Medical information extraction in European Portuguese

The electronic storage of medical patient data is becoming a daily experience in most of the practices and hospitals worldwide. However, much of the data available is in free-form text, a convenient way of expressing concepts and events, but especially challenging if one wants to perform automatic searches, summarization or statistical analysis. Information Extraction can relieve some of these problems by offering a semantically informed interpretation and abstraction of the texts. MedInX, the Medical Information eXtraction system presented in this document, is the first information extraction system developed to process textual clinical discharge records written in Portuguese. The main goal of the system is to improve access to the information locked up in unstructured text, and, consequently, the efficiency of the health care process, by allowing faster and reliable access to quality information on health, for both patient and health professionals. MedInX components are based on Natural Language Processing principles, and provide several mechanisms to read, process and utilize external resources, such as terminologies and ontologies, in the process of automatic mapping of free text reports onto a structured representation. However, the flexible and scalable architecture of the system, also allowed its application to the task of Named Entity Recognition on a shared evaluation contest focused on Portuguese general domain free-form texts. The evaluation of the system on a set of authentic hospital discharge letters indicates that the system performs with 95% F-measure, on the task of entity recognition, and 95% precision on the task of relation extraction. Example applications, demonstrating the use of MedInX capabilities in real applications in the hospital setting, are also presented in this document. These applications were designed to answer common clinical problems related with the automatic coding of diagnoses and other health-related conditions described in the documents, according to the international classification systems ICD-9-CM and ICF. The automatic review of the content and completeness of the documents is an example of another developed application, denominated MedInX Clinical Audit system.

Infra-estrutura para portal internet integrador de serviços

Esta tese surge no contexto de sistemas e serviços web. O objectivo é propor uma solução para o problema da integração de informação de diversas fontes, numa plataforma web única, personalizável e adaptável ao utilizador. Nos casos de empresas ou organizações que tenham para diferentes tarefas, diferentes sistemas de informação independentes, o problema da integração de informação surge com a necessidade de integração destes numa única interface disponibilizada aos seus utilizadores. A integração de serviços numa mesma interface pressupõe que haja comunicação entre um sistema central (que fornece a interface) e os diversos sistemas existentes (que detêm a totalidade – ou parte – da informação a apresentar). Assim, será necessário garantir a identidade do utilizador a cada um dos serviços apresentados, bem como assegurar que cada utilizador tem à sua disposição de forma centralizada, apenas e só a informação e operações a que realmente tem acesso em cada um dos sistemas. Trata-se de uma plataforma que pretende por um lado, fornecer a informação correcta e orientada ao utilizador e, por outro lado, garantir que a organização que suporta o sistema consegue informar e interagir com os seus utilizadores de forma mais eficaz. O cenário adoptado é a Universidade de Aveiro. Esta pretende disponibilizar uma plataforma electrónica, onde os diferentes interlocutores (alunos, docentes, funcionários, ex-alunos, etc.) possam ter acesso a informação dirigida e orientada aos seus interesses e funções na Universidade. De modo a que cada utilizador seja realmente visto como um utilizador único, serão estudados e comparados serviços de modelação de utilizador e perfis de utilizador. Será proposto um serviço de modelação de utilizador e uma lógica de criação de perfis de utilizador, distintos do existente no estado de arte. Esta lógica conjuga a personalização da interface por parte do utilizador, com a gestão de operações e definição de políticas de segurança por parte da organização, de forma independente relativamente ao sistema de informação subjacente.

Hidrogeomorfologia e sustentabilidade de recursos hídricos subterrâneos

A água subterrânea de rochas duras é uma fonte importante para fins domésticos, industriais e agrícolas e mesmo para o consumo humano. A geologia, a tectónica, a geomorfologia e as características hidrológicas controlam o fluxo, ocorrência e armazenamento das águas subterrâneas. A disponibilidade da água subterrânea no meio geológico está totalmente dependente das áreas de recarga e de descarga numa determinada bacia. A precipitação é a principal fonte de recarga em aquíferos descontínuos, enquanto que a descarga depende dos declives do terreno e dos gradientes do nível hidrostático e ainda das condições hidrogeológicas do solo. A hidrogeomorfologia é um domínio interdisciplinar emergente, que estuda as relações entre as unidades geomorfológicas e o regime das águas superficiais e subterrâneas de uma determinada área. A compreensão do papel da geomorfologia é essencial para avaliar de forma rigorosa os sistemas hidrogeológicos e os recursos hídricos. Os dados de detecção remota providenciam uma informação espacial valiosa e actualizada da superfície terrestre e dos recursos naturais. Os recentes avanços tecnológicos colocaram as técnicas de detecção remota e os sistemas de informação geográfica (SIG) numa posição cimeira como ferramentas de gestão metodológica. Foi criada, em ambiente SIG, uma base de geo-dados, essencialmente derivada da detecção remota, da cartografia e do trabalho de campo. Esta base de dados, organizada em diferentes níveis de informação, inclui uma avaliação principalmente focalizada no uso do solo, climatologia, declives, geologia, geomorfologia e hidrogeologia. No presente estudo foram cruzados diversos níveis de informação, com a geração de múltiplos mapas temáticos para atingir um quadro integrado dos diversos sectores no Norte e Centro de Portugal. Os sectores em estudo (Caldas da Cavaca, Termas de Entre-os-Rios, Águas de Arouca e Águas do Alardo) estão localizados em sistemas hidrogeológicos predominantemente constituídos por rochas graníticas, por vezes intersectadas por filões de quartzo, aplito-pegmatíticos e doleríticos. Para apoiar a elaboração dos mapas hidrogeomorfológicos foi criada uma base SIG, contendo diversa informação, nomeadamente topografia, hidrografia, litologia, tectónica, morfoestrutura, hidrogeologia, geofísica e uso do solo. Além disso, foram realizadas várias campanhas de campo, as quais permitiram: o estabelecimento dum mapeamento geológico, geomorfológico e hidrogeológico; a caracterização in situ do grau de alteração, resistência e grau de fracturação dos maciços rochosos; o desenvolvimento de um inventário hidrogeológico em conjunto com alguns ensaios expeditos in situ. A interligação entre os parâmetros geomorfológicos, hidrológicos e hidrogeológicos dos sistemas de água subterrânea “normal” e hidromineral destaca a importância de uma cartografia e duma modelação conceptual hidrogeomorfológica. Além disso, contribuirá para um melhor apoio à decisão na gestão sustentável dos recursos hídricos.

Conhecimento comum e perceção do risco na gestão territorial costeira

As zonas costeiras, pelas suas características naturais, disponibilizam à sociedade múltiplas oportunidades e serviços, o que favorece uma ocupação desmedida deste território e a ocorrência de transformações relevantes provocadas pela intervenção humana. A simultaneidade da influência das atividades e intervenções humanas e da ocorrência das funções naturais deste território, revestidas de um forte caráter dinâmico, encontra-se na base do desenvolvimento quer de conflitos do tipo socioambiental, quer de situações de risco costeiro. A contribuir para esta situação, surge também a problemática das alterações climáticas, com impactos em domínios diversos, como por exemplo biodiversidade, pesca ou turismo, com um registo de aumento e intensidade de acidentes naturais associados a fenómenos meteorológicos. Apesar da existência de um conjunto de instrumentos de preservação dos recursos naturais e de ordenamento e gestão territorial, a degradação do sistema natural costeiro é muito visível, com impactos negativos de complexa recuperação. Refira-se, também, o caráter de exceção dos planos de ordenamento da orla costeira, em particular em frentes urbanas consolidadas ou em consolidação, permitindo o contínuo aumento da urbanização na orla costeira. A atuação das entidades responsáveis pela gestão do território costeiro tem sido desenvolvida com um baixo nível de envolvimento da população e maioritariamente no sentido de dar resposta às situações de perigo que vão surgindo, com a implementação de estruturas de defesa costeira, suportadas pelo erário público, cujos impactos se traduzem num agravamento do estado da zona costeira portuguesa, em geral. A região de Aveiro é um exemplo da problemática exposta, onde se registam frequentemente episódios de perigo costeiro, considerando-se urgente a tomada de medidas que contribuam para a sustentabilidade deste território, associada a uma visão de longo prazo, e que deverão passar pela integração do risco na gestão territorial costeira. Esta investigação, com a qual se pretende aumentar o conhecimento científico, desenvolver uma abordagem integrada de diversos domínios disciplinares, demonstrar a relevância da valorização do conhecimento comum e da perceção social na gestão do território, bem como desenvolver uma ferramenta de suporte à gestão territorial da zona costeira, tem como propósito contribuir para a preservação do sistema natural costeiro e para o aumento dos níveis de segurança humana face ao risco costeiro. Nesse sentido, desenvolveu-se um estudo de perceção social em aglomerados urbanos costeiros da região de Aveiro, para avaliação da perceção do risco costeiro e da gestão do território e recolha de conhecimento comum sobre a dinâmica costeira. Concebeu-se, também, um sistema de informação geográfica que permite às entidades de gestão do território costeiro uma atuação facilitada, articulada e de caráter preventivo, suportada na integração de conhecimentos científico, técnico e comum, de perceções e aspirações, de limites, propostas e condicionantes de planos de ordenamento e gestão do território existentes, entre outra informação, e com potencialidade para evoluir simultaneamente para um sistema de aviso de acidentes. Como resultados do estudo empírico destacam-se a forte ligação da população ao mar, de caráter afetivo ou pela pretensão de utilização da praia, a desvalorização do risco costeiro, apesar do reconhecimento do recuo da linha de costa, a valorização das estruturas de defesa costeira, a escassa disponibilização de informação à população acerca do risco costeiro a que está exposta, e a importância atribuída à participação da população no processo de gestão territorial costeira. O sistema de informação geográfica foi validado para o caso da Praia de Esmoriz, permitindo identificar, por exemplo, para cada proprietário de habitação localizada em área de risco, a disponibilidade para participar no processo de gestão territorial costeira ou a abertura para aderir a um processo de relocalização da habitação. Face à pertinência do tema e à expectativa do mesmo ser considerado uma prioridade da política da atualidade, considera-se a necessidade de desenvolvimentos futuros de aprofundamento de conhecimentos em paralelo com uma aproximação ao sistema institucional de gestão territorial costeira, no sentido da minimização dos conflitos entre dinâmica costeira e uso do território e da prevenção do risco costeiro, particularmente risco de inundação e de erosão.

O desafio da homogeneização normativa em instituições de memória: proposta de um modelo uniformizador e colaborativo

A informação digitalizada e nado digital, fruto do avanço tecnológico proporcionado pelas Tecnologias da Informação e Comunicação (TIC), bem como da filosofia participativa da Web 2.0, conduziu à necessidade de reflexão sobre a capacidade de os modelos atuais, para a organização e representação da informação, de responder às necessidades info-comunicacionais assim como o acesso à informação eletrónica pelos utilizadores em Instituições de Memória. O presente trabalho de investigação tem como objetivo a conceção e avaliação de um modelo genérico normativo e harmonizador para a organização e representação da informação eletrónica, num sistema de informação para o uso de utilizadores e profissionais da informação, no contexto atual colaborativo e participativo. A definição dos objetivos propostos teve por base o estudo e análise qualitativa das normas adotadas pelas instituições de memória, para os registos de autoridade, bibliográfico e formatos de representação. Após a concetualização, foi desenvolvido e avaliado o protótipo, essencialmente, pela análise qualitativa dos dados obtidos a partir de testes à recuperação da informação. A experiência decorreu num ambiente laboratorial onde foram realizados testes, entrevistas e inquéritos por questionário. A análise cruzada dos resultados, obtida pela triangulação dos dados recolhidos através das várias fontes, permitiu concluir que tanto os utilizadores como os profissionais da informação consideraram muito interessante a integração da harmonização normativa refletida nos vários módulos, a integração de serviços/ferramentas comunicacionais e a utilização da componente participativa/colaborativa da plataforma privilegiando a Wiki, seguida dos Comentários, Tags, Forum de discussão e E-mail.

Gestão de informação académica com base na Web: um sistema de apoio a programas de pós-graduação

Esta dissertação descreve o processo de desenvolvimento de um sistema de informação para a gestão da informação académica de programas de pósgraduação - Sistema WebMaster - que tem como objectivo tornar aquela informação acessível aos utilizadores através da World Wide Web (WWW). Começa-se por apresentar alguns conceitos que se julgam relevantes para a compreensão da problemática dos sistemas de informação em toda a sua abrangência numa determinada organização, particularizando alguns conceitos para o caso das universidades. De seguida reflecte-se sobre os sistemas de informação com base na Web, confrontando-se os conceitos de Web Site (tradicional) e aplicação Web, a nível de arquitectura tecnológica, principais vantagens e desvantagens, fazendo-se, ainda, uma breve referência às principais tecnologias para a construção de soluções com geração dinâmica de conteúdos. Por último representa-se o sistema WebMaster ao longo das suas diferentes etapas de desenvolvimento, desde a análise de requisitos, projecto do sistema, até à fase da implementação. A fase análise de requisitos foi levada a cabo através de um inquérito realizado aos potenciais utilizadores no sentido de identificar as suas necessidades de informação. Com base nos resultados desta fase apresenta-se o projecto do sistema numa perspectiva conceptual, navegacional e de interface de utilizador, fazendo uso da metodologia OOHDM - Object-Oriented Hypermedia Design Method. Finalmente, passa-se à fase da implementação que, com base nas etapas anteriores e nas tecnologias seleccionadas na fase do planeamento, proporciona um espaço interactivo e de troca de informação a todos os interessados da comunidade académica envolvidos em cursos de pós-graduação.