Spatial and temporal assessment of sediment contamination in Sado estuary: a methodological approach

For better management of estuarine ecosystems their contamination assessment should be easily communicated to local managers and decision makers. The problem is the lack of available data and the search of methodologies to enable that assessment using only few data. The Sado estuary in Portugal is as good example of a site where human pressures and ecological values collide with each other and where the degree of metal and organic contamination has not been subject to an overall assessment, either in terms of spatial or temporal variability, in a way that managers can understand.

Composition, temporal and spatial patterns of very-nearshore larval fish assemblages at the Arrábida marine park

Tese dout., Ciências do Mar, Universidade do Algarve, 2006

Small area estimation for the price of habitation transaction: comparison of different uncertainty measures of temporal EBLUP

Local level planning requires statistics for small areas, but normally due to cost or logistic constraints, sample surveys are often planned to provide reliable estimates only for large geographical regions and large subgroups of a population.

Estimação jackknife ponderada do erro quadrático médio de predição do EBLUP temporal

A metodologia baseada na melhor predição linear empírica não enviesada (Empirical Best Linear Unbiased Prediction), consagrada com o acrónimo EBLUP, é muito utilizada na estimação de parâmetros para pequenos domínios. Apesar da relativa facilidade de dedução dos EBLUPs, mesmo num contexto de um modelo longitudinal, a medição da sua qualidade é um problema complexo devido à di culdade de estimação do erro quadrático médio de predição (EQMP) de tais preditores. Neste trabalho utiliza-se um estimador de parâmetros de interesse em pequenos domínios assistido pelo modelo temporal de Rao-Yu (Rao e Yu, 1994). O EBLUP temporal é apresentado e é revisitada a aproximação analítica assimptótica do EQMP do EBLUP temporal proposta por Rao e Yu (1994). Sob o modelo de Rao-Yu, é proposta uma metodologia jackknife ponderada para estimar o EQMP do EBLUP, desenvolvida a partir dos trabalhos de Chen e Lahiri (2008). Foi realizado um estudo por simulação com o objectivo de comparar o desempenho do estimador proposto com o obtido por via da aproximação analítica do EQMP.

Modelação morfodinâmica a longa escala temporal: aplicabilidade de um modelo baseado em processos

Disssertação de mest., Estudos Marinhos e Costeiros, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2010

Perfil neuropsicológico em doentes com epilepsia do lobo temporal

A epilepsia do lobo temporal (ELT) é o tipo de epilepsia refractária mais comum nos adultos. O compromisso da memória verbal nos doentes com ELT à esquerda é relativamente consensual. No entanto, no que concerne a outras funções como é o caso da atenção, funções executivas, rendimento intelectual e linguagem, o consenso não é tão generalizado. Nesta investigação fomos estudar o perfil neuropsicológico dos défices cognitivos apresentados por doentes com epilepsia do lobo temporal e clarificar o impacto da cronicidade da doença na cognição. Para esta investigação analisámos retrospectivamente um grupo de 76 doentes com epilepsia refractária, 48 doentes com epilepsia do lobo temporal (23 com foco à direita e 25 com foco à esquerda) e 28 doentes com epilepsia extratemporal. Aplicámos uma bateria de provas utilizada no âmbito do programa da Cirurgia da Epilepsia do Hospital de Egas Moniz, em Lisboa. Os resultados mostram que a bateria aplicada apresenta consistência interna no âmbito da avaliação dos doentes com ELT. Encontrámos que os doentes com ELT à direita e à esquerda apresentam um padrão generalizado de défices, sobreponíveis aos apresentados pelos doentes com epilepsia extratemporal, o que pode ser indicador de compromisso noutras áreas cerebrais para além do hipocampo. Um achado que consideramos pertinente foi o facto da memória verbal com interferência (memória a longo termo) não mostrar alterações nos doentes com ELT tanto à direita como à esquerda, sugerindo que esta função não está comprometida na ELT. Os nossos resultados mostram ainda que os doentes com ELT lateralizada à esquerda apresentam maior compromisso cognitivo do que os doentes com lateralização à direita. Por último, para além do padrão generalizado de défices cognitivos, também conseguimos observar o impacto da doença ao nível das variáveis sócio-demográficas.

Estudo da variação temporal do dióxido de carbono no oceano Atlântico Norte (2002 - 2007)

Foram recolhidos praticamente todos os dados da concentração de CO2 à superfície do mar (fCO2 (SO)) e temperatura à superfície do mar (TSM) obtidos por Embarcações de Observação Voluntária, para o Oceano Atlântico Norte (10º N – 80º N). Foram ainda recolhidos dados das concentrações atmosféricas de CO2 (fCO2 (ATM)), em estações fixas ao longo da bacia, para realizar o estudo do sequestro oceânico de CO2. Após uma seleção minuciosa e uma uniformização exaustiva, os dados foram armazenados por "sectores" 5º latitude x 5º longitude x mês. Em seguida foi obtida uma boa série de dados (2002 – 2007) para sectores que representavam a região das latitudes baixas (10º N-35º N), médias (35º N- 50º N) e altas (50º N-80º N). Para o período 2002 – 2007, o padrão regional da variação da fCO2 (SO) é controlado pela TSM nas latitudes baixas e médias, e pela dinâmica do oceano (absorção de CO2 (SO)) nas latitudes altas. Foi verificado um crescimento generalizado da fCO2 (ATM), TSM e fCO2 (SO) (excepto latitudes altas). Contudo para 2002 – 2007, a fCO2 (SO) está a aumentar mais lentamente do que para 1970 - 2006 [5]. A ΔfCO2 é principalmente influenciada pela fCO2 (SO) e pelos factores físicos que controlam o seu padrão de variação regional. A região das altas latitudes é a zona de maior sequestro de CO2 liquído da bacia. Nas latitudes médias e altas verifica-se um aumento do poder de sequestro para 2002 – 2007, o que que representa uma inflexão à tendência verificada em 1993 - 2005 [93]. Este factor pode estar relacionado com a mudança do índice da Oscilação do Atlântico Norte. A Zona Económica Exclusiva Portuguesa engloba a região que actua como o maior sumidouro de CO2 e o seu poder de sequestro oceânico de CO2 está a aumentar.

Development of a Piggybac based direct reprogramming system for derivation of integration free induced pluripotent stem cells

Induced pluripotent stem cells (iPSc) have great potential for applications in regenerative medicine, disease modeling and basic research. Several methods have been developed for their derivation. The original method of Takahashi and Yamanaka involved the use of retroviral vectors which result in insertional mutagenesis, presence in the genome of potential oncogenes and effects of residual transgene expression on differentiation bias of each particular iPSc line. Other methods have been developed, using different viral vectors (adenovirus and Sendai virus), transient plasmid transfection, mRNA transduction, protein transduction and use of small molecules. However, these methods suffer from low efficiencies; can be extremely labor intensive, or both. An additional method makes use of the piggybac transposon, which has the advantage of inserting its payload into the host genome and being perfectly excised upon re-expression of the transposon transposase. Briefly, a policistronic cassette expressing Oct4, Sox2, Klf4 and C-Myc flanked by piggybac terminal repeats is delivered to the cells along with a plasmid transiently expressing piggybac transposase. Once reprogramming occurs, the cells are re-transfected with transposase and subclones free of tranposon integrations screened for. The procedure is therefore very labor intensive, requiring multiple manipulations and successive rounds of cloning and screening. The original method for reprogramming with the the PiggyBac transposon was created by Woltjen et al in 2009 (schematized here) and describes a process with which it is possible to obtain insert-free iPSc. Insert-free iPSc enables the establishment of better cellular models of iPS and adds a new level of security to the use of these cells in regenerative medicine. Due to the fact that it was based on several low efficiency steps, the overall efficiency of the method is very low (<1%). Moreover, the stochastic transfection, integration, excision and the inexistence of an active way of selection leaves this method in need of extensive characterization and screening of the final clones. In this work we aime to develop a non-integrative iPSc derivation system in which integration and excision of the transgenes can be controlled by simple media manipulations, avoiding labor intensive and potentially mutagenic procedures. To reach our goal we developed a two vector system which is simultaneously delivered to original population of fibroblasts. The first vector, Remo I, carries the reprogramming cassette and GFP under the regulation of a constitutive promoter (CAG). The second vector, Eneas, carries the piggybac transposase associated with an estrogen receptor fragment (ERT2), regulated in a TET-OFF fashion, and its equivalent reverse trans-activator associated with a positive-negative selection cassette under a constitutive promoter. We tested its functionality in HEK 293T cells. The protocol is divided in two the following steps: 1) Obtaining acceptable transfection efficiency into human fibroblasts. 2) Testing the functionality of the construct 3) Determining the ideal concentration of DOX for repressing mPB-ERT2 expression 4) Determining the ideal concentration of TM for transposition into the genome 5) Determining the ideal Windows of no DOX/TM pulse for transposition into the genome 6) 3, 4 and 5) for transposition out of the genome 7) Determination of the ideal concentration of GCV for negative selection We successfully demonstrated that ENEAS behaved as expected in terms of DOX regulation of the expression of mPB-ERT2. We also demonstrated that by delivering the plasmid into 293T HEK cells and manipulating the levels of DOX and TM in the medium, we could obtain puromycin resistant lines. The number of puromycin resistant colonies obtained was significantly higher when DOX as absent, suggesting that the colonies resulted from transposition events. Presence of TM added an extra layer of regulation, albeit weaker. Our PCR analysis, while not a clean as would be desired, suggested that transposition was indeed occurring, although a background level of random integration could not be ruled out. Finally, our attempt to determine whether we could use GVC to select clones that had successfully mobilized PB out of the genome was unsuccessful. Unexpectedly, 293T HEK cells that had been transfected with ENEAS and selected for puromycin resistance were insensitive to GCV.

The effect of conservation measures on the spatial and temporal variation of rocky fish assemblages in the Arrábida Marine Park

Marine protected areas (MPAs) have been widely proposed for conservation purposes and as a tool for fisheries management. The Arrábida Marine Park is the first MPA in continental Portugal having a management plan, fully implemented since 2009. The main objective of this study was to evaluate the effect of protection measures on rocky reef fish assemblages and target invertebrates through before-after and control-effect (no-take vs. fished areas) underwater visual surveys and analysis of landings trends. Second, we used surveys before, during and after implementation of the management plan to understand fishers‟ preferences for fishing grounds and adaptation to the new rules, and evaluated the reserve effect through analysis of both ecological responses and fishing effort density. Third, we identified the main oceanographic drivers influencing the structure of reef fish assemblages and predicted the community structure for the last 50 years, in light of climatic change. Overall results suggest positive responses in biomass but not yet in numbers of some commercial species, with no effects on non-target species. The reserve effect is reinforced by the increase in landings of commercial species, despite increased fishing effort density in some areas, especially with octopus traps. Fishing grounds are mainly chosen based on the distribution of target species and associated habitats, but distance to port, weather conditions and safety also influence fishers‟ choices. Moreover, different fisheries respond differently to the protection measures, and within each fishery, individual fishers show distinct strategies, with some operating in a broader area whereas others keep preferred territories. Our results also show that wind stress and temperature are the main oceanographic drivers for rocky reef fish assemblages, with tropicalization of assemblages and polewards movements of species over the last 50 years consistent with temperature trends. We believe this study provides significant lessons for marine conservation and management of coastal systems.

Spatial and temporal variation of commercially important bivalve species in the Algarve coast, Portugal

Dissertação de mestrado, Biologia Marinha, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2015

Temporal distribution of the short-beaked common dolphin (Delphinus delphis) in the south of Madeira Island (Portugal) and relationship with oceanographic variables

Dissertação de mestrado, Biologia Marinha, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2015

Settlement patterns of mussel recruits at different temporal scales in the Peniche-Berlengas area (Southwest Portugal)

Dissertação de Mestrado, Biologia Marinha, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2015

Variabilidade temporal (interanual e mareal) das trocas de nutrientes e matéria particulada, pela Barra Faro-Olhão e canais adjacentes no ecossistema da Ria Formosa

Dissertação de Mestrado, Biologia Marinha, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2016