The Seville Expert Workshop for Progress in Posttransplant Lymphoproliferative Disorders

Posttransplant lymphoproliferative disorders (PTLDs) are associated with significant morbidity and mortality among solid-organ transplant patients, but approaches to diagnosis and management vary considerably. An international multidisciplinary panel evaluated current understanding of risk factors and classification systems and developed recommendations to aid in PTLD prevention. We considered evidence on PTLD risk factors including Epstein- Barr virus serostatus and immunosuppression and identified knowledge gaps for future research. Recommendations address prophylactic and preemptive strategies to minimize PTLD development, including modulation of immunosuppression and antiviral drug regimens. Finally, new classification criteria were outlined that may help facilitate standardized reporting and improve our understanding of PTLD.

Different approaches for dealing with rare variants in family-based genetic studies: application of a Genetic Analysis Workshop 17 problem

Rare variants are becoming the new candidates in the search for genetic variants that predispose individuals to a phenotype of interest. Their low prevalence in a population requires the development of dedicated detection and analytical methods. A family-based approach could greatly enhance their detection and interpretation because rare variants are nearly family specific. In this report, we test several distinct approaches for analyzing the information provided by rare and common variants and how they can be effectively used to pinpoint putative candidate genes for follow-up studies. The analyses were performed on the mini-exome data set provided by Genetic Analysis Workshop 17. Eight approaches were tested, four using the trait’s heritability estimates and four using QTDT models. These methods had their sensitivity, specificity, and positive and negative predictive values compared in light of the simulation parameters. Our results highlight important limitations of current methods to deal with rare and common variants, all methods presented a reduced specificity and, consequently, prone to false positive associations. Methods analyzing common variants information showed an enhanced sensibility when compared to rare variants methods. Furthermore, our limited knowledge of the use of biological databases for gene annotations, possibly for use as covariates in regression models, imposes a barrier to further research.

Principais conclusões do workshop conjunto dos programas FAPESP BIOTA-BIOEN-mudanças climáticas: ciência e políticas públicas para uma economia mais verde, no contexto da RIO+20

Este Ponto de Vista resume as conclusões de um Workshop conjunto, organizado pelos três Programas da FAPESP na Área Ambiental - BIOTA (O Instituto Virtual da Biodiversidade) - BIOEN (Pesquisa em Bioenergia) - Mudanças Climáticas, para discutir a contribuição da comunidade científica para a RIO+20, a Conferência das Nações Unidas para o Desenvolvimento Sustentável. O grupo de pesquisadores brasileiros reunidos pela FAPESP no início de março de 2012 levantou as seguintes preocupações: a) o número reduzido de oportunidades para a comunidade científica interagir com Conferências como a RIO+20; b) as graves deficiências do ZeroDraft, documento produzido pela Divisão das Nações Unidas para o Desenvolvimento Sustentável para a RIO +20; c) o fato do foco de pesquisa dos três Programas de Pesquisa Ambiental da FAPESP - biodiversidade, bioenergia e mudanças climáticas - não estarem na pauta das discussões da RIO+20; d) que pouca ênfase é dada aos oceanos na Agenda da Conferência; e) em relação aos mecanismos de mercado associados com a transição para uma economia mais verde, a necessidade de enfatizar a redução de subsídios perversos e a promoção de incentivos econômicos para atividades ou processos de mitigação e/ou seqüestro de carbono; f) a necessidade de estimular o desenvolvimento e a consolidação da pesquisa na área de avaliação e valoração de serviços ambientais, no Brasil. Os participantes do Workshop reconheceram a necessidade de aprofundar o conhecimento sobre as convenções, tratados e acordos internacionais assinados e ratificados pelo Brasil, bem como as instituições internacionais, programas e iniciativas que promovem a participação da comunidade científica no debate de políticas ambientais globais. Finalmente, do ponto de vista dos três programas da FAPESP dois pontos foram destacados: a) que é imperativo aprofundar o conhecimento científico em cada uma das três áreas focais - biodiversidade, bioenergia e mudanças climáticas - porque é necessário aumentar a massa crítica de pesquisadores e do conhecimento para participar das discussões internacionais nessas áreas estratégicas; b) também é imperativo apoiar e promover projetos de pesquisa que integrem as áreas focais dos três programas, estimulando a constituição de equipes inter e transdisciplinares. Esta é uma tendência mundial na área das mudanças ambientais globais, e os participantes dos três programas sentem que podem dar uma contribuição significativa para o avanço do conhecimento, para o debate internacional e para a efetiva solução dos problemas.