Conservation GIS: Ontology and spatial reasoning for commonsense knowledge.

Dissertation submitted in partial fulfilment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Linking the embryonic clock with temporal collinearity of Hox gene activation

Dissertação apresentada para a obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Combining open and closed world reasoning for the semantic web

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Informática

Novos circuitos regulatórios de controlo espacio-temporal do desenvolvimento em bacillus subtilis

RESUMO: A esporulação em Bacillus subtilis é controlada por uma cascata de factores sigma da polimerase do RNA. F e E controlam os estágios precoces do desenvolvimento no pré-esporo e na célula mãe, respectivamente. Numa fase intermédia da diferenciação, quando a célula mãe acaba por envolver o pré-esporo, F é substituído por G e E é substituído por K. Vários mecanismos asseguram que a actividade dos diferentes factores sigma seja confinada a uma janela temporal precisa na célula adequada. Neste estudo, investigámos a função de um factor anti-G, designado por CsfB. Mostramos que para além da sua função de inibição da actividade do factor G em células pré-divisionais, CsfB é também necessário na célula mãe num estágio tardio do desenvolvimento. Mostramos que a expressão de csfB é activada na célula mãe a partir de um promotor dependente de K. Contudo, demonstramos que CsfB interage directamente com E e não com K, e que CsfB é suficiente para inibir a actividade transcricional dependente de E em células vegetativas de B. subtilis. Propomos que CsfB contribui para reduzir o período dependente de E, na linha de expressão genética da célula mãe, desse modo reduzindo a sobreposição entre os regulões E e K e aumentado a fidelidade do processo de desenvolvimento. Uma segunda proteína, YabK, partilha semelhança estrutural com CsfB. YabK é produzida no pré-esporo sob o comando de F, e é necessária para a esporulação. YabK contribui para a transição F/G no programa genético do pré-esporo, porque uma mutação que torna F sensível a CsfB ultrapassa parcialmente a função de YabK na esporulação. No entanto, YabK e CsfB funcionam por mecanismos diferentes, uma vez que YabK não liga directamente a F.---------ABSTRACT: Gene expression during spore development in Bacillus subtilis is governed by a cascade of RNA polymerase sigma factors. F and E control the early stages of development in the forespore and in the mother cell, respectively. At an intermediate stage in the differentiation process, when the larger mother cell finishes engulfment of the smaller forespore, F is replaced by G and E is replaced by K. Several mechanisms ensure the proper timing of activation of the cell type-specific sigma factors. Here, we have investigated the funtion of an anti-sigma G factor, called CsfB. We show here that in addition to its role in inhibiting G in pre-divisional cells, CsfB is also required in the mother cell at a late stage in development. We show that the expression of csfB is activated in the mother cell from a K-specific promoter. However, we demonstrate that CsfB binds directly to E but not to K in a yeast two-hybrid assay, and that CsfB is sufficient to inhibit E-dependent transcriptional activity in vegetative cells of B. subtilis. We posit that CsfB contributes to shutting off the early, E-controlled period in the mother cell line of gene expression, thus reducing the overlap between deployment of the E and K regulons and increasing the fidelity of the developmental process. A second protein, YabK, shares structural similarity with CsfB. YabK is produced in the forespore under F control, and is required for efficient sporulation. YabK contributes to the transition from the F- to the G-dependent period of gene expression, because a mutation that renders F sensitive to CsfB partially bypasses the need for YabK. Yet, YabK and CsfB must function in the control of sigma factor activity by different mechanisms because YabK does not bind directly to F.

A qualitive reasoning approach for improving query results for sketch based queries by topological analysis of spatial aggregation

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Spatial analysis of suicide attack incidences in Kabul City

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Spatial and temporal analysis of recent drought using vegetation temperature condition index: case of Somali regional state of Ethiopia

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Spatial-temporal analyses of climate elements, vegetation characteristics and sea surface temperature anomaly. A Case study in Gojam, Ethiopia

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Probabilistic constraint reasoning

Dissertação apresentada para obtenção do Grau de Doutor em Engenharia Informática, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Extracting temporal and spatial distributions information about marine mucilage phenomenon based on Modis satellite images; a case study of the Tyrrhenian and the Adriatic Sea, 2010-2012

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Evolução temporal dos factores de risco cardiovascular na população portuguesa continental

As DCV são a principal causa de mortalidade e morbilidade a nível nacional e uma prioridade dos programas de saúde pública. O objectivo desta dissertação consistiu na análise da evolução da tendência de exposição aos factores de risco cardiovascular (obesidade, tabagismo, sedentarismo, diabetes e hipertensão arterial) na população portuguesa continental, com base nos Inquéritos Nacionais de Saúde. Foi realizado um estudo descritivo de natureza observacional e transversal, com uma abordagem quantitativa dos dados dos Inquéritos Nacionais de Saúde de 1987, 1995/96, 1998/99 e 2005/06. Neste estudo, é apenas considerada a população portuguesa continental, caracterizada quanto à prevalência dos factores de risco cardiovascular e desagregada por variáveis sociodemográficas, como a idade, sexo e nível de ensino. Recorreu-se à regressão logística multivariada para estimar a possibilidade de autoreportar hipertensão arterial, nos diferentes Inquéritos Nacionais de Saúde. Os resultados revelaram uma tendência global crescente da obesidade, diabetes e hipertensão arterial. Por outro lado, uma estabilização aparente do tabagismo e aumento da actividade física. Também se verificou que indivíduos com idades mais avançadas, do sexo feminino, de nível de ensino baixo, obesos e diabéticos, evidenciaram maior possibilidade de serem hipertensos, ajustando cada uma das variáveis a todas as outras do modelo. Contudo foram encontradas desigualdades de género, sendo que a mulher representa uma tendência crescente para maior prevalência dos factores de risco cardiovascular. O nível de ensino baixo também parece ser preponderante na prevalência dos factores de risco cardiovasculares, porém tem vindo a verificar-se um aumento de proporções nos níveis de ensino médio alto e alto. Considera-se que este estudo fornece informação útil para aumentar a efectividade de possíveis programas de prevenção e controlo dos factores de risco cardiovasculares. Torna-se importante, a adoptação de estratégias globais que permitam assegurar a equidade no acesso aos cuidados de saúde, de forma a tornar a população mais informada e consciente dos comportamentos e estilos de vida adoptados, que no futuro podem reflectir-se na vida adulta através da doença cardiovascular.

Técnicas de interacção e visualização para informação temporal em dispositivos móveis

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

Using GIS to map the spatial and temporal occurrence of cholera epidemic in Camaroon

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies

Avaliação do potencial da produção de energia elétrica através de resíduos urbanos em Portugal Continental. Horizonte Temporal 2014-2020

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia do Ambiente, Perfil de Gestão de Sistemas Ambientais

Constraint reasoning with local search for continuous optimization

Optimization is a very important field for getting the best possible value for the optimization function. Continuous optimization is optimization over real intervals. There are many global and local search techniques. Global search techniques try to get the global optima of the optimization problem. However, local search techniques are used more since they try to find a local minimal solution within an area of the search space. In Continuous Constraint Satisfaction Problems (CCSP)s, constraints are viewed as relations between variables, and the computations are supported by interval analysis. The continuous constraint programming framework provides branch-and-prune algorithms for covering sets of solutions for the constraints with sets of interval boxes which are the Cartesian product of intervals. These algorithms begin with an initial crude cover of the feasible space (the Cartesian product of the initial variable domains) which is recursively refined by interleaving pruning and branching steps until a stopping criterion is satisfied. In this work, we try to find a convenient way to use the advantages in CCSP branchand- prune with local search of global optimization applied locally over each pruned branch of the CCSP. We apply local search techniques of continuous optimization over the pruned boxes outputted by the CCSP techniques. We mainly use steepest descent technique with different characteristics such as penalty calculation and step length. We implement two main different local search algorithms. We use “Procure”, which is a constraint reasoning and global optimization framework, to implement our techniques, then we produce and introduce our results over a set of benchmarks.