Development of computational tools for the integrated analysis of DNA microarray data with applications in cancer research

The MAP-i Doctoral Program of the Universities of Minho, Aveiro and Porto

Integrating data from heterogeneous DNA microarray platforms

DNA microarrays are one of the most used technologies for gene expression measurement. However, there are several distinct microarray platforms, from different manufacturers, each with its own measurement protocol, resulting in data that can hardly be compared or directly integrated. Data integration from multiple sources aims to improve the assertiveness of statistical tests, reducing the data dimensionality problem. The integration of heterogeneous DNA microarray platforms comprehends a set of tasks that range from the re-annotation of the features used on gene expression, to data normalization and batch effect elimination. In this work, a complete methodology for gene expression data integration and application is proposed, which comprehends a transcript-based re-annotation process and several methods for batch effect attenuation. The integrated data will be used to select the best feature set and learning algorithm for a brain tumor classification case study. The integration will consider data from heterogeneous Agilent and Affymetrix platforms, collected from public gene expression databases, such as The Cancer Genome Atlas and Gene Expression Omnibus.

Hibridação e pós-colonialismo

A hibridização refere-se a um modo de conhecimento e de ação associados com o híbrido. E esta última idéia denota os interstícios, a rede de relacionamentos, os lugares e as instâncias que, à medida que fundem as suas essências e experiências, geram novas produções e reproduções de si mesmos. O hibridismo é percebido por várias escolas de pensamento e por muitos autores literários como uma das principais armas contra o colonialismo. Isto é especialmente verdadeiro para os teóricos do pós-colonialismo, como Edward Said e Homi Bhabha. Se o entendimento do hibridismo é fundamental para a reflexão que os Estudos Pós-Coloniais empreendem sobre a nossa sociedade intercultural, também é verdade que essa escola de pensamento mostra-se, ela própria, híbrida desde as suas origens. Na verdade, na nossa era pós-colonial, os textos literários e até mesmo a escrita científica (histórica, sociológica, etc ) exibem uma natureza cada vez intercultural. Mas como podem estes ‘Estudos Híbridos’, de que uma manifestação recente é a Hibridologia, através de um historiador, um sociólogo, um antropólogo ou um crítico literário, detectar tais significados públicos polissémicos que conduzem a uma mais intensa comunicação intercultural? Uma das respostas possíveis pode ser a seguinte hipótese: além da leitura e escrita de saberes especializados, os conceitos comuns (um termo central na fenomenologia sociológica de Alfred Schutz), utilizados por pessoas comuns de diferentes origens culturais numa base diária, pode constituir uma das chaves para a compreensão mútua entre as diferentes culturas hoje interligadas nas nossas sociedades pós-coloniais globais.

Modeling microbes: New methods for integrated metabolic and regulatory network reconstruction

PhD Thesis in Bioengineering

Improvement of in silico strain engineering methods in Saccharomyces cerevisiae

PhD thesis in Bioengineering

Aging and Alzheimer's disease: Searching for novel molecular cues

Tese de Doutoramento em Ciências da Saúde

Expression of methylthioadenosine phosphorylase (MTAP) in pilocytic astrocytomas

BACKGROUND/OBJECTIVES Pilocytic astrocytomas (PAs) are the most frequent astrocytomas in children and adolescents. Methilthioadenosine phosphorylase(MTAP) is a tumor-suppressor gene, the loss of expression of which is associated with a poor prognosis and better response to specific chemotherapy in leukemia and non-small-cell lung cancer. The expression of MTAP in brain tumors remains largely unknown and its biological role in PA is still unexplored. Our aims were to describe the immunohistochemical MTAP expression in a series of PAs and relate it to the clinicopathological features of the patients. METHODS We assessed MTAP expression on immunohistochemistry in 69 pediatric and adult patients with PA in a tissue microarray platform. RESULTS Retained expression of MTAP was seen in >85% of the tumors compared to in the nonneoplastic adjacent tissue. Only 3 supratentorial tumors showed a complete loss of MTAP expression. No significant association with clinicopathological features or overall survival of the patients was found. CONCLUSIONS MTAP expression is retained in PAs and is not an outcome predictor for these tumors. Nevertheless, a subset of patients with PAs exhibiting a loss of MTAP could potentially benefit from treatment with specific chemotherapy, especially when lesions are recurrent or surgical resection is not recommended.

Artes dos novos media

Artes dos novos media: interatividade entre o corpo do visitante e a obra de arte; Hipertexto; O espaço da galeria ou do evento enquanto elemento estético; Autoria; O visitante como co-autor. Digitextualidade: A digitextualidade do corpo; Convergência / digitextualidade; Convergência de media e textos do sujeito e do objeto. Audiência ativa. Estratégias estéticas digitais: arte genómica e biomedia; a Genética nas Ciências e nas Artes; Stelarc: braço mecânico; Stelarc: o corpo é um híbrido; Stelarc: implantação de orelha em braço; ‘Ciborguização’ dos corpos; genética: nuvem semântica; Arte pós-humana; Biocibernética; Christa Sommerer e Laurent Mignonneau; Obras; Eduardo Kac; Obras; Uma arte trans-animal?

Systems biology approaches for the design of novel Saccharomyces cerevisiae winemaking strains for enhanced flavour compounds synthesis

Tese de Doutoramento em Biologia Ambiental e Molecular

Algorithms and computational tools for metabolic flux analysis

PhD thesis in Biomedical Engineering

HOXA9 as a key regulator in glioma initiation, aggressiveness and response to therapy

Tese de Doutoramento em Ciências da Saúde

Synthetic biology approaches to shape bacteriophages towards Pseudomonas aeruginosa biofilm control

Dissertation for Ph.D. degree in Biomedical Engineering.