Diffusional kurtosis imaging using a fast heuristic constrained linear least squares algorithm: a plugin for OsiriX

Diffusion Kurtosis Imaging (DKI) is a fairly new magnetic resonance imag-ing (MRI) technique that tackles the non-gaussian motion of water in biological tissues by taking into account the restrictions imposed by tissue microstructure, which are not considered in Diffusion Tensor Imaging (DTI), where the water diffusion is considered purely gaussian. As a result DKI provides more accurate information on biological structures and is able to detect important abnormalities which are not visible in standard DTI analysis. This work regards the development of a tool for DKI computation to be implemented as an OsiriX plugin. Thus, as OsiriX runs under Mac OS X, the pro-gram is written in Objective-C and also makes use of Apple’s Cocoa framework. The whole program is developed in the Xcode integrated development environ-ment (IDE). The plugin implements a fast heuristic constrained linear least squares al-gorithm (CLLS-H) for estimating the diffusion and kurtosis tensors, and offers the user the possibility to choose which maps are to be generated for not only standard DTI quantities such as Mean Diffusion (MD), Radial Diffusion (RD), Axial Diffusion (AD) and Fractional Anisotropy (FA), but also DKI metrics, Mean Kurtosis (MK), Radial Kurtosis (RK) and Axial Kurtosis (AK).The plugin was subjected to both a qualitative and a semi-quantitative analysis which yielded convincing results. A more accurate validation pro-cess is still being developed, after which, and with some few minor adjust-ments the plugin shall become a valid option for DKI computation

Optimização da estrutura de um semi-reboque com vista à flexibilidade na sua adequação funcional

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Mecânica

Water treatments in semi-closed cooling circuits and their impact on the quality of effluents discharged by CERN

Dissertação apresentada à Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Engenharia do Ambiente, Gestão de Sistemas Ambientais

Water treatments in semi-closed cooling circuits and their impact on the quality of effluents discharged by CERN

Mestrado integrado em Engenharia do Ambiente, perfil: Gestão de Sistemas Ambientais

Células solares semi-transparentes de silício amorfo micro/nanocristalino

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para a obtenção do grau de Mestre em Engenharia dos Materiais

The role of the efflux mechanisms in multidrug resistance in Mycobacterium tuberculosis

Abstract The emergence of multi and extensively drug resistant tuberculosis (MDRTB and XDRTB) has increased the concern of public health authorities around the world. The World Health Organization has defined MDRTB as tuberculosis (TB) caused by organisms resistant to at least isoniazid and rifampicin, the main first-line drugs used in TB therapy, whereas XDRTB refers to TB resistant not only to isoniazid and rifampicin, but also to a fluoroquinolone and to at least one of the three injectable second-line drugs, kanamycin, amikacin and capreomycin. Resistance in Mycobacterium tuberculosis is mainly due to the occurrence of spontaneous mutations and followed by selection of mutants by subsequent treatment. However, some resistant clinical isolates do not present mutations in any genes associated with resistance to a given antibiotic, which suggests that other mechanism(s) are involved in the development of drug resistance, namely the presence of efflux pump systems that extrude the drug to the exterior of the cell, preventing access to its target. Increased efflux activity can occur in response to prolonged exposure to subinhibitory concentrations of anti-TB drugs, a situation that may result from inadequate TB therapy. The inhibition of efflux activity with a non-antibiotic inhibitor may restore activity of an antibiotic subject to efflux and thus provide a way to enhance the activity of current anti-TB drugs. The work described in this thesis foccus on the study of efflux mechanisms in the development of multidrug resistance in M. tuberculosis and how phenotypic resistance, mediated by efflux pumps, correlates with genetic resistance. In order to accomplish this goal, several experimental protocols were developed using biological models such as Escherichia coli, the fast growing mycobacteria Mycobacterium smegmatis, and Mycobacterium avium, before their application to M. tuberculosis. This approach allowed the study of the mechanisms that result in the physiological adaptation of E. coli to subinhibitory concentrations of tetracycline (Chapter II), the development of a fluorometric method that allows the detection and quantification of efflux of ethidium bromide (Chapter III), the characterization of the ethidium bromide transport in M. smegmatis (Chapter IV) and the contribution of efflux activity to macrolide resistance in Mycobacterium avium complex (Chapter V). Finally, the methods developed allowed the study of the role of efflux pumps in M. tuberculosis strains induced to isoniazid resistance (Chapter VI). By this manner, in Chapter II it was possible to observe that the physiological adaptation of E. coli to tetracycline results from an interplay between events at the genetic level and protein folding that decrease permeability of the cell envelope and increase efflux pump activity. Furthermore, Chapter III describes the development of a semi-automated fluorometric method that allowed the correlation of this efflux activity with the transport kinetics of ethidium bromide (a known efflux pump substrate) in E. coli and the identification of efflux inhibitors. Concerning M. smegmatis, we have compared the wild-type M. smegmatis mc2155 with knockout mutants for LfrA and MspA for their ability to transport ethidium bromide. The results presented in Chapter IV showed that MspA, the major porin in M. smegmatis, plays an important role in the entrance of ethidium bromide and antibiotics into the cell and that efflux via the LfrA pump is involved in low-level resistance to these compounds in M. smegmatis. Chapter V describes the study of the contribution of efflux pumps to macrolide resistance in clinical M. avium complex isolates. It was demonstrated that resistance to clarithromycin was significantly reduced in the presence of efflux inhibitors such as thioridazine, chlorpromazine and verapamil. These same inhibitors decreased efflux of ethidium bromide and increased the retention of [14C]-erythromycin in these isolates. Finaly, the methods developed with the experimental models mentioned above allowed the study of the role of efflux pumps on M. tuberculosis strains induced to isoniazid resistance. This is described in Chapter VI of this Thesis, where it is demonstrated that induced resistance to isoniazid does not involve mutations in any of the genes known to be associated with isoniazid resistance, but an efflux system that is sensitive to efflux inhibitors. These inhibitors decreased the efflux of ethidium bromide and also reduced the minimum inhibitory concentration of isoniazid in these strains. Moreover, expression analysis showed overexpression of genes that code for efflux pumps in the induced strains relatively to the non-induced parental strains. In conclusion, the work described in this thesis demonstrates that efflux pumps play an important role in the development of drug resistance, namely in mycobacteria. A strategy to overcome efflux-mediated resistance may consist on the use of compounds that inhibit efflux activity, restoring the activity of antimicrobials that are efflux pump substrates, a useful approach particularly in TB where the most effective treatment regimens are becoming uneffective due to the increase of MDRTB/XDRTB.

Estabilização dinâmica em patologia degenerativa da coluna lombar: estado da arte e contributo pessoal

Resumo Este trabalho encontra-se dividido em três capítulos distintos. No primeiro, é caracterizada a doença degenerativa lombar, demorando-se o autor na descrição pormenorizada das alterações anatómicas, biomecânicas, e bioquímicas inerentes à sua ocorrência. Segue-se a descrição da evolução das diferentes formas de terapêutica, enumerando as que de forma clássica mais frequentemente são utilizadas (cirúrgicas e não cirúrgicas). No segundo capítulo, são referidos os mais recentes avanços tecnológicos nesta área, mencionando, nas suas vertentes biomecânicas, clínicas e terapêuticas, as particularidades das estabilizações dinâmicas interespinhosas e pediculares, bem como da artroplastia de disco. Após esta longa introdução, inicia-se o terceiro capítulo no qual se apresenta um estudo prospectivo da avaliação clínica, funcional, imagiológica e da variação da densidade mineral óssea vertebral em 20 doentes com patologia degenerativa, tratados com sistemas de estabilização dinâmica semi-rígida interespinhosa, e seguidos durante dois anos. Do estudo realizado conclui-se que os sistemas referidos são eficazes clínica e funcionalmente no tratamento de doentes com doença degenerativa lombar. Mais ainda, estes instrumentais proporcionam um aumento da altura do disco confirmado na incidência radiográfica de perfil no nível instrumentado. Constatámos ainda que a densidade mineral óssea vertebral dos doentes intervencionados, avaliada com sistema DXA, não demonstra diferenças com significância estatística ao longo do tempo, omparativamente à determinada em idêntica população mas sem qualquer patologia lombar. Acresce que se obteve uma correlação entre a funcionalidade física e a BMD radial, com significância estatística crescente nas duas medições realizadas. Abstract This study is divided in three different chapters. In the first one the author describes the anatomical, biomechanical and biochemical changes that go along with degenerative lumbar spine disease. The therapeutically possibilities are mentioned, mainly with the classic fusion and decompression as well as the non surgical options. Then, in the second chapter, the author describes, from the biomechanical, clinical and therapeutically point of view, the new techniques of dynamic stabilization, interspinous and pedicular systems, as well as disc replacement. After this introduction, in the third chapter a prospective clinical, functional, imagiologic and vertebral bone mineral density variation study is presented. Twenty patients with degenerative lumbar spine disease are selected, and operated with a semi rigid interspinous system device, and followed for a two year period. The author concludes that the interspinous semi rigid systems were clinically and functionally effective in lumbar degenerative patients. It was also founded that the disc height at the implant segment level increased after surgery. Bone density was assessed with a DXA system device. As far as vertebral bone density is concerned, the author found no differences what so ever inside the group during the study, or to an identical control group without any lumbar pathology. The correlation study between the BMD and physical function showed that there was only significant statistically data in radial BMD measurement, and this happened with growing correlation from year 2006 to 2007.

Living and growing within a museum: re-creating video art for conservation

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Conservação e Restauro

Sistemas de protecção sísmica semi-activos aplicados em estruturas de engenharia civil caso de estudo: amortecedores com fluído magneto-reológico

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Civil – Perfil Estruturas

Human activity recognition for an intelligent knee orthosis

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Biomédica

O estudo de pavimentações regulares e semi-regulares com ambiente de geometria dinâmica

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Ensino da Matemática

Reclamações : a sua importância nas unidades de saúde privadas : um estudo de caso

RESUMO - O sector privado da saúde tem registado um forte crescimento em Portugal. Como principais factores apontam-se a crescente preocupação dos indivíduos com a sua saúde, o aumento do poder de compra, a possibilidade de exercer a escolha do seu prestador de cuidados, o maior conforto proporcionado no consumo de cuidados de saúde e o acesso mais rápido a esses cuidados (por comparação com o serviço público). Em consequência desses factores, existe por parte da instituição privada de saúde a necessidade de apostar num sistema de gestão de reclamações capaz de dar uma resposta rápida às necessidades, expectativas e preferências do indivíduo enquanto doente e cliente. Nesse âmbito, desenvolveu-se um estudo de investigação qualitativo. Recorreu-se à realização de entrevistas semi-estruturadas cujo tratamento foi submetido à técnica de análise de conteúdo. Procurou-se perceber o que pensam os responsáveis pela gestão e tratamento das reclamações acerca da importância do circuito de reclamação, da utilização das reclamações como uma ferramenta de gestão e qual o seu impacto na estratégia da instituição privada de saúde. Dos resultados obtidos, verifica-se que, à data, dá-se ainda pouca relevância a este tema, observando-se falhas a nível do circuito de reclamação. Hoje, a reclamação é ainda pouco utilizada e perspectivada como uma ferramenta de gestão. O seu impacto na estratégia da instituição, apesar de ser relevante, tem potencial para ser melhorado, na perspectiva da learning organization. Seria importante articular as estratégias de qualidade, com a formação dos profissionais na área da reclamação, implementação ou melhoria dos instrumentos utilizados nas respostas ao cliente e à entidade reguladora do sector, bem como com o redesenho do circuito do sistema de informação nesta área.

Qualidade no Serviço Nacional de Saúde : evolução recente e perspectivas futuras

RESUMO - A qualidade é um pilar fundamental de qualquer sector de actividade. No sector da saúde, a qualidade deixou de ser um factor opcional e tornou-se uma prioridade, uma exigência e um requisito de enorme importância na gestão das organizações de saúde, representando a sua responsabilidade, ética e respeito pelos cidadãos que a elas recorrem. O crescente interesse pelas questões da qualidade segue, ao longo das últimas décadas, uma tendência mundial nos sistemas de saúde, sendo um dos temas mais presentes no debate político e nas estratégias de saúde um pouco por todo o mundo. Porém, as abordagens à qualidade são díspares, reflectindo a sua dinâmica e o pouco consenso nesta área, o que justifica a necessidade de reflectir sobre o tema e de estudar as estratégias actualmente implementadas. Objectivos Este trabalho pretendeu apresentar uma perspectiva integrada e completa da qualidade em saúde em Portugal, contribuindo para o seu entendimento global e reflexão. Teve como finalidade estudar a sua evolução, nomeadamente a nível das políticas, das práticas e dos seus resultados, e conhecer a situação actual da qualidade nas organizações públicas de saúde nacionais, podendo assim contribuir para novas medidas nesta área. Metodologia Foram realizadas entrevistas semi-estruturadas a oito peritos portugueses na área da qualidade em saúde, seleccionados diante critérios de diversidade profissional, formação de base, tipo de instituição e localização geográfica onde exercem a sua actividade. Para as entrevistas foi elaborado um guião com perguntas sobre vários temas relacionados com a área da qualidade em saúde. As entrevistas foram gravadas e a informação foi transcrita e organizada em categorias através de uma análise de conteúdo. Para o segundo objectivo do estudo, foi construído e proposto um questionário, como projecto para investigações futuras. Resultados e Conclusões Os resultados mostraram que a qualidade é um tema muito valorizado e presente nos quadros da administração de saúde portuguesa. A sua evolução sofreu diversas mudanças, com fases de grande progresso e outras de grande indefinição. No entanto, ficou evidente que a grande divergência de opiniões justifica a necessidade de uma maior discussão e consenso a nível nacional e internacional nesta área. O futuro da qualidade em saúde em Portugal irá depender da capacidade do Departamento da Qualidade na Saúde e das organizações gerirem esta complexa área.

The influence of burden of care and perceived stigma on expressed emotions of relatives of stable persons with schizophrenia in Nigerian semi-urban/urban settings

RESUMO: Schizophrenia’s burden defines experience of family members and is associated with high level of distress. Courtesy stigma, a distress concept, worsens caregivers’ burden of care and impacts on schizophrenia. Expressed emotion (EE), another family variable, impacts on schizophrenia. However, relationship between EE, burden of care and stigma has been little explored in western literature but not in sub-Saharan Africa particularly Nigeria. This study explored the impact of burden of care and courtesy stigma on EE among caregivers of persons with schizophrenia in urban and semi-urban settings in Nigeria. Fifty caregivers each from semi-urban and urban areas completed a socio-demographic schedule, family questionnaire, burden interview schedule and perceived devaluation and discrimination scale. The caregivers had a mean age of 42 (± 15.6) years. Majority were females (57%), married (49%), from Yoruba ethnic group (68%), monogamous family (73%) and Christians (82%). A higher proportion of the whole sample (53%) had tertiary education. Three out of ten were sole caregivers. Seventy three (73%) lived with the person they cared for. The average number of hours spent per week by a caregiver with a person with schizophrenia was 35 hours. The urban sample had significantly higher proportion of carers with high global expressed emotion (72.7%) than the semi-urban sample (27.3%). The odds of a caregiver in an urban setting exhibiting high expressed emotion are 4.202 times higher than the odds of caregiver in a semi-urban setting. Additionally, there was significance difference between the urban and semi-urban caregivers in discrimination dimension. High levels of subjective and objective burden were associated with high levels of critical comments. In conclusion, this study is the first demonstration of urban-semi-urban difference in expressed emotion in an African country and its findings provide further support to hypothesized relationship between components of EE and burden of care.

Comparative effects of sediments contaminated by carcinogenic and non-carcinogenic PAHs in Dicentrarchus labrax: a semi-quantitative histopathological approach

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia do Ambiente