Histogram-based DNA analysis for the visualization of chromosome, genome and species information

We describe a novel approach to explore DNA nucleotide sequence data, aiming to produce high-level categorical and structural information about the underlying chromosomes, genomes and species. The article starts by analyzing chromosomal data through histograms using fixed length DNA sequences. After creating the DNA-related histograms, a correlation between pairs of histograms is computed, producing a global correlation matrix. These data are then used as input to several data processing methods for information extraction and tabular/graphical output generation. A set of 18 species is processed and the extensive results reveal that the proposed method is able to generate significant and diversified outputs, in good accordance with current scientific knowledge in domains such as genomics and phylogenetics.

Multi-dimensional scaling applied to histogram-based DNA analysis

This paper aims to study the relationships between chromosomal DNA sequences of twenty species. We propose a methodology combining DNA-based word frequency histograms, correlation methods, and an MDS technique to visualize structural information underlying chromosomes (CRs) and species. Four statistical measures are tested (Minkowski, Cosine, Pearson product-moment, and Kendall τ rank correlations) to analyze the information content of 421 nuclear CRs from twenty species. The proposed methodology is built on mathematical tools and allows the analysis and visualization of very large amounts of stream data, like DNA sequences, with almost no assumptions other than the predefined DNA “word length.” This methodology is able to produce comprehensible three-dimensional visualizations of CR clustering and related spatial and structural patterns. The results of the four test correlation scenarios show that the high-level information clusterings produced by the MDS tool are qualitatively similar, with small variations due to each correlation method characteristics, and that the clusterings are a consequence of the input data and not method’s artifacts.

Structural modification of TiO2 nanorod films with an influence on the photovoltaic efficiency of a dye-sensitized solar cell (DSSC).

TiO2 nanorod films have been deposited on ITO substrates by dc reactive magnetron sputtering technique. The structures of these nanorod films were modified by the variation of the oxygen pressure during the sputtering process. Although all these TiO2 nanorod films deposited at different oxygen pressures show an anatase structure, the orientation of the nanorod films varies with the oxygen pressure. Only a very weak (101) diffraction peak can be observed for the TiO2 nanorod film prepared at low oxygen pressure. However, as the oxygen pressure is increased, the (220) diffraction peak appears and the intensity of this diffraction peak is increased with the oxygen pressure. The results of the SEM show that these TiO2 nanorods are perpendicular to the ITO substrate. At low oxygen pressure, these sputtered TiO2 nanorods stick together and have a dense structure. As the oxygen pressure is increased, these sputtered TiO2 nanorods get separated gradually and have a porous structure. The optical transmittance of these TiO2 nanorod films has been measured and then fitted by OJL model. The porosities of the TiO2 nanorod films have been calculated. The TiO2 nanorod film prepared at high oxygen pressure shows a high porosity. The dye-sensitized solar cells (DSSCs) have been assembled using these TiO2 nanorod films prepared at different oxygen pressures as photoelectrode. The optimum performance was achieved for the DSSC using the TiO2 nanorod film with the highest (220) diffraction peak and the highest porosity.

Modification of cell volume and proliferative capacity of Pseudokirchneriella subcapitata cells exposed to metal stress

The impact of metals (Cd, Cr, Cu and Zn) on growth, cell volume and cell division of the freshwateralga Pseudokirchneriella subcapitata exposed over a period of 72 h was investigated. The algal cells wereexposed to three nominal concentrations of each metal: low (closed to 72 h-EC10values), intermediate(closed to 72 h-EC50values) and high (upper than 72 h-EC90values). The exposure to low metal concen-trations resulted in a decrease of cell volume. On the contrary, for the highest metal concentrations anincrease of cell volume was observed; this effect was particularly notorious for Cd and less pronouncedfor Zn. Two behaviours were found when algal cells were exposed to intermediate concentrations ofmetals: Cu(II) and Cr(VI) induced a reduction of cell volume, while Cd(II) and Zn(II) provoked an oppositeeffect. The simultaneous nucleus staining and cell image analysis, allowed distinguishing three phases inP. subcapitata cell cycle: growth of mother cell; cell division, which includes two divisions of the nucleus;and, release of four autospores. The exposure of P. subcapitata cells to the highest metal concentrationsresulted in the arrest of cell growth before the first nucleus division [for Cr(VI) and Cu(II)] or after thesecond nucleus division but before the cytokinesis (release of autospores) when exposed to Cd(II). Thedifferent impact of metals on algal cell volume and cell-cycle progression, suggests that different toxic-ity mechanisms underlie the action of different metals studied. The simultaneous nucleus staining andcell image analysis, used in the present work, can be a useful tool in the analysis of the toxicity of thepollutants, in P. subcapitata, and help in the elucidation of their different modes of action.

Porto: cidade amiga das pessoas idosas: um estudo centrado na visão de prestadores de serviços a pessoas idosas das freguesias de Cedofeita, Paranhos, St. Ildefonso, Bonfim e Campanhã

O envelhecimento da população é um fenómeno das sociedades contemporâneas simultâneo à crescente modificação do meio urbano. De modo a responder a estas alterações a Organização Mundial de Saúde (OMS) lançou o projeto Cidade Amiga das Pessoas Idosas que preconiza a adaptação das estruturas e serviços para que estes sejam acessíveis e promovam a inclusão dos cidadãos idosos. A presente investigação, de natureza qualitativa e exploratória, tem como objetivo verificar se a cidade do Porto possui características de uma cidade amiga das pessoas idosas através da visão de prestadores de serviços a pessoas idosas das freguesias de Paranhos, Cedofeita, St. Ildefonso, Bonfim e Campanhã. Pretende, assim, ser um contributo para o desenvolvimento do projeto Cidade Amiga das Pessoas Idosas na cidade portuense. Para tal, realizam-se 3 focus groups com prestadores de serviços selecionados a partir de uma amostragem por conveniência, onde se utiliza um guião de entrevista semi-estruturado com as seguintes categorias: espaços exteriores e edifícios, transportes, habitação, participação social, respeito e inclusão social, participação cívica e emprego, comunicação e informação e apoio comunitário e serviços de saúde. É possível verificar que os participantes partilham, de forma geral, uma imagem positiva da cidade do Porto, contudo, têm tendência a iniciar o discurso pelas características negativas da cidade. Colaboram também com sugestões de melhoria para a cidade. Pela perspetiva dos participantes é possível verificar que aspetos relacionados com espaços exteriores e edifícios, respeito e inclusão social e apoio comunitário e serviços de saúde se destacam pela negativa, enquanto aspetos intimos à participação social das pessoas idosas bem como, à comunicação e informação na cidade do Porto são na generalidade elogiados. Desta forma, indicam como positivo o aparecimento de novas iniciativas como as Universidades Seniores ou o projeto “Afetos” desenvolvido pela Misericórdia; as ofertas dirigidas à população sénior desenvolvidas pelas Juntas de Freguesia e a presença de jornais de distribuição gratuita, em espaços públicos. Por oposição, identificam como pouco amigo das pessoas idosas os passeios pouco largos, com obstáculos e pouco cuidados; a falta de casas de banho públicas; o desinvestimento em atividades intergeracionais e a carência de lares públicos na cidade.

Analysis and visualization of chromosome information

This paper analyzes the DNA code of several species in the perspective of information content. For that purpose several concepts and mathematical tools are selected towards establishing a quantitative method without a priori distorting the alphabet represented by the sequence of DNA bases. The synergies of associating Gray code, histogram characterization and multidimensional scaling visualization lead to a collection of plots with a categorical representation of species and chromosomes.

A study on the encryption algorithm for RFID tag (SEED : 8 Rounds × 64 bits block)

Although it is always weak between RFID Tag and Terminal in focus of the security, there are no security skills in RFID Tag. Recently there are a lot of studying in order to protect it, but because it has some physical limitation of RFID, that is it should be low electric power and high speed, it is impossible to protect with the skills. At present, the methods of RFID security are using a security server, a security policy and security. One of them the most famous skill is the security module, then they has an authentication skill and an encryption skill. In this paper, we designed and implemented after modification original SEED into 8 Round and 64 bits for Tag.

Development of novel ionic liquids based on valproate anion

Valproic acid (2-propyl pentanoic acid) is a pharmaceutical drug used for treatment of epileptic seizures absence, tonic-clonic (grand mal), complex partial seizures, and mania in bipolar disorder [1]. Valproic acid is a slightly soluble in water and therefore as active pharmaceutical ingredient it is most commonly applied in form of sodium or magnesium valproate salt [1].However the list of adverse effects of these compounds is large and includes among others: tiredness, tremor, sedation and gastrointestinal disturbances [2]. Ionic liquids (ILs) are promising compounds as Active Pharmaceutical Ingredients (APIs)[3]. In this context, the combinations of the valproate anion with appropriate cation when ILs and salts are formed can significantly alter valproate physical, chemical and thermal properties.[4] This methodology can be used for drug modification (alteration of drug solubility in water, lipids, bioavailability, etc)[2] and therefore can eliminate some adverse effect of the drugs related to drug toxicity due for example to its solubility in water and lipids (interaction with intestines). Herein, we will discuss the development of ILs based on valproate anion (Figure 1) prepared according a recent optimized and sustainable acid-base neutralization method [4]. The organic cations such as cetylpyridinium, choline and imidazolium structures were selected based on their biocompatibility and recent applications in pharmacy [3]. All novel API-ILs based on valproate have been studied in terms of their physical, chemical (viscosity, density, solubility) and thermal (calorimetric studies) properties as well as their biological activity.

Controlo postural na sequência de movimento de sentado para de pé em crianças com alterações do desenvolvimento neuromotor

A Sequência de Movimento de Sentado para de Pé (SMSP) é um marco importante na independência funcional da criança, sendo a sua qualidade afetada em casos de alteração do controlo postural do tronco. É por isso motivo de especial foco neste estudo, como elemento avaliativo e interventivo. Este estudo tem como objetivo a análise da modificação de componentes motores relacionados com o controlo postural, durante a SMSP, em 5 crianças com alterações neuromotoras, face à aplicação de um programa de intervenção baseado no Tratamento de Neuro Desenvolvimento (TND). Foi para tal utilizada a análise cinemática da SMSP - nomeadamente as variáveis “variação do deslocamento dos segmentos cabeça e tronco” e “variação do ângulo perna-pé” entre o momento inicial e o seat-off – complementada com a aplicação do Teste de Medida da Função Motora 88 (TMFM-88) e a Classificação Internacional da Funcionalidade Incapacidade e Saúde-Versão Crianças e Jovens (CIF-CJ), bem como a avaliação de componentes de movimento com recurso a registo de imagem. A análise cinemática demonstrou uma diminuição do deslocamento dos segmentos cabeça e tronco na maioria dos casos, bem como uma maior mobilidade da tíbia sobre pé. Verificou-se um aumento do score final do TMFM-88, em todos os casos. A CIF-CJ não evidenciou alterações entre o início e o término do período de intervenção. O registo de imagem demonstrou alterações positivas visíveis no alinhamento de segmentos, nível de atividade, controlo postural, e recurso a estratégias compensatórias no conjunto postural sentado e na SMSP. Após o período de intervenção as crianças deste estudo evidenciaram modificações positivas nas variáveis em estudo, nomeadamente 1) diminuição do deslocamento dos segmentos cabeça e tronco na fase inicial da SMSP, 2) aumento da variação do ângulo perna-pé na fase inicial da SMSP, 3) aumento do score total da TMFM-88, 4) alteração positiva dos componentes de movimento alinhamento de segmentos e nível de atividade e 5) redução do recurso a estratégias compensatórias de movimento na SMSP. Estas modificações sugerem um controlo postural mais eficiente.

Desenvolvimento de metodologias analíticas para a determinação de resíduos de pesticidas em Vinhos do Douro e Vinhos do Porto

A produção de vinho é uma actividade de elevada importância ao nível económico, ambiental e social. Como tal, a protecção da vinha e/ou da uva através da utilização de pesticidas assume um papel fundamental nesta actividade, permitindo um aumento no rendimento da produção. No entanto, a transferência destes compostos da uva para o vinho é inevitável, ocorrendo, na maioria dos casos, em quantidades reduzidas. Apesar de, geralmente, a quantidade de pesticidas que pode ser transferida para o vinho não apresentar problemas relevantes para a saúde pública, o desenvolvimento de metodologias que permitam garantir um controlo rigoroso da qualidade do vinho é de elevada importância. O controlo deste produto, assim como de qualquer produto alimentar, não deve ser de certa forma virtual, levando a uma desconfiança crescente do consumidor. Ao longo deste trabalho foram desenvolvidos dois métodos para a determinação de pesticidas em diferentes tipos de vinhos, por SPME-GC-MS/MS. O primeiro método desenvolvido visa a determinação de 8 pesticidas organofosforados e o segundo método permite a determinação de 7 pesticidas, 4 organoclorados e 3 dicarboximidas. Foram estudadas quatro matrizes diferentes: vinho branco do Douro, vinho tinto do Douro, vinho branco do Porto e vinho tinto do Porto. As metodologias adoptadas permitiram a obtenção de bons resultados, apesar das condições adoptadas não serem as mais vantajosas para alguns dos compostos estudados. Dada a complexidade das matrizes, a detecção por espectrometria de massa mostrou ser fundamental para a identificação inequívoca de cada um dos pesticidas. Verificaram-se, de um modo geral, bons resultados ao nível da linearidade, para as gamas de concentrações escolhidas, para os dois métodos. Obtiveram-se também bons resultados para os limites de detecção e quantificação, cujos valores se situam abaixo dos limites máximos de resíduos para as uvas, impostos pela regulamentação europeia, para a maioria dos compostos. No caso dos organofosforados, os limites de detecção variam entre 0,05 μg/L e 13,00 μg/L para os pesticidas clorpirifos-metilo e metidatião, respectivamente. Os limites de quantificação variam entre 0,18 μg/L e 43,32 μg/L, também para os pesticidas clorpirifos-metilo e metidatião. No que se refere ao método para os pesticidas organoclorados e dicarboximidas, foram calculados vários limites de detecção para cada composto, em cada matriz estudada, a partir das rectas de calibração diárias, resultando num conjunto de valores com variações significativas entre cada um, para o mesmo pesticida e na mesma matriz. No entanto, apenas os limites de quantificação foram validados, recorrendo-se aos estudos de repetibilidade e precisão intermédia. Obtiveram-se os seguintes limites de quantificação: captana 52,10 μg/L; clortalonil 20,95 μg/L; dicofol 4,37 μg/L; folpete 93,60 μg/L; iprodiona 274,70 μg/L; procimidona 76,04 μg/L e vinclozolina 10,03 μg/L. Os pesticidas metidatião e captana apresentam-se como os compostos mais problemáticos, uma vez que os limites de quantificação obtidos não permitem a garantia do cumprimento dos limites máximos de resíduos regulamentados. Demonstra-se também que, apesar do efeito de matriz ser significativo na determinação de todos os compostos analisados, o mesmo pode ser atenuado, procedendo-se às calibrações nas respectivas matrizes. Observaram-se variações significativas ao nível da resposta do equipamento ao longo do tempo, quer pela alteração das condições operatórias, quer pela decomposição de alguns compostos ao longo do tempo. Este efeito, evidenciado nos estudos das precisões intermédias e repetibilidades, levou à adopção de um método de validação diferente para a determinação de pesticidas organoclorados e dicarboximidas, recorrendo-se então a calibrações diárias e sequências de trabalho mais pequenas.

Actuador linear para teste de teclas na indústria automóvel

As indústrias de componentes e acessórios automóveis são um elo fundamental no processo produtivo da indústria automóvel. Neste leque industrial encontra-se a Preh Portugal, Lda, como empresa fornecedora de componentes electrónicos, mais concretamente, painéis de controlo de climatização. Os painéis fornecidos pela Preh aos seus clientes encontram-se sujeitos a rigorosos testes de qualidade e funcionalidade. Neste sentido o teste funcional das teclas surge, relacionando o curso da tecla em função de uma força actuante. Esta relação está comprometida com uma curva característica padrão para o tipo de tecla. Para além destes compromissos, também é necessário que a tecla feche e abra o seu contacto eléctrico. Esta tese foca-se no desenvolvimento do teste de teclas, apresentando uma alteração ao sistema actual com a introdução de um sistema embebido, no intuito de flexibilizar o sistema de teste e reduzindo custos. O sistema embebido pretende dar capacidade de processamento ao teste e, desta forma, substituir o actual computador como elemento de processamento. A solução implementada consistiu numa mudança estrutural, através da inclusão do sistema embebido entre o computador e o sistema de deslocamento. Passando o foco central do processo de teste a residir no sistema embebido, este tem de estabelecer comunicações com os restantes elementos intervenientes no teste. Estabelece comunicações série RS-232 com o sistema de deslocamento (leitura do curso e força na tecla), Ethernet com o computador (comandos, parâmetros e resultados) e CAN com o painel de controlo de climatização (fecho/abertura do contacto eléctrico). A concretização deste projecto resultou numa nova estrutura e aplicação, a qual é facilmente integrada na linha de produção com as vantagens de ser menos onerosa e mais flexível, conforme o pretendido.

Detecção e seguimento de objectos em imagens termográficas: análise experimental de modelos de descrição

A instalação de sistemas de videovigilância, no interior ou exterior, em locais como aeroportos, centros comerciais, escritórios, edifícios estatais, bases militares ou casas privadas tem o intuito de auxiliar na tarefa de monitorização do local contra eventuais intrusos. Com estes sistemas é possível realizar a detecção e o seguimento das pessoas que se encontram no ambiente local, tornando a monitorização mais eficiente. Neste contexto, as imagens típicas (imagem natural e imagem infravermelha) são utilizadas para extrair informação dos objectos detectados e que irão ser seguidos. Contudo, as imagens convencionais são afectadas por condições ambientais adversas como o nível de luminosidade existente no local (luzes muito fortes ou escuridão total), a presença de chuva, de nevoeiro ou de fumo que dificultam a tarefa de monitorização das pessoas. Deste modo, tornou‐se necessário realizar estudos e apresentar soluções que aumentem a eficácia dos sistemas de videovigilância quando sujeitos a condições ambientais adversas, ou seja, em ambientes não controlados, sendo uma das soluções a utilização de imagens termográficas nos sistemas de videovigilância. Neste documento são apresentadas algumas das características das câmaras e imagens termográficas, assim como uma caracterização de cenários de vigilância. Em seguida, são apresentados resultados provenientes de um algoritmo que permite realizar a segmentação de pessoas utilizando imagens termográficas. O maior foco desta dissertação foi na análise dos modelos de descrição (Histograma de Cor, HOG, SIFT, SURF) para determinar o desempenho dos modelos em três casos: distinguir entre uma pessoa e um carro; distinguir entre duas pessoas distintas e determinar que é a mesma pessoa ao longo de uma sequência. De uma forma sucinta pretendeu‐se, com este estudo, contribuir para uma melhoria dos algoritmos de detecção e seguimento de objectos em sequências de vídeo de imagens termográficas. No final, através de uma análise dos resultados provenientes dos modelos de descrição, serão retiradas conclusões que servirão de indicação sobre qual o modelo que melhor permite discriminar entre objectos nas imagens termográficas.

Wine and grape polyphenols — a chemical perspective

Phenolic compounds constitute a diverse group of secondary metabolites which are present in both grapes and wine. The phenolic content and composition of grape processed products (wine) are greatly influenced by the technological practice to which grapes are exposed. During the handling and maturation of the grapes several chemical changes may occur with the appearance of new compounds and/or disappearance of others, and consequent modification of the characteristic ratios of the total phenolic content as well as of their qualitative and quantitative profile. The non-volatile phenolic qualitative composition of grapes and wines, the biosynthetic relationships between these compounds, and the most relevant chemical changes occurring during processing and storage will be highlighted in this review.

Improving the reliability of WiDom in a single broadcast domain

WiDom is a previously proposed prioritized medium access control protocol for wireless channels. We present a modification to this protocol in order to improve its reliability. This modification has similarities with cooperative relaying schemes, but, in our protocol, all nodes can relay a carrier wave. The preliminary evaluation shows that, under transmission errors, a significant reduction on the number of failed tournaments can be achieved.

Characterization approach to modified glassy carbon electrode-nanofilm system within multidimensional scaling

The aim of this work is to characterize the nanofilm consisting of the benzoic acid-modified glassy carbon (GC) electrode system through multidimensional scaling space analysis. The surface modification is based on the electrochemical reaction between the GC electrode and benzoic acid-diazonium salt (BA-DAS). As a result, the nonofilms regarding the benzoic acid-glassy carbon (BA-GC) electrode surface was obtained. For the analysis of the naonfilm of BC-GC electrode system, the IR spectra of the modified BA-GC electrode surface, GC surface and BA-DAS were recorded in the spectral range of 599.84 – 3996.34 [cm–1]. The IR data vectors of the above three forms were processed by the using the multidimensional scaling space approach to demonstrate the existence of a nanofilm on the modified BA-GC electrode system. Two- and three-dimensional MDS profiles obtained by application of multidimensional scaling approach to the data sets {CG1,...,CG10}, {BA-GC1,...,BA-GC10} and {FILM1,...,FILM10} allow a good recognition of the nanofilm on the modified glassy carbon (GC) electrode system.