PhylomeDB v4: zooming into the plurality of evolutionary histories of a genome

Phylogenetic trees representing the evolutionary relationships of homologous genes are the entry point for many evolutionary analyses. For instance, the use of a phylogenetic tree can aid in the inference of orthology and paralogy relationships, and in the detection of relevant evolutionary events such as gene family expansions and contractions, horizontal gene transfer, recombination or incomplete lineage sorting. Similarly, given the plurality of evolutionary histories among genes encoded in a given genome, there is a need for the combined analysis of genome-wide collections of phylogenetic trees (phylomes). Here, we introduce a new release of PhylomeDB (http://phylomedb.org), a public repository of phylomes. Currently, PhylomeDB hosts 120 public phylomes, comprising >1.5 million maximum likelihood trees and multiple sequence alignments. In the current release, phylogenetic trees are annotated with taxonomic, protein-domain arrangement, functional and evolutionary information. PhylomeDB is also a major source for phylogeny-based predictions of orthology and paralogy, covering >10 million proteins across 1059 sequenced species. Here we describe newly implemented PhylomeDB features, and discuss a benchmark of the orthology predictions provided by the database, the impact of proteome updates and the use of the phylome approach in the analysis of newly sequenced genomes and transcriptomes.

eggNOG v4.0: nested orthology inference across 3686 organisms

With the increasing availability of various 'omics data, high-quality orthology assignment is crucial for evolutionary and functional genomics studies. We here present the fourth version of the eggNOG database (available at http://eggnog.embl.de) that derives nonsupervised orthologous groups (NOGs) from complete genomes, and then applies a comprehensive characterization and analysis pipeline to the resulting gene families. Compared with the previous version, we have more than tripled the underlying species set to cover 3686 organisms, keeping track with genome project completions while prioritizing the inclusion of high-quality genomes to minimize error propagation from incomplete proteome sets. Major technological advances include (i) a robust and scalable procedure for the identification and inclusion of high-quality genomes, (ii) provision of orthologous groups for 107 different taxonomic levels compared with 41 in eggNOGv3, (iii) identification and annotation of particularly closely related orthologous groups, facilitating analysis of related gene families, (iv) improvements of the clustering and functional annotation approach, (v) adoption of a revised tree building procedure based on the multiple alignments generated during the process and (vi) implementation of quality control procedures throughout the entire pipeline. As in previous versions, eggNOGv4 provides multiple sequence alignments and maximum-likelihood trees, as well as broad functional annotation. Users can access the complete database of orthologous groups via a web interface, as well as through bulk download.

Systematic review protocol to define classical IgE-associated diseases from birth to adolescence: the MeDALL study

BACKGROUND: Classical disease phenotypes are mainly based on descriptions of symptoms and the hypothesis that a given pattern of symptoms provides a diagnosis. With refined technologies there is growing evidence that disease expression in patients is much more diverse and subtypes need to be defined to allow a better targeted treatment. One of the aims of the Mechanisms of the Development of Allergy Project (MeDALL,FP7) is to re-define the classical phenotypes of IgE-associated allergic diseases from birth to adolescence, by consensus among experts using a systematic review of the literature and identify possible gaps in research for new disease markers. This paper describes the methods to be used for the systematic review of the classical IgE-associated phenotypes applicable in general to other systematic reviews also addressing phenotype definitions based on evidence. METHODS/DESIGN: Eligible papers were identified by PubMed search (complete database through April 2011). This search yielded 12,043 citations. The review includes intervention studies (randomized and clinical controlled trials) and observational studies (cohort studies including birth cohorts, case-control studies) as well as case series. Systematic and non-systematic reviews, guidelines, position papers and editorials are not excluded but dealt with separately. Two independent reviewers in parallel conducted consecutive title and abstract filtering scans. For publications where title and abstract fulfilled the inclusion criteria the full text was assessed. In the final step, two independent reviewers abstracted data using a pre-designed data extraction form with disagreements resolved by discussion among investigators. DISCUSSION: The systematic review protocol described here allows to generate broad,multi-phenotype reviews and consensus phenotype definitions. The in-depth analysis of the existing literature on the classification of IgE-associated allergic diseases through such a systematic review will 1) provide relevant information on the current epidemiologic definitions of allergic diseases, 2) address heterogeneity and interrelationships and 3) identify gaps in knowledge.

Systems medicine and integrated care to combat chronic noncommunicable diseases

We propose an innovative, integrated, cost-effective health system to combat major non-communicable diseases (NCDs), including cardiovascular, chronic respiratory, metabolic, rheumatologic and neurologic disorders and cancers, which together are the predominant health problem of the 21st century. This proposed holistic strategy involves comprehensive patient-centered integrated care and multi-scale, multi-modal and multi-level systems approaches to tackle NCDs as a common group of diseases. Rather than studying each disease individually, it will take into account their intertwined gene-environment, socio-economic interactions and co-morbidities that lead to individual-specific complex phenotypes. It will implement a road map for predictive, preventive, personalized and participatory (P4) medicine based on a robust and extensive knowledge management infrastructure that contains individual patient information. It will be supported by strategic partnerships involving all stakeholders, including general practitioners associated with patient-centered care. This systems medicine strategy, which will take a holistic approach to disease, is designed to allow the results to be used globally, taking into account the needs and specificities of local economies and health systems.

La Rabassa morta i els discursos historiogràfics. Una relectura d'Emili Giralt

El 1965, Emili Giralt va escriure el treball titulat "El conflicto rabasaire y la cuestión agraria en Cataluña hasta 1936" . En els prop de quaranta anys transcorreguts, les investigacions d'història agrària i econòmica han corroborat el paper central de la vinya en el desenvolupament català i les d'història social i política han insistit en la importància de les lluites rabassaires en el primer terç del segle XX. Només per aquestes circumstancies el treball d'Emili Giralt mereixeria ser avui reconegut. Però l'article de Giralt va ser innovador i pioner en un altre aspecte que voldria remarcar aquí. Em refereixo a la seva manera d'analitzar les relacions socials agràries, concretades en aquest cas en la figura contractual de la rabassa morta. Parlant-nos d'un procés de "desnaturalització del contracte, posant en evidencia les contradiccions d'algunes sentencies, Giralt aconsegueix donar una vida especial a les escriptures notarials. Potser han calgut quaranta anys de nous estudis per adonar-nos de la frescor i la validesa de la proposta analítica de Giralt. Una manera de reivindicar-la avui és fer un salt qualitatiu important: es tracta d'integrar la recerca i el discurs d'Emili Giralt i altres autors sobre la rabassa morta en el debat historiogràfic sobre el desenvolupament econòmic espanyol

Usability of Virtual Museums and the Diffusion of Cultural Heritage

Les prioritats per als museus canvien. La missió de la nova museologia és convertir els museus en llocs per a gaudir i aprendre, cosa que fa que hagin de dur a terme una gestió financera molt semblant a la d'una empresa social que competeixi en el sector del lleure. Amb el pas del temps, els museus han d'establir i aplicar els criteris necessaris per a la supervivència, aplanant el terreny perquè altres institucions públiques siguin més obertes en els seus esforços per comunicar i difondre el seu patrimoni. Ja podem començar a parlar d'algunes conclusions comunament acceptades sobre el comportament dels visitants, que són necessàries per a planificar exposicions futures que vegin l'aprenentatge com un procés constructiu, les col·leccions com a objectes amb significat i les mateixes exposicions com a mitjans de comunicació que haurien de transformar la manera de pensar de l'espectador i que estan al servei del mateix missatge. Sembla que internet representa un mitjà efectiu per a assolir aquests objectius, ja que és capaç (a) d'adaptar-se als interessos i les característiques intel·lectuals d'un públic divers; (b) de redescobrir els significats dels objectes i adquirir un reconeixement sociocultural del seu valor per mitjà del seu potencial interactiu, i (c) de fer ús d'elements atractius i estimulants perquè tothom en gaudeixi. Per a aquest propòsit, és bàsic fer-nos les preguntes següents: quins criteris ha de seguir un museu virtual per a optimar la difusió del seu patrimoni?; quins elements estimulen els usuaris a quedar-se en una pàgina web i fer visites virtuals que els siguin satisfactòries?; quin paper té la usabilitat de l'aplicació en tot això?

Error en el consentimiento: swaps y preferentes

La problemàtica jurídica-social que ha sorgit aquests darrers anys amb les permutes financeres i les participacions preferents ha fet plantejar si s'ha produït un error en el consentiment contractual amb aquest tipus de productes financers. A partir del contingut del Codi Civil espanyol i la doctrina, s'han analitzat els elements essencials del contracte, així com, la legislació aplicable als instruments financers. Amb l’ ajuda de la jurisprudència s'ha pogut comprovar que en la majoria de casos portats als tribunals en relació a aquests contractes, en els quals, es demana l'anul·labilitat contractual, el fonament principal es basa en la vulneració de les entitats de crèdit dels seus deures legals . En el present treball queda palesa la importància d'enllaçar l'element contractual del consentiment amb l'obligació que tenen les entitats de crèdit d'informar els seus clients. Així, la incorrecta formació sobre la realitat contractual que els clients manifesten amb el consentiment, passa sense cap dubte per la necessitat d'obtenir tota la informació rellevant del contracte. L’obligació d’informació està estretament lligada al deure de classificar als clients, totes dues són un compromís legal que tenen les entitats en la seva funció de lleialtat empresària. Les entitats financeres deuen per tant classificar els seus clients i proporcionals la informació, amb més rigor si cap , en el cas de clients minoristes. Per tot això, veiem que en aquells casos de clients minoristes en els quals no s'ha pogut demostrar per part de les entitats de crèdit que es va proporcionar tota la informació necessària, s'ha produït un error en el consentiment. Els clients no coneixien l’autèntic abast de la vinculació ni els costos als quals s'havia obligat , no hi ha dubte que en molts dels casos d'haver conegut la realitat, no haguessin contractat.

The Role of Information in Contemporary Migration. More Sources but Less Informed

La migració internacional contemporània és integrada en un procés d'interconnexió global definit per les revolucions del transport i de les tecnologies de la informació i la comunicació. Una de les conseqüències d'aquesta interconnexió global és que les persones migrants tenen més capacitat per a processar informació tant abans com després de marxar. Aquests canvis podrien tenir implicacions inesperades per a la migració contemporània pel que fa a la capacitat de les persones migrants per a prendre decisions més informades, la reducció de la incertesa en contextos migratoris, el desdibuixament del concepte de distància o la decisió d'emigrar cap a llocs més llunyans. Aquesta recerca és important, ja que la manca de coneixement sobre aquesta qüestió podria contribuir a fer augmentar la distància entre els objectius de les polítiques de migració i els seus resultats. El paper que tenen els agents de la informació en els contextos migratoris també podria canviar. En aquest escenari, perquè les polítiques de migració siguin més efectives, s'haurà de tenir en compte la major capacitat de la població migrant de processar la informació i les fonts d'informació en què es confia. Aquest article demostra que l'equació més informació equival a més ben informat no es compleix sempre. Fins i tot en l'era de la informació, les fonts no fiables, les expectatives falses, la sobreinformació i els rumors encara són presents en els contextos migratoris. Tanmateix, defensem l'argument que aquests efectes no volguts es podrien reduir complint quatre requisits de la informació fiable: que sigui exhaustiva, que sigui rellevant, que s'hi confiï i que sigui actualitzada.

Responsabilidad civil y daños a los propios bienes. Comentario a las SSTS, 1a, 29.10.2008 (RJ 2008\5801; MP: Román García Varela) y 22.12.2008 (RJ 2009\162; MP: Juan Antonio Xiol Ríos)

En 2008 y en dos ocasiones, la Sala Primera del Tribunal Supremo ha resuelto la cuestión relativa a si el propietario de una finca, la cual había contaminado como consecuencia del desarrollo de su actividad industrial y había vendido ocultando esta circunstancia, es responsable extracontractualmente frente al tercer adquirente por los daños económicos sufridos. En la primera Sentencia, de 29.10.2008, el Tribunal Supremo condena al contaminador por responsabilidad extracontractual. En la segunda, de 22.12.2008, el Tribunal Supremo absuelve a éste de la responsabilidad extracontracual porqué los daños fueron causados a una finca propia.

Cuestiones sobre el contrato de servicios diseñado en el Marco Común de Referencia

La reciente publicación del draft del Common Frame of Reference invita a reflexionar sobre la figura del contrato de servicios, tal como ha sido desarrollada por el Study Group on a European Civil Code, y respecto de la que encontramos verdaderas innovaciones en comparación con la teoría tradicional que aún mantienen nuestra doctrina y jurisprudencia. El objeto del trabajo es exponer algunas de las soluciones que propone el derecho contractual europeo, e incidir en la posibilidad y conveniencia de su aplicación en nuestro país, con vistas a la oportuna elaboración de la tan esperada regulación civil sobre el contrato de servicios.

Entre la beneficencia y la «familiaritas»: la contratación del «victum et vestitum» en los monasterios catalanes durante los siglos XI-XII. Una respuesta institucional alternativa ante el hambre como problema social

Desde finales del siglo XI, en Cataluña, los principales monasterios y cabildos de canónigos regulares disponen de limosnas que ofrecen la ratio alimenticia diaria a pequeños grupos de laicos, diferenciados de los pobres, vinculados a ellas a través de actos de donación de alodios o de autodonación personal. En este artículo se aborda la relación entre el auge de este nuevo tipo de caridad contractual y de alguna de las formas de la familiaritas en las que derivó, y las dificultades de una parte de la sociedad durante las carestías, así como el papel que jugaron las principales instituciones monásticas, situadas al frente de importantes señoríos, a la hora de mitigar los efectos de éstas sobre la población dependiente.

Content value chains modelling using a copyright ontology

Existing digital rights management (DRM) systems, initiatives like Creative Commons or research works as some digital rights ontologies provide limited support for content value chains modelling and management. This is becoming a critical issue as content markets start to profit from the possibilities of digital networks and the World Wide Web. The objective is to support the whole copyrighted content value chain across enterprise or business niches boundaries. Our proposal provides a framework that accommodates copyright law and a rich creation model in order to cope with all the creation life cycle stages. The dynamic aspects of value chains are modelled using a hybrid approach that combines ontology-based and rule-based mechanisms. The ontology implementation is based on Web Ontology Language and Description Logic (OWL-DL) reasoners, are directly used for license checking. On the other hand, for more complex aspects of the dynamics of content value chains, rule languages are the choice.

A web ontologies framework for digital rights management

In order to improve the management of copyright in the Internet, known as Digital Rights Management, there is the need for a shared language for copyright representation. Current approaches are based on purely syntactic solutions, i.e. a grammar that defines a rights expression language. These languages are difficult to put into practise due to the lack of explicit semantics that facilitate its implementation. Moreover, they are simple from the legal point of view because they are intended just to model the usage licenses granted by content providers to end-users. Thus, they ignore the copyright framework that lies behind and the whole value chain from creators to end-users. Our proposal is to use a semantic approach based on semantic web ontologies. We detail the development of a copyright ontology in order to put this approach into practice. It models the copyright core concepts for creation, rights and the basic kinds of actions that operate on content. Altogether, it allows building a copyright framework for the complete value chain. The set of actions operating on content are our smaller building blocks in order to cope with the complexity of copyright value chains and statements and, at the same time, guarantee a high level of interoperability and evolvability. The resulting copyright modelling framework is flexible and complete enough to model many copyright scenarios, not just those related to the economic exploitation of content. The ontology also includes moral rights, so it is possible to model this kind of situations as it is shown in the included example model for a withdrawal scenario. Finally, the ontology design and the selection of tools result in a straightforward implementation. Description Logic reasoners are used for license checking and retrieval. Rights are modelled as classes of actions, action patterns are modelled also as classes and the same is done for concrete actions. Then, to check if some right or license grants an action is reduced to check for class subsumption, which is a direct functionality of these reasoners.

Ganadería, agroindustria y territorio. El fenómeno de la integración en la ganadería leridana

En este artículo pretendemos mostrar la importancia y la propia magnitud que ha alcanzado el fenómeno de la integración en la ganadería leridana. Es esta estrecha relación entre el sector agropecuario leridano y las agroindustrias la que ha definido las actuales estructuras productivas y la localización territorial de la ganadería en Lleida. Pero como estas interrelaciones se establecen entre sectores económicos con profundas diferencias de productividad, rentabilidad y organización, implican que, en el modelo pecuario-industrial, el sector productor ganadero en Lleida sea totalmente dependiente de los intereses y estrategias de las grandes empresas agroindustriales, mayoritariamente de capital leridano. En esta investigación se señalan también, por un lado, el peso singularmente importante del cooperativismo integrador en el campo leridano y, por otro, la función esencial que desempeña la integración contractual en buena parte de las explotaciones familiares en Lleida.

Una Flagelación de Joan Reixach de colección particular. Nuevos documentos y consideraciones sobre el binomio Jacomart-Reixach

La atribución a Joan Reixach de una tabla con la Flagelación, nos ha permitido aportar noticias inéditas en torno a su autor y a los lazos profesionales que pudieron unirle en ocasiones con Jacomart. Una asociación tácita demostrada documentalmente con una nueva noticia fechada en 1449 que explicaría la proximidad estilística y contractual de algunas de sus obras.