The role of ribonuclease R in bacterial adaptation to cold shock

RESUMO:Os microrganismos reagem à súbita descida de temperatura através de uma resposta adaptativa específica que assegura a sua sobrevivência em condições desfavoráveis. Esta adaptação inclui alterações na composição da membrana, na maquinaria de tradução e transcrição. A resposta ao choque térmico pelo frio induz uma repressão da transcrição. No entanto, a descida de temperatura induz a produção de um grupo de proteínas específicas que ajudam a ajustar/re-ajustar o metabolismo celular às novas condições ambientais. Em E. coli o processo de adaptação demora apenas quatro horas, no qual um grupo de proteínas específicas são induzidas. Depois desde período recomeça lentamente a produção de proteínas.A ribonuclease R, uma das proteínas induzidas durante o choque térmico pelo frio, é uma das principais ribonucleases em E. coli envolvidas na degradação do RNA. É uma exoribonuclease que degrada RNA de cadeia dupla, possui funções importantes na maturação e “turnover” do RNA, libertação de ribossomas e controlo de qualidade de proteínas e RNAs. O nível celular desta enzima aumenta até dez vezes após exposição ao frio e estabiliza em células na fase estacionária. A capacidade de degradar RNA de dupla cadeia é importante a baixas temperaturas quando as estruturas de RNA estão mais estáveis. No entanto, este mecanismo é desconhecido. Embora a resposta específica ao “cold shock” tenha sido descoberta há mais de duas décadas e o número de proteínas envolvidas sugerirem que esta adaptação é rápida e simples, continuamos longe de compreender este processo. No nosso trabalho pretendemos descobrir proteínas que interactuem com a RNase R em condições ambientais diferentes através do método “TAP-tag” e espectrometria de massa. A informação obtida pode ser utilizada para deduzir algumas das novas funções da RNase R durante a adaptação bacteriana ao frio e durante a fase estacionária. Mais importante ainda, RNase R poderá ser recrutada para um complexo de proteínas de elevado peso molecular durante o “cold-shock”.------------ABSTRACT:Microorganisms react to the rapid temperature downshift with a specific adaptative response that ensures their survival in unfavorable conditions. Adaptation includes changes in membrane composition, in translation and transcription machinery. Cold shock response leads to overall repression of translation. However, temperature downshift induces production of a set of specific proteins that help to tune cell metabolism and readjust it to the new environmental conditions. For Escherichia coli the adaptation process takes only about four hours with a relatively small set of specifically induced proteins involved. After this time, protein production resumes, although at a slower rate. One of the cold inducible proteins is RNase R, one of the main E. coli ribonucleases involved in RNA degradation. RNase R is an exoribonuclease that digest double stranded RNA, serves important functions in RNA maturation and turnover, release of stalled ribosomes by trans-translation, and RNA and protein quality control. The level of this enzyme increases about ten-fold after cold induction, and it is also stabilised in cells growing in stationary phase. The RNase R ability to digest structured RNA is important at low temperatures where RNA structures are stabilized but the exact role of this mechanism remains unclear. Although specific bacterial cold shock response was discovered over two decades ago and the number of proteins involved suggests that this adaptation is fast and simple, we are still far from understanding this process. In our work we aimed to discover the proteins interacting with RNase R in different environmental conditions using TAP tag method and mass spectrometry analysis. The information obtained can be used to deduce some of the new functions of RNase R during adaptation of bacteria to cold and in stationary growth phase. Most importantly RNase R can be recruited into a high molecular mass complex of protein in cold shock.

Parallel texts alignment

Trabalho apresentado no âmbito do Mestrado em Engenharia Informática, como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Informática

Tradução com adaptação cultural para portugês e determinação da reprodutibilidade do questionnaire on respiratory symptoms in preschool children

RESUMO: Introdução: A asma brônquica é uma entidade frequente em idade pediátrica, apresentando uma grande heterogeneidade clínica e significativa morbilidade quando não controlada. A identificação de crianças sintomáticas pode atrasar ou até mesmo diminuir a ocorrência de algumas alterações estruturais. Reconhece-se a necessidade de questionários sobre sintomas respiratórios em língua portuguesa, devidamente validados, que tenham como população-alvo os grupos etários inferiores a 3 anos. Deste modo, será possível não só um conhecimento mais rigoroso da asma e da sibilância infantil mas também a uniformização de metodologias para o desenvolvimento de estratégias a nível nacional. Objetivos: Tradução com adaptação cultural para português e determinação da reprodutibilidade do Questionnaire on respiratory symptoms in preschool children de Strippoli e colaboradores. Material e métodos: A escolha do questionário obedeceu a vários critérios, entre os quais o grupo etário, o tipo e número de perguntas. O Questionnaire on respiratory symptoms in preschool children de Strippoli e colaboradores é um questionário de autopreenchimento, dirigido a crianças entre os 12 e os 24 meses de idade e destinado a estudos epidemiológicos ao nível da comunidade. Aborda aspetos referentes a sintomas respiratórios (sibilância, tosse crónica, sintomas das vias aéreas superiores), cuidados médicos, terapêutica, características ambientais, história familiar e situação social. Procedemos à sua tradução, com especial atenção para a adaptação do ponto de vista cultural e linguístico, utilizando o método da tradução / retroversão, amplamente utilizado e descrito na literatura internacional. Seguidamente determinámos a reprodutibilidade da versão final em língua portuguesa – Questionário de sintomas respiratórios em idade pré-escolar – utilizando o teste-reteste. Para tal, incluíram-se crianças entre os 12 e os 36 meses de idade recrutadas num Centro de Saúde e em creches de Lisboa. A distribuição dos questionários decorreu em duas fases: na primeira fase foram entregues pessoalmente nos locais de recrutamento e na segunda fase foram enviados por correio para os domicílios das crianças, respeitando-se um intervalo mínimo de 2 semanas entre ambos. Resultados: Na primeira fase foram distribuídos 180 questionários, com uma taxa de reposta de 41% (n=74). Na segunda fase enviaram-se para os respetivos domicílios 70 questionários,obtendo-se uma taxa de resposta de 66% (n=46). Para a análise de reprodutibilidade foram incluídos apenas os questionários preenchidos em ambos os momentos pelo mesmo indivíduo (mãe, pai ou representante legal) (n=41). A idade média das crianças foi, na primeira fase, de 22,5 meses e, na segunda fase, de 23,7 meses, com um predomínio do sexo feminino (F:M =1:0,6). A mediana do tempo decorrido entre os dois momentos de preenchimento dos questionários foi de 26 dias. Obtivemos valores de concordância globalmente bons a muito bons, à semelhança do sucedido no trabalho original. Conclusões: Procedemos à tradução e avaliação da reprodutibilidade do Questionnaire on respiratory symptoms in preschool children. Pretende-se que venha a ser uma ferramenta útil para estudos epidemiológicos e programas de rastreio na comunidade, contribuindo deste modo para uma otimização da abordagem da asma / sibilância infantil a nível nacional. -------------ABSTRACT: Background: Asthma is a very common feature in childhood, with important clinical heterogeneity and morbidity if not properly controlled. Identifying symptomatic children may delay or even reduce several structural changes. The development of questionnaires on respiratory symptoms in Portuguese for children under 3 years old will allow not only a more accurate knowledge of infantile asthma and recurrent wheezing but also the standardization of methodologies to develop nationwide strategies. Objectives: The aim of this study was to translate and adapt to the Portuguese culture and to determine the repeatability of the Questionnaire on respiratory symptoms in preschool children by Strippoli et al. Material and methods: The choice of the questionnaire took in consideration several criteria, among which the target age, the type and the number of questions. The Questionnaire on respiratory symptoms in preschool children by Strippoli et al is a parent-completed questionnaire for assessment of respiratory symptoms in 1 to 2-year-old children, developed for cross-sectional and longitudinal studies. It contains sections on respiratory symptoms (wheezing, chronic cough and upper airways symptoms), healthcare utilization, treatment, environmental exposure, family history and social situation. For the process of translation we used the method of translation and back-translation, with particular concern to cultural and linguistic adaptation. To assess the repeatability of the final Portuguese version - Questionário de sintomas respiratórios em idade pré-escolar - we used the test–retest analyses. The questionnaires were distributed to parents of children between 12 and 36 months old attending nurseries and a Primary Care Center of Lisbon. The distribution took place in two phases: the first questionnaires were delivered in person (phase one) and an identical questionnaire was posted to the families that participated in the first phase, 2 weeks after the first one was returned (phase two). Results: The response rates were 41% (180/74) in the first phase and 66% (70/46) in the second phase. For test–retest analyses, we included the 41 children with the same respondent (mother, father or legal representative) in both occasions. The median age of the children was 22,5 months at the first phase and 23,7 months at the second phase, with a predominance of girls (F:M = 1:0,6). The median time between the fillings of both questionnaires was 26 days. Globally, agreement values were good to excellent, similarly to the original work. Conclusion: In the present study we translated the Questionnaire on respiratory symptoms in preschool children and assessed its repeatability. Overall, we expect it to be a valuable tool for epidemiological studies and community-based screening programs, thus contributing to improve the management of infantile asthma / recurrent wheezing nationwide.

Analysable software language translations

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Engenharia Informática

Tradução e validação para Portugal do Patient Activation Measure 13 : em pessoas com Diabetes Mellitus tipo 2

RESUMO - Introdução: A Diabetes Mellitus Tipo 2 (DM2) tem uma elevada prevalência em todo o mundo, com impacto significativo a nível de Saúde Pública, na vida dos doentes e nos custos que lhe são associados. O Patiente Activation Measure 13 (PAM13) é um questionário que possibilita a avaliação das crenças, conhecimentos, motivação e capacidades de uma pessoa em relação à sua saúde; pelo que a sua utilização na DM2 é pertinente. Objetivos: Traduzir o PAM 13, versão curta, para Português de Portugal; Estabelecer as propriedades psicométricas da versão Portuguesa do PAM 13 (PAM13-P); Validar a PAM 13-P num grupo de pessoas com DM2. Material e métodos: O processo de tradução e adaptação cultural do questionário foi composto pelas fases: 1-Tradução, 2-Reconciliação e síntese, 3-Back translation, 4-Rever e sintetizar a Back translation, 5-Harmonização, 6-Revisão do comité de peritos, 7-Cognitive debriefing e 8-Avaliação final. Para validar o PAM13-P realizou-se um estudo observacional transversal analítico com uma amostra de conveniência, de pessoas com DM2, seguidas na Associação Protectora dos Diabéticos de Portugal. O questionário foi de autopreenchimento e foi consultado o processo clínico para obtenção da HbA1c. O tratamento estatístico foi realizado através do SPSS 21® e Winsteps v3.8.1®. Resultados e discussão: O processo de tradução e adaptação cultural foi realizado de acordo com as guidelines. Foram realizados 3 painéis de e-Delphi, com 21 participantes de áreas distintas, tendo-se obtido bons níveis de concordância. As principais modificações realizadas ao questionário foram a simplificação da linguagem e dos itens, obtendo-se as equivalências necessárias. O PAM13-P foi aplicado a 201 pessoas, sendo que a taxa de resposta foi de 83%. Na amostra analisada 57.3% eram homens. Obtiveram-se as médias de idade 67.1 anos e de duração de diabetes 17.3 anos. A média do score do PAM foi 58.5±10.1(41.8-90.5) pontos e 49,7% da amostra estava no nível 3 de ativação. Relativamente aos itens verificou-se que os itens mais difíceis foram o 13(56.1) e o 8(55.4) e o com menor dificuldade foi 4(38.5). As categorias de resposta tiveram um bom ajuste ao Modelo de Rasch. O ajustamento dos itens foi infit entre 0.779-1.177 e outfit entre 0.794-1.315. A fiabilidade dos indivíduos variou entre 0.77(real) e 0.83(modelo) e dos itens foi de 0.97 (real e modelo). O Alfa de Cronbach foi bom (α=0.82). Estas estatísticas foram semelhantes aos da validação do PAM13. Existiu uma relação entre o score do PAM e os itens de validação em 51%. Das variáveis analisadas, existia um relação do nível de ativação com a idade e com a HbA1c. Conclusões: O PAM13-P foi traduzido e adaptado culturalmente para Português e foi validado em pessoas com DM2, sendo as propriedades psicométricas boas.

Estrutura Conceptual do Relato Financeiro : Da Definição de um Domínio à Sua Análise para uma Sociedade em Rede

Considerando a língua como um produto da sociedade, mas também como um meio fundamental para o estabelecimento de relações entre os homens, procuramos perceber o seu lugar na sociedade globalizada, com o objectivo de desenvolver uma metodologia de análise terminológica que contribua para uma maior qualidade da comunicação especializada na sociedade em rede. Este trabalho está organizado em duas partes, sendo a primeira dedicada à reflexão sobre o papel da língua na sociedade em rede, focando questões essenciais em torno da tensão existente entre o multilinguismo e a hegemonia do inglês enquanto lingua franca, sobretudo no espaço europeu. Interessa-nos, por um lado, reflectir sobre a definição de políticas linguísticas, concretamente na Europa multilingue dos 28, e, por outro, salientar o papel preponderante que a língua tem na transmissão do conhecimento. A segunda parte deste trabalho concretiza a investigação efectuada na primeira com base na análise do relato financeiro, um domínio do saber que não só é inerentemente multilingue ¾ porque a sua aplicação é transnacional ¾ mas também reflecte a tensão identificada na primeira parte, na medida em que o inglês assume, no mundo dos negócios em geral e nos mercados financeiros em particular, o papel hegemónico de lingua franca. A abordagem terminológica que defendemos é semasiológica para fins onomasiológicos, pelo que partimos da análise do texto de especialidade, organizado em corpora de especialidade. Discutimos subsequentemente os resultados da nossa análise com os especialistas que os irão validar e cuja colaboração em diversos vi momentos do processo de análise terminológica e conceptual é fundamental para garantir a qualidade dos recursos terminológicos produzidos. Nesta óptica, exploramos um corpus de textos legislativos no âmbito do Sistema de Normalização Contabilística (SNC), de modo a delinearmos uma metodologia de trabalho que, no futuro, conduzirá à construção de uma base de dados terminológica do relato financeiro. Concomitantemente, efectuamos também um estudo sobre a Estrutura Conceptual do SNC, para o qual elaboramos uma comparação ao nível da tradução especializada no relato financeiro, com base num corpus paralelo composto pela legislação contabilística internacional endossada pela União Europeia. Utilizamos o corpus paralelo constituído por textos redigidos originalmente em inglês e traduzidos para português, em articulação com o corpus de especialidade criado com a legislação relativa ao normativo contabilístico português, para testar uma metodologia de extracção de equivalentes. Defendemos, por fim, que a harmonização no relato financeiro para além de se reger por políticas contabilísticas comuns, deve ter subjacentes questões terminológicas. É necessário, portanto, harmonizar a terminologia do relato financeiro, possibilitando aos especialistas uma comunicação em português isenta da interferência do inglês herdado das normas internacionais, através dos dois processos que identificamos: a tradução e a adaptação das Normas Internacionais de Contabilidade.

The scramble for the seas : the ballad evidence of Sir Andrew Barton

The presence and importance of the sea as a factor that has helped shape the history of England since at least the Roman invasions of 55-54 BC (less successful, incidentally, than most of Caesar’s other military ventures ...) need no particular urging or demonstration. Nonetheless, a bird’s-eye view would necessarily survey the waves of invasions and settlements that, one after the other, came dashing over the centuries upon England’s shores; not to mention the requested invasion of 1688, Angles and Saxons, Scandinavians, Normans, they all crossed the whale’s path and cast anchor in England’s green and pleasant land. In the course of this retrospective voyage through the oceans of History, one would inevitably stop at the so-called ‘Discoveries’ of the 15th-16th centuries, meet their navigators, sailors and pirates extolled by Richard Hakluyt (1553?-1616), face an anonymous crowd of merchants and witness the huge expansion of trade, largely to the benefit of the ‘discovering’ countries as prescribed by the economic Gospel Adam Smith (1723-90) would later baptize as “mercantilism”.