Mining biomedical information from scientific literature

The rapid evolution and proliferation of a world-wide computerized network, the Internet, resulted in an overwhelming and constantly growing amount of publicly available data and information, a fact that was also verified in biomedicine. However, the lack of structure of textual data inhibits its direct processing by computational solutions. Information extraction is the task of text mining that intends to automatically collect information from unstructured text data sources. The goal of the work described in this thesis was to build innovative solutions for biomedical information extraction from scientific literature, through the development of simple software artifacts for developers and biocurators, delivering more accurate, usable and faster results. We started by tackling named entity recognition - a crucial initial task - with the development of Gimli, a machine-learning-based solution that follows an incremental approach to optimize extracted linguistic characteristics for each concept type. Afterwards, Totum was built to harmonize concept names provided by heterogeneous systems, delivering a robust solution with improved performance results. Such approach takes advantage of heterogenous corpora to deliver cross-corpus harmonization that is not constrained to specific characteristics. Since previous solutions do not provide links to knowledge bases, Neji was built to streamline the development of complex and custom solutions for biomedical concept name recognition and normalization. This was achieved through a modular and flexible framework focused on speed and performance, integrating a large amount of processing modules optimized for the biomedical domain. To offer on-demand heterogenous biomedical concept identification, we developed BeCAS, a web application, service and widget. We also tackled relation mining by developing TrigNER, a machine-learning-based solution for biomedical event trigger recognition, which applies an automatic algorithm to obtain the best linguistic features and model parameters for each event type. Finally, in order to assist biocurators, Egas was developed to support rapid, interactive and real-time collaborative curation of biomedical documents, through manual and automatic in-line annotation of concepts and relations. Overall, the research work presented in this thesis contributed to a more accurate update of current biomedical knowledge bases, towards improved hypothesis generation and knowledge discovery.

Vulnerabilidade psicológica para a disfunção eréctil

A disfunção eréctil é actualmente considerada um problema de saúde pública que afecta muitos milhares de homens em todo o mundo. Para além dos factores de natureza médica, reconhecidamente implicados neste tipo de problemática sexual, a literatura empírica tem destacado um conjunto de variáveis de cariz psicológico envolvidas nas dificuldades. Não obstante, o estudo acerca da influência de variáveis disposicionais no funcionamento eréctil não tem merecido muita atenção da literatura científica nos últimos anos. Neste sentido, o conjunto de estudos apresentados no âmbito da presente dissertação procurou investigar de que forma variáveis disposicionais como as dimensões da personalidade, afecto-traço, auto-consciência sexual e mecanismos de excitação e inibição sexual, intervêm na resposta de excitação sexual masculina e são susceptíveis de se constituírem como factores de risco psicológico para o desenvolvimento e/ou manutenção da disfunção eréctil. Este trabalho envolveu a participação de um total de 1,274 indivíduos da população Portuguesa e os resultados obtidos indicaram a relevância das referidas variáveis no funcionamento eréctil de homens sexualmente funcionais da comunidade e também em homens diagnosticados com disfunção eréctil. Adicionalmente, os dados mostraram que as dimensões disposicionais avaliadas se encontram envolvidas na disfunção eréctil associada a diferentes factores etiológicos (factores psicológicos e/ou médicos), sublinhando a sua relevância para a generalidade das situações clínicas relacionadas com a perda da função eréctil e de forma independente dos factores precipitantes envolvidos. Ao demonstrar empiricamente que aspectos individuais de natureza psicológica são susceptíveis de interagir com factores de ordem médica no desenvolvimento e na manutenção da disfunção eréctil, o conjunto dos dados apresentados oferece uma perspectiva integrada para a conceptualização deste quadro clínico e encoraja a utilização de uma abordagem terapêutica multidisciplinar no tratamento das dificuldades erécteis.

International cooperation for development in tourism destinations

The main goal of this thesis is to propose a conceptual theoretical model of critical success factors of International Development Cooperation programmes that are based in knowledge transfer approaches in the context of tourism development. The research was structured around three main theoretical pillars: international development cooperation (IDC), tourism as a tool for development, and knowledge transfer (KT). By exploring these pillars´ main interrelations, it was possible to gather the necessary background to develop the theoretical model and apply it to a real context. It was adopted a qualitative research approach using as a case study an IDC programme in tourism - the UNWTO.Volunteers programme. The key contribution of this thesis in the theoretical realm is the bridging of fields of study that are insufficiently covered in the scientific literature. The resulting model proposal applied to a real context of an IDC programme implementation permitted to test it partially providing useful insights for future research. It is postulated that IDC programmes in these contexts constitute a process rather than an end in itself. Therefore, they should be seen as a way of changing the state of the art of the tourism system in a sustainable manner so that it potentially generates positive development changes. This study suggested that it is not possible to achieve positive results if, instead of encouraging a KT and learning environment, it is simply disseminated knowledge in a linear, static, north-south approach. The characteristics of these interventions should be reviewed in that it was found that it is very difficult to guarantee the maintenance of the development changes induced by them if it is not safeguarded the necessary conditions and accountability to implement the recommended actions. While it was perceived a great potential for development changes to be induced by some IDC programmes in tourism destinations, it was concluded that these processes are too much dependent on the local political systems and existing power relations, as well as on the level of tourism development of the destination. However, more research is needed to examine the ability to generalise the findings to other IDC programmes and different destinations of developing countries.

Intervenção socioeducativa: investigação-ação participativa com trabalhadoras do sexo de rua e uma equipa de outreach

Nos últimos anos, assistimos ao crescimento do conhecimento sobre o trabalho sexual e os seus atores. No entanto, poucos estudos envolvem os/as trabalhadores/as do sexo (TS) como participantes ativos. Esta tese apresenta uma pesquisa de investigação-ação participativa (IAP) composta por dois estudos que, de forma complementar, pretendem contribuir para o desenvolvimento de uma proposta socioeducativa de intervenção centrada nos direitos e necessidades dos/as TS. O estudo preliminar pretende refletir sobre os discursos institucionais produzidos em torno do trabalho sexual e dar a conhecer as práticas socioeducativas empreendidas pelas instituições que dirigem serviços a TS, em Portugal. O segundo estudo apresenta o processo e os resultados de uma IAP, com TS de rua e uma equipa de outreach. O propósito do segundo estudo consistiu em identificar as necessidades e as vontades das TS e de uma equipa de outreach, com a finalidade de encorajar os/as participantes na construção de um modelo socioeducativo de intervenção. O estudo preliminar foi efetuado junto das 23 instituições que, à data deste estudo (de outubro de 2012 a março de 2013), prestavam apoio a TS. Concluímos que os serviços são bastante similares, focados na redução de riscos decorrentes do trabalho sexual, sobretudo a nível da promoção e educação para a saúde, assumindo uma intervenção tradicional centrada na epidemiologia. De forma menos expressiva, encontrámos instituições que se centram no apoio ao abandono da atividade. Todas assumem um papel fundamental no debate social e político sobre a prostituição enquanto trabalho ou opressão. Estes resultados conduziram-nos à formulação das seguintes questões: 1) Os serviços tradicionais centrados na epidemiologia reforçam inadvertidamente o estigma do/a TS?; 2) Quais são as preocupações, necessidades e vontades reais dos/as TS?; 3) O que pensam sobre serem envolvidos/as no desenho, implementação e avaliação de projetos que lhes dizem respeito? Assim, identificámos uma falta de participação dos/as TS em projetos a si dirigidos, corroborada pela literatura científica. O segundo estudo foi desenvolvido, de setembro de 2012 a junho de 2015, através de três ciclos de planificação-ação-reflexão com TS de rua e uma equipa de outreach, em Coimbra, tendo envolvido 28 participantes formais. Através de entrevistas e da reinterpretação conjunta dos resultados das mesmas, verificámos a existência de preocupações comuns, designadamente no que se refere à saúde e segurança ocupacionais, mas pouca coesão entre as TS. As iniciativas de conscientização, desenvolvidas no âmbito da IAP, providenciaram um sentido de controlo, mas a transformação da subjetividade em ação coletiva continua a ser premente. Por tal, propomos um modelo de intervenção socioeducativa com TS, segundo uma abordagem centrada na relação e na prática reflexiva, através do recurso a métodos e à filosofia da IAP. Propomos, ainda, algumas recomendações em torno da educação/formação dos profissionais de proximidade, das/os TS e, a um nível macro, iniciativas educativas centrada na desconstrução social do género.

The promotion of digital inclusion through MOOC design and use: a literature review

The use of Massive Open Online Courses (MOOCs) is being increasingly equated as a viable option by several educational shareholders in the scope of many scientific areas; nevertheless, research as to its potentialities in terms of digital (and consequently social) inclusion is still sparse and somehow atomised. Thus, this paper aims at putting forward the results of a thorough literature review focussed on the studies that bring together the concepts of MOOC and digital inclusion, published between January 2014 and January 2015. Thus, the main goal was to find out if there is evidence that MOOCS can be an important means for embracing digital inclusion, in particular, by promoting the development of soft skills (e.g., digital skills, communication skills, interaction skills). First and because the concept is becoming more and more polysemic (due to its manifold uses, theoretical frameworks, and application contexts), the MOOC’s main facets are depicted, considering its derivatives (e.g., cMOOC and xMOOC). Moreover, some critical aspects that stand out from the content analysis of the results of the literature review are also highlighted, namely as to: accessibility, employability and lifelong learning promoted through MOOC use. In general, results suggest that there is still a long way to go for MOOCs to fully address the digital inclusion challenge.