The Relevance of Ribonuclease III in Pathogenic Bacteria

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Biology.

Contributions à la Paléontologie du Miocène moyen continental du Bassin du Tage. III - Mammifères - Póvoa de Santarém, Pêro Filho et Chões (Secorio). Conclusions générales

This study on middle Miocene mammalian faunas from Tagus'basin deals particularly with some small mammals hitherto undescribed from Portugal, including a new Glirid (Paraglirulus scalabicensis nov. sp.); it allows an accurate datation by biostratigraphical standards, Megacricetodon crusafonti, Fahlbuschia darocensis, Cricetodon jotae being characteristic of mammalian MN6 unit, thus their age is nearly that of Sansan and Manchones (however the presence of Peridyromys hamadryas and Lagopsis verus do suggest, amidst this biozone, a somewhat later age than Sansan's); it contributes with indirect correlation data with marine formations, as underlying oyster-bearing beds most probably are in correspondance to the apogee of the same transgression that deposed near Lisbon ”schlier" facies from VI-a division (Serravalian, Blow's zones 10-13, Globorotalia meyeri zone); the diversity of mammalian assemblages is surely related to an environement with varied biotopes, whose characterisation becomes easier if account is taken of the preceding papers on mollusks (G. Truc) and Cyprinid fishes (J. Gaudant), and also according to some unpublished paleobotanical data (J. Pais). A table with a synthesis of all paleontological data so far known is presented.

Utilização de imagem LISS III para análise de espaços verdes em Lisboa

Dissertação apresentada como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Ciência e Sistemas de Informação Geográfica

Contributions to the Eocene palaeontology and stratigraphy of Beira Alta, Portugal III - Eocene plant remains from Naia and Sobreda (Beira Alta, Portugal)

The result of research conducted in trunk fragments from the Coja Arkoses Formation at Naia and Sobreda is reported. It is also reported the palynological study of the lutaceous black level surrounding the Naia trunk. Comparisons with trunks from Nave de Haver are established. Comments on palaeoecology and palaeoclimatology are presented.

Atlas des fossiles caractéristiques du Lias portugais* III a) Domérien (Ammonites)

This fascicle, dedicated to the Domerian (Late Pliensbachian) ammonites faunas, is the third part of the “Atlas des fossiles caractéristiques du Lias portugais“. It follows two previous publications about the Hettangian-Sinemurian and the Carixian (Lower fifty species are concisely described and illustrated. The other groups (nautilids, belemnites, brachiopods, bivalvia...) will be published afterwards. The principal objective of the “Atlas des fossiles caractéristiques du Lias portugais“ is to make the main liassic lusitanian fossils known to a wide public. It also aims to support field studies by giving a rich iconography dedicated to the lusitanian invertebrate macrofaunas. In the case of the ammonites, all the species are described and the “Atlas” can be used as an exhaustive database for biostratigraphic and paleobiogeographic studies.

The alternative complex III from Rhodothermus marinus - a prototype of a new family of quinol: electron acceptor oxidoreductase

Dissertation presented to obtain a PhD degree in Biochemistry at the Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Universidade Nova de Lisboa

The role of ribonuclease R in bacterial adaptation to cold shock

RESUMO:Os microrganismos reagem à súbita descida de temperatura através de uma resposta adaptativa específica que assegura a sua sobrevivência em condições desfavoráveis. Esta adaptação inclui alterações na composição da membrana, na maquinaria de tradução e transcrição. A resposta ao choque térmico pelo frio induz uma repressão da transcrição. No entanto, a descida de temperatura induz a produção de um grupo de proteínas específicas que ajudam a ajustar/re-ajustar o metabolismo celular às novas condições ambientais. Em E. coli o processo de adaptação demora apenas quatro horas, no qual um grupo de proteínas específicas são induzidas. Depois desde período recomeça lentamente a produção de proteínas.A ribonuclease R, uma das proteínas induzidas durante o choque térmico pelo frio, é uma das principais ribonucleases em E. coli envolvidas na degradação do RNA. É uma exoribonuclease que degrada RNA de cadeia dupla, possui funções importantes na maturação e “turnover” do RNA, libertação de ribossomas e controlo de qualidade de proteínas e RNAs. O nível celular desta enzima aumenta até dez vezes após exposição ao frio e estabiliza em células na fase estacionária. A capacidade de degradar RNA de dupla cadeia é importante a baixas temperaturas quando as estruturas de RNA estão mais estáveis. No entanto, este mecanismo é desconhecido. Embora a resposta específica ao “cold shock” tenha sido descoberta há mais de duas décadas e o número de proteínas envolvidas sugerirem que esta adaptação é rápida e simples, continuamos longe de compreender este processo. No nosso trabalho pretendemos descobrir proteínas que interactuem com a RNase R em condições ambientais diferentes através do método “TAP-tag” e espectrometria de massa. A informação obtida pode ser utilizada para deduzir algumas das novas funções da RNase R durante a adaptação bacteriana ao frio e durante a fase estacionária. Mais importante ainda, RNase R poderá ser recrutada para um complexo de proteínas de elevado peso molecular durante o “cold-shock”.------------ABSTRACT:Microorganisms react to the rapid temperature downshift with a specific adaptative response that ensures their survival in unfavorable conditions. Adaptation includes changes in membrane composition, in translation and transcription machinery. Cold shock response leads to overall repression of translation. However, temperature downshift induces production of a set of specific proteins that help to tune cell metabolism and readjust it to the new environmental conditions. For Escherichia coli the adaptation process takes only about four hours with a relatively small set of specifically induced proteins involved. After this time, protein production resumes, although at a slower rate. One of the cold inducible proteins is RNase R, one of the main E. coli ribonucleases involved in RNA degradation. RNase R is an exoribonuclease that digest double stranded RNA, serves important functions in RNA maturation and turnover, release of stalled ribosomes by trans-translation, and RNA and protein quality control. The level of this enzyme increases about ten-fold after cold induction, and it is also stabilised in cells growing in stationary phase. The RNase R ability to digest structured RNA is important at low temperatures where RNA structures are stabilized but the exact role of this mechanism remains unclear. Although specific bacterial cold shock response was discovered over two decades ago and the number of proteins involved suggests that this adaptation is fast and simple, we are still far from understanding this process. In our work we aimed to discover the proteins interacting with RNase R in different environmental conditions using TAP tag method and mass spectrometry analysis. The information obtained can be used to deduce some of the new functions of RNase R during adaptation of bacteria to cold and in stationary growth phase. Most importantly RNase R can be recruited into a high molecular mass complex of protein in cold shock.

Dalla cosmologia alla politíca(Osservazioni sulla "Monarchia" di dante III, XV)

pp. 285-302

Utilização das imagens LISS III para a classificação do uso do solo aplicado ao cadastro geométrico da propriedade rústica

Relatório de Estágio de Mestrado em Gestão do Território - Especialização em Detecção Remota e Sistemas de Informação Geográfica

Studies on BolA and ribonuclease R: two important factors in the control of bacterial gene expression

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Biology

Gd(III) chelates as NMR probes of protein-protein interactions. Case study: rubredoxin and cytochrome c3

Inorganic Chemistry 50(21):10600-7

The first crystal structure of class III superoxide reductase from Treponema pallidum

J Biol Inorg Chem (2006) 11: 548–558 DOI 10.1007/s00775-006-0104-y

O Santuário de Santa Bárbara de Padrões – uma Perspectiva Religiosa e Artística na Lusitânia dos Séculos I a III d. C.

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em História da Arte – Área de especialização em História da Arte da Antiguidade

Basel III: The impact of an increase in regulation in a recession framework

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Finance from the NOVA – School of Business and Economics

Efeito de um composto organometálico de Au(III) na actividade da aquagliceroporina-3

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Bioquímica Estrutural e Funcional