Aplicação de marcação convencional e telemetria no estudo dos movimentos de quatro espécies de esparídeos na ria Formosa

Dissertação mest., Estudos marinhos e costeiros, Universidade do Algarve, 2007

Seleção sexual e estimativa populacional em Syngnathus typhle na Ria Formosa (Portugal)

Dissertação de mestrado, Biologia Marinha, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2015

Dissection of the early steps in the assembly of the 20S proteasome in Saccharomyces cerevisiae

Tese de dout., Bioquímica (Biologia Celular e Molecular), Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2010

Foto-identificação de tartarugas marinhas (Chelonia mydas e Eretmochelys imbricata) na Reserva Biológica Marinha do Arvoredo (Santa Catarina, Brasil)

Dissertação de mest., Biologia Marinha (Ecologia e Conservação Marinha), Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2012

Potential of fisheries restocking off the Algarve coast using aquaculture produced marine fish

Tese de dout., Ciências do Mar, da Terra e do Ambiente (Ecologia Marinha), Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2012

Development of a Piggybac based direct reprogramming system for derivation of integration free induced pluripotent stem cells

Induced pluripotent stem cells (iPSc) have great potential for applications in regenerative medicine, disease modeling and basic research. Several methods have been developed for their derivation. The original method of Takahashi and Yamanaka involved the use of retroviral vectors which result in insertional mutagenesis, presence in the genome of potential oncogenes and effects of residual transgene expression on differentiation bias of each particular iPSc line. Other methods have been developed, using different viral vectors (adenovirus and Sendai virus), transient plasmid transfection, mRNA transduction, protein transduction and use of small molecules. However, these methods suffer from low efficiencies; can be extremely labor intensive, or both. An additional method makes use of the piggybac transposon, which has the advantage of inserting its payload into the host genome and being perfectly excised upon re-expression of the transposon transposase. Briefly, a policistronic cassette expressing Oct4, Sox2, Klf4 and C-Myc flanked by piggybac terminal repeats is delivered to the cells along with a plasmid transiently expressing piggybac transposase. Once reprogramming occurs, the cells are re-transfected with transposase and subclones free of tranposon integrations screened for. The procedure is therefore very labor intensive, requiring multiple manipulations and successive rounds of cloning and screening. The original method for reprogramming with the the PiggyBac transposon was created by Woltjen et al in 2009 (schematized here) and describes a process with which it is possible to obtain insert-free iPSc. Insert-free iPSc enables the establishment of better cellular models of iPS and adds a new level of security to the use of these cells in regenerative medicine. Due to the fact that it was based on several low efficiency steps, the overall efficiency of the method is very low (<1%). Moreover, the stochastic transfection, integration, excision and the inexistence of an active way of selection leaves this method in need of extensive characterization and screening of the final clones. In this work we aime to develop a non-integrative iPSc derivation system in which integration and excision of the transgenes can be controlled by simple media manipulations, avoiding labor intensive and potentially mutagenic procedures. To reach our goal we developed a two vector system which is simultaneously delivered to original population of fibroblasts. The first vector, Remo I, carries the reprogramming cassette and GFP under the regulation of a constitutive promoter (CAG). The second vector, Eneas, carries the piggybac transposase associated with an estrogen receptor fragment (ERT2), regulated in a TET-OFF fashion, and its equivalent reverse trans-activator associated with a positive-negative selection cassette under a constitutive promoter. We tested its functionality in HEK 293T cells. The protocol is divided in two the following steps: 1) Obtaining acceptable transfection efficiency into human fibroblasts. 2) Testing the functionality of the construct 3) Determining the ideal concentration of DOX for repressing mPB-ERT2 expression 4) Determining the ideal concentration of TM for transposition into the genome 5) Determining the ideal Windows of no DOX/TM pulse for transposition into the genome 6) 3, 4 and 5) for transposition out of the genome 7) Determination of the ideal concentration of GCV for negative selection We successfully demonstrated that ENEAS behaved as expected in terms of DOX regulation of the expression of mPB-ERT2. We also demonstrated that by delivering the plasmid into 293T HEK cells and manipulating the levels of DOX and TM in the medium, we could obtain puromycin resistant lines. The number of puromycin resistant colonies obtained was significantly higher when DOX as absent, suggesting that the colonies resulted from transposition events. Presence of TM added an extra layer of regulation, albeit weaker. Our PCR analysis, while not a clean as would be desired, suggested that transposition was indeed occurring, although a background level of random integration could not be ruled out. Finally, our attempt to determine whether we could use GVC to select clones that had successfully mobilized PB out of the genome was unsuccessful. Unexpectedly, 293T HEK cells that had been transfected with ENEAS and selected for puromycin resistance were insensitive to GCV.

A pintura rupestre do centro de Portugal: antropização simbólica da paisagem pelas primeiras sociedades agro-pastoris

Esta dissertação tem como objectivo principal tentar compreender os mecanismos conceptuais que levaram à marcação de determinados locais, através de pinturas rupestres esquemáticas, por grupos humanos durante o Neolítico e Calcolítico. Foram analisados diversos núcleos de abrigos com pinturas rupestres localizados no centro do território português: o Abrigo do Ribeiro das Casas (Almeida), Abrigo de Segura (Idanha-a-Nova), Abrigos do Pego da Rainha (Mação), Abrigo do Lapedo (Leiria), Lapa dos Coelhos (Torres Novas), Lapa dos Louções (Arronches), Igreja dos Mouros (Arronches) e Abrigo Pinho Monteiro (Arronches). A análise das características formais e técnicas de execução (incluindo uma abordagem arqueométrica aplicada aos pigmentos) permitiram tecer considerações sobre a metodologia utilizada no momento de realização das pinturas. Através do estudo das características de implantação de cada sítio foi possível estabelecer quatro padrões de localização dos abrigos pintados, que, juntamente com a descrição sistemática dos motivos representados e sua interligação permitiram a criação de uma periodização em dois períodos distintos. Numa primeira fase, temos a iconografia de transição das comunidades recolectoras para os primeiros grupos agro-pastoris, que exibe ainda pormenores da imaginética paleolítica, surgindo zoomorfos de grandes dimensões e antropomorfos com caracteres formais, correspondendo assim a uma arte pré-esquemática. Com a consolidação do sistema agro-pastoril, a sedentarização e a complexificação económico-social, os esquemas de antropização da paisagem e do mundo conceptual colectivo alteram-se profundamente, originando representações reduzidas aos seus elementos mais básicos, tornando-se totalmente esquemáticas. Ocorre uma transmutação dos motivos em ideogramas, dando origem ao segundo período intitulado de arte esquemática ideográfica, cujo enquadramento cronológico abarca o período compreendido entre o Neolítico Final e o início da Idade do Bronze. Segundo muitos autores, a arte esquemática peninsular deverá ser vista como um processo muito heterogéneo resultante das próprias dinâmicas das comunidades que a produziram, e deste modo apenas passível de ser analisada num âmbito regional alargado. Por estas razões a periodização estabelecida deverá, por agora, ser aplicada apenas à área geográfica em estudo na presente dissertação

Epigenetics and alternative splicing

Dissertação de Mestrado, Oncobiologia: Mecanismos Moleculares do Cancro, Departamento de Ciências Biomédicas e Medicina, Universidade do Algarve, 2015