Declaració sobre la perspectiva actual i els usos preferits per a la selecció i adquisició de la informació electrònica. Actualització núm. 1: Nous desenvolupaments en la subscripció de revistes electròniques

Aquesta Declaració afegeix noves perspectives a la primera "Declaració sobre la perspectiva actual i els usos preferits per a la selecció i adquisició de la informació electrònica" de l'ICOLC ("Statement of Current Perspective and Preferred Practices for the Selection and Purchase of Electronic Information") http://www.library.yale.edu/consortiastatement.html. La declaració original ha influït en les polítiques adoptades per consorcis de biblioteques de tot el món, i encara és considerada com una expressió vàlida dels temes importants sobre el desenvolupament de l'accés a la immensa col· lecció de bases de dades electròniques, llibres i revistes disponibles actualment. Des de que la Declaració original va ser redactada el 1998, han sorgit nous desenvolupaments –particularment les que fan referència a revistes electròniques- que tenen el potencial d'estimular o bé de dificultar el creixement de l'accés. Aquesta actualització conté recomanacions en algunes de les àrees més importants d'aquests nous desenvolupaments.

Object recognition for autonomous objects: comparison of two approaches

Report for the scientific sojourn at the Swiss Federal Institute of Technology Zurich, Switzerland, between September and December 2007. In order to make robots useful assistants for our everyday life, the ability to learn and recognize objects is of essential importance. However, object recognition in real scenes is one of the most challenging problems in computer vision, as it is necessary to deal with difficulties. Furthermore, in mobile robotics a new challenge is added to the list: computational complexity. In a dynamic world, information about the objects in the scene can become obsolete before it is ready to be used if the detection algorithm is not fast enough. Two recent object recognition techniques have achieved notable results: the constellation approach proposed by Lowe and the bag of words approach proposed by Nistér and Stewénius. The Lowe constellation approach is the one currently being used in the robot localization project of the COGNIRON project. This report is divided in two main sections. The first section is devoted to briefly review the currently used object recognition system, the Lowe approach, and bring to light the drawbacks found for object recognition in the context of indoor mobile robot navigation. Additionally the proposed improvements for the algorithm are described. In the second section the alternative bag of words method is reviewed, as well as several experiments conducted to evaluate its performance with our own object databases. Furthermore, some modifications to the original algorithm to make it suitable for object detection in unsegmented images are proposed.

Reconocimiento de objetos multi-clase basado en descriptores de forma

Este trabajo presenta un sistema para detectar y clasificar objetos binarios según la forma de éstos. En el primer paso del procedimiento, se aplica un filtrado para extraer el contorno del objeto. Con la información de los puntos de forma se obtiene un descriptor BSM con características altamente descriptivas, universales e invariantes. En la segunda fase del sistema se aprende y se clasifica la información del descriptor mediante Adaboost y Códigos Correctores de Errores. Se han usado bases de datos públicas, tanto en escala de grises como en color, para validar la implementación del sistema diseñado. Además, el sistema emplea una interfaz interactiva en la que diferentes métodos de procesamiento de imágenes pueden ser aplicados.

Bioinformática: consultas cruzadas a bases de datos biomédicas remotas

En la presente memoria se detallan con exactitud los pasos y procesos realizados para construir una aplicación que posibilite el cruce de datos genéticos a partir de información contenida en bases de datos remotas. Desarrolla un estudio en profundidad del contenido y estructura de las bases de datos remotas del NCBI y del KEGG, documentando una minería de datos con el objetivo de extraer de ellas la información necesaria para desarrollar la aplicación de cruce de datos genéticos. Finalmente se establecen los programas, scripts y entornos gráficos que han sido implementados para la construcción y posterior puesta en marcha de la aplicación que proporciona la funcionalidad de cruce de la que es objeto este proyecto fin de carrera.

Cultura i Societat en la guerra del Francès

Des de que començà aquest projecte, el grup de recerca ha intentat aprofundir el coneixement de la Catalunya de la Guerra del Francès (1808 -1814) a partir d’una òptica britànica. El grup pretenia així desenvolupar la relació que es va establir entre els catalans i els britànics al llarg de tota la guerra, des dels primers contactes permesos per la presència de la flota britànica en la costa catalana fins a la intervenció de forces britàniques en territori català. D’aquesta manera, i primerament, el grup inicià la consulta de les bases de dades i catàlegs catalans i britànics per a completar el nostre llistat de referències arxivístiques i bibliogràfiques. El segon pas van ésser les tres estades d’investigació que entre el 2006 i el 2007 es van fer a Anglaterra, principalment a Londres. La investigació es realitzà a la British Library, al Institute of Historical Research of the School of Advanced Studies de la University of London, al National Maritime Museum i als National Archives of the United Kingdom. A continuació, el grup analitzà la informació recollida de la lectura de fonts primàries i bibliogràfiques en aquests centres de recerca. Finalment, el grup creu que la intensa relació que es va establir entre les dues parts, reflecteix la importància que les autoritats britàniques van donar a Catalunya, i que el seu aïllament amb el centre polític del bàndol patriota va permetre que desenvolupés les seves pròpies dinàmiques i cronologies, encara que s’integraven en el desenvolupament general de la guerra.

A first attempt of geographically-distributed Multi-scale integrated analysis of societal and ecosystem metabolism (MuSIASEM): mapping human time and energy throughput in metropolitan Barcelona

This study presents a first attempt to extend the “Multi-scale integrated analysis of societal and ecosystem metabolism (MuSIASEM)” approach to a spatial dimension using GIS techniques in the Metropolitan area of Barcelona. We use a combination of census and commercial databases along with a detailed land cover map to create a layer of Common Geographic Units that we populate with the local values of human time spent in different activities according to MuSIASEM hierarchical typology. In this way, we mapped the hours of available human time, in regards to the working hours spent in different locations, putting in evidence the gradients in spatial density between the residential location of workers (generating the work supply) and the places where the working hours are actually taking place. We found a strong three-modal pattern of clumps of areas with different combinations of values of time spent on household activities and on paid work. We also measured and mapped spatial segregation between these two activities and put forward the conjecture that this segregation increases with higher energy throughput, as the size of the functional units must be able to cope with the flow of exosomatic energy. Finally, we discuss the effectiveness of the approach by comparing our geographic representation of exosomatic throughput to the one issued from conventional methods.

Análisis y sintonización de aplicaciones paralelas/distribuidas de bioinformática: caso de estudio mpiBLAST

En termes de temps d'execució i ús de dades, les aplicacions paral·leles/distribuïdes poden tenir execucions variables, fins i tot quan s'empra el mateix conjunt de dades d'entrada. Existeixen certs aspectes de rendiment relacionats amb l'entorn que poden afectar dinàmicament el comportament de l'aplicació, tals com: la capacitat de la memòria, latència de la xarxa, el nombre de nodes, l'heterogeneïtat dels nodes, entre d'altres. És important considerar que l'aplicació pot executar-se en diferents configuracions de maquinari i el desenvolupador d'aplicacions no port garantir que els ajustaments de rendiment per a un sistema en particular continuïn essent vàlids per a d'altres configuracions. L'anàlisi dinàmica de les aplicacions ha demostrat ser el millor enfocament per a l'anàlisi del rendiment per dues raons principals. En primer lloc, ofereix una solució molt còmoda des del punt de vista dels desenvolupadors mentre que aquests dissenyen i evaluen les seves aplicacions paral·leles. En segon lloc, perquè s'adapta millor a l'aplicació durant l'execució. Aquest enfocament no requereix la intervenció de desenvolupadors o fins i tot l'accés al codi font de l'aplicació. S'analitza l'aplicació en temps real d'execució i es considra i analitza la recerca dels possibles colls d'ampolla i optimitzacions. Per a optimitzar l'execució de l'aplicació bioinformàtica mpiBLAST, vam analitzar el seu comportament per a identificar els paràmetres que intervenen en el rendiment d'ella, com ara: l'ús de la memòria, l'ús de la xarxa, patrons d'E/S, el sistema de fitxers emprat, l'arquitectura del processador, la grandària de la base de dades biològica, la grandària de la seqüència de consulta, la distribució de les seqüències dintre d'elles, el nombre de fragments de la base de dades i/o la granularitat dels treballs assignats a cada procés. El nostre objectiu és determinar quins d'aquests paràmetres tenen major impacte en el rendiment de les aplicacions i com ajustar-los dinàmicament per a millorar el rendiment de l'aplicació. Analitzant el rendiment de l'aplicació mpiBLAST hem trobat un conjunt de dades que identifiquen cert nivell de serial·lització dintre l'execució. Reconeixent l'impacte de la caracterització de les seqüències dintre de les diferents bases de dades i una relació entre la capacitat dels workers i la granularitat de la càrrega de treball actual, aquestes podrien ser sintonitzades dinàmicament. Altres millores també inclouen optimitzacions relacionades amb el sistema de fitxers paral·lel i la possibilitat d'execució en múltiples multinucli. La grandària de gra de treball està influenciat per factors com el tipus de base de dades, la grandària de la base de dades, i la relació entre grandària de la càrrega de treball i la capacitat dels treballadors.

Biblioteca Digital de Catalunya: 10 anys d'activitats

El Consorci de Biblioteques Universitàries de Catalunya (CBUC) va ser creat el 1996 amb l'objectiu de fer i mantenir el catàleg col·lectiu de les universitats de Catalunya (CCUC) però aviat va ampliar les seves activitats amb el préstec interbibliotecari i les compres conjuntes d'informació electrònica. Aquesta darrera activitat va iniciar-se a finals de 1997 quan el CBUC va presentar als vicerectors de recerca de les universitats públiques de Catalunya el projecte de comprar bases de dades de manera consorciada. Aquests van estar-hi d'acord i van manifestar el seu interès de que en les compres conjuntes també s'incloguessin revistes electròniques. El CBUC va decidir englobar aquestes activitats sota el nom Biblioteca Digital de Catalunya (BDC) la qual naixia amb la "finalitat de proporcionar un conjunt nuclear comú d'informació electrònica per a la totalitat dels usuaris de les biblioteques del CBUC". A finals de 1998 el projecte de la BDC es va presentar a la Generalitat de Catalunya i es va obtenir un finançament per al projecte que cobria el període 1999-2001. Des de llavors la BDC ha passat per almenys tres fases: Una de formació, 1999-2001, que es va iniciar amb un ajut del llavors Departament d'Universitats, Recerca i Societat de la Informació (DURSI) de la Generalitat de Catalunya, ajut que es va traduir en una inversió de 180.000€/any i que va permetre l'inici de subscripcions conjuntes, principalment bases de dades. Una de creixement, 2002-2004, realitzada a partir d'un increment de l'ajut del DURSI, ajut que s'usa com a "capital llavor" per subscriure de forma especial revistes. En aquest moment la BDC s'amplia a universitats no membres del CBUC. Una d'estabilització, 2005-2009, en la que s'han fet algunes compres per a una part de les universitats (i no per a totes com fins llavors) i s'han iniciat alguns intents d'estendre la BDC a altres institucions de recerca. L'article caracteritza les diferents fases i mostra les causes de la seva evolució. Finalment, s'exposen els principals assoliments de la BDC així com els reptes de futur més immediats.

El impacto de las aplicaciones intensivas de E/S en la planificación de trabajos en clusters no-dedicados

Con la mayor capacidad de los nodos de procesamiento en relación a la potencia de cómputo, cada vez más aplicaciones intensivas de datos como las aplicaciones de la bioinformática, se llevarán a ejecutar en clusters no dedicados. Los clusters no dedicados se caracterizan por su capacidad de combinar la ejecución de aplicaciones de usuarios locales con aplicaciones, científicas o comerciales, ejecutadas en paralelo. Saber qué efecto las aplicaciones con acceso intensivo a dados producen respecto a la mezcla de otro tipo (batch, interativa, SRT, etc) en los entornos no-dedicados permite el desarrollo de políticas de planificación más eficientes. Algunas de las aplicaciones intensivas de E/S se basan en el paradigma MapReduce donde los entornos que las utilizan, como Hadoop, se ocupan de la localidad de los datos, balanceo de carga de forma automática y trabajan con sistemas de archivos distribuidos. El rendimiento de Hadoop se puede mejorar sin aumentar los costos de hardware, al sintonizar varios parámetros de configuración claves para las especificaciones del cluster, para el tamaño de los datos de entrada y para el procesamiento complejo. La sincronización de estos parámetros de sincronización puede ser demasiado compleja para el usuario y/o administrador pero procura garantizar prestaciones más adecuadas. Este trabajo propone la evaluación del impacto de las aplicaciones intensivas de E/S en la planificación de trabajos en clusters no-dedicados bajo los paradigmas MPI y Mapreduce.

Obtenció de nous anàlegs amb activitat brassinoesteroide mitjançant modelització molecular i síntesi

Els brassinoesteroides són productes naturals que actuen com a potents reguladors del creixement vegetal. Presenten aplicacions prometedores en l’agricultura degut a que, aplicats exògenament, augmenten la qualitat i la quantitat de les collites. Ara bé, el seu ús s’ha vist restringit degut a la seva costosa obtenció. Aquest fet ha motivat la recerca de nous compostos actius més assequibles. En aquest projecte es planteja el disseny i obtenció de nous anàlegs seguint diferents estratègies que impliquen tant l’ús de mètodes de modelització molecular com de síntesi orgànica. La primera d’aquestes estratègies consisteix en buscar compostos actius en bases de dades de compostos comercials a través de processos de Virtual Screening desenvolupats amb mètodes computacionals basats en Camps d’Interacció Molecular. Així, es van establir i interpretar models de Relacions Quantitatives Estructura-Activitat (QSAR) emprant descriptors independents de l’alineament (GRIND) i, amb col•laboració amb la Universitat de Perugia, aquest criteri de cerca es va ampliar amb l’aplicació de descriptors FLAP de nova generació. Una altra estratègia es va basar en intentar substituir l’esquelet esteroide dels brassinoesteroides per una estructura equivalent, fixant com a cadena lateral el grup (R)-hexahidromandelil. S’han aplicat dos criteris: mètodes computacionals basats en models QSAR establerts amb descriptors GRIND i també en la metodologia SHOP (scaffold hopping), i, per altra banda, anàlegs proposats racionalment a partir d’un estudi efectuat sobre disruptors endocrins no esteroïdals. Sobre les estructures trobades s’hi va unir la cadena lateral comercial esmentada per via sintètica, en la qual s’ha hagut de fer un èmfasi especial en grups protectors. En total, 49 estructures es proposen per a ser obtingudes sintèticament. També s’ha treballat en l’obtenció un agonista derivat de l’hipotètic antagonista KM-01. Totes les molècules candidates, ja siguin comercials o obtingudes sintèticament, estant sent avaluades en el test d’inclinació de la làmina d’arròs (RLIT).

Avaluació alternativa de l'assignatura "Geografia Humana" en el context de l'Espai Europeu d'Educació Superior

Aquest projecte ha aplicat algunes noves metodologies docents que seran imprescindibles per a la integració en l'EEES i, en particular, sistemes d'avaluació alternatius que puguin formar la base d'un sistema d'avaluació continuada per als continguts i adquisició d'habilitats que fins ara s'han aplegat en l'assignatura "Geografia Humana" de la llicenciatura de Geografia de la Universitat de Barcelona. A partir de la reflexió conjunta entre els membres de l’equip integrant del projecte sobre les competències i continguts que es desitja que adquireixi l'estudiant s'han dissenyat un conjunt de recursos per a l’avaluació: 1. exercicis individuals, destinats a valorar la capacitat d’estructurar idees, expressió escrita i gràfica, presentació etc. 2. treballs en equip, destinats a fomentar l’esperit de divisió del treball i de cooperació entre els estudiants i a mostrar el guany individual del treball col·lectiu. 3. proves objectives (tipus test), destinades a valorar l’adquisició de conceptes i de continguts bàsics. 4. preguntes d'autoavaluació, amb la finalitat que l’estudiant pugui fer el seu propi seguiment de l’adquisició de Coneixements. 5. qüestionaris d’autovaloració dels exercicis individuals i dels treballs en equip, amb l’objectiu que els alumnes reflexionin sobre el treball realitzat i que serveixin de base per a contrastar amb la valoració del professor. L’objectiu final és que l’estudiant pugui ser avaluat de manera contínua en el portafoli que recull el treball acumulat al llarg del curs. Tot i que el projecte s’ha basat en l’ús de l’eina dels “dossiers electrònics” de la UB, en el futur immediat els resultats obtinguts passaran a integrar-se en el Campus Virtual de la UB que utilitza la plataforma Moodle, les posibilitats tècniques de la qual permetran afegir una dimensió cooperativa més gran al treball avaluable (accés al treball dels grups, cooperació en la construcció de bases de dades, wikis editades pel conjunt de la classe etc.)

Monitorització de rendiment i accounting de centres de computació grid

El Port d'Informació Científica és un centre de Computació Grid de referència que dona suport a comunitats científiques, com el LHC (CERN). Al PIC, trobem una gran varietat de tecnologies que proporcionen serveis al centre. Des de l'arquitectura i elements de la xarxa, fins a recursos informàtics de computació, sistemes d'emmagatzematge a disc i cinta magnètica, bases de dades (ORACLE/PostgreSQL). El projecte consisteix en el disseny i implementació d'una base de dades col·lectora de tota la informació rellevant dels diferents sistemes del centre, i un portal web on mostrar tots els valors i gràfiques, tot basat en programari lliure.

Monitorització d'alt nivell per a el computing de l'experiment ATLAS (LHC)

Aquest projecte descriu la fusió de les necessitats diaries de monitorització del experiment ATLAS des del punt de vista del cloud. La idea principal es desenvolupar un conjunt de col·lectors que recullin informació de la distribució i processat de les dades i dels test de wlcg (Service Availability Monitoring), emmagatzemant-la en BBDD específiques per tal de mostrar els resultats en una sola pàgina HLM (High Level Monitoring). Un cop aconseguit, l’aplicació ha de permetre investigar més enllà via interacció amb el front-end, el qual estarà alimentat per les estadístiques emmagatzemades a la BBDD.

Integració d'una aplicació de HelpDesk amb LDAP i bbdd externes

Aquest memòria explica el desenvolupament d’un projecte per ampliar l’eina de Help Desk ServiceTonic perquè accedeixi a fonts de dades de tipus LDAP i a bases de dades externes a la pròpia, per realitzar l’autentificació dels usuaris i extreure la informació dels contactes, també permetre l’accés d’usuaris ja autentificats externament sense que tornin a introduir les seves dades d’accés (Single Sign On). La realització del projecte ha suposat un increment en la capacitat d’integració de ServiceTonic amb fonts de dades externes, ampliant el mercat de clients a empreses que ja tenen les dades estructurades.

Programació d'aplicacions bioinformàtiques

Avui en dia la biologia aporta grans quantitats de dades que només la informàtica pot tractar. Les aplicacions bioinformàtiques són la més important eina d’anàlisi i comparació que tenim per entendre la vida i aconseguir desxifrar aquestes dades. Aquest projecte centra el seu esforç en l’estudi de les aplicacions dedicades a l’alineament de seqüències genètiques, i més concretament a dos algoritmes, basats en programació dinàmica i òptims: el Needleman&Wunsch i el Smith&Waterman. Amb l’objectiu de millorar el rendiment d’aquests algoritmes per a alineaments de seqüències grans, proposem diferents versions d’implementació. Busquem millorar rendiments en temps i espai. Per a aconseguir millorar els resultats aprofitem el paral·lelisme. Els resultats dels anàlisis de les versions els comparem per obtenir les dades necessàries per valorar cost, guany i rendiment.