Comparative genomics of emerging pathogens in the Candida glabrata clade

BACKGROUND: Candida glabrata follows C. albicans as the second or third most prevalent cause of candidemia worldwide. These two pathogenic yeasts are distantly related, C. glabrata being part of the Nakaseomyces, a group more closely related to Saccharomyces cerevisiae. Although C. glabrata was thought to be the only pathogenic Nakaseomyces, two new pathogens have recently been described within this group: C. nivariensis and C. bracarensis. To gain insight into the genomic changes underlying the emergence of virulence, we sequenced the genomes of these two, and three other non-pathogenic Nakaseomyces, and compared them to other sequenced yeasts. RESULTS: Our results indicate that the two new pathogens are more closely related to the non-pathogenic N. delphensis than to C. glabrata. We uncover duplications and accelerated evolution that specifically affected genes in the lineage preceding the group containing N. delphensis and the three pathogens, which may provide clues to the higher propensity of this group to infect humans. Finally, the number of Epa-like adhesins is specifically enriched in the pathogens, particularly in C. glabrata. CONCLUSIONS: Remarkably, some features thought to be the result of adaptation of C. glabrata to a pathogenic lifestyle, are present throughout the Nakaseomyces, indicating these are rather ancient adaptations to other environments. Phylogeny suggests that human pathogenesis evolved several times, independently within the clade. The expansion of the EPA gene family in pathogens establishes an evolutionary link between adhesion and virulence phenotypes. Our analyses thus shed light onto the relationships between virulence and the recent genomic changes that occurred within the Nakaseomyces.

PhylomeDB v4: zooming into the plurality of evolutionary histories of a genome

Phylogenetic trees representing the evolutionary relationships of homologous genes are the entry point for many evolutionary analyses. For instance, the use of a phylogenetic tree can aid in the inference of orthology and paralogy relationships, and in the detection of relevant evolutionary events such as gene family expansions and contractions, horizontal gene transfer, recombination or incomplete lineage sorting. Similarly, given the plurality of evolutionary histories among genes encoded in a given genome, there is a need for the combined analysis of genome-wide collections of phylogenetic trees (phylomes). Here, we introduce a new release of PhylomeDB (http://phylomedb.org), a public repository of phylomes. Currently, PhylomeDB hosts 120 public phylomes, comprising >1.5 million maximum likelihood trees and multiple sequence alignments. In the current release, phylogenetic trees are annotated with taxonomic, protein-domain arrangement, functional and evolutionary information. PhylomeDB is also a major source for phylogeny-based predictions of orthology and paralogy, covering >10 million proteins across 1059 sequenced species. Here we describe newly implemented PhylomeDB features, and discuss a benchmark of the orthology predictions provided by the database, the impact of proteome updates and the use of the phylome approach in the analysis of newly sequenced genomes and transcriptomes.

eggNOG v4.0: nested orthology inference across 3686 organisms

With the increasing availability of various 'omics data, high-quality orthology assignment is crucial for evolutionary and functional genomics studies. We here present the fourth version of the eggNOG database (available at http://eggnog.embl.de) that derives nonsupervised orthologous groups (NOGs) from complete genomes, and then applies a comprehensive characterization and analysis pipeline to the resulting gene families. Compared with the previous version, we have more than tripled the underlying species set to cover 3686 organisms, keeping track with genome project completions while prioritizing the inclusion of high-quality genomes to minimize error propagation from incomplete proteome sets. Major technological advances include (i) a robust and scalable procedure for the identification and inclusion of high-quality genomes, (ii) provision of orthologous groups for 107 different taxonomic levels compared with 41 in eggNOGv3, (iii) identification and annotation of particularly closely related orthologous groups, facilitating analysis of related gene families, (iv) improvements of the clustering and functional annotation approach, (v) adoption of a revised tree building procedure based on the multiple alignments generated during the process and (vi) implementation of quality control procedures throughout the entire pipeline. As in previous versions, eggNOGv4 provides multiple sequence alignments and maximum-likelihood trees, as well as broad functional annotation. Users can access the complete database of orthologous groups via a web interface, as well as through bulk download.

The genome of the recently domesticated crop plant sugar beet (Beta vulgaris)

Sugar beet (Beta vulgaris ssp. vulgaris) is an important crop of temperate climates which provides nearly 30% of the world's annual sugar production and is a source for bioethanol and animal feed. The species belongs to the order of Caryophylalles, is diploid with 2n = 18 chromosomes, has an estimated genome size of 714-758 megabases and shares an ancient genome triplication with other eudicot plants. Leafy beets have been cultivated since Roman times, but sugar beet is one of the most recently domesticated crops. It arose in the late eighteenth century when lines accumulating sugar in the storage root were selected from crosses made with chard and fodder beet. Here we present a reference genome sequence for sugar beet as the first non-rosid, non-asterid eudicot genome, advancing comparative genomics and phylogenetic reconstructions. The genome sequence comprises 567 megabases, of which 85% could be assigned to chromosomes. The assembly covers a large proportion of the repetitive sequence content that was estimated to be 63%. We predicted 27,421 protein-coding genes supported by transcript data and annotated them on the basis of sequence homology. Phylogenetic analyses provided evidence for the separation of Caryophyllales before the split of asterids and rosids, and revealed lineage-specific gene family expansions and losses. We sequenced spinach (Spinacia oleracea), another Caryophyllales species, and validated features that separate this clade from rosids and asterids. Intraspecific genomic variation was analysed based on the genome sequences of sea beet (Beta vulgaris ssp. maritima; progenitor of all beet crops) and four additional sugar beet accessions. We identified seven million variant positions in the reference genome, and also large regions of low variability, indicating artificial selection. The sugar beet genome sequence enables the identification of genes affecting agronomically relevant traits, supports molecular breeding and maximizes the plant's potential in energy biotechnology.

Diradicals acting through diamagnetic phenylene vinylene bridges: Raman spectroscopy as a probe to characterize spin delocalization

We present a complete Raman spectroscopic study in two structurally well-defined diradical species of different lengths incorporating oligo p-phenylene vinylene bridges between two polychlorinated triphenylmethyl radical units, a disposition that allows sizeable conjugation between the two radicals through and with the bridge. The spectroscopic data are interpreted and supported by quantum chemical calculations. We focus the attention on the Raman frequency changes, interpretable in terms of: (i) bridge length (conjugation length); (ii) bridge conformational structure; and (iii) electronic coupling between the terminal radical units with the bridge and through the bridge, which could delineate through-bond spin polarization, or spin delocalization. These items are addressed by using the"oligomer approach" in conjunction with pressure and temperature dependent Raman spectroscopic data. In summary, we have attempted to translate the well-known strategy to study the electron (charge) structure of π−conjugated molecules by Raman spectroscopy to the case of electron (spin) interactions via the spin delocalization mechanism.

Estudio de la variabilidad fenotípica para características relacionadas con la adaptación al ambiente mediterráneo en una colección de cultivares tradicionales de trigo harinero (Triticum aestivum L.)

Amb l'objectiu de contribuir al coneixement de la diversitat existent en el germoplasma tradicional espanyol de blat fariner per a característiques relacionades amb la adaptació a l'ambient mediterrani i determinar el seu valor com a font de gens d'interès per a la millora d'aquest cereal, es va caracteritzar una col·lecció de 120 varietats tradicionals espanyoles en un assaig de camp en condicions de secà. Es va determinar la duració de les fases de desenvolupament, es va estudiar el creixement mitjançant fotografia digital i es determinà el contingut en clorofil·la, la depressió de la temperatura de la coberta vegetal i la reflectància espectral en diferents estadis. Els resultats van permetre quantificar la variabilitat disponible en aquest germoplasma e identificar dos grups de varietats.

Grupo de Anatomía Virtual y de Simulación AVS

Podeu consultar la Setena trobada de professorat de Ciències de la Salut completa a: http://hdl.handle.net/2445/43352

Análisis de la arquitectura de webs mediante tests de estrés de navegación, de usabilidad y eye tracking

Evaluar una arquitectura de la información en un sitio web ya desplegado no resulta una tarea sencilla. La mayoría de las técnicas se centran en examinar la usabilidad del sistema que, aunque afecta a la arquitectura de la información, no es el único factor que influye en ella. La principal técnica que se utiliza es el test de estrés de navegación. Se muestra un aporte metodológico para hacer dicha técnica más informativa, llevándola más allá de la simple anotación en papel por parte del usuario de respuestas a las preguntas de navegación planteadas. Se propone la combinación de ésta con otras técnicas de evaluación de la usabilidad: la técnica de pensar en voz alta o thinking aloud y un cuestionario de usabilidad. Se ha utilizado un sistema de seguimiento de la mirada o eye tracking para complementar la información obtenida mediante las técnicas aplicadas. El enfoque metodológico planteado se ha puesto a prueba analizando una serie de sitios web de bibliotecas de universidades públicas españolas. Se muestra en los resultados la validez del enfoque empleado, así como el valor que dicho enfoque y el uso del eye tracking aportan al análisis de la arquitectura de la información respecto al test de estrés de navegación tradicional.

En olor de santidad. La actitud del cristianismo hacia la cultura del baño

Los primeros siglos de la historia del cristianismo contemplaron la aparición del ascetismo, un movimiento que propugnaba el abandono de los modos de vida típicamente urbanos que caracterizaron el mundo grecolatino con el que los ascetas deseaban romper. Los hábitos higiénicos simbolizaban en buena medida este mundo del que deseaban alejarse. Así, los relatos de vidas de eremitas están llenos de referencias a esta ruptura con la cultura del baño. Jerónimo, gran defensor del anacoretismo, critica la higiene, en más de una ocasión, con palabras que recuerdan a ciertos pasajes de los Evangelios. La prohibición del baño también se encuentra en las primeras reglas monásticas. Estas posturas extremistas no representaban la opinión oficial de la Iglesia ni la de la gran masa del vulgo que profesaba la religión cristiana, quien continuaba frecuentando las termas. Los obispos de algunas ciudades, incluso, fueron los responsables de que determinadas termas públicas continuaran en uso.

Taxonomia numerica de algunas especies de Lavandula L., basada en caracteres morfologicos, cariologicos y palinologicos

Se hace un estudio sistemático de las especies y subespecies de Lavandula L. de la Península Ibérica, utilizando la taxonomía numérica y tomando en consideración 56 caracteres, 31 de los cuales son palinológicos y 25 morfológicos y cariológicos. Los resultados obtenidos justifican, a nuestro juicio, la ordenación sistemática del género y la existencia de una nueva sección que proponemos como sect. Dentada. Asimismo, consideramos que Lavandula stoechas L. subsp. pedunculata (Miller) Samp. ex Rozeira, por los caracteres palinológicos, merece la categoría de especie, reivindicando para este taxon el binomen Lavandula pedunculata Cav.

Fauvinet-Ranson, Valerie,2006, Decor ciuitatis, decor Italiae. Monuments, travaux publics et spectacles au VIe siècle d'après les Variae de Cassiodore

Se trata de una obra fundamental para conocer el pensamiento de Casiodoro, así como para profundizar en el estudio de las ciudades de la Italia ostrogoda. En efecto, la ciudad es la verdadera protagonista del libro de Fauvinet-Ranson, una ciudad que se halla en plena transformación y que ya no se encuadra en el marco del Imperio romano, sino en el naciente Reino godo y que en muchos casos se halla en un estado casi crítico.

Martínez Maza, Clelia, Hipatia. La estremecedora historia de la última gran filósofa de la Antigüedad y la fascinante ciudad de Alejandría, La Esfera de los Libros, Madrid, 2009, 378 páginas. ISBN: 978 84-9734-824-9

El estreno de la película Ágora de Alejandro Amenábar en octubre de 2009 puso nuevamente de moda la figura de la célebre filósofa y matemática Hipatia (a quien en rigor deberíamos llamar Hipacia) y generó la aparición de un gran número de monografías, novelas y artículos de todo tipo acerca de su figura. De entre toda esta producción destaca el libro de Clelia Martínez Maza, profesora titular de Historia Antigua de la Universidad de Málaga. Como pone de manifiesto su producción científica, la autora es una gran conocedora del fenómeno religioso y de los conflictos sociales vividos durante la Antigüedad tardía, algo que también puede observarse en la presente obra. Nos hallamos ante una monografía de divulgación culta, como manifiesta la abundante documentación que la autora maneja, aunque el libro carezca de notas tanto al final del volumen como a pie de página, algo normal en estos casos.

Sobre una Rodoficea parasita de Gelidiaceas

En este trabajo se hace un estudio de una Rodofícea parásita, encontrada sobre Gelidium cantabricum Seoane-Camba y Gelidium sesquipedale (Clemente) Thuret. Por sus características generales atribuímos esta planta al género Gelidiocolax. descrito por Gardner en 1927 para un parásito de Gelidium pulchrum Gardner de las costas americanas del Pacífico...

August i la política d'entreteniment popular: la construcció d'edificis d'espectacles durant l'època augustal.

Quan August va accedir al poder en solitari l'any 31 aC, Roma es trobava trastornada per un seguit de guerres civils que havien deixat l'Estat molt malparat. A partir d'aquell moment, el principal objectiu d'August va ser el retorn a la normalitat, assegurar les necessitats del poble i consolidar el règim que acabava d'inaugurar. No en va, aquest emperador presumia d'haver trobat una Roma de maons i haverla deixat de marbre. August va assumir una bona part de les despeses que generava aquesta política com si fos un veritable deure personal. Gràcies a la immensa fortuna heretada de Juli Cèsar, August va poder finançar aquells aspectes de la vida pública que més atreien els seus contemporanis. El primer ciutadà de l'Imperi es converteix també en el primer evergeta (benefactor) amb un propòsit ben interessat: captar el favor popular.

La editio quaestoria en el Bajo Imperio: el ejemplo de Quinto Memio Símaco

La editio quaestoria en el Bajo Imperio es una cuestión que todavía hoy plantea múltiples interrogantes a causa de la escasez de fuentes referidas a ella. En este estudio nos preguntamos acerca del traslado de la fecha de esta celebración a octubre, el alto grado de absentismo (como se observa en elcalendario de Filócalo), la colegialidad de esta magistratura (parece deducirse que no existía tal en la organización de los espectáculos), o la professio quaestoria que permitía saber con anticipación cuantos cuestores ofrecerían sus juegos. Como ejemplo de esta edición analizamos la correspondencia de Símaco referida a la editio de su hijo Memio, que tuvo lugar en el 393 d.C