Algorithmes de construction et correction d'arbres de gènes par la réconciliation

Les gènes, qui servent à encoder les fonctions biologiques des êtres vivants, forment l'unité moléculaire de base de l'hérédité. Afin d'expliquer la diversité des espèces que l'on peut observer aujourd'hui, il est essentiel de comprendre comment les gènes évoluent. Pour ce faire, on doit recréer le passé en inférant leur phylogénie, c'est-à-dire un arbre de gènes qui représente les liens de parenté des régions codantes des vivants. Les méthodes classiques d'inférence phylogénétique ont été élaborées principalement pour construire des arbres d'espèces et ne se basent que sur les séquences d'ADN. Les gènes sont toutefois riches en information, et on commence à peine à voir apparaître des méthodes de reconstruction qui utilisent leurs propriétés spécifiques. Notamment, l'histoire d'une famille de gènes en terme de duplications et de pertes, obtenue par la réconciliation d'un arbre de gènes avec un arbre d'espèces, peut nous permettre de détecter des faiblesses au sein d'un arbre et de l'améliorer. Dans cette thèse, la réconciliation est appliquée à la construction et la correction d'arbres de gènes sous trois angles différents: 1) Nous abordons la problématique de résoudre un arbre de gènes non-binaire. En particulier, nous présentons un algorithme en temps linéaire qui résout une polytomie en se basant sur la réconciliation. 2) Nous proposons une nouvelle approche de correction d'arbres de gènes par les relations d'orthologie et paralogie. Des algorithmes en temps polynomial sont présentés pour les problèmes suivants: corriger un arbre de gènes afin qu'il contienne un ensemble d'orthologues donné, et valider un ensemble de relations partielles d'orthologie et paralogie. 3) Nous montrons comment la réconciliation peut servir à "combiner'' plusieurs arbres de gènes. Plus précisément, nous étudions le problème de choisir un superarbre de gènes selon son coût de réconciliation.

L'éthique et sa place dans la nature

Une des questions centrales de la métaéthique est celle de savoir si les propriétés morales sont des propriétés naturelles ou non-naturelles. Ce mémoire fait valoir que nous ferions bien de remettre en question une constellation d’arguments en faveur du non-naturalisme moral : l’argument de la question ouverte, l’intuition normative et l’argument du gouffre. L’influent argument de la question ouverte de Moore, d’abord, ne soutient le non-naturalisme que s’il commet une pétition de principe. L’intuition normative commet ou bien le sophisme d’inférer sur la base de sa différence spécifique qu’une chose n’appartient pas à un genre donné, ou bien sous-estime la panoplie de propriétés naturelles qui possèdent les caractéristiques censées être distinctives des propriétés morales et normatives. L’argument du gouffre, quant à lui, sous-estime l’ubiquité du fossé logique et conceptuel censé marquer une discontinuité métaphysique profonde entre les domaines normatif et naturel.