Caracterização de sistemas hidrotermais de baixa entalpia na Ribeira Grande, Ilha de S. Miguel, Açores

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Geológica - Georrecursos

The role of complex chromosome translocations in leukemia

Resumo A tumorigénese é um processo de transformação celular que se desenrola tipicamente em várias etapas. Os diferentes níveis de evolução tumoral resultam da acumulação sucessiva de mutações genéticas numa célula normal que lhe conferem uma vantagem selectiva no respectivo meio tecidular. As mutações podem manifestar-se sob a forma de alterações nucleotídicas pontuais ao nível da sequência de DNA, levando a uma desregulação da função proteíca ou à formação de proteínas não-funcionais, ou através de alterações cromossómicas numéricas ou estruturais. Na leucemia, por exemplo, os genes híbridos que resultam de translocações cromossómicas desempenham um importante papel no processo tumorigénico. Estes genes são transcritos sob a forma de um RNA mensageiro de fusão, o qual é traduzido numa proteína híbrida com função oncogénica. Frequentemente, os subtipos de doença leucémica estão associados com translocações cromossómicas que envolvem 2 pontos de quebra recorrentes e específicos. É disto exemplo a leucemia mielóide crónica, em que uma translocação recíproca entre os cromossomas 9 e 22 conduz à formação de um gene de fusão BCR-ABL1. Em diferentes subtipos de doença, existe também uma pequena proporção de casos que apresenta translocações cromossómicas complexas, que envolvem um ou mais pontos de quebra adicionais em outras localizações genómicas além das que estão implicadas na formação dos genes de fusão. Por vezes, os pontos de quebra estão também associados a delecções extensas de material genético que se pensa terem uma função importante na tumorigénese. No entanto, o papel destas regiões genómicas no desenvolvimento tumoral não tem sido um motivo recorrente de estudo. Neste contexto, o objectivo desta dissertação foi o de determinar o potencial papel tumorigénico de alterações génicas adicionais ocorridas nos pontos de quebra de translocações cromossómicas complexas. Para a prossecução do objectivo proposto, foram estudados 5 rearranjos cromossómicos distintos associados com diferentes tipos de doença hematológica maligna, nomeadamente a leucemia linfoblástica aguda de células B (2 casos), leucemia mielóide aguda, neoplasma mieloproliferativo e síndrome mielodisplásico/neoplasma ieloproliferativo, não classificável. O mapeamento dos pontos de quebra foi efectuado utilizando a hibridação fluorescente in situ e diferentes metodologias de biologia molecular, tendo como base a informação inicial da análise citogenética. Em casos seleccionados, o papel dos novos genes candidatos foi avaliado in vitro utilizando modelos de linhas celulares, nomeadamente no que respeita às funções de controlo da proliferação celular e de regulação transcricional. De entre os 5 casos estudados, quatro deles evidenciaram translocações complexas envolvendo 3 cromossomas, nomeadamente t(12;21;5)(p13;q22;q13), t(12;6;15)(p13;p24~25;q22), t(9;11;19)(p22;q23;p13) e t(X;20;16)(p11;q13;q23). No caso remanescente, foi observada uma translocação dicêntrica dic(9;12)(p11;p11) acompanhada de delecções extensas em ambos os pontos de quebra. Nos casos com t(12;21;5) e t(9;11;19) as translocações estavam associadas com a presença de genes de fusão recorrentes, nomeadamente TV6(12p13)-RUNX1(21q22) e TLL(11q23)-MLLT3(9p22), indicando que se tratavam de rearranjos complexos das translocações t(12;21) e t(9;11) associadas com a leucemia linfoblástica aguda de células B e a leucemia mielóide aguda, respectivamente. O papel dos pontos de quebra adicionais foi estudado em detalhe no caso com t(9;11;19). Através da metodologia de long distance inverse-polymerase chain reaction, foram identificados os pontos de quebra na sequência de DNA dos 3 cromossomas envolvidos na translocação. Além dos pontos de quebra nos genes MLL e MLLT3, foi observado que o local de quebra no cromossoma 19 interrompeu a sequência de um novo gene, designado CCDC94,conduzindo à sua haplo-insuficiência nas células com t(9;11;19). Através de ensaios de reverse transcription-polymerase chain reaction verificámos que o gene CCDC94 é expresso ubiquitariamente em tecidos humanos normais. A análise informática da sequência prevista da proteína CCDC94 indicou uma elevada identidade de aminoácidos com a proteína cwf16, envolvida na regulação do ciclo celular da levedura Schizosaccharomyces pombe. Através da clonagem do DNA complementar de CCDC94 em vectores de expressão, e após a transfecção destes em culturas de linhas celulares in vitro, observámos que este gene codifica uma proteína de localização exclusivamente nuclear. A expressão ectópica da proteína CCDC94 diminuiu a progressão do ciclo celular e a proliferação das células em cultura. Inversamente, a supressão do transcrito do gene CCDC94 através de interferência de RNA conduziu a um aumento significativo da proliferação celular, confirmando que CCDC94 regula negativamente a proliferação e a progressão do ciclo celular. Estes resultados mostram que os pontos de quebra adicionais, presentes em translocações cromossómicas complexas em leucemia, podem resultar na haplo-insuficiência de genes controladores dos mecanismos proliferativos, cooperando desta forma com a acção das proteínas de fusão para proporcionar ao clone leucémico uma proliferação celular descontrolada. Nos restantes 3 casos estudados não foram identificados genes de fusão. Ao invés, todos aqueles apresentaram delecções de extensão variável associadas com os pontos de quebra cromossómicos. No caso com t(12;6;15), identificámos uma delecção de 1.2 megabases de DNA na banda 12p13 que resultou na eliminação de 9 genes incluindo ETV6 e CDKN1B. O gene ETV6 codifica um factor de transcrição que é essencial para a formação das diferentes linhagens hematopoiéticas na medula óssea, enquanto CDKN1B é traduzido numa proteína responsável por bloquear a entrada das células na fase G1 do ciclo celular e,consequentemente, por travar a proliferação celular. Neste contexto, os resultados obtidos indicam que a perda simultânea de ETV6 e de CDKN1B, através de uma translocação cromossómica complexa, constituiu uma acção cooperativa na leucemogénese. A mesma noção pode aplicar-se ao caso com dic(9;12), no qual pelo menos 2 genes que codificam para factores de transcrição importantes na linhagem hematopoiética, PAX5 no cromossoma 9 e ETV6 no cromossoma 12, estavam deleccionados como resultado do rearranjo cromossómico. Dado que o factor de transcrição PAX5 regula negativamente a expressão do gene FLT3, que desempenha uma função pró-proliferativa, é expectável que a haplo-insuficiência de PAX5 no caso com dic(9;12) terá tido como consequência uma elevação dos níveis de expressão de FLT3, contribuindo deste modo para uma proliferação celular aumentada. A t(X;20;16) foi identificada num doente com trombocitémia essencial (TE), uma doença que está intimamente relacionada com alterações de vias intracelulares reguladas por citocinas. Neste caso, através da utilização de um array genómico, identificámos a presença de pequenas delecções associadas com os pontos de quebra nos cromossomas 16 e 20. No cromossoma 16 apenas um gene, MAF, estava deleccionado, enquanto no cromossoma 20 a delecção tinha abrangido 3 genes. Dos genes deleccionados, dois deles, NFATC2 (20q13) e MAF (16q23), codificam proteínas que operam como reguladores transcricionais de citocinas hematopoiéticas. Dado que NFATC2 se localiza numa região que constitui um alvo frequente de delecções em neoplasmas ieloproliferativos, incluindo a trombocitémia essencial,efectuámos um estudo detalhado do papel deste gene na proliferação megacariocítica e na regulação da expressão de uma citocina hematopoiética (GM-CSF), implicada na maturação das diferentes linhagens mielóides. Utilizando um modelo de linha celular de trombocitémia essencial, verificámos que a supressão do transcrito do gene NFATC2 in vitro, por interferência de RNA, estava associada com um aumento da proliferação celular. Em concordância, o bloqueio da activação da proteína NFATC2 através de um inibidor específico da sua interacção com a calcineurina, conduziu a um aumento da proliferação celular in vitro. Utilizando a PCR quantitativa em tempo real, detectou-se um aumento da produção do RNA de GM-CSF em ambos os ensaios celulares, indicando que o factor de transcrição NFATC2 pode regular negativamente a expressão de GM-CSF em células de trombocitémia essencial. No geral, estes resultados mostram que a redução dos níveis fisiológicos do transcrito NFATC2, ou a redução da respectiva actividade proteica, estão relacionados com a proliferação de megacariocitos através do aumento da produção de GM-CSF. De acordo com estes resultados, verificámos que as células dos doentes com TE apresentam níveis mais baixos do transcrito NFATC2 do que a população normal. Dado que o factor de transcrição MAF desempenha igualmente um papel como regular transcricional de citocinas, é plausível que a haplo-insuficiência dos genes NFATC2 e MAF, resultante do rearranjo cromossómico complexo t(X;20;16), teve um efeito cooperativo importante na patogénese da trombocitémia essencial através da alteração do padrão normal de expressão das citocinas hematopoiéticas. Em síntese, efectuámos nesta dissertação um estudo citogenético de 4 translocações cromossómicas complexas incluindo t(12;21;5), t(12;6;15), t(9;11;19) e t(X;20;16), e de uma translocação dicêntrica dic(9;12), associadas com diferentes neoplasmas hematológicos. Em casos seleccionados efectuámos também um estudo molecular detalhado das regiões dos pontos de quebra. Esta análise permitiu-nos identificar 2 genes, CCDC94 no cromossoma 19 e NFATC2 no cromossoma 20, cuja haplo-insuficiência pode promover o aumento da proliferação celular das células leucémicas. A partir destes estudos podem ser retiradas 2 noções principais: (i) Os pontos de quebra adicionais, que ocorrem em translocações complexas associadas com a formação de genes de fusão, podem ter como consequência a desregulação de genes controladores da proliferação celular (e.g., CCDC94); (ii) As translocações complexas caracterizadas pela ausência de genes de fusão recorrentes poderão estar preferencialmente associadas com a presença de delecções, envolvendo um ou mais genes, nos pontos de quebra; nestas situações, serão necessários pelo menos 2 genes com funções celulares semelhantes (e.g., NFATC2 e MAF) ou complementares (e.g., ETV6 e CDKN1B) para, quando deleccionados, promoverem de forma cooperativa a leucemogénese. Nestes termos, o modelo de alterações genéticas sequenciais que caracteriza o desenvolvimento do cancro pode ser substituído por um modelo em que vários genes-alvo são simultaneamente desregulados pela formação de uma translocação cromossómica complexa, evitando deste modo a necessidade de ocorrência de alterações genéticas subsequentes.----------------------ABSTRACT: Tumourigenesis is a multistep process which results from the accumulation of successive genetic mutations in a normal cell. In leukemia for instance, recurrent translocations play a part in this process by generating fusion genes which lead to the production of hybrid proteins with an oncogenic role. However, a minor subset of chromosomal translocations referred to as complex or variant involves extra breakpoints at variable genome locations in addition to those implicated in the formation of fusion genes. We aimed to describe in this work the role, if any, of genes located at extra breakpoint locations or which are affected by breakpoint-adjacent deletions through the study of 5 leukemia patients.Two of the patients presented with TV6(12p13)-RUNX1(21q22) and MLL(11q23)- MLLT3(9p22) fusion genes as a result of a t(12;21;5) and a t(9;11;19), respectively. Detailed molecular characterization of the extra breakpoint at chromosome 19 in the latter case revealed that a novel ubiquitously expressed gene, CCDC94, with a potential role in cell cycle regulation, was disrupted by the breakpoint. We demonstrated using in vitro cellular assays that this gene codifies for a nuclear protein which negatively regulates cell cycle progression. These data shows that extra breakpoint locations of complex translocations may result in haplo-insufficiency of critical proliferation genes, thereby cooperating with the generation of hybrid proteins to provide unrestrained cell proliferation. In the other 3 patients there were reakpoint-associated deletions which precluded the formation of putative fusion genes. In a case with a t(12;6;15) we characterized a deletion at 12p13 which eliminated ETV6 and 8 other genes including CDKN1B. These findings indicate that concomitant loss of ETV6 and CDKN1B, which encodes a cyclin-dependent kinase inhibitor responsible for blocking entry of cells into the G1 phase of the cell cycle, acted cooperatively to promote leukemogenic proliferation. The same notion applied to a case with a dic(9;12) in which 2 genes encoding hematopoietic transcription factors - ETV6 and PAX5 (9p13)- were deleted as a result of breakpoint-adjacent deletions. Similarly, we found that 2 transcription factor genes involved in the regulation of cytokine expression, NFATC2 (20q13) and MAF (16q23), were involved in deletions contiguous to the breakpoints in a patient with a t(X;20;16). In vitro suppression of NFATC2 mRNA or inhibiton of NFATC2 protein activity enhanced cell proliferation as a result of an increase in the production of a myeloid-lineage stimulating hematopoietic cytokine, GM-CSF. These results suggest that haplo-insufficiency of NFATC2 and MAF genes had a cooperative effect in inducing cell proliferation as a result of a disregulation of cytokine production. Two main conclusions may be drawn from our studies: (i) In complex translocations associated with the production of fusion genes, additional breakpoints may cooperate in tumourigenesis by targeting genes that control cell proliferation; (ii) In complex translocations associated with small breakpoint-adjacent deletions, at least 2 genes with similar or complementary functions need to be deregulated to promote tumourigenesis.

Valorização energética de lamas resultantes do processo de produção de pasta e papel numa caldeira de leito fluidizado

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre Energia e Bioenergia

Infecções por Tinea capitis em meios desfavorecidos da periferia de Lisboa - Estudo em crianças do Bairro de Santa Filomena, Concelho da Amadora

PLAVRAS – CHAVE: Tinea capitis, colheita de amostras, diagnóstico laboratorial, questionário, estratégias de intervenção Os fungos dermatófitos estão entre os mais disseminados e prevalentes das doenças causadas por fungos, afectam milhões de pessoas em todas as partes do mundo. A tinea capitis é a infecção fúngica mais comum na idade pediátrica, é contagiosa, havendo aumento do risco de infecção quando existe partilha de objectos e poucos cuidados de higiene. É uma infecção que afecta essencialmente crianças e pré-adolescentes, sendo que estes apresentam mais susceptibilidade e exposição à infecção. É uma infecção com distribuição mundial, sendo muito comum em África. Anteriormente as áreas endémicas estavam mais definidas, mas com o aumento das viagens inter-continentais e da imigração novas doenças têm-se expandido nos países de acolhimento, daí o aumento da prevalência desta infecção nos países Europeus. Para além de ser uma doença com um impacto social marcado, levando as crianças à restrição de actividades sociais, como a ida à escola e todas as consequências que daí advêm, como por exemplo a exclusão. Perante esta situação, realizou-se um estudo de forma a identificar a prevalência da tinea capitis em crianças com idades entre os 1-14 anos no Bairro de Santa Filomena, Concelho da Amadora, Portugal, e os conhecimentos (definição, diagnóstico e tratamento) dos encarregados de educação/responsáveis pela criança sobre a doença, para se poderem traçar estratégias de intervenção. A população era composta por 127 crianças, que frequentavam a Associação da Encosta Nascente e o Centro de Catequese leccionado no Bairro de Santa Filomena, sendo 44,9% do Sexo Masculino e 55,1% do sexo Feminino, com idades pré-escolar e escolar. Utilizaram-se três técnicas de diagnóstico, observação clínica, microscopia e exame cultural. As amostras do couro cabeludo das crianças foram analisadas no Laboratório de Micologia do Instituto de Higiene e Medicina Tropical. A prevalência de crianças com doença activa foi de 17,3% e de portadoras 19,7%. Foram identificados dois agentes etiológicas, Microsporum audouinii e o Tricophyton soudanense (fungos de origem Africana). Aos encarregados de educação/responsáveis pelas crianças aplicou-se um questionário sobre aspectos relacionados com a infecção por tinea capitis. Os respondentes mostraram poucos conhecimentos, alguns até incorrectos. Tendo em vista o controlo da infecção, é necessário envolver vários parceiros, como os Centros de Saúde e Centros de Educação (Creches /Escolas/Catequese), para além dos encarregados de educação, intervindo na sua formação com Sessões de Educação, rastreios, diagnóstico e tratamento, medidas preventivas e melhorias das condições de higiene pessoal e ambiental.

Influência do nevoeiro salino na degradação de materiais cerâmicos aplicados em construções

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Geológica (Georrecursos)

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O Códice Polifónico de Arouca. Estudo e Transcrição

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Ciências Musicais/Variante de Musicologia Histórica

Álcool e tabaco nos militares em Forças Nacionais Destacadas

RESUMO - Introdução: Segundo a Organização Mundial de Saúde, a evolução verificada nos últimos anos no consumo de álcool e tabaco e outras substâncias psicoactivas está a aumentar rapidamente e a contribuir de maneira importante para a carga das doenças em todo o mundo. A nível militar e nos elementos destacados para as missões de apoio à paz, é pertinente conhecer e caracterizar os padrões de consumo de álcool e tabaco a que estão sujeitos nestes contextos específicos de modo a compreender esta realidade e a sua importância e a poder intervir face às suas consequências. De ainda referir que existe escassez de estudos nesta área em Portugal. Objectivo: O objectivo deste estudo consiste em caracterizar os padrões de consumo de álcool e de tabaco dos militares das Forças Nacionais Destacadas, em missão de apoio à paz, no pré-deslocamento ainda em Portugal, no deslocamento em Teatro de Operações e no pós-deslocamento em território nacional. Metodologia: Apresenta-se o delineamento do estudo e o tipo de estudo que é longitudinal e analítico, a metodologia utilizada, bem como, as hipóteses colocadas, consolidadas na revisão de literatura efectuada previamente; faz-se a caracterização das variáveis sócio demográficas e instrumentais utilizadas. São definidos os critérios de inclusão e exclusão assim como aspectos éticos necessários. Definem-se ainda os testes estatísticos considerados apropriados para este tipo de estudo. Simulação de resultados, discussão e conclusões: Faz-se uma simulação do modo de apresentação dos resultados de acordo com os objectivos e hipóteses traçados tendo em conta a aplicação estatística considerada mais conveniente. Quanto ao ponto de discussão e conclusões dever-se-á após a realização do estudo comparar os resultados obtidos com os resultados de outros estudos análogos e no mesmo âmbito e tecer algumas considerações pertinentes sobre os mesmos. Assim seria importante sugerir novas orientações para outros estudos tendo em conta os resultados mais significativos que possam ser apurados e ainda ser reflectido e até apontado algumas respostas em termos de intervenção neste contexto.

Institutions and firm formation: An empirical analysis of Portuguese municipalities

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Economics from the NOVA – School of Business and Economics

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Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

Valorisation of vegetable oil deodorizer distillate by enzymatic reaction and membrane processing

Dissertação para obtenção do Grau de Doutora em Engenharia Química e Bioquímica

Fundamentos para uma exposição hipotética do Jurássico Superior da Lourinhã

Pretende-se fundamentar uma exposição sobre o Jurássico Superior da Lourinhã, focando os tetrápodes e, mais especialmente os dinossauros. Para tal selecionam-se vinte espécies e, através de diversos dioramas, conduz-se um discurso expositivo que aborde, não só a fauna escolhida, como também as várias disciplinas relacionadas com a paleontologia. Durante o trabalho tentou conhecer-se a situação actual da paleontologia em Portugal. A situação legal, do património paleontológico, as diversas colecções acessíveis ao público, o enquadramento geológico da Lourinhã e as diversas tentativas de musealização feitas até à data. Fez-se um levantamento da principal fauna tetrápoda reportada para Portugal e quais mereciam destaque no Jurássico Superior

A importância dos georrecursos para a divulgação e ensino das geociências

Os recursos geológicos são a base de materiais cuja a aplicação é indiscutivelmente elevada. O estudo da Geologia permite, para além dos conhecimentos sobre fenómenos e estruturas geológicas, determinar inúmeras aplicações dos seus objetos e métodos na Sociedade. No entanto, em muitas situações a relação entre o conhecimento da Geologia e a sua utilidade é pouco notória. O presente trabalho aborda uma nova vertente das Geociências, que se dedica ao estudo dos recursos geológicos e ao aproveitamento dos mesmos no ensino. Assim, um dos objectivos principais é, i) reforçar a importância do ensino da Geologia e da sua compreensão pública, e para além disso da utilização dos demais recursos geológicos disponíveis. Por outro lado, como objetivo, pretende-se ii) informar sobre a diversidade dos meios que existem, actualmente, para o ensino das Geociências, em particular na temática dos Georrecursos; iii) pretende-se, também, aproveitar os Georrecursos de uma outra forma, explorando a sua importância como recurso didáctico, pedagógico e cultural. Deste modo, procedeu-se a uma pesquisa sobre a importância dos Georrecursos na Sociedade, sobre os métodos de exploração de rochas ornamentais, e sobre as actividades propostas para os divulgar. Neste sentido, o desenvolvimento prático deste trabalho consiste em elaborar uma saída de campo a uma pedreira de rocha ornamental em laboração, e cujos objectivos principais são; compreender a importância do estudo da formação geológica deste georrecurso, e compreender os métodos que são utilizados na sua exploração, conhecendo os métodos de extracção, o seu processamento e a sua aplicação. Nesta dissertação demonstra-se que os recursos geológicos, para além de serem uma determinante fonte de matéria prima, podem constituir excelentes recursos para o ensino das Geociências.

Estudo do ADN mitocondrial de uma população de indivíduos nativos de Angola residentes em Lisboa

Nas últimas décadas o número de imigrantes em Portugal aumentou consideravelmente. Até ao final do ano de 2013 o número de imigrantes Angolanos a residir em Portugal atingiu os 20 000 indivíduos, verificando-se uma predominância territorial na região metropolitana de Lisboa. Angola é um país situado na costa Atlântica Sul do continente Africano. A presença do povo Bantu, assim como a colonização pelo povo Português durante o século XV, são considerados como os principais modeladores do padrão genético da população deste país. A transmissão exclusiva por via materna, o levado número de cópias, a ausência de recombinação e a elevada taxa de mutação inerentes ao ADN mitocondrial, são características que o tornam útil em estudos de origem e evolução Humana, assim como em investigações forenses. O principal objetivo deste estudo foi caracterizar geneticamente a população de imigrantes Angolanos a residir em Lisboa. Para tal foi estudado um grupo de 173 indivíduos, residentes em Lisboa, com ascendência Angolana confirmada e não relacionados entre si. Sequenciou-se a região controlo do ADN mitocondrial com recurso aos primers L15997/H016 e L16555/H639. Cerca de 85% dos haplótipos identificados são únicos. A maioria dos haplogrupos determinados pertence a linhagens de ADN mitocondrial descritas como específicas da região subsariana de África, com cerca de 87% dos haplótipos pertencentes ao macrohaplogrupo L. Do estudo filogenético verificou-se que as populações geneticamente mais próximas foram a nossa população imigrante de Angola e as populações de indivíduos Angolanos a residir em Angola e de indivíduos pertencentes a diversos grupos étnico-linguísticos Bantu. Este estudo vem alertar para a grande diversidade genética que a população imigrante Angolana introduz em Lisboa nas gerações atuais e nas gerações futuras. Teremos num futuro muito próximo, indivíduos naturais e nacionais de Lisboa com haplótipos, até então, considerados como tipicamente Africanos. Os haplótipos da população Angolana imigrante a residir em Lisboa foram submetidos e aceites para inserção na base de dados EMPOP (EDNAP Forensic mtDNA Population Database) com o número de acesso EMPOP662.