Bioinformatics analysis of the Pedobacter sp. NL19 genome

The last decades of the 20th century defined the genetic engineering advent, climaxing in the development of techniques, such as PCR and Sanger sequencing. This, permitted the appearance of new techniques to sequencing whole genomes, identified as next-generation sequencing. One of the many applications of these techniques is the in silico search for new secondary metabolites, synthesized by microorganisms exhibiting antimicrobial properties. The peptide antibiotics compounds can be classified in two classes, according to their biosynthesis, in ribosomal or nonribosomal peptides. Lanthipeptides are the most studied ribosomal peptides and are characterized by the presence of lanthionine and methylanthionine that result from posttranslational modifications. Lanthipeptides are divided in four classes, depending on their biosynthetic machinery. In class I, a LanB enzyme dehydrate serine and threonine residues in the C-terminus precursor peptide. Then, these residues undergo a cyclization step performed by a LanC enzyme, forming the lanthionine rings. The cleavage and the transport of the peptide is achieved by the LanP and LanT enzymes, respectively. Although, in class II only one enzyme, LanM, is responsible for the dehydration and cyclization steps and also only one enzyme performs the cleavage and transport, LanT. Pedobacter sp. NL19 is a Gram-negative bacterium, isolated from sludge of an abandon uranium mine, in Viseu (Portugal). Antibacterial activity in vitro was detected against several Gram-positive and Gram-negative bacteria. Sequencing and in silico analysis of NL19 genome revealed the presence of 21 biosynthetic clusters for secondary metabolites, including nonribosomal and ribosomal peptides biosynthetic clusters. Four lanthipeptides clusters were predicted, comprising the precursor peptides, the modifying enzymes (LanB and LanC), and also a bifunctional LanT. This result revealed the hybrid nature of the clusters, comprising characteristics from two distinct classes, which are poorly described in literature. The phylogenetic analysis of their enzymes showed that they clustered within the bacteroidetes clade. Furthermore, hybrid gene clusters were also found in other species of this phylum, revealing that it is a common characteristic in this group. Finally, the analysis of NL19 colonies by MALDI-TOF MS allowed the identification of a 3180 Da mass that corresponds to the predicted mass of a lanthipeptide encoded in one of the clusters. However, this result is not fully conclusive and further experiments are needed to understand the full potential of the compounds encoded in this type of clusters. In conclusion, it was determined that NL19 strain has the potential to produce diverse secondary metabolites, including lanthipeptides that were not functionally characterized so far.

Políticas, conceções e práticas dominantes do ensino superior em Moçambique

O presente trabalho começa por analisar a evolução dos sistemas ao longo de vários períodos históricos, bem como os conceitos e tipologias que os sustentam, no quadro da problemática e da conceptualização teórica do ensino superior. A origem da universidade na idade média, na Europa e em outras partes do mundo, fundamenta-se, principalmente, na procura do saber e nas condicionantes socioeconómicas da época. A evolução da universidade sustentada pela narrativa da modernidade, resultou em modelos diferenciados de ensino superior, que mantinham, no entanto, a razão e a epistemologia do conhecimento académico, como fatores unificadores. O modelo utilizado para traduzir a referida evolução, é proposto por Scott (1995) e configura a relação que se estabelece entre a universidade e outras formas de ensino superior. Na sequência do desenvolvimento dos sistemas, suscitados pelas relações entre os diversos atores envolvidos no ensino superior, procurou-se evidenciar a relação entre o Estado o mercado e os académicos, bem como outros atores sociopolíticos, institucionais e da sociedade civil. O quadro de análise dos mecanismos de coordenação destas envolventes, baseou-se no “Triângulo de Clark”, complementado com o modelo da “Metáfora da Flutuação”. Desde o início da década de 80 do século XX, que a missão, o modo de organização e o funcionamento das IES têm vindo a ser questionadas, como resultado das mudanças económicas de cariz neoliberal. Este cenário, propiciador de crises e de transformações, não tem impedido, porém, de manter o papel fundamental da universidade como produtora e difusora do conhecimento. No contexto da globalização e da cada vez maior influência do mercado no ensino superior, procura-se impor um modelo hegemonizado de racionalidade económica, competitividade e eficiência - o managerialismo. Não obstante alguns êxitos, esta ideologia não tem sido completamente bem-sucedida. Aliás, à tentativa da globalização de gerar uma ordem uniformista, têm sido contrapostos modelos de recontextualização que procuram refletir as realidades locais. Embora num reduzido número de países, África, registou formas de ensino superior endógenas, no período pré-colonial. Depois do espectro colonial que mantém, ainda hoje, a sua influência, os sistemas debatem-se na atualidade com diferentes dilemas, originados pelas correntes da globalização. Porém, o ensino superior em África assume um papel central no contexto do desenvolvimento dos diferentes países contribuindo, igualmente, para a construção da Nação e da sua identidade. Esta dimensão, não é impeditiva do seu envolvimento, nos desafios da sociedade e da economia do conhecimento, buscando, ao mesmo tempo, modelos e práticas equilibradoras, que proporcionem uma resposta satisfatória às necessidades sociais e económicas, nacionais e regionais. Ao enquadrar o sistema de ensino superior em Moçambique merecem destaque as etapas do processo histórico, nomeadamente o surgimento dos estudos gerais universitários como primeira forma de ensino superior mais tarde transformada em universidade, a mudança de paradigma após a independência nacional, a abertura ao setor privado e, ainda, a expansão do sistema. A discussão sobre políticas e estratégias é sustentada pela análise dos respetivos planos estratégicos bem como, pela compreensão das leis fundamentais e respetivos documentos reguladores. Este conjunto de instrumentos concorre para a reforma do sistema, que se procura implementar em Moçambique. Nesta sequência, é de salientar o debate público realizado em torno das qualificações e graus oficialmente estabelecidos, que parece constituir uma problemática ainda não completamente resolvida. Numa outra parte do trabalho, procede-se à apresentação e análise dos resultados de uma investigação sobre o ensino superior em Moçambique. Seguindo uma metodologia de análise qualitativa, foi possível estruturar a informação obtida, em diferentes dimensões e categorias. A informação foi recolhida e tratada, a partir de entrevistas efetuadas a diferentes grupos de atores, direta ou indiretamente relacionados com o ensino superior em Moçambique. Os resultados da análise conduziram à sistematização de um conjunto de linhas de força e ao traçar de conclusões, contributivas para a melhoria do quadro de referência sobre políticas, conceções e práticas do ensino superior em Moçambique.