FAM-MDR: a flexible family-based multifactor dimensionality reduction technique to detect epistasis using related individuals

We propose a novel multifactor dimensionality reduction method for epistasis detection in small or extended pedigrees, FAM-MDR. It combines features of the Genome-wide Rapid Association using Mixed Model And Regression approach (GRAMMAR) with Model-Based MDR (MB-MDR). We focus on continuous traits, although the method is general and can be used for outcomes of any type, including binary and censored traits. When comparing FAM-MDR with Pedigree-based Generalized MDR (PGMDR), which is a generalization of Multifactor Dimensionality Reduction (MDR) to continuous traits and related individuals, FAM-MDR was found to outperform PGMDR in terms of power, in most of the considered simulated scenarios. Additional simulations revealed that PGMDR does not appropriately deal with multiple testing and consequently gives rise to overly optimistic results. FAM-MDR adequately deals with multiple testing in epistasis screens and is in contrast rather conservative, by construction. Furthermore, simulations show that correcting for lower order (main) effects is of utmost importance when claiming epistasis. As Type 2 Diabetes Mellitus (T2DM) is a complex phenotype likely influenced by gene-gene interactions, we applied FAM-MDR to examine data on glucose area-under-the-curve (GAUC), an endophenotype of T2DM for which multiple independent genetic associations have been observed, in the Amish Family Diabetes Study (AFDS). This application reveals that FAM-MDR makes more efficient use of the available data than PGMDR and can deal with multi-generational pedigrees more easily. In conclusion, we have validated FAM-MDR and compared it to PGMDR, the current state-of-the-art MDR method for family data, using both simulations and a practical dataset. FAM-MDR is found to outperform PGMDR in that it handles the multiple testing issue more correctly, has increased power, and efficiently uses all available information.

De la guerra de l'Empordà (1128) a la mortaldat de 1131: gènesi, extensió i extinció d'una fam. Per a una història de les crisis alimentàries a la Catalunya medieval

In the history of food shortages and subsistence crises which affected the Catalan counties during the eleventh and twelfth centuries, the famine of 1129-1131 deserves special mention. Originating in the war of 1128 involving the Empordà and neighboring counties, this famine affected the city of Barcelona and other points of Catalonia (Winter, 1131) and created conditions for the spread of a deadly epidemic (July 1130 -January 1132).

Deuteromicets de la Fam. Melanconiacies parasits de les plantes a Catalunya

S¿han déterminat més de 30 espècies de fongs fitoparàsits a partir de les anàlisis realitzades en unes 40 espècies de patrons. Entre aquests fongs s'inclouen tant espècies parasites de fulles com de tubercles, de l'escorça de branques o d'arrels etc. Les mostres recol.lectades a diferents localitats de Catalunya foren analitzades directament en el laboratori i si el cas ho requeria es procedia a l'aïllament de l'espècie infectant seguint les tècniques de E. Hellmers modificades. Els patògens observats pertanyen a la Fam. Melanconiàcies de l'O. Melanconials.

La Transversalización del enfoque de género en la formulación de proyectos de cooperación internacional para el desarrollo. Estudio de caso: 2 proyectos de 2 ONGD catalanas, enmarcados en el área de acción de la lucha contra el hambre

En les properes pàgines es pretén realitzar una anàlisi sobre el procés de transversalització de l'enfocament de gènere en el desenvolupament, àmpliament acceptat per les organitzacions de cooperació des de fa més d'una dècada, però que encara sembla trobar-se amb diverses dificultats a l'hora de portar-la a la pràctica.

Wasps (Insecta: Vespida=Hymenoptera) from the Early Cretaceous of Spain.

Wasps and their relatives from the Lower Cretaceous lithographic limestones of Spain have been studied. Thirty specimens representing 30 species (4 of them with undetermined placement), at least 21 genera and 11 families are recorded. We erect 1 new family - Andrenelidae-, 6 new genera and 11 new species: Meiaghilarella cretacica n.gen., n.sp. (Sepulcidae Ghilarellinae), Eosyntexis catalonicus n.sp., Cretosyntexis montsecensis n.gen., n.sp. (Anaxyelidae Syntexinae), Montsecephialtites zherikhini n.gen., n.sp. (Ephialtitidae Ephialtitinae), Karataus hispanicus n.sp. (Ephialtitidae Symphytopterinae), Manlaya ansorge i n.sp. (Gasteruptiidae Baissinae), Andrenelia pennata n.gen., n.sp. (Andrenelidae n. fam.), Cretoserphus gomezi n.gen., n.sp. (Mesoserphidae), Montsecosphex jarzembow skii n.gen., n.sp., Angarosphex penyalveri n.sp., Pompilopterus (?) noguerensis n.sp. (Sphecidae Angarosphecinae), Cretoscolia conquensis n.sp. (Scoliidae Archaeoscoliinae). The Mesozoic family Ephialtitidae is revisited based on the restudy of the type-species. We compare these Spanish Cretaceous assemblages with other ones from various parts of the world: Central and Eastern Asia, England, Australia, and Brazil. The number of genera and families identified in the Spanish fossil-sites is almost the same as in the English Purbeck and Wealden. The absence of some hymenopteran groups as Xyelidae, is consistent with the warm climate know to exist in Spain during the Early Cretaceous. We conclude that both La Cabrúa and La Pedrera assemblages - the two sites that have yielded the greatest number of species- correspond to the Lower Cretaceous"Baissin type" (sensu Rasnitsyn et al., 1998), but including some Jurassic"survivors". La Pedrera assemblage fits equally well in the"angarosphecine subtype", while La Cabrúa roughly corresponds to the"proctotrupid" one, although shows a comparative ly high proportion of angarosphecins. This fact may suggest: a) possibly asynchrony between these two fossilsites, b) environmental differences not reflected in the lithological record, c) different taphonomic processes and/or, d) insufficient sample size - to reflect the reality of the source populations-. La Pedrera assemblage is very similar to those from Weald Clay (England), Bon Tsagan (Mongolia) and Santana (Brazil). La Cabrúa approaches to a some extent, though not quite agrees with the Purbeck (UK), Koonwarra (Australia), and most Lower Cretaceous Asian assemblages.

Producció de biopolímers amb cultius bacterians mixtes. Comparació de tres reactors discontinus seqüencials (SBR) amb diferents condicions operacionals

La producció de biopolímers (polihidroxialcanoats (PHA) i substàncies polimèriques extracel·lulars (EPS)) a nivell industrial, resulta una nova àrea d’investigació que recull diverses disciplines, entre elles les Ciències Ambientals. Aquest projecte final de carrera amb el títol: “Producció de biopolímers amb cultius bacterians mixtes”, s’ha desenvolupat sota la supervisió de la directora de projecte Dra. María Eugenia Suárez Ojeda del Departament d’Enginyeria Química de la Universitat Autònoma de Barcelona (UAB) i s’ha dut a terme per l’estudiant Jordi Pérez i Forner de la Llicenciatura de Ciències Ambientals, Facultat de Ciències de la UAB, en el Departament d’Enginyeria Química de la mateixa universitat. L’objectiu d’aquest projecte ha estat produir biopolímers simultàniament amb l’eliminació de fòsfor i matèria orgànica en aigües residuals per obtenir un residu final amb un alt valor afegit. Aquests biopolímers reuneixen les característiques necessàries per a poder competir amb els plàstics convencionals i així, reduir l’elevat consum del petroli i la generació de residus no biodegradables. En aquest projecte s’ha dut a terme la posta en marxa d’un reactor discontinu seqüencial (SBR) per a l’acumulació de biopolímers amb cultius bacterians mixtes. Diferents investigadors han estudiat que aquests tipus de cultius bacterians arriben a nivells de fins el 53-97% [Pijuan et al., 2009] de contingut de biopolímers a la biomassa, sometent als microorganismes a diferents situacions d’estrés ja sigui per dèficit de nutrients o per variacions en les fases de feast-famine (festí-fam). Durant el projecte, s’ha realitzat el monitoratge del reactor alimentat amb una aigua sintètica, elaborada en el laboratori, amb les característiques d’un aigua residual provinent de la industria làctica. S’ha sotmès als microorganismes a diferents condicions operacionals, una d’elles amb limitació de fòsfor com a nutrient i una tercera condició amb una variació a les fases feast-famine. D’altra banda, com a segon objectiu, s’ha analitzat el contingut de biopolímers a la biomassa de dos SBRs més, del grup de recerca Bio-GLS del Departament d’Enginyeria Química de la UAB, alimentats amb diferents fonts de carboni, glicerol i àcids grassos de cadena llarga (AGCLL), per observar les influències que té el tipus de substrat en l’acumulació de biopolímers. Els resultats obtinguts en la primera part d’aquest projecte han estat similars als resultats d’altres investigadors [Pijuan et al., 2009; Guerrero et al., 2012]. S’ha determinat que sotmetre als microorganismes a situacions d’estrés té un efecte directe pel que fa a l’acumulació de biopolímers. També s’ha observat com al mateix temps que acumulaven aquests compostos, els microorganismes desenvolupaven la seva tasca de depurar l’aigua residual, obtenint al final del cicle una aigua amb un baix contingut en matèria orgànica i altres contaminants com amoni i fòsfor, en aquest cas. En la segona part del projecte, s’ha observat com el tipus de substrat té un efecte directe pel que fa a l’acumulació de biopolímers i també a l’activitat metabòlica dels microorganismes. Per tant, s’ha conclòs que la producció de biopolímers mitjançant la depuració d’aigües residuals es una via d’investigació molt prometedora pel que fa als resultats obtinguts. Alhora que es tracta un residu, s’obté una producte residual amb un alt valor afegit que pot ser utilitzat per la producció de bioplàstics 100% biodegradables.

La vorera d'enfront : trajectòries migratòries a l'Algèria colonial

Des dels inicis de l'ocupació francesa d'Algèria, a les acaballes de la primera meitat del segle XIX, un gran nombre de valencians, menorquins, andalusos i murcians, fugint de la misèria i de la fam o com a conseqüència de la inestabilitat política i social d'Espanya, es dirigiren al país magrebí a la cerca d'una vida millor. Aquesta migració es perllongà al llarg de més d'un segle, i es va caracteritzar pel seu dinamisme: un flux continu d'entrades i eixides i una gran heterogeneïtat de procedències. L'amalgama creada a l'Algèria colonial amb la coexistència i interacció de diferents realitats culturals, donà lloc a un nou sentiment d'identitat dins la comunitat d'origen europeu, impulsat per una solidaritat espontània dirigida a assolir una estabilitat econòmica i de subsistència, però també per un esforç polític premeditat de l'administració colonial francesa adreçat a cohesionar, mitjançant la francització, els europeus i jueus del país nord-africà

"Et hoc facimus propter necessitatem famis...". Possibilitats de les fonts documentals catalanes per a l'estudi de les crisis alimentàries dels segles X-XIII

European studies of famines before the thirteenth century have been based principally on chronicles and especially on information from monastic annals. These sources, which are especially numerous during the so-called Carolingian Cultural Renaissance, offer abundant evidence of a phenomenon scarcely mentioned in other types of sources, including archival sources: the frequency and gravity of crises of food supply in some regions of continental Europe during the central middle ages, an epoch which, being situated between the terrible famines of the carolingian period and the great panademics of the fourteenth century, has been considered a period “without famines.” The object of this article is to shed light on the limitations of medieval catalan chronicle sources for the reconstruction of food-supply crises which affected the catalan counties in the tenth through the thirteenth centuries and illustrate, in contrast, the multiple opportunities offered by sources from the lordly archives. A significant part of these archival sources are connected in a direct and indirect manner to the difficulties of the rural and urban populations during famines and therefore, in a broad sense, can be considered a consequence of these crises.

¿Continuarán muriendo de hambre millones de personas en el siglo XXI?

A partir de la constatación de que la magnitud de la subnutrición constituye uno de los grandes problemas a escala planetaria para las organizaciones multilaterales de desarrollo, en este artículo se pretende (a) ofrecer una panorámica general de lo que las más recientes estimaciones estadísticas nos dicen del alcance del hambre en el mundo; (b) proponer una reflexión sobre las incongruencias de los diagnósticos emitidos por décadas para explicarla desde la Economía y la Sociología del Desarrollo, insistiendo en la recurrencia a la presión demográfica y al tradicionalismo como causas principales; (c) analizar las principales consecuencias de las líneas de intervención impulsadas a tenor de esos diagnósticos; y (d) sondear la viabilidad de quienes señalan razones estructurales profundas para explicar la persistencia de la subnutrición.

Espècies fitoparàsites de la Família Esferopsidàcies a Catalunya

L'anàlisi fitosanitària d'unes 40 especies de plantes precedents de diferents localitats de Catalunya, ens ha permès de detectar la presencia de mes de 40 especies de la Fam. Esferopsidàcies que pertanyen a 13 generes. Entre els patrons figuren algunas especies de fongs com Oidium ambrosiae, O. erysiphoides, Uromyces geranii, U. striatus i Tranzschelia pruni-spinosae, que a la vegada son parasitades per altres fongs d'aquesta familia. Cal precisar que si bë algunes d¿aquestes especies han estat citades per nosaltres (Fongs Imperfects paràsits de les plantes a Catalunya, Quaderns Agraris nº 1) algunes altres, com s'indica en la publicació abans esmentada, són noves per Catalunya.

La réciprocité comme stratégie pour gérer la faim et la précarité alimentaire

Le texte littéraire, examiné et contextualisé historiquement, offre des voies de compréhension des stratégies mises en oeuvre par une classe sociale afin de se perpétuer en période de crise. Ainsi, en considérant spécifiquement certaines des figures de la réciprocité, nous observons l’importance, non seulement des liens sociaux qui favorisent la reproduction sociale, mais aussi celle de l’alimentation comme moteur d’établissement de ces liens.