Algorithmes de construction et correction d'arbres de gènes par la réconciliation

Les gènes, qui servent à encoder les fonctions biologiques des êtres vivants, forment l'unité moléculaire de base de l'hérédité. Afin d'expliquer la diversité des espèces que l'on peut observer aujourd'hui, il est essentiel de comprendre comment les gènes évoluent. Pour ce faire, on doit recréer le passé en inférant leur phylogénie, c'est-à-dire un arbre de gènes qui représente les liens de parenté des régions codantes des vivants. Les méthodes classiques d'inférence phylogénétique ont été élaborées principalement pour construire des arbres d'espèces et ne se basent que sur les séquences d'ADN. Les gènes sont toutefois riches en information, et on commence à peine à voir apparaître des méthodes de reconstruction qui utilisent leurs propriétés spécifiques. Notamment, l'histoire d'une famille de gènes en terme de duplications et de pertes, obtenue par la réconciliation d'un arbre de gènes avec un arbre d'espèces, peut nous permettre de détecter des faiblesses au sein d'un arbre et de l'améliorer. Dans cette thèse, la réconciliation est appliquée à la construction et la correction d'arbres de gènes sous trois angles différents: 1) Nous abordons la problématique de résoudre un arbre de gènes non-binaire. En particulier, nous présentons un algorithme en temps linéaire qui résout une polytomie en se basant sur la réconciliation. 2) Nous proposons une nouvelle approche de correction d'arbres de gènes par les relations d'orthologie et paralogie. Des algorithmes en temps polynomial sont présentés pour les problèmes suivants: corriger un arbre de gènes afin qu'il contienne un ensemble d'orthologues donné, et valider un ensemble de relations partielles d'orthologie et paralogie. 3) Nous montrons comment la réconciliation peut servir à "combiner'' plusieurs arbres de gènes. Plus précisément, nous étudions le problème de choisir un superarbre de gènes selon son coût de réconciliation.

Le collectif contrarié : analyse des manifestations du sujet national et de sa remise en cause dans l'oeuvre de Robert Morin

La nation s’est affirmée à partir de la fin du 18e siècle comme l’un des grands paramètres de la modernité. Sa remise en cause, tout spécialement dans les dernières décennies du siècle dernier, est à la fois partie prenante et symptomatique de l’actuel phénomène d’effritement des identités collectives. Le Québec n’échappe pas à ce courant de fond, comme en témoigne l’œuvre du vidéaste et cinéaste Robert Morin, qui propose une galerie de personnages en manque d’attaches et souvent réduits à leur propre subjectivité. Dans un contexte de questionnement généralisé des concepts de nation et de collectivité, ces individualités se sentent isolées et tentent désespérément de réactualiser les liens qui les unissent à leurs semblables, mais sans grand succès. La communauté revêt ainsi une dimension nostalgique, parcourant l’œuvre de Morin dans son entièreté et se manifestant de différentes manières, tant à l’écran qu’à travers son approche du médium qui reste grandement tributaire des pratiques filmiques et vidéographiques des années ’60 et ’70. Écartelé entre la prise de conscience de son isolement et son désir d’appartenir à une entité collective, qu’elle soit nationale ou autre, le sujet délié que l’on retrouve chez Morin, comme cette thèse tente de le démontrer, subit ce phénomène de déliaison et lutte simultanément pour l’enrayer.

Eventual benefits : kristevan readings of female subjectivity in Henry James’s Late Novels

“Eventual Benefits: Kristevan Readings of Female Subjectivity in Henry James’s Late Novels” examine la construction de la subjectivité féminine dans les romans de la phase majeure de Henry James, notamment What Maisie Knew, The Awkward Age, The Portrait of a Lady, The Wings of the Dove et The Golden Bowl. Les personnages féminins de James se trouvent souvent dans des circonstances sociales ou familiales qui défavorisent l’autonomie psychique, et ces subordinations sont surtout nuisibles pour les jeunes personnages de l’auteur. Quant aux femmes américaines expatriées de ces romans, elles éprouvent l’objectification sociale et pécuniaire des européens : en conséquence, elles déploient des tactiques contraires afin d’inverser leurs diminutions et instaurer leurs individualités. Ma recherche des protocoles qui subventionnent l’affranchissement de ces femmes procède dans le cadre des théories avancées par Julia Kristeva. En utilisant les postulats kristeviens d’abjection et de mélancolie, d’intertextualité, de maternité et de grossesse, du pardon et d’étrangeté, cette thèse explore les stratégies disparates et résistantes des femmes chez James et elle parvient à une conception de la subjectivité féminine comme un processus continuellement ajourné.

Processus de traduction et institutionnalisation d’outils de régulation basés sur les connaissances dans l’enseignement primaire en Belgique

Depuis une quinzaine d’années, on assiste en Belgique francophone au développement d’une politique d’évaluation externe des écoles. Notre étude analyse la réception de cette politique par les acteurs locaux (directeurs et enseignants d’écoles primaires) et intermédiaires (inspecteurs) et montre comment les outils de régulation basés sur les connaissances mis en place par ces acteurs affectent la réception et la légitimité de la politique d’évaluation dans son ensemble. À l’aide de la sociologie de la traduction (Callon & Latour) et de la théorie néoinstitutionnaliste, nous comparons deux modes de construction et de mise en oeuvre de cette politique dans deux zones d’inspection. Dans la première, le dispositif repose pour l’essentiel sur la bureaucratie, tandis que dans la seconde la politique est construite par un réseau d’acteurs locaux et intermédiaires. Nous montrons que 1) les rôles et les stratégies des acteurs intermédiaires diffèrent considérablement ; 2) les différences constatées dans la construction de la politique d’évaluation (co-construction des outils par un réseau d’acteurs intermédiaires d’un côté, mise en oeuvre hiérarchique et bureaucratique de l’autre) sont liées aux différents effets des outils de régulation sur les pratiques des enseignants et sur la légitimité de cette politique.

« Une épingle de sûreté... » : de l’appartenance nationale chez Joyce

L'auteure examine les rapports de l'écrivain à sa nation à travers quelques discussions métapolitiques représentées dans l'oeuvre de Joyce. Suivant de près l'enregistrement que fait Joyce des affects déclenchés par le sujet de la nation irlandaise, elle s'intéresse plus particulièrement à la duplicité — dédoublement et ruse — de la narration joycienne, qui lui permet d'accomplir l'injonction de Stephen Dedalus (« We can't change the country. Let us change the subject »), et de déplacer, à défaut de le changer, le sujet politique.

Grito vagabundo : el exilio como alegoría de un trauma histórico en tres novelas latino-canadienses

Cette thèse étudie la façon dont trois romans latino-canadiens utilisent le trope de l’exil comme allégorie d’un trauma historique qui comprend plus que l’expérience individuelle de ses protagonistes : la transition forcée de l’État vers le Marché en Amérique latine effectuée par les dictatures. Cobro revertido (1992) de José Leandro Urbina; Le pavillon des miroirs (1994) Sergio Kokis; et Rojo, amarillo y verde (2003) de Alejandro Saravia, explorent divers aspects de ce processus à travers les exercices de mémoire de leurs personnages. L’exil oblige les protagonistes de ces oeuvres à se confronter aux limites des structures sémiotiques par lesquelles ils essaient de donner un fondement idéologique à leur existence sociale. Ils découvrent ainsi qu’il n’est pas possible de reproduire des hiérarchies, des valeurs, ni des relations de pouvoir de leur pays d’origine dans leur pays d’accueil, non seulement à cause des différences culturelles, mais aussi à cause d’un changement historique qui concerne la relation du sujet avec la collectivité et le territoire. Ces œuvres abordent l’expérience de ce changement par un dialogue avec différents genres littéraires comme le roman de fondation, la méta-fiction historique du Boom, le roman de formation et le testimonio, mis en relation avec divers moments historiques, de la période nationale-populaire aux transitions, en passant par les dictatures. Cela permet aux auteurs de réfléchir aux mécanismes narratifs que plusieurs œuvres latino-américaines du XXème siècle ont utilisé pour construire et naturaliser des subjectivités favorables aux projets hégémoniques des États nationaux. Ces exercices méta-narratifs comprennent le rôle de l’écriture comme support privilégié pour l’articulation d’une identité avec le type de communauté imaginaire qu’est la nation. Ils servent aussi à signaler les limites de l’écriture dans le moment actuel du développement technologique des médias et de l’expansion du capitalisme transnational. Ainsi, les auteurs de ces œuvres cherchent d’autres formes de représentation pour rendre visibles les traces d’autres histoires qui n’ont pas pu être incorporées dans le discours historique officiel.

L’épave du Machault, 1760 : entre tradition et innovation

Cette étude s’intéresse à l’industrie de la construction navale pour le milieu du XVIIIe siècle en France dans la région de Bayonne. L’objectif est de documenter la relation qu’entretiennent les pratiques de construction traditionnelles et innovatrices à cette période. L’architecture de la frégate le Machault est au cœur de cette analyse. Construit en 1757 à Bayonne et perdu en 1760, le Machault a été fouillé, documenté et parallèlement récupéré par les archéologues de Parcs Canada entre 1969 et 1972 à Ristigouche dans la baie des Chaleurs, Québec. Cette étude constitue la première analyse architecturale approfondie menée sur ces vestiges. L’analyse est réalisée en trois temps qui correspondent aux trois grandes étapes de la chaine opératoire de la construction du navire. Tout d’abord, il est question d’aborder l’aspect de la foresterie afin de saisir la nature de la ressource forestière mobilisée pour la construction de la frégate. Ensuite, ce mémoire se penche sur la conception architecturale des navires qui renvoie à un aspect plus théorique, car il relève de la façon dont les formes du navire ont été « pensées ». Enfin, la charpenterie est abordée afin de saisir la séquence d’assemblage du navire. Ensemble, ces trois grands aspects dressent un portrait général de la construction navale pour la région de Bayonne au milieu du XVIIIe siècle.

Modulation de l’homéostasie lipidique intestinale suite à une intervention en médecine traditionnelle Cri chez un modèle animal d’obésité et de pré-diabète

Introduction : Les taux d’obésité et de diabète de type 2 et leurs complications sont plus élevés chez les populations autochtones que chez la population générale. Une des raisons pour ces taux très élevés de complications est la résistance culturelle des autochtones envers les soins de santé contemporains souvent dus aux traitements culturellement inadéquats pour ces affections. Afin d’adresser cette problématique, l’équipe sur les médecines autochtones antidiabétiques des Instituts de recherche en santé du Canada (ÉMAAD-IRSC) a étudié 17 plantes de la pharmacopée traditionnelle des Cris de la Nation de la Baie James, dont le peuplier baumier Populus balsamifera. Objectifs : Le but de cette présente étude est d’examiner les effets de P. balsamifera sur les contenus lipidiques de l’intestin ainsi que la composition des protéines clés impliquées dans le métabolisme des lipides. Matériel et méthodes : Les souris étaient assignées à huit semaines de diètes, soit la diète standard (CHOW), une diète à forte teneur lipidique (HFD) ou une HFD avec ajout de 125 mg/kg de Populus balsamifera. Résultats : Les résultats ont montré que les teneurs totales de l’intestin en cholestérol, en phospholipides et en triglycérides ne sont pas influencées par l’absence ou la présence de l’extrait de P. balsamifera. La teneur en acides gras a significativement augmenté dans le traitement HFD comparé au groupe contrôle CHOW. Le traitement avec P. balsamifera a significativement réduit le contenu d’acides gras dans le jéjunum vers des valeurs observées pour la diète contrôle. Une modification non significative a été notée dans l’expression des protéines FAS, CPT-1, ACC-P. Conclusion : Ces résultats renforcent davantage le potentiel d’utilisation de l’extrait de peuplier baumier dans le contexte de forte prévalence d’obésité dans les populations autochtones.

Construction de l’image organisationnelle réfractée par les journaux et les groupes de pression : le cas du gouvernement fédéral canadien dans la mise en œuvre du projet de loi C-38

Ce mémoire s’est attaché à comprendre les dimensions émergentes de la constitution de l’image d’une organisation. A l’issue de l’étude de la littérature de recherche existante, nous nous sommes intéressée à l’image réfractée, qui est l’image d’une organisation construite par une catégorie de publics nommés arbitres externes. Ce sont les organisations mandatées qui diffusent de l’information au grand public. En adoptant l’approche qualitative, nous avons réalisé une étude du processus de travail des journalistes travaillant pour des journaux différents et des membres des organismes environnementaux dans le cas de la mise en œuvre du projet de loi C-38 du gouvernement fédéral canadien. L’étude empirique nous a permis de proposer un modèle conceptuel du phénomène de la construction de l’image réfractée. Nous avons pu ainsi suggérer d’observer ce phénomène à travers les pratiques de travail des acteurs pour appréhender les dynamiques d’émergence de l’image. Aussi, nous avons insisté sur la pertinence de considérer des paramètres qui constituent le cadre dans lequel se déroule le processus de travail des acteurs appartenant à des communautés de publics différentes. Car ce sont ces paramètres qui engendrent des dynamiques régulant la construction de l’image organisationnelle au sein de chaque communauté de public.

Théorie et pratique de la construction humaine supervisée du sens

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

La construction sociale de l'usage de la technologie : le cas du courrier électronique

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

La construction des attitudes envers les Roms : le cas français

Représentant entre 10 et 12 millions d’individus en Europe, les Roms sont confrontés à des discriminations et à l’exclusion sociale. 40% des Européens refusent d’avoir des Roms comme voisins, alors que 70% de ceux-ci n’entretiennent même pas de contact direct avec eux dans leur vie. Face à la problématique qu’offrent ces statistiques, cette étude entend observer les mécanismes de construction des attitudes envers les Roms. Je propose d’analyser la production de ces attitudes au sein de deux milieux similaires, mais où les politiques d’intégration locales envers les Roms divergent, rendant ainsi les conditions des contacts intergroupes différent. Cette analyse part des postulats scientifiques selon lesquels l’intégration des migrants est un enjeu d’action publique locale, et que les interactions sociales de qualité structurent les attitudes des uns par rapport aux autres. Ainsi, à partir d’entrevues semi-dirigées réalisées dans les communes françaises de La Courneuve et d’Ivry-sur-Seine, je teste de manière empirique quatre théories dominantes dans le domaine des relations intergroupes: la théorie du contact, l’effet halo, l’impact des politiques locales d’intégration des immigrants et l’influence des médias.

Analyse comparative de systèmes de construction industrialisés et leur applicabilité à une habitation multifamiliale verticale pour la classe moyenne à Recife (Brésil)

Depuis le début du XXe siècle, les architectes et ingénieurs anticipaient et idéalisaient l'industrialisation des bâtiments afin que les pièces des édifices puissent être conçues dans une usine de montage pour procéder ensuite à leur assemblage sur les chantiers. À l'heure actuelle, grâce à des chercheurs dédiés, cette industrialisation s’est concrétisée et de nombreux systèmes de construction industrialisés existent dans le monde entier, adaptés à des environnements particuliers. Dans ce contexte, cette étude a pour but d'analyser comparativement plusieurs systèmes à l’aide de certains critères d’évaluation, et de sélectionner, deux systèmes préfabriqués les mieux adaptés aux habitations multifamiliales verticales destinées à une population de classe moyenne aisée de la ville de Recife, au Brésil. La méthodologie s’inspire de l'approche systémique, utilisée par White (1970) et Richard (2002), les deux se caractérisant par une démarche évaluative. Ainsi avons-nous choisi comme étant les plus appropriés, parce que répondant bien au cadre général de Recife, le système préusiné en panneaux DESCON ainsi que celui de poutres et colonnes, commercialisé par les entreprises T&A et PDI, les deux en béton.