Minimizing recombinations in consensus networks for phylogeographic studies

Background: We address the problem of studying recombinational variations in (human) populations. In this paper, our focus is on one computational aspect of the general task: Given two networks G1 and G2, with both mutation and recombination events, defined on overlapping sets of extant units the objective is to compute a consensus network G3 with minimum number of additional recombinations. We describe a polynomial time algorithm with a guarantee that the number of computed new recombination events is within ϵ = sz(G1, G2) (function sz is a well-behaved function of the sizes and topologies of G1 and G2) of the optimal number of recombinations. To date, this is the best known result for a network consensus problem.Results: Although the network consensus problem can be applied to a variety of domains, here we focus on structure of human populations. With our preliminary analysis on a segment of the human Chromosome X data we are able to infer ancient recombinations, population-specific recombinations and more, which also support the widely accepted 'Out of Africa' model. These results have been verified independently using traditional manual procedures. To the best of our knowledge, this is the first recombinations-based characterization of human populations. Conclusion: We show that our mathematical model identifies recombination spots in the individual haplotypes; the aggregate of these spots over a set of haplotypes defines a recombinational landscape that has enough signal to detect continental as well as population divide based on a short segment of Chromosome X. In particular, we are able to infer ancient recombinations, population-specific recombinations and more, which also support the widely accepted 'Out of Africa' model. The agreement with mutation-based analysis can be viewed as an indirect validation of our results and the model. Since the model in principle gives us more information embedded in the networks, in our future work, we plan to investigate more non-traditional questions via these structures computed by our methodology.

Comparative analysis of cancer genes in the human and chimpanzee genomes

Background: Cancer is a major medical problem in modern societies. However, the incidence of this disease in non-human primates is very low. To study whether genetic differences between human and chimpanzee could contribute to their distinct cancer susceptibility, we have examined in the chimpanzee genome the orthologous genes of a set of 333 human cancer genes. Results: This analysis has revealed that all examined human cancer genes are present in chimpanzee, contain intact open reading frames and show a high degree of conservation between both species. However, detailed analysis of this set of genes has shown some differences in genes of special relevance for human cancer. Thus, the chimpanzee gene encoding p53 contains a Pro residue at codon 72, while this codon is polymorphic in humans and can code for Arg or Pro, generating isoforms with different ability to induce apoptosis or interact with p73. Moreover, sequencing of the BRCA1 gene has shown an 8 Kb deletion in the chimpanzee sequence that prematurely truncates the co-regulated NBR2 gene. Conclusion: These data suggest that small differences in cancer genes, as those found in tumor suppressor genes, might influence the differences in cancer susceptibility between human and chimpanzee. Nevertheless, further analysis will be required to determine the exact contribution of the genetic changes identified in this study to the different cancer incidence in non-human primates.

On codes, matroids, and secure multiparty computation from linear secret-sharing schemes

Error-correcting codes and matroids have been widely used in the study of ordinary secret sharing schemes. In this paper, the connections between codes, matroids, and a special class of secret sharing schemes, namely, multiplicative linear secret sharing schemes (LSSSs), are studied. Such schemes are known to enable multiparty computation protocols secure against general (nonthreshold) adversaries.Two open problems related to the complexity of multiplicative LSSSs are considered in this paper. The first one deals with strongly multiplicative LSSSs. As opposed to the case of multiplicative LSSSs, it is not known whether there is an efficient method to transform an LSSS into a strongly multiplicative LSSS for the same access structure with a polynomial increase of the complexity. A property of strongly multiplicative LSSSs that could be useful in solving this problem is proved. Namely, using a suitable generalization of the well-known Berlekamp–Welch decoder, it is shown that all strongly multiplicative LSSSs enable efficient reconstruction of a shared secret in the presence of malicious faults. The second one is to characterize the access structures of ideal multiplicative LSSSs. Specifically, the considered open problem is to determine whether all self-dual vector space access structures are in this situation. By the aforementioned connection, this in fact constitutes an open problem about matroid theory, since it can be restated in terms of representability of identically self-dual matroids by self-dual codes. A new concept is introduced, the flat-partition, that provides a useful classification of identically self-dual matroids. Uniform identically self-dual matroids, which are known to be representable by self-dual codes, form one of the classes. It is proved that this property also holds for the family of matroids that, in a natural way, is the next class in the above classification: the identically self-dual bipartite matroids.

Aprendizaje basado en la interacción de usuarios para búsqueda y recuperación de imágenes

Se propone, al amparo del proyecto “Nuevos Algoritmos para la Gestión Eficiente de Contenidos Multimediaen Redes de Comunicaciones Móviles” (NAGEC), un nuevo mecanismo para la búsqueda y recuperación deimágenes basado en realimentación de relevancia. La arquitectura propuesta se compone de una red neuronal yun tesauro. La red neuronal extrae de las imágenes dos parámetros: textura y color. El tesauro recoge lasrelaciones semánticas existentes entre los términos descriptores de las imágenes de la base de datos VisTex.Ambos componentes se relacionan mediante un modelo de realimentación de relevancia que, a través de lasinteracciones del usuario con el tesauro durante el proceso de búsqueda, permite a la red aprender relacionessemánticas inherentes a las imágenes.

Guiding students through competence-based educational material

Student guidance is an always desired characteristic in any educational system, butit represents special difficulty if it has to be deployed in an automated way to fulfilsuch needs in a computer supported educational tool. In this paper we explorepossible avenues relying on machine learning techniques, to be included in a nearfuture -in the form of a tutoring navigational tool- in a teleeducation platform -InterMediActor- currently under development. Since no data from that platform isavailable yet, the preliminary experiments presented in this paper are builtinterpreting every subject in the Telecommunications Degree at Universidad CarlosIII de Madrid as an aggregated macro-competence (following the methodologicalconsiderations in InterMediActor), such that marks achieved by students can beused as data for the models, to be replaced in a near future by real data directlymeasured inside InterMediActor. We evaluate the predictability of students qualifications, and we deploy a preventive early detection system -failure alert-, toidentify those students more prone to fail a certain subject such that correctivemeans can be deployed with sufficient anticipation.

Where do I leave my baby? use and development of early childcare in Spain

Since the beginning of the 1990s, there has been a setady increase in childcare coverage for children aged 0-3 in Spain. The coverage has rised from 4 per cent in 1992 to 13.5 in 2004. Despite this positive trend, the supply of childcare services for under-3 is among the lowest in Western European countries.

Why do workers leave unions? - group differences in a Spanish Union Federation

This study analyses the characteristics of members leaving a Spanishunion federation – Catalonia branch of Workers’ Commissions(CCOO-Catalonia), together with their reasons for leaving using avariety of data sources. Our findings indicate that higher union attritionamong members in instable employment (i.e. casual employment andlow seniority). In general, union leavers confirm that their job situationis an important reason for leaving the union. We therefore concludethat efforts made by the union to retain members in vulnerable labormarket positions are important in reducing high rates of union attritionin Spain.

Union activism in an inclusive model of industrial relations : evidence from an Spanish case

In this article we analyze the reasons, within the context of Spanish industrial relations, for trade union members’ active participation in their regional union. The case of Spain is particularly interesting as the unions’ main activity, collective bargaining, is a public good. The text, based on research involving a representative survey of members of a regional branch of the “Workers” Commissions” (Comisiones Obreras) trade union, provides empirical evidence that the union presence in the workplace has a significant influence on members’ propensity for activism. By contrast, the alternative hypothesis based on instrumental reasons appears of little relevance in the Spanish industrial relations context.

La Tutela militar en la política de la República de Turquía

El ejército turco ha mantenido hasta la actualidad un importante grado de influencia en eldesarrollo de la vida política de Turquía. Los militares se han visto a sí mismos como losguardianes de lo que se ha llamado kemalismo, la ideología basada en los principios delfundador del país, Mustafa Kemal Atatürk.

El papel de los diarios de difusión nacional en la Revolución de Asturias de 1934: el caso de ABC y Heraldo de Madrid

La Revolución de Asturias de 1934 supone uno de los capítulos más cruentos de la Segunda República española, en tanto en cuanto muestra que las diferencias sociales, económicas y políticas del momento podían estallar violentamente en cualquier momento.La prensa, muy comprometida ideológicamente,también participó de este acontecimiento de una u otra forma. Esta investigación pretende abordar el caso concreto de ABC y Heraldo de Madrid, los dos periódicos más vendidos del país, y cómo su información y sus opiniones pudieron contribuir a destacar y motivar estas diferencias.

La reacción española ante la revolución portuguesa a través de la prensa. El tratamiento de los principales diarios (1974-1976)

En este trabajo se presenta un proyecto para realizar el análisis de la reacción española aún durante el Franquismo ante la Revolución de los Claveles en Portugal. Esta Revolución terminó con el anterior régimen dictatorial. La reacción española será analizada a través de su propia prensa diaria, sobre todo a través de diarios publicados en Madrid y en Barcelona. Se buscará definir cual la relevancia concedida por la prensa a los hechos portugueses, y cual su postura frente el cambio portugués. Para eso se analizarán los diarios madrileños ABC, Informaciones, Arriba y Pueblo, y los diarios barceloneses La Vanguardia Española y Tele/eXpres.

Projecte desplegament d'una xarxa d'operador de fibra òptica al 22@ i a diverses ciutats del continent

En la primera fase s’interconnectarien a través d’un anell de fibra òptica tres hotels d’una mateixa cadena en l’àrea del 22@ de Barcelona. S’ofereixen els serveis de: intranet, telefonia IP amb interconnexió a la PSTN, videoconferència i internet. Utilitzem VLANs per gestionar la qualitat de servei i la seguretat. El nostre model teòric inclou estimacions de tràfic, comparativa de fabricants, valoració econòmica i diagrama de Gantt d’implantació. A més, ampliem la gamma de serveis amb una xarxa Wimax al 22@ en previsió de futur ús. I augmentem la disponibilitat del servei amb un enllaç ràdio dedicat de backup des d’un dels nodes cap a la torre de Collserola, en la banda dels 18GHz, amb antenes parabòliques. Hem fet càlculs d’atenuació. En la segona i successives fases s’amplia la xarxa de FO a nivell nacional i internacional per a treballar com a operador d’empreses, amb un acurat disseny i selecció dels aparells òptics.

Diseño e implementación de 4SPPIces Tool: Una aplicación web para dar apoyo a la creación de actividades educativas colaborativas en entornos mezclados

La introducción de dispositivos tecnológicos como PDAs, móviles o portátiles, en la educación ofrece nuevas oportunidades para el aprendizaje. El uso apropiado de estas herramientas abre la posibilidad a un abanico de escenarios educativos colaborativos que no serían posibles sin la tecnología. Sin embargo, uno de los problemas principales que dificulta la adopción de estos dispositivos en entornos educativos reales es el comprender cómo aplicarlos de forma adecuada y beneficiosa para cubrir los objetivos de aprendizaje esperados. Para ello es necesario establecer vínculos entre educadores y tecnólogos para que este tipo de escenarios se puedan llevar a cabo. Por un lado, los educadores tienen conocimientos sobre prácticas educativas y, por otro lado, los tecnólogos pueden aportar con sus conocimientos acerca de las oportunidades que las tecnologías ofrecen. 4SPPIces es un modelo conceptual que tiene como objetivo establecer este puente entre las dos comunidades. Concretamente, se trata de un modelo que propone 4 factores interrelacionados que deben considerarse en el diseño de experiencias educativas colaborativas que combinen actividades dentro y fuera del aula: (1) el método pedagógico (Pedagiocal Method), (2) los participantes (Participants), (3) el espacio (Space) y (4) el historial (History). El objetivo de este proyecto es desarrollar una aplicación web para que educadores y tecnólogos colaboren en el diseño de escenarios basados en este modelo. Concretamente, este trabajo presenta el proceso de desarrollo de la aplicación así como algunas pruebas con usuarios para analizar la usabilidad y utilidad del sistema.

Instal·lació fotovoltaica a la UPF : projecte de viabilitat

És viable portar a terme la instal·lació de panells solars fotovoltaics a la UniversitatPompeu Fabra? Està dins dels objectius de la universitat? Per què encara no s’ha portat a terme un projecte com aquest en cap campus de la UPF? Aquest treball busca donar resposta a totes aquestes preguntes i fer-ho de manera realista i imparcial.Primer de tot, hem de destacar que fer una instal·lació solar en un edifici és, a diferència del que ens ve al cap primerament, una inversió. Amb això volem dir que l’energia generada per cada panell solar no es dedica al consum de la niversitat, sinó que es ven a la xarxa elèctrica a un preu fixat per llei. Així que el que tenim entre mans és clarament una inversió i, evidentment, ens pot fer guanyar diners.L’espina dorsal del treball és un estudi exhaustiu de la viabilitat econòmica que tindria aquesta inversió en diferents escenaris. Hem centrat l’estudi en el Campus de la Ciutadella de la UPF, concretament sobre les cobertes dels edificis Roger de Llúria i Jaume Primer; i hem calculat el VAN, TIR i pay-back de la inversió sota diferents circumstàncies per mostrar un panorama complert de la situació. Tot i això, el treball no es queda aquí. Emmarcant l’estudi de la inversió, s’ha situat lesenergies renovables en l’actualitat, concretament la solar fotovoltaica, s’ha comparat la ideologia de la UPF amb les ideologies d’altres universitats catalanes que compten amb instal·lacions solars, s’ha comparat els projectes de diverses d’aquestesuniversitats amb el que seria el projecte de la UPF i, per últim, s’ha plantejat unaproposta d’obtenció d’ingressos per tal de millorar la inversió o participar en altresprojectes ecològics. La nostra opinió és que aquest tema té un gran rerefons, ja que neix conceptes relacionats amb la economia, la imatge, la responsabilitat social o l’evolució. Per tant, animem al lector a continuar llegint i descobrir la resposta a tots aquests interrogants.

Derivats financers al mercat espanyol: el Model de Black-Scholes i corbes de volatilitat per opcions sobre l'índex niniIBEX-35

El nostre treball es centrarà en conèixer i aprendre les nocions bàsiques del mercat financer espanyol, primer; i aplicar uns coneixements per veure si es verifica unahipòtesi plantejada, després. La incògnita que volem resoldre és la següent: comprovarsi tots els supòsits i resultats que faciliten els models teòrics emprats en l’estudi dels mercats financers a l’hora de la veritat es compleixen.D’entre els múltiples conceptes que ens proporcionen els estudis de mercatsfinancers ens centrarem sobretot en el model de Black-Scholes i els somriures devolatilitat per desenvolupar el nostre treball. Després de cercar les dades necessàries a través de la web del M.E.F.F., entrevistar-nos amb professionals del sector i fer un seguiment d’aproximadament dos mesos dels moviments de les opcions sobre l’Índex Mini-Íbex 35, amb l’ajuda d’un programa informàtic en llenguatge C, hem calculat les corbes de volatilitat de les opcions sobre l’Índex Mini-Íbex 35.Les conclusions més importants que hem extret són que el Model de Black-Scholes, malgrat va revolucionar el món dels mercats financers, està basat en 2 supòsits que no es compleixen a la realitat: la distribució lognormal del preu de les accions i unavolatilitat constant. Tal i com hem pogut comprovar, la corba de volatilitat de lesopcions sobre l’Índex Mini-Íbex 35 és decreixent amb el preu d’exercici i laMoneyness, tal i com sostenen les teories dels somriures de volatilitat; per tant, no és constant. A més, hem comprovat que a mesura que s’apropa el venciment d’una opció,el preu acordat de l’actiu subjacent a l’opció s’apropa al preu de mercat.