Sistemas de informação para DNA microarrays

O projecto de sequenciação do genoma humano veio abrir caminho para o surgimento de novas áreas transdisciplinares de investigação, como a biologia computacional, a bioinformática e a bioestatística. Um dos resultados emergentes desde advento foi a tecnologia de DNA microarrays, que permite o estudo do perfil da expressão de milhares de genes, quando sujeitos a perturbações externas. Apesar de ser uma tecnologia relativamente consolidada, continua a apresentar um conjunto vasto de desafios, nomeadamente do ponto de vista computacional e dos sistemas de informação. São exemplos a optimização dos procedimentos de tratamento de dados bem como o desenvolvimento de metodologias de interpretação semi-automática dos resultados. O principal objectivo deste trabalho consistiu em explorar novas soluções técnicas para agilizar os procedimentos de armazenamento, partilha e análise de dados de experiências de microarrays. Com esta finalidade, realizou-se uma análise de requisitos associados às principais etapas da execução de uma experiência, tendo sido identificados os principais défices, propostas estratégias de melhoramento e apresentadas novas soluções. Ao nível da gestão de dados laboratoriais, é proposto um LIMS (Laboratory Information Management System) que possibilita a gestão de todos os dados gerados e dos procedimentos realizados. Este sistema integra ainda uma solução que permite a partilha de experiências, de forma a promover a participação colaborativa de vários investigadores num mesmo projecto, mesmo usando LIMS distintos. No contexto da análise de dados, é apresentado um modelo que facilita a integração de algoritmos de processamento e de análise de experiências no sistema desenvolvido. Por fim, é proposta uma solução para facilitar a interpretação biológica de um conjunto de genes diferencialmente expressos, através de ferramentas que integram informação existente em diversas bases de dados biomédicas.

Gestão de informação académica com base na Web: um sistema de apoio a programas de pós-graduação

Esta dissertação descreve o processo de desenvolvimento de um sistema de informação para a gestão da informação académica de programas de pósgraduação - Sistema WebMaster - que tem como objectivo tornar aquela informação acessível aos utilizadores através da World Wide Web (WWW). Começa-se por apresentar alguns conceitos que se julgam relevantes para a compreensão da problemática dos sistemas de informação em toda a sua abrangência numa determinada organização, particularizando alguns conceitos para o caso das universidades. De seguida reflecte-se sobre os sistemas de informação com base na Web, confrontando-se os conceitos de Web Site (tradicional) e aplicação Web, a nível de arquitectura tecnológica, principais vantagens e desvantagens, fazendo-se, ainda, uma breve referência às principais tecnologias para a construção de soluções com geração dinâmica de conteúdos. Por último representa-se o sistema WebMaster ao longo das suas diferentes etapas de desenvolvimento, desde a análise de requisitos, projecto do sistema, até à fase da implementação. A fase análise de requisitos foi levada a cabo através de um inquérito realizado aos potenciais utilizadores no sentido de identificar as suas necessidades de informação. Com base nos resultados desta fase apresenta-se o projecto do sistema numa perspectiva conceptual, navegacional e de interface de utilizador, fazendo uso da metodologia OOHDM - Object-Oriented Hypermedia Design Method. Finalmente, passa-se à fase da implementação que, com base nas etapas anteriores e nas tecnologias seleccionadas na fase do planeamento, proporciona um espaço interactivo e de troca de informação a todos os interessados da comunidade académica envolvidos em cursos de pós-graduação.

Enquadramento cartográfico do Complexo de Granja (NW Ceará, Brasil) e avaliação de sistemas de referenciação geográfica

Este estudo destaca os benefícios da análise metódica da cartografia de base que suporta a produção de Cartografia Geológica. Em certas regiões, as cartas base publicadas estão ainda associadas a redes geodésicas clássicas e, com frequência, são introduzidos erros quando se desconsideram parâmetros essenciais como a Projecção Cartográfica e o Datum Geodésico. Com o uso sistemático dos dispositivos de GPS e dos Sistemas de Informação Geográfica para a elaboração das cartas geológicas, é imprescindível o conhecimento prévio do Sistema de Coordenadas ao qual devem estar ajustados os dados geo-espaciais. Neste estudo de caso, as diferenças e os erros associados à aquisição de coordenadas entre os Data geocêntricos WGS84 e SIRGAS2000 são residuais, atendendo aos parâmetros das cartas base, à região do globo, o campo de acção e a escala, minimizando assim a propagação de erros de posicionamento e georreferenciação subsequentes.

Tecnologias de informação geográfica e promoção do pensamento espacial crítico: estratégias transdisciplinares em educação para o desenvolvimento sustentável no 3º CEB

Perante a fragilidade da atual conjuntura mundial nos contextos económico, social e ambiental, urge a necessidade de educar os novos cidadãos para a sustentabilidade, pelo conhecimento interativo do local onde vivem e do mundo que os integra. “Ensinar a pensar” e a encontrar soluções criativas sustentáveis, torna-se incontornável. Reconhecendo-se que este propósito carece da integração do conhecimento presencial no território, e a importância das competências de saber pensar o espaço e intervir no meio, partilhadas pela Educação Geográfica (EG) e pela Educação para o Desenvolvimento Sustentável (EDS), onde a dimensão “Espaço” é crítica e aglutinadora das aprendizagens, no presente trabalho propõe-se dar resposta à questão de como desenvolver o Pensamento Espacial Crítico, com recurso a Tecnologias de Informação Geográfica (TIG), de forma a promover aprendizagens significativas em EDS, ao nível do 3.º Ciclo do Ensino Básico (CEB) e no contexto da Escola Básica de Campia. Tendo como grande finalidade a inovação das práticas educativas, espera-se com esta investigação contribuir para o alargamento de fronteiras do conhecimento em Multimédia em Educação e da EG, assumindo-se a importância desta no domínio da EDS, estimulando o Pensamento Espacial (PE), o Pensamento Crítico (PC) e a forma como os alunos e restante comunidade educativa olham e atuam sobre o meio. Face à finalidade apresentada e dado o caráter inovador da presente investigação, adotou-se a metodologia de investigação-ação (I/A), no contexto do paradigma sóciocrítico, de pendor qualitativo. Este estudo foi desenvolvido por intermédio de uma Oficina de Formação, em dois ciclos de I/A, tendo como objetivo a conceção e implementação de estratégias transdisciplinares de ensino e aprendizagem (E/A) em EDS, visando o desenvolvimento de capacidades de PEC e sendo suportadas por TIG. Foram concebidos diversos instrumentos de recolha de dados, para cada ciclo de I/A, e o corpo de dados foi analisado essencialmente através da técnica de análise de conteúdo e pontualmente através da análise estatística de cariz descritivo. O modelo de análise de dados centrou-se numa análise SWOT para identificação das forças, fraquezas, oportunidades e ameaças, e numa matriz TOWS para identificação das ações a empreender entre os ciclos de I/A. Propõe-se, para o efeito, um referencial teórico didático para o conceito de PEC, através de uma taxonomia de capacidades e competências resultante da implementação dos ciclos de I/A. Os resultados obtidos permitem observar que: i) a EG, pelas competências que preconiza e pelo enfoque da dimensão espacial, é potencialmente aglutinadora das aprendizagens, no currículo do 3.º CEB, e pode favorecer a transdisciplinaridade, essencial na EDS; ii) as estratégias de ensino e aprendizagem assentes na EG e com recurso a TIG são promotoras de aprendizagens significativas em EDS pelo desenvolvimento de capacidades de PEC. Contudo, as limitações evidenciadas na investigação suscitaram, através dos ciclos de I/A, a redefinição do percurso formativo proposto e dos instrumentos de recolha de dados concebidos, bem como a introdução de melhorias à taxonomia de PEC desenvolvida no âmbito da presente tese. Entre outras limitações discutidas (como a resistência à utilização de tecnologia em contexto de E/A), salientamos uma limitação sistémica, inerente aos atuais contextos educativos formais (currículo, distribuição do serviço docente, etc.), que desincentiva uma efetiva implementação de estratégias transdisciplinares e do trabalho colaborativo entre professores. Apesar das limitações elencadas consideramos que este estudo contribui para um aprofundamento do conhecimento sobre a potencialidade das TIG na promoção de competências e capacidades de PEC dos alunos, nomeadamente pelo avanço na clarificação das mesmas, plasmadas no instrumento desenvolvido no âmbito desta tese (taxonomia de PEC). Como disseminação desta investigação, salienta-se que o referido instrumento integrará o referencial teórico de um projeto europeu Erasmus + (ENAbLE), para suporte à conceção dos dispositivos didáticos que acompanharão uma aplicação de TIG que será concebida especificamente para o contexto de E/A.

Infra-estrutura para portal internet integrador de serviços

Esta tese surge no contexto de sistemas e serviços web. O objectivo é propor uma solução para o problema da integração de informação de diversas fontes, numa plataforma web única, personalizável e adaptável ao utilizador. Nos casos de empresas ou organizações que tenham para diferentes tarefas, diferentes sistemas de informação independentes, o problema da integração de informação surge com a necessidade de integração destes numa única interface disponibilizada aos seus utilizadores. A integração de serviços numa mesma interface pressupõe que haja comunicação entre um sistema central (que fornece a interface) e os diversos sistemas existentes (que detêm a totalidade – ou parte – da informação a apresentar). Assim, será necessário garantir a identidade do utilizador a cada um dos serviços apresentados, bem como assegurar que cada utilizador tem à sua disposição de forma centralizada, apenas e só a informação e operações a que realmente tem acesso em cada um dos sistemas. Trata-se de uma plataforma que pretende por um lado, fornecer a informação correcta e orientada ao utilizador e, por outro lado, garantir que a organização que suporta o sistema consegue informar e interagir com os seus utilizadores de forma mais eficaz. O cenário adoptado é a Universidade de Aveiro. Esta pretende disponibilizar uma plataforma electrónica, onde os diferentes interlocutores (alunos, docentes, funcionários, ex-alunos, etc.) possam ter acesso a informação dirigida e orientada aos seus interesses e funções na Universidade. De modo a que cada utilizador seja realmente visto como um utilizador único, serão estudados e comparados serviços de modelação de utilizador e perfis de utilizador. Será proposto um serviço de modelação de utilizador e uma lógica de criação de perfis de utilizador, distintos do existente no estado de arte. Esta lógica conjuga a personalização da interface por parte do utilizador, com a gestão de operações e definição de políticas de segurança por parte da organização, de forma independente relativamente ao sistema de informação subjacente.

Arquitectura e plataforma de Middleware para suporte de bibliotecas digitais distribuídas e ecléticas

O trabalho apresentado nesta dissertação teve por objectivo principal a concepção, modelação e desenvolvimento de uma plataforma de middleware que permitisse a integração de sistemas de informação, em todos os seus níveis (dados, lógico e apresentação), perfazendo uma federação de bibliotecas digitais distribuídas e ecléticas. Para este fim, foram estudadas as várias abordagens de modelação e organização das bibliotecas digitais, assim como os diversos sistemas e tecnologias de suporte existentes no momento inicial do trabalho. Compreendendo a existência de muitas lacunas ainda neste domínio, nomeadamente ao nível da interoperabilidade de sistemas heterogéneos e integração da semântica de metadados, decidiu-se proceder a um trabalho de investigação e desenvolvimento que pudesse apresentar eventuais soluções para o preenchimento de tais lacunas. Desta forma, surgem neste trabalho duas tecnologias, o XML e o Dublin Core, que servem de base a todas as restantes tecnologias usadas para a interoperabilidade e para a integração. Ainda utilizando estas tecnologias base, foram estudados e desenvolvidos meios simples, mas eficientes, de salvaguarda, indexação e pesquisa de informação, tentando manter a independência face aos grandes produtores de bases de dados, que só por si não resolvem alguns dos problemas mais críticos da investigação no domínio das bibliotecas digitais. ABSTRACT: The main objective of the work presented in this dissertation is the design, modulation and development of a middleware framework to allow information systems interoperability, in all their scope (data, logic and presentation), to accomplish a distributed and eclectic digital libraries federation. Several modulations and organizations were approached, and several support systems and technologies were studied. Understanding the existence of many gaps in this domain, namely in heterogeneous information systems interoperation and metadata semantic integration, it was decided to conduct a research and development work, which, eventually, could present some solutions to fill in these gaps. In this way, two technologies, XML and Dublin Core, appear to serve as the basis of all remaining technologies, to interoperate and to achieve semantic integration. Using yet these technologies, it was also studied and developed simple means, but efficient ones, to save, index and query information, preserving the independence from major data base producers, which by their selves don’t solve critical problems in the digital libraries research domain.

Mercado electrónico para serviços de teleradiologia

O desenvolvimento das soluções baseadas em telemedicina tem permitido a criação e o desenvolvimento de novas formas de prestar cuidados de saúde, aproximando prestadores de pacientes e diminuindo os tempos de espera associados, melhorando a qualidade do serviço prestado. No entanto, nem sempre a introdução de tecnologia nos processos de saúde corresponde a uma redução nas assimetrias existentes a nível nacional na prestação de cuidados. O principal objectivo deste trabalho consistiu em desenvolver um sistema que permita a criação de um mercado electrónico de teleradiologia tirando partido das soluções tecnologicamente evoluídas já existentes e da boa distribuição de equipamento a nível nacional. Neste mercado é possível maximizar a satisfação de pacientes e entidades requisitantes de exames radiológicos em relação ao serviço prestado, sem prejudicar a qualidade do serviço prestado, ao mesmo tempo que optimiza a utilização do equipamento disponibilizado. Para tal, foi verificado o actual estado da arte em termos de sistemas de telemedicina e de teleradiologia, tendo igualmente sido confirmada a percepção existente das assimetrias a nível nacional em termos de distribuição de recursos humanos no sector da saúde. Depois de verificar o actual fluxo de trabalho em termos de requisição, execução e interpretação de exames imagiológicos, procedeu-se à sua optimização e adaptação para um mercado de teleradiologia, desenhando um conjunto de requisitos associados com as principais etapas de execução dos exames, identificando os principais entraves ao seu funcionamento e propondo mecanismos originais de resolução com base em sistemas de informação. Ao nível de sistemas de informação, é apresentado um protótipo que possibilita a demonstração da implementação de alguns dos mais importantes requisitos anteriormente apresentados e o seu funcionamento, demonstrando o funcionamento prático do sistema de mercado de imagens baseado em teleradiologia. Finalmente é demonstrada a exequibilidade prática desta solução mediante a apresentação de um modelo de negócio onde se apresentam os benefícios decorrentes da implementação deste sistema e os respectivos custos associados com a implementação de uma infra-estrutura desta natureza.

Model-based systems engineering: a system for traffic & environment

The contemporary world is crowded of large, interdisciplinary, complex systems made of other systems, personnel, hardware, software, information, processes, and facilities. The Systems Engineering (SE) field proposes an integrated holistic approach to tackle these socio-technical systems that is crucial to take proper account of their multifaceted nature and numerous interrelationships, providing the means to enable their successful realization. Model-Based Systems Engineering (MBSE) is an emerging paradigm in the SE field and can be described as the formalized application of modelling principles, methods, languages, and tools to the entire lifecycle of those systems, enhancing communications and knowledge capture, shared understanding, improved design precision and integrity, better development traceability, and reduced development risks. This thesis is devoted to the application of the novel MBSE paradigm to the Urban Traffic & Environment domain. The proposed system, the GUILTE (Guiding Urban Intelligent Traffic & Environment), deals with a present-day real challenging problem “at the agenda” of world leaders, national governors, local authorities, research agencies, academia, and general public. The main purposes of the system are to provide an integrated development framework for the municipalities, and to support the (short-time and real-time) operations of the urban traffic through Intelligent Transportation Systems, highlighting two fundamental aspects: the evaluation of the related environmental impacts (in particular, the air pollution and the noise), and the dissemination of information to the citizens, endorsing their involvement and participation. These objectives are related with the high-level complex challenge of developing sustainable urban transportation networks. The development process of the GUILTE system is supported by a new methodology, the LITHE (Agile Systems Modelling Engineering), which aims to lightening the complexity and burdensome of the existing methodologies by emphasizing agile principles such as continuous communication, feedback, stakeholders involvement, short iterations and rapid response. These principles are accomplished through a universal and intuitive SE process, the SIMILAR process model (which was redefined at the light of the modern international standards), a lean MBSE method, and a coherent System Model developed through the benchmark graphical modeling languages SysML and OPDs/OPL. The main contributions of the work are, in their essence, models and can be settled as: a revised process model for the SE field, an agile methodology for MBSE development environments, a graphical tool to support the proposed methodology, and a System Model for the GUILTE system. The comprehensive literature reviews provided for the main scientific field of this research (SE/MBSE) and for the application domain (Traffic & Environment) can also be seen as a relevant contribution.

Medical information extraction in European Portuguese

The electronic storage of medical patient data is becoming a daily experience in most of the practices and hospitals worldwide. However, much of the data available is in free-form text, a convenient way of expressing concepts and events, but especially challenging if one wants to perform automatic searches, summarization or statistical analysis. Information Extraction can relieve some of these problems by offering a semantically informed interpretation and abstraction of the texts. MedInX, the Medical Information eXtraction system presented in this document, is the first information extraction system developed to process textual clinical discharge records written in Portuguese. The main goal of the system is to improve access to the information locked up in unstructured text, and, consequently, the efficiency of the health care process, by allowing faster and reliable access to quality information on health, for both patient and health professionals. MedInX components are based on Natural Language Processing principles, and provide several mechanisms to read, process and utilize external resources, such as terminologies and ontologies, in the process of automatic mapping of free text reports onto a structured representation. However, the flexible and scalable architecture of the system, also allowed its application to the task of Named Entity Recognition on a shared evaluation contest focused on Portuguese general domain free-form texts. The evaluation of the system on a set of authentic hospital discharge letters indicates that the system performs with 95% F-measure, on the task of entity recognition, and 95% precision on the task of relation extraction. Example applications, demonstrating the use of MedInX capabilities in real applications in the hospital setting, are also presented in this document. These applications were designed to answer common clinical problems related with the automatic coding of diagnoses and other health-related conditions described in the documents, according to the international classification systems ICD-9-CM and ICF. The automatic review of the content and completeness of the documents is an example of another developed application, denominated MedInX Clinical Audit system.

Hidrogeomorfologia e sustentabilidade de recursos hídricos subterrâneos

A água subterrânea de rochas duras é uma fonte importante para fins domésticos, industriais e agrícolas e mesmo para o consumo humano. A geologia, a tectónica, a geomorfologia e as características hidrológicas controlam o fluxo, ocorrência e armazenamento das águas subterrâneas. A disponibilidade da água subterrânea no meio geológico está totalmente dependente das áreas de recarga e de descarga numa determinada bacia. A precipitação é a principal fonte de recarga em aquíferos descontínuos, enquanto que a descarga depende dos declives do terreno e dos gradientes do nível hidrostático e ainda das condições hidrogeológicas do solo. A hidrogeomorfologia é um domínio interdisciplinar emergente, que estuda as relações entre as unidades geomorfológicas e o regime das águas superficiais e subterrâneas de uma determinada área. A compreensão do papel da geomorfologia é essencial para avaliar de forma rigorosa os sistemas hidrogeológicos e os recursos hídricos. Os dados de detecção remota providenciam uma informação espacial valiosa e actualizada da superfície terrestre e dos recursos naturais. Os recentes avanços tecnológicos colocaram as técnicas de detecção remota e os sistemas de informação geográfica (SIG) numa posição cimeira como ferramentas de gestão metodológica. Foi criada, em ambiente SIG, uma base de geo-dados, essencialmente derivada da detecção remota, da cartografia e do trabalho de campo. Esta base de dados, organizada em diferentes níveis de informação, inclui uma avaliação principalmente focalizada no uso do solo, climatologia, declives, geologia, geomorfologia e hidrogeologia. No presente estudo foram cruzados diversos níveis de informação, com a geração de múltiplos mapas temáticos para atingir um quadro integrado dos diversos sectores no Norte e Centro de Portugal. Os sectores em estudo (Caldas da Cavaca, Termas de Entre-os-Rios, Águas de Arouca e Águas do Alardo) estão localizados em sistemas hidrogeológicos predominantemente constituídos por rochas graníticas, por vezes intersectadas por filões de quartzo, aplito-pegmatíticos e doleríticos. Para apoiar a elaboração dos mapas hidrogeomorfológicos foi criada uma base SIG, contendo diversa informação, nomeadamente topografia, hidrografia, litologia, tectónica, morfoestrutura, hidrogeologia, geofísica e uso do solo. Além disso, foram realizadas várias campanhas de campo, as quais permitiram: o estabelecimento dum mapeamento geológico, geomorfológico e hidrogeológico; a caracterização in situ do grau de alteração, resistência e grau de fracturação dos maciços rochosos; o desenvolvimento de um inventário hidrogeológico em conjunto com alguns ensaios expeditos in situ. A interligação entre os parâmetros geomorfológicos, hidrológicos e hidrogeológicos dos sistemas de água subterrânea “normal” e hidromineral destaca a importância de uma cartografia e duma modelação conceptual hidrogeomorfológica. Além disso, contribuirá para um melhor apoio à decisão na gestão sustentável dos recursos hídricos.

A telematic platform towards regional connected healthcare

As tecnologias de informação e comunicação na área da saúde não são só um instrumento para a boa gestão de informação, mas antes um fator estratégico para uma prestação de cuidados mais eficiente e segura. As tecnologias de informação são um pilar para que os sistemas de saúde evoluam em direção a um modelo centrado no cidadão, no qual um conjunto abrangente de informação do doente deve estar automaticamente disponível para as equipas que lhe prestam cuidados, independentemente de onde foi gerada (local geográfico ou sistema). Este tipo de utilização segura e agregada da informação clínica é posta em causa pela fragmentação generalizada das implementações de sistemas de informação em saúde. Várias aproximações têm sido propostas para colmatar as limitações decorrentes das chamadas “ilhas de informação” na saúde, desde a centralização total (um sistema único), à utilização de redes descentralizadas de troca de mensagens clínicas. Neste trabalho, propomos a utilização de uma camada de unificação baseada em serviços, através da federação de fontes de informação heterogéneas. Este agregador de informação clínica fornece a base necessária para desenvolver aplicações com uma lógica regional, que demostrámos com a implementação de um sistema de registo de saúde eletrónico virtual. Ao contrário dos métodos baseados em mensagens clínicas ponto-a-ponto, populares na integração de sistemas em saúde, desenvolvemos um middleware segundo os padrões de arquitetura J2EE, no qual a informação federada é expressa como um modelo de objetos, acessível através de interfaces de programação. A arquitetura proposta foi instanciada na Rede Telemática de Saúde, uma plataforma instalada na região de Aveiro que liga oito instituições parceiras (dois hospitais e seis centros de saúde), cobrindo ~350.000 cidadãos, utilizada por ~350 profissionais registados e que permite acesso a mais de 19.000.000 de episódios. Para além da plataforma colaborativa regional para a saúde (RTSys), introduzimos uma segunda linha de investigação, procurando fazer a ponte entre as redes para a prestação de cuidados e as redes para a computação científica. Neste segundo cenário, propomos a utilização dos modelos de computação Grid para viabilizar a utilização e integração massiva de informação biomédica. A arquitetura proposta (não implementada) permite o acesso a infraestruturas de e-Ciência existentes para criar repositórios de informação clínica para aplicações em saúde.

O desafio da homogeneização normativa em instituições de memória: proposta de um modelo uniformizador e colaborativo

A informação digitalizada e nado digital, fruto do avanço tecnológico proporcionado pelas Tecnologias da Informação e Comunicação (TIC), bem como da filosofia participativa da Web 2.0, conduziu à necessidade de reflexão sobre a capacidade de os modelos atuais, para a organização e representação da informação, de responder às necessidades info-comunicacionais assim como o acesso à informação eletrónica pelos utilizadores em Instituições de Memória. O presente trabalho de investigação tem como objetivo a conceção e avaliação de um modelo genérico normativo e harmonizador para a organização e representação da informação eletrónica, num sistema de informação para o uso de utilizadores e profissionais da informação, no contexto atual colaborativo e participativo. A definição dos objetivos propostos teve por base o estudo e análise qualitativa das normas adotadas pelas instituições de memória, para os registos de autoridade, bibliográfico e formatos de representação. Após a concetualização, foi desenvolvido e avaliado o protótipo, essencialmente, pela análise qualitativa dos dados obtidos a partir de testes à recuperação da informação. A experiência decorreu num ambiente laboratorial onde foram realizados testes, entrevistas e inquéritos por questionário. A análise cruzada dos resultados, obtida pela triangulação dos dados recolhidos através das várias fontes, permitiu concluir que tanto os utilizadores como os profissionais da informação consideraram muito interessante a integração da harmonização normativa refletida nos vários módulos, a integração de serviços/ferramentas comunicacionais e a utilização da componente participativa/colaborativa da plataforma privilegiando a Wiki, seguida dos Comentários, Tags, Forum de discussão e E-mail.

Biodiversity and conservation of subterranean fauna of Portuguese karst

As regiões cársicas de Portugal ocupam uma parte considerável do território e albergam mais de 2000 grutas, que são habitadas por animais subterrâneos com características adaptativas únicas. Estes animais estão entre os mais raros, ameaçados e desprotegidos a nível mundial, comummente pelo simples fato de serem desconhecidos, o que associado à relativa inacessibilidade do seu habitat, constitui um desafio para o seu estudo. O presente trabalho centra-se no estudo da biodiversidade subterrânea do carso de Portugal, de forma a contribuir para a sua conservação. Os invertebrados subterrâneos têm sido ignorados no que concerne à sua proteção, sobretudo porque o conhecimento era escasso e desorganizado. Este trabalho começa por apresentar uma revisão de todas as fontes bibliográficas sobre fauna subterrânea em Portugal, incluindo um catálogo de espécies troglóbias e estigóbias, acompanhado das respetivas localizações, para congregar, pela primeira vez, o estado do conhecimento da riqueza específica, biogeografia e conservação das áreas estudadas. Para compreender os padrões de biodiversidade subterrânea, foi realizado um ano de trabalho de campo intenso e padronizado em mais de 40 cavidades de 14 unidades cársicas. Deste esforço resultou a descoberta e descrição de nove novos taxa, compreendendo três novos géneros e seis novas espécies para a ciência. Utilizando sistemas de informação geográfica foram mapeadas as distribuições das espécies subterrâneas do carso de Portugal e a sua riqueza foi comparada com a de outras áreas do mundo. Para explicar a sua riqueza específica subterrânea, foram testados vários fatores ambientais e efetuada a estimativa de espécies subterrâneas, numa escala regional. A evapotranspiração e consequentemente a produtividade primária ao nível da superfície poderão ser fatores importantes na variação da riqueza específica nas diferentes unidades cársicas, mas a profundidade e as características geológicas únicas de cada maciço parecem desempenhar um papel determinante nos padrões de biodiversidade subterrânea. Com o intuito de avaliar a sensibilidade de organismos subterrâneos à contaminação, foram testados os efeitos letais de dois tóxicos em crustáceos estigóbios com diferentes graus de troglomorfismo. Foram igualmente abordados aspectos gerais de ecotoxicologia de águas subterrâneas e perspectivas de futuro. Os principais problemas relacionados com a conservação dos habitats subterrâneos em Portugal estão associados à destruição direta do habitat e à sua contaminação. Estes carecem de proteção específica, o que implica a gestão adequada à superfície e a criação de áreas prioritárias de conservação. Integrando toda a informação gerada, o presente estudo estabelece uma hierarquização de locais prioritários para a conservação da fauna subterrânea em zonas cársicas de Portugal.

Electronic health records for mobile citizens: a secure and collaborative architecture

Durante as ultimas décadas, os registos de saúde eletrónicos (EHR) têm evoluído para se adaptar a novos requisitos. O cidadão tem-se envolvido cada vez mais na prestação dos cuidados médicos, sendo mais pró ativo e desejando potenciar a utilização do seu registo. A mobilidade do cidadão trouxe mais desafios, a existência de dados dispersos, heterogeneidade de sistemas e formatos e grande dificuldade de partilha e comunicação entre os prestadores de serviços. Para responder a estes requisitos, diversas soluções apareceram, maioritariamente baseadas em acordos entre instituições, regiões e países. Estas abordagens são usualmente assentes em cenários federativos muito complexos e fora do controlo do paciente. Abordagens mais recentes, como os registos pessoais de saúde (PHR), permitem o controlo do paciente, mas levantam duvidas da integridade clinica da informação aos profissionais clínicos. Neste cenário os dados saem de redes e sistemas controlados, aumentando o risco de segurança da informação. Assim sendo, são necessárias novas soluções que permitam uma colaboração confiável entre os diversos atores e sistemas. Esta tese apresenta uma solução que permite a colaboração aberta e segura entre todos os atores envolvidos nos cuidados de saúde. Baseia-se numa arquitetura orientada ao serviço, que lida com a informação clínica usando o conceito de envelope fechado. Foi modelada recorrendo aos princípios de funcionalidade e privilégios mínimos, com o propósito de fornecer proteção dos dados durante a transmissão, processamento e armazenamento. O controlo de acesso _e estabelecido por políticas definidas pelo paciente. Cartões de identificação eletrónicos, ou certificados similares são utilizados para a autenticação, permitindo uma inscrição automática. Todos os componentes requerem autenticação mútua e fazem uso de algoritmos de cifragem para garantir a privacidade dos dados. Apresenta-se também um modelo de ameaça para a arquitetura, por forma a analisar se as ameaças possíveis foram mitigadas ou se são necessários mais refinamentos. A solução proposta resolve o problema da mobilidade do paciente e a dispersão de dados, capacitando o cidadão a gerir e a colaborar na criação e manutenção da sua informação de saúde. A arquitetura permite uma colaboração aberta e segura, possibilitando que o paciente tenha registos mais ricos, atualizados e permitindo o surgimento de novas formas de criar e usar informação clínica ou complementar.

Mining biomedical information from scientific literature

The rapid evolution and proliferation of a world-wide computerized network, the Internet, resulted in an overwhelming and constantly growing amount of publicly available data and information, a fact that was also verified in biomedicine. However, the lack of structure of textual data inhibits its direct processing by computational solutions. Information extraction is the task of text mining that intends to automatically collect information from unstructured text data sources. The goal of the work described in this thesis was to build innovative solutions for biomedical information extraction from scientific literature, through the development of simple software artifacts for developers and biocurators, delivering more accurate, usable and faster results. We started by tackling named entity recognition - a crucial initial task - with the development of Gimli, a machine-learning-based solution that follows an incremental approach to optimize extracted linguistic characteristics for each concept type. Afterwards, Totum was built to harmonize concept names provided by heterogeneous systems, delivering a robust solution with improved performance results. Such approach takes advantage of heterogenous corpora to deliver cross-corpus harmonization that is not constrained to specific characteristics. Since previous solutions do not provide links to knowledge bases, Neji was built to streamline the development of complex and custom solutions for biomedical concept name recognition and normalization. This was achieved through a modular and flexible framework focused on speed and performance, integrating a large amount of processing modules optimized for the biomedical domain. To offer on-demand heterogenous biomedical concept identification, we developed BeCAS, a web application, service and widget. We also tackled relation mining by developing TrigNER, a machine-learning-based solution for biomedical event trigger recognition, which applies an automatic algorithm to obtain the best linguistic features and model parameters for each event type. Finally, in order to assist biocurators, Egas was developed to support rapid, interactive and real-time collaborative curation of biomedical documents, through manual and automatic in-line annotation of concepts and relations. Overall, the research work presented in this thesis contributed to a more accurate update of current biomedical knowledge bases, towards improved hypothesis generation and knowledge discovery.