Pentapeptidirakenteiden yleisimmät yhtäläisyydet

Proteiinit ovat elämälle välttämättömiä orgaanisia yhdisteitä, jotka koostuvat yhdestä tai useammasta aminohappoketjusta. Proteiinien toiminnan määrää niiden kolmiulotteinen rakenne, joka taas riippuu pitkälti proteiinien aminohappojärjestyksestä, sekvenssistä. Proteiinien tunnettujen sekvenssien määrä kasvaa DNA-sekvensoinnin tuloksena selvästi nopeammin kuin selvitettyjen kolmiulotteisten rakenteiden, konformaatioiden, määrä. Proteiinien rakenteitakin tunnetaan jo lähes 45 000, joten niiden tilastollisella analyysillä on yhä merkittävämpi osuus uusien proteiinien rakenteen määrittämisessä, ennustamisessa ja suunnittelussa. Työssä etsittiin pentapeptidejä (viiden aminohapon pituisia ketjuja), joilla on sama konformaatio kaikissa tunnetuissa proteiinien rakenteissa. Näitä rakennuspalikoita voisi käyttää suoraviivaisessa proteiinien suunnittelussa halutun kolmiulotteisen rakenteen aikaansaamiseksi. Aineistona käytettiin proteiinitietopankin joulukuussa 2007 sisältämiä rakenteita, joihin kuului lähes 45 000 proteiinin kolmiulotteista rakennetta. Aineiston laajuuden takia rakennuspalikoita etsittiin kahdessa vaiheessa vertailemalla pentapeptidien rakenteen keskeisten atomien (CA, CB, O, C ja N) sijaintia proteiinien aminohappoketjuissa. Työssä löytyi yli 9000 rakennuspalikkaa, pentapeptidiä, joista jokaisella oli sama konformaatio yli 12 eri rakennetiedostossa, niissä ilmoitettujen tarkkuuksien rajoissa. Löydetyistä rakennuspalikoista 48:lla oli täysin sama konformaatio kaikkialla, mistä ne löydettiin. Näistä useimmin esiintyneitä voi käyttää suoraan proteiinien rakenneanalyysissä valmiina kolmiulotteisen rakenteen osina. Eri konformaatioihin laskostuvia identtisiä pentapeptidejä löytyi yli 266 000 kappaletta. Rakennuspalikoiden stabiiliudesta johtuen ne saattavat olla tärkeitä proteiinien fysikaalisen mallinnuksen tutkimus- ja vertailukohteina. Käytännön kannalta työn lupaavin tulos oli se, että rakennuspalikoita löytyi eri vasta-aineiden rakennetiedostoista. Ehkäpä juuri vasta-aineita voitaisiin suunnitella työssä esitetyillä menetelmillä.

Cattle Teeth in Graves : Interpretations of animal bones found in Finnish inhumation graves (ca AD 550-1700)

The nature of a burial is always ritualistic. This is often forgotten when dealing with Finnish inhumation burials containing animal bones. Only the animal bones found close to the deceased have traditionally been thought to have a ritualistic purpose. The animal bones found in the filling of the grave, which is still part of the burial, has on the other hand, often been neglected in the previous research. In this Master s thesis I will discuss the function and interpretation of animal bones in graves. The base of this study is six sites, all of different nature, from Finland. Luistari in Eura is from the western coast and is dated to Late Iron Age (and possibly Medieval period), the Medieval hamlet of Finno is situated in Espoo which is situated on the southern coast. Two town burials, Turku and Porvoo, are also included in this study. The graves from Turku are dated to Late Medieval period and Early Renaissance, whereas the cemetery in Porvoo is from the 18th century. Visulahti in Mikkeli is from the Late Iron Age and represents Eastern Finnish burial tradition, the same as Suotniemi from Käkisalmi parish, which is nowadays part of Russia. While parts of the animal bones had already been analysed before, the author also analysed animal bones for the purpose of the present Master´s thesis. The bones were compared to the burial contexts, when possible. Based on the comparisons I have made interpretations which might explain the existence of animal bones in the graves. The interpretations are among others sacrifice, commemoration meals and animal burials. The site could also have been a settlement site prior to the graves, thus the bones in the graves would belong to the settlement phase. When comparing the date of the studied sites, the town burials are later and the animal bones are probably related to previous or contemporary use of the sites as graveyards. On top of this there does not seem to be much difference in burial tradition between Eastern and Western Finland, although at least from the hamlet burials of Finno there are aspects that could be linked to Eastern burials. In making the interpretations I have taken into consideration the aspects of belief during different time periods when they could be accounted as relevant. Also the problems with bone preservation were relevant and challenging for the study. Often only the hardest substance of the skeleton, namely teeth, has been preserved. For this reason the quality of the archaeological documentation was a key issue in this study. In producing quality interpretations of the animal bones in graves, the bones, contexts and their relationship to the surrounding site should be documented with care.