Biana: a software framework for compiling biological interactions and analyzing networks

Background: The analysis and usage of biological data is hindered by the spread of information across multiple repositories and the difficulties posed by different nomenclature systems and storage formats. In particular, there is an important need for data unification in the study and use of protein-protein interactions. Without good integration strategies, it is difficult to analyze the whole set of available data and its properties.Results: We introduce BIANA (Biologic Interactions and Network Analysis), a tool for biological information integration and network management. BIANA is a Python framework designed to achieve two major goals: i) the integration of multiple sources of biological information, including biological entities and their relationships, and ii) the management of biological information as a network where entities are nodes and relationships are edges. Moreover, BIANA uses properties of proteins and genes to infer latent biomolecular relationships by transferring edges to entities sharing similar properties. BIANA is also provided as a plugin for Cytoscape, which allows users to visualize and interactively manage the data. A web interface to BIANA providing basic functionalities is also available. The software can be downloaded under GNU GPL license from http://sbi.imim.es/web/BIANA.php.Conclusions: BIANA's approach to data unification solves many of the nomenclature issues common to systems dealing with biological data. BIANA can easily be extended to handle new specific data repositories and new specific data types. The unification protocol allows BIANA to be a flexible tool suitable for different user requirements: non-expert users can use a suggested unification protocol while expert users can define their own specific unification rules.

A total order in [0,1] defined through a 'next' operator

A `next' operator, s, is built on the set R1=(0,1]-{ 1-1/e} defining a partial order that, with the help of the axiom of choice, can be extended to a total order in R1. Besides, the orbits {sn(a)}nare all dense in R1 and are constituted by elements of the samearithmetical character: if a is an algebraic irrational of degreek all the elements in a's orbit are algebraic of degree k; if a istranscendental, all are transcendental. Moreover, the asymptoticdistribution function of the sequence formed by the elements in anyof the half-orbits is a continuous, strictly increasing, singularfunction very similar to the well-known Minkowski's ?(×) function.

A house price index defined in the potential outcomes framework

Current methods for constructing house price indices are based on comparisons of sale prices of residential properties sold two or more times and on regression of the sale prices on the attributes of the properties and of their locations. The two methods have well recognised deficiencies, selection bias and model assumptions, respectively. We introduce a new method based on propensity score matching. The average house prices for two periods are compared by selecting pairs of properties, one sold in each period, that are as similar on a set of available attributes (covariates) as is feasible to arrange. The uncertainty associated with such matching is addressed by multiple imputation, framing the problem as involving missing values. The method is applied to aregister of transactions ofresidential properties in New Zealand and compared with the established alternatives.

KemapMobile: una adaptación de la herramienta software KeMap a la plataforma Android

Este trabajo describe el proceso de creación de la herramienta de software KemapMobile para la plataforma Android. El artefacto es una adaptación del software de escritorio KeMap que se integra en la plataforma educativa VerilUOC y permite a los estudiantes conectarse a ella para descargar, en la aplicación, ejercicios con los que poner a prueba y afianzar sus conocimientos sobre la simplificación de funciones lógicas booleanas con mapas de Karnaugh y tablas de verdad. La arquitectura cliente-servidor de la aplicación permite a los estudiantes disponer de ejercicios personalizados y al profesorado obtener datos sobre el uso de la herramienta y sobre la progresión del alumnado.

Estudi de cloud cumputing i desenvolupament d'un gestor de currículums en eyeOS

El Cloud Computing o computació en el núvol és un conjunt de tecnologies que busca tenir tots els nostres arxius i informació a Internet sense dependre de tenir la capacitat suficient per emmagatzemar informació, tan sols d'oferir-nos el servei que volem en el moment que necessitem. En aquest projecte es detalla l'estudi de les diferents solucions cloud a nivell personal necessàries pel nostre dia a dia amb l'objectiu d'obtenir una eina que ens permeti posteriorment desenvolupar una petita aplicació per a gestionar els nostres currículums vitae.

Laboratorio virtual de química en software libre para la preparación de disoluciones

Con este TFM se muestra un laboratorio virtual de química a través de diversos experimentos para la preparación de disoluciones en función de sus expresiones de concentración.

Software lliure aplicat a un institut

Aquest projecte intenta donar una alternativa al software privatiu, fent servir el software lliure, i per aconseguir aquest objectiu es crea una distribució GNU/Linux adaptada a les necessitats del institut IES Sabadell. També es realitza un petit estudi dels dos tipus de software, lliure i privatiu, en que es mostrà la historia, tipus de llicències, models de negoci i les avantatges que tenen.

Feature Extraction from Whole-Sky Ground-Based Images for Cloud-Type Recognition

Several features that can be extracted from digital images of the sky and that can be useful for cloud-type classification of such images are presented. Some features are statistical measurements of image texture, some are based on the Fourier transform of the image and, finally, others are computed from the image where cloudy pixels are distinguished from clear-sky pixels. The use of the most suitable features in an automatic classification algorithm is also shown and discussed. Both the features and the classifier are developed over images taken by two different camera devices, namely, a total sky imager (TSI) and a whole sky imager (WSC), which are placed in two different areas of the world (Toowoomba, Australia; and Girona, Spain, respectively). The performance of the classifier is assessed by comparing its image classification with an a priori classification carried out by visual inspection of more than 200 images from each camera. The index of agreement is 76% when five different sky conditions are considered: clear, low cumuliform clouds, stratiform clouds (overcast), cirriform clouds, and mottled clouds (altocumulus, cirrocumulus). Discussion on the future directions of this research is also presented, regarding both the use of other features and the use of other classification techniques

Estudi de software lliure en diferents entorns

El software lliure està tenint últimament un pes cada cop més important en les empreses, però encara és el gran desconegut per a molta gent. Des de la seva creació als anys 80 fins ara, hi ha hagut un creixement exponencial de software lliure de gran qualitat, oferint eines per a tot tipus de necessitats, eines ofimàtiques, gestors de correu, sistemes de fitxer, sistemes operatius…. Tot aquest moviment no ha passat desapercebut per a molts usuaris i empreses, que s’han aprofitat d’ell per cobrir les seves necessitats. Pel que fa a les empreses, cada cop n’hi ha més que en petita o gran mesura, utilitzen el software lliure, ja sigui per el seu menor cost d’adquisició, o bé per la seva gran fiabilitat o per que és fàcilment adaptable o per no establir cap lligam tecnològic, en definitiva per tenir més llibertat. En el moment de la creació d’una nova empresa, on es parteix de zero en tota la tecnologia informàtica, és el moment menys costòs d’implementar l’arquitectura informàtica amb software lliure, és quan l’impacte que té sobre l’empresa, usuaris i clients és menor. En les empreses que ja tenen un sistema informàtic, caldrà establir un pla de migració, ja sigui total o parcial. La finalitat d’aquest projecte no és la de dir quin software és millor que l’altre o de dir quin s’ha d’instal•lar, sinó el de donar a conèixer el món del software lliure, mostrar part d’aquest software, fer alguna comparativa de software lliure amb software propietari, donant idees i un conjunt de solucions per a empreses, per què una empresa pugui agafar idees d’implementació d’algunes de les solucions informàtiques exposades o seguir algun dels consells proposats. Actualment ja hi ha moltes empreses que utilitzen software lliure. Algunes només n’utilitzen una petita part en les seves instal•lacions, ja que el fet de que una empresa funcioni al 100% amb software lliure, tot i que n’hi comença ha haver, de moment ho considero una mica arriscat, però que en poc temps, aquest fet serà cada cop més habitual.

Desenvolupament d'un sistema de transferència de software per una placa entrenadora

El departament d’electrònica i telecomunicacions de la Universitat de Vic ha dissenyat un conjunt de plaques entrenadores amb finalitat educativa. Perquè els alumnes puguin utilitzar aquestes plaques com a eina d’estudi, és necessari disposar d’un sistema de gravació econòmic i còmode. La major part dels programadors, en aquest cas, no compleixen amb aquests requeriments. L’objectiu d’aquest projecte és dissenyar un sistema de programació que utilitzi la comunicació sèrie i que no requereixi d'un hardware ni software específics. D’aquesta manera, obtenim una placa autònoma i un programador gratuït, de muntatge ràpid i simple d’utilitzar. El sistema de gravació dissenyat s’ha dividit en tres blocs. Per una banda, un programa que anomenem “programador” encarregat de transferir codi de programa des de l’ordinador al microcontrolador de la placa entrenadora. Per altra banda, un programa anomenat “bootloader”, situat al microcontrolador, permet rebre aquest codi de programa i emmagatzemar-lo a les direccions de memòria de programa corresponents. Com a tercer bloc, s’implementa un protocol de comunicació i un sistema de control d’errors per tal d’assegurar una correcta comunicació entre el “programador” i el “bootloader”. Els objectius d’aquest projecte s’han complert i per les proves realitzades, el sistema de programació ha funcionat correctament.

Software per al cronometratge de temps mitjançant sensors digitals

L’Slot, conegut per tots amb el nom d’Scalextric, s’ha implantat com a una forma d’oci habitual, la pràctica del qual no queda restringida als més petits, sinó que cada vegada crea més afició entre els grans. El fet que l’Slot s’hagi extès entre els adults n’ha revolucionat la pràctica. L’entrada al mercat de l’Slot de gent adulta, i amb poder adquisitiu molt superior als adolescents, ha provocat que les marques especialitzades vagin evolucionant els seus productes cada vegada més. Totes les marques s’han vist obligades a desenvolupar vehicles més competitius i alhora treure al mercat accessoris que augmentin la realitat del joc. Una de les necessitats que s’ha creat és la de competir entre jugadors. Aquesta competició tan pot ser en forma de carrera entre diversos participants, com de forma individual, cronometrant el temps de cada participant en un circuit. L’objectiu principal del projecte és crear un sistema capaç de realitzar cronometratges en temps real mitjançant sensors digitals ja existents en el mercat de l’Slot i poder controlar i visualitzar la informació des d’un PC. Per a poder captar els senyals dels sensors s’ha utilitzat un sistema microcontrolat, que garanteix gran velocitat d’adquisició, processament de dades i transmissió. La comunicació del Microcontrolador amb el PC s’ha realizat mitjançant el bus USB. El PC serà el controlador del sistema i donarà les ordres al Microcontrolador, podent així tenir control total sobre el funcionament del programa. També serà el PC el que tractarà els crocometratges enregistrats i els mostrarà per pantalla

Implementació de la metodologia Scrum en una empresa de desenvolupament de Software

L’organització de la producció és sempre un factor clau en qualsevol empresa. No hi ha cap fórmula magistral que pugui servir per a tothom, perquè aquesta és molt depenent del sector i de la mida. Softvic S.A., l’empresa on treballo, em va demanar que implantés un sistema d’organització adequat a una empresa de desenvolupament de Software. Les empreses d’aquesta tipologia tenen dues característiques diferenciadores respecte una empresa de fabricació: les feines es fan una única vegada i es redefineixen freqüentment els projectes a fer al futur. És a dir, els requisits són inestables i requereixen rapidesa i flexibilitat. Actualment, Softvic S.A. ja té la ISO 9001:2008 al departament de programació. Aquesta ISO contempla com es creen les ordres de programació (OP) i ordres d’incidència (OI) i com es registra i avalua la feina realitzada. L’objectiu és implantar una metodologia que s’encarregui de la part anterior a aquesta, és a dir, definir les feines a fer en un període. Això s’ha d’integrar perfectament amb la part ja recolzada per la ISO. Per aquest fet es va escollir la metodologia Scrum que complia tots els requisits esmentats i estava contrastada per diferents empreses del món del Software. Primerament es van fer proves en les quals es guardava la informació en un Excel i s’imprimien manualment les feines a realitzar. Un cop es va haver decidit quina informació era útil i quina no en el cas de Softvic, es va crear una base de dades amb les taules i camps necessaris. Per treballar de forma més còmoda es va fer posteriorment un programa per a mantenir les dades i un formulari per imprimir etiquetes. A mesura que hem anat utilitzant la metodologia Scrum, hem anat ajustant aspectes cap on hem cregut convenient pel nostre cas en particular.

Gestión centralizada de software de una red sanitaria en Clientes Windows

El proyecto que se presenta trata del estudio y desarrollo para la implementación de un sistema de gestión centralizada de software de una red Sanitaria en Clientes Windows. Este proyecto surge de la necesidad, en una empresa concertada dado el crecimiento de la red, de poder administrar los host de una manera más automatizada y más eficiente.

Globally aligned photomosaic of the Lucky Strike hydrothermal vent field (Mid-Atlantic Ridge, 37°18.5’N): Release of georeferenced data, mosaic construction, and viewing software

We present a georeferenced photomosaic of the Lucky Strike hydrothermal vent field (Mid-Atlantic Ridge, 37°18’N). The photomosaic was generated from digital photographs acquired using the ARGO II seafloor imaging system during the 1996 LUSTRE cruise, which surveyed a ~1 km2 zone and provided a coverage of ~20% of the seafloor. The photomosaic has a pixel resolution of 15 mm and encloses the areas with known active hydrothermal venting. The final mosaic is generated after an optimization that includes the automatic detection of the same benthic features across different images (feature-matching), followed by a global alignment of images based on the vehicle navigation. We also provide software to construct mosaics from large sets of images for which georeferencing information exists (location, attitude, and altitude per image), to visualize them, and to extract data. Georeferencing information can be provided by the raw navigation data (collected during the survey) or result from the optimization obtained from imatge matching. Mosaics based solely on navigation can be readily generated by any user but the optimization and global alignment of the mosaic requires a case-by-case approach for which no universally software is available. The Lucky Strike photomosaics (optimized and navigated-only) are publicly available through the Marine Geoscience Data System (MGDS, http://www.marine-geo.org). The mosaic-generating and viewing software is available through the Computer Vision and Robotics Group Web page at the University of Girona (http://eia.udg.es/_rafa/mosaicviewer.html)

Seguridad en red con software libre

En este proyecto se aborda el tema de cómo poder dar seguridad a una red mediante el software libre.