Exploring unfrequent events with accelerated molecular dynamics simulations: from photochemistry to drug design

La meva incorporació al grup de recerca del Prof. McCammon (University of California San Diego) en qualitat d’investigador post doctoral amb una beca Beatriu de Pinós, va tenir lloc el passat 1 de desembre de 2010; on vaig dur a terme les meves tasques de recerca fins al darrer 1 d’abril de 2012. El Prof. McCammon és un referent mundial en l’aplicació de simulacions de dinàmica molecular (MD) en sistemes biològics d’interès humà. La contribució més important del Prof. McCammon en la simulació de sistemes biològics és el desenvolupament del mètode de dinàmiques moleculars accelerades (AMD). Les simulacions MD convencionals, les quals estan limitades a l’escala de temps del nanosegon (~10-9s), no son adients per l’estudi de sistemes biològics rellevants a escales de temps mes llargues (μs, ms...). AMD permet explorar fenòmens moleculars poc freqüents però que son clau per l’enteniment de molts sistemes biològics; fenòmens que no podrien ser observats d’un altre manera. Durant la meva estada a la “University of California San Diego”, vaig treballar en diferent aplicacions de les simulacions AMD, incloent fotoquímica i disseny de fàrmacs per ordinador. Concretament, primer vaig desenvolupar amb èxit una combinació dels mètodes AMD i simulacions Car-Parrinello per millorar l’exploració de camins de desactivació (interseccions còniques) en reaccions químiques fotoactivades. En segon lloc, vaig aplicar tècniques estadístiques (Replica Exchange) amb AMD en la descripció d’interaccions proteïna-lligand. Finalment, vaig dur a terme un estudi de disseny de fàrmacs per ordinador en la proteïna-G Rho (involucrada en el desenvolupament de càncer humà) combinant anàlisis estructurals i simulacions AMD. Els projectes en els quals he participat han estat publicats (o estan encara en procés de revisió) en diferents revistes científiques, i han estat presentats en diferents congressos internacionals. La memòria inclosa a continuació conté més detalls de cada projecte esmentat.

Hypoxia and vasculature in models of lung cancer: implications for targeted therapeutics

Estudi realitzat a partir d’una estada a la Stanford University School of Medicine. Division of Radiation Oncology, Estats Units, entre 2010 i 2012. Durant els dos anys de beca postdoctoral he estat treballant en dos projectes diferents. En primer lloc, i com a continuació d'estudis previs del grup, volíem estudiar la causa de les diferències en nivells d'hipòxia que havíem observat en models de càncer de pulmó. La nostra hipòtesi es basava en el fet que aquestes diferències es devien a la funcionalitat de la vasculatura. Vam utilitzar dos models preclínics: un en què els tumors es formaven espontàniament als pulmons i l'altre on nosaltres injectàvem les cèl•lules de manera subcutània. Vam utilitzar tècniques com la ressonància magnètica dinàmica amb agent de contrast (DCE-MRI) i l'assaig de perfusió amb el Hoeschst 33342 i ambdues van demostrar que la funcionalitat de la vasculatura dels tumors espontanis era molt més elevada comparada amb la dels tumors subcutanis. D'aquest estudi, en podem concloure que les diferències en els nivells d'hipòxia en els diferents models tumorals de càncer de pulmó podrien ser deguts a la variació en la formació i funcionalitat de la vasculatura. Per tant, la selecció de models preclínics és essencial, tant pels estudi d'hipòxia i angiogènesi, com per a teràpies adreçades a aquests fenòmens. L'altre projecte que he estat desenvolupant es basa en l'estudi de la radioteràpia i els seus possibles efectes a l’hora de potenciar l'autoregeneració del tumor a partir de les cèl•lules tumorals circulants (CTC). Aquest efecte s'ha descrit en alguns models tumorals preclínics. Per tal de dur a terme els nostres estudis, vam utilitzar una línia tumoral de càncer de mama de ratolí, marcada permanentment amb el gen de Photinus pyralis o sense marcar i vam fer estudis in vitro i in vivo. Ambdós estudis han demostrat que la radiació tumoral promou la invasió cel•lular i l'autoregeneració del tumor per CTC. Aquest descobriment s'ha de considerar dins d'un context de radioteràpia clínica per tal d'aconseguir el millor tractament en pacients amb nivells de CTC elevats.

Disseny i implementació d'un marc de treball (framework) de presentació per aplicacions J2EE

Disseny d'un framework per a la capa de presentació en projectes Java Empresarials J2EE.

Avaluació de l’estructuració genètica humana a la Península Ibèrica i a d’altres regions del sudoest europeu: implicacions poblacionals i epidemiològiques

Els avenços en tècniques de genotipat de polimorfismes genètics a gran escala estan liderant una revolució en el camp de l’epidemiologia genètica i la genètica de poblacions humanes. La informació aportada per aquestes tècniques ha evidenciat l’existència d’estructuracions poblacionals que poden augmentar l’error en els estudis d’associació a escala genòmica (GWAS, genome-wide association studies). Estudis recents han demostrat la presència d’aquestes estructuracions a nivell interregional i intrarregional a Europa. El present projecte ha avaluat el grau d’estructuració genètica en poblacions de la Península Ibèrica i altres regions del sudoest europeu (Itàlia i França) per quantificar l’impacte que aquesta potencial estructuració pot tenir en el disseny d’estudis d’associació GWAS i reconstruir la història demogràfica de les poblacions de la Mediterrània. Per aconseguir aquests objectius, s’han analitzat mostres de DNA de 770 individus de 26 poblacions de la Península Ibèrica, França, Itàlia i d’altres països de la Mediterrània. Aquestes mostres van ser genotipades per 240000 SNPs utilitzant l’array 250K StyI d’Affymetrix en el marc d’aquest projecte o mitjançant altres arrays d’Affymetrix en els projectes internacionals HapMap i POPRES. S’han realitzat anàlisis estadístiques incloent anàlisis de components principals, Fst, identitat per descendència, desequilibri de lligament, barreres genètiques, etc. Aquests resultats han permés construir un marc de referència de la variabilitat en aquesta regió, avaluar el seu impacte en estudis d’associació i proposar mesures per evitar l’increment de qualsevol tipus d’error (tipus I i II) en estudis nacionals i internacionals. A més, també han permés reconstruir la història de les poblacions humanes de la Mediterrània així com analitzar les seves relacions demogràfiques. Donada la duració limitada d’aquesta acció (24 mesos, d’octubre de 2010 a setembre de 2012), els resultats d’aquest projecte es troben actualment en fase de redacció i conduiran a diverses publicacions en revistes internacionals i a la preparació de comunicacions a congressos.

Sistemes d’identificació unívoca d’investigadors

El present informe exposa alguns exemples dels projectes més rellevants en l’àmbit de la identificació unívoca dels investigadors a l’hora de crear una plataforma d’accés a la informació científica. S’estructura el treball en quatre parts: la descripció de tres iniciatives internacionals per a la identificació unívoca d’autors (VIAF, ISNI i ORCID), l’anàlisi de sis projectes similars d’abast nacional, l’exemple de tres iniciatives lligades a bases de dades comercials, i les conclusions finals derivades de l’anàlisi comparatiu dels projectes descrits.

Gestors culturals en l’àmbit penitenciari

Programa que pretén canviar l’estereotip de l’educador com a simple animador i oferir una altra visió sobre la manera de treballar i entendre el lleure en l’àmbit penitenciari, molt més en consonància amb la pràctica educativa. Es basa en les experiències que des de fa tres anys duen a terme als centres Brians 1, Brians 2 i Figueres els educadors de cap de setmana i que ens parlen de cogestió del temps de lleure. A aquests centres, cal afegir-hi Quatre Camins, que també ha iniciat un projected’aquestes característiques. Els professionals i els interns que hi han participat han demostrat que treballar en el lleure va molt més enllà d’entretenir. Els resultats de la seva experiència ens mostren el lleure com una eina educativa que els educadors hem d’aprofitar i que permet dur a terme amb èxit programacions culturals i dinamitzar projectes col·lectius des del diàleg, la qual cosa és imprescindible per arribar a l’entesa, i afavoreix la participació, l’assumpció de responsabilitat i el compromís personal. Aquest grup d´interns que formarem com a gestors culturals seran els que gestionin, conjuntament amb els educadors i els altres professionals del centre, les activitats socioculturals que han d’arribar a la població interna. L’educador haurà de formar grups d’interns que, treballant en equip, siguin capaços de dinamitzar la vida social i cultural dels centres. Amb aquest projecte es pretén que el grup de gestors culturals participi en la decisió de com gestionar i organitzar el seu temps de lleure i a què volen dedicar-lo. Entès així, el lleure ofereix un marc d’aprenentatge important ja que aporta espais de relació amb els altres i amb l’entorn. Un entorn que per als participants és la presó, però que més endavant serà el barri, el poble o la ciutat. Després de tot, els gestors culturals estan posant en pràctica competències tan bàsiques com analitzar, detectar, planificar, organitzar... amb tot el que això comporta de negociació, d’acceptació, de renúncia, de respecte, de saber argumentar, de comunicació i de treball en equip. Té també una important dimensió de reflexió i de formació crítica. Entenem el lleure com un espai inclusiu perquè és el millor lloc per trencar tòpics, prejudicis i estereotips.

Edició de vídeo

Aquest manual és el resultat d’una demanda constant dels monitors. La voluntat de tenir més recursos per millorar la feina del dia a dia va comportar elaborar durant l’any 2009 petits manuals relacionats amb les noves tecnologies. No obstant això, teníem com a antecedent els treballs, de qualitat excel·lent, de la nostra companya Rocío Naranjo, monitora d’audiovisuals del CP Brians 2. Després d’ensenyar-nos els treballs que havia fet (El barco de papel) i els projectes que tenia en curs, vam veure clar que era ella qui ens havia d’il·luminar en el tema de l’edició de vídeo. A partir d’aquí vam decidir fer petits manuals, de poca extensió, però molt pràctics, de manera que els puguin fer servir fàcilment tots els monitors artístics dels centres i vam convidar Rocío Naranjo com a experta a les reunions. Amb la voluntat d’aprofitar els recursos i despertar l’interès de tots els companys, vam obrir la sessió d’experts de Rocío Naranjo a tot el col·lectiu, la qual va tenir un gran èxit de participació i va despertar l’interès que preteníem. El fet que la sessió fos molt clara i útil ens va incentivar a preparar un manual aprofitant, amb el seu permís, la seva presentació, el qual és el resultat d’aquesta sessió d’experts, però també el resultat d’una demanda constant d’eines relacionades amb les noves tecnologies aplicades a la nostra feina diària.

Avaluació del projecte "Nightingale/Rossinyol": projecte de mentoria amb estudiants universitaris adreçat a alumnes d'origen estranger

La recerca que aquí es presenta es centra en tres objectius. Primerament, obtenir informació d’altres experiències de mentoria d’alumnat immigrat desenvolupades en altres països (Alemanya, Àustria, Eslovènia, Estats Units, Israel, Noruega, Suècia, Suïssa, etc.) amb l’objectiu d’elaborar un marc teòric sòlid que ajudi a argumentar científicament el projecte "Rossinyol". Aquest objectiu s’ha treballat mitjançant la recerca bibliogràfica i documental a nivell nacional, estatal i internacional. Posteriorment, realitzar una primera anàlisi dels ímputs que aporta el projecte Rossinyol al territori on es porta a terme. Mitjançant l’elaboració i passi d’una entrevista a mentors, mestres (dels mentorats) i enllaços territorials (persones del territori que es posen en contacte amb les escoles per seleccionar els mentorats –entre d’altres tasques-) s’ha analitzat: els punts forts i febles del projecte, els possibles efectes de la mentoria en el mentorat i el tipus de relacions que s’han establert entre els agents que participen en el projecte. Finalment, establir uns criteris d’avaluació que permetin donar pautes per desenvolupar aquest projecte –o projectes similars de mentoria- en altres llocs del nostre país. En aquest apartat del treball s’ha elaborat una proposta d’indicadors amb el conseqüent instrument per, en una fase posterior, recollir informació que permetin fer un seguiment acurat, objectiu i extens del projecte.

DIC.CAT. Dona, immigració i ciutadania: les dones marrquines com a generadores de ciutadania a Catalunya

DIC.CAT es centra en les contribucions a la ciutadania que realitzen les dones immigrants marroquines, sobre les quals recauen forts estereotips i imatges que, sovint, les vinculen a la passivitat i a la submissió. Partint d'aquest fet, el projecte analitza el paper d'aquetes dones com a generadores de noves formes de ciutadania a Catalunya, a partir de les seves accions en les esferes pública i privada. El projecte contribueix, d'una banda a ampliar el coneixement teòric sobre la noció de ciutadania, incorporant la dimensió del gènere i partint de la realitat multicultural actual; i de l'altra a aprofundir sobre el rol que estan exercint les doens marroquines estudiades, com agents actius de xsocialització i generadores de canvis en els formes d'exercir la ciutadania en la societat catalana. Destaquen les accions que desenvolupen des de la seva quotidianitat en relació a aspectes com el procés de reagrupació, la incorporació al mercat laboral, la transmissio de valores dins la familia, la relació amb la comunitat d'origen, les motivacions, aspiracions o els projectes professionals i personals propis. Alhora, el projecte vincula aquestes accions amb les que desenvolupen des dels espais públics en els que participen, especialment dins l'àmbit associatiu.

Ontologies: a review

En aquest paper, analitzem les principals ontologies amb la finalitat de dibuixar un panorama general d'una de les eines més utilitzades en l'estructuració del coneixement. En primer lloc, presentem una àmplia descripció de les cinc ontologies més difoses entre la comunitat científica dedicada a la gestió de la informació. Seguidament, repassem breument algunes de les eines de gestió que s'utilitzen per crear i actualitzar ontologies. I, finalment, presentem algunes conclusions en relació a la selecció d'una ontologia i d'un sistema de gestió per a la seva utilització en el marc dels projectes vigents del grup IULATERM.

Sistemes d'extracció automàtica de (candidats a) termes: estat de la qüestió

Des de l'aparició de TERMINO l'any 1990 fins avui dia s'han portat a terme una sèrie de projectes per dissenyar diferents tipus d'extractors automàtics de terminologia, però malgrat la gran quantitat d'estudis que s'estan realitzant en aquesta línia, els resultats no són del tot satisfactoris. Aquest article presenta una anàlisi dels principals sistemes d'extracció automàtica de terminologia amb la finalitat de dibuixar un panorama general de l'estat de la qüestió. L'estudi comença amb la descripció de diversos sistemes d'extracció de terminologia; en el segon apartat, es comparen els diferents sistemes. L'informe finalitza amb unes conclusions sobre els sistemes analitzats i sobre els criteris que podrien guiar una proposta d'un sistema integrador d'extracció de terminologia.

Traducció automàtica aplicada a les llengües de signes : estat de la qüestió

En aquest treball analitzem l’estat de la qüestió dels sistemes de traducció automàtica per a llengües de signes. Les principals diferències respecte als traductors que treballen exclusivament amb llengües orals es deriven del processament de la llengua de signes, amb les dificultats que comporten l’escassetat de documents escrits i la mancança d’un sistema d’escriptura normalitzat. Com que haurem de treballar amb dades gestuals i visuals, és necessari tenir en compte l’estat dels sistemes de reconeixement i síntesi dels signes de què disposem. També repassarem els sistemes de transcripció i anotació emprats en les llengües de signes, ja que les mancances en la descripció de les dades lingüístiques afectaran el resultat de la traducció. Per últim, analitzarem els diferents projectes que han treballat fins ara en la traducció automàtica de llengües de signes i intentarem establir els paràmetres bàsics per al desenvolupament d'un traductor per a la llengua de signes catalana.

Apropament de la traducció jurídica a l'àmbit de la traducció assistida

Aquest treball acadèmic pretén demostrar que la traducció jurídica i la traducció assistida són dues disciplines plenament compatibles, així com establir la utilitat d'apropar aquests dos àmbits. Per tal d'acomplir aquest objectiu, es creen projectes de traducció, bases de dades terminològiques i memòries de traducció de textos jurídics mercantils (contractes d'agència) i civils (certificats de defunció) tot utilitzant el sistema de traducció assistida per ordinador (TAO) Foreign Desk/Frog. Les conclusions del treball es van extreure amb el bolcatge en altres projectes de les memòries generades, així com la reutilització en altres projectes de les BDTs creades.

Instal·lació fotovoltaica a la UPF : projecte de viabilitat

És viable portar a terme la instal·lació de panells solars fotovoltaics a la UniversitatPompeu Fabra? Està dins dels objectius de la universitat? Per què encara no s’ha portat a terme un projecte com aquest en cap campus de la UPF? Aquest treball busca donar resposta a totes aquestes preguntes i fer-ho de manera realista i imparcial.Primer de tot, hem de destacar que fer una instal·lació solar en un edifici és, a diferència del que ens ve al cap primerament, una inversió. Amb això volem dir que l’energia generada per cada panell solar no es dedica al consum de la niversitat, sinó que es ven a la xarxa elèctrica a un preu fixat per llei. Així que el que tenim entre mans és clarament una inversió i, evidentment, ens pot fer guanyar diners.L’espina dorsal del treball és un estudi exhaustiu de la viabilitat econòmica que tindria aquesta inversió en diferents escenaris. Hem centrat l’estudi en el Campus de la Ciutadella de la UPF, concretament sobre les cobertes dels edificis Roger de Llúria i Jaume Primer; i hem calculat el VAN, TIR i pay-back de la inversió sota diferents circumstàncies per mostrar un panorama complert de la situació. Tot i això, el treball no es queda aquí. Emmarcant l’estudi de la inversió, s’ha situat lesenergies renovables en l’actualitat, concretament la solar fotovoltaica, s’ha comparat la ideologia de la UPF amb les ideologies d’altres universitats catalanes que compten amb instal·lacions solars, s’ha comparat els projectes de diverses d’aquestesuniversitats amb el que seria el projecte de la UPF i, per últim, s’ha plantejat unaproposta d’obtenció d’ingressos per tal de millorar la inversió o participar en altresprojectes ecològics. La nostra opinió és que aquest tema té un gran rerefons, ja que neix conceptes relacionats amb la economia, la imatge, la responsabilitat social o l’evolució. Per tant, animem al lector a continuar llegint i descobrir la resposta a tots aquests interrogants.

Patrons d'incorporació sociolaboral immigració llatinoamericana en dos contestos urbans, Barcelona i Manchester

La present memòria de treball presenta les principals conclusions del projecte titulat “Patrons d'incorporació sociolaboral immigració llatinoamericana en dos contestos urbans, Barcelona i Manchester" finançat per la convocatòria Projectes Batista i Roca PBR 2009 i executat pels grups de recerca GEDIME (Grup d’estudis de migracions i minories ètniques) de la UAB, i el Global Urban Research Centre (GURC-University of Manchester). El projecte s’aproxima, des d’un pla estructural i des d’una anàlisi comparativa, al context de recepció d’ambdós territoris (context institucional, social i econòmic), que determina l’estructura d’oportunitats dels immigrants i condiciona les seves estratègies com agents socials, en interacció amb les diferents situacions de cada immigrant (nivell educatiu, situació familiar, cicle vital, classe social, etc.). A través dels seminaris i workshops realitzats en ambdues universitats participants, s'ha establert vincles de col•laboració estable entre els dos grups de recerca implicats en el projecte. Aquest marc de cooperació es valora com una iniciativa que ha de transcendir el temps de desenvolupament d’aquest estudi i que ha de donar lloc a la presentació de nous projectes competitius, publicacions conjuntes, etc. Aquesta opció, valorada com a fonamental pels dos centres de recerca, ha servit per generar un flux d’informació científica permanent entre ambdós centres de recerca.