Kromosomien välisten genotyyppiassosiaatioiden etsintä

Perimän eri kohdissa sijaitsevat genotyypit ovat assosioituneita, jos niiden välillä on tilastollinen riippuvuus. Tässä tutkielmassa esitellään ja vertaillaan menetelmiä kromosomien välisten genotyyppiassosiaatioiden etsintään. Saatavilla olevista genotyyppiaineistoista voidaan muodostaa miljardeja kromosomien välisiä ehdokkaita mahdollisesti assosioituneiksi genotyyppipareiksi. Etsintätehtävä voidaan jakaa kolmeen erilliseen osaan: assosiaation voimakkuutta kuvaavan tunnusluvun valinta, tuloksen merkitsevyyden laskeminen sekä tarpeeksi merkitsevien tulosten valinta. Tunnusluvun valintaan ja merkitsevyyden laskemiseen liittyen tutkielmassa esitellään pari alleeliassosiaation mittaamiseen tarkoitettua perinteistä alleeliassosiaatiomittaa sekä yleisempiä riippumattomuustestejä kuten khii-toiseen-testi, G-testi ja erilaisia satunnaiseen näytteenottoon perustuvia testaustapoja. Lisäksi ehdotetaan kahta menetelmää tarkkaan merkitsevyyden laskemiseen: genotyyppikohtaista tarkkaa testiä ja maksimipoikkeamatestiä. Merkitsevien tulosten valintaan liittyen tutustutaan koekohtaista virhetodennäköisyyttä rajoittavaan Bonferroni-korjaukseen, hylkäysvirheastetta rajoittavaan FDR-kontrollointiin sekä näiden muunnelmiin. Lopuksi kokeillaan muutamaa esiteltyä menetelmää sekä keinotekoisesti tuotetulla että aidolla genotyyppiaineistolla ja analysoidaan löydettyjä assosiaatioita. Koetuloksista on havaittavissa joukko vahvasti merkitseviä assosiaatioita kromosomien välillä. Osa näistä on selitettävissä populaation sisäisillä osapopulaatioilla, ja muutamat näyttäisivät olevan seurausta aineistossa väärin sijoitelluista markkereista. Suuri osa riippuvuuksista aiheutuu kolmesta sukupuolen kanssa vahvasti assosioituneesta perimän kohdasta. Näiden lisäksi jäljelle jää joukko assosiaatioita, joiden syyt ovat tuntemattomia.

Soluautomaattien approksimaatioista

Tässä tutkielmassa tarkastelen soluautomaatteja ja niiden yleisesti käytettyj ä keskivertokenttä- ("mean field") ja pariapproksimaatioita. Määrittelen soluautomaatin käsitteen yleisellä tasolla ja kuvailen kolme eri tyypillisesti käytettyä soluautomaattityyppiä, joista kahdesta esimerkkeinä mainitsen John Conwayn tunnetun "Game of Life" -soluautomaatin sekä epidemiologian alalla yleisesti käytetyn hilakontaktiprosessin. Tutkielman toisessa osassa esittelen eri tapoja, joilla soluautomaattien käyttäytymistä voidaan analyyttisesti approksimoida ja karakterisoida, mukaanlukien niin kutsuttu soluautomaatin aktiviteetti (λ) sekä yllämainitut keskivertokenttä- ja pariapproksimaatiot. Kahta jälkimmäistä sovellan hilakontaktiprosessiin, ja vertailen näin saatuja tuloksia.

Infliximabi-infuusioiden akuuttien haittavaikutusten esto asetyylisalisyylihapolla lapsipotilaiden IBD- ja reumasairauksien hoidossa

IBD- ja reumasairaudet ovat elämänlaatua merkittävästi heikentäviä, kroonisia tulehduksellisia sairauksia, joiden keskivaikeiden ja vakavien muotojen hoidossa suoneen annettava biologinen TNF-alfa -tulehdustekijän vasta-aine infliksimabi (Remicade®) on vankassa asemassa. Infliksimabin hyvän tehon kääntöpuolena esiintyy yleisesti haittoja, joista infuusion aikana tai pian sen jälkeen ilmenevät allergistyyppiset reaktiot ovat hoitoa hankaloittava ja jopa vaarallinen alaluokka. Infuusioreaktioiden estoon ei nykyisellään ole todistettavasti tehokkaita keinoja. Parasetamoli ja setiritsiini osoittautuivat tässä käyttötarkoituksessa tehottomiksi. HUS:n Lasten ja nuorten sairaalassa aloitettiin 11.3.2009 hoitokokeilu asetosalisyylihapolla (ASA, Disperin®), annosteltuna painonmukaisesti per os, päämääränä selvittää prospektiivisesti ASA:n käyttömahdollisuudet infuusioreaktioiden ehkäisyssä. Tämän tutkielman aineisto kerättiin esilääkekokeilun alun ja 24.6.2010 välisellä ajalla (yhteensä 67 viikkoa) infliksimabi-infuusiossa Lasten ja nuorten sairaalan osasto 2:lla käyneiden IBD- ja reumapotilaiden asiakirjoista. Vain 1 (0,2 %) ASA:n kanssa annetuista infuusioista johti infuusioreaktioon kun aiemmin parasetamolin ja setiritsiinin kanssa todettiin 11 (2,9 %) reaktiota. GraphPad Prism 5 -ohjelmistolla tehdyn tilastoanalyysin perusteella tulokset osoittavat ASA:n olevan erittäin lupaava infuusioreaktioiden estolääke.

Kämpän kotihengetär vai hyvä jätkä? : Pohjois-Suomen kämppäemännät ja sukupuolen merkitys kämppäelämässä 1945-1975

Tutkielmassa tarkastellaan Pohjois-Suomen savottakämpillä vuosien 1945 1975 välillä työskennelleitä kämppäemäntiä. Kämppäemännät toimivat metsätyöntekijöiden yhteisasunnoissa ruuanlaittajina ja siivoojina. Savottakämpille alettiin palkata kokkeja 1900-luvun alussa ja 1930-luvulta eteenpäin puutavarayhtiöt alkoivat huolehtia heidän palkkaamisestaan. Yhtiöiden palkkaamien ruuanlaittajien ammattinimikkeesi vakiintui kämppäemäntä. Kämppämajoitus väheni 1970-luvun myötä kun metsätyössä siirryttiin työntekijöiden kotikuljetuksiin. Pohjois-Suomessa kämppätyömaita ja kämppäemäntiä oli kuitenkin 1980-luvun lopulle asti. Kämppäemännät työskentelivät maskuliinisella metsäalalla kämppäyhteisöjen ainoina naisina. Tutkielmassa kysytäänkin, minkälaisia käsityksiä ja määritelmiä kämppäemännyyteen yhdistettiin ja miten kämppäemännän sukupuoli näkyy näissä määritelmissä. Lisäksi kysytään, minkälaisina kämpän sisäiset sukupuolten väliset suhteet näyttäytyivät. Tarkastelussa hyödynnetään Yvonne Hirdmanin sukupuolijärjestelmän käsitettä. Tutkimuskysymyksiä lähestytään kolmesta näkökulmasta: Ensin tarkastellaan, miten kämppäemännyyttä määritellään aikalaiskirjallisuudessa. Tässä tarkastelussa tärkeimpänä lähdeaineistona toimivat kämppäemännille suunnatut oppaat. Toiseksi tarkastellaan, miten kämppäemäntinä toimineet naiset vastasivat näihin määritelmiin ja minkälaiseksi he kokivat kämpillä vallinneet sukupuolten väliset suhteet. Kolmanneksi kuvataan, mitä savottakämpillä majoittuneet metsäalalla toimineet miehet näkivät hyvän kämppäemännän ominaisuuksiksi ja minkälaisiksi he kokivat emännän aseman kämppäyhteisössä. Kahden viimeisen näkökulman lähdeaineistona toimii muistitietoaineisto. Kämppäemännät toimivat savottakämpillä erilaisten odotusten ristipaineessa. Kämppäemännän oppaat määrittelevät heidän roolinsa feminiiniseksi ja äidilliseksi. Ne luovat kämppäemännän työstä naisten yhteiskunnallisen roolin mukaista määrittelemällä kämpän kodiksi ja emännän sen hengettäreksi, joka huolehtii miesten hyvinvoinnista. Kämpillä majoittuneet miehet sen sijaan arvostavat kämppäemäntää, joka on rempseä ja huumorintajuinen. Kämppäemännän kuului sopeutua kämpän maskuliiniseen kulttuuriin, mikä onnistui parhaiten osallistumalla sen huumoriin. Kämpän sukupuolijärjestelmä perustui sukupuolitettuun työnjakoon ja kämppätilan sukupuolenmukaiseen jakamiseen. Kämpän keittiö ja emännän huone olivat naisille kuuluvaa yksityisaluetta, josta oltiin yhteydessä miesten puolelle vain tarjoiluluukun välityksellä. Sukupuolten erillään pitämistä perusteltiin kämppäemännän suojelemisella, mutta sen tavoitteena oli myös estää sukupuolisuhteiden syntyminen kämpän miesten ja kämppäemännän välille. Kämppäemäntä olikin virallisesti rauhoitettu ja emännän koskemattomuudesta huolehtiminen oli kämppäyhteisön vastuulla. Kämppäelämässä syntyi kuitenkin seurustelusuhteita ja mahdollisesti myös sukupuolisuhteita. Näistä ei kuitenkaan mielellään kerrota haastatteluissa. Myös seksuaalista häirintää esiintyi. Kämppäemännät kuitenkin korostavat miesten kunnioittavaa suhtautumista heihin. He korostavat, etteivät sukupuolten väliset suhteet olleet ongelmallisia ja painottavat omaa sukupuolimoraaliaan. Kämppäemännät näkevät itsensä kämppäyhteisön jäsenenä, eivätkä halua puhua pahaa muusta yhteisöstä. Vaikeita tilanteita kuvatessaan he korostavat omaa aktiivisuuttaan ja selviytymistään. Kämppäemännät luovat itsestään kuvaa selviytyjinä ja vahvoina naisina.

Paluu paratiisiin : Polkuja hyvän ja pahan tuolle puolen Martti Lutherin ja Friedrich Nietzschen perinteissä

Tutkimukseni tarkoitus on paikallistaa polkuja hyvän ja pahan tuolle puolen. Tutkimukseni termit hyvä ja paha määrittyvät moraalisesti. Täten tutkimusaiheeni on ihmisen ja moraalin välinen suhde. Tutkin ihmisen moraalista olotilaa, siinä tapahtuvaa muutosta ja tämän muutoksen ehtoja. Tutkimuksellani on kaksi pääkysymystä: kuinka on mahdollista päästä hyvän ja pahan tuolle puolen ja miksi meidän tulisi siirtyä hyvän ja pahan tuolle puolen. Polut hyvän ja pahan tuolle puolen vievät myös etiikan tuolle puolen. Tutkimukseni pyrkii selvittämään mitä vikaa etiikassa on ja kuinka on mahdollista perustella toimintaa ilman etiikkaa. Tutkimukseni metodi on systemaattinen analyysi. Johdanto-osassa käsittelen yleisesti moraalia, sen vaikutuspiiriä ja niitä syitä, joiden vuoksi se täytyy hylätä. Tarkastelen myös etiikkaa ja selvitän sitä laajempaa kontekstia mihin se liittyy. Ensimmäisessä luvussa käsittelen Martti Lutherin teologiaa. Lutherilla moraalia edustaa Jumalan laki, jonka alaisuudesta kristitty pääsee vapaaksi kun Jeesus ottaa ristinkuolemassaan ihmisten synnin itselleen ja kärsii Jumalan lain mukaisen kuolemanrangaistuksen. Uskon yhteydessä Kristukseen kristitty kohoaa lain ulkopuolelle tekemään rakkauden tekoja. Toinen luku on omistettu Søren Kierkegaardin kristilliselle eksistentialismille. Kierkegaardin eksistenssitasojen filosofiassa uskonnollinen olemisen taso paljastuu korkeammaksi kuin eettinen. Tässä nousee tärkeäksi Kierkegaardin kirja Pelko ja vavistus. Kierkegaard tutkii Raamatun kertomusta Aabrahamista, jolle Jumala antaa käskyn uhrata oma poikansa Iisak. Kierkegaardille tarina on esimerkki eettistä korkeammasta ja sitä tilapäisesti vastustavasta olemisen tavasta. Kolmannessa luvussa käsittelen Dietrich Bonhoefferin teologiaa. Bonhoefferin mukaan Jeesus kutsuu ihmisiä seuraamaan häntä. Tämä on kutsu hyvän ja pahan tuolle puolen paratiisin viattomuuteen, joka rikkoo eettisyyden ihmisen ja Jeesuksen välillä. Neljännessä luvussa tarkastelen Friedrich Nietzschen filosofiaa ja pyrin ymmärtämään mitä hänen ohjelmansa hyvän ja pahan tuolle puolen tarkoittaa. Nietzschen vallantahdon filosofiassa moraali on heikkojen keino alistaa vahvat. Tarkastelen Nietzschen käsitystä moraalin synnystä ja sen haitallisuudesta ja pyrin selvittämään kuinka herrat elävät hyvän ja pahan tuolla puolen. Viidennessä luvussa tutkin Jaques Derridan grammatologiaa. Derridan mukaan teksti on suljettu tila, jonka ulkopuolelle on mahdoton päästä. Derrida sanoittaa kuitenkin sanoittamatonta tilattomuutta tekstin tuolla puolen. Tästä ei-paikasta käsin hypereettinen dekonstruktio purkaa perinteistä etiikkaa. Kuudennessa luvussa tarkastelen Mark C. Taylorin epä/teologiaa. Taylorille olotilan muutosta kuvaa termi harhautuminen , joka vie ihmisen lainsuojattomuuteen hyvän ja pahan tuolle puolen. Selvitän mitä harhautuminen tarkoittaa ja miten se liittyy Taylorin Jumalan kuoleman epä/teologiaan. Johtopäätösluvussa tuon esiin tutkimustuloksia, nostan esille joitain pääluvuissa esiintyviä teemoja ja vertaan tutkimuskohteitteni näkemyksiä toisiinsa. Lutherin ja Nietzschen perinteissä on paljon yhteistä, mutta pohjimmiltaan ne sotivat toisiaan vastaan. Hyvän ja pahan tuolle puolen johtaa kaksi polkua. Toinen niistä vie paratiisiin, toinen tuhoon.

Männyn neulaskadon arviointi laserkeilauksella

Leaf and needle biomasses are key factors in forest health. Insects that feed on needles cause growth losses and tree mortality. Insect outbreaks in Finnish forests have increased rapidly during the last decade and due to climate change the damages are expected to become more serious. There is a need for cost-efficient methods for inventorying these outbreaks. Remote sensing is a promising means for estimating forests and damages. The purpose of this study is to investigate the usability of airborne laser scanning in estimating Scots pine defoliation caused by the common pine sawfly (Diprion pini L.). The study area is situated in Ilomantsi district, eastern Finland. Study materials included high-pulse airborne laser scannings from July and October 2008. Reference data consisted of 90 circular field plots measured in May-June 2009. Defoliation percentage on these field plots was estimated visually. The study was made on plot-level and methods used were linear regression, unsupervised classification, Maximum likelihood method, and stepwise linear regression. Field plots were divided in defoliation classes in two different ways: When divided in two classes the defoliation percentages used were 0–20 % and 20–100 % and when divided in four classes 0–10 %, 10–20 %, 20–30 % and 30–100 %. The results varied depending on method and laser scanning. In the first laser scanning the best results were obtained with stepwise linear regression. The kappa value was 0,47 when using two classes and 0,37 when divided in four classes. In the second laser scanning the best results were obtained with Maximum likelihood. The kappa values were 0,42 and 0,37, correspondingly. The feature that explained defoliation best was vegetation index (pulses reflected from height > 2m / all pulses). There was no significant difference in the results between the two laser scannings so the seasonal change in defoliation could not be detected in this study.

KAUPPAKESKUS OSANA KESTÄVÄÄ KAUPUNKIRAKENNETTA - Kauppakeskustoimijoiden näkemyksiä kauppakeskusten sijoittumisen kestävyydestä

The location and location guidance of shopping centers has been under much public discussion in Finland in the recent years. The Ministry of the Environment has expressed concern over the sustainability of ‘out-of-town’ shopping centers. Shopping centers outside the urban form are seen to cause more traffic, thus contributing to climate change by increasing carbon dioxide emissions. The sustainability of urban form has been researched in several studies and factors like urban density, public transport and a comfortable living environment were found to be the most important. This study presents the views of Finnish shopping center stakeholders on the sustainability of shopping center locations. These views were gathered using focus groups. Stakeholders included managers, consultants, investors, developers, architects and tenants of shopping centers and public sector actors dealing with shopping industry. As one theme in the discussions, participants were asked to present their views on the sustainability of shopping centers’ current locations. The study is part of the Aalto University of Technology KOKKKA project, which has its main focus upon shopping centers and sustainability. Shopping centers were seen to affect sustainability mainly through their location. A sustainable location was thought of as one that involved locating in an economically successful place, inside the urban form. A sustainable location was also easily accessible, with good access via public transport and the shopping center also had to create comfortable living environment in its surroundings. The views of the focus groups participants are similar to the views in sustainable urban structure theories and, inter alia, Finland’s national sustainable development strategy.