Spatio-temporal land use/land cover changes analysis and monitoring in the Valencia Municipality, Spain

Dissertation submitted in partial fulfilment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies

Enhancing physical activity coaching through personalized motivational strategies and self-adaptive goal-setting: development of self-adaptive processes in a monitoring and coaching smartphone application

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Biomédica

A comparative study between centralization and decentralization of diagnostic reasoning in EPS

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa de Lisboa para obtenção do grau de mestre em Engenharia Electrotécnica e de Computadores

Modulation of inflammatory mediators by Opuntia ficus-indica and Prunus avium bioproducts using an in vitro cell-based model of intestinal inflammation

Dissertation to obtain a Master Degree in Biotechnology

Pandemia influenza A/H1N1 2009 em Portugal : estratégias de intervenção e saúde pública

RESUMO - Introdução: A necessidade de gestão da ameaça de uma pandemia obriga à gestão da incerteza absoluta. O desconhecimento científico quanto a uma série de factores tais como, as características dos vírus causadores de infecções, a efectividade das medidas de prevenção e de tratamento, contribuiu para a dificuldade de actuação a vários níveis. Face à evolução da situação epidemiológica mundial no campo da gripe, Portugal reviu e adaptou o seu plano de contingência para a gripe tendo sido homologado, em Janeiro de 2006, um novo plano – Plano de Contingência Nacional do Sector da Saúde para a Pandemia. Objectivos: O presente estudo apresenta como principais objectivos (1) a avaliação das estratégias de intervenção e respectiva implementação das medidas de saúde pública não farmacológicas, durante a pandemia da gripe de 2009; (2) a identificação dos pontos críticos na gestão das medidas de saúde pública não farmacológicas, para preparação e resposta a futuras pandemias da gripe e, por último, (3) a definição de um modelo de acompanhamento, de monitorização e de avaliação das medidas de saúde pública não farmacológicas, que permita identificar os pontos importantes a ter em conta na implementação de boas práticas de saúde pública, nos diferentes níveis de prestação de cuidados de saúde, tendo como limitação o estado da arte dos sistemas de informação e avaliação, nacionais e internacionais, existentes. Material e Métodos: Para a avaliação das estratégias de intervenção e respectiva implementação das medidas de saúde pública não farmacológicas bem como, para a identificação dos pontos críticos na gestão das respectivas medidas foram consideradas duas perspectivas: a avaliação dos resultados através do Relatório da Pandemia da Gripe e a avaliação dos resultados através das avaliações da OMS e da Euro OMS. É apresentado um modelo de acompanhamento, de monitorização e de avaliação das medidas de saúde pública não farmacológicas, a implementar na classe médica que esteve na “linha da frente”, durante a pandemia H1N1 2009 em Portugal, nos cuidados primários, hospitalares e intensivos. Resultados: Deverá existir uma representação dos profissionais de saúde para suporte das decisões de forma a assegurar uma representação alargada não só na preparação mas também, na implementação e na aplicação do Plano de Contingência. O processo de planemanto deverá ter acesso público com possibilidade de participação activa do cidadão na sua implementação. O Plano deve ter a capacidade para se adaptar à situação epidemiológica e, no terreno os exercícios de simulações durante o processo de planeamento são importantes. As orientações técnicas devem ser dinâmicas, práticas, específicas e úteis e, dever-se investir numa cultura de confiança (“right people communicating to right people”). As alterações ao plano devem partir da coordenação, comando e controlo que, nos vários níveis de decisão, devem definir claramente quem toma as decisões. Conclusões: As estratégias para as intervenções ao nível da saúde pública, continuam, no mundo hodierno a desempenhar um papel fundamental e crucial na contenção das pandemias. O modelo apresentado neste estudo procura uma abordagem objectiva para destacar não só, os elementos essenciais de actividades bem-sucedidas, mas também as áreas em que a experiência pandémica sugere que o futuro planeamento deve dar maior ênfase.

Geospatial assessment of pest-induced forest damage through the use of UAV-bases NIR imaging and Gi-technology

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Analysis of urban land use and land cover changes: a case of study in Bahir Dar, Ethiopia

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies

Aquaponics and its potential aquaculture wastewater treatment and human urine treatment

The main objective of this thesis is to study the developing fields of aquaponics and its potential for aquaculture wastewater treatment and human urine treatment. Aquaponics is a food production system which combines fish farming (aquaculture) with soilless crop farming (hydroponics). In this thesis the concept of aquaponics and the underlying processes are explained. Research on aquaculture wastewater and human urine wastewater is reviewed and its potential application with aquaponic systems is studied. An overview of the different types of aquaponic systems and current research on the field is also presented. A case study was conducted in a farm in Askeröd, Sweden, which involved building two aquaponic systems (System 1 and System 2) and a human urine-based aquaponic system (System 3), with different degrees of component complexity and sizes. The design, building and monitoring of System 1, System 2 and System 3 was documented and described in detail. Four day experiments were conducted which tested the evolution in concentration of Total Ammonia Nitrogen (NH4+/NH3), Nitrite (NO2-), Nitrate (NO3-), Phosphate (PO43-), and Dissolved Oxygen (O2) after an initial nutrient input. The goal was to assess the concentrations of these parameters after four days and compare them with relevant literature examples in the aquaculture industry and in source-separated urine research. Neither of the two aquaponic systems (System 1 and System 2) displayed all of the parameter concentrations in the last day of testing below reference values found in literature. The best performing of the aquaponic systems was the more complex system (System 2) combining the hydroponic Nutrient Film Technique with a Deep Water Culture component, with a Total Ammonia Nitrogen concentration of 0,20 mg/L, a Nitrite concentration of 0,05 mg/L, a Nitrate concentration of 1,00-5,00 mg/L, a Phosphate concentration of <0,02 mg/L and a Dissolved Oxygen concentration of 8,00 mg/L. The human urine-based aquaponic system (System 3) underperformed in achieving the reference concentration values in literature for most parameters. The removal percentage between the higher recorded values after the input addition and the final day of testing was calculated for two literature examples of separated urine treatment and System 3. The system had a removal percentage of 75% for Total Ammonia Nitrogen, 98% for Nitrite, 25% for Nitrate and 50% for Phosphate. These percentages still underperformed literature examples in most of the tested parameters. The results gathered allowed to conclude that while aquaculture wastewater treatment and human urine treatment is possible with aquaponics systems, overall these did not perform as well as some examples found in recirculating aquaculture systems and source-separated urine treatment literature. However, better measuring techniques, longer testing periods and more research is recommended in this field in order to draw an improved representative conclusion.

Assessment by doppler ultrasound of entheseal lesions in spondyloarthritis : a longitudial study to determine structural damage and disease activity lesions

RESUMO: Enthesitis is the hallmark of spondyloarthritis (SpA), and is observed in all subtypes. Wide information on SpA abnormalities, including synovitis, tendinitis and enthesitis, can be efficiently perceived by Doppler ultrasound. Furthermore, several studies on imaging of enthesis showed that imaging techniques are better than clinical examination to detect enthesis alterations; and vascularized enthesitis detected by Doppler ultrasound appears to be a valuable diagnostic tool to confirm SpA diagnosis. However, data published until now concerning entheseal elementary alterations that characterize SpA enthesitis (enthesis inflammatory activity) or enthesopathy (permanent structural changes) reflect rather the authors’ empiric opinion than a methodological validation process. In this sense it seems crucial to identify elementary entheseal lesions associated with activity or damage, in order to improve monitoring and treatment response in SpA patients. The development of better assessment tools is today a challenge and a need in SpA. The first study of this thesis focused on the analysis of the reliability of inter-lector and inter-ultrasonography equipment of Madrid sonography enthesitis index (MASEI). Fundamental data for the remaining unrolling project validity. In the second and third studies we concerned about two entheseal elemental lesions: erosions and bursa. In literature erosions represent a permanent structural damage, being useful for monitoring joint injury, disease activity and therapeutic response in many rheumatic diseases; and to date, this concept has been mostly applied in rheumatoid arthritis (RA). Unquestionably, erosion is a tissue-related damage and a structural change. However, the hypothesis that we decided to test was if erosions represent a permanent structural change that can only grow and worsen over time, as occurs in RA, or a transitory alteration. A longitudinal study of early SpA patients was undertaken, and the Achilles enthesis was used as a model. Our results strongly suggested that previously detected erosions could disappear during the course of the disease, being consistent with the dynamic behavior of erosion over time. Based on these striking results it seems reasonable to suggest that the new-bone formation process in SpA could be associated with the resolution of cortical entheseal erosion over time. These results could also be in agreement with the apparent failure of anti-tumor necrosis factor (TNF) therapies to control bone proliferation in SpA; and with the relation of TNF-α, Dickkopf-related protein 1 (Dkk-1) and the regulatory molecule of the Wnt signaling pathway in the bone proliferation in SpA. In the same model, we then proceeded to study the enthesis bursa. Interestingly, the Outcome Measures in Rheumatology Clinical Trials (OMERACT) enthesopathy definition does not include bursa as an elementary entheseal lesion. Nonetheless, bursa was included in 46% of the enthesis studies in a recently systematic literature review, being in agreement with the concept of “synovio-entheseal complex” that includes the link between enthesitis and osteitis in SpA. It has been clarified in recent data that there is not only a close functional integration of the enthesis with the neighboring bone, but also a connection between enthesitis and synovitis. Therefore, we tried to assess the prevalence and relevance of the bursa-synovial lesion in SpA. Our findings showed a significant increase of Achilles bursa presence and thickness in SpA patients compared to controls (healthy/mechanical controls and RA controls). These results raise awareness to the need to improve the enthesopathy ultrasonographic definition. In the final work of this thesis, we have explored new perspectives, not previously reported, about construct validity of enthesis ultrasound as a possible activity outcome in SpA. We performed a longitudinal Achilles enthesis ultrasound study in patients with early SpA. Achilles ultrasound examinations were performed at baseline, six- and twelve-month time periods and compared with clinical outcome measures collected at basal visit. Our results showed that basal erythrocyte sedimentation rate (ESR) and C-reactive protein (CRP) are higher in patients with Doppler signal in enthesis, and even that higher basal ESR, CRP and Ankylosing Spondylitis Disease Activity Score (ASDAS) predicted a higher Doppler signal (an ultrasound alteration accepted as representative of inflammation) six months later. Patients with very high disease activity assessed by ASDAS (>3.5) at baseline had significantly higher Achilles total ultrasound score verified at the same time; and ASDAS <1.3 predicted no Doppler signal at six and twelve months. This seems to represent a connection between classical biomarkers and clinical outcomes associated with SpA activity and Doppler signal, not only at the same time, but also for the following months. Remarkably, patients with inactive disease (ASDAS < 1.3) at baseline had no Doppler signal at six and twelve months. These findings reinforce the potential use of ultrasound related techniques for disease progression assessment and prognosis purposes. Intriguingly, Ankylosing Spondylitis Disease Activity Index (BASDAI) didn’t show significant differences between different cut-offs concerning ultrasound lesions or Doppler signal, while verified with ASDAS. These results seem to indicate that ASDAS reflects better than BASDAI what happens in the enthesis. The work herein discussed clearly shows the potential utility of ultrasound in enthesis assessment in SpA patients, and can be important for the development of ultrasound activity and structural damage scores for diagnosis and monitoring purposes. Therefore, local promotion of this technique constitutes a medical intervention that is worth being tested in SpA patients for diagnosis, monitoring and prognosis purposes.

A description of the Australian early psychosis intervention model and a proposal to establish a Pilot Early Intervention Program in Santa Cruz de la Sierra, Bolívia

RESUMO: Em 2011, a Associação Psiquiátrica Mundial lançou um programa de bolsas de investigação para psiquiatras em início de carreira a partir de países de renda baixa ou média-baixa, no âmbito deste programa, o autor foi selecionado para uma bolsa de pesquisa no Centre for Youth Mental Health/Orygen Youth Health Research Centre da Universidade de Melbourne. Orygen, é a principal organização de pesquisa e tradução do conhecimento do mundo com foco em problemas de saúde mental em pessoas jovens. O estágio foi baseado em Prevenção e Intervenção Precoce Psychosis Centre (EPPIC), que faz parte do Orygen. EPPIC fornece programa de tratamento abrangente e integrada, baseada na comunidade para o primeiro episódio de psicose. Esta dissertação descreve o modelo EPPIC, e seus componentes essenciais e fatores que são necessários para uma implementação de serviço direito. Além disso, uma proposta de criação de um programa-piloto de intervenção psicose precoce é discutido. Este programa inclui um programa de extensão inovadora que combina princípios comerciais sólidos, com metas sociais, a fim de combater especificamente a maior barreira para o tratamento da psicose precoce na Bolívia: o estigma da doença mental. Ao utilizar uma equipe de tratamento móvel, multidisciplinar, que enfatiza os papéis dos gerentes do caso treinados focada em fornecer indivíduo intensiva e apoio familiar no lar, este programa irá prestar cuidados culturalmente apropriados que irá alavancar contribuições de um suprimento limitado de psiquiatras e mudar longe da dependência um sistema médico fragmentado. ---------------------------- ABSTRACT: In 2011, the World Psychiatric Association launched a programme of research fellowships for early-career psychiatrists from low- or lower-middle income countries, within this programme, the author was selected to a research fellowship at the Centre for Youth Mental Health/Orygen Youth Health Research Centre at University of Melbourne. Orygen, is the world’s leading research and knowledge translation organization focusing on mental ill-health in young people. The traineeship was based on Early Psychosis Prevention and Intervention Centre (EPPIC), which is part of Orygen. EPPIC provides comprehensive, integrated, community-based treatment program for first-episode psychosis. This dissertation describes the EPPIC model, and its core components and factors which are necessary to a right service implementation. Additionally, a proposal to establish a pilot early psychosis intervention programme is discussed. This programme includes an innovative outreach programme that combines sound business principals with social goals in order to specifically target the largest barrier to early psychosis treatment in Bolivia: the stigma of mental illness. By utilizing a mobile, multidisciplinary treatment team that emphasizes the roles of trained case managers focused on providing intensive individual and family support in the home, this programme will provide culturally appropriate care that will leverage contributions from a limited supply of psychiatrists and shift dependence away from a fragmented medical system.

ReedCob – An eco-efficient building technology for monolithic walls based on earth and reeds

4th Conference COST ACTION FP1303 – Designing with Bio-based Materials – Challenges and opportiunities. INIA – CSIC, Madrid, 24-25 February 2016. Book of abstracts, T.Troya, J.Galván, D.Jones (Eds.), INIA and IETcc – CSIS, pg. 79-80 (ISBN: 978-91-88349-16-3)

A doença pulmonar obstrutiva crónica e o exercício: impacto da doença no declínio funcional e importância do treino de exercício nos benefícios para a saúde

RESUMO: A reabilitação respiratória (RR) é uma intervenção abrangente e interdisciplinar dirigida aos doentes respiratórios crónicos e inclui o treino de exercício, programas de educação e de modificação comportamental, entre outros, desenhados individualmente para melhorar o desempenho físico e psicossocial e promover a adesão a longo prazo a comportamentos promotores de saúde. A doença pulmonar obstrutiva crónica (DPOC) é uma doença comum, afetando cerca de 210 milhões de pessoas em todo o mundo, com elevada mortalidade e com custos económicos significativos decorrentes do agravamento progressivo da doença, das hospitalizações e de reinternamentos frequentes. Apesar do crescente conhecimento da DPOC e do papel da RR nos benefícios para a saúde, existem aspetos ainda não esclarecidos que têm impacto na prática clínica e de investigação e nas decisões das autoridades de saúde. A primeira parte desta tese focou a DPOC e o seu impacto negativo e incluiu: o estudo da prevalência da DPOC em Portugal; os fatores clínicos e funcionais que se associam à mortalidade em doentes com DPOC avançada; a morbilidade, impacto funcional e risco dos doentes se tornarem dependentes para as atividades diárias e a influência da inflamação sistémica. A prevalência estimada da DPOC de 14,2% indica que esta é uma doença comum em Portugal e alerta para a necessidade de uma maior sensibilização da população, dos profissionais de saúde e autoridades de saúde com vista a um diagnóstico precoce e à alocação dos recursos terapêuticos adequados. A elevada taxa de mortalidade em doentes com DPOC avançada - 36,6% em 3 anos - associou-se a insuficiência respiratória, a elevado número de exacerbações, ao cancro do pulmão e a reduzida capacidade funcional para a marcha, salientando a importância da referenciação precoce para RR, a identificação e o tratamento das comorbilidades e a prevenção das exacerbações. A aplicação de um questionário que avaliou as atividades da vida diária básicas e instrumentais, permitiu identificar um marcador clínico do risco de dependência, complementando as avaliações funcionais e associando-se a outros marcadores de mau prognóstico, como as exacerbações. Em doentes com DPOC, com FEV1 médio de 46,76% (desvio padrão: 20,90%), 67% da categoria D do GOLD, verificou-se uma associação positiva entre a expressão de genes inflamatórios avaliada pela reação em cadeia da polimerase (ARN mensageiro de IFNg, IL1b, IL6, IL8, TNFa, TGFb1, iNOS) e o índice de massa corporal em repouso, acentuando-se após o exercício. Este estudo aponta a inflamação como o potencial elo de ligação entre a obesidade e a inflamação sistémica em doentes com DPOC. A segunda parte da tese focou a RR, nomeadamente os seus efeitos em doentes das categorias GOLD A, B, C e D; o impacto das comorbilidades nos resultados da RR e os resultados de diferentes intensidades de treino aeróbio. Após o programa de RR, verificaram-se melhorias significativas na capacidade de exercício funcional e de endurance e no estado geral de saúde dos doentes de todas as categorias GOLD. Esta classificação não distingue os doentes que melhor poderão beneficiar desta intervenção, indicando que devem ser referenciados para RR, os doentes sintomáticos ou com repercussão na qualidade de vida, independentemente da categoria da DPOC a que pertençam. A prevalência das comorbilidades no grupo de doentes com DPOC que é referenciado para RR, é elevada, sendo as mais frequentes, as cardiovasculares, as respiratórias e as psicológicas. Apesar de poderem diminuir o impacto da RR, os resultados desta foram semelhantes independentemente do número de comorbilidades. A identificação e o tratamento sistemáticos das comorbilidades conferem maior segurança clínica a esta intervenção terapêutica a qual, por apresentar bons resultados, não deve limitar a referenciação dos doentes. Com o programa de RR, verificou-se melhoria significativa em todos os resultados centrados no doente para ambas as intensidades de treino aeróbio, a 60% e a 80% da potência aeróbica máxima (Wmax), com melhoria do estado geral de saúde, nos sintomas e na capacidade para o exercício, o que questiona a indicação sistemática de elevadas intensidades de treino em doentes com DPOC para a obtenção de benefícios a curto prazo. Na terceira e última parte da tese foi estudado o papel da atividade física na DPOC, focando os fatores que influenciam a atividade física diária; a evolução da capacidade funcional e o estado de saúde 2 anos após um programa de RR e o papel da telemonitorização na quantificação e monitorização da atividade física. Confirmámos que os doentes com DPOC são marcadamente sedentários e os fatores que se associaram ao sedentarismo nestes doentes foram a dispneia e a distância percorrida na prova de marcha de seis minutos. Este estudo sublinha a importância do controlo sintomático, nomeadamente da dispneia, bem como, mais uma vez, o potencial papel da reabilitação respiratória no aumento da capacidade funcional para o exercício e na aquisição de hábitos de vida fisicamente ativa. Verificámos que, apesar de os doentes com DPOC apresentarem benefícios clinicamente significativos na capacidade funcional para o exercício e no estado geral de saúde com o programa de RR, apenas os que se mantêm ativos, podem, no final dos dois anos de seguimento, manter os efeitos benéficos desse programa. O sistema de telemonitorização que combina a oximetria e a quantificação da atividade física provou ser clinicamente útil na avaliação da necessidade de oxigenoterapia de longa duração (OLD) e na aferição do débito de oxigénio em repouso, no esforço e no sono, podendo contribuir para uma melhor adequação da prescrição da OLD. A monitorização dos níveis de atividade física regular é um importante instrumento de avaliação dos programas de RR e o seu uso potencial na telereabilitação permitirá prolongar a eficácia dos programas e reduzir os custos associados aos cuidados de saúde.---------------------------------------------------------------------------------------------------ABSTRACT: Pulmonary rehabilitation (PR) is a comprehensive interdisciplinary intervention that includes, but is not limited to, exercise training, education, and behavior change, individually designed to improve physical and psychological conditions of people with chronic respiratory disease and to promote long-term adherence to health-enhancing behaviors. Chronic obstructive pulmonary disease (COPD) is a common disease, affecting about 210 million people worldwide, with high mortality and significant health-related costs due to disease progression, hospitalizations and frequent hospital readmissions. Although the increasing knowledge about COPD and benefitial outcomes of PR, some aspects with impact in clinical practice, research and health authorities’ decisions, remain to be clarified. The first part of this thesis focused on COPD and its negative impact, including the study of COPD prevalence in Portugal; clinical and functional factors associated with mortality in advanced COPD patients; morbidity, functional impact and risk of others’ dependance to perform activities of daily living; and the role of systemic inflammation. The evidence of 14.2% estimated COPD prevalence as a common disease in Portugal raises the need of an increasing awareness of population, health care professionals and health authorities towards an earlier diagnosis and apropriate treatment resources allocation. High mortality in patients with advanced COPD – 36.6% in 3 years - was associated with respiratory failure, high frequency of exacerbations, lung cancer and a low functional capacity in walking. This highlightens the importance of an earlier referral to PR, comorbidity identification and treatment, and prevention of exacerbations. A questionnaire evaluated basic and instrumental activities of daily living, and identified a clinical marker of the risk of becoming dependent. This clinical marker complemented other functional evaluations and was associated with prognosis markers such as the number of exacerbations. In COPD patients with a mean FEV1 46.76% (SD 20.90%), 67% belonging to GOLD grade D, we found a positive association between inflammatory gene expression evaluated by polymerase chain reaction (IFNg, IL1b, IL6, IL8, TNFa, TGFb1, iNOS RNA messenger) and body mass index at rest, and a further increase with exercise. This study evidenced obesity as one potential link between COPD and systemic inflammation. The second part of this thesis focused PR, namely its outcomes in patients of GOLD categories A, B, C and D; comorbidities impact in PR outcomes, and the impact of different exercise training intensities in patient related outcomes. xviii With PR intervention, we found significant improvement in functional exercise capacity, endurance exercise capacity and health status in patients of all GOLD categories. This classification did not differentiate which patients would benefit more from PR, hence all symptomatic patients with a negative impact in health status should be referred to PR, regardless of the GOLD category they belong to. There is a high prevalence of comorbidities in COPD patients referred to PR, being cardiovascular, respiratory and psychological, the most prevalent. Although some comorbidities might reduce PR impact, the results were similar regardless of the number of comorbidities. Systematic comorbidities identification and treatment provides safety to PR intervention, and its good results should not preclude patients referral. With PR intervention we found a significant improvement in all patient reported outcomes for exercise training intensities at 60% and 80% maximum work rate (Wmax), namely in health status, symptoms and exercise capacity. These findings challenge the current systematic indication of high exercise training intensities to achieve PR short-term benefits. In the third and last part of the thesis, the role of physical activity in COPD was studied, focusing factors that may influence daily physical activity; the evolution of functional capacity and health status two years after a PR program, and the role of a telemonitoring system in physical activity quantification and monitoring. We confirmed that COPD patients are markedly inactive and factors associated with a sedentary lifestyle are dyspnea and 6 minute walking distance. This study emphasized the importance of symptom control, namely of dyspnea, as well as, once again, the potential role of PR in functional exercise improvement and in integrating physically active habits in daily life. We verified that, although COPD patients improve functional exercise capacity and health status after a PR program, only those who kept physical activity habits were able to maintain those effects after 2 years of follow-up. A telemonitoring system that combines oximetry and physical activity quantification proved to be clinically useful in the evaluation of long-term oxygen therapy (LTOT) indication, as well as in the titration of oxygen levels at rest, exertion, and sleeping, which might contribute to a more adequate LTOT prescription. Monitoring of daily physical activity levels is an important PR evaluation instrument and its potential use in telerehabilitation might allow lengthening programs efficacy, while reducing health-care costs.