Ontology for Data Representation in the Production of Cotton Fiber in Brazil

An important feature in computer systems developed for the agricultural sector is to satisfy the heterogeneity of data generated in different processes. Most problems related with this heterogeneity arise from the lack of standard for different computing solutions proposed. An efficient solution for that is to create a single standard for data exchange. The study on the actual process involved in cotton production was based on a research developed by the Brazilian Agricultural Research Corporation (EMBRAPA) that reports all phases as a result of the compilation of several theoretical and practical researches related to cotton crop. The proposition of a standard starts with the identification of the most important classes of data involved in the process, and includes an ontology that is the systematization of concepts related to the production of cotton fiber and results in a set of classes, relations, functions and instances. The results are used as a reference for the development of computational tools, transforming implicit knowledge into applications that support the knowledge described. This research is based on data from the Midwest of Brazil. The choice of the cotton process as a study case comes from the fact that Brazil is one of the major players and there are several improvements required for system integration in this segment.

Photo-activated phase separation in giant vesicles made from different lipid mixtures

Using giant unilamellar vesicles (GUVs) made from POPC. DPPC, cholesterol and a small amount of a porphyrin-based photosensitizer that we name PE-porph, we investigated the response of the lipid bilayer under visible light, focusing in the formation of domains during the lipid oxidation induced by singlet oxygen. This reactive species is generated by light excitation of PE-porf in the vicinity of the membrane, and thus promotes formation of hydroperoxides when unsaturated lipids and cholesterol are present. Using optical microscopy we determined the lipid compositions under which GUVs initially in the homogeneous phase displayed Lo-Ld phase separation following irradiation. Such an effect is attributed to the in situ formation of both hydroperoxized POPC and cholesterol. The boundary line separating homogeneous Lo phase and phase coexistence regions in the phase diagram is displaced vertically towards the higher cholesterol content in respect to ternary diagram of POPC:DPPC:cholesterol mixtures in the absence of oxidized species. Phase separated domains emerge from sub-micrometer initial sizes to evolve over hours into large Lo-Ld domains completely separated in the lipid membrane. This study provides not only a new tool to explore the kinetics of domain formation in mixtures of lipid membranes, but may also have implications in biological signaling of redox misbalance. (C) 2011 Elsevier B.V. All rights reserved.

Em torno da instância da imagem ao vivo

Este artigo procura resumir a hipótese da «instância da imagem ao vivo» a partir da descrição da natureza do espaço público, entendido aqui como um ambiente comunicacional, mais que institucional ou jurídico. A instância da imagem ao vivo é apresentada não como sendo a imagem ao vivo em si mesma, mas o plano de representação em que ela se inscreve, plano este que se põe como o principal fator de unificação do espaço público em seu sentido mais amplo. Segundo a presente hipótese, as novas possibilidades tecnológicas da era digital não revogam esse plano: apenas o revigoram à medida que o problematizam

Tailored SERS substrates obtained with cathodic arc plasma ion implantation of gold nanoparticles into a polymer matrix

This manuscript reports on the fabrication of plasmonic substrates using cathodic arc plasma ion implantation, in addition to their performance as SERS substrates. The technique allows for the incorporation of a wide layer of metallic nanoparticles into a polymer matrix, such as PMMA. The ability to pattern different structures using the PMMA matrix is one of the main advantages of the fabrication method. This opens up new possibilities for obtaining tailored substrates with enhanced performance for SERS and other surface-enhanced spectroscopies, as well as for exploring the basic physics of patterned metal nanostructures. The architecture of the SERS-active substrate was varied using three adsorption strategies for incorporating a laser dye (rhodamine): alongside the nanoparticles into the polymer matrix, during the polymer cure and within nanoholes lithographed on the polymer. As a proof-of-concept, we obtained the SERS spectra of rhodamine for the three types of substrates. The hypothesis of incorporation of rhodamine molecules into the polymer matrix during the cathodic arc plasma ion implantation was supported by FDTD (Finite-Difference Time-Domain) simulations. In the case of arrays of nanoholes, rhodamine molecules could be adsorbed directly on the gold surface, then yielding a well-resolved SERS spectrum for a small amount of analyte owing to the short-range interactions and the large longitudinal field component inside the nanoholes. The results shown here demonstrate that the approach based on ion implantation can be adapted to produce reproducible tailored substrates for SERS and other surface-enhanced spectroscopies.

Análise da reprodutibilidade de parâmetros no domínio da frequência do sinal EMG utilizados na caracterização da fadiga muscular localizada

O objetivo deste estudo foi analisar a reprodutibilidade de parâmetros no domínio da frequência do sinal eletromiográfico (EMG) utilizados na caracterização da fadiga muscular localizada. Quinze sujeitos do sexo masculino foram submetidos a um teste de fadiga baseado na extensão isométrica de joelho, sendo realizados em três momentos distintos com intervalos de sete dias. Para avaliar a reprodutibilidade dos dados entres os testes calculou-se o coeficiente de correlação intraclasse (CCI) para a frequência mediana (Fmed) no tempo total de exercício (FmedT), para a Fmed obtida a cada 10% do tempo de exercício (Fmed10%) e para as potências das bandas de frequência, obtidas da divisão do espectro de potência a cada 20 Hz. Os resultados demonstraram: (1) boa reprodutibilidade para a FmedT; (2) boa reprodutibilidade para a Fmed10%; e (3) maior variação no sinal EMG nas bandas de 20 a 120 Hz, no qual se destacam as bandas de 20-40 Hz e de 40-60 Hz, demonstrando maior sensibilidade ao processo de fadiga muscular. Conclui-se que a Fmed é uma variável que apresenta boa reprodutibilidade e que a análise fragmentada do espectro de potência, por meio das bandas de frequência, demonstrou-se sensível as variações que ocorrem no sinal EMG durante a instalação do processo de fadiga, tendo potencial para se tornar um novo método para a caracterização da fadiga muscular localizada.

Identification of novel components of NAD-utilizing metabolic pathways and prediction of their biochemical functions

Nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) is a ubiquitous cofactor participating in numerous redox reactions. It is also a substrate for regulatory modifications of proteins and nucleic acids via the addition of ADP-ribose moieties or removal of acyl groups by transfer to ADP-ribose. In this study, we use in-depth sequence, structure and genomic context analysis to uncover new enzymes and substrate-binding proteins in NAD-utilizing metabolic and macromolecular modification systems. We predict that Escherichia coli YbiA and related families of domains from diverse bacteria, eukaryotes, large DNA viruses and single strand RNA viruses are previously unrecognized components of NAD-utilizing pathways that probably operate on ADP-ribose derivatives. Using contextual analysis we show that some of these proteins potentially act in RNA repair, where NAD is used to remove 2'-3' cyclic phosphodiester linkages. Likewise, we predict that another family of YbiA-related enzymes is likely to comprise a novel NAD-dependent ADP-ribosylation system for proteins, in conjunction with a previously unrecognized ADP-ribosyltransferase. A similar ADP-ribosyltransferase is also coupled with MACRO or ADP-ribosylglycohydrolase domain proteins in other related systems, suggesting that all these novel systems are likely to comprise pairs of ADP-ribosylation and ribosylglycohydrolase enzymes analogous to the DraG-DraT system, and a novel group of bacterial polymorphic toxins. We present evidence that some of these coupled ADP-ribosyltransferases/ribosylglycohydrolases are likely to regulate certain restriction modification enzymes in bacteria. The ADP-ribosyltransferases found in these, the bacterial polymorphic toxin and host-directed toxin systems of bacteria such as Waddlia also throw light on the evolution of this fold and the origin of eukaryotic polyADP-ribosyltransferases and NEURL4-like ARTs, which might be involved in centrosomal assembly. We also infer a novel biosynthetic pathway that might be involved in the synthesis of a nicotinate-derived compound in conjunction with an asparagine synthetase and AMPylating peptide ligase. We use the data derived from this analysis to understand the origin and early evolutionary trajectories of key NAD-utilizing enzymes and present targets for future biochemical investigations.

White paper sobre Open Source, Open Access, open Standards e o futuro da catalogação

The discussions on the future of cataloging has received increased attention in the last ten years, mainly due to the impact of rapid development of information and communication technologies in the same period, which has provided access to the Web anytime, anywhere. These discussions revolve around the need for a new bibliographic framework to meet the demand of this new reality in the digital environment, ie how libraries can process, store, deliver, share and integrate their collections (physical, digital or scanned), in current post-PC era? Faced with this question, Open Access, Open Source and Open Standards are three concepts that need to receive greater attention in the field of Library and Information Science, as it is believed to be fundamental elements for the change of paradigm of descriptive representation, currently based conceptually on physical item rather than intellectual work. This paper aims to raise and discuss such issues and instigate information professionals, especially librarians, to think, discuss and propose initiatives for such problems, contributing and sharing ideas and possible solutions, in multidisciplinary teams. At the end is suggested the effective creation of multidisciplinary and inter-institutional study groups on the future of cataloging and its impact on national collections, in order to contribute to the area of descriptive representation in national and international level

O desenho no processo projetivo: estudo das representações gráficas de projetos de Paulo Mendes da Rocha

Há anos vem-se questionando o papel da representação gráfica na arquitetura, diante das novas tecnologias gráficas computacionais e novos processos projetivos delas decorrentes. Entretanto, o desenho à mão livre ainda se mostra atuante no processo projetivo, marcado por um olhar atento, uma percepção individual e um tempo de execução que permite imersão, entrega e reflexão. Este artigo apresenta uma análise a partir de um olhar mais atento ao desenho de projetos do arquiteto Paulo Mendes da Rocha, como contribuição para a discussão sobre o papel do desenho analógico no processo projetivo. Foram selecionados alguns projetos do arquiteto: Projeto para o Concurso de remodelação do centro urbano de Santiago (Chile); Estádio Serra Dourada; Edifício Jaraguá, Caetano de Campos; Ginásio do Clube Atlético Paulistano (1958); Residência no Butantã (1964); residência Fernando Millan (1970) e Museu Brasileiro da Escultura (1986). Este artigo apresenta estudos de leitura sobre os desenhos originais do arquiteto com o objetivo de detectar as intenções projetuais, conceitos e características do projeto. Foram feitas marcações gráficas sobre os desenhos originais, evidenciando uma leitura particular do pesquisador que permitiu uma melhor compreensão dos projetos.

O uso da maquete física como ferramenta de leitura do patrimônio cultural

O presente artigo vincula-se às pesquisas do Núcleo de Apoio à Pesquisa em Estudos de Linguagem em Arquitetura e Cidade (N.ELAC), que atua na área de Linguagem e Representação. Diante das diversas formas de representação em arquitetura (desenho, maquete, modelos digitais), nesta pesquisa o modelo tridimensional físico é trazido como ferramenta que proporciona maior facilidade de leitura do projeto e tratado como meio de aproximação da comunidade ao patrimônio arquitetônico, envolvendo, sobretudo, a arquitetura moderna paulista. Como estudo de caso, escolheu-se o Edifício E1, obra de Ernest Mange e Hélio Duarte. Localizado no campus da USP em São Carlos, é considerado patrimônio da cidade, entretanto, encontra-se praticamente enclausurado no interior do campus, dificultando maior contato da comunidade com o edifício. Durante sua execução, foi utilizado apenas o desenho como ferramenta de representação de projeto, não incluindo nenhum tipo de modelo tridimensional (físico ou digital). A partir do levantamento das representações gráficas utilizadas, foi possível fazer uma comparação entre o nível de compreensão do projeto apenas com as peças gráficas dos arquitetos e a partir do modelo físico, produzido pela pesquisadora. Realizou-se um pré-teste em escola pública municipal, que indicou um aumento no interesse desses alunos pelo edifício em questão.