Biochemistry of grape berries: post-genomics approaches to uncover the effects of water deficits on ripening

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Biochemistry, Plant Physiology

Functional genomic analysis of heat stress in Vitis vinifera

Grapevine (Vitis vinifera) is one of most agro-economically important fruit crops worldwide, with a special relevance in Portugal where over 300 varieties are used for wine production. Due to global warming, temperature stress is currently a serious issue affecting crop production especially in temperate climates. Mobile genetic elements such as retrotransposons have been shown to be involved in environmental stress induced genetic and epigenetic modifications. In this study, sequences related to Grapevine Retrotransposon 1 (Gret1) were utilized to determine heat induced genomic and transcriptomic modifications in Touriga Nacional, a traditional Portuguese grapevine variety. For this purpose, growing canes were treated to 42 oC for four hours and leaf genomic DNA and RNA was utilized for various techniques to observe possible genomic alterations and variation in transcription levels of coding and non-coding sequences between non-treated plants and treated plants immediately after heat stress (HS-0 h) or after a 24 hour recovery period (HS-24 h). Heat stress was found to induce a significant decrease in Gret1 related sequences in HS-24 h leaves, indicating an effect of heat stress on genomic structure. In order to identify putative heat induced DNA modifications, genome wide approaches such as Amplified Fragment Length Polymorphism were utilized. This resulted in the identification of a polymorphic DNA fragment in HS-0 h and HS-24 h leaves whose sequence mapped to a genomic region flanking a house keeping gene (NADH) that is represented in multiple copies in the Vitis vinifera genome. Heat stress was also found to affect the transcript levels of various non-coding and gene coding sequences. Accordingly, quantitative real time PCR results established that Gret1 related sequences are up regulated immediately after heat stress whereas the level of transcript of genes involved in identification and repair of double strand breaks are significantly down regulated in HS-0 h plants. Taken together, the results of this work demonstrated heat stress affects both genomic integrity and transcription levels.

Production of ellagitannins concentrate by UF-NF from tropical highland blackberries

Dissertation presented to Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade Nova de Lisboa for obtaining the master degree in Membrane Engineering

Chimpanzees Share Forbidden Fruit

PLoS ONE - www.plosone.org, V.9, e886

Environmental impact assessment of energy crops cultivation in the Mediterranean Europe

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa Para a obtenção do Grau de Mestre em Energia e Bioenergia

Etnobotânica no Jardim Botânico Tropical: o seu interesse para o público

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Antropologia - Área de especialização de Natureza e Conservação

Spatial analysis and investigation of fire events occurrences in the Valencian Community, Spain

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Sustentabilidade nas construções em ambiente tropical

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Civil – Perfil de Construção

Fado Tropical. O Fado na emigração portuguesa e lusodescendência no Rio de Janeiro e em São Paulo

Trabalho de Projeto apresentado para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Culturas Visuais

A história da malária em Portugal na transição do século XIX para o século XX e a contribuição da Escola de Medicina Tropical de Lisboa (1902-1935)

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em História, Filosofia e Património da Ciência e da Tecnologia

Differential exploitation of cashew - a low conflict crop - by sympatric humans and chimpanzees

Modification of natural areas by human activities mostly has a negative impact on wildlife by increasing the geographical and ecological overlap between people and animals. This can result in escalating levels of competition and conflict between humans and wildlife, for example over crops. However, data on specific crops and crop parts that are unattractive to wildlife yet important for human livelihoods are surprisingly scarce, especially considering their potential application to reducing crop damage by wildlife. Here we examine the co-utilization of a nationally important and spatially abundant cash crop, cashew Anacardium occidentalis, by people and chimpanzees Pan troglodytes verus inhabiting a forested–agricultural matrix in Cantanhez National Park in Guinea-Bissau. In this Park people predominantly harvest the marketable cashew nut and discard the unprofitable fruit whereas chimpanzees only consume the fruit. Local farmers generally perceive a benefit of raiding by chimpanzees as they reportedly pile the nuts, making harvesting easier. By ensuring that conflict levels over crops, especially those with high economic importance, remain low, the costs of living in proximity to wildlife can potentially be reduced. Despite high levels of deforestation associated with cashew farming, these findings point to the importance of cashew as a low-conflict crop in this area.

A escola de Medicina Tropical de Lisboa e a afirmação do estado Português nas colónias africanas

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em História, Filosofia e Património da Ciência e da Tecnologia

Desafios da preservação digital: uma perspectiva orientada aos documentos digitalizados do Arquivo Científico Tropical

A utilização crescente das tecnologias de informação provocou uma revolução do conhecimento. O resultado deste novo paradigma trouxe mudanças significativas no modo de gerir e difundir a informação arquivística. A digitalização de parte ou da totalidade de acervos tem sido uma prática constante nos arquivos, bibliotecas e centros de documentação como forma de permitir ao utilizador o acesso remoto e alargado à informação. Neste sentido, o presente estudo, o qual enquadra-se na Sociedade da Informação, incide sobre preservação a longo prazo de documentos digitalizados e tem como objeto de estudo os representantes digitais inseridos no Arquivo Científico Tropical Digital (ACTD), pertencente ao Instituto de Investigação Científica Tropical (IICT). Propõe-se aqui entender o processo de digitalização dos documentos inseridos no ACTD, analisar se é realizada alguma preservação digital a longo prazo, bem como analisar a perceção dos profissionais da instituição em estudo relativa à esta temática e a partir deste conhecimento fazer recomendações de preservação digital a longo prazo ao Arquivo digital. O método de recolha e análise de dados utilizado diz respeito à análise de documentos institucionais do IICT, das páginas web do IICT e do ACTD, a fim de compreender a sua génese e estrutura e, a análise qualitativa de entrevistas semiestruturadas aplicada a cinco colaboradores do IICT que trabalham direta ou indiretamente com o ACTD. Para ajudar na análise dos dados recolhidos em entrevista construiu-se uma grelha de análise qualitativa por tema e categoria. A partir do tratamento e análise dos dados identificou-se algumas dificuldades que o ACTD apresenta relativamente á preservação digital a longo prazo, e recomendações foram sugeridas. O IICT não possui plano de preservação digital, nem ações de preservação definidas para serem aplicadas aos objetos digitais do ACTD. A perceção dos profissionais entrevistados relativa à temática é superficial, por isso no que diz respeito à preservação dos objetos digitais recomenda-se ao ACTD e aos profissionais que estão a trabalhar diretamente com as coleções documentais digitalizadas a criação de um grupo de trabalho, de um projeto de digitalização formalizado e de um plano de preservação digital, além da utilização de metadados de preservação, assim como a definição de normas e estratégias de preservação com base em políticas nacionais e internacionais.

Fermentation of fruit juices by the osmotolerant yeast Candida magnoliae

This study focuses on the assessment of the fermentation conditions required to modulate the metabolic flux in the osmotolerant yeast Candida magnoliae and evaluate its potential to produce low-alcoholic and low-caloric fermented beverages. For that purpose, two strains, PYCC 2903 and PYCC 3191, were used and fermentation conditions as oxygenation, sugar concentration and the ratio of glucose to fructose were studied using synthetic culture media. Candida magnoliae PYCC 2903 was subsequently used to ferment real industrial fructose-rich substrates such as fruit juices. Sugar consumption profiles for C.magnoliae PYCC 2903 incubated aerobically in the presence of high fructose and glucose concentrations (15%, 10% and 5%) showed a selective utilization of fructose, denoting a preference for this sugar over glucose. The lower ratio between ethanol and sugar alcohols yield was obtained for both strains incubated under oxygen limitation simulating industrial fructose-rich substrates, confirming the ability of this yeast to direct fermentation towards alternative products. Enzymatic assays for hexokinase activity in terms of capacity and affinity for glucose and fructose were performed, aiming to elucidate its contribution to the fructophilic behaviour of this yeast. Enzymatic assays for both strains showed that the Vmax is two to threefold higher for fructose than for glucose but Km is also 10-20-fold higher for this sugar than for glucose. Hence, hexokinase kinetic properties do not explain fructophily in C.magnoliae. This indicates that fructose transport is probably determining in this respect, as observed for other fructophilic yeasts. Fruit juice fermentations with C.magnoliae PYCC 2903 revealed a potential for the production of beverages with interesting sensorial properties. Pear and peach fermentations exhibited the best results with the lowest ratio between ethanol and sugar alcohols yield and the most pleasant organoleptic features.

Concepções do viajante e adesão à quimioprofilaxia da Malária - Estudo em Consulta do Instituto de Higiene e Medicina Tropical

A não adesão à quimioprofilaxia da malária tem sido documentada como uma das principais causas que contribuem para os casos de malária. A consulta do viajante é um processo de avaliação do risco da viagem que fornece um conjunto de indicações de saúde ao viajante de acordo com risco local e necessidades pessoais. Neste trabalho pretendeu-se avaliar as concepções do viajante e a sua adesão à quimioprofilaxia da malária num grupo de viajantes que recorreram a consulta do viajante no IHMT, através de um questionário pré e pós-viagem. Num total de 96 (37,9%) de viajantes que não aderiram à quimioprofilaxia, 73 (76%) reduziram o tempo de toma, 18 (18,8%) não tomaram nenhuma medicação. A não adesão foi maior ao longo e após o regresso da viagem a qual teve como principal destino Angola. Verificou-se que a maior causa de não adesão à quimioprofilaxia foi escolha deliberada por receio dos efeitos secundários (60,9%). Os viajantes alteram muito a sua concepção de risco subestimando o mesmo após o seu regresso. De acordo com a estatística da malária importada, em Portugal esta encontra-se em sentido crescente pelo que seria importante acompanhar clinicamente os viajantes que não aderiram à quimioprofilaxia e relevar procedimentos que salvaguardassem atitudes do viajante face aos efeitos secundários da medicação.