Pre-processing for noise detection in gene expression classification data

Due to the imprecise nature of biological experiments, biological data is often characterized by the presence of redundant and noisy data. This may be due to errors that occurred during data collection, such as contaminations in laboratorial samples. It is the case of gene expression data, where the equipments and tools currently used frequently produce noisy biological data. Machine Learning algorithms have been successfully used in gene expression data analysis. Although many Machine Learning algorithms can deal with noise, detecting and removing noisy instances from the training data set can help the induction of the target hypothesis. This paper evaluates the use of distance-based pre-processing techniques for noise detection in gene expression data classification problems. This evaluation analyzes the effectiveness of the techniques investigated in removing noisy data, measured by the accuracy obtained by different Machine Learning classifiers over the pre-processed data.

Atividade óptica de um meio dielétrico diluído: Pasteur e as simetrias moleculares

Em 1848 Pasteur conjeturou que a rotação do plano de polarização da luz em um meio diluído é gerada pelas propriedades de simetria das moléculas do meio no qual a luz se propaga. O objetivo do nosso artigo é de mostrar que Pasteur estava correto usando conhecimentos de eletromagnetismo e mecânica quântica de um curso de graduação em física. Faremos um breve retrospecto das ideias básicas da teoria eletromagnética necessárias para o estudo da atividade óptica. A seguir, usando a teoria de perturbações em mecânica quântica e levando em conta as simetrias das moléculas calcularemos a atividade óptica do meio. Mostraremos que as previsões teóricas, que estão plenamente de acordo com os resultados experimentais, comprovam a hipótese de Pasteur.

Treadmill exercise testing of asymptomatic men and women without evidence of heart disease

The aim of this study was to test the hypothesis of differences in performance including differences in ST-T wave changes between healthy men and women submitted to an exercise stress test. Two hundred (45.4%) men and 241 (54.6%) women (mean age: 38.7 ± 11.0 years) were submitted to an exercise stress test. Physiologic and electrocardiographic variables were compared by the Student t-test and the chi-square test. To test the hypothesis of differences in ST-segment changes, data were ranked with functional models based on weighted least squares. To evaluate the influence of gender and age on the diagnosis of ST-segment abnormality, a logistic model was adjusted; P < 0.05 was considered to be significant. Rate-pressure product, duration of exercise and estimated functional capacity were higher in men (P < 0.05). Sixteen (6.7%) women and 9 (4.5%) men demonstrated ST-segment upslope ≥0.15 mV or downslope ≥0.10 mV; the difference was not statistically significant. Age increase of one year added 4% to the chance of upsloping of segment ST ≥0.15 mV or downsloping of segment ST ≥0.1 mV (P = 0.03; risk ratio = 1.040, 95% confidence interval (CI) = 1.002-1.080). Heart rate recovery was higher in women (P < 0.05). The chance of women showing an increase of systolic blood pressure ≤30 mmHg was 85% higher (P = 0.01; risk ratio = 1.85, 95%CI = 1.1-3.05). No significant difference in the frequency of ST-T wave changes was observed between men and women. Other differences may be related to different physical conditioning.

Association of HDL cholesterol and triglycerides with mortality in patients with heart failure

It has been demonstrated that there is an association between serum lipoproteins and survival rate in patients with ischemic cardiomyopathy, as well as in patients with non-ischemic causes of heart failure. We tested the hypothesis of an association between serum lipoprotein levels and prognosis in a cohort of outpatients with heart failure, including Chagas' heart disease. The lipid profile of 833 outpatients with heart failure in functional classes III and IV of the New York Heart Association, with a mean age of 46.9 ± 10.6 years, 655 (78.6%) men and 178 (21.4%) women, was studied from April 1991 to June 2003. The survival rate was estimated by the Kaplan-Meyer's method and the Cox proportional hazards models. Etiology of heart failure was ischemic cardiomyopathy in 171 (21%) patients, Chagas' heart disease in 144 (17%), hypertensive cardiomyopathy in 136 (16%), and other etiologies in 83 (10%). In 299 (36%) patients, heart failure was ascribed to idiopathic dilated cardiomyopathy. Variables significantly associated with mortality were age (hazard ratio, HR = 1.02; 95%CI = 1.01-1.03; P = 0.0074), male gender (HR = 1.77; 95%CI = 1.2-2.62; P = 0.004), idiopathic dilated cardiomyopathy (HR = 1.81; 95%CI = 1.16-2.82; P = 0.0085), serum triglycerides (HR = 0.97; 95%CI = 0.96-0.98; P < 0.0001), and HDL cholesterol (HR = 0.99; 95%CI = 0.99-1.0; P = 0.0280). Therefore, higher serum HDL cholesterol and higher serum triglycerides were associated with lower mortality in this cohort of outpatients with heart failure.

Changes in parents' and self-reports of behavioral problems in Brazilian adolescents after behavioral treatment with urine alarm for nocturnal enuresis

PURPOSE: Compare parents' reports of youth problems (PRYP) with adolescent problems self-reports (APSR) pre/post behavioral treatment of nocturnal enuresis (NE) based on the use of a urine alarm. MATERIALS AND METHODS: Adolescents (N = 19) with mono-symptomatic (primary or secondary) nocturnal enuresis group treatment for 40 weeks. Discharge criterion was established as 8 weeks with consecutive dry nights. PRYP and APSR were scored by the Child Behavior Checklist (CBCL) and Youth Self-Report (YSR). RESULTS: Pre-treatment data: 1) Higher number of clinical cases based on parent report than on self-report for Internalizing Problems (IP) (13/19 vs. 4/19), Externalizing Problems (EP) (7/19 vs. 5/19) and Total Problem (TP) (11/19 vs. 5/19); 2) Mean PRYP scores for IP (60.8) and TP (61) were within the deviant range (T score ≥ 60); while mean PRYP scores for EP (57.4) and mean APSR scores (IP = 52.4, EP = 49.5, TP = 52.4) were within the normal range. Difference between PRYP' and APSR' scores was significant. Post treatment data: 1) Discharge for majority of the participants (16/19); 2) Reduction in the number of clinical cases on parental evaluation: 9/19 adolescents remained within clinical range for IP, 2/19 for EP, and 7/19 for TP. 3) All post-treatment mean scores were within the normal range; the difference between pre and post evaluation scores was significant for PRYP. CONCLUSIONS: The behavioral treatment based on the use of urine alarm is effective for adolescents with mono-symptomatic (primary and secondary) nocturnal enuresis. The study favors the hypothesis that enuresis is a cause, not a consequence, of other behavioral problems.

A forma sem conteúdo e o sujeito sem subjetividade

O objetivo deste ensaio é refletir acerca da relação entre o primado da forma em nossa sociedade, que se expressa também nos âmbitos políticos e educacionais, e a formação de indivíduos pouco diferençados, no que se refere à sua sensibilidade, percepção e pensamento; tem como hipótese que a ênfase na forma, em diversos domínios sociais, em detrimento do conteúdo específico ao qual deveria se vincular contribui com a formação de indivíduos que têm dificuldades de se identificarem entre si e, por isso, de se desenvolver, sendo propensos à frieza, a uma ausência de percepção das contradições e conflitos sociais e a um pensamento basicamente adaptativo. Essa reflexão é desenvolvida tendo como referência obras de pensadores que constituíram a denominada Escola de Frankfurt, tais como T. W. Adorno, M. Horkheimer e H. Marcuse, e a Psicanálise Freudiana.

Julgamentos sobre ações e sentimentos em interpretações de histórias: uma abordagem piagetiana

Este artigo apresenta dados selecionados a partir de pesquisa com 76 crianças de cinco a dez anos sobre interpretações de dois contos de fadas dos Irmãos Grimm: O lobo e os sete cabritinhos e Senhor lobo e senhora gata. O objetivo é discutir os julgamentos das crianças sobre ações e sentimentos de personagens dos contos, baseados nos conceitos de valores, julgamentos e apreciações emocionais, de Piaget. A hipótese geral foi a de que os julgamentos e a capacidade de avaliar sentimentos evoluem com a idade. O método utilizado foi a entrevista clínica piagetiana adaptada aos dois contos. Os resultados indicaram diferenças entre as crianças mais velhas e as mais jovens da amostra, mas as análises estatísticas não apontaram diferenças significativas para comparações entre crianças de faixas etárias mais próximas. Esta pesquisa contribuiu para a discussão sobre o uso de contos de fadas em estudos sobre valorizações afetivas e julgamentos em crianças.

Relações entre preconceito, ideologia e atitudes frente à educação inclusiva

Este artigo analisa atitudes de alunos de um curso de pedagogia frente à educação inclusiva. Parte da hipótese de que o preconceito e a ideologia podem ser obstáculos à inclusão de crianças com deficiência na escola. Foram aplicadas quatro escalas: Manifestação de Preconceito, Atitudes Frente à Educação Inclusiva e Ideologia da Racionalidade Tecnológica, elaboradas por Crochík em 2000, 2003 e 2006, e a escala F, construída por Adorno, Frenkel-Brunswik, Levinson e Sanford em 1950. O estudo foi realizado com 188 estudantes de pedagogia. Os alunos desta amostra tenderam a ser mais favoráveis do que desfavoráveis à educação inclusiva, e foi possível verificar que o preconceito, a adesão à ideologia da racionalidade tecnológica e, implicitamente, ao fascismo, são variáveis que se relacionam às atitudes acerca desse tipo de educação.

Matrizes clínicas e ética em Freud

O presente estudo hipotetiza que as diferentes matrizes clínicas que Freud encontrava em sua prática, e que lhe possibilitavam acréscimos teóricos, direcionaram seus distintos olhares sobre a cultura, fazendo-o privilegiar alguns elementos éticos em detrimento de outros. Desse modo, indicaremos: (1) como a histeria gerou a questão do conflito entre sexualidade e moral na civilização; (2) como a neurose obsessiva possibilitou a entrada dos temas da agressividade e do ódio como entraves contra os quais a cultura se esforça por lutar, assim como a presença marcante no psiquismo da consciência moral e do sentimento de culpa; (3) por fim, como as ditas afecções narcísicas trouxeram a Freud o papel do egoísmo e da destrutividade como inimigos da cultura. Nesse percurso nos aproximaremos das questões ligadas à problematização ética na "psicologia" freudiana e, a partir daí, do destaque que terá a dimensão moral na concepção freudiana do sujeito.

Merluccius hubbsi (Teleostei: Merlucciidae): stock identification based on reproductive biology in the south-southeast brazilian region

The Argentine hake, Merluccius hubbsi, a demersal-pelagic species found from Rio de Janeiro, Brazil to the Tierra del Fuego, Argentina, has become an important target of the Brazilian bottom-trawler fleet since 2001. Earlier studies focusing on the species have suggested that more than one stock might occur off the Brazilian coast, in accordance with environmental features. In order to evaluate this hypothesis, fish were collected from four different areas in the Brazilian waters in which the hake is distributed, during the summers and winters of 1996-2001 and 2004, the females being used to analyze and compare spatial-temporal variations in ovarian maturation. Gonad indexes were also applied for the same purpose. Results indicate a north-south spawning gradient occurring as from summer at around 21°S to winter near 34°S, leading to the identification of two distinct stocks: one located between 21°S and 29°S (Southeastern stock) and the other between 29°S and 34°S (Southern stock), this latter shared with Uruguay and Argentina. Brazilian stocks present clear signs of overexploitation, the situation calling for an urgent solution.

A new species of Trichogenes from the rio Itapemirim drainage, southeastern Brazil, with comments on the monophyly of the genus (Siluriformes: Trichomycteridae)

A new species of the formerly monotypic genus Trichogenes is described from a high-altitude stream of the rio Itapemirim system, an isolated Atlantic drainage in the State of Espírito Santo, southeastern Brazil. Trichogenes claviger, new species, differs from all other trichomycterids by the sexually dimorphic posterior process of the opercle, much elongated in males; the terminal mouth; the deeply bifurcated anterior neural spines and the presence of a large anterodorsal claw-like process on the neural arches of the anterior four free vertebrae. The new species also differs from its only congener, T. longipinnis, by a number of additional traits, including the the lack of branched anal-fin rays in specimens of any size; the broader than long posterior nostril; the deeper head (head depth 72.9-86.6% HL); the presence of a fine dark line along the base of the anal fin; the lack of dark spots on cheeks; the shape of the interopercle; the presence of odontodes on a bony expansion on the posterodorsal margin of the interopercle; the fewer vertebrae (35); the absence of an antorbital; and the fewer pleural ribs (eight). Small juveniles of the new species are also strikingly different from those of all other Trichomycteridae, including T. longipinnis, having a very large lateral eye, an upturned mouth, and compressed head. Trichogenes claviger occurs in shaded sectors of a blackwater sluggish stream with sandy substrate and patchy accumulations of vegetable debris, a habitat markedly different from the rocky torrential environment known for T. longipinnis. A comparison of the internal anatomy of the two species provides the basis for a hypothesis of a monophyletic Trichogenes. Data from the new species further support a sister-group relationship between Trichogeninae and Copionodontinae, as well as the position of that clade as sister group to all remaining Trichomycteridae.

A new species of Glaphyropoma: the first subterranean copionodontine catfish and the first occurrence of opercular odontodes in the subfamily (Siluriformes: Trichomycteridae)

A new species of the rare copionodontine genus Glaphyropoma is described from subterranean waters in the Diamantina Plateau, Bahia State, central northeastern Brazil. This is the first troglomorphic species in the subfamily Copionodontinae. It is distinguished from all other copionodontines by the presence of opercular odontodes, and further distinguished from its only congener, G. rodriguesi, by the reduction of dark integumentary pigmentation. The new species shares the single synapomorphy previously proposed for Glaphyropoma, the marked narrowing of the first hypobranchial and indirect character evidence also supports its inclusion in the genus. The presence of opercular odontodes in the new species, in combination with a reviewed hypothesis of sister group relationship between Copionodontinae and Trichogeninae, indicate that the absence of opercular odontodes in previously-known copionodontines is secondary, rather than primitive.

Índice h de docentes em Saúde Coletiva no Brasil

OBJETIVO: Estimar valores de referência e função de hierarquia de docentes em Saúde Coletiva do Brasil por meio de análise da distribuição do índice h. MÉTODOS: A partir do portal da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, 934 docentes foram identificados em 2008, dos quais 819 foram analisados. O índice h de cada docente foi obtido na Web of Science mediante algoritmos de busca com controle para homonímias e alternativas de grafia de nome. Para cada região e para o Brasil como um todo ajustou-se função densidade de probabilidade exponencial aos parâmetros média e taxa de decréscimo por região. Foram identificadas medidas de posição e, com o complemento da função probabilidade acumulada, função de hierarquia entre autores conforme o índice h por região. RESULTADOS: Dos docentes, 29,8% não tinham qualquer registro de citação (h = 0). A média de h para o País foi 3,1, com maior média na região Sul (4,7). A mediana de h para o País foi 2,1, também com maior mediana na Sul (3,2). Para uma padronização de população de autores em cem, os primeiros colocados para o País devem ter h = 16; na estratificação por região, a primeira posição demanda valores mais altos no Nordeste, Sudeste e Sul, sendo nesta última h = 24. CONCLUSÕES: Avaliados pelos índices h da Web of Science, a maioria dos autores em Saúde Coletiva não supera h = 5. Há diferenças entres as regiões, com melhor desempenho para a Sul e valores semelhantes entre Sudeste e Nordeste.

Histological response study of chronic viral hepatitis C patients treated with interferon alone or combined with ribavirin

Chronic hepatitis C is often a progressive, fibrotic disease that can lead to cirrhosis and other complications. The recommended therapy is a combination of interferon and ribavirin. Besides its antiviral action, interferon is considered to have antifibrotic activity. We examined the outcome of hepatic fibrosis and inflammation in chronic hepatitis C patients who were non-responders to interferon. We made a case series, retrospective study, based on revision of medical records and reassessment of liver biopsies. For inclusion, patients should have been treated with interferon alone or combined with ribavirin, with no virological response (non responders and relapsers) and had a liver biopsy before and after treatment. Histological evaluation included: i-outcome of fibrosis and necroinflammation; ii-annual fibrosis progression rate evaluation, before and after treatment. Seventy-five patients were included. Fifty-seven patients (76%) did not show progression of fibrosis after treatment, compared to six (8%) before treatment (p < 0.001). The mean annual fibrosis progression rate was significantly reduced after treatment (p = 0.036). Inflammatory activity improved in 19 patients (25.3%). The results support the hypothesis of an antifibrotic effect of interferon-based therapy, in non-responder patients. There was evidence of anti-inflammatory effects of treatment in some patients.

Recuperação da freqüência cardíaca após teste de esforço em esteira ergométrica e variabilidade da freqüência cardíaca em 24 horas em indivíduos sadios

FUNDAMENTO: A recuperação da freqüência cardíaca após o eletrocardiograma de esforço em esteira ergométrica é modulada pelo sistema nervoso autônomo. A análise da variabilidade da freqüência cardíaca (VFC) pode fornecer informações valiosas sobre o controle do sistema nervoso autônomo sobre o sistema cardiovascular. OBJETIVO: O objetivo deste estudo foi testar a hipótese de associação entre a recuperação da freqüência cardíaca após teste de esforço em esteira ergométrica e a variabilidade da freqüência cardíaca. MÉTODOS: Foram estudamos 485 indivíduos sem evidência de cardiopatia com média de idade de 42± 12,1 (faixa etária de 15 a 82) anos, 281 (57.9%) dos quais do sexo feminino, submetidos a um teste de esforço em esteira ergométrica e avaliação da VFC nos domínios do tempo (SDNN, SDANN, SDNNi, rMSSD e pNN50) e da freqüência (LF, HF, VLF e razão LF/HF) durante monitoramento eletrocardiográfico ambulatorial de 24 horas. RESULTADOS: A recuperação da freqüência cardíaca foi de 30 ± 12 batimentos no 1º minuto e 52± 13 batimentos no 2º minuto após o exercício. Os indivíduos mais jovens de recuperaram mais rápido do 2º ao 5º minuto após o exercício (r = 0,19-0,35, P < 0,05). As mulheres se recuperaram mais rápido que os homens (4 ± 1,1 batimentos a menos no 1º minuto, p < 0,001; 5,7 ± 1,2 batimentos a menos no 2º minuto, p < 0,01; e 4,1± 1,1 batimentos a menos no 3º minuto, p < 0.001). Não houve correlação significante entre a recuperação da freqüência cardíaca e a VFC no 1º e 2º minutos após o exercício. Os índices SDNN, SDANN, SDNNi, rMSSD e pNN50 só apresentaram uma correlação significante com a recuperação da freqüência cardíaca no 3º e 4º minutos. CONCLUSÃO: A hipótese de associação entre recuperação da freqüência cardíaca e VFC em 24 horas nos primeiros dois minutos após o exercício não foi comprovada neste estudo. A recuperação da freqüência cardíaca foi associada com idade e sexo.