Implication du virus Epstein-Barr ainsi que de la protéine virale EBNA1 dans la modification de l’épissage alternatif et dans le développement du cancer de l’estomac

Le virus Epstein-Barr est un des virus dotés de propriétés oncogéniques. Ceci est inquiétant car le virus est présent sous forme d’infection latente dans 95% de la population adulte au niveau mondial. Bien que ce virus soit associé surtout aux lymphomes, d’autres types de cancer sont aussi connus par leur association à cette infection tels que le carcinome gastrique. En fait, 10% de tous les cas de carcinome gastrique sont associés à la présence du virus Epstein-Barr. Plusieurs protéines du virus ont été étudiées individuellement afin d’établir leurs propriétés oncogéniques. Parmi celles-ci, la protéine virale EBNA1 joue un rôle important au niveau de la carcinogénèse et son expression est détectée au niveau des tissus gastriques cancéreux associés à l’infection par le virus Epstein-Barr. Des études réalisées au cours de ces dernières années montrent la relation entre un patron aberrant de l’épissage alternatif des ARN messagers et différents types de cancer, comme le cancer du sein et de la prostate. Les travaux de recherche présentés dans ce mémoire visent à établir si le virus Epstein-Barr est capable de changer le patron d’épissage alternatif au niveau des tissus cancéreux de l’estomac. L’utilisation de données de séquençage à haut débit fait sur des tissus cancéreux et tissus sains d’estomac (infectés ou non par le virus Epstein-Barr) permettra d’estimer les changements au niveau du patron d’épissage alternatif en relation à l’état des tissus et de la présence du virus Epstein-Barr. Les résultats obtenus nous montrent que l’épissage alternatif de plus de 500 gènes est altéré lorsque le virus est présent. Parmi ces gènes plusieurs codent pour des facteurs d’épissage, des facteurs de transcription, et des suppresseurs de tumeurs qui pourraient être impliqués dans le processus de développement du cancer. Finalement, nos résultats montrent que le patron d’épissage alternatif d’une cellule est modifié lorsque celle-ci est infectée par le virus Epstein-Barr ou qu’elle exprime une de ses protéines virales EBNA1, et ces altérations touchent plusieurs gènes impliqués dans des processus biologiques et qui semblent favoriser le développement du cancer.

Caractérisation du repliement en temps réel du riborégulateur adénine

Vers la fin des années 1990 et au début des années 2000, l’idée que l’ARN puisse interagir directement avec de petits métabolites pour contrôler l’expression de certains gènes devient de plus en plus acceptée. Des recherches menées à cette époque ont permis la découverte de plusieurs structures d’ARN hautement conservées nommées riborégulateurs. La structure de ces ARN leur permet de reconnaître spécifiquement un ligand. La reconnaissance du ligand entraîne ensuite un changement de conformation dans l’ARN responsable du contrôle de l’expression génétique. Le but de cette thèse est d’étudier la structure et les changements de conformation du riborégulateur associé au gène add liant l’adénine chez Vibrio vulnificus. Ce riborégulateur étant relativement simple, les informations recueillies lors de cette étude pourront servir à comprendre le fonctionnement de riborégulateurs plus complexes. Dans l’introduction, la découverte des riborégulateurs sera décrite en plus des caractéristiques particulières et de l’importance de ces ARN. Par la suite, quelques exemples démontrant l’importance des structures d’ARN seront abordés. Ensuite, les techniques de fluorescence utilisées pour étudier les structures d’ARN au cours de cette thèse seront présentées. Enfin, les recherches effectuées sur les riborégulateurs adénine seront détaillées afin d’aider le lecteur à bien comprendre le type de riborégulateur au centre de cette thèse. Le chapitre 1 traite du repliement de l’aptamère suite à la liaison avec l’adénine. Dans ce chapitre, il est démontré que l’aptamère peut adopter trois conformations. Une modification de la séquence de l’aptamère de type sauvage a permis d’isoler ces trois conformations. Il a ensuite été possible d’identifier les caractéristiques propres à chacun des états. Le chapitre 2 s’intéresse à une région précise du riborégulateur adénine. Dans ce chapitre, la conformation du cœur de l’aptamère est étudiée plus en profondeur. Il y est possible de constater que le repliement du cœur de l’aptamère influence l’interaction boucle-boucle en présence de magnésium et de ligand. De plus, la présence de ligand, en concentration suffisante, permet le repliement du cœur et favorise le rapprochement des tiges P2 et P3 dans un aptamère muté pour empêcher la formation de l’interaction boucle-boucle. Il semble donc que le repliement du cœur de l’aptamère influence la structure globale de l’aptamère. Finalement, les travaux présentés dans les chapitres 1 et 2 seront mis en contexte avec la littérature scientifique disponible. Cette discussion tentera de réconcilier certaines observations contradictoires. Il sera ensuite question de l’impact que les travaux présentés dans cette thèse peuvent avoir dans le domaine de l’ARN. Enfin, quelques études à réaliser en continuité avec ces travaux seront proposées.

Analyse des conséquences sociales québécoises de l’exportation d’eau en vrac du Québec vers les États-Unis

L’eau est un enjeu majeur en environnement autant d’un point de vue de sa qualité que de sa quantité. Cependant, des pénuries d’eau douce se font de plus en plus sentir à travers le monde. Par ailleurs, les États-Unis n’en sont pas exemptés. En effet, l’ouest du pays constate que les réserves diminuent constamment. Dans le passé, une compagnie californienne s’était déjà tournée vers le Canada afin d’en acheter une certaine quantité en vrac dans le dessein d’en assurer son approvisionnement. Le Québec, étant un voisin des Américains, ne peut se permettre d’écarter la question de l’exportation d’eau en vrac, d’autant plus qu’il est évident qu’une activité de cette envergure crée des impacts sur l’environnement et la société. C’est pourquoi cet essai a pour objectif d’identifier si la vente de l’eau douce en vrac du Québec vers les États-Unis implique des conséquences pour les citoyens québécois. Une analyse multicritère a été réalisée afin d’atteindre l’objectif principal de cet l’essai. Cette dernière consiste en l’évaluation des différents aspects de l’exportation d’eau douce selon une optique sociale. Ainsi, neuf critères ont été créés. Ils sont répartis en quatre catégories, soit sociale, économique, législative et les relations internationales. Suite aux résultats obtenus lors de l’évaluation des critères, il est possible d’affirmer que la vente de l’eau québécoise aurait des incidences sur la population. Cette analyse nous permet de conclure que, d’un côté, les citoyens accordent une grande valeur à la ressource et qu’ils seraient plutôt d’accord à exporter l’eau. Néanmoins, d’un autre côté, les critères concernant la relation de pouvoir entre le pays amont et celui aval ainsi que les conséquences qu’implique l’Accord de libre-échange nord-américain viennent causer des répercussions négatives pour les citoyens. Les principales conséquences négatives concernent davantage le milieu international. Par contre, le Québec a peu ou pas d’influence à ce niveau, c’est pourquoi l’ensemble des recommandations effectuées porte sur des dispositions que la province pourrait envisager à l’interne afin de limiter les incidences sur sa population et son environnement. L’accent est donc mis sur des mesures permettant de mieux gérer la ressource et de la consommer de manière responsable. Ainsi, il est recommandé de mettre en place une gestion intégrée de l’eau par bassin versant, de fixer une quantité maximale pour l’exportation, d’installer des compteurs d’eau, de revoir la facturation de l’eau et, finalement, communiquer l’information aux citoyens dans l’optique de les renseigner, mais aussi de les impliquer dans la protection de l’eau au Québec.

Modélisation en bandes C et X de la rétrodiffusion de couverts de neige sèche : évaluation de l’apport de l’approximation quasi-cristalline pour les milieux denses.

La compréhension et la modélisation de l’interaction de l’onde électromagnétique avec la neige sont très importantes pour l’application des technologies radars à des domaines tels que l’hydrologie et la climatologie. En plus de dépendre des propriétés de la neige, le signal radar mesuré dépendra aussi des caractéristiques du capteur et du sol. La compréhension et la quantification des différents processus de diffusion du signal dans un couvert nival s’effectuent à travers les théories de diffusions de l’onde électromagnétique. La neige, dans certaines conditions, peut être considérée comme un milieu dense lorsque les particules de glace qui la composent y occupent une fraction volumique considérable. Dans un tel milieu, les processus de diffusion par les particules ne se font plus de façon indépendante, mais de façon cohérente. L’approximation quasi-cristalline pour les milieux denses est une des théories élaborées afin de prendre en compte ces processus de diffusions cohérents. Son apport a été démontré dans de nombreuses études pour des fréquences > 10 GHz où l’épaisseur optique de la neige est importante et où la diffusion de volume est prédominante. Par contre, les capteurs satellitaires radar présentement disponibles utilisent les bandes L (1-2GHz), C (4-8GHz) et X (8-12GHz), à des fréquences principalement en deçà des 10 GHz. L’objectif de la présente étude est d’évaluer l’apport du modèle de diffusion issu de l’approximation quasi-cristalline pour les milieux denses (QCA/DMRT) dans la modélisation de couverts de neige sèches en bandes C et X. L’approche utilisée consiste à comparer la modélisation de couverts de neige sèches sous QCA/DMRT à la modélisation indépendante sous l’approximation de Rayleigh. La zone d’étude consiste en deux sites localisés sur des milieux agricoles, près de Lévis au Québec. Au total 9 champs sont échantillonnés sur les deux sites afin d’effectuer la modélisation. Dans un premier temps, une analyse comparative des paramètres du transfert radiatif entre les deux modèles de diffusion a été effectuée. Pour des paramètres de cohésion inférieurs à 0,15 à des fractions volumiques entre 0,1 et 0,3, le modèle QCA/DMRT présentait des différences par rapport à Rayleigh. Un coefficient de cohésion optimal a ensuite été déterminé pour la modélisation d’un couvert nival en bandes C et X. L’optimisation de ce paramètre a permis de conclure qu’un paramètre de cohésion de 0,1 était optimal pour notre jeu de données. Cette très faible valeur de paramètre de cohésion entraîne une augmentation des coefficients de diffusion et d’extinction pour QCA/DMRT ainsi que des différences avec les paramètres de Rayleigh. Puis, une analyse de l’influence des caractéristiques du couvert nival sur les différentes contributions du signal est réalisée pour les 2 bandes C et X. En bande C, le modèle de Rayleigh permettait de considérer la neige comme étant transparente au signal à des angles d’incidence inférieurs à 35°. Vu l’augmentation de l’extinction du signal sous QCA/DMRT, le signal en provenance du sol est atténué d’au moins 5% sur l’ensemble des angles d’incidence, à de faibles fractions volumiques et fortes tailles de grains de neige, nous empêchant ainsi de considérer la transparence de la neige au signal micro-onde sous QCA/DMRT en bande C. En bande X, l’augmentation significative des coefficients de diffusion par rapport à la bande C, ne nous permet plus d’ignorer l’extinction du signal. La part occupée par la rétrodiffusion de volume peut dans certaines conditions, devenir la part prépondérante dans la rétrodiffusion totale. Pour terminer, les résultats de la modélisation de couverts de neige sous QCA/DMRT sont validés à l’aide de données RADARSAT-2 et TerraSAR-X. Les deux modèles présentaient des rétrodiffusions totales semblables qui concordaient bien avec les données RADARSAT-2 et TerraSAR-X. Pour RADARSAT-2, le RMSE du modèle QCA/DMRT est de 2,52 dB en HH et 2,92 dB en VV et pour Rayleigh il est de 2,64 dB en HH et 3,01 dB en VV. Pour ce qui est de TerraSAR-X, le RMSE du modèle QCA/DMRT allait de 1,88 dB en HH à 2,32 dB en VV et de 2,20 dB en HH à 2,71 dB en VV pour Rayleigh. Les valeurs de rétrodiffusion totales des deux modèles sont assez similaires. Par contre, les principales différences entre les deux modèles sont bien évidentes dans la répartition des différentes contributions de cette rétrodiffusion totale.

L'organisation sociale des femelles chamois (Rupicapra rupicapra) dans une aire protégée

L’organisation sociale est un élément important dans la biologie d’une espèce. Dans le monde animal, il existe différents types d’organisation sociale. Certaines espèces affichent un comportement solitaire, tandis que d’autres sont grégaires. Lorsque la socialité est favorisée, une organisation sociale de type communautaire peut prendre forme, où les liens d’associations sont majoritairement entre les individus des mêmes communautés. Ces liens peuvent être modulés par des associations préférentielles, par des stratégies comportementales ou par un apparentement génétique. Cependant, l’organisation sociale est soumise à des changements avec la mortalité, les naissances, l’immigration et l’émigration des individus. Ces variables démographiques peuvent altérer les relations sociales et par le fait même l’organisation sociale. L’analyse des réseaux sociaux est utilisée pour représenter et analyser la structure sociale d’une population. Cette technique permet de quantifier la structure de communauté d’un réseau. En utilisant une base de données d’observations obtenues sur plusieurs années, mon projet de maitrise explore l’organisation sociale chez les femelles chamois (Rupicapra rupicapra) au Parc des Alpes Maritimes, Italie. La base de tous les comportements sociaux est l’association. L’interaction dyadique entre deux individus est la principale voie pour le transfert de l'information. En utilisant ces associations, j’ai reconstruit, sur une base annuelle, la structure sociale des femelles chamois. Une fois la structure sociale établie, j’ai discerné les différentes communautés présentes dans la population. J’ai ensuite effectué une analyse de stabilité des communautés et déterminé si la composition des communautés répondait à un apparentement génétique. Les chamois femelles ont une organisation sociale impliquant des communautés avec de multiples liens d’associations à l’intérieur, mais quelque peu dirigés à l’extérieur de ces communautés. Les relations sociales d’une femelle chamois sont généralement conservées d’une année à l’autre. De plus, ces communautés attestent d’une grande stabilité inter annuelle. Peu d’individus changent de communauté d’une année à l’autre. Le changement de communauté est associé avec un faible nombre de liens d’associations et également avec des groupes de faible taille. Les communautés détectées ne semblent pas être basées sur un apparentement génétique. Grâce à l’analyse des réseaux sociaux, mes travaux de maîtrise sont les premiers à quantifier statistiquement l’organisation sociale des femelles chamois. Grâce à l’exploration de l’organisation sociale de ces femelles chamois, nos résultats apporteront de nouvelles informations sur les ongulés alpins et permettront une gestion adéquate des populations.

Une approche algorithmique des difficultés de raisonnement clinique : étude d’utilité, d’acceptabilité et de faisabilité

Résumé: INTRODUCTION Si les cliniciens enseignants détectent aisément les difficultés des apprenants, ils sont souvent peu outillés pour les étapes subséquentes, du diagnostic à la remédiation. Quoique des outils aient été développés pour les guider face aux difficultés de raisonnement clinique de leurs apprenants, ces outils peuvent être moins familiers des cliniciens et moins adaptés à des contextes de supervision ponctuelle et de soins aigus comme l’urgence. Nous avons donc développé une application algorithmique, à partir de la taxonomie d’Audétat et al. (2010), pour guider les cliniciens enseignants juste-à-temps face aux difficultés de raisonnement clinique. MÉTHODOLOGIE Une étude descriptive interprétative a été réalisée afin d’évaluer l’utilité, l’acceptabilité et la faisabilité d’utiliser cette application à l’urgence. Des entrevues semi-dirigées ont été menées auprès d’un échantillon de convenance de douze urgentistes, avant et après une période d’essai de l’outil de trois mois. RÉSULTATS L’application a été perçue comme particulièrement utile pour préciser les difficultés de raisonnement clinique des apprenants. Utiliser l’outil a été considérée acceptable et faisable en contexte d’urgence, en particulier grâce au format mobile. DISCUSSION Ces résultats suggèrent que l’outil peut être considéré utile pour faciliter l’identification des difficultés des apprenants, mais aussi pour offrir un soutien professoral accessible. Le format mobile et algorithmique semble avoir été un facteur facilitant, ce format étant déjà utilisé par les cliniciens pour consulter ponctuellement de l’information lors de la résolution de problèmes cliniques. CONCLUSION L’étude a démontré globalement une bonne utilité, acceptabilité et faisabilité de l’outil dans un contexte de supervision ponctuelle en soins aigus, ce qui soutient son utilisation par les cliniciens enseignants dans ce contexte. L’étude corrobore également l’intérêt d’un format mobile et algorithmique pour favoriser le transfert de connaissances en pédagogie médicale.

Développement de procédés technologiques pour une intégration 3D monolithique de dispositifs nanoélectroniques sur CMOS

Résumé : Le transistor monoélectronique (SET) est un dispositif nanoélectronique très attractif à cause de son ultra-basse consommation d’énergie et sa forte densité d’intégration, mais il n’a pas les capacités suffisantes pour pouvoir remplacer complètement la technologie CMOS. Cependant, la combinaison de la technologie SET avec celle du CMOS est une voie intéressante puisqu’elle permet de profiter des forces de chacune, afin d’obtenir des circuits avec des fonctionnalités additionnelles et uniques. Cette thèse porte sur l’intégration 3D monolithique de nanodispositifs dans le back-end-of-line (BEOL) d’une puce CMOS. Cette approche permet d’obtenir des circuits hybrides et de donner une valeur ajoutée aux puces CMOS actuelles sans altérer le procédé de fabrication du niveau des transistors MOS. L’étude se base sur le procédé nanodamascène classique développé à l’UdeS qui a permis la fabrication de dispositifs nanoélectroniques sur un substrat de SiO2. Ce document présente les travaux réalisés sur l’optimisation du procédé de fabrication nanodamascène, afin de le rendre compatible avec le BEOL de circuits CMOS. Des procédés de gravure plasma adaptés à la fabrication de nanostructures métalliques et diélectriques sont ainsi développés. Le nouveau procédé nanodamascène inverse a permis de fabriquer des jonctions MIM et des SET métalliques sur une couche de SiO2. Les caractérisations électriques de MIM et de SET formés avec des jonctions TiN/Al2O3 ont permis de démontrer la présence de pièges dans les jonctions et la fonctionnalité d’un SET à basse température (1,5 K). Le transfert de ce procédé sur CMOS et le procédé d’interconnexions verticales sont aussi développés par la suite. Finalement, un circuit 3D composé d’un nanofil de titane connecté verticalement à un transistor MOS est réalisé et caractérisé avec succès. Les résultats obtenus lors de cette thèse permettent de valider la possibilité de co-intégrer verticalement des dispositifs nanoélectroniques avec une technologie CMOS, en utilisant un procédé de fabrication compatible.

Conception d'une situation d'apprentissage qui permettra le passage de l'oral signé à l'écrit chez des apprenants sourds de niveau présecondaire, selon la syntaxe du français de la majorité

De nos jours, la communication écrite joue un rôle primordial pour tout individu qui désire se faire une place dans la société tant sur le plan personnel que socioprofessionnel. Chez les apprenants sourds, le passage à l’écrit du français de la majorité représente un grand défi et leurs phrases contiennent souvent des erreurs de syntaxe. Par exemple, les apprenants sourds auraient tendance à reproduire à l’écrit la syntaxe de la LSQ croyant que les règles de la grammaire de la phrase sont identiques. Dans cet essai, nous nous interrogeons sur les stratégies à adopter pour amener des adultes sourds gestuels à effectuer un transfert efficace de l’oral signé vers le français écrit. Pour ce faire, une situation d’apprentissage (S.A) destinée aux apprenants sourds de niveau présecondaire a été élaborée. Basée sur l’enseignement stratégique et la grammaire de la phrase de base, cette S.A exploite d’abord les bases du fonctionnement de la langue des signes québécoise (LSQ) pour ensuite introduire les notions de la phrase de base et de ses constituants selon la grammaire rénovée. Cette S.A a ensuite été soumise pour validation et rétroaction à la conseillère pédagogique du Centre d’éducation aux adultes où nous travaillons. Ses commentaires, conjugués aux observations notées lors de la mise à l’essai auprès de trois apprenants, ont permis de prendre conscience des forces de cette S.A et d’apporter des ajustements visant à optimiser l’efficacité des différentes activités d’apprentissage.

Le portfolio d'apprentissage numérique : un outil intégrateur au service du développement de compétences dans le programme Techniques juridiques.

L'objectif principal de cette recherche est de déterminer si le transfert des apprentissages est facilité par l'utilisation d'un tel portfolio, à titre de mesure de soutien à l'apprentissage, puisqu'une problématique a été identifiée chez la population étudiante en Techniques juridiques au Collège Ahuntsic, en ce que la désorganisation des apprentissages et la difficulté à faire des liens entre les cours sont observables. Nous avons donc imaginé une solution possible à cet écueil (développement et utilisation d’un portfolio d’apprentissage numérique) afin d’en déterminer le potentiel comme outil intégrateur pouvant faciliter le développement de compétences, par le support qu’il offre pour réactiver les connaissances antérieures, mobiliser et combiner les ressources, actions qui permettent le transfert des apprentissages.

Les rapports entre le climat organisationnel, le style de gestion et la situation de la direction d'école

Le monde de l'éducation est en effervescence depuis près de trente ans au Québec. Nous sommes passés de l'éducation réservée à un petit groupe de gens privilégiés qui avaient accès aux études secondaires et supérieures, à l'accessibilité pour tous. Cet objectif du Ministère de l'éducation, du début des années soixante, a généré une augmentation presqu'incontrôlable de la clientèle. À ce moment, les autorités se sont précipitées sur ce qui apparaissait le plus urgent: 1) La construction de bâtisses; ainsi sont nés polyvalentes et cegeps. 2) Avec l'augmentation de clientèle, il faut voir l'augmentation du nombre d'enseignants et autres personnels avec des préparations plus ou moins adéquates dans plusieurs cas. 3) Plus tard la gestion et l'encadrement de ces organismes sont devenus des objets de préoccupations. Les postes de cadres d'écoles étaient occupés par des personnes qui n'avaient pas ou peu de préparation sauf des expériences dans l'enseignement. Pour d'autres, c'était le transfert de l'industrie à l'enseignement. Ces trois éléments ont produit des effets secondaires sur le système scolaire du Québec. Le premier des trois éléments a généré des changements importants au niveau de la culture scolaire. Alors que la population scolaire du Québec avait vécu dans de petites écoles et dans des milieux plus ou moins populeux où l'école de quartier était le lieu de vie en éducation, on assiste à des regroupements de plus en plus grands afin d'offrir de meilleures possibilités du côté des ressources matérielles, physiques et humaines. La façon de vivre l'éducation s'en trouvait beaucoup changée. Le deuxième élément traite de l'augmentation importante des besoins comme enseignants ou autres personnels d'encadrement. L'augmentation de la clientèle et la laïcisation de l'éducation sont deux éléments qui influencèrent beaucoup l'éducation. Alors que pendant de nombreuses années les communautés religieuses avaient fourni les personnels dans les écoles, tout à coup on décide de les mettre de côté pour utiliser des laïcs, ces derniers n'étaient pas tous bien pré parés. […]

Élaboration d'un cadre conceptuel de stratégies d'identification des processus cognitifs, créatifs et socio-affectif d'élèves doués

[…] La présente recherche vise le développement d'un cadre conceptuel de stratégies d'identification d'élèves doués du primaire et du secondaire en regard des sciences cognitives en général et de la psychologie cognitive en particulier qui ont peu explorées la douance jusqu'à présent. Cette recherche s'enrichit d'une branche spécifique de la psychologie cognitive, soit la résolution de problème, pour comprendre les caractéristiques des élèves doués qui appartiennent aux domaines cognitif, créatif et socio-affectif de la définition multidimensionnelle de la douance et pour créer un cadre conceptuel de stratégies d'identification qui visent la reconnaissance des processus de résolution de problème plutôt que la performance des élèves doués. Pour permettre la collecte d'éléments théoriques essentiels à l'élaboration du cadre conceptuel des stratégies d'identification qui doivent provoquer l'apparition des processus cognitifs, créatifs et socio-affectifs des élèves doués, la présente recherche effectue une recension des écrits scientifiques et spécifiques sur la psychologie cognitive et plus particulièrement sur la résolution de problème, sur le transfert des acquis et sur l'expertise en résolution de problème.

Caractérisation structurale de l'aptamère du riborégulateur SAM-I

La détermination de la structure d’une molécule dans une cellule est souvent la première étape à la compréhension de son mode d’action. Un exemple flagrant est le riborégulateur, qui est un ARN hautement structuré capable de lier un ligand et de modifier la régulation génique chez les bactéries. Cette étude se penche sur la structure de l’aptamère d’un riborégulateur pouvant se lier au métabolite S-adénosylméthionine (SAM), qui est impliqué dans des réactions de méthylations essentielles dans une cellule. Plus précisément, le modèle sélectionné pour ces travaux provient de la famille SAM-I et est composé de quatre tiges (P1 à P4). En utilisant des techniques biophysiques telles le FRET et le single-molecule FRET (sm-FRET), nous pouvons comprendre plus en détails le dynamisme structural du repliement de l’aptamère qui se passe en deux étapes. La première étape de repliement de l’aptamère est constituée par la formation de l’état intermédiaire induite par la liaison du magnésium. Cet état a été caractérisé grâce à des mutations nucléotidiques bloquant des changements conformationnels spécifiques. Aussi, cette étude a permis d’ajouter des détails biophysiques sur la dernière étape de repliement de l’aptamère induite par la liaison de SAM. La réorganisation finale du site de liaison implique une rotation de la tige P1. D’ailleurs, la formation de la tige P1 permet le contrôle direct de l’expression génétique. Ces deux étapes permettent à l’aptamère du riborégulateur SAM d’adopter sa structure native essentielle à l’arrêt de transcription. En bref, nous décrivons en détail les mécanismes structuraux expliquant le fonctionnement du riborégulateur SAM. Certains de ces mécanismes pourraient être communs à plusieurs classes de riborégulateurs, d’où l’intérêt de prospecter d’autres cibles.

Involvement of Beta-arrestin 1 and Beta-arrestin 2 in store operated calcium entry

Résumé : La variation de la [Ca2+] intracellulaire participe à nombreux de processus biologiques. Les cellules eucaryotes expriment à la membrane plasmique une variété de canaux par lesquelles le calcium peut entrer. Dans les cellules non excitables, deux mécanismes principaux permettent l'entrée calcique; l'entrée capacitative de Ca2+ via Orai1 (SOCE) et l'entrée calcique activé par un récepteur (ROCE). Plusieurs protéines clés sont impliquées dans la régulation de ces voies d'entrée calcique, ainsi que dans l'homéostasie calcique. TRPC6 est un canal calcique impliquée dans l'entrée calcique dans les cellules à la suite d’une stimulation d’un récepteur hormonal. TRPC6 transloque à la membrane cellulaire et il y demeure jusqu'à ce que le stimulus soit retiré. Les mécanismes qui régulent le trafic et l'activation de TRPC6 sont cependant encore peu connus. Des découvertes récentes ont démontré qu'il y a un rôle potentiel de Rho kinase dans l'activité de TRPC6. Rho kinase est activée par la petite protéine G RhoA qui peut être activée par les protéines G hétérotrimériques Gα12 et Gα13. En plus de Gα12 et Gα13, les protéines de désensibilisation des GPCR β -arrestin 1 et / ou β-arrestin 2 peuvent aussi activer RhoA. Le but de notre étude est d'examiner la participation des protéines Gα12/13 et β-arrestin 1/ β-arrestin 2 dans l'activation de TRPC6 et de la protéine Orai1. Nous avons utilisé des ARN interférant (siRNA) spécifiques pour induire une réduction de l'expression de Gα12/13 ou β-arrestin 1/β-arrestin 2. La conséquence sur l’entrée de Ca2+ dans les cellules a été ensuite déterminée par imagerie calcique en temps réel suite à une stimulation par la vasopressine (AVP), thapsigargin ou carbachol. Nous avons donc identifié que dans des cellules A7r5, une lignée cellulaire de musculaires lisses vasculaires où le canal TRPC6 exprimé de manière endogène, la diminution de l’expression des protéines Gα12 ou Gα13 ne semble pas modifier l’entrée Ca2+ induit par l’AVP par rapport aux cellules témoins. D'autre part, la diminution de l’expression β-arrestin 1 ou β-arrestin 2 dans des cellules HEK 293 ainsi que des cellules HEK 293 exprimant de façon stable TRPC6 (cellules T6.11) ont augmenté l’entrée de Ca2+ induite par thapsigargin, un activateur pharmacologique de SOCE. Des études de co-immunoprécipitation démontrent une interaction entre la β-arrestin 1 et STIM1, alors qu'aucune interaction n'a été observée entre les β-arrestin 1 et Orai1. Nous avons de plus montré à l'aide d'analyse en microscopie confocale que la diminution de l’expression β-arrestin 1 ou β-arrestin 2 n’influence pas la quantité d’Orai1 à la périphérie cellulaire. Cependant, des résultats préliminaires indiquent que la diminution de l’expression β-arrestin 1 ou β-arrestin 2 augmente la quantité de STIM1-YFP dans l'espace intracellulaire et diminue sa quantité à la périphérie cellulaire. En conclusion, nous avons montré que les β-arrestin 1 ou β-arrestin 2 sont impliquées dans l'entrée capacitative de Ca2+ (SOCE) et contrôlent la quantité de STIM1 dans le réticulum endoplasmique.

Modélisation des structures sandwiches avec un amortissement viscoélastique intégré par une méthode hybride FEM-TMM

Cette thèse traite de la modélisation numérique de la réponse vibro-acoustique de structures sandwiches-composites avec matériaux viscoélastiques intégrés soumises à différents types d’excitations mécaniques et acoustiques. Dans une première phase, nous avons utilisé une approche de synthèse modale pour calculer les principaux indicateurs vibro-acoustiques de la structure : la vitesse quadratique, la puissance rayonnée, la perte par transmission…Ensuite, l’intégrale de Rayleigh a été exploitée pour calculer la puissance rayonnée de chaque structure. L’obstacle majeur que nous avons alors surmonté, était de gérer efficacement la dépendance en fréquence des propriétés de la couche viscoélastique dans l’approche de synthèse modale. Dans une second phase, en partant du champ vibratoire calculé dans la première étape, nous avons développé une méthode hybride FEM-TMM (méthode des éléments finis – méthode de matrices de transfert) pour prédire avec précision et en un temps de calcul acceptable, et jusqu’en hautes fréquences, les principaux paramètres de conception vibro-acoustique de ces structures, notamment l’amortissement équivalent et les nombres d’ondes suivant les deux directions spatiales x et y de propagation de l’onde acoustique. Les validations numériques que nous avons effectuées, montrent bien la robustesse de l'algorithme que nous avons développé. Ce dernier reste toutefois limité à des structures planes. Dans une troisième phase de ce travail, une étude paramétrique sur l’effet de l’emplacement et de la forme de la couche viscoélastique a été réalisée. Cette étude a été faite en se servant de la méthode hybride FEM-TMM pour calculer la réponse acoustique (puissance transmise et perte par transmission).

Étude du comportement de la chromatine, de la régulation de la transcription et réparation des gènes de l’ARNr avant la réplication de l’ADN et assemblage de la réparation par excision de nucléotides chez Saccharomyces cerevisiae

Résumé : Le nucléole est considéré comme étant une « usine » à produire des ribosomes. Cette production est la fonction la plus énergivore de la cellule. Elle met en jeu les trois ARN polymérases et représente 80% de l’activité de transcription au sein d’une cellule. Les trois quarts de cette activité de transcription correspondent à la synthèse des ARNr par l’ARN polymérase I (ARNPI). Ainsi mieux comprendre les mécanismes cellulaires se déroulant à l’intérieur de ce compartiment permettra le développement de nouveaux traitements contre le cancer. La synthèse d’ARNr par l’ARNPI est régulée à trois niveaux : l’initiation de la transcription, l’élongation et le nombre de gènes de l’ARNr en transcription. La plupart des travaux qui se sont intéressés à ces niveaux de régulation ont été réalisés avec des cellules en phase exponentielle de croissance. Au cours de mes travaux, je me suis attardé sur la régulation de la transcription par l’ARNPI au cours de la phase G1 du cycle cellulaire et au début de la phase S. Ainsi mes résultats ont montré que si la chromatine des gènes de l’ARNr est essentiellement dépourvue de nucléosomes, la régulation de l’ARNPI diffère dans des cellules en G1 et au début de la phase S. J’ai pu de ce fait observer qu’en G1, la transcription de l’ARNPI se concentre sur un nombre réduit de gènes en transcription. Dans des cellules arrêtées au début de la phase S avec de l’hydroxyurée, la transcription de l’ARNPI est perturbée par un défaut de maturation de l’ARNR. Fort de ces résultats sur la nature des gènes ribosomaux en phase G1, je me suis attardé à la réparation de ces gènes lors de cette phase. Alors que dans des cellules en phase exponentielle de croissance irradiées avec des UVC, la chromatine des gènes de l’ARNr se ferme ; je n’ai pas observé la formation de nucléosomes suite à l’irradiation de cellules synchronisée en G1. Mes résultats montrent également que la réparation est plus efficace. Parallèlement, j’ai exploré l’assemblage du complexe de réparation par excision de nucléotides. Toutefois, les résultats obtenus sont peu concluants.