The lipopolysaccharide of Aeromonas spp: structure-activity relationships.

Marine microorganisms, including Aeromonas, are a source of compounds for drug development that have generated great expectations in the last decades. Aeromonas infections produce septicaemia, and ulcerative and haemorrhagic diseases in fish. Among the pathogenic factors associated with Aeromonas, the lipopolysaccharides (LPS), a surface glyconconjugate unique to Gram-negative bacteria consisting of lipid A (lipid anchor of the molecule), core oligosaccharide and O-specific polysaccharide (O antigen), are key elicitors of innate immune responses. The chemical structure of these three parts has been characterized in Aeromonas. Based on the high variability of repeated units of O-polysaccharides, a total of 97 O-serogroups have been described in Aeromonas species, of which four of them (O:11; O:16; O:18 and O:34) account for more than 60% of the septicemia cases. The core of LPS is subdivided into two regions, the inner (highly conserved) and the outer core. The inner core of Aeromonas LPS is characterized by the presence of 3-deoxy-D-manno-oct-2-ulosonic (ketodeoxyoctonic) acid (Kdo) and L-glycero-D-manno-Heptoses (L,D-Hep), which are linked to the outer core, characterized by the presence of Glc, GlcN, Gal, and GalNAc (in Aeromonas salmonicida), D,D-Hep (in Aeromonas salmonicida), and L,D-Hep (in Aeromonas hydrophila). The biological relevance of these differences in the distal part of the outer core among these species has not been fully assessed to date. The inner core is attached to the lipid A, a highly conserved structure that confers endotoxic properties to the LPS when the molecule is released in blood from lysed bacteria, thus inducing a major systemic inflammatory response known as septic or endotoxic shock. In Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida the Lipid A components contain three major lipid A molecules, differing in acylation patterns corresponding to tetra-, penta- and hexaacylated lipid A species and comprising of 4′-monophosphorylated β-2-amino-2-deoxy-D-glucopyranose-(1→6)-2-amino-2-deoxy-D-glucopyranose disaccharide. In the present review, we discuss the structure-activity relationships of Aeromonas LPS, focusing on its role in bacterial pathogenesis and its possible applications.

The lipopolysaccharide of Aeromonas spp: structure-activity relationships

Marine microorganisms, including Aeromonas, are a source of compds. for drug development that have generated great expectations in the last decades. Aeromonas infections produce septicemia, and ulcerative and haemorrhagic diseases in fish. Among the pathogenic factors assocd. with Aeromonas, the lipopolysaccharides (LPS)​, a surface glyconconjugate unique to Gram-​neg. bacteria consisting of lipid A (lipid anchor of the mol.)​, core oligosaccharide and O-​specific polysaccharide (O antigen)​, are key elicitors of innate immune responses. The chem. structure of these three parts has been characterized in Aeromonas. Based on the high variability of repeated units of O-​polysaccharides, a total of 97 O-​serogroups have been described in Aeromonas species, of which four of them (O:11; O:16; O:18 and O:34) account for more than 60​% of the septicemia cases. The core of LPS is subdivided into two regions, the inner (highly conserved) and the outer core. The inner core of Aeromonas LPS is characterized by the presence of 3-​deoxy-​d-​manno-​oct-​2-​ulosonic (ketodeoxyoctonic) acid (Kdo) and l-​glycero-​d-​manno-​Heptoses (l,​d-​Hep)​, which are linked to the outer core, characterized by the presence of Glc, GlcN, Gal, and GalNAc (in Aeromonas salmonicida)​, d,​d-​Hep (in Aeromonas salmonicida)​, and l,​d-​Hep (in Aeromonas hydrophila)​. The biol. relevance of these differences in the distal part of the outer core among these species has not been fully assessed to date. The inner core is attached to the lipid A, a highly conserved structure that confers endotoxic properties to the LPS when the mol. is released in blood from lysed bacteria, thus inducing a major systemic inflammatory response known as septic or endotoxic shock. In Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida the Lipid A components contain three major lipid A mols., differing in acylation patterns corresponding to tetra-​, penta- and hexa-​acylated lipid A species and comprising of 4'-​monophosphorylated β-​2-​amino-​2-​deoxy-​d-​glucopyranose-​(1→6)​-​2-​amino-​2-​deoxy-​d-​glucopyranose disaccharide. In the present review, we discuss the structure-​activity relationships of Aeromonas LPS, focusing on its role in bacterial pathogenesis and its possible applications.

The lipopolysaccharide of Aeromonas spp: structure-activity relationships

Marine microorganisms, including Aeromonas, are a source of compds. for drug development that have generated great expectations in the last decades. Aeromonas infections produce septicemia, and ulcerative and haemorrhagic diseases in fish. Among the pathogenic factors assocd. with Aeromonas, the lipopolysaccharides (LPS)​, a surface glyconconjugate unique to Gram-​neg. bacteria consisting of lipid A (lipid anchor of the mol.)​, core oligosaccharide and O-​specific polysaccharide (O antigen)​, are key elicitors of innate immune responses. The chem. structure of these three parts has been characterized in Aeromonas. Based on the high variability of repeated units of O-​polysaccharides, a total of 97 O-​serogroups have been described in Aeromonas species, of which four of them (O:11; O:16; O:18 and O:34) account for more than 60​% of the septicemia cases. The core of LPS is subdivided into two regions, the inner (highly conserved) and the outer core. The inner core of Aeromonas LPS is characterized by the presence of 3-​deoxy-​d-​manno-​oct-​2-​ulosonic (ketodeoxyoctonic) acid (Kdo) and l-​glycero-​d-​manno-​Heptoses (l,​d-​Hep)​, which are linked to the outer core, characterized by the presence of Glc, GlcN, Gal, and GalNAc (in Aeromonas salmonicida)​, d,​d-​Hep (in Aeromonas salmonicida)​, and l,​d-​Hep (in Aeromonas hydrophila)​. The biol. relevance of these differences in the distal part of the outer core among these species has not been fully assessed to date. The inner core is attached to the lipid A, a highly conserved structure that confers endotoxic properties to the LPS when the mol. is released in blood from lysed bacteria, thus inducing a major systemic inflammatory response known as septic or endotoxic shock. In Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida the Lipid A components contain three major lipid A mols., differing in acylation patterns corresponding to tetra-​, penta- and hexa-​acylated lipid A species and comprising of 4'-​monophosphorylated β-​2-​amino-​2-​deoxy-​d-​glucopyranose-​(1→6)​-​2-​amino-​2-​deoxy-​d-​glucopyranose disaccharide. In the present review, we discuss the structure-​activity relationships of Aeromonas LPS, focusing on its role in bacterial pathogenesis and its possible applications.

Functional and evolutionary analysis of DXL1, a non-essential gene encoding a 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase like protein in Arabidopsis thaliana

The synthesis of 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate (DXP), catalyzed by the enzyme DXP synthase (DXS), represents a key regulatory step of the 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate (MEP) pathway for isoprenoid biosynthesis. In plants DXS is encoded by small multigene families that can be classified into, at least, three specialized subfamilies. Arabidopsis thaliana contains three genes encoding proteins with similarity to DXS, including the well-known DXS1/CLA1 gene, which clusters within subfamily I. The remaining proteins, initially named DXS2 and DXS3, have not yet been characterized. Here we report the expression and functional analysis of A. thaliana DXS2. Unexpectedly, the expression of DXS2 failed to rescue Escherichia coli and A. thaliana mutants defective in DXS activity. Coherently, we found that DXS activity was negligible in vitro, being renamed as DXL1 following recent nomenclature recommendation. DXL1 is targeted to plastids as DXS1, but shows a distinct expression pattern. The phenotypic analysis of a DXL1 defective mutant revealed that the function of the encoded protein is not essential for growth and development. Evolutionary analyses indicated that DXL1 emerged from DXS1 through a recent duplication apparently specific of the Brassicaceae lineage. Divergent selective constraints would have affected a significant fraction of sites after diversification of the paralogues. Furthermore, amino acids subjected to divergent selection and likely critical for functional divergence through the acquisition of a novel, although not yet known, biochemical function, were identified. Our results provide with the first evidences of functional specialization at both the regulatory and biochemical level within the plant DXS family.

Estudi de l'evolució i distribució de Rhynchophorus ferrugineus. Bloc 2: Aplicació d'un model lineal generalitzat mixte a les localitats de Matadepera i Tossa de Mar

El morrut de les palmeres, R. ferrugineus, està actualment considerat com la plaga més perjudicial de les palmeres ja que la seva infestació produeix, de forma comuna, la seva mort. Des de la seva instal·lació en els països de la conca mediterrània, en els últims anys, són milers les palmeres que han mort degut a la plaga. La ràpida dispersió que s’ha produït de l’insecte així com la difícil detecció en els períodes primerencs de les infestacions fa que el R. ferrugineus posi en perill ecosistemes naturals de palmeres així com hàbitats rurals i urbans amb un ús ornamental d’aquestes plantes. És necessari desenvolupar estudis que permetin un millor coneixement del comportament d’aquest insecte així com, aquelles característiques intrínseques de la palmeres i variables externes que afavoreixen la instauració del coleòpter i, per tant, noves metodologies pel seu control.

Determinació del subgrup de 2-Sylow d'una corba el·líptica sobre un cos binari

En aquest treball final de carrera estudiarem i implementarem un algoritme per determinar el subgrup de 2-Sylow d'una corba el·líptica sobre un cos de característica 2. També es donen exemples de com es distribueixen totes les possibles corbes segons el subgrup de 2-Sylow. Finalment, implementarem un mode de l'algoritme capaç de trobar amb corbes sobre cossos binaris graus amb subgrups de 2-Sylow grans.

L'esquema universal de clústers de 2-seccions d'una família de superfícies

Generalitzem el concepte de clúster de punts d'una superfície a clúster de seccions d'una família de superfícies per passar al cas relatiu, és a dir, a clústers de B-punts d'una B-superfície. Llavors definim, amb una propietat universal, la família universal de clusters de 2-seccions d'una família de superfícies, que, en cas que existir, és un esquema que parametritza tots els clústers de 2-seccions d'una famíla de superfícies. Demostrem la seva existencia sota certes hipotesis i trobem que es pot construir en termes de blowups a partir del producte de la família universal de seccions de la fmília de superficies per si mateixa. Al final del treball hi ha tres exemples que mostren part de la teoria estudiada.

X-ray and radio observations of RX J1826.2-1450/LS 5039

RX J1826.2-1450/LS 5039 has been recently proposed to be a radio emitting high mass X-ray binary. In this paper, we present an analysis of its X-ray timing and spectroscopic properties using different instruments on board the RXTE satellite. The timing analysis indicates the absence of pulsed or periodic emission on time scales of 0.02-2000 s and 2-200 d, respectively. The source spectrum is well represented by a power-law model, plus a Gaussian component describing a strong iron line at 6.6 keV. Significant emission is seen up to 30 keV, and no exponential cut-off at high energy is required. We also study the radio properties of the system according to the GBI-NASA Monitoring Program. RX J1826.2-1450/LS 5039 continues to display moderate radio variability with a clearly non-thermal spectral index. No strong radio outbursts have been detected after several months.

Obtenció de jerarquies d'estats cel·lulars via web

Hi ha diversos mètodes d'anàlisi que duen a terme una agrupació global de la sèries de mostres de microarrays, com SelfOrganizing Maps, o que realitzen agrupaments locals tenint en compte només un subconjunt de gens coexpressats, com Biclustering, entre d'altres. En aquest projecte s'ha desenvolupat una aplicació web: el PCOPSamplecl, és una eina que pertany als mètodes d'agrupació (clustering) local, que no busca subconjunts de gens coexpresats (anàlisi de relacions linials), si no parelles de gens que davant canvis fenotípics, la seva relació d'expressió pateix fluctuacions. El resultats del PCOPSamplecl seràn les diferents distribucions finals de clusters i les parelles de gens involucrades en aquests canvis fenotípics. Aquestes parelles de gens podràn ser estudiades per trobar la causa i efecte del canvi fenotípic. A més, l'eina facilita l'estudi de les dependències entre les diferents distribucions de clusters que proporciona l'aplicació per poder estudiar la intersecció entre clusters o l'aparició de subclusters (2 clusters d'una mateixa agrupació de clusters poden ser subclusters d'altres clusters de diferents distribucions de clusters). L'eina és disponible al servidor: http://revolutionresearch.uab.es/

Obtenció d'un model de predicció de les afectacions dels parcs eòlics sobre els serveis de televisió

L'objectiu principal del projecte és l'obtenció d'un model que faci possible la predicció de les afectacionsdels parcs eòlics sobre els serveis de televisió tant analògica com digital. Perquè això sigui possible elpresent projecte pretén assolir els punts següents: 1. Estudi de les diferents fonts d'interferència que poden ocasionar els aerogeneradors, principalmentsobre els elements encarregats de la difusió del senyal de televisió. Aquest estudi es centraen l'anàlisi i detecció dels problemes en recepció de televisió analògica i digital. 2. Desenvolupament d'una metodologia que faci possible la predicció de les afectacions dels parcseòlics sobre els serveis de televisió analògica i digital i l'estudi de la seva viabilitat mitjançantmesures sobre el terreny on es té coneixement d'afectacions provocades per parcs eòlics. 3. Estudi tecno-econòmic dels costos aproximats d'implantació de les diferents solucions per reduirles afectacions i comparació econòmica entre la implantació de solucions prèvies i posteriors a laconstrucció del parc.

Estudi i implementació d'un cas pràctic (e-commerce) segons etapes del disseny centrat en l'usuari

La idea bàsica d'aquest disseny centrat en l'usuari és obtenir informació sobre els usuaris, les seves tasques i objectius, i fer servir tota aquesta informació per orientar el disseny i el desenvolupament de productes. Per a la realització d'aquest treball s'han establert quatre fases: (1) Investigació, (2) Disseny d'escenaris i flux d'interacció, (3) Prototipat, i (4) Avaluació. El cas pràctic que es tractarà és una cadena de supermercats ecològics que vol promocionar la compra responsable d'aliments.

De lo eterno a lo infinito: un intento de reconstrucción del argumento de Meliso (B2-4 D-K)

El autor ofrece un intento de reconstrucción lógicamente consistente e históricamenteplausible del argumento con que probaba Meliso la infinitud de lo que es (Mel. B 2-4 D-K), argumento tradicionalmente considerado como un manualístico ejemplo de falacia. La auténtica demostración de la infinitud por Meliso es la que menciona Aristóteles en De gen. et corr. 1 8, 325 a 13 (= Mel. B 4 a Reale), mientras que B 2, donde se la ha solido querer ver, tan sólo contiene una previa enunciación (primera frase) de los dos argumentos que van a seguir y el desarrollo del primero de ellos; el segundo, sobre la infinitud espacial, se desarrollaría en la segunda parte del fragmento, parte que, excepto la primera frase (B 3), se ha perdido. La reinterpretación de la primera partecomo una prueba de la infinitud se debe a Aristóteles, quien logró sacar magisteril partido de los defectos formales del argumento para echar por tierra la más importante tesis de su adversario atribuyéndole una demostración lógicamente inconsistente, de la que, en realidad, Meliso nunca se sirvió.

Introducció experimental a la biotecnologia amb clavellina: cultiu in vitro

Treball de recerca realitzat per una alumna d'ensenyament secundari i guardonat amb un Premi CIRIT per fomentar l'esperit científic del Jovent l'any 2009. Es tracta d’una recerca experimental en la que s’han assajat vuit tècniques de cultiu in vitro amb clavellina. El material vegetal s’ha esterilitzat per immersió en una solució diluïda de lleixiu i s’ha manipulat de manera estèril. En tots els casos el medi de cultiu utilitzat ha estat el MS amb una concentració de sacarosa i reguladors de creixement variable segons l’experiment. La incubació dels cultius s’han dut a terme en una cambra amb control de fotoperíode durant 4 setmanes. Els diferents reguladors de creixement han mostrat un clar efecte sobre les seccions de tija. Els explants cultivats en medi lliure d’hormones han crescut menys que els exposats a diverses concentracions de NAA i BA. Aquests tractaments hormonals han originat símptomes de creixement anòmals (engruiximents a la base i vitrificació). La presencia de 2,4-D ha afavorit la formació de cal•lus i d’arrels per organogènesi adventícia indirecta. L’obtenció de plàntules per germinació in vitro de llavors ha permès reduir notablement les pèrdues per contaminació, mentre que el subcultiu d’aquestes ha donat unes tases de micropropagació de 7.2 seccions/plàntula. Ha estat possible aclimatar aquestes vitroplantes per tal d’adaptar-les a les condicions de camp. No hem pogut obtenir organogènesis adventícia ni embriogènesi somàtica a partir d anteres ni hem pogut iniciar un cultiu de cèl•lules a partir dels cal•lus. Tot i la complexitat d’aquestes tècniques, és possible dur-les a terme en un laboratori escolar.

Effect of magnesium sulphate and L-tryptophan and genotype on the feed intake, behaviour and meat quality of pigs

Sixty-nine entire male pigs with different halothane genotype (homozygous halothane positive – nn –, n=36; and homozygous halothane negative – NN-, n=33) were fed with a supplementation of magnesium sulphate (Mg) and/or L-tryptophan (Trp) in the diet for 5 days before slaughter. Animals were housed individually and were submitted to stressful ante mortem conditions (mixed in the lorry according to treatments and transported 1 hour on rough roads). Individual feed intake was recorded during the 5-d treatment. At the abattoir, pig behaviour was assessed in the raceway to the stunning system and during the stunning period by exposure to CO2. Muscle pH, colour, water holding capacity, texture and cathepsin activities were determined to assess meat quality. The number of pigs with an individual feed intake lower than 2 kg/d was significantly different among diets (P&0.05; Control: 8.7 %; Mg&Trp: 43.5 %; Trp: 17.4 %) and they were considered to have inadequate supplement intake. During the ante mortem period, 15.2 % of pigs included in the experiment died, and this percentage decreased to 8.7 % in those pigs with a feed intake & 2kg/day, all of them from the stress-sensitive pigs (nn). In general, no differences were observed in the behaviour of pigs along the corridor leading to the stunning system and inside the CO2 stunning system. During the stunning procedure, Trp diet showed shorter periods of muscular excitation than control and Mg&Trp diets. The combination of a stressful ante mortem treatment and Mg&Trp supplementation led to carcasses with high incidence of severe skin lesions. Different meat quality results were found when considering all pigs or considering only those with adequate supplement intake. In this later case, Trp increased pH45 (6.15) vs Control diet (5.96) in the Longissimus thoracis (LT) muscle (P&0.05) and pH at 24h (Trp: 5.59 vs C: 5.47) led to a higher incidence of dark, firm and exudative (DFD) traits in SM muscle (P&0.05). Genotype affected negatively all the meat quality traits. Seventy-five percent of LT and 60.0 % of the SM muscles from nn pigs were classified as pale, soft and exudative (PSE), while none of the NN pigs showed these traits (P&0.0001). No significant differences were found between genotypes on the incidence of DFD meat. Due to the negative effects observed in the Mg&Trp group in feed intake and carcass quality, the utilization of a mixture of magnesium sulphate and tryptophan is not recommended.

Validació i adaptació de l'EuropASI a la població penitenciària catalana (Índex europeu de la severitat de l'addicció)

Aquest treball d'investigació fa una anàlisi de les possibilitats de l’escala EuropASI. Aquest instrument, adaptació europea de l'Addiction Severity Index (ASI), ha demostrat la seva utilitat com a instrument que permet avaluar diferents àrees, assignar als usuaris un tractament i avaluar els canvis produïts per un tractament. També s'han administrat altres proves, com ara la CMR-versió presó i la TECVASP, i s'han recollit diferents variables penitenciàries. En aquesta investigació s'ha fet una revisió dels principals treballs relacionats amb aquest instrument i s'ha utilitzat una mostra de 49 interns dels DAE del Centre Penitenciari Quatre Camins i del Centre Penitenciari Brians 2. Després d'analitzar les dades obtingudes, s'han observat algunes diferències significatives entre els interns del dos DAE que l'EuropASI és capaç de detectar. Les correlacions entre les escales de l'EuropASI indiquen una coherència interna en relació amb les mostres observades. Algunes escales, com ara les d'estat psiquiàtric, relacions familiars i socials i consum d'alcohol i drogues són les que aporten major informació en el global de l'escala. La inclusió de l'escala de l'ASI Criminalitat aporta informació especifica que complementa la resta de les escales. Al treball també s'emfatitzen alguns aspectes relacionats amb l'aplicació i amb la recomanació que les persones que utilitzin aquest instrument tinguin algun tipus de formació, així com algunes propostes relacionades amb l'escala.