The role of ribonuclease R in bacterial adaptation to cold shock

RESUMO:Os microrganismos reagem à súbita descida de temperatura através de uma resposta adaptativa específica que assegura a sua sobrevivência em condições desfavoráveis. Esta adaptação inclui alterações na composição da membrana, na maquinaria de tradução e transcrição. A resposta ao choque térmico pelo frio induz uma repressão da transcrição. No entanto, a descida de temperatura induz a produção de um grupo de proteínas específicas que ajudam a ajustar/re-ajustar o metabolismo celular às novas condições ambientais. Em E. coli o processo de adaptação demora apenas quatro horas, no qual um grupo de proteínas específicas são induzidas. Depois desde período recomeça lentamente a produção de proteínas.A ribonuclease R, uma das proteínas induzidas durante o choque térmico pelo frio, é uma das principais ribonucleases em E. coli envolvidas na degradação do RNA. É uma exoribonuclease que degrada RNA de cadeia dupla, possui funções importantes na maturação e “turnover” do RNA, libertação de ribossomas e controlo de qualidade de proteínas e RNAs. O nível celular desta enzima aumenta até dez vezes após exposição ao frio e estabiliza em células na fase estacionária. A capacidade de degradar RNA de dupla cadeia é importante a baixas temperaturas quando as estruturas de RNA estão mais estáveis. No entanto, este mecanismo é desconhecido. Embora a resposta específica ao “cold shock” tenha sido descoberta há mais de duas décadas e o número de proteínas envolvidas sugerirem que esta adaptação é rápida e simples, continuamos longe de compreender este processo. No nosso trabalho pretendemos descobrir proteínas que interactuem com a RNase R em condições ambientais diferentes através do método “TAP-tag” e espectrometria de massa. A informação obtida pode ser utilizada para deduzir algumas das novas funções da RNase R durante a adaptação bacteriana ao frio e durante a fase estacionária. Mais importante ainda, RNase R poderá ser recrutada para um complexo de proteínas de elevado peso molecular durante o “cold-shock”.------------ABSTRACT:Microorganisms react to the rapid temperature downshift with a specific adaptative response that ensures their survival in unfavorable conditions. Adaptation includes changes in membrane composition, in translation and transcription machinery. Cold shock response leads to overall repression of translation. However, temperature downshift induces production of a set of specific proteins that help to tune cell metabolism and readjust it to the new environmental conditions. For Escherichia coli the adaptation process takes only about four hours with a relatively small set of specifically induced proteins involved. After this time, protein production resumes, although at a slower rate. One of the cold inducible proteins is RNase R, one of the main E. coli ribonucleases involved in RNA degradation. RNase R is an exoribonuclease that digest double stranded RNA, serves important functions in RNA maturation and turnover, release of stalled ribosomes by trans-translation, and RNA and protein quality control. The level of this enzyme increases about ten-fold after cold induction, and it is also stabilised in cells growing in stationary phase. The RNase R ability to digest structured RNA is important at low temperatures where RNA structures are stabilized but the exact role of this mechanism remains unclear. Although specific bacterial cold shock response was discovered over two decades ago and the number of proteins involved suggests that this adaptation is fast and simple, we are still far from understanding this process. In our work we aimed to discover the proteins interacting with RNase R in different environmental conditions using TAP tag method and mass spectrometry analysis. The information obtained can be used to deduce some of the new functions of RNase R during adaptation of bacteria to cold and in stationary growth phase. Most importantly RNase R can be recruited into a high molecular mass complex of protein in cold shock.

Dynamics of cork mycobiota throughout stopper manufacturing process: from diversity to metabolite

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Biology

Reconstitution of the failure of the Fonte Santa mine tailings dam. Modelling of the dam breaching process

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Civil Perfil de Estruturas e Geotecnia

A terapia ocupacional como recurso para idosos institucionalizados: um estudo de avaliação das necessidades ocupacionais

RESUMO: O envelhecimento populacional está associado a necessidades de saúde, incluindo aspectos ligados à realização das actividades quotidianas e à vertente ocupacional em geral.O presente estudo procurou identificar as necessidades ocupacionais de uma amostra de idosos institucionalizados e avaliar alterações no desempenho ocupacional e na satisfação após participação num programa de actividades terapêuticas. A amostra foi constituída por 20 indivíduos, com uma média de idades de 86,2 anos (DP=6,0), maioritariamente do sexo feminino e viúvos, com níveis de escolaridade diversos, sem défice cognitivo grave, provenientes de duas instituições para idosos em Lisboa. Os instrumentos utilizados foram entrevista de caracterização sócio-demográfica. Mini- Mental State Examination. Índice de Katz e Medida Canadiana de Desempenho Ocupacional. Após a participação no programa de actividades, oito indivíduos mantiveram as notas de desempenho e de satisfação na Medida Canadiana; cinco apresentaram aumento em ambas as notas; para dois, o desempenho permaneceu inalterado e o grau de satisfação diminuiu; finalmente, três deixaram de ter pelo menos um problema no desempenho, destacando-se um indivíduo que deixou de ter problemas para se alimentar, tornando-se independente nesta área. Comparando as avaliações iniciais e as reavaliações pósintervenção, não se registaram diferenças significativas nas pontuações de desempenho nem de satisfação da Medida Canadiana. Em conclusão, muitos dos participantes do estudo referiram um desempenho deficiente em muitas actividades ocupacionais que valorizavam, assim como um grau elevado de insatisfação em relação a esse desempenho. Apesar de ter tido algum impacto nas necessidades ocupacionais dos participantes, o programa de actividades não pareceu trazer benefícios generalizados nesta pequena amostra.------------ABSTRACT:The aging process in institutionalized populations has implications that encompass various issues related to health, including occupational development and the performance of daily activities. It was this study’s objective to identify the occupational needs of a sample of institutionalized elderly and to identify the existence of changes in occupational performance and satisfaction after participation in a program of therapeutic activities. The sample consisted of 20 individuals (mostly female and widowed) from two nursing homes in Lisbon, having various levels of education and an average age of 86,2 years (SD=6,0) as well as the ability of verbal expression without severe cognitive deficit. The instruments used were a structured interview for socio-demographic characterization, the Mini Mental State Examination, the Katz Index and the Canadian Occupational Performance Measure. We found that older respondents claimed that the performance of daily activities constituted a problem. They stated that the activities of self-care and leisure were the most problematic, that they had negative self-perceptions regarding their own performance, and that they were dissatisfied with this performance of their daily activities. After participating in program activities, eight respondents experienced no change in their respective grades of performance and satisfaction, five showed increases in both grades and, for two respondents, the performance remained unchanged while the satisfaction level showed a decline. Three stopped having at least one problem in performance, and one participant even stopped referring feeding problems, having become independent in this area. Regarding the evolution of the Canadian Measure performance and satisfaction scores (before versus after the intervention), we found no significant differences. In conclusion, most participants stated that they were performing badly in what concerned the occupational activities they valued the most. The same applies to low levels of satisfaction regarding that performance. In this small sample, and despite some benefits, the program of therapeutic activities did not prove to be significantly effective.

Process engineering of liver cells for drug testing applications

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Bioengenharia

Decision-making process in radiology: the magnetic resonance example in the TA context

Based on the report for “Project IV” unit of the PhD programme on Technology Assessment (Doctoral Conference) at Universidade Nova de Lisboa (December 2011). This thesis research has the supervision of António Moniz (FCT-UNL and ITAS-KIT) and Michael Decker (Karlsruhe Institute of Technology-ITAS). Other members of the thesis committee are Carlos Alberto da Silva (University of Évora), José Maria de Albuquerque (Institute of Welding and Quality), Lotte Steuten (University of Twente), Mário Forjaz Secca (FCT-UNL) and Nelson Chibeles Martins (FCT-UNL).

Safety function analysis in an industrial production process

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia e Gestão Industrial

New mechanisms that regulate the expression of genes implicated in the process of ketogenesis

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Biotecnologia

A study on reducing digital piracy: an analytical network process approach with benefits, opportunities, costs and risks analysis

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia e Gestão Industrial

Aircraft Engines Maintenance Costs and Reliability: An Appraisal of the Decision Process to Remove an Engine for a Shop Visit Aiming at Minimum Maintenance Unit Cost

Dissertação apresentada como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Estatística e Gestão de Informação.

Social BPM – The role of social networks in business process management

Dissertação apresentada como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Estatística e Gestão de Informação

Participatory mapping in the design process of a spatial data infrastructure SDI: a case study in the Biosphere Reserve Rio Platano (Honduras)

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Internationalization process of Science4you to the United Kingdom

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Management from the NOVA – School of Business and Economics

Internationalization process of h3 to the German market

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Management from the NOVA – School of Business and Economics

Internationalization process of h3 to the UK market

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Management from the NOVA – School of Business and Economics