Magnetic nanoparticles for biocatalysis and bioseparation

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Biotecnologia

The role of ribonuclease R in bacterial adaptation to cold shock

RESUMO:Os microrganismos reagem à súbita descida de temperatura através de uma resposta adaptativa específica que assegura a sua sobrevivência em condições desfavoráveis. Esta adaptação inclui alterações na composição da membrana, na maquinaria de tradução e transcrição. A resposta ao choque térmico pelo frio induz uma repressão da transcrição. No entanto, a descida de temperatura induz a produção de um grupo de proteínas específicas que ajudam a ajustar/re-ajustar o metabolismo celular às novas condições ambientais. Em E. coli o processo de adaptação demora apenas quatro horas, no qual um grupo de proteínas específicas são induzidas. Depois desde período recomeça lentamente a produção de proteínas.A ribonuclease R, uma das proteínas induzidas durante o choque térmico pelo frio, é uma das principais ribonucleases em E. coli envolvidas na degradação do RNA. É uma exoribonuclease que degrada RNA de cadeia dupla, possui funções importantes na maturação e “turnover” do RNA, libertação de ribossomas e controlo de qualidade de proteínas e RNAs. O nível celular desta enzima aumenta até dez vezes após exposição ao frio e estabiliza em células na fase estacionária. A capacidade de degradar RNA de dupla cadeia é importante a baixas temperaturas quando as estruturas de RNA estão mais estáveis. No entanto, este mecanismo é desconhecido. Embora a resposta específica ao “cold shock” tenha sido descoberta há mais de duas décadas e o número de proteínas envolvidas sugerirem que esta adaptação é rápida e simples, continuamos longe de compreender este processo. No nosso trabalho pretendemos descobrir proteínas que interactuem com a RNase R em condições ambientais diferentes através do método “TAP-tag” e espectrometria de massa. A informação obtida pode ser utilizada para deduzir algumas das novas funções da RNase R durante a adaptação bacteriana ao frio e durante a fase estacionária. Mais importante ainda, RNase R poderá ser recrutada para um complexo de proteínas de elevado peso molecular durante o “cold-shock”.------------ABSTRACT:Microorganisms react to the rapid temperature downshift with a specific adaptative response that ensures their survival in unfavorable conditions. Adaptation includes changes in membrane composition, in translation and transcription machinery. Cold shock response leads to overall repression of translation. However, temperature downshift induces production of a set of specific proteins that help to tune cell metabolism and readjust it to the new environmental conditions. For Escherichia coli the adaptation process takes only about four hours with a relatively small set of specifically induced proteins involved. After this time, protein production resumes, although at a slower rate. One of the cold inducible proteins is RNase R, one of the main E. coli ribonucleases involved in RNA degradation. RNase R is an exoribonuclease that digest double stranded RNA, serves important functions in RNA maturation and turnover, release of stalled ribosomes by trans-translation, and RNA and protein quality control. The level of this enzyme increases about ten-fold after cold induction, and it is also stabilised in cells growing in stationary phase. The RNase R ability to digest structured RNA is important at low temperatures where RNA structures are stabilized but the exact role of this mechanism remains unclear. Although specific bacterial cold shock response was discovered over two decades ago and the number of proteins involved suggests that this adaptation is fast and simple, we are still far from understanding this process. In our work we aimed to discover the proteins interacting with RNase R in different environmental conditions using TAP tag method and mass spectrometry analysis. The information obtained can be used to deduce some of the new functions of RNase R during adaptation of bacteria to cold and in stationary growth phase. Most importantly RNase R can be recruited into a high molecular mass complex of protein in cold shock.

Planning, operations and data handling of planetary science missions

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Física

DU GRAIN À LA MUSIQUE : MANIPULATIONS EN TEMPS RÉEL

Dans cet article, nous présenterons une étude comparative de quelques techniques de manipulation du signal comme la Transformée de Fourier à Court Terme, la Synthèse Granulaire Asynchrone et PSOLA, notamment dans le cadre de leur utilisation en temps réel. Nous présenterons succinctement le fonctionnement de ces trois méthodes dans l’environnement Max / MSP avec l’utilisation de la librairie GABOR. La manipulation des paramètres propres à chaque méthode a des conséquences sur les variables musicales, et l’utilisation de ces méthodes implique des corrélations entre les paramètres techniques du traitement du signal et des attributs musicaux spécifiques. Ainsi, nous essayerons d’explorer les espaces des paramètres et de la perception musicales entre le temps, la période et le spectre (les rythmes, les fréquences et les timbres) en comparant les différentes méthodes en vue de leur croisement dans un système de traitement commun.

La notion d’Espace dans la création musicale : idées, concepts et attributions Une réflexion à propos d’espaces intentionnellement perçus ou composés de l’entité sonore

Notre étude présente une réflexion à propos de espaces musicaux composables. Cette réflexion inclue l’usage intentionnel des qualités sonores perçues dans la construction de sons et donc dans la composition musicale. Nos recherches se trouvent à l’intersection entre le son, comme phénomène physique qui se propage dans un espace, les sensations spatiales qui peuvent être engendrées par la perception auditive de ses certaines caractéristiques, et la pratique de la composition musicale d’espaces de sons dans les œuvres. Nous développons l’idée d’une entité sonore composable dès sa microstructure. Nous la concevons par analogie avec les objets du monde visible et palpable. Nous utilisons les idées de volume, forme et matière ainsi que celles de position et de mouvement des objets matériels, comme métaphore pour concevoir des entités sonores complexes et des espaces musicaux composés dans lesquels elles seront intégrées. Cette entité sonore constituée d’un ensemble d’éléments disparates, permet le développement de réseaux opératoires manipulables dans, la pratique, par les compositeurs.

Quelques réflexions sur les rapports entre l’électroacoustique et la musique instrumentale de Xenakis : le cas de la Légende d’Eer et Jonchaies

Dans cet article, nous mettrons en évidence le rapport étroit tissé par Xenakis entre les œuvres La légende d’Eer et Jonchaies notamment au niveau de la structure formelle et des sonorités. // In this paper, we will show some evident examples about the close rapports between La légende d’Eer and Jonchaies by Xenakis, especially in terms of formal structure and sonorities.

Equipamentos colectivos e (re)estruturação do espaço urbano: aplicação a três bairros de Lisboa

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Gestão do Território, Área de Especialização em Planeamento e Ordenamento do Território

Computer-supported cooperative work:alguns temas de investigação

Os primeiros trabalhos sobre Computer-Supported Cooperative Work surgiram na segunda metade da década de 80, estabelecendo-se um campo de investigação interdisciplinar com enfoque no papel do computador e das tecnologias da comunicação no apoio do trabalho em grupo (Ishii et al., 1994). Ao abordar esta área de investigação torna-se claro que é necessário ter em conta a diversidade dos grupos e das tarefas que estes devem de utilizar, entre outros factores importantes. As implicações desta diversidade são discutidas ao nível concepção de interfaces de groupware, em que um maior envolvimento dos utilizadores nas fases iniciais parece ser necessário, e ao nível dos Sistemas de Apoio à Decisão em Grupo.

Building anonymised database samples

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

Modelling and optimization of the ion exchange membrane bioreactor for removal of anionic pollutants from drinking water streams

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Engenharia Química, especialidade de Engenharia Bioquímica

Novel approaches for culturing hepatocytes for drug testing applications

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Biochemisry, Biotechnology

Sustainability of systems interoperability in dynamic business networks

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Engenharia Electrotécnica e de Computadores

Re-inventar um bairro: análise de uma reforma sócio-urbanística no bairro da Mouraria

Dissertação de mestrado em Antropologia Aplicada

A regeneração do centro histórico de Oeiras: um esboço para a (re)afirmação da vila

Trabalho de Projecto apresentado para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Metropolização, Planeamento Estratégico e Sustentabilidade