A general definition and nomenclature for alternative splicing events

Understanding the molecular mechanisms responsible for the regulation of the transcriptome present in eukaryotic cells isone of the most challenging tasks in the postgenomic era. In this regard, alternative splicing (AS) is a key phenomenoncontributing to the production of different mature transcripts from the same primary RNA sequence. As a plethora ofdifferent transcript forms is available in databases, a first step to uncover the biology that drives AS is to identify thedifferent types of reflected splicing variation. In this work, we present a general definition of the AS event along with anotation system that involves the relative positions of the splice sites. This nomenclature univocally and dynamically assignsa specific ‘‘AS code’’ to every possible pattern of splicing variation. On the basis of this definition and the correspondingcodes, we have developed a computational tool (AStalavista) that automatically characterizes the complete landscape of ASevents in a given transcript annotation of a genome, thus providing a platform to investigate the transcriptome diversityacross genes, chromosomes, and species. Our analysis reveals that a substantial part—in human more than a quarter—ofthe observed splicing variations are ignored in common classification pipelines. We have used AStalavista to investigate andto compare the AS landscape of different reference annotation sets in human and in other metazoan species and found thatproportions of AS events change substantially depending on the annotation protocol, species-specific attributes, andcoding constraints acting on the transcripts. The AStalavista system therefore provides a general framework to conductspecific studies investigating the occurrence, impact, and regulation of AS.

Plan de seguridad y salud para el suministro y montaje del Parque Eólico Rancho Viejo en el T.M. de Medina-Sidonia (Cádiz)

No hace más de 3 años se podía leer en las revistas especializadas que España había pasado a ocupar el tercer puesto en el ranking mundial por potencia eólica instalada. La industria eólica española a su vez ha pasado a ocupar el tercer puesto en la fabricación e instalación de aerogeneradores, con una cuota de mercado del 13%, siendo así un sector con gran capacidad de exportación. Por otra parte, tras diez años de promulgación de la Ley 31/95, de 8 de noviembre, de Prevención de Riesgos Laborales, y después su desarrollo reglamentario, es un hecho incontestable que, pese a todo, y a los ingentes esfuerzos realizados por los distintos actores implicados en la prevención de riesgos laborales (Estado, Comunidades Autónomas, Agentes Sociales, Entidades especializadas, etcetera), existe un sector como el de la construcción que, constituyendo uno de los ejes del crecimiento económico de nuestro país, está sometido a unos riesgos especiales y continúa registrando una siniestralidad laboral muy notoria por sus cifras y gravedad. La legislación de prevención, los manuales sobre las distintas disciplinas preventivas, los libros especializados, los expertos... han abordado ya, con mayor o menor acierto, muchas de las cuestiones generales y específicas que afectan a la seguridad y salud: la evaluación de riesgos, las medidas higiénicas, los equipos de trabajo y equipos de protección individual, la planificación, la formación, los servicios de prevención , los sistemas de gestión de la prevención, las auditorías ... forman parte de los contenidos que se han ido creando en torno a este tema. No obstante, resulta de gran interés la elaboración de un estudio de Seguridad y Salud, en el que partiendo de un desarrollo técnico concreto, pero sobre todo integral, es decir, que comprenda todas las fases para el suministrp e instalación de aerogeneradores para un parque eólico, vayamos desgranando cada uno de los puntos desarrollados en su construcción. Entre las conclusiones más destacadas de este trabajo, se encuentra la definición de las condiciones relativas a la prevención de accidentes y enfermedades laborales durante la ejecución de los trabajos de suministro e instalación de un parque eólico y la gestión de su prevención, las características de las instalaciones preceptivas para higiene y bienestar de los trabajadores, así como directrices básicas mínimas, que deben reflejarse y desarrollarse en el Plan de Seguridad y Salud que las empresas contratistas deberán presentar para su aprobación por el director de obra, antes del comienzo de los trabajos, de forma que sea posible la disminución de accidentes laborales así como evitar las posibles sanciones administrativas y/o penales.

Posada en funcionament d'una oficina de tramitació ràpida (OTRA) de la Direcció General d'Indústria, del Govern de les Illes Balears

La Direcció General d’Indústria té com a principal finalitat el control de les instal•lacions i de diferents activitats de l’àmbit industrial; exerceix aquesta funció mitjançant la tramitació de documentacions tècniques i la inspecció. Com tota Administració Pública, es troba en un entorn molt dinàmic, on només les empreses més competitives poden subsistir i els ciutadans tenen noves necessitats molt diferents de les de fa un temps. Ambdós, empreses i ciutadans, exigeixen serveis de qualitat a un sector públic que no té altra alternativa que caminar en la mateixa direcció. L’objectiu d’aquest treball és planificar una sèrie d’accions estratègiques que permetran la millora dels serveis oferts a fi de complir amb les expectatives de la ciutadania. S’ha realitzat una anàlisi interna i de l’entorn de l’organització, el resultat de la qual ha estat la detecció d’una sèrie de punts de millora. A continuació s’ha definit una pla operatiu de qualitat, emmarcat dins del segon Pla Estratègic de Qualitat del Govern de les Illes Balears, amb tres propostes d’actuació: la separació de funcions, la tramitació ràpida d’expedients i el pla de formació. Les propostes esmentades constitueixen les bases d’una nova unitat orgànica (Oficina de Tramitació Ràpida), el model organitzatiu de la qual queda definit en els diferents apartats del treball. Igualment, s’hi descriu el procés de posada en funcionament dels distints procediments que es vagin adaptant al nou sistema i la planificació dels treballs a dur a terme, que seguiran el cicle de la qualitat de Deming, és a dir, planificar, fer, verificar i actuar.

Positional bias of general and tissue-specific regulatory motifs in mouse gene promoters

Background: The arrangement of regulatory motifs in gene promoters, or promoterarchitecture, is the result of mutation and selection processes that have operated over manymillions of years. In mammals, tissue-specific transcriptional regulation is related to the presence ofspecific protein-interacting DNA motifs in gene promoters. However, little is known about therelative location and spacing of these motifs. To fill this gap, we have performed a systematic searchfor motifs that show significant bias at specific promoter locations in a large collection ofhousekeeping and tissue-specific genes.Results: We observe that promoters driving housekeeping gene expression are enriched inparticular motifs with strong positional bias, such as YY1, which are of little relevance in promotersdriving tissue-specific expression. We also identify a large number of motifs that show positionalbias in genes expressed in a highly tissue-specific manner. They include well-known tissue-specificmotifs, such as HNF1 and HNF4 motifs in liver, kidney and small intestine, or RFX motifs in testis,as well as many potentially novel regulatory motifs. Based on this analysis, we provide predictionsfor 559 tissue-specific motifs in mouse gene promoters.Conclusion: The study shows that motif positional bias is an important feature of mammalianproximal promoters and that it affects both general and tissue-specific motifs. Motif positionalconstraints define very distinct promoter architectures depending on breadth of expression andtype of tissue.

Forma Tarraconis: GIS aplicado a la arqueología urbana

Desde aquel incipiente interés renacentista del siglo XVI hasta la profesionalización de la arqueología en la actualidad, la ingente actividad realizada en Tarragona ha necesitado de formas de registrarla y organizarla, a fin de ser estudiada en el contexto diacrónico general de la ciudad. Esta tarea se ha visto favorecida en el último decenio del siglo pasado por la aparición y adopción de una herramienta informática que no fue diseñada específicamente para la Arqueología. El GIS o SIG, se ha convertido en un instrumento básico e indispensable para cualquier ciudad que tenga un mínimo bagaje patrimonial. Prueba de ello son las publicaciones de Cartas Arqueológicas obtenidas a partir de este software, o sin ir mucho más lejos, los trabajos presentados en este simposio. Presentamos a continuación la experiencia de Tarragona en la creación de un programa, bajo soporte GIS, para la gestión de la actividad arqueológica. Previamente contextualizaremos esta experiencia ya que es justa heredera de iniciativas individuales y de equipos y proyectos previos que trataron, con mucha menor suerte que no éxito, de organizar y poner orden en la maltrecha documentación arqueológica de nuestra ciudad. Describiremos posteriormente las funcionalidades básicas de este programa, su arquitectura y las aplicaciones realizadas en el desarrollo de sendos proyectos de estudio de la ciudad. En este último caso nos centraremos, principalmente, en el proyecto Planimetria Arqueològica de Tàrraco, impulsado por el Museu d’Història del Ayuntamiento de Tarragona y el Institut Català d’Arqueologia Clàssica, y que ha contado con la colaboración de la Generalitat de Catalunya para su edición. Seguidamente veremos como el uso de la información en capas registrada en el GIS combinada con la inclusión de la cartografía histórica de una ciudad permiten el análisis de problemas arqueológicos irresolubles sólo con los datos estrictamente arqueológicos. En este caso se aplicará sobre la validación de la morfología urbana de Tarraco propuesta por Macias (2000a). Por último se hará una reflexión sobre cuales podrían ser las mejoras aplicables sobre el programa, en previsión de futuras revisiones del mismo.

Using MILP to plan holidays and working hours under an annualised hours agreement

Annualising work hours (AH) is a means of achievement flexibility in the use of human resources to face the seasonal nature of demand. In Corominas et al. (1) two MILP models are used to solve the problem of planning staff working hours with annual horizon. The costs due to overtime and to the employment of temporary workers are minimised, and the distribution of working time over the course of the year for each worker and the distribution of working time provided by temporary workers are regularised.In the aforementioned paper, the following is assumed: (i) the holiday weeks are fixed a priori and (ii) the workers are from different categories who are able to perform specific type of task have se same efficiency; moreover, the values of the binary variables (and others) in the second model are fixed to those in the first model (thus, in the second model these will intervene as constants and not as variables, resulting in an LP model).In the present paper, these assumptions are relaxed and a more general problem is solved. The computational experiment leads to the conclusion that MILP is a technique suited to dealing with the problem.

Variaciones en las pautas de localización industrial: formación del "Corredor Industrial del Ebro" y General Motors

El trabajo examina como la ubicación de la factoría de General Motors E., a treinta kilómetros del casco urbano de Zaragoza, está contribuyendo a la acentuación de dos aspectos: la implantación de un nuevo modelo de localización industrial cada vez más alejado de la ciudad, en la medida que los medios de transporte se van desarrollando y la corisolidación del "Corredor Industrial del Ebro", como una de las zonas más dinámicas de todo el "Eje del Ebro".

Ordenación territorial en áreas de interés natural: "PORN de la Estanca de Alcañiz y su entorno inmediato (Teruel) mediante SIG"

La realización de un Plan de Ordenación de Recursos Naturales (PORN) requiere de la aplicación de una metodología específica para evaluar los intereses que confluyen, solucionar los problemas que se presentan, y sistematizar la propia elaboración del Plan. El presente trabajo muestra la metodología aplicada a la elaboración de un PORN en el entorno próximo de un embalse localizado en Alcañiz (Teruel), y que ha sido objeto de un Proyecto Final de Carrera en la Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agraria (ETSEA) de Lleida (BERGUA, 1995). El trabajo comprende dos fases diferenciadas: en una primera fase se realiza el encuadre territorial y definición de la base descriptiva, objetiva y permanente sobre la que se asienta el conjunto del sistema. La segunda fase corresponde al tratamiento de la información recogida y al proceso de valoración. La zonificación propuesta para el entorno estudiado y sus respectivas actividades son función del resultado de la superposición de los componentes intervinientes en la valoración del territorio, y de los criterios y prioridades que permiten su definición. Finalmente, mediante la utilización de Sistemas de Información Geográfica (S.I.G.) se establece la asignación de usos del Territorio.

Seis aspectos de la participacion en procesos de transformacion urbana

La participación ciudadana en procesos de transformación del espacio público se incluye cada vez con más fuerza en la gestión de las ciudades, como forma de construcción de urbes y ciudadanía con consecuencias positivas en varios niveles. Pero la complejidad de este tipo de experiencias -donde ciudadanía, Administración y profesionales implicados deben trabajar a favor de una mejora substancial- retrasa y a veces paraliza este tipo de procesos, que requieren un cambio de cultura profesional y cívica. En este artículo no se plantean modelos ni fórmulas, sino que se reflexiona sobre seis aspectos transversales a este tipo de experiencias participativas: la ciudadanía como protagonista; la participación como oportunidad de adaptación de la urbe al ciudadano; la emergencia de la creatividad en los procesos; la relación entre participación y representación-generación de identidad; el concepto de apropiación del espacio público, y finalmente la necesidad de permeabilidad por parte de los agentes implicados.

Diseño de un plan de educación emocional en Guipúzcoa: diseño y aplicación del programa de formación de formadores

Esta comunicación se contextualiza en el marco de un proyecto denominado“Guipúzcoa: Hacia una sociedad emocionalmente inteligente” puesto en marcha por elDepartamento de Innovación y Sociedad del Conocimiento de la Diputación Foral deGuipúzcoa (actualmente Departamento de Innovación, Desarrollo Rural y Turismo), que tuvo lainiciativa de impulsar procesos de innovación educativa en base a la inteligencia emocional. Lafinalidad del citado proyecto es la transformación de la sociedad guipuzcoana mediante laintervención en cuatro áreas: educación, empresa, servicios socio-comunitarios y familia.Nuestra investigación se centra en el área de educación. En este trabajo se expone, dentro delplan de innovación educativa, el diseño del proceso formativo que consiste en un programa deeducación emocional abierto al profesorado y profesionales de la educación de todas lasetapas educativas del ámbito no universitario, con el compromiso por parte del profesoradode poner en práctica programas para el desarrollo de competencias emocionales en elalumnado. Los participantes se han comprometido a participar en la evaluación externa de lasintervenciones educativas. Los resultados obtenidos han mostrado de forma general un efectopositivo del programa sobre el desarrollo emocional y social del alumnado en todas las etapaseducativas aunque con importantes diferencias en función del rango de edad y del centroentrenado. El programa ha causado un impacto relevante, manifestando todos los centrosparticipantes interés por continuar con esta línea de intervención en un futuro.

Plan de revitalización del CHA

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Plan de seguridad y salud para el suministro y montaje del Parque Eólico Rancho Viejo en el T.M. de Medina-Sidonia (Cádiz)

No hace más de 3 años se podía leer en las revistas especializadas que España había pasado a ocupar el tercer puesto en el ranking mundial por potencia eólica instalada. La industria eólica española a su vez ha pasado a ocupar el tercer puesto en la fabricación e instalación de aerogeneradores, con una cuota de mercado del 13%, siendo así un sector con gran capacidad de exportación. Por otra parte, tras diez años de promulgación de la Ley 31/95, de 8 de noviembre, de Prevención de Riesgos Laborales, y después su desarrollo reglamentario, es un hecho incontestable que, pese a todo, y a los ingentes esfuerzos realizados por los distintos actores implicados en la prevención de riesgos laborales (Estado, Comunidades Autónomas, Agentes Sociales, Entidades especializadas, etcetera), existe un sector como el de la construcción que, constituyendo uno de los ejes del crecimiento económico de nuestro país, está sometido a unos riesgos especiales y continúa registrando una siniestralidad laboral muy notoria por sus cifras y gravedad. La legislación de prevención, los manuales sobre las distintas disciplinas preventivas, los libros especializados, los expertos... han abordado ya, con mayor o menor acierto, muchas de las cuestiones generales y específicas que afectan a la seguridad y salud: la evaluación de riesgos, las medidas higiénicas, los equipos de trabajo y equipos de protección individual, la planificación, la formación, los servicios de prevención , los sistemas de gestión de la prevención, las auditorías ... forman parte de los contenidos que se han ido creando en torno a este tema. No obstante, resulta de gran interés la elaboración de un estudio de Seguridad y Salud, en el que partiendo de un desarrollo técnico concreto, pero sobre todo integral, es decir, que comprenda todas las fases para el suministrp e instalación de aerogeneradores para un parque eólico, vayamos desgranando cada uno de los puntos desarrollados en su construcción. Entre las conclusiones más destacadas de este trabajo, se encuentra la definición de las condiciones relativas a la prevención de accidentes y enfermedades laborales durante la ejecución de los trabajos de suministro e instalación de un parque eólico y la gestión de su prevención, las características de las instalaciones preceptivas para higiene y bienestar de los trabajadores, así como directrices básicas mínimas, que deben reflejarse y desarrollarse en el Plan de Seguridad y Salud que las empresas contratistas deberán presentar para su aprobación por el director de obra, antes del comienzo de los trabajos, de forma que sea posible la disminución de accidentes laborales así como evitar las posibles sanciones administrativas y/o penales.

Posada en funcionament d'una oficina de tramitació ràpida (OTRA) de la Direcció General d'Indústria, del Govern de les Illes Balears

La Direcció General d’Indústria té com a principal finalitat el control de les instal•lacions i de diferents activitats de l’àmbit industrial; exerceix aquesta funció mitjançant la tramitació de documentacions tècniques i la inspecció. Com tota Administració Pública, es troba en un entorn molt dinàmic, on només les empreses més competitives poden subsistir i els ciutadans tenen noves necessitats molt diferents de les de fa un temps. Ambdós, empreses i ciutadans, exigeixen serveis de qualitat a un sector públic que no té altra alternativa que caminar en la mateixa direcció. L’objectiu d’aquest treball és planificar una sèrie d’accions estratègiques que permetran la millora dels serveis oferts a fi de complir amb les expectatives de la ciutadania. S’ha realitzat una anàlisi interna i de l’entorn de l’organització, el resultat de la qual ha estat la detecció d’una sèrie de punts de millora. A continuació s’ha definit una pla operatiu de qualitat, emmarcat dins del segon Pla Estratègic de Qualitat del Govern de les Illes Balears, amb tres propostes d’actuació: la separació de funcions, la tramitació ràpida d’expedients i el pla de formació. Les propostes esmentades constitueixen les bases d’una nova unitat orgànica (Oficina de Tramitació Ràpida), el model organitzatiu de la qual queda definit en els diferents apartats del treball. Igualment, s’hi descriu el procés de posada en funcionament dels distints procediments que es vagin adaptant al nou sistema i la planificació dels treballs a dur a terme, que seguiran el cicle de la qualitat de Deming, és a dir, planificar, fer, verificar i actuar.