Disruption and phenotypic analysis of six open reading frames from chromosome VII of Saccharomyces cerevisiae reveals one essential gene

Six open reading frames (ORFs) located on chromosome VII of Saccharomyces cerevisiae (YGR205w, YGR210c, YGR211w, YGR241c, YGR243w and YGR244c) were disrupted in two different genetic backgrounds using short-flanking homology (SFH) gene replacement. Sporulation and tetrad analysis showed that YGR211w, recently identified as the yeast ZPR1 gene, is an essential gene. The other five genes are non-essential, and no phenotypes could be associated to their inactivation. Two of these genes have recently been further characterized: YGR241c (YAP1802) encodes a yeast adaptor protein and YGR244c (LSC2) encodes the b-subunit of the succinyl-CoA ligase. For each ORF, a replacement cassette with long flanking regions homologous to the target locus was cloned in pUG7, and the cognate wild-type gene was cloned in pRS416.

Analysis of a 17.9 kb region from Saccharomyces cerevisiae chromosome VII reveals the presence of eight open reading frames, including BRF1 (TFIIIB70) and GCN5 genes

We report the nucleotide sequence of a 17,893 bp DNA segment from the right arm of Saccharomyces cerevisiae chromosome VII. This fragment begins at 482 kb from the centromere. The sequence includes the BRF1 gene, encoding TFIIIB70, the 5' portion of the GCN5 gene, an open reading frame (ORF) previously identified as ORF MGA1, whose translation product shows similarity to heat-shock transcription factors and five new ORFs. Among these, YGR250 encodes a polypeptide that harbours a domain present in several polyA binding proteins. YGR245 is similar to a putative Schizosaccharomyces pombe gene, YGR248 shows significant similarity with three ORFs of S. cerevisiae situated on different chromosomes, while the remaining two ORFs, YGR247 and YGR251, do not show significant similarity to sequences present in databases.

Sequencing of a 9.9 kb segment on the right arm of yeast chromosome VII reveals four open reading frames, including PFK1, the gene coding for succinyl-CoA synthetase (beta-chain) and two ORFs sharing homology with ORFs of the yeast chromosome VIII

A 9.9 kb DNA fragment from the right arm of chromosome VII of Saccharomyces cerevisiae has been sequenced and analysed. The sequence contains four open reading frames (ORFs) longer than 100 amino acids. One gene, PFK1, has already been cloned and sequenced and the other one is the probable yeast gene coding for the beta-subunit of the succinyl-CoA synthetase. The two remaining ORFs share homology with the deduced amino acid sequence (and their physical arrangement is similar to that) of the YHR161c and YHR162w ORFs from chromosome VIII.

The complete sequence of a 9000 bp fragment of the right arm of Saccharomyces cerevisiae chromosome VII contains four previously unknown open reading frames

We report the sequence of a 9000 bp fragment from the right arm of Saccharomyces cerevisiae chromosome VII. Analysis of the sequence revealed four complete previously unknown open reading frames, which were named G7587, G7589, G7591 and G7594 following standard rules for provisional nomenclature. Outstanding features of some of these proteins were the homology of the putative protein coded by G7589 with proteins involved in transcription regulation and the transmembrane domains predicted in the putative protein coded by G7591.

Minimal anomaly-free chiral fermion sets and gauce coupling unification

We look for minimal chiral sets of fermions beyond the standard model that are anomaly free and, simultaneously, vectorlike particles with respect to color SU(3) and electromagnetic U(1). We then study whether the addition of such particles to the standard model particle content allows for the unification of gauge couplings at a high energy scale, above 5.0 x 10(15) GeV so as to be safely consistent with proton decay bounds. The possibility to have unification at the string scale is also considered. Inspired in grand unified theories, we also search for minimal chiral fermion sets that belong to SU(5) multiplets, restricted to representations up to dimension 50. It is shown that, in various cases, it is possible to achieve gauge unification provided that some of the extra fermions decouple at relatively high intermediate scales.

Dimensionamento de um silo em betão armado para stockagem de cimento com fundações indirectas

O presente trabalho é o corolário do curso de engenharia civil, para a obtenção do grau de Mestre, tendo-se optado pela elaboração do dimensionamento de um Silo em betão armado. O projecto inclui os elementos necessários para uma correcta execução desta estrutura. Os silos são construções, que em função da sua finalidade de utilização estão sujeitos a diversas acções peculiares. No presente trabalho foram consideradas as acções, indicadas nos Eurocódigos para este tipo de estruturas, nomeadamente a acção gerada pela presença do material ensilado, que conduz a um conjunto de pressões horizontais e verticais nas paredes do Silo, bem como a acção causada pelo gradiente de temperatura, devido ao material ensilado (120ºC). O estudo realizado para o dimensionamento do Silo, foi feito considerando a discretização do mesmo através de um programa de elementos finitos, tendo a introdução da estrutura sido realizada em computador com recurso ao “SAP2000”. Foram estudados 2 modelos: O primeiro partindo de uma configuração unifilar em que se consideraram apenas elementos ditos frames (barras), o qual serviu basicamente para o pré dimensionamento da estrutura. O segundo mais completo em que a estrutura foi analisada a partir de um conjunto que incluía a modelação de todos os elementos previamente dimensionados, com recurso a outros softwares (Robot), folhas de cálculo, tabelas e ábacos. Reuniram-se também elementos relativos a estruturas deste tipo tendo-se consultado bibliografia da especialidade, de modo a adquirir um conhecimento mais profundo necessário à realização deste projecto.

Compression Efficiency Analysis of Wyner-Ziv Video Coding with Motion Compensated Side Information Interpolation

The Wyner-Ziv video coding (WZVC) rate distortion performance is highly dependent on the quality of the side information, an estimation of the original frame, created at the decoder. This paper, characterizes the WZVC efficiency when motion compensated frame interpolation (MCFI) techniques are used to generate the side information, a difficult problem in WZVC especially because the decoder only has available some reference decoded frames. The proposed WZVC compression efficiency rate model relates the power spectral of the estimation error to the accuracy of the MCFI motion field. Then, some interesting conclusions may be derived related to the impact of the motion field smoothness and the correlation to the true motion trajectories on the compression performance.

Basis invariant conditions for supersymmetry in the two-Higgs-doublet model

The minimal supersymmetric standard model involves a rather restrictive Higgs potential with two Higgs fields. Recently, the full set of classes of symmetries allowed in the most general two-Higgs-doublet model was identified; these classes do not include the supersymmetric limit as a particular class. Thus, a physically meaningful definition of the supersymmetric limit must involve the interaction of the Higgs sector with other sectors of the theory. Here we show how one can construct basis invariant probes of supersymmetry involving both the Higgs sector and the gaugino-Higgsino-Higgs interactions.

A flexible side information generation framework for distributed video coding

One of the most efficient approaches to generate the side information (SI) in distributed video codecs is through motion compensated frame interpolation where the current frame is estimated based on past and future reference frames. However, this approach leads to significant spatial and temporal variations in the correlation noise between the source at the encoder and the SI at the decoder. In such scenario, it would be useful to design an architecture where the SI can be more robustly generated at the block level, avoiding the creation of SI frame regions with lower correlation, largely responsible for some coding efficiency losses. In this paper, a flexible framework to generate SI at the block level in two modes is presented: while the first mode corresponds to a motion compensated interpolation (MCI) technique, the second mode corresponds to a motion compensated quality enhancement (MCQE) technique where a low quality Intra block sent by the encoder is used to generate the SI by doing motion estimation with the help of the reference frames. The novel MCQE mode can be overall advantageous from the rate-distortion point of view, even if some rate has to be invested in the low quality Intra coding blocks, for blocks where the MCI produces SI with lower correlation. The overall solution is evaluated in terms of RD performance with improvements up to 2 dB, especially for high motion video sequences and long Group of Pictures (GOP) sizes.

Adaptive deblocking filter for transform domain Wyner-Ziv video coding

Wyner-Ziv (WZ) video coding is a particular case of distributed video coding, the recent video coding paradigm based on the Slepian-Wolf and Wyner-Ziv theorems that exploits the source correlation at the decoder and not at the encoder as in predictive video coding. Although many improvements have been done over the last years, the performance of the state-of-the-art WZ video codecs still did not reach the performance of state-of-the-art predictive video codecs, especially for high and complex motion video content. This is also true in terms of subjective image quality mainly because of a considerable amount of blocking artefacts present in the decoded WZ video frames. This paper proposes an adaptive deblocking filter to improve both the subjective and objective qualities of the WZ frames in a transform domain WZ video codec. The proposed filter is an adaptation of the advanced deblocking filter defined in the H.264/AVC (advanced video coding) standard to a WZ video codec. The results obtained confirm the subjective quality improvement and objective quality gains that can go up to 0.63 dB in the overall for sequences with high motion content when large group of pictures are used.

Mobi-system: assistente pessoal de viagem

Este trabalho sugere uma solução de integração de dados em tempo real no contexto dos transportes públicos. Com o aumento das alternativas oferecidas aos utilizadores dos transportes públicos é importante que estes conheçam todas as alternativas com base em informação em tempo real para que realizem a escolha que melhor se enquadre às suas necessidades. Por outro lado, os operadores de transportes públicos deverão ser capazes de disponibilizar toda a informação pretendida com o mínimo de esforço ou de alterações ao sistema que têm implementado. Neste trabalho serão utilizadas ferramentas que permitem fornecer uma visão homogénea das várias fontes de dados heterogéneas, sendo essa homogeneidade o ponto de integração de todas as fontes de dados com as aplicações cliente.

Reabilitação térmica e energética de edifício antigo: aplicação ao antigo edifício dos CTT em Coruche

O estudo desenvolvido no presente documento teve como alvo um edifício antigo construído entre 1930 e 1940 no concelho de Coruche, com construção característica da sua época. Numa fase inicial analisou-se de que forma se comporta o edifício em termos térmicos e energéticos, com base nas metodologias de cálculo apresentadas pelo regulamento térmico em vigor (RCCTE, 2006), e de seguida foram analisadas várias soluções existentes para a reabilitação térmica e energética do edifício que poderá ser concretizada, essencialmente devido às soluções para isolamento térmico das paredes, pavimentos e cobertura, assim como devido às soluções para vidros e caixilharia dos vãos envidraçados. Numa fase posterior, foi estudada a aplicação isolada das várias soluções de reabilitação consideradas, tendo sido simulada a aplicação de várias espessuras de isolante para as soluções da envolvente opaca e vários tipos de vidro duplo e caixilharia para as soluções da envolvente envidraçada, de forma a perceber-se a implicação que cada uma tem quanto à variação das necessidades energéticas do edifício. Por fim, foram calculados os custos de aplicação das várias soluções estudadas, com auxílio de um software de orçamentação, de forma que estas possam ser comparadas em termos da relação custo/benefício, em que, o benefício de cada solução será a variação provocada nas necessidades energéticas do edifício com aplicação da mesma. Assim, procurará encontrar-se para o edifício em estudo não só as soluções mais vantajosas em termos energéticos mas também as mais rentáveis, e procurará perceber-se se um investimento numa intervenção de reabilitação deste género conduzirá a um período de retorno do investimento reduzido, que possa ser considerado aceitável.

Advanced side information creation techniques and framework for Wyner-Ziv video coding

Recently, several distributed video coding (DVC) solutions based on the distributed source coding (DSC) paradigm have appeared in the literature. Wyner-Ziv (WZ) video coding, a particular case of DVC where side information is made available at the decoder, enable to achieve a flexible distribution of the computational complexity between the encoder and decoder, promising to fulfill novel requirements from applications such as video surveillance, sensor networks and mobile camera phones. The quality of the side information at the decoder has a critical role in determining the WZ video coding rate-distortion (RD) performance, notably to raise it to a level as close as possible to the RD performance of standard predictive video coding schemes. Towards this target, efficient motion search algorithms for powerful frame interpolation are much needed at the decoder. In this paper, the RD performance of a Wyner-Ziv video codec is improved by using novel, advanced motion compensated frame interpolation techniques to generate the side information. The development of these type of side information estimators is a difficult problem in WZ video coding, especially because the decoder only has available some reference, decoded frames. Based on the regularization of the motion field, novel side information creation techniques are proposed in this paper along with a new frame interpolation framework able to generate higher quality side information at the decoder. To illustrate the RD performance improvements, this novel side information creation framework has been integrated in a transform domain turbo coding based Wyner-Ziv video codec. Experimental results show that the novel side information creation solution leads to better RD performance than available state-of-the-art side information estimators, with improvements up to 2 dB: moreover, it allows outperforming H.264/AVC Intra by up to 3 dB with a lower encoding complexity.

Modelação da contribuição do tráfego automóvel para a qualidade do ar em zona industrial

A preocupação sobre a qualidade do ar nas zonas industriais confere aos estudos sobre a qualidade do ar uma importância acrescida. Este trabalho teve como objectivo saber qual a contribuição dos principais poluentes provenientes do tráfego automóvel para a qualidade do ar na zona do parque industrial da Sapec, da Península da Mitrena, concelho de Setúbal, recorrendo ao modelo meteorológico e de qualidade do ar, TAPM (The Air Pollution Model). Neste trabalho analisaram-se dados da estação de monitorização da qualidade do ar, mais próxima da zona de estudo (Subestação) por forma a caracterizar-se a zona em causa, a nível meteorológico e da qualidade do ar. Os dados metereológico desta estação também foram utilizados com o objectivo de se validar os resultados meteorológicos obtidos pelo modelo. Na avaliação da contribuição do tráfego para a qualidade do ar, recorreu-se a um estudo de tráfego realizado pela Estradas de Portugal (EP) em 2004. Este estudo realizou a contagem dos veículos que se dirigiram ao parque industrial nos dias 14 e 15 de Dezembro, num período de 24 horas. A partir dessa contagem e de factores de emissão foi possível determinar a contribuição, de cada classe de veículo, para as concentrações atmosféricas de PM10 (resultantes de processos de combustão e ressuspensão), NOx, CO e HC. A comparação entre os dados meteorológicos simulados e medidos mostram que o modelo teve um bom comportamento, isto é, as discrepâncias entre os valores simulados e medidos foram mínimas. Relativamente à contribuição de cada categoria de veículos para a qualidade do ar, verificou-se que a classe de pesados de mercadorias foi aquela que mais contribui para as emissões de PM10, NOx e HC, enquanto que para as emissões de CO foram os veículos ligeiros de passageiros que tiveram uma maior contribuição. As classes dos motociclos e ciclomotores foram aquelas que tiveram uma menor contribuição para as concentrações atmosféricas de poluentes. Comparando as emissões de PM10 provenientes dos processos de combustão e de ressuspensão conclui-se que a maior percentagem provem da ressuspensão.

Leptonic CP violation

Several topics on CP violation in the lepton sector are reviewed. A few theoretical aspects concerning neutrino masses, leptonic mixing, and CP violation will be covered, with special emphasis on seesaw models. A discussion is provided on observable effects which are manifest in the presence of CP violation, particularly, in neutrino oscillations and neutrinoless double beta decay processes, and their possible implications in collider experiments such as the LHC. The role that leptonic CP violation may have played in the generation of the baryon asymmetry of the Universe through the mechanism of leptogenesis is also discussed.