Approximating subtree distances between Phylogenies

We give a 5-approximation algorithm to the rooted Subtree-Prune-and-Regraft (rSPR) distance between two phylogenies, which was recently shown to be NP-complete by Bordewich and Semple [5]. This paper presents the first approximation result for this important tree distance. The algorithm follows a standard format for tree distances such as Rodrigues et al. [24] and Hein et al. [13]. The novel ideas are in the analysis. In the analysis, the cost of the algorithm uses a \cascading" scheme that accounts for possible wrong moves. This accounting is missing from previous analysis of tree distance approximation algorithms. Further, we show how all algorithms of this type can be implemented in linear time and give experimental results.

Informe sobre l’estada de recerca a la Universitat d’Edimburg; agost, octubre – desembre 2006

Estudi realitzat a partir d’una estada al laboratori del Dr. Maurizio Mencuccini a la School of GeoSciences de la University of Edinburgh, entre els mesos d’agost i desembre del 2006. El treball realitzat s’ha centrat en tres projectes. Primerament, s’ha desenvolupat un sensor per mesurar el flux de saba al xilema i al floema, basat en la utilització de polsos de calor per tal d’estimar la velocitat del flux de massa en un medi porós. A diferència del mètode que es fa servir normalment per estimar el flux al xilema, s’ha aconseguit un nou mètode que assoleix l’escalfament fent servir un làser, la qual cosa fa que el mètode sigui no intrusiu. Per altra banda, s’ha estudiat la variabilitat de l’anatomia del floema en funció de l’edat de l’arbre en poblacions de tres espècies diferents (Pinus sylvestris, Fraxinus excelsior i Acer pseudoplatanus). L’objectiu de l’estudi és veure si l’edat/mida dels arbres afecta la mida dels elements conductors al floema, la superfície de floema funcional, o la relació entre superfície de floema funcional i superfície de fulles. Finalment, s’ha estudiat l’intercanvi de gasos a nivell de branca en funció de l’edat de l’arbre i la posició a la capçada en un bosc de Pinus sylvestris.

Generating trees for permutations avoiding generalized patterns

We construct generating trees with with one, two, and three labels for some classes of permutations avoiding generalized patterns of length 3 and 4. These trees are built by adding at each level an entry to the right end of the permutation, which allows us to incorporate the adjacency condition about some entries in an occurrence of a generalized pattern. We use these trees to find functional equations for the generating functions enumerating these classes of permutations with respect to different parameters. In several cases we solve them using the kernel method and some ideas of Bousquet-Mélou [2]. We obtain refinements of known enumerative results and find new ones.

Varietats d'ametller IRTA: "Masbovera", "Glorieta" i "Francolí"

L’elecció varietal és un aspecte d’extraordinària importància en el cultiu de l’ametller. Les principals varietats cultivades a Espanya tenen característiques destacables, però també limitacions que incideixen negativament en la rendibilitat del cultiu, o que redueixen la seva possible àrea d’utilització. Per exemple, ‘Marcó’ i ‘Desmai Llarguet’, les més difoses, produeixen fruits d’una gran qualitat, però tenen una floració precoç (susceptible de ser danyada per gelades tardanes), són exigents en poda, sensibles als atacs de Fusicoccum amygdali, etc. Les condicions de medi de moltes zones ametlleres no són, evidentment, favorables per al cultiu d’aquestes varietats. L’any 1975 va començar a Mas de Bover un programa de millora de varietats d’ametlla mitjançant encreuaments dirigits. A partir d’aquí, s’ha efectuat un gran nombre d’encreuaments diferents i s’han obtingut molts milers de descendents. El programa ha permès la selecció de tres varietats, ‘Masbovera’, ‘Glorieta’ i ‘Francolí’ que, al nostre parer, reuneixen un conjunt de característiques agronòmiques i comercials d’indubtable interès, a jutjar pels resultats proporcionats fins ara en una àmplia xarxa de plantacions experimentals, localitzades a Catalunya i en d’altres àrees mediterrànies espanyoles i estrangeres, que suposen una sensible millora en relació amb les varietats tradicionals. D’acord amb la ‘Ley de Protección de Obtenciones Vegetales’, l’IRTA va obtenir del MAPA (INSPV), l’any 1992, el ‘Título de Obtención Vegetal’ per a ‘Masbovera’, ‘Glorieta’, i ‘Francolí’. Per a la difusió d’aquestes varietats en el sector ametller espanyol, l’IRTA, a través de GESLIVE, A.I.E., ha concedit llicències de multiplicació a nombrosos vivers. Els darrers anys, s’han realitzat moltes de les noves plantacions espanyoles amb aquestes varietats.

Estratègies per a l'increment del Russeting en pera Conference

La qualitat del fruit és un concepte multidisciplinari i complex de determinar amb claredat i precisió degut a que intervenen factors lligats a la varietat, al mercat, al consumidor final o factors de seguretat agroalimentària. En el cas de poma Golden, la fruita de primera categoria està definida per criteris com calibre de més de 70 mm i sense russeting, malgrat això hi ha mercats del nord d’Espanya que aprecien més la presencia de russeting. Un altre exemple seria el cas de préssec o nectarina, es considera com a criteri de qualitat la coloració homogènia i vermella-fosca, però al mercat nacional s’aprecien els calibres grans, mentre que certs mercats europeus prefereixen els calibres més petits. En el cas de pera Conference hi ha una sèrie de criteris que la seva importància ve condicionada pel mercat o pel consumidor, com són el calibre, la forma, el color de la pell o el russeting. De tots aquests factors, probablement la presencia de russeting sigui un dels criteris que està més estès en la majoria dels mercats o consumidors que coneixen la pera Conference, la qual cosa implica la necessitat de produir Conference amb russeting. Des del punt de vista comercial el russeting presenta una altre avantatge com es una major rusticitat de la pell, la qual cosa redueix els problemes de manipulació i les pèrdues degudes a l’escaldat que apareix quan la fruita està a l’expositor dels supermercats. El russeting és una alteració de l’epidermis dels fruits, degut a la cicatrització de petites lesions que es produeixen a les primeres etapes de la formació dels fruits. L’aparició s’afavoreix per humitats altes i temperatures baixes durant les primeres setmanes posteriors a la floració. Els anys que no es donen aquestes condicions es fa necessari realitzar tractaments amb productes que afavoreixen l’aparició del russeting. L’objectiu d’aquest estudi es determinar quines son els productes i el calendari d’aplicació més eficaces per afavorir l’aparició de russeting en pera Conference, així com el seu efecte sobre els paràmetres productius.

La pera Abate Fetel: Importància, característiques i solucions tècniques al problema del quallat

El conreu del perer a Europa es caracteritza pel fet que els principals països productors aglutinen la major part de la producció d’una varietat, per exemple, el 90% de Blanquilla es produeix a Espanya, el 50% de Llimonera a França, el 100% de Rocha a Portugal i el 99% d’Abate Fetel a Itàlia. Aquesta preponderància varietal per països solament presenta una excepció; es tracta de Conference. Aquesta varietat era conreada fonamentalment a Holanda i Bèlgica, però actualment el 29% es produeix a Espanya, seguida de Bèlgica amb un 24% i Holanda i Itàlia amb un 20% cadascun. En el cas d’Espanya, Conference es va començar a introduir a finals dels anys 70, i en menys de 30 anys s’ha convertit en el major productor de pera Conference. Aquesta situació guarda un cert paral·lelisme amb la conjuntura actual d’Abate Fetel. Itàlia és el principal productor, els preus de liquidació són bastant favorables i és una varietat poc coneguda. En el cas del perer, és important remarcar la manca de noves varietats, en part degut als pocs programes de millora, la qual cosa fa que hi hagi poques alternatives per omplir el període de collita, això fa que Abate Fetel pugui ser una opció interessant també per la seva època de recol·lecció. Actualment les plantacions d’Abate Fetel a casa nostra, tret d’algunes experiències amb èxit, en general presenten dos problemes agronòmics claus. Per un costat, una entrada en producció lenta i per l’altre, baix rendiment productiu, ambdós problemes deguts a una falta de quallat dels fruits. A més, els arbres són vigorosos i molt sensibles a clorosi fèrrica. Tots aquestos elements fan que Abate Fetel sigui per una part problemàtica des del punt de vista agronòmic, però al mateix temps molt interessant des de una vessant econòmica pels elevats preus de liquidació, i més encara en l’espècie perer per la que pràcticament no hi ha innovació varietal. Des de fa 4 anys a les Estacions Experimentals de l’IRTA a Lleida i Mas Badia s’han dut a terme una sèrie de experiments per abordar els problemes d’entrada en producció lenta i rendiments productius baixos, estudiant l’efecte de l’aplicació de fitohormones i del tipus d’esporga. L’objectiu general és posar a punt les tècniques de cultiu per tal de que Abate Fetel sigui una varietat alternativa a les nostres zones de producció.

Capacitación en meliponicultura de la población de Poço Redondo (Sergipe, Brasil)

Con la deforestación, los incendios y la utilización indebida de los agrotóxicos, las abejas nativas de Brasil corren un serio peligro de extinción. Ello se debe a que estas abejas construyen sus nidos en los huecos de los troncos de los árboles y también a que sus fuentes de alimentación son cada vez más escasas. Por ello cada vez son más los que se dedican a la meliponicultura, de esta manera se conservan las abejas y además, se obtiene una renta extra. Mediante el presente proyecto se capacitó en meliponicultura a una muestra de la población de Poço Redondo, para que de esta manera se empiece a recuperar su entorno y también su situación económica actual. Para poder conseguirlo se llevó a cabo el diseño del curso mediante la documentación previa, el trabajo de campo y el análisis de los datos. El resultado fue la capacitación, con la que se formó y concienció ambientalmente a personas para que se dedicaran a la meliponicultura de manera profesional.

The Argentine ant (Linepithema humile) invasion effects on Mediterranean forests’ trophic web: blue tit (Parus caeruleus) reproduction and development

Les invasions biològiques representen una greu amenaça per al funcionament dels ecosistemes i per a la preservació de la biodiversitat.. La formiga argentina (Linepithema humile) està considerada com una de les 100 espècies invasores més nocives. Prospera en extenses àrees de clima mediterrani de regions temperades i subtropicals de tots els continents amb l’excepció de l’Antàrtida. És una formiga dominant i una competidora agressiva que mitjançant múltiples mecanismes, des de predació directe a competència, produeix efectes negatius en una amplia varietat de taxons, principalment formigues i altres artròpodes, però també vertebrats. S’ha investigat, per primera vegada, els efectes de la formiga invasiva sobre les comunitats d’artròpodes de fullatge i com aquestes pertorbacions es transmeten en la xarxa tròfica del bosc esclerofil•le mediterrani. En les suredes estudiades la invasió de formiga argentina és causa directe de la extinció local de la gran majoria de poblacions de formigues natives. En el període mostrejat s’han constatat també impactes negatius en la diversitat i en l’abundància d’artròpodes natius en les capçades dels arbres, particularment d’erugues. Una avaluació preliminar basada únicament amb dades del 2005 indica que, reduint la disponibilitat d’erugues, la formiga argentina empobreix l’hàbitat reproductiu de la mallerenga blava (Parus caeruleus). La mallerenga blava basa la dieta insectívora estricte de la seva pollada fonamentalment en les erugues. No hem detectat impactes en l’èxit reproductiu de les mallerengues blaves en zones envaïdes. Els polls crescuts en àrees envaïdes assoleixen una condició física similar als de les zones no envaïdes, però la reducció en la disponibilitat d’erugues associada a la invasió de formiga argentina es tradueix en un creixement descompassat i en una menor mida estructural del polls volanders. Així, les pertorbacions en la comunitat d’artròpodes associades a la invasió de la formiga argentina promouen efectes bottom-up que acaben perjudicant el desenvolupament dels polls de mallerenga blava.

Exposició de Varietats de Préssec, Nectarina i Poma d'Estiu. Jornada Tècnica, 27 d'agost de 2009

A la jornada tècnica que es va celebrar a l’IRTA Mas Badia a La Tallada d’Empordà (Girona) el passat 27 d’agost, es va presentar una nova tècnica d’aclarida mecànica de pomes (fils de plàstic que giren i fan caure un determinat número de flors) que podria ser una alternativa a les actuals estratègies d’aclarida, com són l’aclarida amb fitoreguladors i l’aclarida manual. Pràcticament s’ha acabat la collita de les primeres pomes de l’any que corresponen a les varietats del grup Gala. La campanya d’enguany es caracteritza per unes altes temperatures, per una excessiva càrrega de fruits en els arbres i per una bona qualitat de sucres, però insuficient color dels fruits. En les altes temperatures poc es pot influir, però és possible intervenir en deixar el número adequat de fruits als arbres per tal que aquests tinguin el màxim de qualitat, calibre i color. En aquest sentit la primera presentació de la jornada va explicar les noves estratègies per facilitar l’aclarida de la poma. La poda anomenada centrifuga és una alternativa vàlida però no suficient, l’aclarida amb els fitoreguladors actuals té un efecte insuficient i les noves matèries actives assajades mostren uns resultats interessants. Finalment, l’aclarida mecànica permet una significativa innovació en aquesta fase de l’itinerari de la producció. Aquesta tècnica és una estratègia neta, efectiva i econòmicament molt més sostenible que les habituals aclarides manuals que es realitzen avui dia. A la jornada, també es va informar dels nous clons de Gala, la coloració dels quals és significativament més alta (33%) que algunes de les varietats que hi han plantades a la actualitat. També es van exposar i presentar les noves varietats més destacades de pera, préssec, nectarina i préssecs plans. En la jornada técnica celebrada en el IRTA Mas Badia en La Tallada de Empordà (Gerona) el pasado 27 de agosto, se presentó una nueva técnica de aclareo mecánico de manzanas (hilos de plástico que giran y hacen caer un determinado número de flores) que podría ser una alternativa a las actuales estrategias de aclareo, como son el aclareo con fitoreguladores y el aclareo manual. Prácticamente ha finalizado la cosecha de las primeras manzanas del año que corresponden a las variedades del grupo Gala. Este año la campaña se caracteriza por unas altas temperaturas, por una excesiva carga de frutos en los árboles y por una buena calidad de azúcares, pero insuficiente color de los frutos. En las altas temperaturas poco puede influirse, pero es posible intervenir en dejar el número adecuado de frutos en los árboles para que estos tengan el máximo de calidad, calibre y color. En este sentido la primera presentación de la jornada expuso las nuevas estrategias para facilitar el aclareo de la manzana. La poda llamada centrifuga es una alternativa válida pero no suficiente, el aclareo con los fitoreguladores actuales tiene un efecto insuficiente y las nuevas materias activas ensayadas muestran unos resultados interesantes. Finalmente, el aclareo mecánico permite una significativa innovación en esta fase del itinerario de la producción. Esta técnica es una estrategia limpia, efectiva y económicamente mucho más sostenible que las habituales técnicas de aclareo manuales que se realizan hoy en día. En la jornada, también se informó de los nuevos clones de Gala, la coloración de los cuales es significativamente más alta (33%) que algunas de las variedades que hay plantadas en la actualidad. También se expusieron y presentaron las nuevas variedades más destacadas de pera, melocotón, nectarina y melocotón planos.

Condicions socioecològiques de la riera d'Arbúcies pel retorn de la llúdriga (Lutra lutra)

La llúdriga (Lutra lutra) va desaparèixer de la conca de la Tordera a causa de la pressió humana sobre ella i el seu hàbitat. Recentment les seves poblacions s’estan recuperant a las conques nord de Catalunya. En aquest context es presenta els resultats dels anàlisis dels requeriments socioecològics de la llúdriga en l’afluent del riu Tordera de la riera d’Arbúcies: qualitat del bosc de ribera, valoració de la contaminació de l’aigua i l’anàlisi de les poblacions d’ictiofauna, a més de l’estimació de l’espècie més abundant. L’evolució de l’ús i cobertes del sòl del sòl mostren que existeix una tendència augment en las masses forestals, zones urbanitzades i infraestructures; també una disminució del camps de cultiu, fruiters i vinyes. La qualitat del bosc de ribera es va valorar a partir del l’índex QBR, obtenint que la màxima qualitat es localitza en el tram alt, disminuint a mesura que s’apropa a la desembocadura al Tordera. La contaminació de l’aigua a estat valorada, per una banda analitzant la qualitat biològica a partir dels índexs IPS i BMWPC, obtenint que la qualitat de l’aigua disminueix a mesura que transcorre riu avall, segons l’IPS. Amb el BMWPC es troba que existeix una recuperació de la qualitat de l’aigua en l’últim tram. Per altra banda s’han analitzat el compostos químics que afecten a la llúdriga, obtenint que les concentracions d’aquest no són rellevants a l’aigua. S’ha analitzat l’estructura de la població d’ictiofauna present, trobant que el Barbus meridionalis és l’espècie més abundant en tots el trams, a més d’augmentar en captures a mesura que l’aigua s’apropa al aiguabarreig amb la Tordera. S’ha estimat la biomassa present d’aquesta espècie, concloent que es suficient per mantenir una població no gaire densa de llúdrigues, inferior a 0,15 individus per kilòmetre de riu.

Desequilibri 234Th/238U per a l'estudi del cicle de partícules al Mediterrani nord-occidental

El desequilibri 238U/234Th s’utilitza per traçar el cicle de les partícules a la part més superficial dels oceans. Això és possible degut a les diferències entre els seus períodes de semidesintegració (T1/2 (234Th)=24,1 d; T1/2 (238U)=4,5 10 9 anys) i a les seves característiques biogeoquímiques: el Th presenta una gran afinitat per les partícules mentre que l’U és conservatiu en aigua de mar. En absència de partícules s’esperaria tenir equilibri secular entre ambdós radionúclids, però com que l’oceà no està lliure de partícules, el 234Th és exportat des de les capes més superficials produint-se un dèficit respecte el seu pare, l’238U. El període de semidesintegració del 234Th és molt adequat per traçar processos d’escales temporals de dies a setmanes, del mateix ordre que el desenvolupament de la floració del fitoplàncton i a la posterior exportació de partícules. En aquest treball es presenten dades obtingudes durant dues campanyes oceanogràfiques realitzades en el marc del Projecte FAMOSO (2009) en el Mediterrani nordoccidental, abans i després de la floració de fitoplàncton de primavera a la zona. Una de les peculiaritats d’aquesta regió és el procés de convecció profunda d’hivern, el qual suposa un important mecanisme de fertilització. A partir dels fluxos de 234Th obtinguts a la columna d’aigua es poden establir les pautes temporals que ha seguit el fitoplàncton en les setmanes prèvies al mostreig. Aquesta informació es compara amb els fluxos obtinguts utilitzant trampes de sediment a la deriva instal·lades durant ambdues campanyes.

Anàlisi del sistema agroecològic de Vila-seca: proposta de guia per a la descoberta del medi

S’ha elaborat una anàlisi del sistema agroecològic del municipi de Vila-seca (Tarragonès) per tal de realitzar en segon lloc, una proposta de guia per a la descoberta del medi per a infants d’entre 8 i 10 anys. A partir del treball de camp realitzat a la zona d’estudi s’han inventariat diferents elements del patrimoni socioecològic que es consideren de rellevada importància al terme. Entre ells destaquen oliveres, garrofers, avellaners, arbres singulars, masos, basses, marges de pedra seca i trones, els quals s’integren en el medi formant un veritable sistema agroecològic, fruit de la interacció entre vectors biofísics i socioeconòmics. D’altra banda, per tal de donar a conèixer aquest sistema s’ha realitzat una proposta de descoberta del medi agrícola a partir d’un itinerari d’educació ambiental per la zona estudiada, on s’engloben tots aquells elements d’especial interès en un recorregut de 2,9 quilòmetres. La guia disposa a més d’una sèrie d’activitats a realitzar a l’entorn per tal de motivar el sentiment de descoberta d’aquest sistema. D’aquesta manera, considerant les fortes pressions que aquest territori pateix per part de les infraestructures i les urbanitzacions és destriable la necessitat de conservació i l’addició dels elements inventariats al catàleg del Patrimoni del municipi.

Anàlisi del desenvolupament floral d'un arbust mediterrani, la Globularia alypum, en poblacions costaneres i continentals

En aquest projecte s’ha estudiat la fenologia de floració de nou poblacions de G.alypum, un arbust de fulla perenne típic dels ambients termòfils de l’oest de l’Àrea Mediterrània, situades en diferents localitats de Catalunya. Aquesta espècie té una fenologia de la floració molt variable entre poblacions, ja que poden florir des de l’estiu tardà - tardor primerenca fins a la primavera següent depenent de la població. Es distingeixen dos grups de població, el de floració primerenca i el floració tardana. Les poblacions primerenques creixen, majoritàriament, a les localitats costaneres i floreixen des de setembre fins a novembre. Les poblacions tardanes creixen a les localitats d’interior i floreixen des de febrer fins a abril. En aquest treball es pretén millorar la comprensió sobre les diferències geogràfiques dels patrons de la fenologia floral entre les poblacions de G. alypum. Unes diferències que ja es manifesten al juliol, quan el desenvolupament floral es troba en els seus estadis preliminars. Alhora, en els mesos posteriors, l’increment del desenvolupament floral de les poblacions de G. alypum s’ha correlacionat positivament amb la temperatura mínima del mes de desembre. En aquest projecte també es pretén aprofundir en el coneixement sobre el desenvolupament floral d’aquesta espècie, descriure’n els diferents estadis i trobar un indicador adient per realitzar anàlisis estadístics. Uns aspectes gens banals tenint en compte la importància ecològica de la floració, sobretot en la seva sincronització amb el cicle vital dels pol·linitzadors així com en la seva importància adaptativa.

Capacidad pronóstica del eje SDF-1/CXCR4 en pacientes con carcinomas escamosos de cabeza y cuello

Introducció: El Stromal Derived Factor 1 (SDF-1) és una quimioquina que compta amb la capacitat de modular en la proliferació, supervivència, angiogènesi, quimiotaxi i metàstasi de les cèl•lules tumorals actuant a través del seu receptor: CXCR4. L'objectiu d'aquest estudi és valorar la relació en l'expressió dels gens de SDF-1 i CXCR4 comparant-los amb l'expressió en mucosa sana i determinar l'impacte en la supervivència en pacients amb Carcinoma escamós de cap i coll. Material i mètodes: Es va dur a terme una determinació de l'expressió de SDF-1 i CXCR4 en mostres de biòpsies prèvies al tractament i de mucosa sana en 76 pacients amb carcinoma escamós de cap i coll mitjançant una tècnica de PCR quantitativa. Es va determinar la supervivència ajustada mitjançant una tècnica d'arbres de classificació. Resultats: Van existir diferències significatives en la supervivència en funció dels nivells d'expressió de SDF-1 i CXCR4 (p = 0,004). Conclusions: L'expressió dels gens que codifiquen l'eix SDF-1 / CXCR4 té capacitat pronòstica significativa en pacients amb Carcinoma escatós de cap i coll.