Alineamiento múltiple de secuencias con T-Coffee: una aproximación paralela

Las aplicaciones de alineamiento múltiple de secuencias son prototipos de aplicaciones que requieren elevada potencia de cómputo y memoria. Se destacan por la relevancia científica que tienen los resultados que brindan a investigaciones científicas en el campo de la biomedicina, genética y farmacología. Las aplicaciones de alineamiento múltiple tienen la limitante de que no son capaces de procesar miles de secuencias, por lo que se hace necesario crear un modelo para resolver la problemática. Analizando el volumen de datos que se manipulan en el área de las ciencias biológica y la complejidad de los algoritmos de alineamiento de secuencias, la única vía de solución del problema es a través de la utilización de entornos de cómputo paralelos y la computación de altas prestaciones. La investigación realizada por nosotros tiene como objetivo la creación de un modelo paralelo que le permita a los algoritmos de alineamiento múltiple aumentar el número de secuencias a procesar, tratando de mantener la calidad en los resultados para garantizar la precisión científica. El modelo que proponemos emplea como base la clusterización de las secuencias de entrada utilizando criterios biológicos que permiten mantener la calidad de los resultados. Además, el modelo se enfoca en la disminución del tiempo de cómputo y consumo de memoria. Para presentar y validar el modelo utilizamos T-Coffee, como plataforma de desarrollo e investigación. El modelo propuesto pudiera ser aplicado a cualquier otro algoritmo de alineamiento múltiple de secuencias.

Estudio de los mecanismos terapéuticos en la inducción de tolerancia immunológica en un modelo animal de esclerosis múltiple

En una serie de estudios previos demostramos que la infusión de células de médula ósea (MO) modificadas genéticamente para la expresión del autoantígeno MOG40-55 en ausencia de mieloablación inducía tolerancia antígenoespecífica en un modelo murino de esclerosis múltiple. También observamos que este efecto terapéutico no requería injerto hematopoyético. Nos propusimos estudiar si el efecto tolerogénico está inducido por una subpoblación de células generadas durante la transducción de la MO y el papel de las células T reguladoras en la inducción de la tolerancia. Las células de MO fueron cultivadas y transducidas usando medio complementado con 20% FCS y medios condicionados como fuente de stem cell factor (SCF) e IL-3 murinos. Las diferentes poblaciones celulares se separaron por citometría de flujo y se analizó la capacidad supresora de las poblaciones candidatas. Por otro lado se analizó la presencia de células T reguladoras en bazo y SNC de los ratones recuperados después de la infusión de células de MO transducidas. A los cinco días de cultivo, la mayoría de células presentaban fenotipo mieloide (Mac-1+Gr-1low/-:31,9+-10,2%; Mac-1+Gr-1high:26,0+-3,3%). Ambos fenotipos se corresponden con dos subpoblaciones de células mieloides supresoras (MDSC, tipo monocí¬tico y granulocítico respectivamente) descritas recientemente. Se estudió la capacidad de ambas poblaciones para suprimir la respuesta proliferativa específica de esplenocitos frente a MOG40-55 in vitro, observando una mayor capacidad de supresión de las MDSC monocíticas, que se correspondí¬a con niveles significativamente superiores de actividad de las enzimas arginasa-1 y sintasa de óxido nítrico (ambos mecanismos supresores característicos de las MDSC). A los 7 días del tratamiento no se observaron diferencias significativas en el porcentaje de células T reguladoras (Treg y Tr1) entre el grupo tratado (liM) y los grupos de control.

Sistema encastat de monitorització d'informació múltiple: implementació per a vehicles

Aquest projecte es centra en l’àmbit de l’automoció, i la seva finalitat es ampliar la informació que proporciona el fabricant d’un vehicle als usuaris. Un dels punts claus del sistema es que aquest quedi completament integrat, per tant, utilitza dispositius externs inclosos al vehicle com ara el display que anteriorment s’utilitzava per a mostrar informació del radiocasset, i una maneta amb dos botons utilitzada per al control del sistema. El sistema mostra diferents tipus d’informació com ara la velocitat instantània del vehicle, revolucions del motor, velocitat màxima, distància parcial recorreguda, hora i data. A més de mostrar informació, aquest es capaç d’emmagatzemar-la en un suport extraïble per a una posterior explotació a un ordinador convencional. El sistema no està pensat per a ser un projecte tancat, sinó que esta dissenyat per a ser ampliat en quant a funcionalitats, i per tant aquest projecte es considera una primera versió.

Análisis de las formas clínicas de uveítis asociadas a esclerosis múltiple. Revisión retrospectiva de los casos atendidos en el servicio de oftalmología del Hospital Universitario Vall d`Hebron

Objectiu: Analitzar les diferents formes clíniques d’uveïtis en pacients amb esclerosi múltiple (EM), el seu tractament i resultats. Mètode: Estudi retrospectiu de 18 pacients diagnosticats d’EM que van presentar episodis d’inflamació intraocular clínicament rellevants. Resultats: La forma clínica predominant va ser la uveïtis intermèdia (14 casos), seguida de la forma vasculítica (2 casos). El tractament mèdic va aconseguir una milloria global de 1’68 ± 1,47 línies de visió; mentre que la cirurgia va mostrar una milloria de 3,36 ± 2,46 línies de visió rere la facoemulsificació, i de 2,25 ± 0,56 línies de visió rere la vitrectomia. Conclusions: El tractament amb corticoides locals o sistèmics assoleix un adequat control de la majoria dels episodis d’inflamació intraocular. Els resultats de la cirurgia son molt satisfactoris en aquest grup de pacients, un cop controlats mèdicament els brots d’activitat inflamatòria intraocular.

Variants genètiques predictores de progressió en el Mieloma Múltiple

El Mieloma múltiple és una patología hematològica maligna que cursa amb la presència d’una proteïna monoclonal responsable del deteriorament del pacient. Existeixen múltiples factors que afavoreixen la progressió de la malaltia d’entre els quals destaca la interleukina 6 (IL-6), una citoquina que actua com a factor de creixement de les cèl•lules malignes i com a inhibidor de la seva apoptosi. En aquest estudi ens hem plantejat si les variants genètiques d’aquesta IL-6 també poden causar diferències en l’evolució del mieloma múltiple. En concret hem estudiat la presència de guanina o lisina en la posició 174 de la regió promotora del gen de la IL-6.

Preeclampsia grave en una unidad de alto riesgo obstétrico: estudio retrospectivo en el área materno infantil del Hospital Vall de Hebron durante el año 2009

La preeclàmpsia greu és una malaltia multisistemàtica que es caracteritza per tenir presents alguns dels següents símptomes: PA ≥160 / 110, proteïnúria & 5 g/ 24 h, creatinina plasmàtica elevada, oligúria & 500 cc / 24 h, plaquetes & 100.000 /L, elevació de las transaminases, hemòlisis, dolor epigàstric o hipocondri dret, cefalea, alteracions visuals, mentals, edema agut de pulmó., Sd. Hellp, RCIU o oligoamnis; que apareixen durant l’embaràs. Els factors de risc més comuns entre les pacients estudiades a l’àrea matern infantil de l’ Hospital La Vall d´Hebron de Barcelona són la nuliparidat , l’obesitat i l’ edat &35 anys. Hi ha també uns altres factors menys freqüents com la HTA crònica i la gestació múltiple. En la majoria de les gestants es va seguir el protocol de l’ hipertensió arterial d’aquesta àrea. Totes van ser tractades amb sulfato de magnesi per a prevenir les convulsions i antihipertensiu. Sobre el 70% de les pacients va rebre també un tractament per a l’hipertensió amb labetalol e.v. i hidralacina e.v. Aquests fàrmacs són eficaços per al tractament de l’hipertensió en la preeclàmpsia severa. Es va comprovar que les pacients que van rebre el tractament amb hidralacina van presentar un major nombre de manifestacions clíniques i complicacions. L’anestèsia regional és el tipus d’anestèsia escollida. L’anestèsia intradural produeix el major descens de la TA en les pacients amb preeclàmpsia greu tractades amb anestèsia peridural Per altra banda, la cefalea és més freqüent desprès de l’anestèsia intradural que de l’epidural.

Anàlisi d'aplicacions del disseny de programació múltiple: una estimació de priorització en la planificació inicial i progressiva d'aquest enfocament

Atendre la planificació dels plans d’aula per a tot l’alumnat des d’un enfocament d’inclusió i atendre la planificació d’accés de cadascun i cadascuna de les alumnes a tot allò que es desenvoluparà a l’aula, són els propòsits del enfocament basat en el Disseny de Programacions Múltiples i Plans Educatius Individualitzats. Des d’aquest enfocament es planteja un procediment de planificacions “per versions” en el sentit que es considera que, inicialment, no es fa necessari preveure tots els detalls de l’activitat docent que es prepara, sinó el disposar d’uns primers esborranys que poden ser suficients i funcionals o que, en el cas de ser necessàries majors concrecions, aquestes es puguin anar introduint progressivament durant el mateix procés docent. El conèixer els canvis que es produiran en el moment de la implementació és l’objectiu d’aquest treball perquè tenim la convicció que si anticipem els possibles canvis que es produiran sabrem els components en els quals convé inicialment, planificar amb major intensitat i detall i quins són aquells altres components sobre els quals la intensitat de la planificació pot ser menys intensa i així facilitar la tasca dels professionals a l’hora de programar.

Mieloma múltiple: rendimiento del estudio del cariotipo por técnicas convencionales y de hibridación in situ fluorescente. Significado pronóstico de las ganacias de 1 q.

En éste estudio analizamos el rendimiento de las técnicas citogenéticas utilizadas en los protocolos diagnósticos del MM (CC y técnicas de FISH). En primer lugar caracterizamos la serie de pacientes y los estratificamos en grupos de riesgo según los sistemas de estadificación actuales. Después estudiamos el porcentaje de cariotipos patológicos con cada una de las técnicas y en conjunto, encontrando un 40% de cariotipos patológicos por CC y de estos un 11,5% pertenecían a estudios con recuentos de CP ≤20% por citomorfología. La técnica de FISH aumentó hasta un 68% los cariotipos patológicos. También hemos realizado la caracterización de los pacientes con ganancias de 1q y su impacto en la evolución de la enfermedad.

Adherencia a los tratamientos inmunomoduladores en los pacientes con esclerosis múltiple remitente recurrente. Propuestas para mejorar el cumplimiento

L'adherència a immunomoduladors en esclerosi múltiple és d'interès. OBJECTIU: Elaborar eines per millorar l'adherència MÈTODE: Reunió amb investigadors per avaluar els factors associats amb la no-adherència als immunomoduladors. RESULTATS: Es van acordar les recomanacions per neuròlegs i pacients i els qüestionaris a passar a l'inici del tractament i durant el seguiment per identificar els pacients probablement no adherents CONCLUSIÓ: L'adherència es considera essencial. Els professionals sanitaris han de verificar i utilizar estratègies per afavorirla. Donar informació adequada i utilitzar mètodes d'identificació de l'adherència és la clau de l'èxit.

Descripció de l’evolució del tractament farmacològic en pacients amb esclerosi múltiple

Els objectius del treball són descriure les característiques demogràfiques i clíniques dels pacients amb esclerosi múltiple en tractament amb fàrmacs immunomoduladors dispensats en un servei de farmàcia hospitalari i l’avaluació dels aspectes relacionats amb el tractament farmacològic d’aquests pacients, com són els motius que justifiquen el canvi del fàrmac immunomodulador utilitzat, els efectes adversos experimentats amb aquest tipus de fàrmacs i la recollida de la resta del perfil farmacològic dels pacients inclosos.

Funcions de les molècules associades a la mielina i la proteïna priònica cel•lular (PrPc) en neurodegeneració (Malaltia d’Alzheimer) i neuroinflamació (Esclerosi Múltiple)

Les proteïnes associades a la mielina (MAIS), Nogo-A, MAG i OMgp, són molècules que presenten una capacitat inhibitòria molt important per el recreixement axonal i la neuroreparació després de lesió. No obstant des de fa anys les seves funcions han estat ampliades i s’han involucrat en diferents processos degeneratius del sistema nerviós o en processos neuroinflamatoris del sistema nerviós central i el perifèric com ara l'Escleresi Múltiple (MS). La base neurobiològica d’indicadors moleculars que són responsables del dany axonal en MS segueixen sense estar plenament descrits. Recentment s’ha publicat que el mecanisme de senyalització Nogo-A pot regir els primers canvis de la desmielinització immunomediada del sistema nerviós central en el model animal de MS, l’encefalomielitis autoimmune experimental (EAE). De la mateixa forma la proteïna priònica cel•lular és una proteïna que s’ha associat majoritàriament a malalties espongiformes, però que recentment s’ha vinculat (no sense controvèrsia) amb la seva possible relació amb la Malaltia d'Alzheimer (AD), ja que seria capaç de reclutar els oligòmers d’Aβ (ADDLs), els quals correlacionen millor amb el grau de demència, i amb els que interacciona directament, actuant així com un possible mediador de la fosforilació de tau en la malaltia. No obstant, les funcions de les MAIS i de la PrPc en aquests models de la malaltia no estan clarament definits i, per altra banda, es desconeixen els mecanismes de senyalització implicats, no descartant de forma clara el component neural i l’immune.

Segmentació de teixit i lesions en imatges de MRI de malalts d'esclerosi múltiple

Actualment, en l'àmbit mèdic, la ressonància magnètica, MRI Magnetic Resonance Imaging, és un dels sistemes més utilitzats per a la realització de diagnòstics i el seguiment de l'evolució de malalties com l'esclerosi múltiple (EM). No obstant, la gran quantitat d'informació que proporciona aquesta modalitat té com a conseqüència una tasca feixuga d'anàlisi i d'interpretació per part dels radiòlegs i neuròlegs. L'objectiu general d'aquest projecte és desenvolupar un sistema per ajudar als metges a segmentar les imatges de MRI del cervell. S'ha implementat amb MATLAB. Durant tot el procés s'han utilitzat dades sintètiques, de la base de dades simulada BrainWeb, i reals, proporcionades pels grup de metges col•laboradors amb el grup VICOROB.El projecte s'emmarca dins d'un projecte de recerca del grup de Visió per Computador i Robòtica de la Universitat de Girona

El embarazo en la Fibrosis Quística

Las mejoras en la supervivencia y calidad de vida en pacientes con Fibrosis Quística han hecho que la maternidad no sea un fenómeno extraño hoy en día aunque actualmente no hay recomendaciones firmes al respecto. El objetivo del presente estudio es el seguimiento de pacientes con FQ embarazadas, comparando su evolución con un grupo control de características similares. Se observó que las pacientes embarazadas presentan caída significativa de la función pulmonar que se recupera 18 meses tras el parto sin aumentar la mortalidad respecto al grupo control. Factores como la insuficiencia pancreática, el tipo de mutación o colonizaciónes conllevan un peor pronóstico.

Agonistes de neurotrofines com a teràpia neuroprotectora per la Esclerosi Múltiple

Les neurotrofines son factors tròfics que poden induir la supervivencia, la diferenciació i el creixement de les neurones i aquesta és la principal raó per la qual les estudiem en el context de les malalties neurológiques. Les propietats nombrades son crucials per a la cerca d’efectes funcionals pel que fa a tractaments de malalties neurológiques. Avui en dia. donada la seva activitat neuroprotectora, s’ha intentat l’administració extena de neurotrofines com una terapia per diverses enfermetats cerebrals, pero fins ara han tingut poc o cap resultat donada la inhabilitat d’aquestes molècules per creuar la barrera hematoencefàlica i pels seus efectes secondaris, com ara el dolor neuroilogic. Per això, l’aplicació de petites molècules similars a les neurotrofines es considerada com unapossible sol•lució com un possible tractament neuroprotector amb el cervell com a diana. L’objectiu principal d’aquest projecte és testar l’eficacia d’un compost replicant de la neurotrofina pel tractament de algunes enfermetats neurològiques i per a estudiar el mecanisme d’acció d’aquesta molècula. Els resultats obtinguts fins al moment mostren que hem desenvolupat e identificat un compost replicant de la neurotrofina (G79) que manté la seva capacitat com a factor de creixement nerviós (NGF) en un assaig funcional d’NGF (diferenciació i tests de supervivència). A més a més, hem obtingut una proba de concepte per a la eficacia d’aquest compost com un agent terapèutic en diversos models in vivo e in vitro d’Esclerosi Múltiple, glaucoma, enfermetat de Parkinson y Esclerosi Lateral Amiotrófica. En conclusió, els resultats obtinguts durant aquests dos anys suggereixen que la molècula replicant d’NGF G79 és un bon candidat per a ser desenvolutat com a part d’una estratégica terapeutica la diferenciació neuronal, promou la supervivència, activa la fosforilització de TrkA i TrkB, vies de senyalització específiques de la neurotrofina. Aquesta molècula ademés pot creuar la barrera hematoencefàlica per vies de transport actiu, millora el score clínic en animals infectats per Encefalomielitis Autoinmune Experimental, protegeix les cèlules gangliars retinals en el model in vivo de Glaucoma, promou la supervivència de les cèlules en els models in vitro de l’enfermetat de Parkinson i en ELA. En resum, els nostres resultats sugereixen que les molècules replicants de neurotrofina poden desenvoluparse com part d’una estratègia terapéutica neuroprotectora.

Anàlisi del cercador múltiple Copernic 2001 Pro

Podeu consultar la versió en castellà a http://hdl.handle.net/2445/8965