L’infrastructure de la science citoyenne : le cas eBird

Cette recherche explore comment l’infrastructure et les utilisations d’eBird, l’un des plus grands projets de science citoyenne dans le monde, se développent et évoluent dans le temps et l’espace. Nous nous concentrerons sur le travail d’eBird avec deux de ses partenaires latino-américains, le Mexique et le Pérou, chacun avec un portail Web géré par des organisations locales. eBird, qui est maintenant un grand réseau mondial de partenariats, donne occasion aux citoyens du monde entier la possibilité de contribuer à la science et à la conservation d’oiseaux à partir de ses observations téléchargées en ligne. Ces observations sont gérées et gardées dans une base de données qui est unifiée, globale et accessible pour tous ceux qui s’intéressent au sujet des oiseaux et sa conservation. De même, les utilisateurs profitent des fonctionnalités de la plateforme pour organiser et visualiser leurs données et celles d’autres. L’étude est basée sur une méthodologie qualitative à partir de l’observation des plateformes Web et des entrevues semi-structurées avec les membres du Laboratoire d’ornithologie de Cornell, l’équipe eBird et les membres des organisations partenaires locales responsables d’eBird Pérou et eBird Mexique. Nous analysons eBird comme une infrastructure qui prend en considération les aspects sociaux et techniques dans son ensemble, comme un tout. Nous explorons aussi à la variété de différents types d’utilisation de la plateforme et de ses données par ses divers utilisateurs. Trois grandes thématiques ressortent : l’importance de la collaboration comme une philosophie qui sous-tend le développement d’eBird, l’élargissement des relations et connexions d’eBird à travers ses partenariats, ainsi que l’augmentation de la participation et le volume des données. Finalement, au fil du temps on a vu une évolution des données et de ses différentes utilisations, et ce qu’eBird représente comme infrastructure.

Étude des voies de signalisation activées par la prostaglandine F2α dans les cellules de cancer colorectal

Le cancer colorectal représente la troisième forme de cancer la plus fréquente au Canada. Malgré les récents développements, aucun traitement curatif n’est disponible pour les patients diagnostiqués à un stade avancé de la maladie. Plusieurs évidences supportent un rôle important des prostaglandines dans cette maladie. En effet, une surexpression des récepteurs de type EP et FP est remarquée. Ces derniers ainsi que les molécules de signalisations intracellulaires qu’ils activent représentent donc de nouvelles cibles pour traiter ce cancer. Nous et d’autres groupes avons démontré que les protéines G monomériques sont des petits interrupteurs moléculaires importants dans la signalisation intracellulaire engagée par les récepteurs dans des cellules saines mais qu’un dérèglement de celles-ci est associé au cancer. L’objectif principal de ce projet de recherche vise donc à identifier les voies de signalisations par lesquelles le récepteur FP contribue aux capacités invasives des cellules tumorales d’origine colorectale. Notre hypothèse est que la protéine ARF6, une des 6 isoformes des ARFs, et la protéine RhoA, agissent pour coordonner l’activation des voies de signalisations associées à la migration et l’invasion cellulaire. Nos résultats ont indiqué que la stimulation des cellules HEK293 exprimant de façon stable le récepteur FP (HA-FP) ainsi que les cellules SW480, une lignée invasive de cancer colorectal, par le PGF2α augmentait les niveaux d’activation d’ARF6 mais également de la protéine RhoA. De plus, d’autres médiateurs et intermédiaires associés à la réorganisation du cytosquelette comme la cofiline et la chaine légère de la myosine (MLC) ont été hautement phosphorylés suite à la stimulation par la prostaglandine. Ces observations sont associées avec une augmentation des fibres de stress dans les cellules. Nous avons tenté de déterminer si l’inhibition de ces protéines G affectait la capacité du PGF2α à activer ces intermédiaires de signalisation ainsi que certains effets biologiques. Ainsi, nos expériences contribueront à identifier de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles pour le traitement du cancer colorectal.

Effets des variations dans l’implantation d’un programme sur le risque cardiométabolique dans six CSSS de Montréal sur les résultats chez les patients

En 2011, l’Agence de la santé et des services sociaux de Montréal (ASSSM), en partenariat avec les Centres de santé et services sociaux (CSSS) de la région, a coordonné la mise en œuvre d’un programme de prévention et de prise en charge intégré sur le risque cardiométabolique. Ce programme, s’inspirant du Chronic Care Model et s’adressant aux patients atteints de diabète et d’hypertension artérielle, est d’une durée de deux ans et comporte une séquence de suivis individuels avec l’infirmière et la nutritionniste, de cours de groupe et de séances d’activité physique. L’objectif de ce mémoire est d’évaluer, à l’aide d’un devis quasi-expérimental, l’impact de la variation dans l’implantation de certains aspects du programme dans les six CSSS participant à l’étude sur les résultats de santé des patients. Cinq aspects du programme ont été retenus : les ressources, la conformité au processus clinique prévu dans le programme régional, la maturité du programme, la coordination interne au sein de l’équipe de soins et la coordination externe avec les médecins de 1re ligne. Des analyses de différence de différences, incluant des scores de propension afin de rendre les groupes comparables, ont été effectuées dans le but d’évaluer l’influence de ces aspects sur quatre indicateurs de santé : l’hémoglobine glyquée, l’atteinte de la cible de tension artérielle et l’atteinte de deux cibles d’habitudes de vie concernant la répartition des glucides alimentaires et la pratique d’activité physique. Les résultats indiquent que les indicateurs de santé sélectionnés se sont améliorés chez les patients participant au programme et ce, indépendamment des variations dans son implantation entre les CSSS participant à l’étude. Très peu d’analyses de différence de différences ont en effet relevé un impact significatif des variables d’implantation étudiées sur ces indicateurs. Les résultats suggèrent que les effets bénéfiques d’un tel programme sont davantage tributaires de la prestation des interventions auprès des patients que d’aspects organisationnels liés à son implantation.

Caractérisation des structures de septines hautement organisées chez la drosophile et leur interaction avec le cytosquelette d’actine

Les septines sont des GTPases conservées dérégulées dans le cancer et les maladies neurodégénératives. Elles servent de protéines d’échafaudage et forment une barrière de diffusion à la membrane plasmique et au corps central lors de la cytokinèse. Elles interagissent avec l’actine et s’organisent en complexes qui polymérisent et forment des structures hautement organisées (anneaux et filaments). Leur dynamique d’assemblage et leur rôle dans la cellule restent à être élucidés. La Drosophile est un modèle simple pour l’étude des septines puisqu’on n’y retrouve que 5 gènes (sep1, sep2, sep4, sep5, peanut) comparativement aux 13 gènes chez l’humain. À l’aide d’un anticorps contre Pnut, nous avons identifié des structures tubulaires dans 30% des cellules S2 de Drosophile. Mon projet a comme but de caractériser ces tubes en élucidant leurs constituants, leur comportement et leurs propriétés pour mieux clarifier le mécanisme par lequel les septines forment des structures hautement organisées et interagissent avec le cytosquelette d’actine. Par immunofluorescence, j’ai pu démontrer que ces tubes sont cytoplasmiques, en mitose ou interphase, ce qui suggère qu’ils ne sont pas régulés par le cycle cellulaire. Pour investiguer la composition et les propriétés dynamiques de ces tubes, j’ai généré une lignée cellulaire exprimant Sep2-GFP qui se localise aux tubes et des ARNi contre les cinq septines. Trois septines sont importantes pour la formation de ces tubes et anneaux notamment Sep1, Sep2 et Pnut. La déplétion de Sep1 cause la dispersion du signal GFP en flocons, tandis que la déplétion de Sep2 ou de Pnut mène à la dispersion du signal GFP uniformément dans la cellule. Des expériences de FRAP sur la lignée Sep2-GFP révèlent un signal de retour très lent, ce qui indique que ces structures sont très stables. J’ai aussi démontré une relation entre l’actine et les septines. Le traitement avec la Latrunculin A (un inhibiteur de la polymérisation de l’actine) ou la Jasplakinolide (un stabilisateur des filaments d’actine) mène à la dépolymérisation rapide (< 30 min) des tubes en anneaux flottants dans le cytoplasme, même si ces tubes ne sont pas reconnus suite à un marquage de la F-actine. L’Actin05C-mCherry se localise aux tubes, tandis que le mutant déficient de la polymérisation, Actin05C-R62D-mCherry perd cette localisation. On observe aussi que la déplétion de la Cofiline et de l’AIP1 (ce qui déstabilise l’actine) mène au même phénotype que le traitement avec la Latrunculine A ou la Jasplakinolide. Alors on peut conclure qu’un cytosquelette d’actine dynamique est nécessaire pour la formation et le maintien des tubes de septines. Les futures études auront comme but de mieux comprendre l’organisation des septines en structures hautement organisées et leur relation avec l’actine. Ceci sera utile pour l’élaboration du réseau d’interactions des septines qui pourra servir à expliquer leur dérégulation dans le cancer et les maladies neurodégénératives.

The human organic cation transporter OCT1 mediates high affinity uptake of the anticancer drug daunorubicin

Les anthracyclines tels que la doxorubicin et la daunorubicin sont une famille de médicaments anticancéreux hydrophiles qui doivent être transportés dans les cellules afin d’exercer leur action par intercalation à l’ADN dans le noyau cellulaire. Ceci mène à la perturbation du métabolisme de l’ADN et entraine la mort cellulaire. Les anthracyclines sont utilisés pour le traitement d’une variété de cancers incluant la leucémie, les lymphomes, le cancer du sein, le cancer des poumons et le cancer des ovaires. Étant donné que le transport actif des anthracyclines dans les cellules a partiellement été démontré, le transporteur spécifique impliqué dans ce processus n’est pas encore connu. En utilisant un modèle de cancer des ovaires, la lignée cellulaire TOV2223G, nous avons démontré que des substrats spécifiques au transporteur de cations organiques 1 (OCT1), notamment la ergothionéine, la thiamine et la phenformin, ont partiellement inhibé l’absorption de la daunorubicin en différence de la carnitine qui est un substrat de haute affinité des transporteurs CT2 et OCTN2. Ces résultats suggèrent que les transporteurs organiques spécifiques au transport de la carnitine ne sont pas impliqués dans le transport des anthracyclines. Ainsi, nos résultats ont démontré que l’absorption de la daunorubicin est orchestrée par le transporteur OCT1 dans les cellules TOV2223G (Km ~ 5 μM) et des concentrations micromolaires de choline ont complètement abolies l’absorption de la drogue. De plus, un ARN sh dirigé contre OCT1 a réprimé son expression protéique, ce qui a été confirmé par la technique d’immuno-buvardage en utilisant un anti-OCT1 anticorps. Les cellules déficientes en OCT1 n’ont pas été capables d’absorber la daunorubicin et ont été plus résistantes à l’action de la drogue par rapport aux cellules contrôle. La transfection des cellules HEK293T avec un plasmide construit de façon à faire exprimer OCT1 comme protéine de fusion avec la protéine fluorescente EYFP a montré que celle-ci est localisée dans la membrane plasmique. Les cellules transfectées ont été capables d’absorber cinq fois plus de daunorubicin comparé aux cellules contrôles. Cette étude est, selon nous, la première à démontrer que OCT1 est un transporteur de haute affinité des anthracyclines. Ainsi, nous avons émis l’hypothèse que des défauts de OCT1 peuvent contribuer à l’efficacité de la réponse des cellules cancéreuses à la chimiothérapie avec les anthracyclines.

Caractérisation de l’activité transcriptionnelle antivirale et immunorégulatrice dépendante de STAT2 et IRF9, mais indépendante de STAT1, induite par la costimulation par TNF

Les cellules épithéliales pulmonaires constituent la première ligne de défense face aux virus respiratoires via la sécrétion de mucus, de peptides, de cytokines et chimiokines qui déterminent l'élimination ou la progression de l’infection. Les principales cytokines antivirales produites par les cellules épithéliales alvéolaires (AEC) sont les interférons (IFN) type I (α/β) et III (λ). La liaison d’IFNβ à son récepteur induit une voie antivirale bien caractérisée qui aboutit à l’activation du complexe ISGF3 (STAT1, STAT2 et IRF9) qui permet la transcription de multiples gènes codant pour des protéines à activité antivirale et immunorégulatrice. Il a récemment été démontré que la costimulation des cellules épithéliales pulmonaires par l’IFNβ et le Tumor Necrosis Factor α (TNFα), également produit lors d’une infection, synergisent pour induire un état antiviral tardif distinct. D’autre part, il a été montré que la synergie entre le TNFα et l'IFNβ induit une voie de signalisation impliquant STAT2 et IRF9, mais indépendante de STAT1 permettant l’expression du gène DUOX2. Notre but est de déterminer l’importance de cette nouvelle voie de signalisation induite par la costimulation du TNFα+IFNβ, impliquant STAT2 et IRF9 indépendamment de STAT1 dans la régulation d’un programme transcriptionnel antiviral et immunorégulateur tardif. Notre premier objectif est de déterminer si des gènes antiviraux et immunorégulateurs qui sont induits par la costimulation par TNFα+IFNβ sont dépendants de la voie STAT2/IRF9, indépendamment de STAT1. En utilisant la technique de qRT-PCR, nous avons identifié 3 gènes immunorégulateurs, CXCL10, IDO et APOBEC3G, induits de manière synergique en réponse à TNFα+IFNβ dans les cellules A549, un modèle de cellules épithéliales pulmonaires. Afin de confirmer que ces gènes sont induits indépendamment de STAT1, nous avons validé leur expression dans la lignée cellulaire U3A déficiente en STAT1. Par l'utilisation d'ARN interférants (ARNi) dirigés contre STAT2 et IRF9, nous avons confirmé que l’induction de ces gènes est dépendante de STAT2 et IRF9. Finalement, l’analyse de l’activité du promoteur de CXCL10 en réponse à TNFα+IFNβ par des essais rapporteurs luciférases a permis de montrer que la régulation se fait au niveau transcriptionnel. Notre deuxième objectif, est de déterminer si STAT6 pourrait remplacer STAT1 dans la voie de signalisation induite par TNFα+IFNβ. En effet, STAT6 est un inducteur connu de l’expression de DUOX2 en réponse à IL4+IL13. Contrairement à notre hypothèse, l’inhibition de STAT6 par ARNi augmente l’expression de DUOX2 en réponse à TNFα+IFNβ suggérant que STAT6 est un régulateur négatif. Nos résultats ont permis de comprendre de manière plus détaillée les mécanismes mis en place dans le développement d’une réponse antivirale. D’autre part, l’étude de l’effet de l’IFNβ et du TNFα est également pertinente pour les maladies chroniques inflammatoires et autoimmunes. De plus, nos résultats illustrent un nouveau paradigme concernant les mécanismes de signalisation cellulaire impliqués dans la synergie entre deux cytokines qui pourrait être applicable à des combinaisons de cytokines autres que TNFα+IFNβ.

La perturbation du locus Nr2f1-K12 entraine une différenciation gliale précoce dans un nouveau modèle murin de mégacôlon aganglionnaire

La maladie de Hirschsprung est une affection congénitale de la motilité intestinale caractérisée par un segment aganglionnaire dans le côlon terminal. Un criblage génétique par mutation insertionnelle aléatoire chez la souris nous a permis d’identifier la lignée transgénique Spot dont les homozygotes souffrent de mégacôlon aganglionnaire. L’analyse d’intestins d’embryons mutants a révélé une baisse de prolifération et un délai de migration des cellules de la crête neurale entériques (CCNe) progénitrices dus à leur différenciation gliale précoce, entrainant un défaut de colonisation de l’intestin et une aganglionose du côlon. Le séquençage du génome Spot indique que le transgène s’est inséré à l’intérieur du locus K12-Nr2f1 sur le chromosome 13, une région dépourvue de gènes préalablement associés à la maladie, perturbant également une séquence non-codante très conservée dans l’évolution. K12 est un gène d’ARN long non codant (ARNlnc) et antisens du gène Nr2f1, lui-même impliqué dans la gliogénèse du système nerveux central. Le séquençage du transcriptome des CCN a montré une surexpression de Nr2f1 et des formes courtes de K12 chez Spot et des essais luciférase ont révélé l’activité répressive de l’élément conservé. Nous avons observé l’expression de K12 dans les CCNe et sa localisation subcellulaire dans des zones transcriptionnellement actives du noyau. Avec l’émergence des ARNlnc régulateurs, ces données nous permettent de pointer deux nouveaux gènes candidats associés à une différenciation gliale prématurée du SNE menant au mégacôlon aganglionnaire, en supposant que la régulation de Nr2f1 se fait par son antisens, K12.

Économie comportementale : retrouve-t-on un effet d’ancrage dans la LNH ?

De par leur nature scientifique, les sciences économiques visent, entre autre, à observer, qualifier, ainsi que quantifier des phénomènes économiques afin de pouvoir en dégager diverses prévisions. Ce mémoire se penche sur ces prévisions et, plus particulièrement, sur les facteurs pouvant biaiser les prévisionnistes au niveau comportemental en référant à l’effet d’ancrage, un biais propre à l’économie comportementale – une sous-discipline des sciences économiques. Il sera donc question de comprendre, par une analyse selon la discipline que représente l’économie comportementale, ce qui peut les affecter, avec un accent mis sur l’effet d’ancrage plus précisément. L’idée générale de ce dernier est qu’un agent peut être biaisé inconsciemment par la simple connaissance d’une valeur précédente lorsqu’il est demandé de faire une estimation ultérieure. De cette façon, une analyse des salaires des joueurs de la Ligne Nationale de Hockey (NHL) selon leurs performances passées et leurs caractéristiques personnelles, de 2007 à 2016, a été réalisée dans ce travail afin d’en dégager de possibles effets d’ancrage. Il est alors possible de constater que les directeurs généraux des équipes de la ligue agissent généralement de façon sensible et rationnelle lorsque vient le temps d’octroyer des contrats à des joueurs mais, néanmoins, une anomalie persiste lorsqu’on porte attention au rang auquel un joueur a été repêché. Dans un tel contexte, il semble pertinent de se référer à l’économie comportementale afin d’expliquer pourquoi le rang au repêchage reste une variable significative huit ans après l’entrée d’un joueur dans la NHL et qu’elle se comporte à l’inverse de ce que prévoit la théorie à ce sujet.

Analyse quantitative de la carrière criminelle des internautes effectuant du leurre d’enfants

Objectifs: L’objectif principal de ce mémoire consiste à comprendre les caractéristiques des carrières criminelles d’individus connus de la police pour avoir perpétré une infraction de leurre d’enfants sur Internet. Aussi, par une analyse typologique à l’aide des antécédents criminels, il sera possible d’établir une typologie d’individus ayant leurré des enfants sur Internet. Également, il sera question de vérifier s’il y a un lien entre les caractéristiques des antécédents criminels de ces individus sur la perpétration de l’agression sexuelle hors ligne. Méthodologie: Provenant de données officielles de la communauté policière du Québec, l’échantillon comprend les parcours de criminels ayant perpétré une infraction de leurre d’enfants sur Internet. Des analyses descriptives en lien avec les différents paramètres de la carrière criminelle seront effectuées. Ensuite, des tests de moyenne et une analyse de régression Cox permettront de vérifier la présence ou non d’un lien statistique entre les caractéristiques des antécédents criminels des individus connus de la police pour leurre d’enfants sur Internet et le passage à l’acte physique. Résultats: Les analyses ont montré que la majorité des sujets n’avaient aucun antécédent judiciaire. Pour la plupart, le leurre d’enfants est le crime le plus grave perpétré au cours de leur carrière criminelle. Trois catégories d’individus ont été décelées : les amateurs, les spécialistes et les généralistes. Ce sont les individus polymorphes ayant une carrière criminelle plus grave et plus longue qui sont portés à agresser sexuellement avant le leurre. Cependant, ce sont des individus spécialisés ayant une importante proportion de délits sexuels dans leurs antécédents criminels qui ont plus de chance d’agresser sexuellement suite à l’exploitation sexuelle sur Internet.

Aider sans nuire: intervention de groupe destinée aux proches de victimes d'actes criminels

Rapport de stage présenté en vue de l’obtention du grade Maître ès sciences (M.Sc.) en criminologie option stage en intervention clinique.

Cartographie des anciens cours d’eau, lignes de creux et des bassins versants de l'île de Montréal

Guide et ses annexes à destination des utilisateurs des cartes relatives à la recherche "Cartographie des anciens cours d’eau, lignes de creux et des bassins versants de l'île de Montréal". Aide à la compréhension du contexte, des définitions, de la méthodologie et des hypothèses relatives à la réalisation des documents cartographiques suivants: ■ Carte des anciens cours d'eau de l'île de Montréal, Mahaut V., 2016 ■ Carte des creux et crêtes et des voiries de l'île de Montréal, 1:20.000, Mahaut V., 2016 [http://hdl.handle.net/1866/16313] ■ Carte des creux et crêtes et de l'altimétrie de l'île de Montréal, 1:20.000, Mahaut V.,2016 [http://hdl.handle.net/1866/16312] ■ Recensement cartographique des anciens cours d’eau de l’île de Montréal et tracé des creux et des crêtes, Carte index 1:50.000, Cartes A4, B3, B4, C3, C4, D1, D2, D3, D4, E1, E2, E3, E4, 1:10.000, Mahaut V., 2016 [http://hdl.handle.net/1866/16311]

Choisir dans l'abondance : les applications mobiles en santé

Colloque organisé par le Regroupement stratégique d’éthique en santé et le Regroupement stratégique de recherche sur les TIC et la santé (Réseau de recherche en santé des populations du Québec) et par le Centre de recherche sur la communication et la santé (Université du Québec à Montréal).

Ouvrir le livre et voir l’écran : pratiques littéraires et pratiques numériques

Ce dossier s’intéresse à la manière dont s’entrelacent littérature et numérique dans la littérature contemporaine. Puisque le numérique teinte l’ensemble des pratiques humaines, la littérature fait partie des lieux qu’elle investit. Ainsi, la question autour de laquelle s’articulent les textes de ce dossier est donc la suivante : comment pratiques littéraires et pratiques numériques peuvent-elles dialoguer aujourd’hui, et que peut-on dire des interactions qui découlent de ces échanges ? Il ne s’agit pas d’affirmer que toute la production littéraire contemporaine développe un discours sur le numérique, mais bien que les nouvelles possibilités de lecture et d’analyse qui nous sont offertes méritent d’être analysées et mises à l’épreuve.

Lire à l’ère du numérique « Le nénuphar et l’araignée » de Claire Legendre

Cet article se veut exploratoire en deux temps : une piste de réflexion sur l’impact du numérique sur les sciences humaines, et une lecture de l’essai « Le nénuphar et l’araignée » de Claire Legendre, publié le 4 février 2015 chez Les Allusifs. Notre hypothèse est qu’il est nécessaire de jeter les bases d’une théorie et d’une pensée du numérique, comme de poursuivre et de favoriser l’implémentation de nouveaux outils de recherche conçus par et pour les humanités, en lien direct avec les questions d’édition, de diffusion, d’encodage, de fouille, de curation, ou encore de visualisation et de représentation des données textuelles, sonores et visuelles. Cet article propose ainsi une première piste d’exploration de l’usage de ces nouvelles possibilités pour la littérature québécoise.

Le fait littéraire au temps du numérique. Pour une ontologie de l’imaginaire

Souvent conçues comme le vecteur de changements majeurs, les pratiques numériques constituent une occasion de mieux comprendre le fait littéraire en faisant apparaître de manière plus explicite que jamais des aspects ontologiques qui, en tant que tels, ont une valeur atemporelle. En particulier, et c’est l’objet de cet article, le fait numérique donne l’occasion de réinvestir une problématique qui parcourt l’ensemble de la réflexion sur le statut de la littérature depuis Platon et Aristote : celle du rapport entre littérature et réalité, dont Sartre et Derrida avaient déjà œuvré à déconstruire l’opposition au XXe siècle. Selon nous, le numérique souligne l’absence de séparation entre symbolique et non-symbolique, nous empêchant de penser une rupture entre imaginaire et réel. Pour rendre compte de cette structure, nous nous appuierons sur le concept d’éditorialisation, qui vient désigner l’ensemble des dispositifs permettant la production de contenus dans l’espace numérique en tenant compte de la fusion entre espace numérique et espace non numérique. À travers des exemples littéraires – Traque Traces de Cécile Portier et Laisse venir d’Anne Savelli et Pierre Ménard – nous démontrerons comment la littérature participe aujourd’hui à l’éditorialisation du monde, enterrant ainsi définitivement le dualisme imaginaire-réel pour lui préférer une structure anamorphique.