Microbial spoilage and quality of marinated dark, firm, dry meat

Estudi elaborat a partir d’una estada al Royal Veterinary and Agricultural University of Denmark entre els mesos de Març a Juny del 2006. S’ha investigat l’efecte dels envasats amb atmosferes modificades (MAP), així com la marinació amb vi tint, sobre l’evolució de la contaminació bacteriològica de carns fosques, dures i seques (DFD). Les carns DFD es troben a les canals d’animals que, abans del sacrifici, han estat exposades a activitats musculars prolongades o estrès. Les carns DFD impliquen importants pèrdues econòmiques degut a la contaminació bacteriològica i als problemes tecnològics relacionats amb la alta capacitat de retenció d’aigua. A més a més, és crític per la indústria investigar la diversitat de la contaminació bacteriana, identificar les espècies bacterianes i controlar-les. Però és difícil degut a la inhabilitat per detectar algunes bactèries en medis coneguts, les interaccions entre elles, la complexitat dels tipus de contaminació com són aigua, terra, femtes i l’ambient. La Polymerasa chain reaction- Denaturating Electrophoresis Gel (PCR-DGEE ) pot sobrepassar aquests problemes reflectint la diversitat microbial i les espècies bacterianes. Els resultants han indicat que la varietat bacteriana de la carn incrementava amb els dies d’envasat independentment del mètode d’envasat, però decreixia significativament amb el tractament de marinació amb vi tint. La DGEE ha mostrat diferències en les espècies trobades, indicant canvis en la contaminació bacteriana i les seves característiques en la carn DFD sota els diferents tractaments. Tot i que la marinació és una bona alternativa i solució a la comercialització de carn DFD , estudis de seqüenciació són necessaris per identificar les diferents tipus de bactèries.

Desenvolupament de problemes virtuals i interactius per a l’aprenentatge de la Microbiologia

La finalitat del projecte ha estat desenvolupar un espai virtual teòric-pràctic per a l’aprenentatge de la Microbiologia. Aquest espai virtual, basat en l'aprenentatge a través de problemes, s’ha anomenat “Microbiologia Interactiva” i proposa a l’alumne les següents àrees temàtiques: Introducció a les tècniques de la Microbiologia; Estructura i funció de la cèl.lula microbiana; Creixement i control microbià; Microbiologia molecular; Fisiologia i metabolisme microbians; Virologia; Ecologia Microbiana; Diversitat microbiana. Per a cada temàtica s’han definit unes competències a assolir a través de la resolució de problemes teòrics o pràctics. En aquest darrer cas, se li proposa a l’alumne que entri en el laboratori virtual per a la resolució dels casos pràctics plantejats. A més, per a la resolució dels problemes, l’alumne disposa d’un seguit de recursos per a cada temàtica. Finalment, també s’inclouen activitats de relació i d’ampliació per tal d’estimular la discussió, l’esperit crìtic, el treball en grup i la recerca bibliogràfica. A més, per tal de facilitar el seu ús, el web disposa també d'un tutorial. El web “Microbiologia Interactiva” es va introduir de forma pilat en l’ensenyament de l'assignatura de Microbiologia de la Llicenciatura de Biologia i de la de Microbiologia I de la llicenciatura de Biotecnologia de la Universitat Autònoma de Barcelona (UAB) durant el curs 2007-08. Al llarg d'aquest curs es va valorar la seva utilitat i acceptació per part dels alumnes mitjançant enquestes. Els bons resultats obtinguts van aconsellar que aquesta eina fora ja utilitzada en totes les assignatures generals de Microbiologia de les llicenciatures de Biologia, Biotecnologia, Bioquímica, Química, Enginyeria Química, Ciències Ambientals i Ciència i Tecnologia dels Aliments de la UAB. Actualment el web s’està també utilitzant amb molt bons resultats a les assignatures de Microbiologia dels nous graus que ofereix la Facultat de Biociències de la UAB. Així doncs, en aquest projecte s’han assolit amb escreix els objectius previstos. Es pot consultar el web desenvolupat a l’adreça http://microbiologia.uab.cat//Microbiologia_Interactiva_Web/.

Diversitat bacteriana a les esponges marines

L’objectiu principal del projecte era aprofundir en el coneixement de les malalties de les esponges, centrant-nos en la diversitat bacteriana que acullen. Als estius 2008 i 2009 va haver episodis d’elevades temperatures de l’aigua de mar que van suposar importants mortalitats massives d’esponges a la Mediterrània. Contra tot pronòstic, els estius del projecte, el 2010 i el 2011, no van resultar especialment calorosos i no hi va haver episodis de mortalitat. És un fet molt positiu per les comunitats bentòniques però algun dels objectius específics de la meva proposta no es va poder dur a terme com havien estat platejats inicialment. Disposàvem de diferents mostres d’esponges malaltes de l’espècie Ircinia fasciculata, sanes i aigua circumdant recollides l’estiu 2009 i fixades per DNA, per això s’han pogut identificar i caracteritzar els canvis en la comunitat microbiològica de les esponges malaltes respecte de les sanes. Hem constatat que més que una infecció per un o pocs patògens puntuals, com havien proposat alguns autors, hi ha un canvi dràstic en la comunitat microbiològica associada a les esponges. Les esponges malaltes, on dominen els bacteris heterotròfics, presenten una major diversitat bacteriana que les sanes, on dominen els autòtrofs. Tot i que no es va poder realitzar un nou mostreig d’individus malalts, i algun objectiu específic no es va poder desenvolupar, vaig aprofitar l’estada en un centre de referència en estudis de la diversitat microbiana, per ampliar el coneixement general de les comunitats bacterianes associades a esponges. Es van realitzar nous estudis en què vam testar si totes les esponges (bacteriosponges i no) presenten simbionts reals o si les no-bacteriosponges presenten un enriquiment de les comunitats de l’aigua de mar però no una flora específica. El resultat és que totes les esponges presenten associacions molt específiques malgrat hi ha fortes diferències entre les comunitats microbianes associades a bacteriosponges i a no-bacteriosponges.

Diversity of the bacterial community in the surface soil of a pear orchard based on 16S rRNA gene analysis

A cultivation-independent approach based on polymerase chain reaction (PCR)-amplified partial small subunit rRNA genes was used to characterize bacterial populations in the surface soil of a commercial pear orchard consisting of different pear cultivars during two consecutive growing seasons. Pyrus communis L. cvs Blanquilla, Conference, and Williams are among the most widely cultivated cultivars in Europe and account for the majority of pear production in Northeastern Spain. To assess the heterogeneity of the community structure in response to environmental variables and tree phenology, bacterial populations were examined using PCR-denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) followed by cluster analysis of the 16S ribosomal DNA profiles by means of the unweighted pair group method with arithmetic means. Similarity analysis of the band patterns failed to identify characteristic fingerprints associated with the pear cultivars. Both environmentally and biologically based principal-component analyses showed that the microbial communities changed significantly throughout the year depending on temperature and, to a lesser extent, on tree phenology and rainfall. Prominent DGGE bands were excised and sequenced to gain insight into the identities of the predominant bacterial populations. Most DGGE band sequences were related to bacterial phyla, such as Bacteroidetes, Cyanobacteria, Acidobacteria, Proteobacteria, Nitrospirae, and Gemmatimonadetes, previously associated with typical agronomic crop environments

Learning to live together: an exploration and analysis of managing cultural diversity in ten early childhood development centres in South Africa

This study explores how South African Early Childhood Development (ECD) Practitioners and families meet the needs of the increasing number of children from diverse cultural backgrounds in their care. Research participants were identified through ten ECD centres located in two urban communities in the Eastern and Western Cape Provinces of South Africa. The values and attitudes held by Practitioners and families vis-à-vis cultural diversity was investigated, along with the knowledge and strategies they employ to manage cultural diversity in ECD programmes. The intercultural education model provides the necessary tools to address the challenges identified.

Markets and linguistic diversity

The choice of language is a crucial decision for firms competing in cultural goods and media markets with a bilingual or multilingual consumer base. To the extent that multilingual consumers have preferences over the intrinsic characteristics (content) as well as over the language of the product, we can examine the efficiency of market outcomes regarding linguistic diversity. In this paper, I extend the spokes model and introduce language as an additional dimension of product differentiation. I show that: (i) if firms supply their product in a single language (the adoption model) then the degree of linguistic diversity is inefficiently low, and (ii) if some firms supply more than one linguistic version (the translation model) then in principle the market outcome may exhibit insufficient or excessive linguistic diversity. However, excessive diversity is associated to markets where the fraction of products in the minority language is disproportionately high with respect to the relative size of the linguistic minority.

Diversity of Vibrionaceae bacteria isolated from the haemolymph of the spider crab Maja brachydactyla

Aims: The aim of this study was to characterise and identify vibrios isolated from the haemolymph of apparently healthy adult spider crabs (Maja brachydactyla) wild-caught in the Spanish localities of Galician coast and in the Canary Islands and also from captive animals held at IRTA’s facilities in the Ebro Delta of Catalonia, north-west Spanish Mediterranean coast. Methods and Results: A total of 277 bacterial isolates were obtained, and of these, 171 were characterised with rep-PCR, resulting electrophoretic bands were analysed and clusters formed. Identification of representative strains of each cluster was made by sequencing the 16S rRNA. Samples from animals caught in Galicia and captive at IRTA (around 15–18 C) rendered mostly species belonging to the Splendidus clade (72Æ2 and 76Æ6% respectively), commonly found in cold waters (below 20 C). Higher species diversity was found in the haemolymph of the captive animals. In the warmer Canary Islands waters (around 21 C), the diversity of vibrios is dominated by three clades, Harveyi (Vibrio core group, 39Æ3%), Orientalis (23Æ2%) and Splendidus (21Æ4%) with a species diversity that equals that of the colder captive animals. Conclusions: Differences in the vibrios populations were found in the haemolymph extracted from animals collected from the three localities. Potential new species were found, and their description is under way. Significance and Impact of Study: As with other invertebrates, spider crabs also contain a diverse population of vibrios. These findings should help researchers to diagnose when a crab is infected.

Multilocus sequence analysis reveals the genetic diversity of European fruit tree phytoplasmas and supports the existence of inter-species recombination

The genetic diversity of three temperate fruit tree phytoplasmas ‘Candidatus Phytoplasma prunorum’, ‘Ca. P. mali’ and ‘Ca. P. pyri’ has been established by multilocus sequence analysis. Among the four genetic loci used, the genes imp and aceF distinguished 30 and 24 genotypes, respectively, and showed the highest variability. Percentage of substitution for imp ranged from 50 to 68% according to species. Percentage of substitution varied between 9 and 12% for aceF, whereas it was between 5 and 6% for pnp and secY. In the case of ‘Ca P. prunorum’ the three most prevalent aceF genotypes were detected in both plants and insect vectors, confirming that the prevalent isolates are propagated by insects. The four isolates known to be hypo-virulent had the same aceF sequence, indicating a possible monophyletic origin. Haplotype network reconstructed by eBURST revealed that among the 34 haplotypes of ‘Ca. P. prunorum’, the four hypo-virulent isolates also grouped together in the same clade. Genotyping of some Spanish and Azerbaijanese ‘Ca. P. pyri’ isolates showed that they shared some alleles with ‘Ca. P. prunorum’, supporting for the first time to our knowledge, the existence of inter-species recombination between these two species.

Dynamic product diversity

The goal of this paper is to study the frequency of new product introductions in monopoly markets where demand is subject to transitory saturation. We focus on those types of goods for which consumers purchase at most one unit of each variety, but repeat purchases in the same product category. The model considers infinitely-lived, forward-looking consumers and firms. We show that the share of potential surplus that a monopolist is able to appropriate increases with the frequency of introduction of new products and the intensity of transitory saturation. If the latter is sufficiently strong then the rate of introduction of new products is higher than socially desirable (excessive dynamic product diversity.)

Eliminació autotròfica de nitrogen en una pila biològica (microbial fuel cells )

L’aigua i l’energia formen un binomi indissociable. En relació al cicle de l’aigua, des de fa varies dècades s’han desenvolupat diferents formes per recuperar part de l’energia relacionada amb l’aigua, per exemple a partir de centrals hidroelèctriques. No obstant, l’ús d’aquesta aigua també porta associat un gran consum energètic, relacionat sobretot amb el transport, la distribució, la depuració, etc... La depuració d’aigües residuals porta associada una elevada demanda energètica (Obis et al.,2009). En termes energètics, tot i que la despesa elèctrica d’una EDAR varia en funció de diferents paràmetres com la configuració i la capacitat de la planta, la càrrega a tractar, etc... es podria considerar que el rati mig seria d’ aproximadament 0.5 KWh•m-3.Els principals costos d’explotació estan relacionats tant amb la gestió de fangs (28%) com amb el consum elèctric (25%) (50% tractament biològic). Tot i que moltes investigacions relacionades amb el tractament d’aigua residual estan encaminades en disminuir els costos d’operació, des de fa poques dècades s’està investigant la viabilitat de que l’aigua residual fins i tot sigui una font d’energia, canviant la perspectiva, i començant a veure l’aigua residual no com a una problemàtica sinó com a un recurs. Concretament s’estima que l’aigua domèstica conté 9.3 vegades més energia que la necessària per el seu tractament mitjançant processos aerobis (Shizas et al., 2004). Un dels processos més desenvolupats relacionats amb el tractament d’aigües residuals i la producció energètica és la digestió anaeròbia. No obstant, aquesta tecnologia permet el tractament d’altes càrregues de matèria orgànica generant un efluent ric en nitrogen que s’haurà de tractar amb altres tecnologies. Per altre banda, recentment s’està investigant una nova tecnologia relacionada amb el tractament d’aigües residuals i la producció energètica: les piles biològiques (microbial fuel cells, MFC). Aquesta tecnologia permet obtenir directament energia elèctrica a partir de la degradació de substrats biodegradables (Rabaey et al., 2005). Les piles biològiques, més conegudes com a Microbial Fuel Cells (acrònim en anglès, MFC), són una emergent tecnologia que està centrant moltes mirades en el camp de l’ investigació, i que es basa en la producció d’energia elèctrica a partir de substrats biodegradables presents en l’aigua residual (Logan., 2008). Els fonaments de les piles biològiques és molt semblant al funcionament d’una pila Daniell, en la qual es separa en dos compartiments la reacció d’oxidació (compartiment anòdic) i la de reducció (compartiment catòdic) amb l’objectiu de generar un determinat corrent elèctric. En aquest estudi, bàsicament es mostra la posada en marxa d'una pila biològica per a l'eliminació de matèria orgànica i nitrogen de les aigües residuals.

Abundància i persistència de Faecalibacteriun prausnitzii en la Malaltia de Crohn

Faecalibacterium prausnitzii és un del bacteris anaeròbis més abundants entre les espècies comensals del tracte intestinal humà sa. Aquesta espècie és una de les principals productores de butirat a l'intestí (que és la principal font d’energia per als colonòcits), però també s'ha suggerit que pot produir compostos antiinflamatoris i intervenir en la regulació de vàries rutes metabòliques de l’hoste. F. prausnitzii és un bacteri difícil de cultivar, ja que presenta una elevada sensibilitat a l'oxigen i presenta uns requeriments nutricionals molt exigents, el que ha compromès considerablement el nombre d’estudis basats en aïllats d’aquesta espècie. No obstant això, en els darrers anys l’interès en aquest bacteri està creixent ja que s’ha evidenciat que les poblacions de F. prausnitzii són variables en diferents grups d'edat i que es veuen reduïdes en certs trastorns intestinals com ara la malaltia inflamatòria intestinal i el càncer colorectal. L’objectiu d'aquest treball ha estat aprofundir en el rol que desenvolupa F. prausnitzii com un dels principals bacteris comensals del tracte intestinal humà. En primer lloc, s’ha dissenyat, optimitzat i validat un nou mètode molecular per determinar l’abundància d’aquesta espècie en mostres del tracte gastrointesinal, i s’ha demostrat la seva possible aplicació per ajudar al diagnòstic de la malaltia de Crohn. En segon lloc, s’ha dut a terme un estudi de les característiques filogenètiques i fenotípiques dels aïllats de F. Prausnitzii disponibles en l'actualitat a fi de coneixre’n millor la diversitat genètica i fenotípica i dilucidar quins factors són crucials en comprometre la població d’aquest bacteri en un intestí malalt. L’anàlisi de les soques ha revelat que F. prausnitzii inclou Principalment dos filogrups, nutricionalment versàtils i molt sensibles a canvis en les condicions ecològiques que pot patir l’intestí de l’hoste sota certes malalties intestinals. En conclusió, els resultat obtinguts en aquest estudi mostren que F. prausnitzii és una espècie ben establerta al còlon sa, amb una elvada versatilitat metabòlica ja que és capaç d’ interactuar amb carbohidrats de diferent estructura i complexitat. S’ha corroborat que aquest microorganisme seria un bon indicador de salut intestinal ja que la seva abundància es veu significativament reduida en pacients amb malaltia de Crohn. Aquests resultats concorden amb els obtinguts per proves fisiològiques que mostren una elevada sensibilitat de l’espècie a determinades condicions relacionades amb malalties intestinals. Estudis futurs s’orientaran a comprendre millor quins factros derrivats de la interacció amb l’hoste també determinen la persistència d’aquesta espècie en un intestí sa o malalt.

Multifunctionality and Diversity in Bacterial Biofilms

Bacteria are highly diverse and drive a bulk of ecosystem processes. Analysis of relationships between diversity and single specific ecosystem processes neglects the possibility that different species perform multiple functions at the same time. The degradation of dissolved organic carbon (DOC) followed by respiration is a key bacterial function that is modulated by the availability of DOC and the capability to produce extracellular enzymes. In freshwater ecosystems, biofilms are metabolic hotspots and major sites of DOC degradation. We manipulated the diversity of biofilm forming communities which were fed with DOC differing in availability. We characterized community composition using molecular fingerprinting (T-RFLP) and measured functioning as oxygen consumption rates, the conversion of DOC in the medium, bacterial abundance and the activities of five specific enzymes. Based on assays of the extracellular enzyme activity, we calculated how the likelihood of sustaining multiple functions was affected by reduced diversity. Carbon source and biofilm age were strong drivers of community functioning, and we demonstrate how the likelihood of sustaining multifunctionality decreases with decreasing diversity

Tandem chimeric transcription as a means to increase protein diversity in the human genome

The “one-gene, one-protein” rule, coined by Beadle and Tatum, has been fundamental to molecular biology. The rule implies that the genetic complexity of an organism depends essentially on its gene number. The discovery, however, that alternative gene splicing and transcription are widespread phenomena dramatically altered our understanding of the genetic complexity of higher eukaryotic organisms; in these, a limited number of genes may potentially encode a much larger number of proteins. Here we investigate yet another phenomenon that may contribute to generate additional protein diversity. Indeed, by relying on both computational and experimental analysis, we estimate that at least 4%–5% of the tandem gene pairs in the human genome can be eventually transcribed into a single RNA sequence encoding a putative chimeric protein. While the functional significance of most of these chimeric transcripts remains to be determined, we provide strong evidence that this phenomenon does not correspond to mere technical artifacts and that it is a common mechanism with the potential of generating hundreds of additional proteins in the human genome.

Y-chromosome diversity in native mexicans reveals continental transition of genetic structure in the Americas

The genetic characterization of Native Mexicans is important to understand multiethnic based features influencing the medical genetics of present Mexican populations, as well as to the reconstruct the peopling of the Americas. We describe the Y-chromosome genetic diversity of 197 Native Mexicans from 11 populations and 1,044 individuals from 44 Native American populations after combining with publicly available data. We found extensive heterogeneity among Native Mexican populations and ample segregation of Q-M242* (46%) and Q-M3 (54%) haplogroups within Mexico. The northernmost sampled populations falling outside Mesoamerica (Pima and Tarahumara) showed a clear differentiation with respect to the other populations, which is in agreement with previous results from mtDNA lineages. However, our results point toward a complex genetic makeup of Native Mexicans whose maternal and paternal lineages reveal different narratives of their population history, with sex-biased continental contributions and different admixture proportions. At a continental scale, we found that Arctic populations and the northernmost groups from North America cluster together, but we did not find a clear differentiation within Mesoamerica and the rest of the continent, which coupled with the fact that the majority of individuals from Central and South American samples are restricted to the Q-M3 branch, supports the notion that most Native Americans from Mesoamerica southwards are descendants from a single wave of migration. This observation is compatible with the idea that present day Mexico might have constituted an area of transition in the diversification of paternal lineages during the colonization of the Americas.