grained array per tenir dues opcions diferents en un mateix dispositiu físic. Entre els seus avantatges destaquen l’alta qualitat, poca redundància en les comunicacions i la facilitat de programació. Finalment ADRES és un patró enlloc d’una arquitectura concreta. Amb l’ajuda del compilador DRESC (Dynamically Reconfigurable Embedded System Compile), és possible trobar millors arquitectures o arquitectures específiques segons l’aplicació. Aquest treball presenta la implementació d’un codificador MPEG-4 per l’ADRES. Mostra l’evolució del codi per obtenir una bona implementació per una arquitectura donada. També es presenten les característiques principals d’ADRES i el seu compilador (DRESC). Els objectius són de reduir al màxim el nombre de cicles (temps) per implementar el codificador de MPEG-4 i veure les diferents dificultats de treballar en l’entorn ADRES. Els resultats mostren que els cícles es redueixen en un 67% comparant el codi inicial i final en el mode VLIW i un 84% comparant el codi inicial en VLIW i el final en mode CGA.

Performance evaluation of MPEG-4 Video encoder on Adres

Actualment un típic embedded system (ex. telèfon mòbil) requereix alta qualitat per portar a terme tasques com codificar/descodificar a temps real; han de consumir poc energia per funcionar hores o dies utilitzant bateries lleugeres; han de ser el suficientment flexibles per integrar múltiples aplicacions i estàndards en un sol aparell; han de ser dissenyats i verificats en un període de temps curt tot i l’augment de la complexitat. Els dissenyadors lluiten contra aquestes adversitats, que demanen noves innovacions en arquitectures i metodologies de disseny. Coarse-grained reconfigurable architectures (CGRAs) estan emergent com a candidats potencials per superar totes aquestes dificultats. Diferents tipus d’arquitectures han estat presentades en els últims anys. L’alta granularitat redueix molt el retard, l’àrea, el consum i el temps de configuració comparant amb les FPGAs. D’altra banda, en comparació amb els tradicionals processadors coarse-grained programables, els alts recursos computacionals els permet d’assolir un alt nivell de paral•lelisme i eficiència. No obstant, els CGRAs existents no estant sent aplicats principalment per les grans dificultats en la programació per arquitectures complexes. ADRES és una nova CGRA dissenyada per I’Interuniversity Micro-Electronics Center (IMEC). Combina un processador very-long instruction word (VLIW) i un coarse-grained array per tenir dues opcions diferents en un mateix dispositiu físic. Entre els seus avantatges destaquen l’alta qualitat, poca redundància en les comunicacions i la facilitat de programació. Finalment ADRES és un patró enlloc d’una arquitectura concreta. Amb l’ajuda del compilador DRESC (Dynamically Reconfigurable Embedded System Compile), és possible trobar millors arquitectures o arquitectures específiques segons l’aplicació. Aquest treball presenta la implementació d’un codificador MPEG-4 per l’ADRES. Mostra l’evolució del codi per obtenir una bona implementació per una arquitectura donada. També es presenten les característiques principals d’ADRES i el seu compilador (DRESC). Els objectius són de reduir al màxim el nombre de cicles (temps) per implementar el codificador de MPEG-4 i veure les diferents dificultats de treballar en l’entorn ADRES. Els resultats mostren que els cícles es redueixen en un 67% comparant el codi inicial i final en el mode VLIW i un 84% comparant el codi inicial en VLIW i el final en mode CGA.

Implantación de una solución SIG para la ayuda a la toma dedecisiones para la explotación de recursos del subsuelo

L'objectiu és una aplicació que permeti realitzar el càlcul del volum de terres disponibles en el subsòl d'un àrea seleccionada. L'objectiu final del projecte serà crear un Sistema d'Informació Geogràfica SIG que ajudi a valorar quines parcel¿les de l'àrea seleccionada són les que disposen de més volum de terres per iniciar la seva explotació. Per a això, es disposa del programari gvSIG i les seves extensions (SEXTANTE) i de tota la informació que es pugui obtenir sobre els SIG, Cartografia, Geodèsia... Per dur a terme aquest projecte es necessita tenir experiència en Bases de dades, Programació Orientada a Objectes i seria recomanable tenir coneixements sobre Enginyeria del Programador. El projecte se centrarà en la utilització de gvSIG, com un exemple concret de programari SIG de lliure accés, solució desenvolupada per la ¿Conselleria d%o2019Obris Publiquis de la Generalitat Valenciana¿. Una part d'aquest projecte consistirà a avaluar aquest programari. El resultat final serà l'obtenció dels coneixements necessaris per poder treballar amb dades espacials a més d'una aplicació SIG per al càlcul del volum de terres d'un àrea seleccionada.

Software de gestión para una instalación deportiva

En el presente proyecto se ha desarrollado una aplicación para gestionar una instalación deportiva. Esta aplicación ha sido elaborada siguiendo el ciclo de vida en cascada. El software obtenido es de tipo cliente/servidor y ha sido realizado con la tecnología orientada a objetos utilizando Java como lenguaje de programación, RMI como mecanismo para acceder a las operaciones del sistema de forma remota, y proporcionando a los usuarios una interfaz muy clara y amigable.

Anàlisi i disseny de una aplicació per la gestió de reserva d'un complexe d'apartaments

Aquest treball consisteix en l'anàlisi i disseny d'una aplicació per la gestió de reserves d'un complex de 39 apartaments, anomenat AIDA

sisCave : Sistema de Catalogació de Cavitats

Aquest treball de final de carrera pretén cobrir una necessitat divulgativa del món de l'espeleologia, proporcionant al col·lectiu espeleològic una aplicació basada en web que permeti publicar, de forma cooperativa, ressenyes de cavitats incorporant dades textuals, fotografies, topografies i mapes d'ubicació.El projecte s'ha desenvolupat com a Treball de Final de Carrera de l'àrea J2EE de l'Enginyeria Tècnica en Informàtica de Gestió. La seva implementació, per tant, està basada en Programació Orientada a Objectes amb llenguatge Java i tecnologies J2EE.