Diversidade genética do vírus da Hepatite C circulante numa população de utilizadores de drogas injectáveis de Lisboa

Dissertação apresentada para a obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Diversidade genética da população parasitária de leishmania em Portugal

RESUMO O presente estudo teve como principal objectivo avaliar a diversidade genética de uma população parasitária de Leishmania em isolados portugueses de hospedeiros humanos, caninos, vulpinos e do vector, aplicando dois marcadores moleculares: kDNA e microssatélites. No Capítulo 1 fez-se uma revisão bibliográfica sobre as leishmanioses incluindo a epidemiologia da infecção nos países da bacia mediterrânica nomeadamente Portugal. Deu-se especial relevo à epidemiologia molecular que nos últimos anos tem vindo a ser desenvolvida. No Capítulo 2 efectuou-se um inquérito de leishmaniose canina que abrangeu 374 cães provenientes da Região Metropolitana de Lisboa. Foi encontrada uma prevalência total de 19,2%, com a prevalência de 18,4% nos cães com dono e 21,6% nos cães sem dono ou vadios. Os resultados obtidos evidenciaram a importância dos cães vadios na transmissão do parasita e disseminação da doença. A partir dos 72 cães infectados, foram isolados 49 estirpes de Leishmania, tendo estas sido tipadas como L. infantum zimodeme MON-1. Estas estirpes, em conjunto com outras amostras isoladas a partir de humanos, vector e outros canídeos, foram utilizadas para avaliar a diversidade genética. No Capítulo 3 foram desenvolvidas sequências iniciadoras cinetoplastideais, MC1 e MC2, tendo-se estas revelado específicas e sensíveis para a identificação do complexo L. donovani isolados em cultura ou directamente a partir de amostras clínicas. Aplicou-se a metodologia de kDNA-PCR-RFLP na análise de 161 amostras de DNA, das quais 134 eram provenientes de isolados portugueses de L. infantum. Foram identificados 16 genótipos na totalidade das amostras, tendo 13 sido identificados nas amostras portuguesas. Observou-se a predominância do genótipo A, observado exclusivamente na população parasitária portuguesa. Em termos geográficos esta metodologia mostrou estar de acordo com a tipagem isoenzimática, e outros marcadores moleculares, individualizando as amostras provenientes de África num único genótipo. No entanto não se observou individualização ao nível das regiões de Portugal estudadas, sugerindo a existência de fluxo genético entre as diferentes áreas geográficas. No Capítulo 4 aplicou-se a análise de 13 loci de microssatélites, polimórficos para L. infantum, em 154 amostras, das quais 128 eram provenientes de diferentes regiões geográficas de Portugal e de diferentes hospedeiros e vector. Obteve-se um maior grau de polimorfismo com estes marcadores do que com o kDNA, identificando-se 85 genótipos. Observou-se uma maior diversidade molecular nas amostras provenientes do Algarve e Alto Douro e, relativamente ao hospedeiro, estes alvos moleculares mostraram ser muito mais polimórficos no hospedeiro humano que o canino, indo ao encontro dos resultados de tipagem isoenzimática que se conhecem até à actualidade. Foi individualizado um agrupamento de amostras não MON-1 e dentro deste, um sub-agrupamento das amostras de África Oriental (Etiópia e Sudão), como anteriormente sugerido por outros autores. No Capítulo 5 discutiram-se os resultados obtidos permitindo verificar que a variabilidade dos parasitas Leishmania no nosso país é maior do que tem sido considerada até ao presente. Possibilitaram também o conhecimento de que há genótipos predominantes em Portugal e que a variabilidade genética no hospedeiro humano e no vector é superior à do reservatório doméstico e silvático.

Avaliação da lesão genética induzida por exposição a radiação ionizante na população Portuguesa

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina

Diversidade genética e resistência aos anti-retrovirais inibidores enzimáticos de vírus da imunodeficiência humana tipo 1 (HIV-1) de uma população de toxicodependentes por via endovenosa da Grande Lisboa

Neste estudo procedeu-se à caracterização da diversidade genética das regiões codificantes da protease (PR), transcritase reversa (RT) e integrase (IN) do gene pol do vírus da imunodeficiência humana tipo 1 (HIV-1), bem como à pesquisa de polimorfismos genéticos associados à diminuição da susceptibilidade aos anti-retrovirais inibidores enzimáticos, circulante numa população de 51 indivíduos utilizadores de drogas por via endovenosa (IDUs) da Grande Lisboa. Em termos globais, a análise filogenética realizada com base em 38 sequências nucleotídicas concatenadas revelou que 12 (31,6%), 13 (34,2%) e 13 (34,2%) das sequências analisadas eram dos subtipos B, G/CRF14_BG e de formas genéticas não-B/não-G (1 F1, 4 CRF02_AG e 8 formas recombinantes únicas), respectivamente. Relativamente à pesquisa de mutações associadas a resistência (perfil genotípico), foram encontradas 15, presentes em 50,0% (22/44) dos indivíduos, com uma distribuição de 1-3/indivíduo (4, todas acessórias, na PR; 6 na RT; 5 na IN, uma principal e 4 acessórias). Todavia, apenas 26,7% (4/15) dessas mutações conferiam uma expressão fenotípica de resistência a uma das classes de inibidores (da RT ou IN), em 9,1% (4/44) dos indivíduos. Foi ainda observada uma elevada frequência de outros polimorfismos genéticos, mais frequentes em subtipos não-B, alguns dos quais considerados assinaturas de subtipo. A homologia genética total ou parcial com os subtipos B e G, reconhecida neste estudo, reflectirá a sua predominância na população de IDUs. Este resultado sugere também que a epidemia de HIV-1 em Portugal poderá estar a evoluir para um padrão epidemiológico singular, no qual os subtipos B, G e suas formas recombinantes predominam. A proporção observada de indivíduos portadores de vírus com mutações associadas a resistência, mesmo em indivíduos naive relativamente à terapêutica, indica que a sua transmissão se encontra em curso entre a população de IDUs, tendo, certamente, um impacto relevante ao nível da abordagem terapêutica e monitorização da infecção.

Transglutaminases do mosquito Anopheles gambiae: Caracterização genética, bioquímica e funcional durante a infecção por Plasmodium berghei

A malária constitui um problema de saúde pública, que tem vindo a agravar-se, sendo crescente a necessidade de estratégias renovadas para o seu controlo, como a interrupção do ciclo esporogónico. Deste modo, é essencial compreender as respostas imunológicas de Anopheles anti-Plasmodium. Demonstrou-se anteriormente, que a inibição de transglutaminases, enzimas que participam em vários processos biológicos ao catalisarem a formação de ligações covalentes entre péptidos, agrava a infecção em mosquitos pelo parasita. O presente trabalho tem por objectivo caracterizar as transglutaminases AGAP009098 e AGAP009100 de Anopheles gambiae. Os métodos utilizados para este efeito foram: a sequenciação de regiões dos genes AGAP009098 e AGAP009100; a clonagem molecular de fragmentos da região codificante do gene AGAP009098, usando o vector plasmídico pET–28a(+) e Escherichia coli como sistema de expressão; e PCR em Tempo Real para analisar a expressão relativa dos genes AGAP009098 e AGAP009100 nos diferentes os estádios de desenvolvimento. AGAP009098 é expressa ubiquamente e AGAP009100 a partir do estádio pupa. Estes resultados apontam para a conclusão de que AGAP009098 e AGAP009100 poderão desempenhar funções em processos biológicos relevantes, por exemplo na defesa imunitária, ou no desenvolvimento. Os péptidos recombinantes, obtidos a partir da clonagem com sucesso de fragmentos da região codificante do gene AGAP009098, constituem uma ferramenta importante para averiguar a função destas TGases, no futuro.

Susceptibilidade genética para cancro da mama

RESUMO: O cancro da mama é a patologia oncológica mais frequente nas mulheres sendo o responsável pela maior taxa de mortalidade por cancro no sexo feminino. Contudo, as causas inerentes a esta patologia permanecem por esclarecer. Nos últimos anos tem-se verificado que o risco para patologia neoplásica depende de factores ambientais e genéticos, estando estes últimos associados à variabilidade genética inter-individual. Polimorfismos genéticos em genes envolvidos no metabolismo de hormonas sexuais, de cancerígenos ambientais e na reparação da lesão genética, são potenciais candidatos a estarem associados à susceptibilidade individual para esta patologia. Assim, neste trabalho desenvolveram-se estudos de associação caso-controlo na população Portuguesa, com vista a avaliar-se o papel atribuído aos polimorfismos na susceptibilidade para cancro da mama. Foram seleccionados polimorfismos em genes envolvidos em diferentes vias mecanicistas: destoxificação de cancerígenos, metabolismo de estrogénios, reparação por excisão de bases, reparação por excisão de nucleótidos, reparação mismatch e reparação por recombinação homóloga. Os resultados obtidos revelaram associação entre os seguintes polimorfismos e a susceptibilidade individual para cancro da mama: os dois SNPs estudados no gene XRCC1 (Arg194Trp e Arg399Gln) e o SNP no gene XRCC3 (Thr241Met) após estratificação pelo status menopausico. Mediante estratificação por status de amamentação os SNPs identificados nos genes MnSOD (Val16Ala) e XRCC2 (Arg118His); um SNP no gene MLH3 (Leu844Pro), e por fim como resultado de interacção gene-gene as interacções descritas por MSH3 Ala1045Thr/MSH6 Gly39Glu e MSH4 Ala97Thr/MLH3 Leu844Pro. Os resultados obtidos e apresentados na presente dissertação, revelam que o estudo de polimorfismos pode representar um papel determinante na etiologia do cancro da mama. No entanto, mais estudos envolvendo estes mesmos polimorfismos em populações casuisticamente superiores serão uma mais-valia nos estudos de associação para esta neoplasia. Adicionalmente, a utilização da metodologia de Pools de DNA, poderá ser uma ferramenta útil na pré-selecção dos polimorfismos mais relevantes a estudar, na medida em que permite estimar a frequência alélica de cada SNP numa determinada população.-----------------------------------ABSTRACT: Breast cancer is the most common form of cancer among women, being the responsible for the highest mortality rate from cancer among the female sex. However, the main causes related to this pathology remain unclear. The risk of neoplasic disease has been connected with genetic and environmental factors. In fact, genes and the environment share the stage for most, if not all, common non-familial cancers, and are related to individual susceptibility. Genetic polymorphisms identified in genes encoding enzymes involved in estrogen metabolism, xenobiotics and DNA repair pathways are believed to be candidates for associations with breast cancer. Therefore, it was our intention to develop case-control studies among the Portuguese population, in order to evaluate the potential role of several genetic polymorphisms in breast cancer susceptibility. We selected polymorphisms in genes involved in different pathways: carcinogenic detoxification, estrogen metabolism, base excision repair, nucleotide excision repair, mismatch repair and double strand break repair by homologous recombination. The results obtained revealed potential associations between some polymorphisms studied and individual susceptibility to breast cancer. Regarding this fact, our results suggest the potential involvement of two XRCC1 gene polymorphisms (Arg194Trp and Arg399Gln) and XRCC3 gene polymorphism (Thr241Met) after stratification to menopausal status and after stratification to breastfeeding status an association of MnSOD gene polymorphism (Val16Ala) and XRCC2 (Arg188His) with the disease. The SNP identified in MLH3 gene (Leu844Pro), and the interaction gene-gene described by MSH3 Ala1045Thr/MSH6 Gly39Glu and MSH4 Ala97Thr/MLH3 Leu844Pro were also related to breast cancer susceptibility. The results shown in the present dissertation have revealed the potential role of polymorphisms in breast cancer etiology. However, further studies will be needed with larger populations to confirm these results. Additionally, the use of DNA pools methodology, as a pre-selection tool, could allow the identification of the most relevant polymorphisms to be studied, estimating the allelic frequency of each SNPs in different populations.

Epidemiologia da malária em Cabo Verde - Factores genéticos humanos e estrutura populacional do mosquito vector

A malária, doença parasitária complexa que resulta da interacção entre parasita, hospedeiros humano e vector, constitui um dos principais problemas de saúde a nível mundial. À semelhança de outras doenças parasitárias e infecciosas a malária tem um papel importante na evolução, tendo já sido demonstrado o papel da variação genética humana na resistência à infecção. Após quase meio século de controlo, a malária persiste na ilha de Santiago onde, apesar da baixa endemicidade, os indivíduos apresentam geralmente manifestações moderadas, são diagnosticadas infecções abaixo do nível detectável pela microscopia e o vector se encontra muito próximo da população supostamente susceptível, desconhecendo-se a frequência dos principais polimorfismos genéticos humanos mais relacionados com a doença e a estrutura populacional do mosquito vector. Os objectivos gerais de trabalho desta tese assentam 1) no estudo dos dois clássicos factores genéticos do hospedeiro humano relacionados com a malária, nomeadamente os afectos à anemia das células falciformes, à deficiência em G6PD e a análise dum provável envolvimento da PK e 2) na análise genética das populações do mosquito vector, tentando contribuir para a compreensão da epidemiologia da doença na Ilha, e para a escolha de medidas de controlo apropriadas. Os trabalhos incidiram na detecção do alelo responsável pela hemoglobina S, de polimorfismos no gene da G6PD e da PK em indivíduos não aparentados (Infectados e não Infectados) com análise da sua provável associação com a infecção e, ainda, na genotipagem de loci microssatélites de Anopheles arabiensis com recurso a técnicas baseadas na PCR. Relativamente à anemia falciforme, a frequência dos portadores do traço (indivíduos HbAS) e do alelo HbS foi 6% e 5%, respectivamente, e para as variantes da G6PD, 0,8% para G6PDA- e 0,0% para a G6PDMed, não tendo sido encontrado associação entre os genótipos desses dois factores e a presença de infecção. No que concerne ao gene PKLR não foi encontrada uma associação clara entre os polimorfismos analisados e o estado de infecção, mas foi detectado um acentuado desequilíbrio de linkage entre os loci, apenas nos Não Infectados, o que pode significar que essa região do gene, aparentemente conservada, tenha sido seleccionada por fornecer protecção contra a infecção e/ou doença. A diversidade genética das populações de A. arabiensis em onze loci microssatélites foi moderada com valores médio de He, variando de 0,481 a 0,522 e a Rs de 4 a 5. O valor da diferenciação genética baseado em 7 loci polimórficos foi baixo (FST=0,012; p<0,001) mas significativo, variando entre 0,001 e 0,023 entre os pares de populações. Não foram detectados os alelos de resistência associados ao gene Kdr. A baixa frequência dos alelos associados à G6PD (A- e Med) tem implicações importantes nas estratégias de controlo definidas pelo Programa Nacional de Luta contra o Paludismo (PNLP), uma vez que a primaquina pode continuar a ser administrada como complemento aos regimes terapêuticos, em caso de necessidade. A população de A. arabiensis em Santiago revelou-se relativamente homogénea e com uma estrutura reduzida o que pode, por um lado, representar uma desvantagem por permitir uma provável dispersão dos genes de resistência. Por outro lado, essa relativa homogeneidade poderá representar uma vantagem para a introdução de um programa de controlo baseado na libertação de mosquitos transgénicos.

Aplicação de técnicas de biologia molecular no estudo da diversidade genética

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para a obtenção do grau de Grau de Mestre por Licenciados Pré-Bolonha, em Biotecnologia

Estudo do ADN mitocondrial de uma população de indivíduos nativos de Angola residentes em Lisboa

Nas últimas décadas o número de imigrantes em Portugal aumentou consideravelmente. Até ao final do ano de 2013 o número de imigrantes Angolanos a residir em Portugal atingiu os 20 000 indivíduos, verificando-se uma predominância territorial na região metropolitana de Lisboa. Angola é um país situado na costa Atlântica Sul do continente Africano. A presença do povo Bantu, assim como a colonização pelo povo Português durante o século XV, são considerados como os principais modeladores do padrão genético da população deste país. A transmissão exclusiva por via materna, o levado número de cópias, a ausência de recombinação e a elevada taxa de mutação inerentes ao ADN mitocondrial, são características que o tornam útil em estudos de origem e evolução Humana, assim como em investigações forenses. O principal objetivo deste estudo foi caracterizar geneticamente a população de imigrantes Angolanos a residir em Lisboa. Para tal foi estudado um grupo de 173 indivíduos, residentes em Lisboa, com ascendência Angolana confirmada e não relacionados entre si. Sequenciou-se a região controlo do ADN mitocondrial com recurso aos primers L15997/H016 e L16555/H639. Cerca de 85% dos haplótipos identificados são únicos. A maioria dos haplogrupos determinados pertence a linhagens de ADN mitocondrial descritas como específicas da região subsariana de África, com cerca de 87% dos haplótipos pertencentes ao macrohaplogrupo L. Do estudo filogenético verificou-se que as populações geneticamente mais próximas foram a nossa população imigrante de Angola e as populações de indivíduos Angolanos a residir em Angola e de indivíduos pertencentes a diversos grupos étnico-linguísticos Bantu. Este estudo vem alertar para a grande diversidade genética que a população imigrante Angolana introduz em Lisboa nas gerações atuais e nas gerações futuras. Teremos num futuro muito próximo, indivíduos naturais e nacionais de Lisboa com haplótipos, até então, considerados como tipicamente Africanos. Os haplótipos da população Angolana imigrante a residir em Lisboa foram submetidos e aceites para inserção na base de dados EMPOP (EDNAP Forensic mtDNA Population Database) com o número de acesso EMPOP662.

Evolução da população no período 2001–2026 no Concelho de Alenquer – Um aeroporto na Ota? Impactos de desenvolvimento local

Dissertação apresentada como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Gestão de Informação

O envelhecimento da população e o seu impacto na habitação – Prospectiva até 2050

Dissertação apresentada como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Estatística e Gestão de Informação

Caracterização genética de estirpes do vírus GBV-C circulantes na região metropolitana de Lisboa

Ciências biomédicas

Análise do comportamento alimentar de uma população escolar do concelho de Sintra

Dissertação apresentada para obtenção do Grau de Mestre em Tecnologia Alimentar/Qualidade pela Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa

Efeito da exposição às temperaturas extremas na população portuguesa - um contributo da epidemiologia

Backgroud: O International Panel on Climate Change prevê que o aumento da temperatura média global, até ao ano de 2100, varie entre 1,4 e 5,8ºC desconhecendo-se a evolução da adaptação da população a esta subida da temperatura. Em Portugal morre-se mais no Inverno que no Verão. Mas existem evidências de repercussões na mortalidade atribuíveis ao calor extremo. Este estudo procura conhecer os grupos etários e/ou populacionais que parecem revelar vulnerabilidade acrescida à exposição a temperaturas extremas e identificar indicadores de saúde apropriados para revelar esses mesmos efeitos. Métodos: Foram analisados dados de internamentos hospitalar e mortalidade por doenças cardiovasculares, respiratórias, renais, efeitos directos do frio e do calor, na população com 75 e mais anos de idade, nos distritos de Beja, Bragança e Faro, nos meses de Janeiro e Junho. Para os dados de morbilidade o período de análise foi 2002 a 2005 e para os de mortalidade de 2002 a 2004. Os dados meteorológicos analisados corresponderam aos valores da temperatura máxima e percentis da temperatura máxima, nos meses de Janeiro (P10) e Junho (P90). Os excessos de internamentos hospitalares, definidos como os dias em que ocorreram internamentos acima do valor da média mais 2 desvio padrão, foram relacionados com a distribuição das temperaturas extremas (frias abaixo do P10, quentes acima do P90.Os dias com óbitos acima do valor da média foram relacionados com a distribuição das temperaturas extremas (frias abaixo do P10, quentes acima do P90). Os indicadores propostos foram baseados em Odds Ratios e intervalos de confiança que sugeriam as estimativas mais precisas. Resultados: O grupo que revelou maior vulnerabilidade às temperaturas extremas foi o grupo dos 75 e mais anos, com doenças cardiovasculares quando exposto a temperaturas extremas, nos 3 distritos observados.O nº de dias de excesso de óbitos por doenças cardiovasculares relacionados com temperaturas extremas foi o mais elevado comparado com as restantes causas de morte. O grupo etário dos 75 e mais anos com de doenças respiratórias também é vulnerável, às temperaturas extremas frias, nos 3 distritos. Verificaram-se dias de excessos de internamentos hospitalares e óbitos por esta causa de morte, relacionados com a exposição às temperaturas extremas frias. Em Junho, não se verificou excesso de mortalidade associado à exposição a temperaturas extremas por esta causa, em qualquer dos distritos analisados. Apenas se verificou a associação entre os dias de ocorrência de internamentos hospitalares por doenças renais e o calor extremo, em Bragança. Conclusões: Foram encontradas associações estatísticas significativas entre dias de excesso de ocorrência de internamentos hospitalares ou óbitos por causa e exposição a temperaturas extremas frias e quentes possibilitando a identificação de um conjunto de indicadores de saúde ambiental apropriados para monitorizar a evolução dos padrões de morbilidade, mortalidade e susceptibilidade das populações ao longo do tempo.-------------------- Backgroud: International Panel on Climate Change estimates that the rise of mean global temperature varies between 1,4 e 5,8ºC until 2100, with unknowing evolution adaptation of populations. In Portugal we die more in Winter than in Summer time. But there are several evidences of mortality attributable to extreme eat. The proposal of this study is to know the age and/or populations groups that reveal more vulnerability to exposure to extreme temperature and identifying proper health indicators to reveal those effects. Methods: Data from hospital admissions and mortality caused by cardiovascular, respiratory, renal diseases and direct effects from direct exposure to extreme cold and heat, in population with 75 and more years, in Beja, Bragança and Faro districts, during January and June, were analysed. Analysis period for morbidity data was from 2002 to 2005 and form mortality was 2002 to 2004. Meteorological data analysed were maximum temperature and percentile of maximum temperature, from January (P10) and June (P90. Relationship between excess of hospital admission, defined as the days that occurred hospital admissions above mean value more 2 standards desviation and distribution of extreme temperatures were established (cold under P10 and heat above P90. Proposal indicators were based on Odds Ratios and confidence intervals, suggesting the most precises estimatives. Results: The most vulnerable group to extreme temperature were people with 75 or more years older with cardiovascular diseases, observed in the 3 districts. Number of days caused by excess cardiovascular mortality and extreme temperature were the most number of days between the other causes. The group with 75 or more years old with respiratory diseases is vulnerable too, especially to cold extreme temperature, in all the 3 districts. There were excess of days of hospital admissions and days with deaths, for this cause relating to extreme cold temperature. In June, does not funded excess of mortality associated to extreme temperature by this cause in any district of the in observation. Just was found relationship between days of hospital admissions caused by renal diseases in Bragança in days with extreme heat. Conclusions: Were found statistically significant associations between days of excess of hospital admissions or deaths and exposure to extreme cold and heat temperatures giving the possibility of identifying a core of environmental indicators proper to monitoring patterns and trends evolutions on morbidity, mortality and susceptibly of populations for a long time.

Religiosidade e mobilidade da população portuguesa no início do século XIX: as faltas à desobriga pascal em 1801

Os dados do Censo de 1801 referentes à população que faltou à desobriga, ou seja, aqueles paroquianos que não cumpriram o preceito obrigatório da confissão por altura da Páscoa, proporcionam uma visão geral da quase totalidade do país, possibilitando o estudo das mentalidades religiosas, mas também do fenómeno migratório em Portugal, nos finais do Antigo Regime. No início do século XIX a quase totalidade da população portuguesa cumpria a sua obrigação pascal. Contudo, neste verdadeiro inquérito social que eram os róis de confessados havia uma pequena franja de homens e mulheres que, por motivos diversos, escapava à malha do enquadramento social, moral e religioso exercido pela Igreja. O Censo revela ainda a importância de uma mobilidade que levava um razoável número de pessoas a percorrer, na maioria, curtas distâncias, motivadas, em grande medida, por razões de subsistência e profissionais. Fosse para trabalhos agrícolas ou para exercer os mais diversos ofícios, passando inclusive pelas actividades comerciais, a mobilidade da população portuguesa, no início do século XIX, era um facto.