Service composition for biomedical applications

A exigente inovação na área das aplicações biomédicas tem guiado a evolução das tecnologias de informação nas últimas décadas. Os desafios associados a uma gestão, integração, análise e interpretação eficientes dos dados provenientes das mais modernas tecnologias de hardware e software requerem um esforço concertado. Desde hardware para sequenciação de genes a registos electrónicos de paciente, passando por pesquisa de fármacos, a possibilidade de explorar com precisão os dados destes ambientes é vital para a compreensão da saúde humana. Esta tese engloba a discussão e o desenvolvimento de melhores estratégias informáticas para ultrapassar estes desafios, principalmente no contexto da composição de serviços, incluindo técnicas flexíveis de integração de dados, como warehousing ou federação, e técnicas avançadas de interoperabilidade, como serviços web ou LinkedData. A composição de serviços é apresentada como um ideal genérico, direcionado para a integração de dados e para a interoperabilidade de software. Relativamente a esta última, esta investigação debruçou-se sobre o campo da farmacovigilância, no contexto do projeto Europeu EU-ADR. As contribuições para este projeto, um novo standard de interoperabilidade e um motor de execução de workflows, sustentam a sucesso da EU-ADR Web Platform, uma plataforma para realizar estudos avançados de farmacovigilância. No contexto do projeto Europeu GEN2PHEN, esta investigação visou ultrapassar os desafios associados à integração de dados distribuídos e heterogéneos no campo do varíoma humano. Foi criada uma nova solução, WAVe - Web Analyses of the Variome, que fornece uma coleção rica de dados de variação genética através de uma interface Web inovadora e de uma API avançada. O desenvolvimento destas estratégias evidenciou duas oportunidades claras na área de software biomédico: melhorar o processo de implementação de software através do recurso a técnicas de desenvolvimento rápidas e aperfeiçoar a qualidade e disponibilidade dos dados através da adopção do paradigma de web semântica. A plataforma COEUS atravessa as fronteiras de integração e interoperabilidade, fornecendo metodologias para a aquisição e tradução flexíveis de dados, bem como uma camada de serviços interoperáveis para explorar semanticamente os dados agregados. Combinando as técnicas de desenvolvimento rápidas com a riqueza da perspectiva "Semantic Web in a box", a plataforma COEUS é uma aproximação pioneira, permitindo o desenvolvimento da próxima geração de aplicações biomédicas.

Gestão da sustentabilidade nas organizações: uma nova metodologia

O presente trabalho pretende auxiliar o processo de consolidação do conceito de sustentabilidade no seio das organizações. Partindo de ferramentas de gestão e avaliação já existentes, esta tese sugere a sua integração numa única metodologia, ultrapassando desse modo as limitações e potenciando as suas capacidades enquanto ferramentas isoladas. O modelo proposto para o Sistema de Gestão da Sustentabilidade (SGS) integra assim: o conceito de melhoria contínua característico dos sistemas de gestão normalizados; a capacidade de tradução da perspetiva estratégica da gestão para o plano operacional, característica do Business Scorecard (BSC); e, por fim, a avaliação emergética é ainda utilizada como uma ferramenta de avaliação da sustentabilidade de sistemas. Um objetivo secundário desta tese prende-se com o desenvolvimento de um procedimento para a realização da análise emergética de um sistema. Depois de analisada a literatura referente à utilização da análise emergética, identificou-se como necessária a definição de um procedimento normalizado, adotando um conjunto de tarefas e um formato de apresentação de resultados que permita disseminar o conceito e tornar a ferramenta mais “utilizável”. Por outro lado, procurou-se dotar o procedimento com um conjunto de indicações que permitem ultrapassar limitações e inconvenientes apontados pelos críticos mas também utilizadores do método, nomeadamente: problemas de dupla contagem, cálculo da incerteza da análise e critérios de qualidade da informação utilizada. O modelo dos sistemas de gestão normalizados apresenta um papel central na metodologia proposta. O conceito de “melhoria contínua” afigura-se como fundamental num sistema que pretende implementar o conceito “desenvolvimento sustentável” e avaliar o seu desempenho à luz do mesmo. Assim, o ciclo Plan-Do-check-Act (PDCA) deve ser utilizado para implementar o SGS de acordo com uma Política para a Sustentabilidade que a organização deve desenvolver. Definida a Política, o modelo baseia-se então no ciclo PDCA: fase de planeamento; fase de implementação; fase de verificação; e fase de revisão. É na fase de planeamento do SGS que se sugere a introdução das outras duas ferramentas: a análise emergética (AEm) e o BSC. A fase de planeamento do modelo de SGS proposto neste trabalho foi aplicada à Universidade de Aveiro (UA), incluindo a definição de uma Política para a Sustentabilidade e o planeamento estratégico e operacional. A avaliação emergética à UA foi realizada recorrendo ao procedimento desenvolvido nesta tese e permitiu caracterizar e avaliar os fluxos de recursos que a “alimentam” sob uma só unidade, atribuindo deste modo graus de importância aos diferentes recursos utilizados. A informação representa 96% do total de recursos utilizados na UA, quando avaliados sob o ponto de vista emergética. Para além da informação, os fluxos financeiros representam a maior fatia do orçamento emergético da UA, grande parte dos quais serve para sustentar os serviços prestados pelo corpo docente da UA. Analisando valores históricos de 3 indicadores de desempenho emergético, observa-se que a UA não regista uma evolução positiva em nenhum dos indicadores: a emergia utilizada nos edifícios tem-se mantido mais ou menos constante; a retribuição emergética da UA para a sociedade, avaliada sobre a forma de diplomados, tem diminuído; e a relação emergética entre professores e alunos tem também diminuído, facto que pode refletir-se na qualidade dos “produtos” da UA. Da aplicação do SGS à UA regista-se: a adequabilidade do ciclo PDCA à implementação de um SGS; a capacidade da AEm “obrigar” a organização a adotar uma abordagem sistémica da sua atividade, resultando numa visão mais aprofundada da sua relação com o contexto ambiental, económico e social em que se insere; a importância da visão estratégica e da sua tradução em termos operacionais na fase de planeamento de um SGS; e, por fim, a capacidade de adaptação e dupla funcionalidade (implementação e avaliação) do modelo de SGS proposto. A metodologia de SGS proposta nesta tese, sendo direcionada para todo o tipo de organizações, não se desvirtua quando aplicada ao contexto específico das instituições de ensino superior e permite implementar e avaliar o conceito “desenvolvimento sustentável” nas quatro dimensões da universidade (Educação, Investigação, Operação; Relação com as partes interessadas).

Qualidade de vida e doença mental

Atendendo à conjuntura nacional e internacional que norteia a saúde mental e psiquiatria, a Qualidade de Vida (QDV) das pessoas com doença mental torna-se uma área fundamental de investigação, tendo em conta a sua inquestionável importância na aferição de medidas de intervenção. Um facto observável relaciona-se com um interesse crescente nos últimos anos na QDV da pessoa com doença mental como objeto de investigação. Estudos apontam para que as pessoas com doença mental percecionem a sua QDV inferior às pessoas sem doença mental e/ou com doenças físicas. Esta investigação foi realizada com base em três estudos. O Estudo I pretendeu estudar relações entre variáveis sociodemográficas e clínicas e a QDV de pessoas (n = 39) com doenças do humor (Depressão Major, Distimia, Doença Bipolar e Perturbações Depressivas Sem Outra Especificação). Para isso, foram utilizados o WHOQOL-Bref, o Índice de Graffar, um Questionário de Dados Sociodemográficos e Clínicos e um Guia de Observação. Os dados foram recolhidos no domicílio dos sujeitos. No Estudo II compararam-se diferenças de QDV em duas amostras independentes: sujeitos com doenças do humor (n = 39) e sujeitos sem doença mental diagnosticada (n = 39). Utilizaram-se os mesmos instrumentos do Estudo I exceto o Guia de Observação. Nestes dois estudos os dados foram tratados recorrendo ao IBM SPSS Statistics, versão 19.0. O Estudo III teve como objetivo recolher dados sobre as narrativas dos sujeitos com doença mental e sobre o conhecimento sobre a Rede Nacional de Cuidados Continuados e Integrados de Saúde Mental (RNCCISM). Para esta segunda parte do objetivo foi utilizada uma amostra de profissionais de saúde mental (n = 42) que respondeu a um Questionário sobre a RNCCISM construído para o efeito. Este Instrumento foi validado e do qual resultou uma variável final: “avaliação do conhecimento sobre a RNCCISM”. Os resultados desta pesquisa sugeriram, pelo Estudo I, que a QDV difere em função da doença apresentada pelos sujeitos; encontraram-se também diferenças em relação à idade, sexo, escolaridade, classe social, estado civil e transportes utilizados para a consulta de especialidade. Pelo Estudo II, os resultados indicaram-nos diferenças entre a QDV nos dois grupos, sendo que, o Grupo com doença do humor apresenta scores mas baixos em todos os domínios do WHOOL-Bref que o Grupo sem doença mental diagnosticada. Os dados do EstudoIII sugeriram-nos: i) no primeiro momento, uma reflexão que girou em torno de cinco eixos: o sofrimento; a estigmatização; os eventos de vida perturbadores; o modelo de tratamento adotado pelos profissionais; e o acompanhamento das pessoas com doença mental; ii) no segundo momento, que os enfermeiros são os que, em média, possuíam um score de conhecimento sobre a RNCCISM mais baixo. Esta investigação sugeriu que a QDV das pessoas com doença mental é baixa, indicando algumas relações entre algumas variáveis. Durante o seu desenvolvimento, pretendemos também reforçar a necessidade do envolvimento de todos os profissionais da saúde nas alterações preconizadas, o que permite intervir de forma mais informada. Porque, durante este percurso surgiram dificuldades sérias de acesso à amostra clínica, esta tese chama ainda a atenção para a importância da investigação em saúde mental e psiquiatria e para as formalidades de acesso aos dados que a podem condicionar. De facto, ao assumirmos a QDV como uma medida de resultado em saúde, torna-se importante, por um lado, aprofundar a investigação neste domínio e, por outro, e pelo conhecimento de que já dispomos, equacionar de forma efetiva novas modalidades de intervenção, contribuindo para um plano terapêutico mais amplo, pondo em prática uma filosofia de cuidados mais abrangente e de continuidade, implementando as politicas comunitárias e globais preconizadas para a prestação de cuidados em saúde mental e psiquiatria.

Phenotypic consequences of genome mistranslation in Candida albicans

Várias espécies do género Candida traduzem o codão CUG de leucine como serina. Em C. albicans este codão é traduzido pelo tRNACAG Ser de serina que é reconhecido por leucil- e seril-tRNA sintetases (LeuRS e SerRS), permitindo a incorporação de leucina ou serina em posições com CUG. Em condições padrão de crescimento os codões CUG é incorporam 3% de leucina e 97% de serina, no entanto estes valores são flexíveis uma vez que a incorporação de serina pode variar entre 0.6% e 5% em resposta a condições de stress. Estudos anteriores realizados in vivo em Escherichia coli sugeriram que a ambiguidade em codões CUG é regulada pela SerRS. De facto, o gene da SerRS de C. albicans tem um codão CUG na posição 197 (Ser197) cuja descodificação ambígua resulta na produção de duas isoformas de SerRS. A isoforma SerRS_Leu197 é mais ativa, apesar de menos estável, que a isoforma SerRS_Ser197, suportando a ideia da existência de um feedback loop negativo, envolvendo estas duas isoformas de SerRS, a enzima LeuRS e o tRNACAG Ser, que mantem os níveis de incorporação de leucina no codões CUG baixos. Nesta tese demonstramos que tal mecanismo não é operacional nas células de C. albicans. De facto, os níveis de incorporação de leucina em codões CUG flutuam drasticamente em resposta a alterações ambientais. Por exemplo, a incorporação de leucina pode chegar a níveis de 49.33% na presença de macrófagos e anfotericina B, mostrando a notória tolerância de C. albicans à ambiguidade. Para compreender a relevância biológica da ambiguidade do código genético em C. albicans construímos estirpes que incorporam serina em vários codões. Apesar da taxa crescimento ter sido negativamente afetada em condições padrão de crescimento, as estirpes construídas crescem favoravelmente em várias condições de stresse, sugerindo que a ambiguidade desempenha um papel importante na adaptação a novos nichos ecológicos. O transcriptoma das estirpes construídas de C. albicans e Saccharomyces. cerevisiae mostram que as leveduras respondem à ambiguidade dos codões de modo distinto. A ambiguidade induziu uma desregulação moderada da expressão génica de C. albicans, mas ativou uma resposta comum ao stresse em S. cerevisiae. O único processo celular que foi induzido na maioria das estirpes foi a oxidação redução. De salientar, que enriquecimento em elementos cis de fatores de transcrição que regulam a resposta à ambiguidade em ambas as leveduras foi distinta, sugerindo que ambas respondem ao stresse de modo diferente. Na globalidade, o nosso estudo aprofunda o conhecimento da elevada tolerância à ambiguidade de codões em C. albicans. Os resultados sugerem que este fungo usa a ambiguidade do codão CUG durante infeção, possivelmente para modular a sua interação com o hospedeiro e a resposta a drogas antifúngicas.

Characterization of proteotoxic stress in zebrafish

A fidelidade da síntese proteica é fundamental para a estabilidade do proteoma e para a homeostasia celular. Em condições fisiológicas normais as células têm uma taxa de erro basal associada e esta muitas vezes aumenta com o envelhecimento e doença. Problemas na síntese das proteínas estão associados a várias doenças humanas e aos processos de envelhecimento. De facto, a incorporação de erros nas proteínas devido a tRNAs carregados pelas aminoacil-tRNA sintetases com o amino ácido errado causa doenças neurodegenerativas em humanos e ratos. Ainda não é claro como é que estas doenças se desenvolvem e se são uma consequência directa da disrupção do proteoma ou se são o resultado da toxicidade produzida pela acúmulação de proteínas mal traduzidas ao nível do ribossoma. Para elucidar como é que as células eucarióticas lidam com proteínas aberrantes e agregados proteicos (stress proteotóxico) desenvolvemos uma estratégia para destabilizar o proteoma. Para isso estabelecemos um sistema de erros de tradução em embriões de peixe zebra que assenta em tRNAs mutantes capazes de incorporar erradamente serina nas proteínas. As proteínas produzidas neste sistema despoletam as vias de resposta ao stress, nomeadamente a via da ubiquitina-proteassoma (UPP – “ubiquitin protesome pathway”) e a via do retículo endoplasmático (UPR – “unfolded protein response”). O stress proteotóxico gerado pelos erros de tradução altera a expressão génica e perfis de expressão de miRNAs, o desenvolvimento embrionário e viabilidade, aumenta a produção de espécies reactivas de oxigénio (ROS), leva ainda à acumulação de agregados proteicos e à disfunção mitocondrial. As malformações embrionárias e fenótipos de viabilidade que observámos foram revertidos por antioxidantes, o que sugere que os ROS desempenham papéis importantes nos fenótipos degenerativos celulares induzidos pela produção de proteínas aberrantes e agregação proteica. Estabelecemos ainda uma linha de peixe zebra transgénica para o estudo do stress proteotóxico. Este trabalho mostra que a destabilização do proteoma em embriões de peixe zebra com tRNAs mutantes é uma boa metodologia para estudar a biologia do stress proteotóxico visto que permite a agregação controlada do proteoma, mimetizando os processos de agregação de proteínas que ocorrem naturalmente durante o envelhecimento e em doenças conformacionais humanas.

Avaliação da gestão curricular da matemática : cursos profissionais III

No mundo do trabalho, designadamente na indústria, acentua-se o défice de competências matemáticas nos profissionais da indústria, particularmente a Modelação Matemática, facto que constitui uma preocupação crescente à escala mundial e, obviamente, do sistema educativo português e da comunidade matemática nacional. Este défice é justificado pela falta de formação dos professores em contexto industrial e, de acordo com a National Council of Teachers of Mathematics, pela incapacidade que muitos docentes têm em apresentar a Matemática aplicada a situações laborais. Face à relevância social, económica e política da problemática descrita, centrou-se o presente estudo na Avaliação da Gestão Curricular da Matemática nos Cursos Profissionais de nível III do ensino secundário em Portugal, com enfoque na Modelação Matemática que, segundo os referentes internacionais, é simultaneamente uma competência e uma metodologia de ensino promotora do desenvolvimento de competências matemáticas nos profissionais da indústria. No contexto da gestão do currículo da Matemática para os cursos profissionais de nível III em escolas secundárias portuguesas, desenvolveu-se o presente estudo para se responder à questão de investigação: Em que medida a gestão curricular da Matemática, instituída, intencional e implementada nos cursos profissionais de nível III contempla situações-problema, suscetíveis de promover o desenvolvimento de competências no aluno, relevantes para o seu desempenho profissional? Construiu-se um referencial de avaliação, centrado na dimensão ecológica, segundo o modelo teórico Enfoque Ontosemiótico, abarcando um conjunto de sub-dimensões sobre as quais foram definidos critérios e respetivos indicadores. De realçar, ainda, que o referencial, além de ter servido de instrumento de avaliação da gestão curricular da Matemática nos cursos profissionais de nível III do ensino secundário, serviu, também, como guia orientador no desenho das sete situações-problema de natureza de Modelação Matemática no estudo de funções. O enquadramento metodológico do presente estudo assentou no método Estudo de Caso. Para analisar o caso, selecionaram-se sete unidades integradas de análise, a saber: a gestão curricular da Matemática de cada um dos seis professores participantes e a gestão curricular da Matemática instituída pelos normativos oficiais (programa da componente de formação científica da disciplina de Matemática para os cursos profissionais). Para a análise dos dados empíricos, respeitantes à gestão instituída, recorreuse à análise de conteúdo e teve essencialmente como propósito avaliar em que medida as orientações curriculares, emanadas no Programa da componente de formação científica disciplina de Matemática para os cursos profissionais de nível III, estão em conformidade com os referenciais teóricos. Sequencialmente, a operacionalização da avaliação intencional consubstanciou-se nos planos das aulas cedidos previamente a cada observação. A análise de conteúdo, como técnica de tratamento dos dados empíricos, foi a forma de se aceder às intenções de cada professor participante no estudo. A observação de aulas sucedeu à avaliação do plano de aula, constituindo a forma de avaliar in loco a gestão curricular da Matemática implementada, permitindo avaliar a coerência das observações com as intenções expressas nas planificações. Os registos das observações foram concretizados sob a forma de notas de campo que incluem uma componente descritiva e outra reflexiva que se dirigem para a análise dos dados empíricos recolhidos. Em termos de resultados, a avaliação da gestão curricular instituída foi reveladora de que o postulado pelos referentes para o desenvolvimento de competências tem a sua representação nas orientações curriculares expressas no Programa da componente de formação científica da disciplina de Matemática para os cursos profissionais de nível III. Contrariamente, a gestão curricular da Matemática pelos professores participantes revelou-se muito condicionada ao cumprimento dos conteúdos propostos pelo programa da disciplina. Por conseguinte, a gestão curricular da Matemática por competências, enfatizada no Programa (gestão instituída), encontrou, neste estudo, pouca tradução na gestão curricular intencional e implementada dos professores participantes, na medida em que a mesma não refletiu uma articulação com a componente de formação técnica do curso, visando uma metodologia proactiva no desenho de situações-problema promotoras de desenvolver, nos alunos, competências profícuas para a sua profissão, nomeadamente a Modelação Matemática. De salientar, ainda, que uma percentagem muito significativa de situações-problema propostas pelos professores não são, no geral, pertinentes para os respetivos cursos, não sendo, neste sentido, promotoras do estabelecimento de ligação com a futura performance profissional dos alunos. Tal lacuna parece ter resultado da ausência de trabalho colaborativo entre os professores de Matemática e os restantes docentes que constituem a equipa formativa do curso, lacuna que dificulta a articulação e coordenação em prol de um ensino contextualizado, ou ainda pela ausência de formação contínua pelos professores, no âmbito de temáticas inerentes à gestão curricular a cursos profissionais.

Avaliação em contextos de blended learning no ensino superior

The increasing complexity of the Information Society and the Bologna Declaration in the European context has led Higher Education (HE) institutions to revise their curricula courses, as far as the adoption of new strategies for teaching and learning as well as evaluation are concerned. It can also be emphasized that there has been a growing use of eLearning and of blended learning (bLearning) in HE, since these modes of training seem to be a very convenient option for lifelong learning. In this context, quality is taken as an essential goal in the development of the European Space for Education and Training, where HE institutions compete among themselves, and where evaluation is determinant as a promoter of this quality. Considering the problems summarized above, the research developed, based on four published scientific papers, intended to answer a set of research questions related to evaluation of bLearning contexts in HE. The study used diverse techniques and instruments (questionnaires, document analysis, and observation mediated technologies) spanning two methodological approaches: i) study of descriptive and exploratory nature and ii) case studies of bLearning modules. In the first approach an evaluation model for bLearning courses was developed, where we collected and analyzed, at a national level, the opinions of teachers with bLearning experience about the model dimensions. The case studies presented are post graduation curricular units, where bLearning teaching, learning and evaluation strategies were explored and evaluated, namely peer assessment. The main contributions of the first approach are: the process of questioning around the evaluation of bLearning courses, namely the quality assurance criteria for bLearning, as well as the model developed, providing a framework of theoretical, methodological and empirical elements that can be adapted in similar contexts. From the case studies emerged: the developed evaluation guidelines and the data collection instruments, in order to disseminate evaluation “best practices” that may be useful for other units in similar contexts. Regarding the recommendations about the evaluation of teaching of bLearning courses we emphasize: the use of versatile evaluation objects; the evaluation throughout the process and not just at the end; and the involvement of multiple evaluators, including students (whose feedback is essential to monitor the quality of teaching and learning). From the case studies we highlight: the need for discussion of evaluation frameworks to explore, and consequent increase in the transparency of the evaluation process; the increased interaction between groups; and the peer assessment as a strategy to promote active and autonomous learning. In addition to the contributions and recommendations for practice and research in the area of evaluation in bLearning contexts in HE, listed above, it also emerged from this study useful guidelines regarding educational evaluation in bLearning contexts, in order to improve the quality of teaching, learning and evaluation in such contexts.

Ressonância magnética em estudos de produção de fala

Estudar os mecanismos subjacentes à produção de fala é uma tarefa complexa e exigente, requerendo a obtenção de dados mediante a utilização de variadas técnicas, onde se incluem algumas modalidades imagiológicas. De entre estas, a Ressonância Magnética (RM) tem ganho algum destaque, nos últimos anos, posicionando-se como uma das mais promissoras no domínio da produção de fala. Um importante contributo deste trabalho prende-se com a otimização e implementação de protocolos (RM) e proposta de estratégias de processamento de imagem ajustados aos requisitos da produção de fala, em geral, e às especificidades dos diferentes sons. Para além disso, motivados pela escassez de dados para o Português Europeu (PE), constitui-se como objetivo a obtenção de dados articulatórios que permitam complementar informação já existente e clarificar algumas questões relativas à produção dos sons do PE (nomeadamente, consoantes laterais e vogais nasais). Assim, para as consoantes laterais foram obtidas imagens RM (2D e 3D), através de produções sustidas, com recurso a uma sequência Eco de Gradiente (EG) rápida (3D VIBE), no plano sagital, englobando todo o trato vocal. O corpus, adquirido por sete falantes, contemplou diferentes posições silábicas e contextos vocálicos. Para as vogais nasais, foram adquiridas, em três falantes, imagens em tempo real com uma sequência EG - Spoiled (TurboFLASH), nos planos sagital e coronal, obtendo-se uma resolução temporal de 72 ms (14 frames/s). Foi efetuada aquisição sincronizada das imagens com o sinal acústico mediante utilização de um microfone ótico. Para o processamento e análise de imagem foram utilizados vários algoritmos semiautomáticos. O tratamento e análise dos dados permitiu efetuar uma descrição articulatória das consoantes laterais, ancorada em dados qualitativos (e.g., visualizações 3D, comparação de contornos) e quantitativos que incluem áreas, funções de área do trato vocal, extensão e área das passagens laterais, avaliação de efeitos contextuais e posicionais, etc. No que respeita à velarização da lateral alveolar /l/, os resultados apontam para um /l/ velarizado independentemente da sua posição silábica. Relativamente ao /L/, em relação ao qual a informação disponível era escassa, foi possível verificar que a sua articulação é bastante mais anteriorizada do que tradicionalmente descrito e também mais extensa do que a da lateral alveolar. A resolução temporal de 72 ms conseguida com as aquisições de RM em tempo real, revelou-se adequada para o estudo das características dinâmicas das vogais nasais, nomeadamente, aspetos como a duração do gesto velar, gesto oral, coordenação entre gestos, etc. complementando e corroborando resultados, já existentes para o PE, obtidos com recurso a outras técnicas instrumentais. Para além disso, foram obtidos novos dados de produção relevantes para melhor compreensão da nasalidade (variação área nasal/oral no tempo, proporção nasal/oral). Neste estudo, fica patente a versatilidade e potencial da RM para o estudo da produção de fala, com contributos claros e importantes para um melhor conhecimento da articulação do Português, para a evolução de modelos de síntese de voz, de base articulatória, e para aplicação futura em áreas mais clínicas (e.g., perturbações da fala).

O desenho da comunicação como conhecimento

As últimas décadas do séc. XX assistiram a um crescente protagonismo do Design de Informação que, desde então, tem sofrido inúmeras formas e designações, num processo de afirmação e auto descoberta. A proliferação de dados disponíveis deu ao design e em particular a este ramo do desenho para a compreensão, uma visibilidade crescente e a responsabilidade de encontrar, a partir da informação, novos meios para a construção de sentido. Do design à engenharia informática, são várias as disciplinas que convergem hoje nesse desígnio ainda que sob diferentes modelos e ferramentas. Esta convergência promove uma comparação entre modelos, que tendem a ser tanto mais valorizados quanto mais objectivas as representações. De Playfair a Bertin, as representações gráficas dos últimos duzentos anos têm-se situado no âmbito de disciplinas como a Economia, Sociologia ou a Gestão, explorando metáforas funcionais com vista à evidência da tradução numérica. O Design, enquanto mediador cultural e através do Desenho, tende a acrescentar ao mesmo exercício uma dimensão narrativa ou ilustrativa, convocando a própria existência do autor na interpretação dos mesmos dados numéricos. Com esta investigação, novos processos de semiose se oferecem, associando à objectividade dos dados quantitativos, a subjectividade da cultura formulada a partir do indivíduo enquanto intérprete. Na procura do conhecimento, reconhece-se assim que o desenho da informação ganha competências pela mediação da experiência, religando ética, técnica e estética.

O interesse socioeducativo (e as dificuldades) de traduzir em português-espanhol

O Projeto que apresentamos insere-se nos estudos do Mestrado em Tradução Especializada dentro da vertente da Saúde e Ciências da Vida; é por isso que, partindo de um texto/suporte que visa promover uma alimentação saudável nas escolas (manual de referência difundido pelos Ministérios da Educação e Ciência e Ministério da Saúde de Portugal), procedemos à tradução (de português para espanhol) de um conteúdo que suscita, nos nossos dias, um grande interesse socioeducativo e cultural. É preciso destacar que o facto de ter nascido e vivido na Venezuela durante doze anos permitiu-me superar com êxito os meus estudos de espanhol na Licenciatura e no referido Mestrado; mas, ao mesmo tempo, tive que me adaptar, enquanto cidadã portuguesa, ao complexo e inacabado processo de ir interiorizando estas duas línguas – português/espanhol – tão próximas e no entanto com sistemas linguísticos bem distintos. Esta evidência encontra a sua maior justificação no grande capítulo dos erros (de forma e de significado) que consegui detetar e analisar graças à ajuda da minha professora orientadora, ao longo deste meu primeiro trabalho académico (texto traduzido para espanhol). Só agora, depois da minha primeira e “ingénua” tradução desse texto/manual, sou capaz de perceber com toda nitidez a dimensão do erro na atividade tradutora, assim como das suas consequências. Além desta importante reflexão, também o facto de elaborar este projeto permitiu-me abordar um aspeto linguístico da língua espanhola que me cativa pessoalmente (no que me diz respeito): o das variantes lexicais do castelhano nos países hispanofalantes. Não duvido em apontar um outro aspeto fundamental: o esforço de ter tido que corrigir minuciosamente e com rigor esta tarefa tradutora (com os seus respetivos comentários tradutológicos) converteu-se numa fonte de múltiplas satisfações pessoais; são aquelas que têm a ver com o cultivo de valores tais como o esforço, o espírito de superação, o exercício da responsabilidade e o (re)conhecimento da honestidade intelectual, entre outros.

Codon ambiguities as a mechanism to alter the genetic code in Saccharomyces cerevisiae

Although the genetic code is generally viewed as immutable, alterations to its standard form occur in the three domains of life. A remarkable alteration to the standard genetic code occurs in many fungi of the Saccharomycotina CTG clade where the Leucine CUG codon has been reassigned to Serine by a novel transfer RNA (Ser-tRNACAG). The host laboratory made a major breakthrough by reversing this atypical genetic code alteration in the human pathogen Candida albicans using a combination of tRNA engineering, gene recombination and forced evolution. These results raised the hypothesis that synthetic codon ambiguities combined with experimental evolution may release codons from their frozen state. In this thesis we tested this hypothesis using S. cerevisiae as a model system. We generated ambiguity at specific codons in a two-step approach, involving deletion of tRNA genes followed by expression of non-cognate tRNAs that are able to compensate the deleted tRNA. Driven by the notion that rare codons are more susceptible to reassignment than those that are frequently used, we used two deletion strains where there is no cognate tRNA to decode the rare CUC-Leu codon and AGG-Arg codon. We exploited the vulnerability of the latter by engineering mutant tRNAs that misincorporate Ser at these sites. These recombinant strains were evolved over time using experimental evolution. Although there was a strong negative impact on the growth rate of strains expressing mutant tRNAs at high level, such expression at low level had little effect on cell fitness. We found that not only codon ambiguity, but also destabilization of the endogenous tRNA pool has a strong negative impact in growth rate. After evolution, strains expressing the mutant tRNA at high level recovered significantly in several growth parameters, showing that these strains adapt and exhibit higher tolerance to codon ambiguity. A fluorescent reporter system allowing the monitoring of Ser misincorporation showed that serine was indeed incorporated and possibly codon reassignment was achieved. Beside the overall negative consequences of codon ambiguity, we demonstrated that codons that tolerate the loss of their cognate tRNA can also tolerate high Ser misincorporation. This raises the hypothesis that these codons can be reassigned to standard and eventually to new amino acids for the production of proteins with novel properties, contributing to the field of synthetic biology and biotechnology.

Identification of molecules and pathways regulating mistranslation in Candida albicans

Candida albicans is the major fungal pathogen in humans, causing diseases ranging from mild skin infections to severe systemic infections in immunocompromised individuals. The pathogenic nature of this organism is mostly due to its capacity to proliferate in numerous body sites and to its ability to adapt to drastic changes in the environment. Candida albicans exhibit a unique translational system, decoding the leucine-CUG codon ambiguously as leucine (3% of codons) and serine (97%) using a hybrid serine tRNA (tRNACAGSer). This tRNACAGSer is aminoacylated by two aminoacyl tRNA synthetases (aaRSs): leucyl-tRNA synthetase (LeuRS) and seryl-tRNA synthetase (SerRS). Previous studies showed that exposure of C. albicans to macrophages, oxidative, pH stress and antifungals increases Leu misincorporation levels from 3% to 15%, suggesting that C. albicans has the ability to regulate mistranslation levels in response to host defenses, antifungals and environmental stresses. Therefore, the hypothesis tested in this work is that Leu and Ser misincorporation at CUG codons is dependent upon competition between the LeuRS and SerRS for the tRNACAGSer. To test this hypothesis, levels of the SerRS and LeuRS were indirectly quantified under different physiological conditions, using a fluorescent reporter system that measures the activity of the respective promoters. Results suggest that an increase in Leu misincorporation at CUG codons is associated with an increase in LeuRS expression, with levels of SerRS being maintained. In the second part of the work, the objective was to identify putative regulators of SerRS and LeuRS expression. To accomplish this goal, C. albicans strains from a transcription factor knock-out collection were transformed with the fluorescent reporter system and expression of both aaRSs was quantified. Alterations in the LeuRS/SerRS expression of mutant strains compared to wild type strain allowed the identification of 5 transcription factors as possible regulators of expression of LeuRS and SerRS: ASH1, HAP2, HAP3, RTG3 and STB5. Globally, this work provides the first step to elucidate the molecular mechanism of regulation of mistranslation in C. albicans.