Gammaretroviral and lentiviral vectors for gene therapy: stability and inactivation mechanisms

Dissertation presented to obtain a Ph.D degree in Engineering and Technology Sciences, Gene Therapy at the Instituto de Tecnologia Quimica e Biológica, Universidade Nova de Lisboa

Bioprocess design of canine adenovirus vectors for gene therapy applications

The potential of human adenovirus vectors as vehicles for gene transfer with clinical applications in vaccination, cancer treatment and in many monogenic and acquired diseases has been demonstrated in several studies and clinical trials. However, the clinical use of these vectors can be limited by pre-existing humoral and cellular anti-capsid immunity. One way to circumvent this bottleneck while keeping the advantages of using adenovirus vectors is using non-human viruses such as Canine Adenovirus type 2 (CAV-2). Moreover, CAV-2 vectors present attractive features to develop potential treatment of neurodegenerative and ocular disorders. While the interest in CAV-2 vectors increases, scalable and robust production processes are required to meet the need for preclinical and possibly clinical uses.(...)

Improving downstream processing for viral vectors and viral vaccines

Viral vectors are playing an increasingly important role in the vaccine and gene therapy elds. The broad spectrum of potential applications, together with expanding medical markets, drives the e orts to improve the production processes for viral vaccines and viral vectors. Developing countries, in particular, are becoming the main vaccine market. It is thus critical to decrease the cost per dose, which is only achievable by improving the production process. In particular advances in the upstream processing have substantially increased bioreactor yields, shifting the bioprocess bottlenecks towards the downstream processing. The work presented in this thesis aimed to develop new processes for adenoviruses puri cation. The use of state-of-the-art technology combined with innovative continuous processes contributed to build robust and cost-e ective strategies for puri cation of complex biopharmaceuticals.(...)

Extraction automatique d´associations lexicales à partir de corpora

The automatic acquisition of lexical associations from corpora is a crucial issue for Natural Language Processing. A lexical association is a recurrent combination of words that co-occur together more often than expected by chance in a given domain. In fact, lexical associations define linguistic phenomena such as idiomes, collocations or compound words. Due to the fact that the sense of a lexical association is not compositionnal, their identification is fundamental for the realization of analysis and synthesis that take into account all the subtilities of the language. In this report, we introduce a new statistically-based architecture that extracts from naturally occurring texts contiguous and non contiguous. For that purpose, three new concepts have been defined : the positional N-gram models, the Mutual Expectation and the GenLocalMaxs algorithm. Thus, the initial text is fisrtly transformed in a set of positionnal N-grams i.e ordered vectors of simple lexical units. Then, an association measure, the Mutual Expectation, evaluates the degree of cohesion of each positional N-grams based on the identification of local maximum values of Mutual Expectation. Great efforts have also been carried out to evaluate our metodology. For that purpose, we have proposed the normalisation of five well-known association measures and shown that both the Mutual Expectation and the GenLocalMaxs algorithm evidence significant improvements comparing to existent metodologies.

A Bacia Lusitaniana: estratigrafia, paleogeografia e tectónica

A Bacia Lusitaniana é uma bacia sedimentar que se desenvolveu na Margem Ocidental Ibérica (MOI) durante parte do Mesozóico, e a sua dinâmica enquadra-se no contexto da fragmentação da Pangeia, mais especificamente da abertura do Atlântico Norte. Caracteriza-se como uma bacia distensiva, pertencente a uma margem continental do tipo atlântico de rift não vulcânica. Ocupa mais de 20 000 km2 na parte central da MOI, alongando-se por cerca de 200 km segundo direcção aproximada NNW-SSE e por mais de 100 km na direcção perpendicular; cerca de 2/3 aflora na área continental emersa e a restante área, encontra-se imersa, na plataforma continental. Trata-se da única bacia das margens do Atlântico Norte com extensa exposição superficial, pelo que tem atraído nas últimas décadas um número considerável de geólogos, especialistas de variados domínios, para a realização de trabalhos de investigação integrados em equipas nacionais e internacionais, muitos delas ligadas à indústria do petróleo. Ao longo das várias décadas de prospecção foram efectuadas cerca de 50 sondagens profundas e mais de 37 000 km de perfis sísmicos de reflexão 2D. A evolução tectónica da Bacia Lusitaniana foi condicionada por falhas que se formaram durante o episódio de gracturação tardi-varisca aproximadamente entre os 300 e os 280 M.a. Este episódio tardi-orogénico resulta de imposição de regime de cisalhamento direito à micro-placa ibérica nos seus paleolimites E-W setentrional e meridional, dos quais resultariam as falhas de desligamento esquerdo de direcção aproximada NNE-SSW a NE-SW. Outras falhas orogénicas variscas de orientação N-S (falha de Porto-Tomar) e NW-SE foram também importantes na estruturação da Bacia Lusitaniana, como adiante ficará patente. Esta é a herança tectónica da Bacia que levou, durante o estiramento crostal mesozóico, à formação do conjunto de bacias marginais na MOI. A evolução tectónica da Bacia Lusitaniana está condicionada pela distensão mesozóica relacionada com a abertura do Atlântico Norte, na proximidade do Atlântico Central, domínios oceânicos distintos separados pela Zona de Falha de Açores-Gibraltar (ZFAG). Esta constitui limite transformante entre placas, que numa fase inicial do ciclo alpino, ou seja da rotura da Pangea, separou dois grandes continentes, a Laurásia a Norte e a Gondwana a Sul. A Ibéria localiza-se, assim, durante o Mesozóico, numa posição de charneira, cuja actividade está também relacionada com a evolução dos limites de placa: i) a sul, entre África e a Eurásia, limite transcorrente ao longo da Zona de Falha de Açores Gibraltar e ii) a Oeste, entre a Ibéria e a Terra Nova limite divergente associado à evolução do Atlântico. Nas fases iniciais de desenvolvimento do proto-Atlântico norte, desde o Triásico, a Ibéria encontra-se solidária ao continente norte-americano, mas por estiramento litosférico progressivo, acabará por ocorrer rotura crostal e consequente oceanização no final do Cretácico Inf. Este conjunto de interações será assim responsável por uma evolução também complexa da Margem Ocidental da Ibéria, onde se encontra a Bacia Lusitaniana, bacia intracratónica, interna, separada de uma zona externa por um relevo estrutural, o horst da Berlenga. Desta forma, alguns processos complexos, uns exógenos, outros de clara influência endógena, vão ficando registados na Bacia. Referimo-nos a episódios de inversão tectónica precoce, a um magmatismo muito ténue - para todos os efeitos podendo-se considerar como uma margem continental de rift, não vulcânica - e a diapirismo que se encontra registado na sua área geográfica.

Módulo fotovoltaico com seguimento da posição solar

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica e de Computadores

Evolution of Iberia during the Cenozoic with special emphasis on the formation of the Betic Cordillera and its relation with the western Mediterranean

The extensional process affecting Iberia during the Triassic and Jurassic times change from the end of the Cretaceous and, throughout the Palaeocene, the displacement between the African and European plates was clearly convergent and part of the future Internal Zone of the Betic Cordillera was affected. To the west, the Atlantic continued to open as a passive margin and, to the north, no significant deformation occurred. During the Eocene, the entire Iberian plate was subjected to compression. which caused major deformations in the Pyrenees and also in the Alpujarride and Nevado-Filabride, Internal Betic, complexes. In the Oligocene continued this situation, but in addition, the new extensional process ocurring in the western Mediterranean area, together with the constant eastward drift of Iberia due to Atlantic opening, compressed the eastern sector of Iberia, giving rise to the structuring of the Iberian Cordillera. The Neogene was the time when the Betic Cordillera reached its fundamental features with the westward displacement of the Betic-Rif Internal Zone, expelled by the progressive opening of the Algerian Basin, opening prolonged till the Alboran Sea. From the late Miocene onwards, all Iberia was affected by a N-S to NNW-SSE compression, combined in many points by a near perpendicular extension. Specially in eastern and southern Iberia a radial extension superposed these compression and extension.

Comportamento de células solares fotovoltaicas de Si-a em campo e sua degradação

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para a obtenção do grau de Mestre em Engenharia Microelectrónica e Nanotecnologia

Downstream processing development of enveloped viruses for clinical applications: innovative tools for rational process optimization

Dissertation presented to obtain a Ph.D. degree in Engineering and Technology Sciences, Biotechnology at the Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Universidade Nova de Lisboa

Interpretação tectónica de um conjunto de lineamentos WNW-ESE observados em imagens landsat da margem oeste ibérica

The existence of satellite images ofthe West Iberian Margin allowed comparative study of images as a tool applied to structural geology. Interpretation of LANDSAT images of the Lusitanian Basin domain showed the existence of a not previously described WNW-ESE trending set oflineaments. These lineaments are persistent and only observable on small scale images (e.g. approx. 11200000 and 11500 000) with various radiometric characteristics. They are approximately 20 km long, trend l200±15° and cross cut any other families oflineaments. The fact that these lineaments are perpendicular to the Quaternary thrusts of the Lower Tagus Valley and also because they show no off-set across them, suggests that they resulted from intersection oflarge tensile fractures on the earth's surface. It is proposed in this work that these lineaments formed on a crustal flexure of tens ofkm long, associated with the Quaternary WNW-ESE oriented maximum compressive stress on the West Iberian Margin. The maximum compressive stress rotated anticlockwise from a NW -SE orientation to approximately WNW-ESE, from Late Miocene to Quaternary times (RIBEIRO et aI., 1996). Field inspection of the lineaments revealed zones of norm~1.J. faulting and cataclasis, which are coincident with the lineaments and affect sediments of upper Miocene up to Quaternary age. These deformation structures show localized extension perpendicular to the lineaments, i.e. perpendicular to the maximum compressive direction, after recent stress data along the West Portuguese Margin (CABRAL & RIBEIRO, 1989; RIBEIRO et at., 1996). Also, on a first approach, the geographical distribution of these lineaments correlates well with earthquake epicenters and areas of largest Quaternary Vertical Movements within the inverted Lusitanian Basin (CABRAL, 1995).

Traços da medicina na azulejaria de Lisboa

RESUMO: A presente abordagem procura estabelecer uma relação entre a Medicina e a Azulejaria. Um conjunto de composições produzidas entre o século XVII e a década de 90 do século XX, localizado na área de Lisboa e seus arredores, organiza-se em torno de oito vectores que ilustram a presença de alusões à Medicina na Azulejaria da referida área. São estes, aspectos relacionados com a higiene, marcos da história da assistência, ciclos temáticos relacionados com os quatro elementos primordiais e com os cinco sentidos, representações ligadas à ideia de morte, episódios bíblicos, referências hagiográficas e elementos ligados à acção médica, como objectos, patologias, instituições ou acontecimentos, associados à Medicina, que atestam esta relação entre Arte e Ciência, de forma geral, e entre a Azulejaria e a Medicina, de forma particular. À análise destes vectores, antecede uma resenha histórica relativa à ligação entre Arte e Ciência e um apontamento histórico acerca da história da Azulejaria. Pretende-se demonstrar esta conexão interdisciplinar e reforçar a importância da vertente humanista da Medicina, na sua história, na sua aprendizagem e na sua prática.-------------------------------------ABSTRACT: The present approach aims at establishing a relation between Medicine and Tile Art. A group of compositions produced between the 17th century and the 1990s, located in the Lisbon area and its surroundings, is organized around eight vectors that illustrate the presence of allusions to Medicine in the Tile Art in the mentioned areas. These are related with hygiene aspects, landmarks in the history of assistance, thematic cycles related with the four main elements and with the five senses, representations connected to the idea of death, biblical episodes, hagiographic references and elements connected to the medical intervention, such as objects, pathologies, institutions or events related to Medicine that testify this relation between Art and Science in a broad context, and between Tile Art and Medicine in a strict sense. Prior to the analysis of these vectors there is a historic contextualization concerning the relationship between Art and Science and a historical note about the history of Tile Art. The aim is to demonstrate the interdisciplinary relation and reinforce the importance of the humanistic side of Medicine, in its history, its learning and its practice.------------------------------------RÉSUMÉ: Cet étude vise établir une relation entre la Médecine et l’Art de l’ « Azulejaria ». Un ensemble de compositions produites entre le XVII ème siècle et le dernier quart du XX ème siècle, dans la région de Lisbonne, s’organise autour de huit axes qui illustrent des références à la médecine. Nous avons récupéré des motifs allusifs à l’hygiène, à l’histoire de l’assistance, aux cycles thématiques des quatre éléments primordiaux et des cinq sens, à la mort, aux épisodes bibliques ou hagiographiques mais aussi aux motifs qui reproduisent des objets, des pathologies, des institutions ou des évènements médicaux. Tous ces exemples mettent à jour la relation entre l’Art et la Science, en général, et entre l’ « Azulejaria» et la Médecine, en particulier. Avant d’analyser ces huit axes, nous établirons un parcours historique pour expliquer la relation entre Art et Science, ainsi qu’une brève histoire de l’ «azulejaria». Nous prétendons démontrer cette relation interdisciplinaire et renforcer l’importance de la vertu humaniste des Sciences Médicales dans son histoire, son apprentissage et sa pratique.

A Leishmaniose visceral em Portugal Continental : 1999-2009

RESUMO - As alterações climáticas alteraram a incidência e distribuição mundial de zoonoses, ao modificarem o perfil epidemiológico dos seus vectores. A leishmaniose visceral é reemergente na bacia mediterrânica, sendo o seu impacto real subestimado. Em Portugal, é endémica em três regiões, de declaração obrigatória desde 1948 e o reservatório é o canídeo. O aumento da incidência da doença no cão e a escassez de informação epidemiológica tornou pertinente investigar a realidade nacional. A partir das bases de dados das notificações e dos grupos de diagnósticos homogéneos hospitalares, foram identificados todos os casos e, consultados todos os processos clínicos dos doentes com episódios de internamento nos hospitais do continente entre 1999-2009. Ocorreram 730 internamentos para 375 indivíduos na maioria: homens, eurocaucasianos, com em média, 27 anos e, residência em Lisboa e Vale do Tejo. A sintomatologia e comorbilidades dos doentes vão de encontro ao descrito internacionalmente. A doença foi subnotificada, com uma demora média de 19 dias. A letalidade foi de 5%. A taxa de incidência média do continente foi de 0,294/100000 habitantes, sem padrão de sazonalidade. O corredor endémico de Bortman construído apresentou picos com amplitudes de 2-3 anos. O mapeamento dos doentes evidenciou casos em regiões não endémicas acompanhando a distribuição da leishmaniose canina. Seria pertinente que futuras investigações construíssem uma modelação matemática que confirmasse a tendência do corredor endémico (pico em 2011?) para accionar um sistema de alerta nos Serviços de Saúde. Seria também útil a avaliação das condições geoclimáticas das localidades com casos para evidenciar possíveis similitudes no território. -------ABSTRACT - Climate changed the incidence and worldwide distribution of zoonosis while the epidemiological profile of their vectors was changing. Visceral leishmaniasis is reemerging in the Mediterranean basin and its real impact underestimated. In Portugal, it’s endemic in three regions; the notification occurs since 1948 and dog is the reservoir. The increased incidence of the canines’ disease and the scarcity of epidemiological information relevant investigate the national reality. From Notifications and Homogeneous’ Diagnostics Groups system databases, all cases were identified and also analyze all clinical processes of inpatients’ hospitals in 1999- 2009 in Portugal. 730 admissions occurred for 375 patients. In most they were men, Caucasians, with an average of 27 years and residency in Lisboa e Vale do Tejo. The symptoms and comorbilidades patient go against described internationally. The disease was under notified, with an average delay of 19 days. Lethality was 5%. The incidence rate was 0,294/100000 inhabitants, without seasonality. The endemic’s Bortman corridor presents peak amplitudes of 2-3 years. Mapping patient’s residency shows that cases’ distribution is similar to endemic canine leishmaniasis. It would be appropriate a research to build a mathematical modeling up to confirm the trend of corridor endemic (peak in 2011?), to trigger an alert system for health services. It would also be useful to evaluate the geo-climatics conditions of localities with cases to highlight possible similarities in the territory.

Expression of antibodies and retroviralVectors from defined chromosomal sites: strategies towards reliable production systems

Dissertation presented to obtain a Ph.D. degree in Sciences of Engineering and Technology, Cell Technology, at the Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Universidade Nova de Lisboa

Um elemento finito para barras esbeltas baseado numa teoria geometricamente exacta

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Civil

Cavin 1 and cavin 2 roles on adipocyte cell function

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina