Molecular markers and genetic diversity of Plasmodium vivax

Enhanced understanding of the transmission dynamics and population genetics for Plasmodium vivax is crucial in predicting the emergence and spread of novel parasite phenotypes with major public health implications, such as new relapsing patterns, drug resistance and increased virulence. Suitable molecular markers are required for these population genetic studies. Here, we focus on two groups of molecular markers that are commonly used to analyse natural populations of P. vivax. We use markers under selective pressure, for instance, antigen-coding polymorphic genes, and markers that are not under strong natural selection, such as most minisatellite and microsatellite loci. First, we review data obtained using genes encoding for P. vivax antigens: circumsporozoite protein, merozoite surface proteins 1 and 3α, apical membrane antigen 1 and Duffy binding antigen. We next address neutral or nearly neutral molecular markers, especially microsatellite loci, providing a complete list of markers that have already been used in P. vivax populations studies. We also analyse the microsatellite loci identified in the P. vivax genome project. Finally, we discuss some practical uses for P. vivax genotyping, for example, detecting multiple-clone infections and tracking the geographic origin of isolates.

The impact of spatial data redundancy on SOLAP query performance

Geographic Data Warehouses (GDW) are one of the main technologies used in decision-making processes and spatial analysis, and the literature proposes several conceptual and logical data models for GDW. However, little effort has been focused on studying how spatial data redundancy affects SOLAP (Spatial On-Line Analytical Processing) query performance over GDW. In this paper, we investigate this issue. Firstly, we compare redundant and non-redundant GDW schemas and conclude that redundancy is related to high performance losses. We also analyze the issue of indexing, aiming at improving SOLAP query performance on a redundant GDW. Comparisons of the SB-index approach, the star-join aided by R-tree and the star-join aided by GiST indicate that the SB-index significantly improves the elapsed time in query processing from 25% up to 99% with regard to SOLAP queries defined over the spatial predicates of intersection, enclosure and containment and applied to roll-up and drill-down operations. We also investigate the impact of the increase in data volume on the performance. The increase did not impair the performance of the SB-index, which highly improved the elapsed time in query processing. Performance tests also show that the SB-index is far more compact than the star-join, requiring only a small fraction of at most 0.20% of the volume. Moreover, we propose a specific enhancement of the SB-index to deal with spatial data redundancy. This enhancement improved performance from 80 to 91% for redundant GDW schemas.

Spatial analysis of urban violence based on emergency room data

OBJECTIVE: To estimate the spatial intensity of urban violence events using wavelet-based methods and emergency room data. METHODS: Information on victims attended at the emergency room of a public hospital in the city of São Paulo, Southeastern Brazil, from January 1, 2002 to January 11, 2003 were obtained from hospital records. The spatial distribution of 3,540 events was recorded and a uniform random procedure was used to allocate records with incomplete addresses. Point processes and wavelet analysis technique were used to estimate the spatial intensity, defined as the expected number of events by unit area. RESULTS: Of all georeferenced points, 59% were accidents and 40% were assaults. There is a non-homogeneous spatial distribution of the events with high concentration in two districts and three large avenues in the southern area of the city of São Paulo. CONCLUSIONS: Hospital records combined with methodological tools to estimate intensity of events are useful to study urban violence. The wavelet analysis is useful in the computation of the expected number of events and their respective confidence bands for any sub-region and, consequently, in the specification of risk estimates that could be used in decision-making processes for public policies.

Opiniões e atitudes em relação à sexualidade: pesquisa de âmbito nacional, Brasil 2005

OBJETIVO: Descrever opiniões e atitudes sobre sexualidade da população urbana brasileira. MÉTODOS: Inquérito de base populacional realizado em 2005, em amostra representativa de 5.040 entrevistados. Realizou-se análise das atitudes diante da iniciação e educação sexual de adolescentes, considerando sexo, idade, escolaridade, renda, estado civil, religião, cor, região geográfica e opiniões sobre fidelidade, homossexualidade e masturbação. Os resultados foram contrastados com pesquisa similar realizada em 1998, sempre que possível. RESULTADOS: A maioria dos entrevistados escolheu como significado para o sexo a alternativa: "sexo é uma prova de amor". Como em 1998, a maioria manifestou-se pela iniciação sexual dos jovens depois do casamento (63,9% para iniciação feminina vs. 52,4% para a masculina), com diferenças entre praticantes das diversas religiões. A educação escolar de adolescentes sobre o uso do preservativo foi apoiada por 97% dos entrevistados, de todos os grupos sociais. Foi elevada a proporção de brasileiros que concordaram com o acesso ao preservativo nos serviços de saúde (95%) e na escola (83,6%). A fidelidade permaneceu um valor quase unânime e aumentou, em 2005, a proporção dos favoráveis à iniciação sexual depois do casamento, assim como a aceitação da masturbação e da homossexualidade, em relação à pesquisa de 1998. As gerações mais novas tendem a ser mais tolerantes e igualitárias. CONCLUSÕES: Como observado em outros países, confirma-se a dificuldade de estabelecer uma dimensão única que explique a regulação da vida sexual ("liberal" vs "conservador"). Sugere-se que a normatividade relativa à atividade sexual deva ser compreendidas à luz da cultura e organização social da sexualidade ao nível local, auscultadas pelos programas de DST/Aids. A opinião favorável ao acesso livre ao preservativo na escola contrasta com resultados mais lentos no âmbito do combate ao estigma e à discriminação das minorias homossexuais. A formulação de políticas laicas dedicadas à sexualidade permitirá o diálogo entre diferentes perspectivas.

Revision of the species of the genus Cathorops (Siluriformes: Ariidae) from Mesoamerica and the Central American Caribbean, with description of three new species

The ariid genus Cathorops includes species that occur mainly in estuarine and freshwater habitats of the eastern and western coasts of southern Mexico, Central and South America. The species of Cathorops from the Mesoamerica (Atlantic slope) and Caribbean Central America are revised, and three new species are described: C. belizensis from mangrove areas in Belize; C. higuchii from shallow coastal areas and coastal rivers in the Central American Caribbean, from Honduras to Panama; and C. kailolae from río Usumacinta and lago Izabal basins in Mexico and Guatemala. Additionally, C. aguadulce, from the río Papaloapan basin in Mexico, and C. melanopus from the río Motagua basin in Guatemala and Honduras, are redescribed and their geographic distributions are revised.

Registros novos e adicionais de teleósteos marinhos na costa brasileira

São apresentadas novas informações sobre a distribuição geográfica de algumas espécies de peixes teleósteos que ocorrem na costa brasileira, incluindo duas espécies que nunca haviam sido registradas em nossas águas. Os serranídeos Pseudogramma gregoryi (assinalado da Flórida à Venezuela) e Plectranthias garrupellus (registrado da Carolina do Norte ao Caribe) foram encontrados, respectivamente, na costa do Ceará e na costa sudeste-sul do Brasil. São aqui mencionados e discutidos os dois primeiros registros do gênero Caristius (Caristiidae) no Brasil, bem como os primeiros registros na costa sudeste-sul do Brasil das espécies Enchelycore carychroa (Muraenidae), e Chilomycterus antillarum (Diodontidae), e da espécie Neobythites brasiliensis(Bythitidae) no nordeste do Brasil. É também assinalada a ocorrência mais setentrional do pargo Calamus mu (Sparidae), uma espécie até então circunscrita à região entre o Espírito Santo e São Paulo, e são discutidos os registros adicionais de Bascanichthys paulensis (Ophichthidae), Nezumia aequalis (Macrouridae), Antigonia combatia (Caproidae) e Notolycodes schmidti (Zoarcidae) na costa brasileira.

Molecular phylogeny of the Myzorhynchella Section of Anopheles (Nyssorhynchus) (Diptera: Culicidae): genetic support for recently described and resurrected species

Phylogenetic relationships among species of the Myzorhynchella Section of Anopheles (Nyssorhynchus) were investigated using the nuclear ribosomal DNA second internal transcribed spacer (ITS2), the nuclear whitegene and mitochondrial cytochrome oxidase subunit I (COI) regions. The recently described Anopheles pristinus and resurrected Anopheles guarani were also included in the study. Bayesian phylogenetic analyses found Anopheles parvus to be the most distantly related species within the Section, a finding that is consistent with morphology. An. pristinus and An. guarani were clearly resolved from Anopheles antunesi and Anopheles lutzii, respectively. An. lutzii collected in the same mountain range as the type locality were found within a strongly supported clade, whereas individuals from the southern state of Rio Grande do Sul, tentatively identified as An. lutzii based on adult female external morphology, were distinct from An. lutzii, An. antunesi and from each other, and may therefore represent two new sympatric species. A more detailed examination of An. lutzii sensu latoalong its known geographic range is recommended to resolve these anomalous relationships.

Magnetic fields and acute lymphoblastic leukemia in children: a systematic review of case-control studies

Leukemia incidence in children has increased worldwide in recent decades, particularly due to the rise in acute lymphoblastic leukemia. Studies have associated exposure to non-ionizing radiation generated by low frequency magnetic fields with childhood leukemia. The current article reviews the case-control studies published on this subject. Of 152 articles tracked in different databases, ten studies from North America, Asia, and Europe met the defined selection criteria, with patients diagnosed from 1960 to 2004. Methodological limitations were observed in these articles, including difficulties with the procedures for assessing exposure. An association may exist between exposure to low frequency magnetic fields and acute lymphoblastic leukemia in children, but this association is weak, preventing the observation of consistency in the findings. Future studies from a wider range of geographic regions should focus on the analysis of acute lymphoblastic leukemia, which is the subtype with the greatest impact on the increasing overall incidence of childhood leukemia.

Análise espacial e sazonal da leptospirose no município de São Paulo, SP, 1998 a 2006

OBJETIVO: Analisar a distribuição espacial e sazonal da leptospirose, identificando possíveis componentes ecológicos e sociais para a sua transmissão. MÉTODOS: Foram georreferenciados 2.490 casos em cada distrito do município de São Paulo, SP, registrados de 1998 a 2006. Os dados foram obtidos do Sistema de Informação de Agravos de Notificação. Foram realizados mapas temáticos com as variáveis taxa de incidência, letalidade, taxa de alfabetização, renda média mensal, número de moradores por domicilio, abastecimento de água e rede de esgoto. Para identificar o padrão espacial (disperso, em aglomerado ou randômico), foram analisadas pelo Índice de Moran global e local. Foi utilizado o coeficiente de correlação de Spearman para testar associações entre as variáveis com padrão espacial em aglomerados. RESULTADOS: O padrão espacial em aglomerados foi observado nas variáveis taxa de incidência de leptospirose, taxa de alfabetização, renda média mensal, número de moradores por domicílio, abastecimento de água e rede de esgoto. Foram notificados 773 casos no período seco e 1.717 no úmido. A incidência e a letalidade estão correlacionadas com as condições socioeconômicas da população, independentemente do período. CONCLUSÕES: A leptospirose está distribuída por todo o município de São Paulo e sua incidência aumenta no período das chuvas. No período seco, os locais de aparecimento dos casos coincidem com as áreas de piores condições de moradia e, durante o período úmido, também aumenta em outros distritos, provavelmente devido à proximidade de rios e córregos.

Programa de Controle da Doença de Chagas no Estado de São Paulo: aspectos soroepidemiológicos em microrregiões geográficas homogêneas

A infecção chagásica foi averiguada entre moradores de duas microrregiões geográficas homogêneas do Estado de São Paulo, entre os anos de 1976 a 1980. Campos de Itapetininga, na região de Sorocaba e Encosta Ocidental da Mantiqueira Paulista, na região de Campinas, foram áreas de colonização de Triatoma infestans, no passado, tendo permanecido, na primeira, até o início da década de 70, como reduto da espécie no estado. Atualmente as duas áreas são colonizadas por triatomíneos da espécie Panstrongylus megistus. Perfis de títulos sorológicos caracterizaram ambas as microrregiões como áreas de baixa endemicidade; a interrupção da transmissão foi mais precoce na Encosta, com diferença de 17 anos, em média. Em Campos de Itapetininga, a intensa exposição ao vetor é traduzida pela sororreatividade observada nas idades superiores a 20 anos, correspondentes aos nascidos antes de 1956. Dentre os nascidos entre 1972 e 1977, nessa área, permanece uma baixa positividade, podendo, também, associar-se à transmissão congênita. Na Encosta, a média de idade dos sororreagentes corresponde a nascimentos na década de 1930; os níveis de positividade variaram nos municípios que a compõe segundo o desenvolvimento de capital. Após 1984, com a adoção de novos critérios para o uso da sorologia no Programa de Controle, o encontro de sororreagente não tem sido associado estatisticamente a moradores notificantes de domicílios com presença de triatomíneos.

Leishmaniose tegumentar americana no Litoral Norte Paulista, período 1993 a 2005

A leishmaniose tegumentar americana adquiriu caráter epidêmico no Litoral Norte Paulista, desde a década de 1990. A partir de dados secundários, realizou-se estudo descritivo da doença no período de 1993 a 2005 nos quatro municípios que compõem a região e analisou-se a freqüência dos flebotomíneos capturados nos locais prováveis de transmissão. Foram notificados 689 casos autóctones de leishmaniose tegumentar, com casos isolados e agrupados, determinando uma distribuição espacial heterogênea, com sincronismo na manifestação e ciclicidade, em intervalo de seis a oito anos. Todas as faixas etárias foram acometidas, com ligeiro predomínio do sexo masculino, sem associação com uma ocupação. Capturou-se 2.758 flebotomíneos e a espécie Nyssomyia intermedia predominou (80,4%), no peri e intradomicílio. A doença apresentou perfil de transmissão peri e intradomiciliar, entre o periurbano e a mata, e no interior da mata. Neste caso, a transmissão estaria mais relacionada com os focos enzoóticos.

O impacto da osteoporose no Brasil: dados regionais das fraturas em homens e mulheres adultos - The Brazilian Osteoporosis Study (BRAZOS)

INTRODUÇÃO/OBJETIVOS: O BRAZOS (The Brazilian Osteoporosis Study) é um estudo epidemiológico, de base populacional, realizado em amostra representativa de mulheres e homens brasileiros, de idade superior a 40 anos, com o objetivo de identificar os principais fatores clínicos de risco associados com fratura por baixo impacto. Nesse artigo são apresentados os principais resultados do estudo, de acordo com cada região do país. PACIENTES E MÉTODOS: Um total de 2.420 indivíduos, provenientes das cinco regiões do país e de todas as classes socioeconômicas foram incluídos no estudo. Foram avaliados dados antropométricos, bem como aspectos relacionados aos hábitos de vida, fraturas, ingestão alimentar, atividade física, quedas e qualidade de vida por meio de entrevista individual e quantitativa. Fratura por baixo impacto foi definida como aquela decorrente de queda da própria altura ou menos. Valor de P < 0,05 foi considerado como estatisticamente significante. RESULTADOS: Não houve diferença estatisticamente significativa da prevalência de fratura nas cinco regiões do Brasil, de acordo com o sexo ou classe social. No entanto, nas mulheres, houve maior ocorrência de fraturas na região metropolitana do que nos municípios do interior dos estados e tendência a maior frequência de fraturas em homens da região nordeste. Não foi verificada diferença estatisticamente significativa de fraturas se os homens eram provenientes das capitais ou do interior dos estados. CONCLUSÕES: De acordo com os nossos resultados, não foi observada diferença significativa da prevalência de fraturas por baixo impacto nem da frequência ou relevância de fatores de risco entre as cinco regiões do Brasil.

Vinculação determinística de Bancos de Dados sobre mortalidade por Aids

A vinculação determinística de bancos de dados sobre mortalidade por aids tem apresentado problemas causados por falhas nos arquivos. Assim, os objetivos deste estudo foram: avaliar o desempenho da vinculação determinística em bancos de óbito por aids do Programa de Aprimoramento das Informações de Mortalidade no Município de São Paulo (PRO-AIM) e da Fundação SEADE entre os anos de 2000 e 2004 e estimar a cobertura de cada banco. Utilizou-se a rotina merge de um software para vincular os bancos. A primeira etapa pareou os registros automaticamente e, na segunda etapa, cada banco foi conferido para localizar novos pares. Estimaram-se os óbitos pela soma entre casos pareados e não pareados para calcular a cobertura dos bancos. A primeira etapa da vinculação identificou 91,6% dos pares. A segunda etapa adicionou 457 pares. O total de óbitos foi estimado em 5.855, com cobertura de 97,1% do PRO-AIM e 96% do SEADE. O uso da vinculação determinística cobriu grande parte dos casos. O banco do PRO-AIM proporcionou a maior cobertura, com maior quantidade de informações completas e melhor localização geográfica dos casos.

O tratamento cartográfico da informação em saúde do trabalhador

Apesar do reconhecimento da importância dos conhecimentos geográficos e do uso das ferramentas de análise espacial nos estudos da saúde coletiva, esse é um campo ainda pouco explorado pelos pesquisadores brasileiros. Em levantamento realizado nas principais revistas científicas que veiculam os resultados de pesquisa em saúde do trabalhador, verificou-se o grande predomínio do uso de tabelas e gráficos como meio de organizar e apresentar os resultados obtidos, e o número reduzido de mapas. Para isso foram examinados todos os artigos publicados em quatro periódicos (Revista de Saúde Pública, Cadernos de Saúde Pública, Revista Saúde e Sociedade e Revista Brasileira de Epidemiologia) no período de 1967 a 2009. Uma vez analisado o conjunto de artigos selecionados no estudo, aqueles que utilizaram representações cartográficas receberam atenção especial. Verificou-se que, embora ainda pouco utilizadas, as ferramentas do geoprocessamento e da geoestatística com suporte em SIG abrem um campo de novas possibilidades no uso da cartografia temática em saúde do trabalhador no Brasil. Contudo, recomenda-se para os editores das revistas científicas o detalhamento de normas técnicas para publicação de figuras cartográficas, assim como a elaboração de pareceres específicos que possam auxiliar os autores em vista das modificações necessárias para a melhoria da qualidade da comunicação visual de mapas e da correlação espacial por meio do tratamento cartográfico.

Tecnologias para investigação da DAC: relação entre publicações científicas e utilização clínica

FUNDAMENTO: Apesar de algumas evidências sugerirem associação entre a exposição de uma tecnologia na literatura científica e sua difusão na prática clínica, poucos estudos avaliaram essa associação. OBJETIVO: O objetivo deste estudo é analisar se o padrão de publicação científica sobre duas tecnologias competitivas utilizadas na avaliação da doença arterial coronária (DAC) reflete o que ocorre na prática clínica. MÉTODOS: Avaliou-se o número de artigos científicos publicados anualmente na literatura médica (interesse científico global na tecnologia) sobre duas tecnologias utilizadas na avaliação da doença arterial coronária: tomografia computadorizada por feixe de elétrons e tomografia computadorizada com múltiplos detectores. Foi também analisado o número de países que publicam anualmente artigos científicos sobre essas tecnologias (interesse geográfico na tecnologia). RESULTADOS: A tomografia computadorizada por feixe de elétrons (electron beam computed tomography - EBCT) apresentou ápice de "interesse científico global" em 2001, com 127 artigos publicados. Após esse ápice, o "interesse científico global" diminuiu cerca de 50% em 2008. Em oposição, o "interesse científico global" pela tomografia computadorizada com múltiplos detectores (multidetector computed tomography - MDCT) aumentou progressivamente até 2007, com 454 artigos publicados nesse ano. O "interesse científico geográfico" pela EBCT teve ápice em 2002, com 14 países publicando sobre essa tecnologia. Após esse ápice, "o interesse científico geográfico" declinou em quase 25% até 2008, com 11 países publicando artigos sobre essa tecnologia. Em oposição, o "interesse científico geográfico" pela MDCT aumentou progressivamente até 2008, com 37 países publicando artigos sobre ela. CONCLUSÃO: A literatura científica médica é compatível com a substituição da EBCT pela MDCT na avaliação da DAC.