Computer-aided system for morphometric mandibular index computation (Using dental panoramic radiographs)

Objective: We propose and validate a computer aided system to measure three different mandibular indexes: cortical width, panoramic mandibular index and, mandibular alveolar bone resorption index. Study Design: Repeatability and reproducibility of the measurements are analyzed and compared to the manual estimation of the same indexes. Results: The proposed computerized system exhibits superior repeatability and reproducibility rates compared to standard manual methods. Moreover, the time required to perform the measurements using the proposed method is negligible compared to perform the measurements manually. Conclusions: We have proposed a very user friendly computerized method to measure three different morphometric mandibular indexes. From the results we can conclude that the system provides a practical manner to perform these measurements. It does not require an expert examiner and does not take more than 16 seconds per analysis. Thus, it may be suitable to diagnose osteoporosis using dental panoramic radiographs.

Computer-aided system for morphometric mandibular index computation (Using dental panoramic radiographs)

Objective: We propose and validate a computer aided system to measure three different mandibular indexes: cortical width, panoramic mandibular index and, mandibular alveolar bone resorption index. Study Design: Repeatability and reproducibility of the measurements are analyzed and compared to the manual estimation of the same indexes. Results: The proposed computerized system exhibits superior repeatability and reproducibility rates compared to standard manual methods. Moreover, the time required to perform the measurements using the proposed method is negligible compared to perform the measurements manually. Conclusions: We have proposed a very user friendly computerized method to measure three different morphometric mandibular indexes. From the results we can conclude that the system provides a practical manner to perform these measurements. It does not require an expert examiner and does not take more than 16 seconds per analysis. Thus, it may be suitable to diagnose osteoporosis using dental panoramic radiographs

Computer-aided discovery of biological activity spectra for anti-aging and anti-cancer olive oil oleuropeins

Aging is associated with common conditions, including cancer, diabetes, cardiovascular disease, and Alzheimer"s disease. The type of multi‐targeted pharmacological approach necessary to address a complex multifaceted disease such as aging might take advantage of pleiotropic natural polyphenols affecting a wide variety of biological processes. We have recently postulated that the secoiridoids oleuropein aglycone (OA) and decarboxymethyl oleuropein aglycone (DOA), two complex polyphenols present in health‐promoting extra virgin olive oil (EVOO), might constitute a new family of plant‐produced gerosuppressant agents. This paper describes an analysis of the biological activity spectra (BAS) of OA and DOA using PASS (Prediction of Activity Spectra for Substances) software. PASS can predict thousands of biological activities, as the BAS of a compound is an intrinsic property that is largely dependent on the compound"s structure and reflects pharmacological effects, physiological and biochemical mechanisms of action, and specific toxicities. Using Pharmaexpert, a tool that analyzes the PASS‐predicted BAS of substances based on thousands of"mechanism‐ effect" and"effect‐mechanism" relationships, we illuminate hypothesis‐generating pharmacological effects, mechanisms of action, and targets that might underlie the anti‐aging/anti‐cancer activities of the gerosuppressant EVOO oleuropeins.

Proposal for the analysis of a video game, a film, and their relationship : Silent Hill as a subject of the horror genre

Aquest treball de recerca fa un estudi comparatiu del videojoc de terror amb el seu homòleg cinematogràfic. L’objectiu és arribar a saber si els dos mitjans de comunicació usen les mateixes tècniques per transmetre les seves històries i per crear suspens. Aquesta investigació és només una part d'un estudi més ampli amb el que es pretén tenir un coneixement més aprofundit de les emocions de la gent i les reaccions que els provoca un videojoc de terror en comparació amb la visualització de l'adaptació cinematogràfica del corresponent videojoc.

Computer-aided procedure for optimization of layer thickness uniformity in thermal evaporation physical vapor deposition chambers for lens coating

A computer-aided method to improve the thickness uniformity attainable when coating multiple substrates inside a thermal evaporation physical vapor deposition unit is presented. The study is developed for the classical spherical (dome-shaped) calotte and also for a plane sector reversible holder setup. This second arrangement is very useful for coating both sides of the substrate, such as antireflection multilayers on lenses. The design of static correcting shutters for both kinds of configurations is also discussed. Some results of using the method are presented as an illustration.

O6-Methylguanine-DNA methyltransferase protein expression by immunohistochemistry in brain and non-brain systemic tumours: systematic review and meta-analysis of correlation with methylation-specific polymerase chain reaction

Background: The DNA repair protein O6-Methylguanine-DNA methyltransferase (MGMT) confers resistance to alkylating agents. Several methods have been applied to its analysis, with methylation-specific polymerase chain reaction (MSP) the most commonly used for promoter methylation study, while immunohistochemistry (IHC) has become the most frequently used for the detection of MGMT protein expression. Agreement on the best and most reliable technique for evaluating MGMT status remains unsettled. The aim of this study was to perform a systematic review and meta-analysis of the correlation between IHC and MSP. Methods A computer-aided search of MEDLINE (1950-October 2009), EBSCO (1966-October 2009) and EMBASE (1974-October 2009) was performed for relevant publications. Studies meeting inclusion criteria were those comparing MGMT protein expression by IHC with MGMT promoter methylation by MSP in the same cohort of patients. Methodological quality was assessed by using the QUADAS and STARD instruments. Previously published guidelines were followed for meta-analysis performance. Results Of 254 studies identified as eligible for full-text review, 52 (20.5%) met the inclusion criteria. The review showed that results of MGMT protein expression by IHC are not in close agreement with those obtained with MSP. Moreover, type of tumour (primary brain tumour vs others) was an independent covariate of accuracy estimates in the meta-regression analysis beyond the cut-off value. Conclusions Protein expression assessed by IHC alone fails to reflect the promoter methylation status of MGMT. Thus, in attempts at clinical diagnosis the two methods seem to select different groups of patients and should not be used interchangeably.

A new approach to segmentation based on fusing circumscribed contours, region growing and clustering

One of the major problems in machine vision is the segmentation of images of natural scenes. This paper presents a new proposal for the image segmentation problem which has been based on the integration of edge and region information. The main contours of the scene are detected and used to guide the posterior region growing process. The algorithm places a number of seeds at both sides of a contour allowing stating a set of concurrent growing processes. A previous analysis of the seeds permits to adjust the homogeneity criterion to the regions's characteristics. A new homogeneity criterion based on clustering analysis and convex hull construction is proposed

A concurrent region growing algorithm guided by circumscribed contours

Image segmentation of natural scenes constitutes a major problem in machine vision. This paper presents a new proposal for the image segmentation problem which has been based on the integration of edge and region information. This approach begins by detecting the main contours of the scene which are later used to guide a concurrent set of growing processes. A previous analysis of the seed pixels permits adjustment of the homogeneity criterion to the region's characteristics during the growing process. Since the high variability of regions representing outdoor scenes makes the classical homogeneity criteria useless, a new homogeneity criterion based on clustering analysis and convex hull construction is proposed. Experimental results have proven the reliability of the proposed approach

Automatic classification of breast density

A recent trend in digital mammography is computer-aided diagnosis systems, which are computerised tools designed to assist radiologists. Most of these systems are used for the automatic detection of abnormalities. However, recent studies have shown that their sensitivity is significantly decreased as the density of the breast increases. This dependence is method specific. In this paper we propose a new approach to the classification of mammographic images according to their breast parenchymal density. Our classification uses information extracted from segmentation results and is based on the underlying breast tissue texture. Classification performance was based on a large set of digitised mammograms. Evaluation involves different classifiers and uses a leave-one-out methodology. Results demonstrate the feasibility of estimating breast density using image processing and analysis techniques

Embedding objects into Matlab/Simulink for process supervision

This paper introduces how artificial intelligence technologies can be integrated into a known computer aided control system design (CACSD) framework, Matlab/Simulink, using an object oriented approach. The aim is to build a framework to aid supervisory systems analysis, design and implementation. The idea is to take advantage of an existing CACSD framework, Matlab/Simulink, so that engineers can proceed: first to design a control system, and then to design a straightforward supervisory system of the control system in the same framework. Thus, expert systems and qualitative reasoning tools are incorporated into this popular CACSD framework to develop a computer aided supervisory system design (CASSD) framework. Object-variables an introduced into Matlab/Simulink for sharing information between tools

Exploring unfrequent events with accelerated molecular dynamics simulations: from photochemistry to drug design

La meva incorporació al grup de recerca del Prof. McCammon (University of California San Diego) en qualitat d’investigador post doctoral amb una beca Beatriu de Pinós, va tenir lloc el passat 1 de desembre de 2010; on vaig dur a terme les meves tasques de recerca fins al darrer 1 d’abril de 2012. El Prof. McCammon és un referent mundial en l’aplicació de simulacions de dinàmica molecular (MD) en sistemes biològics d’interès humà. La contribució més important del Prof. McCammon en la simulació de sistemes biològics és el desenvolupament del mètode de dinàmiques moleculars accelerades (AMD). Les simulacions MD convencionals, les quals estan limitades a l’escala de temps del nanosegon (~10-9s), no son adients per l’estudi de sistemes biològics rellevants a escales de temps mes llargues (μs, ms...). AMD permet explorar fenòmens moleculars poc freqüents però que son clau per l’enteniment de molts sistemes biològics; fenòmens que no podrien ser observats d’un altre manera. Durant la meva estada a la “University of California San Diego”, vaig treballar en diferent aplicacions de les simulacions AMD, incloent fotoquímica i disseny de fàrmacs per ordinador. Concretament, primer vaig desenvolupar amb èxit una combinació dels mètodes AMD i simulacions Car-Parrinello per millorar l’exploració de camins de desactivació (interseccions còniques) en reaccions químiques fotoactivades. En segon lloc, vaig aplicar tècniques estadístiques (Replica Exchange) amb AMD en la descripció d’interaccions proteïna-lligand. Finalment, vaig dur a terme un estudi de disseny de fàrmacs per ordinador en la proteïna-G Rho (involucrada en el desenvolupament de càncer humà) combinant anàlisis estructurals i simulacions AMD. Els projectes en els quals he participat han estat publicats (o estan encara en procés de revisió) en diferents revistes científiques, i han estat presentats en diferents congressos internacionals. La memòria inclosa a continuació conté més detalls de cada projecte esmentat.

Analysis of the role of mobility-lifetime products in the performance of amorphous silicon p-i-n solar cells

An analytical model of an amorphous silicon p-i-n solar cell is presented to describe its photovoltaic behavior under short-circuit conditions. It has been developed from the analysis of numerical simulation results. These results reproduce the experimental illumination dependence of short-circuit resistance, which is the reciprocal slope of the I(V) curve at the short-circuit point. The recombination rate profiles show that recombination in the regions of charged defects near the p-i and i-n interfaces should not be overlooked. Based on the interpretation of the numerical solutions, we deduce analytical expressions for the recombination current and short-circuit resistance. These expressions are given as a function of an effective ¿¿ product, which depends on the intensity of illumination. We also study the effect of surface recombination with simple expressions that describe its influence on current loss and short-circuit resistance.

Manipulació geomètrica dels blocs d'AutoCAD

Aquest text és un recull de procediments per inserir els blocs d'AutoCAD de forma més eficient, en la resolució de problemes prèviament tipificats: la PRIMERA PART descriu protocols d'actuació que l'usuari haurà d'aplicar manualment, mentre que la SEGONA PART ofereix rutines programades en AutoLISP i VisualLISP que l'eximiran d'aquesta obligació.Si ho deixéssim aquí, però, podria semblar que els mateixos mètodes manuals presentats en primer lloc són després els que AutoLISP automatitza; per això convé aclarir que la problemàtica de la PRIMERA PART, tot i que pròxima a la de la SEGONA, és diferent i reprodueix el contingut d'una monografia (BLOCS I GEOMETRIA: 5 EXERCICIS COMENTATS) que forma part del material de suport a l'assignatura ELEMENTS DE CAD, impartida per l'autor en l'ETS d'Enginyeria de Telecomunicació de Barcelona i que té per objecte cobrir el buit bibliogràfic que es detectava en el vessant geomètric de la inserció de blocs, a diferència del que s'ocupa de l'estructura de dades més adient en cada context (incrustació de dibuixos amb INSERT versus vinculació mitjançant REFX), més profusament tractat, proposant una sistematització tipològica dels casos on l'escala és funció lineal d'una distància.La SEGONA PART va més enllà i amplia el repertori d'AutoCAD amb les ordres GINSERT, RATREDIT, INSERTOK, INS2D, INS3D, BLOQUEOK, DESCOMPOK, DEF-TRANSF, APL-TRANSF-V i APL-TRANSF-N, de les quals INS2D i INS3D (INSERTOK és una versió simplificada de INS2D, per a blocs sense atributs) són l'aportació més innovadora i que més lluny porta les potencialitats de la inserció de blocs: resumint-ho en una frase, es tracta d’aconseguir que la inserció d’un bloc (que pot ser l’original, un bloc constituït per una inserció de l’original o un de constituït per la inserció del precedent) s’encabeixi en un marc prèviament establert, a semblança de les ordres ESCALA o GIRA, que mitjançant l'opció Referencia apliquen als objectes seleccionats la transformació d'escalat o de rotació necessària per tal que un element de referència assoleixi una determinada grandària o posició. Tot i que, per identificar amb encert el nucli del problema, serà inevitable introduir una reflexió: quan s’ha tingut la precaució de referir un bloc 2D a un quadrat unitari ortogonal, inserir-lo de manera que s’adapti a qualsevol marc rectangular establert en el dibuix és immediat, però ja no ho és tant concatenar insercions de manera que, a més d’una combinació simple de escalat, gir i translació, l’operació dugui implícita una transformació de cisallament. Perquè és clar que si inserim el bloc girat i convertim la inserció en un bloc que al seu torn tornem a inserir, ara però amb escalat no uniforme, el transformat del quadrat de referència primitiu serà un paral·lelogram, però el problema és: dibuixat un marc romboïdal concret, ¿quin gir caldrà donar a la primera inserció, i quin gir i factors d’escala caldrà aplicar a la segona perquè el quadrat de referència s’adapti al marc? El problema es complica si, a més, volem aprofitar el resultat de la primera inserció per a d’altres paral·lelograms, organitzant un sistema no redundant de insercions intermèdies. Doncs bé: INS2D i INS3D donen satisfacció a aquestes qüestions (la segona ja no contempla l'encaix en un paral·lelogram, sinó en un paral·lelepípede) i són aplicables a blocs proveïts d’atributs, no només de tipus convencional (els continguts en el pla de base del bloc, únics de funcionament garantit amb l’ordre INSERT), sinó també dels situats i orientats lliurement.

Visió per computador : Jugant amb la realitat

Aquest projecte s'ha desenvolupat dins de l'àrea de visió per computadors, mitjançant el reconeixement d'un patró podem definir tres eixos que conformen un espai tridimensional on hem implementat un videojoc de combats entre robots a sobre d'un entorn real.

Testing Cayley graph densities

We present a computer-assisted analysis of combinatorial properties of the Cayley graphs of certain finitely generated groups: Given a group with a finite set of generators, we study the density of the corresponding Cayley graph, that is, the least upper bound for the average vertex degree (= number of adjacent edges) of any finite subgraph. It is known that an m-generated group is amenable if and only if the density of the corresponding Cayley graph equals to 2m. We test amenable and non-amenable groups, and also groups for which amenability is unknown. In the latter class we focus on Richard Thompson’s group F.